ASAM NUKLEAT

I. Sejarah asam nukleat

Pengertian yang mendalam yang akhirnya menemukan asam nukleat dilakukan oleh
Friedrich Miescher (1844-1895). Beliau dapat dikatakan sebagai orang pertama yang
membangun pengetahuan mengenai kimia dari inti sel. Selanjutnya pada tahun 1868, di
laboratorium Hoppe-Syler di Tubingen, beliau dapat mengisolasi asam nukleat yang didapat
dari buangan suatu operasi dan menunjukkan adanya senyawa fospor yang kemudian
dinamakan nuclein yang sekarang dikenal dengan neme nucleoprotein. Selanjutnya
ditunjukkan bahwa asam nukleat merupakan salah satu senyawa pembentuk sel atau jaringan
normal. Penelitian ini diteruskan oleh Altman, yang pada tahun 1889 menjelaskan metode
untuk mengisolasi asam nukleat bebas protein dari jaringan binatang dan ragi.
Hidrolisis asam nukleat pada jaringan timus, menghasilkan basa-basa purin (adenine
dan guanin), basa-basa pirimidin (timin dan sitosin), deoksipentosa dan asam fosfat. Asam
nukleat dari ragi sedikit berbeda, mengandung urasil sebagai pengganti timin dan pentose
sebagai pengganti deoksi pentose. Hal ini membuat dugaan mungkin asam nukleat
deoksipentosa karakteristik untuk binatang sedangkan asam nukleat pentose karakteristik
untuk tumbuhan. Walaupun dugaan ini tidak berlangsung lama karena terbukti salah,
ternyata bahwa asam ribonukleat dan asam deoksiribonukleat merupakan senyawa yang baik
dalam binatang maupun tumbuhan. Bukti-bukti ini didapat dari pengamatan Casperrson dari
analisis spektofotometri, analisis histokimia dari Brachet dan analisis kimia Davidson.
Elusidasi detail dari struktur nukleosida dan nukleotida telah banyak disumbangkan oleh
Todd dan teman-temannya, yang pertama kali menemukan ikatan glukosida antara residu
gula dan basa-basa pirimidin atau purin serta ikatan fosfodieter. Dari hasil studi-studi ini
bersama dengan hasil studi dari Cohn akhirnya diperoleh informasi bahwa ikatan antar
nukleotida terjadi pada atom karbon gula nomor 3 dan 5. Dari hasil-hasil ini akhirnya telah
dibuat konsep-konsep struktur primer dari kedua jenis asam nukleat seperti yang kita kenal
sekarang.
Penemuan-penemuan ini telah membangun konsep-konsep biologi asam nukleat pada
fondasi yang baru.
Dalam awal tahun 1950 Chargaff mengingatkan adanya beberapa aturan dalam
komposisi DNA, terutama dalam jumlah purin dan pirimidin. Jumlah dari basa-basa amino
(adenine dan sitosin) sama dengan jumlah dari basa-basa keto (guanidine dan timin) : jumlah
dari basa adenine sama dengan timin dan basa guanidine sama dengan basa sitosin.
Pengamatan ini merupakan kunci penting dalam interpretasi analisis kristalografi sinar X
yang dilakukan oleh Astbury, Pauling dan Corey, serta Franklin dan Goshig. Kombinasi dari
kedua set data di atas diintepretasikan secara brilian oleh Watson dan Crick dalam bentuk
struktur double helik.

II. Asam Nukleat
Asam nukleat adalah makromolekul biokimia yang berkompleks, berbobot molekul
tinggi dan tersususn atas rantai nukluetida yang mengandung informasi genetik.
Makrobiomolekul ini mempunyai susunan yang sangat unik, yaitu berupa polimer yang
tersusun atas monomer yang disebut nukleotida. Tiap nukleotida terdiri atas nukleosida dan
asam fosfat. Nukleosida terdiri atas gula pentose (ribose atau deoksiribosa) dan basa nitrogen
heterosiklik, yaitu turunan Purina (adenine dan guanine) dan turunan pirimidina (sitosin,
urasil, dan timin) . (Sumardjo,2006)
Gambar 1. Struktur Asam Nukleat













