Poglavlje 2 Stani~na kemija
Molekularni sastav stanica 41
Sredi{nja uloga enzima kao
biolo{kih katalizatora 56
Metaboli~ka energija 63
Biosinteza stani~nih
sastojaka 74
Stani~ne membrane 80
KLJU^NI POKUS: Smatanje
polipeptidnih lanaca 53
MOLEKULARNA MEDICINA:
Fenilketonurija 79
S TANICE SU NEVJEROJATNO SLO@ENE I RAZNOLIKE TVOREVINE. Uz samoreplikaci-
ju, koja je bit `ivota, sposobne su obavljati najrazli~itije specijalizirane za-
da}e u vi{estani~nom organizmu. Stanice se pri tome pokoravaju istim ke-
mijskim i fizi~kim zakonima koji odre|uju pona{anje ne`ivih sustava. Stoga
moderna stani~na biologija nastoji razumjeti stani~ne procese u obliku kemij-
skih i fizi~kih reakcija.
Ovo poglavlje razmatra temeljna na~ela biolo{ke kemije koja upravljaju `ivo-
tom stanica. Ne namjerava raspraviti sva pitanja biokemije, niti ispisati sve meta-
boli~ke reakcije unutar stanica. Poglavlje usmjerava pozornost na pet glavnih
tema: (1) tipove stani~nih molekula, (2) sredi{nju ulogu proteina kao biolo{kih
katalizatora, (3) stvaranje i kori{tenje metaboli~ke energije, (4) biosintezu glav-
nih stani~nih sastojaka i (5) strukturu biolo{kih membrana. Poznavanje ovih ke-
mijskih temelja ~ini osnovicu za razumijevanje raznolikosti stani~nih struktura i
funkcija, o kojima raspravlja ostatak teksta.
Molekularni sastav stanica
Stanice su sastavljene od vode, anorganskih iona i (organskih) molekula koje
sadr`avaju ugljik. U stanicama ima najvi{e molekula vode. Voda ~ini najmanje
70% ukupne stani~ne mase. Stoga su u biolo{koj kemiji osobito va`ne interakci-
je izme|u vode i drugih stani~nih sastojaka. U tom smislu klju~no je svojstvo
vode da je ona polarna molekula u kojoj su vodikovi atomi blago pozitivno nabi-
jeni, dok su kisikovi atomi blago negativni (slika 2-1). Zbog svoje polarne naravi
molekule vode mogu me|usobno i s drugim polarnim molekulama stvarati vo-
dikove veze. Tako|er mogu stupiti u interakciju s pozitivno ili negativno nabije-
nim ionima. Posljedica takvih interakcija jest da su ioni i polarne molekule toplji-
vi u vodi (hidrofilni). Suprotno tomu, nepolarne molekule koje ne mogu stupiti
u interakciju s vodom slabo su topljive u vodenom okoli{u (hidrofobne). Nepo-
larne molekule nastoje stoga smanjiti dodir s vodom pa se zdru`uju me|usob-
no. Kasnije u poglavlju pokazat }emo da takve interakcije polarnih i nepolarnih
molekula, bilo s vodom, bilo me|usobne, imaju klju~nu ulogu u oblikovanju
biolo{kih struktura kao {to su stani~ne membrane.
42 Poglavlje 2

(A) 2 d– Slika 2-1. Svojstva vode.

Voda je polarna molekula (A), djelomice negativnog naboja (d–) na kisikovu atomu,
O a djelomice pozitivnog naboja (d+) na vodikovim atomima. Zbog svoje polarnosti
molekule vode mogu se povezati vodikovim mostovima me|usobno ili s drugim
H H polarnim molekulama (B) i, dakako, ostvaruju interakcije s nabijenim ionima (C).
d+ d+

(B)

Vodikova veza
Najvi{e 1% stani~ne mase ~ine anorganski ioni: natrijev (Na+), kalijev
(K ), magnezijev (Mg2+) i kalcijev (Ca2+) ion te fosfat (HPO42–), klorid (Cl–)
+

i bikarbonat (HCO3–). Ti su ioni uklju~eni na razli~ite na~ine u stani~ni me-

tabolizam pa su bitni za stani~nu funkciju. Dakako, stanici svojstvene mole-
kule su organski spojevi. Ve}ina njih pripada jednom od ~etiriju molekular-
nih tipova: ugljikohidratima, lipidima, proteinima ili nukleinskim kiselina-
ma. Proteini, nukleinske kiseline i ve}ina ugljikohidrata (polisaharidi) su
C makromolekule oblikovane povezivanjem stotina ili tisu}a molekula-prete-
~a male molekularne mase. Makromolekule ~ine 80 do 90% suhe tvari u ve-
}ini stanica. Lipidi tako|er pripadaju glavnim sastojcima stanice. Ostatak
stani~ne mase sastoji se od razli~itih malih organskih molekula, uklju~uju}i
i makromolekularne prete~e.
Prema tome struktura i funkcija ~etiriju glavnih skupina organskih mole-
kula omogu}uje na~elno razumijevanje stani~ne kemije.

Ugljikohidrati
Ugljikohidrati obuhva}aju jednostavne {e}ere i polisaharide. Jednostavni
{e}eri poput glukoze glavna su stani~na hrana. Njihova razgradnja istovre-
meno osigurava stani~nu energiju i ishodne tvari za sintezu drugih stani-
~nih sastojaka, o ~emu se raspravlja dalje u poglavlju. Polisaharidi su skla-
di{ni oblici {e}era ili osiguravaju strukturnu ~vrsto}u stanice. Uz to
polisaharidi i kra}i {e}erni polimeri djeluju kao oznake u raznim procesima
(C) stani~nog prepoznavanja, uklju~uju}i adheziju stanica na susjede i trans-
port proteina do predvi|enog unutarstani~nog odredi{ta.
Slika 2-2. prikazuje strukture reprezentativnih jednostavnih {e}era (mo-
nosaharida). Osnovna formula tih molekula je (CH2O)n i od nje potje~e
naziv ugljikohidrat (C = »ugljiko« i H2O = »hidrat«). U stanicama je osobi-
to va`an 6C-atomni {e}er (n=6) glukoza, jer je glavni izvor stani~ne energi-
Na+ je. Drugi jednostavni {e}eri imaju od tri do sedam ugljika. Me|u njima su
naju~estaliji 3C-atomni i 5C-atomni {e}eri. [e}eri koji sadr`e pet ili vi{e ato-
ma mogu ciklizacijom tvoriti prstenaste strukture koje su u stanici prete`iti
oblici tih molekula. Slika 2-2 pokazuje da cikli~ki {e}eri mogu postojati u
dva oblika (a i b), ovisno o konfiguraciji na atomu C1.
Monosaharidi se mogu povezati reakcijom dehidracije, pri kojoj se odva-
ja H2O, a {e}eri se ve`u glikozidnom vezom izme|u njihova dva ugljika
(slika 2-3). Pove`e li se samo nekoliko molekula {e}era, nastali oligomer na-
ziva se oligosaharidom. Kad se povezuje mno{tvo (stotine i tisu}e) {e}era,
nastali makromolekularni polimeri nazivaju se polisaharidima.
Polisaharidi glikogen i {krob dva su skladi{na oblika ugljikohidrata, prvi
u `ivotinjskim, a drugi u biljnim stanicama. Glikogen i {krob izgra|eni su
isklju~ivo od molekula glukoze u a-konfiguraciji (slika 2-4). Glavna se veza
uspostavlja izme|u ugljika 1 jedne glukoze i ugljika 4 druge glukoze. Uz to
glikogen i jedan oblik {kroba (amilopektin) sadr`avaju ponegdje veze
a(1→6), u kojima je ugljik 1 jedne glukoze povezan s ugljikom 6 druge glu-
koze. Iz prikaza na slici 2-4. o~ito je da te veze dovode do grananja, jer pove-
 Stani~na kemija 43

