KINETIKA ENZIM

Mengapa kinetika enzim dipelajari : 1. Kinetika, bersama dengan teknik yang lainnya memberikan informasi yang berharga terhadap mekanisme kerja dari enzim 2. Dapat memberikan pengertian tentang peranan enzim dibawah kondisi yang terdapat di dalam sel dan tanggapan (respon) enzim terhadap perubahan dari konsentrasi metabolit. 3. Dapat membantu untuk memperlihatkan bagaimana aktifitas dapat dikendalikan, dimana mungkin memberikan hal-hal yang berharga terhadap mekanisme pengaturan dibawah kondisi fisiologis. Mempelajari kinetik enzim juga merupakan dasar untuk mengidentifikasi kekuatan pengobatan dari obat tertentu yg secara selektif menghambat kecepatan proses yang dikatalisis oleh enzim. Bersama dengan mutagenesis yang disengaja dan teknik lain yang mengganggu struktur protein, analisis kinetik juga mengungkapkan secara mendalam mekanisme katalitik. Aktivitas seperangkat enzim yg seimbang dan lengkap merupakan dasar penting untuk mempertahankan homeostasis. Pemahaman tentang kinetik enzim penting untuk memahami bagaimana stress fisiologis seperti anoksia, asidosis atau alkalosis metabolik, toksin dan senyawa farmakologik mempengaruhi keseimbangan tersebut. A. Reaksi Kimia Dijelaskan dengan Persamaan Kesetimbangan Persamaan kesetimbangan di bawah menjelaskan reaksi satu molekul dari masingmasing substrat A dan B untuk membentuk satu molekul dari masing-masing produk P dan Q. i. A+BP+Q Tanda panah ganda menunjukkan reversible (terbalikan). Jika A dan B dapat membentuk P dan Q, maka P dan Q juga dapat membentuk A dan B. Dengan demikian penentuan suatu reaktan sebagai substrat atau produk sedikit banyak bersifat arbitrer karena produk suatu reaksi yang dituliskan dalam satu arah adalah substrat bagi reaksi yang berlawanan. Namun, istilah produk sering digunakan

untuk

menandai

reaktan

yang

pembentukannya

menguntungkan

secara

termodinamis. ii. A+BP+Q Tanda panah satu arah menunjukkan irreversible (tidak terbalikan). Digunakan untuk menjelaskan reaksi di dalam sel hidup tempat produk reaksi (ii) segera dikonsumsi oleh reaksi selanjutnya yang dikatalisis oleh enzim. Oleh karena itu, pengeluaran segera produk P atau Q secara efektif meniadakan kemungkinan terjadinya reaksi kebalikan sehingga persamaan (ii) secara fungsional menjadi irreversibel pada kondisi fisiologis. Contohnya adalah ketika kita bernapas. B. Perubahan Energi Bebas Menentukan Arah dan Keadaan Seimbang dari Reaksi Kimia Go = - RT ln Keq

Keterangan: Go : perubahan energi bebas Gibbs R : konstanta gas (1,98 kal/mol/K atau 8,31 J/mol/K) T : suhu mutlak dalam derajat Kelvin Keq : konstanta equivalen Keq setara dengan hasil kali konsentrasi produl-produk reaksi, masing-masing dipangkatkan sesuai stoikiometrinya, dibagi hasil kali substrat yang masing-masing dipangkatkan sesuai stoikiometrinya.
Jika Go adalah suatu angka negatif, Keq akan lebih besar dari satu Jika
o

dan

konsentrasi

produk

pada

keseimbangan dri satu dan

akan akan

melebihi konsentrasi substrat. Go positif, Keq akan kurang

Karena G menguntungkan adalah fungsi keadaaan awal dansubstrat. akhir zat-zat yang bereaksi, besaran ini pembentukan hanya dapat memberikan informasi mengenai arah dan keadaan kesimbangan. Go tidak bergantung pada mekanisme reaksi dan tidak memberikan informasi mengenai laju (kecepatan) reaksi. Oleh karena itu meskipun suatu reaksi mungkin memiliki Go atau Go yang negatif besar, namun reaksi tersebut tetap berlangsung meskipun dengan kecepatan yang sangat rendah.