Gambar 2. Komponen Asam Nukleat








Ikatan gula ribosa dengan basa nitrogen (pada atom karbon nomor 1)
Ikatan gula ribosa dengan gugus fosfat (pada atom karbon nomor 5).
Gugus hidroksil pada atom karbon nomor 2
Di antara ketiga komponen monomer asam nukleat tersebut di atas, hanya basa N-lah
yang memungkinkan terjadinya variasi. Pada kenyataannya memang urutan (sekuens) basa
N pada suatu molekul asam nukleat merupakan penentu bagi spesifisitasnya. Dengan
perkataan lain, identifikasi asam nukleat dilakukan berdasarkan atas urutan basa N-nya
sehingga secara skema kita bias menggambarkan suatu molekul asam nukleat hanya dengan
menuliskan urutan basanya saja.

III. Nukleosida , Nukleotida , dan Ikatan Fosfdiester
Nukleotida adalah nukleosida yang mengikat asam fosfat/nukleosida yang mengikat asam
fosfat/nukleosida yang terfosforilasi. Nukleosida terdiri atas basa hetero siklik purin (A,G)
dan pirimidin (C, T, U) serta pentose (Wirahadikusumah, 1981). Secara umum, nukleotida
terdiri dari pentosa (ribosa/deoksiribosa) yang mengikat asam fosfat.
Fungsi Nukleotida
a. Berperan dalam reaksi pemindahan fosfat ATP / Nukleosida trifosfat lain.
b. Berperan pada reaksi-reaksi sintesis protein, KH, lipid, asam nukleat, lintasan transduksi
sinyal intralipid, asam nukleat, sinyal intra dan antar sel.
c. Membentuk koenzim misal FAD, NAD+, NADP, koenzim A & S-adenosilmetioni.
d. Menyelenggarakan fungsi regulasi ADP mengatur kecepatan reaksi fosforilasi oksidatif
mitokondria, cAMP & cGMP berfungsi sebagai Messenger kedua.
e. Sebagai prekusor unit monomer asam nukleat DNA & RNA


Gambar 3. Nukleotida dan Nukleosida

Pada asam nukleat terdapat pula ikatan kovalen melalui gugus fosfat yang
menghubungkan antara gugus hidroksil (OH) pada posisi 5 gula pentosa dan gugus hidroksil
pada posisi 3 gula pentosa nukleotida berikutnya. Ikatan ini dinamakan ikatan fosfodiester
karena secara kimia gugus fosfat berada dalam bentuk diester. Oleh karena ikatan fosfodiester
menghubungkan gula pada suatu nukleotida dengan gula pada nukleotida berikutnya, maka
ikatan ini sekaligus menghubungkan kedua nukleotida yang berurutan tersebut. Dengan
demikian,akan terbentuk suatu rantai polinukleotida yang masing-masing nukleotidanya satu
sama lain dihubungkan oleh ikatan fosfodiester.
Gambar 5. Ikatan fosfodiester