Slika 2-2. Struktura jednostavnih {e}era.

Trioze (C3H6O3) Prikazani su primjeri {e}era (trioza, pentoza, heksoza)
H O
H koji sadr`avaju tri, pet i {est C-atoma. [e}eri s pet ili vi{e
C H C OH
ugljikovih atoma mogu ciklizirati. Oblikovani prsteni
postoje u dvama oblicima ovisno o konfiguraciji na prvom
H C OH C O C-atomu (C1).
H C OH H C OH
H H

gliceraldehid dihidroksiaceton

Pentoze Heksoze H 1 O
(C5H10O5) (C6H12O6)
H 1 O 2

C OH
3
2
glukoza lan~ani oblik
riboza H C OH lan~ani oblik 4

H C OH 5
4 OH
H C OH 6
5 H C OH
H C OH
H
H
6 6
5 5 CH2OH CH2OH
CH2OH CH2OH 5 5
O H O OH C O C O
H H
4 1 4 1 H H
C H C C H C
4
C
1 4 1
OH H H
H C3 2
prstenasti oblici H 3 2
C H 3 2 prstenasti oblici 3 2
HO C C OH HO H
OH OH OH OH H OH H OH
a b a b

CH2OH CH2OH
zuju dva zasebna lanca izgra|ena vezama a(1→4). Razgra- C O C O
H H H H
natost postoji samo u glikogenu i amilopektinu, dok drugi H H
oblik {kroba (amiloza) nije razgranat. C OH H C + C OH H C

Glikogen i {krob imaju osim na~elno sli~ne strukture i sli- HO C C OH HO C C OH

~nu funkciju – da uskladi{te glukozu. Nasuprot tomu funk- H OH H OH
cija celuloze bitno je razli~ita. Celuloza je glavni gradbeni H2O
sastojak stani~ne stijenke u bilju. Mo`da iznena|uje da je i
celuloza sazdana samo od molekula glukoze. Me|utim, celu- CH2OH CH2OH
loza je nerazgranani polisaharid, a glukozne jedinice u celu- C O C O
lozi nisu a-, nego su b-konfiguracije. Za razliku od veza H H
H H
a(1→4), veza b(1→4) izme|u glukoznih jedinica uvjetuje H C C OH C
stvaranje ispru`enih lanaca celuloze koji se zatim bo~no C O C C OH
zdru`uju i oblikuju vlakna velike mehani~ke ~vrsto}e. Oligo- H OH H OH
saharidi i polisaharidi stani~ni su oblici energetskih zaliha,
imaju konstruktivnu ulogu, ali povrh toga su i va`ni sudio- a(1 4) glikozidna veza
nici u brojnim informacijskim procesima. Primjerice, oligosa-
haridi su ~esto vezani na proteine, gdje imaju zna~ajnu ulo-
gu u proteinskom smatanju ili obilje`avanju i usmjeravanju
Slika 2-3. Oblikovanje glikozidne veze.
proteina pri transportu na povr{inu stanice ili za ugradbu u Dva se jednostavna {e}era povezuju reakcijom dehi-
razli~ite stani~ne organele. Oligosaharidi i polisaharidi tako- dracije (uklanjanjem molekule vode). Primjer prikazuje
|er obilje`avaju stani~nu povr{inu, pa stoga imaju va`nu povezivanje dviju molekula glukoze u a-konfiguraciji
ulogu u stani~nom prepoznavanju i stani~nim interakcija- vezom izme|u atoma C1 i C4, koja se stoga naziva a
ma u tkivima vi{estani~nih organizama. (1→4) glikozidnom vezom.
44 Poglavlje 2

amilopektin ({krob)
O H
O
OH
H
H CH
H H 2O
O H a(1 6) veze povezuju
OH H
O dva lanca u
OH to~ku grananja.
H
H
H
H
OH O CH 2O
glikogen CH 2
O H H
H H
CH 2O H OH
O H H
H O
H OH
O H H O H
H
OH OH
O H
H
OH
H je a 4) vezama.
OH

CH2OH CH2OH CH2OH CH2OH

O O O O
H H H H
H H H H
O O O O O
OH H OH H OH H OH H
H H H H

Slika 2-4. Struktura polisaharida.
Polisaharidi su makromolekule koje se
sastoje od stotina ili tisu}a jednostavnih
{e}era. Glikogen, {krob i celuloza izgra-
|eni su isklju~ivo od glukoza poveza-
nih a(1→4) glikozidnim vezama u
glikogenu i {krobu, a b(1→4) vezama u
celulozi. Glikogen i jedan oblik {kroba
(amilopektin) sadr`avaju tako|er
ponegdje a(1→6) veze, koje slu`e kao
mjesta grananja pri povezivanju dvaju
odvojenih a(1→4) lanaca.
H OH H OH H OH H OH
Jedinice su povezane
b(1 4) vezama.
Lipidi
Lipidi imaju tri izrazite uloge u stanicama: (1) osiguravaju va`an oblik
uskladi{tene energije, (2) lipidi su glavni sastojci stani~nih membrana, {to
je u stani~noj biologiji osobito va`no, i (3) lipidi su vrlo va`ni u stani~noj si-
gnalizaciji, bilo kao steroidni hormoni (npr. estrogen i testosteron), bilo kao
glasni~ke molekule koje prenose signal od receptora na stani~noj povr{ini
do odredi{ta unutar stanice.
Najjednostavniji lipidi su masne kiseline. Sastoje se od dugih ugljikovo-
di~nih lanaca, koji na jednom kraju zavr{avaju karboksilnom skupinom
(COO–) (slika 2-5). Ugljikovodi~ni lanci naj~e{}e sadr`avaju 16 ili 18 ugljiko-
vih atoma. Nezasi}ene masne kiseline imaju jednu ili vi{e dvostrukih veza
me|u ugljikovim atomima. U zasi}enim masnim kiselinama svi atomi uglji-
ka ve`u maksimalni broj vodikovih atoma. Dugi ugljikovodi~ni lanci ma-
snih kiselina imaju samo nepolarne veze C–H koje ne ulaze u interakciju s
vodom. Hidrofobna narav masnokiselinskih lanaca odgovorna je za mno-
ge osobitosti u pona{anju kompleksnih lipida pri stvaranju biolo{kih mem-
brana.
Masne se kiseline pohranjuju u obliku triacilglicerola ili masti. Triacilgli-
ceroli sadr`avaju tri masne kiseline povezane s molekulom glicerola (slika
2-6). Netopljivi su u vodi pa se u citoplazmi gomilaju kao masne nakupine.
Zatreba li, one se kidaju za kori{tenje u reakcijama koje proizvode energiju,
 Stani~na kemija 45

