PERCOBAAN V ISOLASI DNA

I.

TUJUAN Adapun tujuan dilakukannya percobaan ini yaitu untuk mengisolasi DNA dari berbagai jenis buah-buahan.

II. DASAR TEORI Asam nukleat telah menjadi bahan penelitian para ahli biokimia sejak senyawa ini diisolasi dari inti sel untuk pertama kalinya. Ada 2 jenis asam nukleat yaitu DNA (deoxyribonucleic acid) atau asam

deoksiribonukleat dan RNA (ribonucleic acid) atau asam ribonukleat. DNA merupakan molekul yang amat panjang, terdiri dari ribuan deoksiribonukleotida (ada empat jenis), yang bergabung dalam suatu urutan yang bersifat khas bagi tiap organisme. Molekul ini biasanya berbentuk untaian ganda. Kromosom sel prokariotik merupakan satu molekul besar DNA yang berkaitan erat-erat menjadi suatu daerah inti atau nukleoid. Sel eukariotik mengandung sejumlah molekul DNA, masingmasing pada umumnya berukuran jauh lebih besar dari satu molekul DNA di dalam prokariotanya. Molekul DNA di dalam eukariotik bergabung dengan protein dan dikelompokkan menjadi serabut kromatin di dalam nucleus, yang dikelilingi oleh sistem membran ganda yang bersifat kompleks. Asam ribonukleat terdiri benang panjang ribonukleotida.

Walaupun molekul ini jauh lebih pendek dari DNA, RNA ditemukan dalam jumlah yangt jauh lebih banyak di dalam kebanyakan sel. Pada sel prokariotik dan eukariotik, ketiga golongan utama RNA adalah RAN data (mRNA = messenger RNA), RNA Ribosom (rRNA), dan RNA pemindah (tRNA = transfer RNA). Masing-masing terdiri dari satu rantai

ribonukleotida, dan masing-masing mempunyai molekul urutan nukleotida, dan fungsi biologis yang khas. DNA mengandung 2 basa pirimidin utama, sitosin (C) dan timin (T), dan dua basa urin utama adenine (A) dan guanin (G). RNA juga mengandung dua pirimidin utama sitosin (C) dan urasil (U), dan dua basa purin, adenine (A) dan guanine (G). Pada dasarnya Isolasi DNA merupakan langkah mempelajari DNA. Salah satu prinsisp isolasi DNA yaitu dengan sentrifugasi. Sentrifugasi merupakan teknik untuk memisahkan campuran berdasarkan berat molekul komponennya. Molekul yang mempunyai berat molekul besar akan berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan akan berada pada bagian atas tabung. DNA ini tersusun atas 3 komponen utama yaitu gula deoksiribosa, basa nitrogen, dan fosfat yang tergabung membentuk nukleotida. DNA terdapat di dalam setiap sel makhluk hidup yang sangat berperan penting sebagai pembawa informasi hereditas yang menentukan stuktur protein dan proses metabolisme lain. Isolasi DNA dapat dilakukan melalui tahapantahapan antara lain: preparasi ekstrak sel, pemurnian DNA dari ekstrsk sel dan presipitasi DNA. Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara, akan tetapi pada setiap jenis atau bagian tanaman dapat memberikan hasil yang berbeda, hal ini dikarenakan adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi tinggi yang dapat menghambat pemurnian DNA. Jika isolasi DNA dilakukan dengan sample buah, maka kadar air pada masing-masing buah berbeda, dapat memberi hasil yang berbeda-beda pula. Semakin tinggi kadar air, maka sel yang terlarut di dalam ekstrak akan semakin sedikit, sehingga DNA yang terpretisipasi juga akan sedikit (Anonim, 2012).