Ikatan fosfodiester
IV. Macam-macam Asam Nukleat
Ada dua macam asam nukleat yaitu Asam deoksiribonukleat atau deoksiribonucleic
acid (DNA) asam ribonukleat atau ribonucleic acid (RNA) dilihat dari strukturnya
perbedaan kedua asam nukleat ini terutama terletak pada komponen gula pentosanya. Pada
RNA gula pentosanya adalah ribosa, sedangkan pada DNA gula pentosanya mengalami
kehilangan satu atom O pada posisi C nomor 2, sehingga dinamakan gula 2 deoksiribosa
(Poedjiadi dan Anna, 2005).
Di bawah ini akan dijelaskan lebih rinci perbedaan antara DNA dan RNA.
Tabel perbedaan DNA dan RNA
DNA (Deoxyribo Nukleat Acid) RNA (Ribo Nukleat Acid)
- Letak Dalam inti sel, mitokondria,
kloroplas, senriol.
Dalam inti sel, sitoplasma dan
ribosom.
- Bentuk Polinukleotida ganda yang terpilin
panjang
Polinukleotida tunggal dan
pendekl
- Gula Deoxyribosa Ribosa
- Basanya Golongan purin : adenine dan
guanine
Golongan pirimidin : cytosine
dan timin
Golongan purin : adenine dan
guanine
Golongan pirimidin : cytosine
dan urasil
- Fungsi - mengontrol sifat yang menurun
- sintesis protein
- sintesis RNA
- sintesis protein
- Kadarnya Tidak dipengaruhi sintesis protein.
Letak basa nitrogen dari kedua pita
ADN saling berhadapan dengan
pasangan yang tetap yaitu Adenin
selalu berpasangan dengan Timin,
Cytosin dengan Guanin. Kedua pita
itu diikatkan oleh ikatan hidrogen.
Dipengaruhi sintesis protein.
Macam ARN :
ARN duta
ARN ribosom
ARN transfer
(Sudjadi dan Siti, 2007)
A. DNA
Asam deoksiribonukleat, lebih dikenal dengan DNA (bahasa Inggris:
deoxyribonucleic acid), adalah sejenis asam nukleat yang tergolong biomolekul utama
penyusun berat kering setiap organisme. Rantai DNA berbentuk double helix. Di dalam
sel, DNA umumnya terletak di dalam inti sel. Rantai DNA memiliki lebar 22-24 ,
sementara panjang satu unit nukleotida 3,3 . Walaupun unit monomer ini sangatlah
kecil, DNA dapat memiliki jutaan nukleotida yang terangkai seperti rantai. Misalnya,
kromosom terbesar pada manusia terdiri atas 220 juta nukleotida. Rangka utama untai
DNA terdiri dari gugus fosfat dan gula yang berselang-seling. Gula pada DNA adalah
gula pentosa (berkarbon lima), yaitu 2-deoksiribosa. Dua gugus gula terhubung dengan
fosfat melalui ikatan fosfodiester antara atom karbon ketiga pada cincin satu gula dan
atom karbon kelima pada gula lainnya. Salah satu perbedaan utama DNA dan RNA
adalah gula penyusunnya; gula RNA adalah ribosa.








Gambar 6. Struktur DNA (Sumber: evolution.berkeley.edu)

Nukleutida pada molekul DNA mengandung tiga komponen penting, yaitu :
- Gula pentosa yang disebut deoxyribose (gula ribosa yang kehilangan atom oksigen
pada atom C nomor 2).
- Gugus fosfat, menyusun struktur nukleutida (nukleusida monofosfat).
- Basa nitrogen berupa basa purin (adenine dan guanin) dan basa pirimidin (timin dan
sitosin). Basa adenine dari untai yang satu akan berpasangan dengan basa timin dari
untai yang lainnya. Sedangkan basa guanine dari untai yang satu akan berpasangan
dengan basa sitosin dari untai lainnya.

Adenina (A)
Adenina adalah salah satu dari dua basa N purina yang digunakan
dalam membentuk nukleotida dari asam nukleat DNA dan RNA. Pada
DNA, adenina (A) berikatan dengan timina (T) melalui dua ikatan
hidrogen untuk membantu menstabilkan struktur asam nukleat. Pada
RNA berberkas ganda (dsRNA), adenin berikatan dengan urasil (U).
Bersama dengan gula ribosa adenin membentuk nukleosida yang
disebut adenosina, sementara bersama dengan deoksiribosa adenin
membentuk deoksiadenosina. Adenosina dapat berikatan dengan gugus
fosfat anorganik (PO43-). Jika mengikat satu gugus fosfat dinamakan
adenosina monofosfat (AMP), dua gugus fosfat dinamakan adenosina
difosfat (ADP), dan tiga gugus fosfat dinamakan adenosina trifosfat
(ATP). ATP merupakan salah satu senyawa penting dalam metabolisme
semua organisme hidup sebagai pembawa energi kimia untuk berbagai
reaksi biokimiawi. Pada teknik PCR, deoksiadenosina trifosfat (dATP)
merupakan satu dari empat nukleotida bebas yang perlu disediakan
sebelum proses dimulai.