palmitat (C16) stearat (C18) oleat (C18) Slika 2-5. Struktura masnih
kiselina.
O O– O O– O O– Masne se kiseline sastoje od dugih
C C C ugljikovodi~nih lanaca koji zavr-
{avaju karboksilnom skupinom
CH2 CH2 CH2
(COO–). Palmitat i stearat su zasi}ene
CH2 CH2 CH2 masne kiseline koje imaju 16 odno-
CH2 CH2 CH2 sno 18 C-atoma. Oleat je nezasi}ena
2 2 2
masna kiselina s 18 C-atoma koja
ima dvostruku vezu izme|u C9 i
C10. Valja uo~iti da dvostruka veza
CH CH CH2
lomi ugljikovodikov lanac.
CH2 CH2 CH2
CH2 CH2 HC
CH2 CH2 HC
2 2 CH2
CH2
CH CH CH2
CH2 CH2 CH2
CH2 CH2 CH2
CH3 CH2 CH2
2 CH2
H2C CH CH2
CH3 CH3 glicerol
O O O
C C O C O
CH2 CH2 CH2
masne kiseline

o ~emu }emo raspravljati dalje u poglavlju. Vrijedno je napomenuti da su

masti u~inkovitiji oblik zalihe energije od ugljikohidrata, jer daju vi{e no
dvostruko energije po masi razgra|ene tvari. Stoga masti omogu}uju skla-
di{tenje energije u upola manje tjelesne mase nego {to bi zahtijevali ugljiko-
hidrati. To je osobito va`no kad se ima na umu pokretljivost `ivotinja.
Fosfolipidi, glavni sastojci stani~nih membrana, sadr`avaju dvije masne
kiseline vezane na jednu polarnu ~eonu skupinu (slika 2-7.). U glicerolnim
fosfolipidima dvije su masne kiseline vezane na ugljikove atome glicerola,
kao u trigliceridima. Me|utim, tre}i ugljikov atom glicerola vezan je na fos-
fatnu skupinu, koja je pak ~esto pripojena na neku drugu malu polarnu CH3 CH3 CH3
molekulu kao {to su kolin, serin, inozitol ili etanolamin. Sfingomijelin, jedi-
ni neglicerolni fosfolipid stani~nih membrana, sadr`ava dva ugljikovodi-
~na lanca vezana na ~eonu polarnu skupinu koju tvori serin, a ne glicerol.
Svi fosfolipidi imaju nepolarne »repove« koji se sastoje od dva ugljikovodi- glicerol
~na lanca, jedne hidrofilne ~eone skupine koja sadr`ava fosfatnu skupinu i
njezine polarne privjeske. Stoga su fosfolipidi amfipati~ne molekule, djelo-
mice topljive, a djelomice netopljive u vodi. Na tom se svojstvu fosfolipida
temelji stvaranje biolo{kih membrana, o ~emu }emo raspravljati dalje u
poglavlju.
Uz fosfolipide mnoge stani~ne membrane sadr`avaju glikolipide i kole-
sterol. Glikolipidi se sastoje od dvaju ugljikovodi~nih lanaca vezanih na
polarne ~eone skupine koje sadr`avaju ugljikohidrate (slika 2-8.). Budu}i masne kiseline

Slika 2-6. Struktura triacilglicerola.

Triacilgliceroli (masti) sadr`avaju tri masne kiseline vezane na glicerol. U prikaza-
nom primjeru tri masne kiseline su palmitat, ali triacilgliceroli ~esto sadr`avaju
smjesu razli~itih masnih kiselina.
46 Poglavlje 2

fosfatidna kiselina fosfatidiletanolamin + fosfatidilkolin

NH3 (CH )
CH2 etanolamin CH2 kolin
CH2 CH2
–O O
–O –O –O
P O fosfat P O P O
O O

2 glicerol CH2 CH2

CH CH2 CH CH2 CH CH2

O O O O O O
C O C O C O C O C O C O
CH2 CH2 CH2 CH2 CH2 CH2

R1 R2 R1 R2 R1 R2

fosfatidilserin fosfatidilinozitol sfingomijelin

+
+ OH OH
3 O
H C C serin 2 kolin
inozitol
O–
2 OH 2
HO
O
–O P O OH –O P O
–O P O
O
O
CH2 CH2 OH
CH2 serin
CH CH2 CH CH
CH CH2
O O HN HC
O O
C O C O C O CH
C O C O
CH2 CH2 CH2 CH2
CH2 CH2

R2

R1 R2 R1
R1 R2
 Stani~na kemija 47

Slika 2-7. Struktura fosfolipida.

L

glukoza
Glicerolni fosfolipidi sadr`avaju dvije masne kiseline vezane na glicerol. Masne (ugljikohidrat)
se kiseline mogu razlikovati pa ih obilje`ujemo kao R1 i R2. Tre}i ugljikov atom gli-
CH2
cerola povezan je s fosfatnom skupinom (oblikuju}i fosfatidnu kiselinu). Ta fosfatna
O
skupina zatim je ~esto povezana s nekom malom polarnom molekulom (pri ~emu HO O
nastaju fosfatidiletanolamin, fosfatidilkolin, fosfatidilserin ili fosfatidilinozitol). U
sfingomijelinu dva ugljikovodikova lanca vezana su na polarnu ~eonu skupinu OH
koja pripada serinu umjesto glicerolu.
OH CH2 OH

serin CH CH
HN CH

da su amfipati~ne molekule uglavnom su na~elno sli~ni fosfolipidima. Za C O HC

razliku od fosfolipida, kolesterol se sastoji od ~etiri ugljikovodi~na prstena, CH2 CH2
a ne od linearnih ugljikovodi~nih lanaca (slika 2-9.). Ugljikovodi~ni su prste-
ni izrazito hidrofobni, ali je hidroksilna skupina (OH), vezana na jednom
kraju kolesterola, slabo hidrofilna, pa je i kolesterol amfipati~an.
Osim uloge u izgradnji stani~nih membrana, lipidi djeluju kao signalne
molekule unutar i izme|u stanica. Steroidni hormoni (primjerice estrogen i
testosteron) derivati su kolesterola (vidi sliku 2-9). Ti hormoni ~ine razno-
rodnu skupinu kemijskih glasnika. Svi imaju ~etiri ugljikovodi~na prstena
na koje su pripojene razli~ite funkcionalne skupine. Derivati fosfolipida slu-
`e tako|er kao glasni~ke molekule unutar stanica proslje|uju}i signale od
receptora na stani~noj povr{ini do unutarstani~nih odredi{ta koja regulira- R2
ju mnoge stani~ne procese, uklju~uju}i stani~nu proliferaciju, kretanje, op- R1
stanak i diferencijaciju (vidi 13. poglavlje).