C. Beberapa Faktor Mempengaruhi Kecepatan Reaksi a. Teori kinetik teori tabrakan/tumbukan (collision theory) Dua molekul harus bertabrakan membentuk ikatan (bond-forming distance). Harus memiliki tenaga barrier oleh karena itu peningkatan frekuensi atau energi utk bertabrakan akan mempercepat reaksi. b. Meningkatnya suhu meningkatkan energi kinetik Peningkatan energi kinetik molekul juga meningkatkan gerakan molekul sehingga frekuensi tumbukan juga meningkat. Kombinasi tumbukan yang lebih sering dan lebih berenergi serta produktif akan meningkatkan laju reaksi. c. Kadar reaktan d. Keq adalah rasio dari konstanta kecepatan A+BP P adalah produk atau hasil reaksi. nA + mB P n dan m adalah jumlah molekul yang bereaksi di reaksi tersebut. Jika reaksi itu seimbang dan v adalah suatu kecepatan reaksi, maka v1 menunjukkan arah kecepatan reaksi ke kiri atau ke kanan v1 = v-1 v1 = k1 [A]n[B]m = k-1 [P] k1/ k-1 = [P] / [A]n[B]m = Keq Rasio k1 terhadap k-1 disebut konstanta keseimbangan, Keq. D. Sifat-Sifat Penting dari Suatu Sistem dalam Keadaan Seimbang Yang dimaksud sistem di sini adalah suatu campuran reaksi. Keq adalah rasio konstanta kecepatan reaksi. 1. Pada keadaan seimbang kecepatan reaksi kekiri dan kekanan sama. 2. Keseimbangan adalah keadaan dinamik 3. Keq dapat dihitung dari kadar S dan P pada keadaan seimbang atau dari k1/k2 S adalah singkatan dari substrat pada senyawa yang bereaksi dan P adalah produk E. Sifat-Sifat Enzim Enzim merupakan biokatalisator yang mempercepat jalannya reaksi tampa ikut bereaksi
=

v-1. Hal ini

Thermolabil. Mudah rusak bila dipanaskan lebih dari 60C Merupakan senyawa protein, sehingga sifat protein masih melekat pada enzim Dibutuhkan dalam jumlah sedikit, sebagai biokatalisator, rekasinya menjadi sangat cepat dan berulang ulang Bekerja didalam sel (endoenzim) dan diluar sel (ektoenzim) Umumnya enzim bekerja mengkatalis reaksi satu arah, meskipun ada yang mengkatalis reaksi dua arah Bekerjanya spesifik, karena sisi aktif enzim setangkup dengan permukaan subtrat tertentu

Umumnya enzim tidak dapat bekerja tampa adanya suatu zat non protein tambahan yang disebut kofaktor.

F. Kinetik dari Katalisis Enzim Enzim menurunkan barrier energi reaktivasi Enzim tidak mempengaruhi Keq

Dalam mengkatalis suatu reaksi, diasumsikan enzim berikatan lebih dulu dengan susbtrat. Akibat ikatan ini terbentuklah apa yang dinamai: KOMPLEKS ENZIM-SUBSTRAT. Reaksi ini dapat terdiri dari beberapa fase: Pembentukan kompleks substrat (ES), dimana E=enzim, S=substrat Modifikasi dari substrat membentuk produk(P), yang masih terikat enzim (EP) Pelepasan produk dari molekul enzim

G. Faktor-Faktor yang Mempengaruhi Kecepatan Reaksi yang Dikatalisis Enzim 1. Suhu Enzim bekerja optimal pada suhu 30C atau pada suhu tubuh dan akan rusak pada suhu tinggi. Biasanya enzim bersifat nonaktif pada suhu rendah (0C atau di bawahnya), tetapi tidak rusak. Jika suhunya kembali normal enzim mampu bekerja kembali. Sementara pada suhu tinggi, enzim rusak dan tidak dapat berfungsi kembali.