Gambar 7. Adenina
Guanina (G)
Guanina merupakan satu dari dua basa N purina yang menyusun
DNA dan RNA. Dalam DNA pilin ganda, guanina berikatan dengan
sitosina melalui tiga ikatan hidrogen. Guanina membentuk nukleosida
bersama dengan gula ribosa yang dinamakan guanosina. Bentuk
deoksiguanosina yang berikatan dengan tiga gugus fosfat anorganik
(dGTP) merupakan salah satu bahan baku dalam teknik PCR.
Secara kimiawi, guanina dapat berada pada dua bentuk tautomer
yang dinamakan tautomerisme keto-enol.
Nama guanina diambil dari guano karena pertama kali diisolasi dari
guano (pupuk kotoran burung).








Gambar 8. Guanina
Sitosina (C)
Sitosina merupakan satu dari dua basa N pirimidina yang dimiliki
DNA dan RNA. Nukleosida ribosanya dinamakan sitidina dan nukleosida
deoksiribosanya dinamakan deoksisitidina. Sitosina berikatan dengan
guanina pada DNA pilin ganda melalui tiga ikatan hidrogen.
Sitidina dapat membentuk nukleotida bila mengikat satu, dua, atau
tiga gugus fosfat anorganik (PO43-) membentuk CMP, CDP, dan CTP
(masing-masing dinamakan sitidina mono-, di-, atau trifosfat). CTP dapat
menjadi kofaktor dalam reaksi enzimatik biokimiawi dan mentransfer
satu gugus fosfat bagi ADP untuk membentuk ATP. Deoksisitidina
trifosfat (dCTP) diperlukan dalam PCR sebagai bahan baku sintesis
DNA.
Pada keadaan tertentu, sitosina dapat mengalami deaminasi menjadi
urasil. Mutasi ini biasanya dapat dikenali oleh enzim-enzim yang terlibat
dalam reparasi DNA. Sebagaimana pada urasil, metilasi juga dapat
terjadi pada sitosin dengan bantuan enzim DNA-metil-transferase.







Gambar 9. Sitosina
Timina (T)
Timina atau 5-metilurasil merupakan salah satu dari dua basa N
pirimidina yang menyusun DNA. RNA tidak memiliki timina dan,
dengan sedikit perkecualian, urasil menggantikan posisinya. Pada DNA
berpilin ganda, timina akan berikatan dengan adenina melalui dua ikatan
hidrogen untuk membentuk struktur yang stabil.
Timina bersama dengan gula deoksiribosa membentuk nukleosida
yang disebut deoksitimidina atau timidina. Timidina dapat membentuk
nukleotida apabila mengalami fosforilasi menjadi dTMP, dTDP, atau
dTTP (deoksitimidina mono-, di-, atau trifosfat). dTTP diperlukan dalam
PCR sebagai salah satu bahan baku nukleotida.









Gambar 10. Timina



B. RNA
Asam ribonukleat terdiri dari dari benang panjang ribonukleotida molekul ini lebih
pendek dari DNA dan ditemukan dalam jumlah yang jauh lebih banyak didalam kebanyakan
sel.
Gambar 11. Rantai RNA