Nukleinske kiseline
Slika 2-8. Struktura glikolipida.
Nukleinske kiseline – DNA i RNA – glavne su informacijske molekule u sta-
Dva ugljikovodi~na lanca vezana su na
nicama. Deoksiribonukleinska kiselina (DNA) ima jedincatu ulogu kao ge- polarnu ~eonu skupinu koja potje~e od
serina i sadr`ava ugljikohidrate (prim-
jerice glukozu).

H H

H3C C CH2 CH2 CH2 C CH3

kolesterol
3 CH3
C C
C C C

CH3
C C C C
C C C

C C C
HO C C

OH OH
CH3 CH3 Slika 2-9. Kolesterol i steroidni
C C C C hormoni.
C C C C C C Kolesterol, va`an sastojak stani~nih
CH3 membrana, amfipati~na je molekula
C C C C C C C C zbog svoje polarne hidroksilne skupine.
C C C C C C Kolesterol je tako|er prete~a steroidnih
testosteron estradiol hormona kao {to su testosteron i estra-
C C C C C C diol (oblik estrogena). Slika ne prikazuje
O C C HO C C vodikove atome vezane na ugljike u
prstenu.
48 Poglavlje 2

purini
NH2 O
C C
N 6 N 6
7 C5 N 7 C 5 NH
1 1
HC 8 HC 8
4 2 4 2
9 C 3 CH 9 C 3 C
N N NH2
H N H N
adenin (A) gvanin (G)

pirimidini
NH2 O O
C H3C C C
HC 4 N NH HC NH
5 C
3
6 2
HC 1 C HC C HC C
N O N O N O
H H H
citozin (C) timin (T) uracil (U)

{e}eri
5'
HOCH2 O OH HOCH2 O OH
4' 1'
C H H C C H H C
H C C H H C C H
3' 2'

OH OH OH H
riboza 2'-deoksiriboza

nukleozid O nukleotid
O
C C
HC 4 NH
5 3 HC NH
6 2 baza
HC C O
5'
1 HC C
HOCH2 O N O –O P O CH2 O N O
4' 1'
C H H C –O C H
{e}er H C
H C C H H C
3' 2' C H
OH OH OH OH
uridin uridin-5'-monofosfat (UMP)

Slika 2-10. Sastojci nukleinskih

kiselina.
Nukleinske kiseline sadr`avaju purin- neti~ka tvar koja je u eukariotskim stanicama smje{tena u jezgri. Razli~iti ti-
ske i pirimidinske baze vezane na fosfori- povi ribonukleinskih kiselina (RNA) sudjeluju u nekoliko stani~nih
lirane {e}ere. Baza nukleinske kiseline aktivnosti. Glasni~ka RNA (mRNA) nosi informaciju od DNA do ribosoma,
vezana samo na {e}er je nukleozid.
Nukleotidi dodatno sadr`avaju jednu
gdje slu`i kao kalup za sintezu proteina. Druga dva tipa RNA (ribosomna
ili vi{e fosfatnih skupina. RNA i transportna RNA) sudjeluju u sintezi proteina. Ostali tipovi RNA
uklju~eni su u doradu i prijenos ribonukleinskih kiselina i proteina. Osim
{to djeluje kao informacijska molekula, RNA je tako|er sposobna katalizira-
ti neke kemijske reakcije. U dana{njim stanicama takve su reakcije uklju~e-
ne u sintezu proteina i doradu RNA.
DNA i RNA su nukleotidni polimeri koji sadr`avaju purinske i pirimidin-
ske baze vezane na fosforilirane {e}ere (slika 2-10). DNA sadr`ava dva puri-
na (adenin i gvanin) i dva pirimidina (citozin i timin). Adenin, gvanin i cito-
 Stani~na kemija 49

Slika 2-11. Polimerizacija nukleotida. O

baza
Fosfodiesterska se veza oblikuje izme|u 3'-hidroksilne skupine jednoga nukleotida –O P O CH2 O
i 5'-fosfatne skupine drugoga. Polinukleotidni lanac je usmjerena molekula: jedan
–O C C
kraj zavr{ava 5'-fosfatnom skupinom (5'-kraj), a drugi 3'-hidroksilnom skupinom {e}er
(3’-kraj). C C
OH OH

+
zin tako|er su prisutni u RNA, ali RNA sadr`ava uracil umjesto timina. Ba-
ze se ve`u na {e}ere (2'-deoksiribozu u DNA, ili ribozu u RNA) da nastanu O
baza
–O
nukleozidi. Nukleotidi dodatno sadr`e jednu ili vi{e fosfatnih skupina ve- P O CH2 O
zanih na 5'-ugljik nukleozidnog {e}era. –O C {e}er C
Polimerizacija nukleotida, kojom se oblikuju nukleinske kiseline, uklju-
C C
~uje stvaranje fosfodiesterskih veza izme|u 5'-fosfata jednoga nukleotida i
3'-hidroksila drugog nukleotida (slika 2-11.). Oligonukleotidi su oligomeri OH OH
koji sadr`avaju samo nekoliko nukleotida. Veliki polinukleotidi koji obliku-
ju stani~ne RNA i DNA mogu sadr`ati tisu}e i milijune nukleotida. Vrijed- H+
no je istaknuti da je polinukleotidni lanac usmjerena molekula kojoj je na
jednom kraju 5'-fosfat, a na drugom 3'-hidroksilna skupina. Polinukleotidi
H2O
se uvijek sintetiziraju u smjeru od 5' prema 3', tako da se slobodni nukleo-
tid dodaje na 3'-OH-skupinu rastu}ega lanca. Dogovorno slijed baza u
DNA i RNA tako|er se ispisuje u smjeru od 5' prema 3'.
O
Informacija u DNA i RNA priop}uje se slijedom baza u polinukleotidu. baza
5'-kraj –O CH2 O
DNA je dvostruka molekula koja se sastoji od dvaju suprotno usmjerenih P O
polinukleotidnih lanaca (vidi 3. poglavlje). Baze su na unutra{njoj strani –O C {e}er C
molekule pa vodikove veze izme|u komplementarnih parova baza povezu- C C
ju dva lanca. Adenin se sparuje s timinom, a gvanin s citozinom (slika 2-12).
O OH
Bitna posljedica takva komplementarna povezivanja baza jest da jedan la-
–O
nac DNA (ili RNA) mo`e djelovati kao kalup koji usmjeruje sintezu komple- P O
mentarnoga lanca. Nukleinske kiseline imaju, dakle, jedincatu sposobnost O
baza
samoreplikacije. Upravo zbog toga djeluju kao osnovne informacijske mole- CH2 O
kule u stanici. Informacijski sadr`aj u DNA i RNA usmjeruje sintezu speci-
C {e}er C
fi~nih proteina koji nadziru ve}inu stani~nih aktivnosti.
Osim {to su gra|evne jedinice nukleinskih kiselina, nukleotidi imaju i 3'-kraj
C C
druge klju~ne uloge u stani~nim procesima. Najistaknutiji primjer je adeno- OH OH
zin-5'-trifosfat (ATP), koji je glavni oblik kemijske energije unutar stanica.