III. ALAT DAN BAHAN Adapun alat dan bahan yang digunakan pada percobaan ini yaitu sebagai berikut : a. Alat 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. Sendok dan garpu Erlenmeyer Gelas kimia Gelas ukur Corong Rak dan tabung reaksi Pisau Neraca digital Pipet tetes

10. Loyang 11. Kertas label 12. Kertas saring b. Bahan 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. Buah mangga Buah pisaang Buah pepaya Buah alpukat Buah nanas Sabun sunlight Aquades NaCl (garam dapur) Es batu

IV. PROSEDUR KERJA Adapun prosedur kerja yang dilakukan pada percobaan ini yaitu sebagai berikut : 1. Mengupas buah dan menggerus buah sampai ukuran 20 mL pada gelas kimia, kemudian melumatkannya dengan menggunakan garpu atau sendok. 2. 3. Menambahkan 8 gram garam dapur lalu melumatkannya berlahan-lahan. Menambahkan campuran sabun sunlight dan aquades dengan

perbandingan 1 : 1 sebanyak 20 mL dan 20 ml aquades. Lalu mengaduknya perlahan sampai homogen kemudian mendiamkannya selama 30 menit. 4. Menyaring ekstrak dan memasukkan filtratnya ke dalam tabung reaksi sekitar volume tabung reaksi. 5. Menambahkan etanol absolut dingin dengan cara mengalirkannya melalui dinding tabung reaksi secara perlahan. 6. Mengamati pemisahan massa bening dari ekstrak buah, massa bening adalah DNA buah. 7. 8. Mengambil gambar hasil yang diperoleh. Hasil positif terlihat adanya 3 lapisan yaitu lapisan di dasar tabung adalah ekstrak buah, lapisan tengah berisi etanol dan lapisan ketiga massa putih (DNA).

V. HASIL PENGAMATAN Adapun hasil pengamatan yang diperoleh pada percobaan ini yaitu sebagai berikut : No A Perlakuan a. Ekstrak buah mangga + 8 gram NaCl + dilumatkan b. Ekstrak buah pepaya + 8 gram NaCl + dilumatkan c. Ekstrak buah nenas + 8 gram NaCl + dilumatkan d. Ekstrak buah pisang + 8 gram NaCl + dilumatkan e. Ekstrak buah alpukat + 8 gram NaCl + dilumatkan a. Ekstrak buah mangga + 8 gram B NaCl + dilumatkan + larutan sabun Hijau kekuningan + diaduk b. Ekstrak buah pepaya + 8 gram NaCl + dilumatkan + larutan sabun + Merah kecoklatan diaduk c. Ekstrak buah nenas + 8 gram NaCl + dilumatkan + larutan sabun + Hijau diaduk d. Ekstrak buah pisang + 8 gram NaCl + dilumatkan + larutan sabun + Hijau keputihan diaduk e. Ekstrak buah alpukat + 8 gram NaCl + dilumatkan + larutan sabun Hijau pekat + diaduk Warna hijau Warna putih susu Warna kuning muda Warna jingga kemerahan Warna kuning tua Hasil Pengamatan

a. Ekstrak buah mangga + 8 gram

NaCl + dilumatkan + larutan sabun Hijau bening (filtrat) dan + diaduk + disaring b. Ekstrak buah pepaya + 8 gram NaCl + dilumatkan + larutan sabun + Hijau bening (filtrat) dan diaduk + disaring c. Ekstrak buah nenas + 8 gram NaCl + dilumatkan + larutan sabun + Hijau keruh filtrat dan diaduk + disaring d. Ekstrak buah pisang + 8 gram NaCl + dilumatkan + larutan sabun + Hijau keruh filtrat dan diaduk + disaring e. Ekstrak buah alpukat + 8 gram NaCl + dilumatkan + larutan sabun Hijau bening filtrat dan + diaduk + disaring residunya hijau pekat residunya hijau keputihan residunya hijau residunya merah kecoklatan residunya hijau kekuningan

a. Ekstrak buah mangga + 8 gram Terbentuk 3 lapisan yaitu di NaCl + dilumatkan + larutan sabun bawah ekstrak, ditengah + diaduk + disaring + etanol etanol absolute dan di atas absolute dingin DNA