2. pH Enzim bekerja optimal pada pH tertentu, umumnya pada pH netral. Enzim intrasel bekerja optimum antara pH 5-9. Hilangnya atau tambahnya muatan akan merugikan atau membuat enzim tidak aktif. Pada kondisi asam atau basa, kerja enzim terhambat. Agar enzim dapat bekerja secara maksimal, pada penelitian/percobaan yang menggunakan enzim, kondisi pH larutan dijaga agar tidak berubah, yaitu dengan menggunakan larutan penyangga (buffer) (Gambar 8-2. Efek pH pada aktivitas enzim. Sebagai contoh, suatu enzim bermuatan negatif (EH-) berikatan dengan substrat bermuatan positif (SH+). Dalam gambar, proporsi (%) SH+ [\\\] dan EH- [///] diperlihatkan sebagai fungsi pH. Hanya di daerah berarsir silang baik enzim maupun substrat memiliki muatan yang sesuai.)

3. Hasil akhir Kerja enzim dipengaruhi hasil akhir. Hasil akhir yang menumpuk menyebabkan enzim sulit bertemu dengan substrat. Semakin menumpuk hasil akhir, semakin lambat kerja enzim.

4. Konsentrasi enzim dan substrat a. Pengaruh konsentrasi enzim : Kecepatan proses pembentukan atau penguraian molekul subtrat mengikuti konsentrasi enzim Semakin tinggi konsentrasi dari enzim kecepatan reaksi makin cepat pula. Dengan ketentuan lain , yaitu konsentrasi enzim berlebihan maka kecepatan reaksinya akan lurus / tidak terjadi kenaikan atau penurunan kecapatan reaksi karena substrat telah terikat semua pada masing-masing enzim serta ada enzim yang tidak mengikat substrat. b. Pengaruh konsentrasi substrat : Hasil eksperimen : [enzim] tetap pertambahan [substrat] menaikkan kecepatan reaksi Akan tetapi, pada batas konsentrasi tertentu tidak terjadi kenaikan kecepatan reaksi walaupun [substrat] diperbesar. Karena semua bagian aktif enzim telah dipenuhi oleh substrat.

Pengaruh konsentrasi substrat terhadap kecepatan reaksi enzim 5. Zat penghambat (Inhibitor) Zat yang dapat menghambat kerja enzim disebut zat penghambat atau inhibitor. Zat tersebut memiliki struktur seperti enzim yang dapat masuk ke substrat,

atau ada yang memiliki struktur seperti substrat sehingga enzim salah masuk ke penghambat tersebut. Hal ini dapat dijelaskan sebagai berikut: semisal enzim itu anak kunci, terdapat zat penghambat (inhibitor) yang: strukturnya mirip anak kunci (enzim), sehingga zat penghambat itu dapat masuk ke dalam gembok kunci (substrat). bentuknya mirip gembok kunci (substrat), sehingga enzim sebagai anak kunci keliru masuk ke anak kunci palsu. Inhibitor Merupakan zat yang dapat menghambat kerja enzim. Bersifat reversible dan irreversible. Inhibitor reversible dibedakan menjadi inhibitor kompetitif dan nonkompetitif (Gambar 3.4B) a. Inhibitor kompetitif Menghambat kerja enzim dengan menempati sisi aktif enzim. Inhibitor ini bersaing dengan substrat untuk berikatan dengan sisi aktif enzim. Penghambatan bersifat reversibel (dapat kembali seperti semula) dan dapat dihilangkan dengan menambah konsentrasi substrat. Inhibitor kompetitif dapat diatasi dengan meningkatkan konsentrasi substrat. Struktur inhibitor kompetitif klasik cenderung mirip dengan struktur substrat. Inhibitor kompetitif bekerja dengan menurunkan jumlah molekul enzim bebas yang tersedia untuk mengikat substrat, yi, untuk membentuk ES dan akhirnya menghasilkan produk. Contoh Inhibitor kompetitif yaitu malonat dan oksalosuksinat, yang bersaing dengan substrat untuk berikatan dengan enzim suksinat dehidrogenase, yaitu enzim yang bekerja pada substrat oseli suksinat.