Slika 2-12. Komplementarno sparivanje baza nukleinskih kiselina.

Stvaranje vodikovih veza izme|u baza suprotno usmjerenih lanaca DNA omogu}uje
specifi~no sparivanje gvanina (G) s citozinom (C) i adenin (A) s timinom (T).

H H
H N H O N H CH3 O H N N H
C C
C C C C C C C C

G N A N
H C C N H N C H C T N H N C

N C C N N C C N
O H N O H
H
50 Poglavlje 2

Sli~no djeluju i drugi nukleotidi, koji u brojnim metaboli~kim reakcijama do-

nose energiju ili aktivirane kemijske skupine. Neki nukleotidi (primjerice ci-
kli~ki AMP) va`ne su signalne molekule unutar stanica (vidi 13. poglavlje).

bo~ni ogranak
R nije. Kona~no, dvije nepolarne aminokiseline, fenilalanin i triptofan, imaju
amino- + karboksilna
-skupina H3N Ca COO– skupina
H
Slika 2-13. Struktura
aminokiselina.
Svaka se aminokiselina sastoji od
sredi{njeg atoma ugljika (a-ugljik) ve-
zanog na vodikov atom, karboksilnu
skupinu, amino-skupinu i specifi~ni
bo~ni ogranak (ozna~en kao R). Kod
fiziolo{koga pH karboksilna skupina
i amino-skupina su ionizirane kako je
prikazano.
Proteini
Dok nukleinske kiseline nose geneti~ku informaciju stanice, primarna je
du`nost proteina da izvedu zada}e prema uputama te informacije. Proteini
su najraznolikije od svih makromolekula. Svaka stanica sadr`ava tisu}e raz-
li~itih proteina koji izvode najrazli~itije zada}e. Proteini slu`e kao konstruk-
tivne sastavnice stanica i tkiva, prenose i pohranjuju male molekule (pri-
mjerice hemoglobin prenosi kisik), prenose tako|er informacije izme|u
stanica (primjerice hormoni) te osiguravaju obranu od infekcije (primjerice
protutijela). Me|utim, klju~na je uloga proteina da djeluju kao enzimi koji
kataliziraju gotovo sve kemijske reakcije u biolo{kim sustavima, {to }emo
pokazati dalje u poglavlju. Na taj na~in proteini upravljaju gotovo svim ak-
tivnostima stanice. Sredi{nja uloga proteina u biolo{koj kemiji iskazana je
njihovim nazivom, koji potje~e od gr~ke rije~i prwteion, {to zna~i »prvo
mjesto«, »prvi red«.
Proteini su polimeri sastavljeni od dvadeset razli~itih aminokiselina. Sva-
ka se aminokiselina sastoji od ugljikovog atoma (nazvanog a-ugljik) pove-
zanoga s karboksilnom skupinom (COO–), amino-skupinom (NH3+), vodi-
kovim atomom i prepoznatljivim bo~nim ogrankom (slika 2-13). Specifi~na
kemijska svojstva aminokiselinskih bo~nih ogranaka odre|uju uloge svake
pojedine aminokiseline u proteinskoj strukturi i funkciji.
Aminokiseline se mogu razvrstati prema svojstvima bo~nih ogranaka u
~etiri vrste (slika 2-14). Deset aminokiselina imaju nepolarne bo~ne ogran-
ke koji ne stupaju u interakciju s vodom. Glicin je najjednostavnija aminoki-
selina – njegov bo~ni ogranak ima samo vodikov atom. Alanin, valin, leucin
i izoleucin imaju ugljikovodi~ne bo~ne ogranke koji imaju do ~etiri ugljiko-
va atoma. Bo~ni ogranci tih aminokiselina su hidrofobni, pa se zbog toga
nastoje smjestiti u sredi{te proteina, gdje nisu u dodiru s vodom. Sli~no i
prolin ima ugljikovodi~ni bo~ni ogranak, ali prolin je jedincat po tome {to
je njegov bo~ni ogranak s jedne strane vezan na du{ikov atom amino skupi-
ne, a s druge na a-ugljik tako da oblikuje prstenastu strukturu. Bo~ni ogran-
ci dviju aminokiselina, cisteina i metionina, sadr`avaju atome sumpora.
Metionin je prili~no hidrofoban za razliku od cisteina koji zbog svoje sul-
fhidrilne skupine (SH) nije hidrofoban. Cisteinska sulfhidrilna skupina ima
va`nu ulogu u proteinskoj strukturi, jer omogu}uje stvaranje disulfidnih
veza izme|u bo~nih cisteinskih ogranaka, ali o tome }emo raspravljati kas-
u svojim bo~nim ograncima izrazito hidrofobne aromatske prstene.
Pet aminokiselina imaju polarne, ali nenabijene bo~ne ogranke. To su se-
rin, treonin i tirozin, koji posjeduju hidroksilnu skupinu u bo~nom lancu,
te asparagin i glutamin, koji sadr`avaju polarne amidne skupine (O=C–
NH2). Budu}i da polarni bo~ni ogranci mogu stvarati vodikove veze s vo-
dom, ove su aminokiseline hidrofilne i nastoje se smjestiti na povr{ini pro-
teina.
Aminokiseline lizin, arginin i histidin u bo~nom ogranku imaju nabijene
bazi~ne skupine. Lizin i arginin su vrlo bazi~ne aminokiseline. U stanici nji-
hovi bo~ni ogranci nose pozitivni naboj. Zbog toga su vrlo hidrofilni i stoga
naj~e{}e smje{teni na povr{ini proteina gdje ostvaruju dodir s vodom. Hi-
stidin mo`e biti nenabijen ili pozitivno nabijen kod fiziolo{koga pH. ^esto
aktivno sudjeluje u enzimskim reakcijama koje uklju~uju razmjenu vodiko-
vih iona kao {to pokazuje primjer, koji }emo opisati u sljede}em odjeljku.
 Stani~na kemija 51

nepolarne aminokiseline CH3

H3C CH3
CH CH2 CH2
H3C CH3
H CH3 CH CH2 H3C CH H2C CH2
+ + + + + +
H3N C COO– H3N C COO– H3N C COO– H3N C COO– H3N C COO– H2N C COO–
H H H H H H
glicin (Gly) G alanin (Ala) A valin (Val) V leucin (Leu) L izoleucin (Ile) I prolin (Pro) P