b. Ekstrak buah pepaya + 8 gram NaCl Terbentuk 3 lapisan yaitu di + dilumatkan + larutan sabun + bawah ekstrak, ditengah diaduk + disaring + etanol absolute etanol absolute dan di atas dingin DNA

c. Ekstrak buah nenas + 8 gram NaCl Terbentuk 2 lapisan yaitu + dilumatkan + larutan sabun + etanol absolut di atas dan diaduk + disaring + etanol absolute ekstrak di bawah dingin d. Ekstrak buah pisang + 8 gram NaCl Terbentuk 3 lapisan yaitu di + dilumatkan + larutan sabun + bawah ekstrak, ditengah diaduk + disaring + etanol absolute etanol absolute dan di atas dingin DNA

e. Ekstrak buah alpukat + 8 gram Terbentuk 3 lapisan yaitu di

NaCl + dilumatkan + larutan sabun bawah ekstrak, ditengah + diaduk + disaring + etanol etanol absolute dan di atas absolute dingin DNA

VI. PEMBAHASAN DNA merupakan molekul yang amat panjang, terdiri dari ribuan deoksiribonukleotida (ada empat jenis), yang bergabung dalam suatu urutan yang bersifat khas bagi tiap organisme. Molekul ini biasanya berbentuk untaian ganda. Kromosom sel prokariotik merupakan satu molekul besar DNA yang berkaitan erat-erat menjadi suatu daerah inti atau nukleoid. Pada dasarnya Isolasi DNA merupakan langkah mempelajari DNA. Salah satu prinsisp isolasi DNA yaitu dengan sentrifugasi. Sentrifugasi merupakan teknik untuk memisahkan campuran berdasarkan berat molekul komponennya. Molekul yang mempunyai berat molekul besar akan berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan akan berada pada bagian atas tabung (Anonim, 2012). Adapun tujuan dari dilakukannya percobaan ini yaitu untuk mengisolasi DNA dari berbagai jenis buah-buahan. Adapun buah-buahan yang digunakan yaitu buah mangga, buah nanas, buah pepaya, buah alpukat, dan buah pisang. Pada perlakuan pertama yaitu mengupas kulit buah sampel tanaman yang akan diisolasi DNA-nya. Selanjutnya menggerus buah dengan menggunakan sendok sampai 20 mL volume gelas kimia. Setelah itu dilakukan pelumatan buah tersebut dengan menggunakan garpu atau sendok. Proses pelumatan ini bertujuan untuk memisahkan DNA dengan partikel lain yang tidak diinginkan. Proses ekstraksi ini harus dilakukan dengan sebaik mungkin dan secara hati-hati, agar tidak terjadi kerusakan pada DNA dari buah tersebut. Pada perlakuan selanjutnya, yaitu menambahkan 8 gram garam dapur (NaCl) pada masing-masing hasil pelumatan sampel buah yang ada. Penambahan garam ini bertujuan untuk memekatkan DNA. Ion Na+ yang terkandung dalam garam akan mampu membentuk ikatan dengan kutub negatif pada ikatan fosfat DNA. Saat ion Na+ dari garam tersebut berikatan dengan fosfat, pada saat itulah DNA akan berkumpul atau memekat. Setelah itu, melumatkan kembali buah dengan menggunakan garpu atau sendok.