(Gambar 8-9. Plot LineweaverBurk untuk inhibisi kompetitif. Perhatikan hilangnya inhibisi secara total pada [S]

b. Inhibitor nonkompetitif Inhibitor ini biasanya berupa senyawa kimia yang tidak mirip dengan substrat dan berikatan pada sisi selain sisi aktif enzim. Ikatan ini menyebabkan perubahan bentuk enzim sehingga sisi aktif enzim tidak sesuai lagi dengan substratnya. Contohnya antibiotik penisilin menghambat kerja enzim penyusun dinding sel bakteri. Inhibitor ini bersifat reversible tetapi tidak dapat dihilangkan dengan menambahkan konsentrasi substrat. Pengikatan inhibitor tidak mempengaruhi pengikatan substrat. Inhibitor

nonkompetetif sederhana menurunkan Vmax, tetapi tidak mempengaruhi Km. Inhibitor nonkompetitif yang lebih kompleks terjadi jika pengikatan inhibitor memang mempengaruhi afinitas (yang tampak) enzim terhadap substrat.

(Gambar 810. Plot LineweaverBurk untuk inhibisi nonkompetitif sederhana.)

(A).Kerja enzim seperti gembok-anak kunci (B).Inhibitor kompetitif dan non kompetitif (Campbell, 2006)

c. Inhibitor irreversibel Inhibitor ini berikatan dengan sisi aktif enzim secara kuat sehingga tidak dapat terlepas. Enzim menjadi tidak aktif dan tidak dapat kembali seperti semula (irreversible). Contohnya, diisopropilfluorofosfat yang menghambat kerja asetilkolin-esterase.

d. Inhibitor campuran Inhibitor jenis ini mirip dengan inhibitor non-kompetitif, kecuali kompleks EIS memiliki aktivitas enzimatik residual.

Penelitian reaksi yang dikatalisis oleh enzim dilakukan pada kecepatan inisial karena pada kecepatan inisial, kecepatan reaksi sesuai dengan konsentrasi enzim. H. Konsentrasi Substrat Mempengaruhi Laju Reaksi Pada pembahasan berikut, reaksi enzim dianggap seolah-olah hanya memiiki satu substrat dan satu produk. Sementara kebanyakan enzim memiliki lebih dari satu substrat, prinsip-prinsip yang dibahas di bawah juga berlaku bagi enzim dengan banyak substrat. Untuk suatu enzim tipikal, peningkatan konsentrasi substrat akan meningkatkan v 1 hingga tercapai nilai maksimal Vmax (Gambar 8-3). Jika peningkatan lebih lanjut konsentrasi substrat tidak meningkatkan v1, enzim dikatakan jenuh oleh substrat. Perhatikan bahwa bentuk kurva yang menghubungkan aktivitas dengan konsentrasi substrat (Gambar 8-3) tampak hiperbolik. Pada setiap saat, hanya molekul substrat yang berkaitan dengan enzim dalam bentuk kompleks ES yang dapat diubah menjadi produk. Kedua, konstanta kesetimbangan untuk pembentukan kompleks enzim-substrat tidaklah besar tanpa batas.

(Gambar 8-3. Efek konsentrasi substrat pada kecepatan awal suatu reaksi yang dikatalisis
Jika terdapat kelebihan substrat (titik A dan B di Gambar 8-4), hanya sebagian enzim yang oleh enzim.) mungkin berada dalam bentuk kompleks ES. Dengan demikian di titik A atau B, peningkatan atau penurunan [S] akan meningkatkan atau menurunkan jumlah kompleks ES disertai perubahan yang sesuai di v1. Di titik C (Gambar 8-4), pada hakikatnya semua enzim terdapat dalam bentuk kompleks ES. Karena tidak ada enzim bebas yang tersedia untuk membentuk ES, peningkatan lebih lanjut [S] tidak dapat meningkatkan laju reaksi. Dalam kondisi ini, v 1 semata-mata bergantung padadan karenanya dibatasi olehkecepatan disosiasi (penguraian) produk enzim tersebut sehingga enzim ini dapat mengikat lebih banyak substrat.

Gambar

8-4.

Representasi

suatu enzim pada konsentrasi substrat yang rendah (A), tinggi (C), dan setara dengan Km (B). Titik A, B, dan C berkorespondensi dengan

titik-titik di Gambar 8-3.)