- Macam-macam RNA
RNA dapat dibedakan menjadi dua kelompok utama, yaitu RNA genetik dan RNA non-
genetik.
1. RNA genetic
RNA genetik memiliki fungsi yang sama dengan DNA, yaitu sebagai pembawa
keterangan genetik. RNA genetik hanya ditemukan pada makhluk hidup tertentu
yang tidak memiliki DNA, misalnya virus. Dalam hal ini fungsi RNA menjadi
sama dengan DNA, baik sebagai materi genetik maupun dalam mengatur aktivitas
sel.
2. RNA non-genetik
RNA non-genetik tidak berperan sebagai pembawa keterangan genetik sehingga
RNA jenis ini hanya dimiliki oleh makhluk hidup yang juga memiliki DNA.
Berdasarkan letak dan fungsinya, RNA non-genetik dibedakan menjadi mRNA,
tRNA, dan rRNA.
a. mRNA (messenger RNA) atau ARNd (ARN duta)
mRNA merupakan RNA yang urutan basanya komplementer (berpasangan)
dengan salah satu urutan basa rantai DNA. RNA jenis ini merupakan
polinukleotida berbentuk pita tunggal linier dan disintesis oleh DNA di dalam
nukleus. Panjang pendeknya mRNA berhubungan dengan panjang pendeknya
rantai polipeptida yang akan disusun. Urutan asam amino yang menyusun
rantai polipeptida itu sesuai dengan urutan kodon yang terdapat di dalam
molekul mRNA yang bersangkutan. mRNA bertindak sebagai pola cetakan
pembentuk polipeptida. Adapun fungsi utama mRNA adalah membawa kode-
kode genetik dari DNA di inti sel menuju ke ribosom di sitoplasma. mRNA ini
dibentuk bila diperlukan dan jika tugasnya selesai, maka akan dihancurkan
dalam plasma.
b. tRNA (transfer RNA) atau ARNt (ARN transfer)
RNA jenis ini dibentuk di dalam nukleus, tetapi menempatkan diri di dalam
sitoplasma. tRNA merupakan RNA terpendek dan bertindak sebagai
penerjemah kodon dari mRNA. Fungsi lain tRNA adalah mengikat asam-asam
amino di dalam sitoplasma yang akan disusun menjadi protein dan
mengangkutnya ke ribosom. Bagian tRNA yang berhubungan dengan kodon
dinamakan antikodon.
c. rRNA (ribosomal RNA) atau ARNr (ARN ribosomal)
RNA ini disebut ribosomal RNA karena terdapat di ribosom meskipun dibuat
di dalam nukleus. RNA ini berupa pita tunggal, tidak bercabang, dan fleksibel.
Lebih dari 80% RNA merupakan rRNA. Fungsi dari RNA ribosom adalah
sebagai mesin perakit dalam sintesis protein yang bergerak ke satu arah
sepanjang mRNA. Di dalam ribosom, molekul rRNA ini mencapai 30-46%.

V. KESIMPULAN
1. Asam nukleat adalah makromolekul biokimia yang berkompleks, berbobot molekul tinggi
dan tersususn atas rantai nukluetida yang mengandung yang mengandung informasi ginetik,
makromolekul merupakan rangkain rangkaian nukleotida (rangkaian
nukleotida=polinukleotida) DNA dan RNA.
2. Komponen nukleotida ini ada 3: pospat, gula, dan basa DNA/RNA.
3. Ujung pospat dari nukleotida itu bersifat (-) sehingga ia bersifat asam. Sementara basa-basa
tersebut dibagi menjadi golongan pirimidin dan purin.
Primidin : Cytosin (C); Timin (T), di RNA bukan timin, melainkan Urasil (U)
Purin : Adenin (A); Guanin (G)
4. RNA dapat dibedakan menjadi dua kelompok utama, yaitu RNA genetik dan RNA non-
genetik.
5. Berdasarkan letak dan fungsinya, RNA non-genetik dibedakan menjadi mRNA, tRNA, dan
rRNA.

DAFTAR PUSTAKA

Arbianto DR, Purwo.1993, Biokimia Konsep-Konsep Dasar.ITB, Bandung
Campbell, N.A., Reece, J.B., Mitchel, L.G. 1999. Biologi jilid 1. Terjemahan oleh Lestari
Rahayu. 2002. Jakarta: Erlangga.
Lehninger Albert L,1994,Dasar-Dasar Biokimia. Penerbit : Erlangga, Surabaya
Poedjiadi, Anna. 2005.Dasar-dasar Biokimia.UI press.Jakarta
Sudjadi, B dan Siti, L. 2007. Biologi 3. Yudhistira : Jakarta
Wirahadikusumah, M. 1981. Biokimia : Proteina, Enzima & Asam Nukleat. ITB. Bandung.
Sumardjo, Damin. 2006. Pengantar Kimia : Buku Pnduan Kuliah MahasiswaKedokteran
dan Program Strata I Fakultas Bioeksata. Jakarta : Penerbit BukuKedokteran EGC