Selanjutnya menambahkan campuran sabun sunlight dan aquades dengan perbandingan 1 : 1 sebanyak 20 mL. Penambahan ini bertujuan untuk merusak membran sel dan membran plasma, dimana perusakannya terjadi melalui ikatan yang dibentuk pada sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak, pada membran sel membentuk senyawa lipid-protein-deterjen kompleks. Senyawa tersebut dapat terbentuk karena pada protein dan lipid memiliki ujung hidrofobik dan hidrofilik demikian juga dengan deterjen sehingga dapat membentuk suatu ikatan kimia dan diperoleh DNA dari tanaman tersebut. Kemudian dilakukan penambahan aquades 20 mL untuk melarutkan semua zat yang ditambahkan seperti garam dan detergen, mengaduknya secara perlahan agar tidak merusak struktur DNA dan mendiamkan selama 30 menit untuk menghomogenkan semua zat-zat yang ada dalam larutan tersebut. Perlakuan selanjutnya yaitu melakukan penyaringan larutan buahbuahan dan memasukkan filtrat atau ekstraknya ke dalam tabung reaksi. Penyaringan ini bertujuan agar komponen-komponen sel lainnya yang tidak diinginkan selain sampel DNA, tidak mengkontaminasi sampel DNA buah yang akan diisolasi. Selain itu, penyaringan ini bertujuan untuk memisahkan antara residu dan filtratnya. Selanjutnya yaitu menambakan etanol absolut dingin. Penambahan ini berfungsi sebagai pengkoagulan DNA. Molekul etanol absolut yang tak bermuatan akan menarik molekul DNA yang bermuatan negative sehingga terjadi koagulasi atau penggumpalan. Sehingga DNA yang bersifat transparan dapat terlihat dengan jelas berupa benangbenang halus pada lapisan tengah campuran buah dan detergen yang kemudian akan naik ke atas permukaan tabung. Etanol yang digunakan harus dalam keadaan dingin, sebab jika etanol tersebut dalam keadaan panas, maka DNA yang terkandung dalam ekstrak buah akan mengalami denaturasi (kerusakaan) sehingga tidak dapat teramati (Anonim, 2012). Setelah penambahan etanol, beberapa saat kemudian terbentuk tiga lapisan pada ekstrak buah mangga, pepaya, pisang dan alpukat, dimana pada lapisan bawah yaitu ekstrak, pada lapisan tengah yaitu etanol absolute dan

pada lapisan atas yaitu DNA buah. Terbentuknya 3 lapisan ini diakibatkan perbedaan massa jenis dari ketiga senyawa tersebut. Akan tetapi pada buah ekstrak buah nenas tidak terbentuk DNA buah. Hal ini dikarenakan pada saat penggerusan dan pelumatan tidak dilakukan secara hati-hati sehingga merusak DNA dari buah nenas tersebut. Berdasarkan percobaan yang dilakukan, warna ekstrak dari masing buah-buahan berbeda-beda. Hal ini disebabkan karena perbedaan susunan DNA yang terdapat dalam tiap buah. Dimana struktur DNA memiliki ciri khas untuk setiap buah, meski hanya disusun dari sitosin (C), timin (T), adenine (A) dan guanin (G), tetapi perbedaan susunan kombinasinya di dalam sel makhluk hidup dapat menyebabkan ciri khusus untuk tiap buah. Selain itu, dari hasil yang diperoleh, banyaknya lapisan endapan asam nukleat yang diperoleh dari tiap-tiap sampel buah yang berbeda-beda. Hal ini disebabkan karena perbedaan sifat serta struktur dari ekstrak buah tersebut. DNA mengandung 2 basa pirimidin utama, sitosin (C) dan timin (T), dan dua basa urin utama adenine (A) dan guanin (G). RNA juga mengandung dua pirimidin utama sitosin (C) dan urasil (U), dan dua basa purin, adenine (A) dan guanine (G) (Anonim, 2011).

VII. KESIMPULAN Adapun kesimpulan dari percobaan ini yaitu DNA dapat diisolasikan dari sumber DNA berupa buah-buahan dengan cara mengekstrak sari buah dan selanjutnya melakukan penambahan larutan garam (NaCl) dan pelumatan, lalu menambahkan sabun sunlight dan air (1:1) dan etanol absolut dingin untuk membantu koagulasi dalam pembentukan benang-benang DNA pada setiap sampel buah.

DAFTAR PUSTAKA

Anonim. 2012. Isolasi Dna Referensi Terpercaya. http://www.macnature.com/2012/02/isolasi-dna-referensi-terpercaya.html. Diunduh Tangga 16 Desember 2012

Tim Pembina Mata Kuliah. 2012. Penuntun Praktikum Biokimia Dasar. Palu. UNTAD-Press.