CH3 H
S N
SH CH2
CH2 CH2 CH2 CH2
+ + + +
H3N C COO– H3N C COO– H3N C COO – H3N C COO–
H H H H
cistein (Cys) C metionin (Met) M fenilalanin (Phe) F triptofan (Trp) W

polarne aminokiseline
OH O NH2
O NH2 C
OH CH3 C CH2
CH2 HCOH CH2 CH2 CH2
+ + + + +
H3N C COO– H3N C COO– H3N C COO– H3N C COO– H3N C COO–
H H H H H
serin (Ser) S treonin (Thr) T tirozin (Tyr) Y asparagin (Asn) N glutamin (Gln) Q

bazi~ne aminokiseline kisele aminokiseline

NH2
+ +
NH3 C NH2
CH2 NH
CH2 CH2 + COO–
HN
NH
CH2 CH2 COO– CH2
CH2 CH2 CH2 CH2 CH2
+ + + + +
H3N C COO– H3N C COO– H3N C COO– H3N C COO– H3N C COO–
H H H H H
lizin (Lys) K arginin (Arg) R histidin (His) H asparaginska kiselina (Asp) D glutaminska kiseline (Glu) E

Slika 2-14. Aminokiseline.

Nazna~ene su troslovna i jednoslovna
kratica za svaku aminokiselinu. Amino-
kiseline su razvrstane na temelju svoj-
Kona~no, dvije aminokiseline, asparaginska i glutaminska kiselina, ima- stava bo~nih ogranaka u ~etiri kategori-
ju kisele bo~ne ogranke koji zavr{avaju karboksilnim skupinama. Te su ami- je: nepolarne, polarne, bazi~ne i kisele.
nokiseline negativno nabijene unutar stanice i zato ih se ~esto spominje
kao aspartat i glutamat. Sli~no bazi~nim aminokiselinama i kisele su amino-
kiseline izrazito hidrofilne te su naj~e{}e smje{tene na povr{ini proteina.
Aminokiseline su me|usobno povezane peptidnim vezama izme|u a-
amino-skupine jedne aminokiseline i a-karboksilne skupine druge (slika 2-
15). Polipeptidi su dugi linearni lanci koji sadr`avaju stotine ili tisu}e amino-
kiselina. Svaki polipeptidni lanac ima dva razli~ita kraja, jedan koji zavr{a-
va a-amino-skupinom (amino- ili N-kraj ili N-terminus) i drugi, koji zavr{a-
52 Poglavlje 2
Smatanje polipeptidnih lanaca
Reductive Cleavage of Disulfide Bridges in Ribonucleaze
Michael Sela, Frederick H. White, Jr., and Christian B. Anfinsen
National Institutes of Health, Bethesda, MD
Science, Volume 125, 1957, pages 691–692
Kontekst
Funkcionalni su proteini znatno slo`e-
niji od linear nih lanaca aminokiselina.
Stvaranje aktivnih enzima ili drugih
proteina zahtijeva smatanje polipeptid-
nih lanaca u preciznu trodimenzialnu
konfor maciju. Ta razlika izme|u pro-
teina i polipeptidnih lanaca postavlja
klju~na pitanja pri razumijevanju
odnosa proteinske strukture i funkcije.
Kako je odabrana prava konfor macija
od mnogih mogu}ih konformacija koje
bi mogao poprimiti polipeptidni lanac?
Odakle informacija koja usmjeruje pro-
teinsko smatanje?
Klasi~ni pokus Christiana Anfinsena
i njegovih suradnika odgovara na ta
pitanja. Prou~avaju}i enzim ribonu-
kleazu, Anfinsen i suradnici uspjeli su
pokazati da se denaturirani proteini
mogu spontano ponovno smotati u
aktivnu konfor maciju. Prema tome
primar ni aminokiselinski slijed sadr-
R1 H R2
O
+
H3N C C + H +N C COO–
O–
H H H
H2O
R1 O R2
+
H3N C C N C COO–
H H H
peptidna veza
Slika 2-15. Stvaranje peptidne
veze.
Karboksilna skupine jedne aminokise-
line povezana je s amino-skupinom
druge aminokiseline.
K L J U ^ N I P O KU S
100
75
aktivnost
`ava svu potrebnu infor maciju koja 50
odre|uje pravilnu prostornu konfor-
maciju proteina. Niz eksperimenata
naveo je Anfinsena na zaklju~ak da
nativna trodimenzionalna struktura 25
proteina odgovara ter modinami~ki
najstabilnijoj konformaciji koju odre-
|uju interakcije sastavnih aminoki-
0
selina. Originalna opa`anja, koja su 0 2 4 6 8
dovela do ovoga klju~nog na~ela, SH grupe
autori Michael Sela, Frederick H.
White, Jr. i Christian B. Anfinsen obja- Sa`etak eksperimentalnih rezultata renatu-
racije. Enzimska aktivnost ribonukleaze
vili su u citiranom radu 1957. godine.
prikazana je kao funkcija prisutnih sulfhid-
rilnih skupina nakon razli~itih postupaka.
Eksperimenti
Aktivnost je izra`ena kao postotak aktiv-
Sela, White i Anfinsen prou~avali su
nosti nativnoga enzima.
gove|u ribonukleazu, mali protein od
124 aminokiseline koji ima ~etiri disul-
fidne (S-S) veze izme|u bo~nih ogra- stavno odre|ivanje funkcije nativnoga
naka cisteina. Enzimsku aktivnost ribo- proteina. Enzimska je aktivnost pot-
nukleaze mogu}e je pratiti ispitivanjem puno nestala ukoliko je enzim izlo`en
sposobnosti enzima da pokida RNA tretmanu koji kida nekovalentne veze i
u nukleotide, {to omogu}uje jedno- reducira disulfidne veze u sulfhidrilne
va a-karboksilnom skupinom (karboksi- ili C-kraj ili C-terminus). Polipepti-
di se sintetiziraju dodavanjem aminokiselina na C-kraj. Slijed aminokiseli-
na u polipeptidu ispisuje se (prema dogovoru) istim redoslijedom. Karakte-
risti~na svojstva proteina odre|ena su specifi~nim slijedom aminokiselina.
Godine 1953. Frederick Sanger odredio je prvi potpuni slijed aminokiselina
u proteinu. Bio je to slijed u hormonu inzulinu. Pokazalo se da se inzulin
sastoji od dvaju polipeptidnih lanaca koji su me|usobno povezani disulfid-
nim vezama izme|u cisteinskih ogranaka (slika 2-16). Najva`nija spoznaja
u Sangerovom eksperimentu jest da se svaki protein sastoji od svoga speci-
fi~noga slijeda aminokiselina. Danas se sljedovi aminokiselina nekog protei-
na odre|uju dedukcijom iz slijeda nukleotida u mRNA. Do danas su pozna-
ti potpuni sljedovi aminokiselina u vi{e od 100.000 proteina. Svaki protein
ima jedinstven aminokiselinski slijed koji je odre|en redoslijedom nukleoti-
da u genu (vidi 3. poglavlje). Aminokiselinski slijed proteina tek je prvi ele-
ment proteinske strukture. Proteini nisu izdu`eni lanci aminokiselina. Oni
 Stani~na kemija 53

