MAPAS GNICOS

MSC. Csar Guzmn Vigo

Facultad de Medicina UDCH
cguzman@viabcp.com

Qu es un mapa gentico?

Un mapa gentico es un diagrama unidimensional en el que se sitan marcadores que muestran el orden y la distancia a la que se encuentran los diversos elementos del genoma.

Un mapa del cromosoma Y humano

MAPAS GENTICOS Mapas de ligamiento: basados en frecuencias de recombinacin (distancias arbitrarias no siempre coincidentes con fsicas)

Mapas fsicos: basados en localizaciones fsicas en los cromosomas (pares de bases)

SEGREGACIN INDEPENDIENTE DE DOS LOCI EN DIFERENTES CROMOSOMAS Cromosomas en la meiosis Productos meiticos A b

1/4
1 2 B B b b

A A a a

1/4 1/4 1/4

A
a

B
b

El 50% de los gametos presentan nuevas combinaciones genotpicas (A b) y (a B) diferentes de las parentales (AB) y (ab)

LOCI PRESENTES EN EL MISMO CROMOSOMA Cromosomas en la meiosis

Meiosis sin entrecruza miento entre los genes A A a a B B b b

Productos meiticos
A A a a B B b b

Entrecruzamiento (Crossover):El intercambio de cromtidas no hermanas entre cromosomas homlogos durante la meiosis por un proceso de rotura y reunin del DNA
Meiosis con entrecruza miento entre los genes A A a a B B b b

1 2
3 4

A A a a

B b B b

Recombinantes

MAPAS DE LIGAMIENTO
Basados en la frecuencia de recombinacin (). Los loci en el mismo cromosoma que presentan recombinacin menos del 50% de las veces se dice que estn ligados. (1 cM = 1% de recombinacin).

PROBLEMAS:
La relacin entre y distancia fsica es slo aproximada ya que los dobles recombinantes no producen recombinacin. En humanos las frecuencias de recombinacin se obtienen observando la transmisin de alelos en familias.

Relacin entre frecuencia de recombinacin y entrecruzamiento (o distancia real de mapa)

Las distancias de mapa no son completamente aditivas porque los dobles recombinantes entre dos marcadores A y C no se detectan en un cruce de dos puntos, subestimndose la distancia A y C

A A a a

B b B b

C C c c

La relacin entre la distancia real de mapa (nmero de entrecruzamientos) y la frecuencia de recombinacin entre dos marcadores o loci no es lineal. Cuanto ms lejos estn los marcadores peor es la estima La frecuencia de recombinacin (FR) entre dos marcadores no puede superar el 50% FR 0,5

Las distancias de mapa no son completamente aditivas

A B C

FR = x A

FR = y C

FR < x + y
25,4 La mejor estima distancia, suma (b-pr) + (pr-c) 19,5

5,9

pr

23,7

Distancia experimento dos puntos b-c

Relacin entre frecuencia de recombinacin y entrecruzamiento (o distancia real de mapa)

Las distancias de mapa no son completamente aditivas porque los dobles recombinantes entre dos marcadores A y C no se detectan en un cruce de dos puntos, subestimndose la distancia A y C
A B C A A a a b c a B b B b C C c c

La relacin entre la distancia real de mapa (nmero de entrecruzamientos) y la frecuencia de recombinacin entre dos marcadores o loci no es lineal. Cuanto ms lejos estn los marcadores peor es la estima La frecuencia de recombinacin (FR) entre dos marcadores no puede superar el 50% FR 0,5

Por qu la frecuencia de recombinacin (FR) entre dos marcadores no puede superar el 50%? Demostracin 1: Muchos entrecruzamientos entre a y b

Es igual de probable cualquier combinacin, ++, ab, a+, +b, es como si segregaran independientemente ambos loci. Luego, la FR mxima es 50%

EQUIVALENCIAS DE DISTANCIA DE LIGAMIENTO Y FSICA EN HUMANOS Contaje de quiasmas en humanos:

49 quiasmas/cl. ~ 2450 cM en varones

(estimas de ligamiento dan un total de distancia de ligamiento hasta 2644 cM varones y hasta 4481 cM en mujeres)

Para el genoma humano con 3000 Mb tenemos que 1 cM en varones equivale a 1.13 Mb 1 cM en mujeres equivale a 0.67 Mb

1 cM = 0.9 Mb ~ 1 Mb como media

Ms recombinacin en las zonas telomricas que en las centromricas

NECESIDAD DE LOS MARCADORES EN MAPAS HUMANOS En humanos raramente se encuentran familias con dos enfermedades hereditarias que segreguen.

Por esto se necesitan puntos del genoma independientes denominados marcadores que se transmitan mendelianamente.
1910-60 Grupos sanguneos 20 loci

1960-75
19701975-

Protenas sricas
Alelos HLA RFLPs de DNA

30 loci
1 haplotipo 105 loci

19851989-

Minisatlites (VNTRs)
Microsatlites (STRs)

104 loci
104 loci

ANLISIS DE LIGAMIENTO EN HUMANOS: MEIOSIS INFORMATIVAS Y NO INFORMATIVAS

No informativa A1A1
A1 A2

No informativa A2A2
A1 A2

A1A2

A1A2

A1A2 Informativa A1A2

A1 A2

A1A2 Informativa A1A2

A1 A2 A3 A4

A1A2

A3A4

A1A1

A1A4

Asumimos que el padre tiene una enfermedad dominante que ha heredado juntamente con el alelo A1

MAPADO EN HUMANOS: VALORES LOD En un estudio estadstico de ligamiento con un nmero limitado de individuos se require descartar que los resultados se hayan dado por azar Probabilidad del resultado observado si = x Probabilidad del resultado observado si = 1/2

Zx =

LOD = x = log10 Zx

LOD = 3 se toma como evidencia de ligamiento (1000 contra 1, 5% error) LOD = -2 se toma como evidencia de ausencia de ligamiento

MAPEADO FSICO El anlisis de ligamiento determina posiciones relativas, pero no localizaciones cromosmicas precisas. El mapa fsico da distancia fsica real, basada en pb, posicin citolgica en los cromosomas, o fragmentos de cromosomas. Mapado fsico de baja resolucin:

hibridacin in situ cromosmica hbridos de clulas somticas

Mapado fsico de alta resolucin: Marcadores moleculares: RFLPs, VNTRs, STRs, RAPDs STSs, ESTs Ensamblaje de clones contiguos

HIBRIDACIN IN SITU EN CROMOSOMAS

Sonda telomrica en humanos (Fluorescena sobre Ioduro de propidio)

Sonda centromrica en ratn (Autoradiografa, marcaje con H3)

Sonda centromrica del cr. 5 humano

Pintado cromosmico con diferentes sondas marcadas.

ASIGNACIN A UN CROMOSOMA:HBRIDOS HUMANO-RATN

Gen 1 en Cr. 2 Gen 2 en Cr. 1 Gen 3 en Cr. 2 Gen 4 en ninguno de los 3 Crs. Cr. 3 ninguno de los 4 genes

MARCADORES MOLECULARES Y ANLISIS DE LIGAMIENTO: RFLPs (Random Fragment Length Polymorphisms)

VNTRs o MINISATLITES (Variable Number of Tandem Repeats)

STRs: REPETICIONES EN TANDEM CORTAS o MICROSATLITES (Short Tandem Repeats)