Kinetika Michaelis Menten

1913: enzim E pertama-tama bergabung dengan substratnya S dalam reaksi dapat balik, membentuk kompleks enzim-substrat

kompleks ES terurai menjadi enzim bebas E dan produk reaksi E

Asumsi Michaelis-Menten yang menyatakan bahwa laju pembentukkan produk sangat lambat dibandingkan reaksi pembentukkan kompleks ES dan redisosiasinya, tidaklah selalu benar karena sebagian besar kompleks ES selalu berlanjut membentuk produk sehingga nilai kcat > k-1. Parameter penting: Konsentrasi substrat [S] Kecepatan awal (v0) Vmax KM

Penurunan Rumus Michaelis-Menten

Persamaan Michaelis-Menten dan Hill (Model Pengaruh Kadar Substrat)

Keterangan : V0 Vmax : kecepatan awal pada konsentrasi substrat {S} : kecepatan maksimum kecepatan yang berangsur angsur dicapai pada

konsentrasi substrat tinggi Km : tetapan Michaelis-Menten enzim bagi substrat tertentu konsentrasi substrat

tertentu pada saat enzim mencapai setengah kecepatan maksimumnya

Tergantung pada kecepatan reaksi inisial kadar S dan Km dapat digambarkan dengan mengevaluasi persamaan tersebut dibawah 3 keadaan: 1. Bagaimana kalau kadar S kadar Km v sesuai kadar S untuk menentukan aktivasi enzim digunakan substrat yang di bawah Km 2. Bagaimana kalau kadar S > kadar Km v=V harus pada kondisi optimal 3. Bagaimana kalau kadar S = Km v=V

(Gambar 8-5. Plot timbalbalik ganda atau plot LineweaverBurk 1/v, versus 1/[S] yang digunakan untuk mengevaluasi

Kinetika Michaelis Menten

Briggs-Haldane (1925) : semakin banyak ES yang terbentuk semakin cepat ia akan terdisosiasi membentuk produk [ES] akan tetap konstan (steady state). Keadaan ini akan

Km dan Vmax.) terus berlangsung hingga seluruh substrat habis bereaksi.

Persamaan Briggs-Haldane

Pengaruh konsentrasi substrat terhadap kecepatan awal reaksi enzimatik

Turnover Number (Kcat) Kcat = turnover number dari suatu enzim ( jumlah molekul substrat yang dikonversi menjadi produk dalam suatu satuan waktu oleh satu molekul enzim saat jenuh dengan substrat) kcat = Vmax/[E]o, jika disubstitusikan pada rumus menjadi :

Pada kondisi di atas rasio kcat /KM seperti tetapan laju orde pertama untuk interaksi antara E dan S.

Rasio kcat /KM juga menyatakan efisiensi katalitik. Nilai yang besar dari kcat (rapid turnover) atau nilai kecil dari KM (high affinity for substrate) akan membuat nilai kcat/KM menjadi besar.

Rasio kcat /KM untuk substrat yang berbeda digunakan sebagai ukuran spesifisitas dari enzim.

DAFTAR PUSTAKA

Lehninger. 1982. Dasar-Dasar Biokimia. Jilid 1. Jakarta : Erlangga Montgomery, dkk. Biokimia- Suatu Pendekatan Berorientasi Kasus. Jilid 1. Edisi Keempat. Yogyakarta : UGM-Press Plummer, David T. 1980. Practical Biochemistry. Third Edition. Podjiadi, A. 2006. Dasar-Dasar Biokimia. Jakarta :UI-Press Shuler ML, Kargi F. 1992. Bioprocess Engineering. USA: Prentice Hall Inc. Simanjuntak, M.T. 2006. Diktat Kuliah Biokimia Pengantar Kinetika Enzim. Medan: Departemen Farmasi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Unversitas Sumatra Utara. Siregar, A. 2010. Enzim. Tersedia di : http://www.chem-is-try.org/materi_kimia/biologipertanian/metabolisme-sel/enzim-dan-peranannya/ [diakses tanggal 25 September 2013] Suhara. 2002. Pengantar Tentang Enzim. Tersedia di:

http://file.upi.edu/Direktori/FPMIPA/JUR._PEND._BIOLOGI/196512271991031SUHARA/9._BAB-9__Enzim__ppt_UPI.pdf [diakses tanggal 26 september 2013].