(SH) skupine. ^inilo se da na taj na~in Utjecaj

denaturirani protein zauzima slu~ajnu
neaktivnu konformaciju.
Osobito je va`no da su Sela, White i
Anfinsen opazili da se enzimska aktiv-
nost vra}a, ako se denaturirani protein
inkubira u uvjetima koji omogu}uju da
se polipeptidni lanac ponovno smota i
disulfidne veze ponovno uspostave. U
tim pokusima uklonjeno je denaturira-
ju}e sredstvo, a zatim je inaktivirani
enzim inkubiran u fiziolo{kom puferu
u prisutnosti O2. Taj postupak doveo
je do oksidacije sulfhidrilnih skupina
i ponovne uspostave disulfidnih veza.
Tim procesom enzimu se vratila kata-
liti~ka aktivnost, {to dokazuje da se
enzim ponovno smotao u nativnu
konformaciju. Budu}i da nisu bile pri-
sutne druge stani~ne komponente,
sva potrebna informacija za proteinsko
smatanje o~ito je potjecala od primar-
noga slijeda aminokiselina u polipep-
tidnom lancu.
Daljnji su pokusi odredili uvjete u
kojima denaturirana ribonukleaza pot-
puno vra}a svoju nativnu strukturu i
enzimsku aktivnost potvr|uju}i »ter-
modinami~ku hipotezu« proteinskog
smatanja, koja ka`e da nativna trodi-
menzionalna struktura proteina odgo-
vara ter modinami~ki najstabilnijem
stanju u fiziolo{kim uvjetima. Termodi-
nami~ka stabilnost odre|ena je interak-
Christian Anfinsen
cijama me|u aminokiselinama koje ga
sa~injavaju, te je stoga trodimenzio- smatanje, razumijevanje mehanizma
nalna konfor macija proteina izravno toga procesa jo{ je aktivno podru~je
odre|ena primarnim slijedom aminoki- istra`ivanja. Smatanje proteina iznimno
selina. Budu}i da redoslijed nukleotida je slo`eno i jo{ uvijek je nemogu}e
u DNA odre|uje slijed aminokiselina u predvidjeti trodimenzionalnu struk-
polipeptidu, proizlazi da redoslijed turu proteina izravno iz slijeda amino-
nukleotida u genu sadr`ava svu infor- kiselina. Tako|er je va`no napomenuti
maciju potrebnu za trodimenzionalnu da je spontano smatanje proteina in
strukturu svojega proteinskoga pro- vitro mnogo sporije nego proteinsko
dukta. smatanje u stanici, gdje poma`u enzimi
Premda je Anfinsenov rad postavio (vidi 7. poglavlje). Smatanje proteina
ter modinami~ki temelj za proteinsko ostaje sredi{nji izazov biolo{ke kemije.

poprimaju svojstvenu trodimenzionalnu konformaciju koja je bitna za nji-

hovu funkciju. Trodimenzionalne (prostorne) konformacije proteina poslje-
dica su me|usobne interakcije sastavnih aminokiselina tako da su i prostor-
ni oblici proteina odre|eni aminokiselinskim slijedom. Prvi je to pokazao
Christian Anfinsen eksperimentom u kojem je zagrijavanjem pokidao trodi-
menzionalnu proteinsku strukturu. Popucale su samo nekovalentne veze.
Taj proces nazivamo denaturacijom (slika 2-17). Proteini denaturirani na ta-
kav na~in ~esto se nakon inkubacije u blagim uvjetima spontano vra}aju u

Slika 2-16. Aminokiselinski slijed inzulina.

Inzulin se sastoji od dvaju polipeptidnih lanaca od kojih jedan sadr`ava O H O
21, a drugi 30 aminokiselina (nazna~enih odgovaraju}im jednoslovnim C N C C N
simbolom)
H CH2 H
S Disulfidni most izme|u
cisteinskih ogranaka.
S
H CH2 H
S S
C N C C N
N G I V E QC A S C S L Y Q L E N Y C C
1 21
S O H O
S

S S
N F V NQH L C G S H L V E A L Y L C G E R G F F Y T P K A C
1 30
 54 Poglavlje 2

C
Grijanjem i obradbom Ako denaturiranu ribonukleazu
reduktivnim reagensom radi 4 vratimo u nativne uvjete,
kidanja disulfidnih veza raspada spontano }e se smotati u
se nativna konformacija svoju nativnu konformaciju.
- protein se denaturira.

10

40 0

disulfidni mostovi
58
nativna ribonukleaza denaturirana ribonukleaza nativna ribonukleaza

Slika 2-17. Denaturacija i ponovno

smatanje proteina.
Ribonukleaza je protein sazdan od 124
aminokiseline (nazna~ene brojevima).
Normalno se protein smata u svoju na-
tivnu konformaciju koja sadr`ava ~etiri
disulfidne veze (nazna~ene kao spareni
kru`i}i koji predstavljaju cisteine).
hem-skupina
C-kraj
nativnu konformaciju, {to je pokazatelj da su prostorne konformacije izrav-
no odre|ene aminokiselinskim slijedom.
Trodimenzionalna struktura proteina naj~e{}e se analizira difrakcijom
X-zraka (kristalografijom), {to je tehnika visoke rezolucije koja razotkriva
razmje{taj pojedina~nih atoma unutar molekule. Snop X-zraka usmjeruje
se na kristal analiziranog proteina. X-zrake koje pro|u kroz proteinski kri-
stal detektiraju se filmom osjetljivim na X-zrake. Kad X-zrake udare kristal,
raspr{uju se na karakteristi~an na~in koji je odre|en rasporedom atoma u
molekuli. Stoga je mogu}e izvesti strukturu molekule na temelju slike raspr-
{enih X-zraka (difrakcijski uzorak).
Godine 1958. John Kendrew prvi je odredio trodimenzionalnu struktu-
ru proteina mioglobina, jednostavnoga proteina sazdanog od 153 aminoki-
seline (slika 2-18.). Od tada su analizirane tisu}e proteina. Ve}ina tih protei-
na su globularni proteini, kao {to je i mioglobin. Polipeptidni lanci globular-
nih proteina smotani su u kompaktne strukture. Neki proteini (primjerice
konstruktivni proteini vezivnih tkiva) duga~ke su vlaknaste strukture. Ispi-
tivanje trodimenzionalnih struktura proteina razjasnilo je nekoliko temelj-
nih principa koji upravljaju procesom smatanja, no struktura proteina toli-
ko je slo`ena da iz poznavanja slijeda aminokiselina jo{ uvijek nije mogu}e
odrediti trodimenzionalnu strukturu proteina.
Op}enito se proteinska struktura opisuje na ~etiri razine. Primarna stru-
ktura proteina je slijed aminokiselina u proteinskom lancu. Sekundarna
struktura je pravilni lokalni raspored aminokiselina unutar odre|ene regi-
je polipeptida. Godine 1951. Linus Pauling i Robert Corey uo~ili su dva naj-
~e{}a tipa sekundarne strukture: a-uzvojnicu i b-nabranu plo~u. Obje su te
sekundarne strukture u~vr{}ene vodikovim vezama izme|u skupina CO i
NH u peptidnim vezama. a-uzvojnica nastaje kad se dio polipeptidnog lan-
ca ovija oko svoje osi, tako da CO skupina jedne peptidne veze uspostavi

N-kraj Slika 2-18. Trodimenzionalna struktura mioglobina.

Mioglobin je protein izgra|en od 153 aminokiseline koji sudjeluje u transportu
kisika. Polipeptidni lanac se smata oko hem-skupine koja slu`i kao vezno mjesto za
kisik.
 Stani~na kemija 55

a-uzvojnica vodikova veza Slika 2-19. Sekundarna struktura

proteina.
Naj~e{}i oblici sekundarne strukture
C su a-uzvojnica i b-nabrana plo~a. U
C N H
N H O C C α-uzvojnici oblikuju se vodikove veze
C N H
O C O C izme|u skupina CO i NH u peptidnim
N H
C O C vezama udaljenim za ~etiri aminokise-
N H C C
O line. U β-plo~i vodikove veze povezuju
N H N H
C N H dva prilegnuta dijela polipeptidnog
C O C
O O C lanca. Nisu prikazani bo~ni ogranci
C O C N
N H aminokiselina.
C N H
C C C
O

b-plo~a H H H
O O
N N N
C C C C
C
C C C C C
N N C
O H O H O
H O H O H
C C vodikova
N C
C N C N veza
C N C
C C N C C
O H O H O

vodikovu vezu s NH-skupinom peptidne veze ~etvrte aminokiseline u ami-

nokiselinskom nizu polipeptida (slika 2-19). Nasuprot tome b-nabrana plo-
~a nastane kad se dva dijela polipeptidnog lanca, koji le`e jedan do drugo-
ga, pove`u vodikovim vezama. Takve se b-plo~e mogu oblikovati izme|u
vi{e dijelova polipeptidnog lanca koji mogu biti me|usobno paralelno ili
antiparalelno usmjereni.
Tercijarna struktura je smotanost polipeptidnog lanca koja nastaje kao
posljedica interakcija izme|u bo~nih ogranaka aminokiselina iz razli~itih
regija u primarnom slijedu (slika 2-20.). U ve}ini podru~je petlje
se proteina a-uzvojnice i b-nabrane plo~e, pove- N-kraj
zane regijama petlji, smataju u kompaktne globu-
larne strukture nazvane domenama i ~ine osnov-
ne jedinice tercijarne strukture. Mali proteini, a-uzvojnica
kao {to su ribonukleaza ili mioglobin, imaju samo
jednu domenu; ve}i proteini mogu imati vi{e raz-
li~itih domena koje su ~esto povezane s razli~itim
funkcijama.
Kriti~na odrednica tercijarne strukture jest
polo`aj hidrofobnih aminokiselina u unutra-
{njosti proteina i hidrofilnih aminokiselina
na povr{ini, gdje mogu stupiti u interakciju

Slika 2-20. Tercijarna struktura ribonukleaze.

Podru~ja sekundarne strukture, a-uzvojnice i b-plo~e, b-plo~a
povezana podru~jima petlji smataju se u nativnu kon-
formaciju proteina. U shematskom prikazu vrp~astoga
modela polipeptidnog lanca prikazane su a-uzvojnice C-kraj
kao spirale, a b-plo~e kao {iroke strjelice.
56 Poglavlje 2

hem-skupina b-lanci
a-lanci
Slika 2-21. Kvarterna struktura
hemoglobina.
Hemoglobin se sastoji od ~etiriju poli-
peptidnih lanca od kojih je svaki pove-
zan sa hem-skupinom. Identi~na su dva
a-lanca i dva b-lanca.
s vodom. Unutra{njost smotanih proteina sastoji se, dakle, prete`ito od hi-
drofobnih aminokiselina postrojenih u a-uzvojnice i b-plo~e. Te sekundar-
ne strukture nalaze se u hidrofobnim jezgrama proteina, jer vodikove veze
neutraliziraju polarni karakter skupina CO i NH u polipeptidnom kosturu.
Regije petlji, koje povezuju pravilne elemente sekundarne strukture, nala-
ze se na povr{ini smotanih proteina, gdje polarne komponente peptidnih
veza uspostavljaju vodikove veze s vodom ili s polarnim bo~nim ogranci-
ma hidrofilnih aminokiselina. Interakcije izme|u polarnih bo~nih ograna-
ka (vodikove i ionske veze) na proteinskoj povr{ini tako|er su va`ne odred-
nice u tercijarnoj strukturi. Povrh toga, kovalentne disulfidne veze izme|u
sulfhidrilnih skupina cisteinskih ogranaka stabiliziraju smotane strukture
mnogih sekretornih proteina i proteina na stani~noj povr{ini.
^etvrta razina proteinske strukture je kvarterna struktura. Sastoji se od
interakcija izme|u razli~itih polipeptidnih lanaca u proteinima koji sadr-
`avaju vi{e od jednoga polipeptida. Hemoglobin je, primjerice, sastavljen
od ~etiri polipeptidna lanca. Ti su lanci me|usobno povezani istim vrstama
interakcija koje odr`avaju tercijarnu strukturu (slika 2-21).
Razli~ita kemijska svojstva dvadeset razli~itih aminokiselina dovode do
znatnih varijacija u trodimenzionalnoj konformaciji smotanih proteina. Sto-
ga proteini ~ine ekstremno slo`enu i raznoliku skupinu makromolekula,
prikladnu za mno{tvo zada}a koje proteini obavljaju u stani~noj biologiji.

Sredi{nja uloga enzima kao biolo{kih

katalizatora
Osnovna zada}a proteina jest da djeluju kao enzimi – katalizatori koji ubr-
zavaju prakti~ki sve kemijske reakcije u stanici. Premda su ribonukleinske
kiseline sposobne katalizirati odre|ene reakcije, ve}inu biolo{kih reakcija
kataliziraju proteini. Bez enzimske katalize ve}ina biokemijskih reakcija bi-
la bi tako spora da se reakcije ne bi mogle dogoditi u blagim uvjetima tem-
perature i pritiska u kojima se odvija `ivot. Enzimi ubrzavaju takve reakcije
znatno vi{e od milijun puta. Reakcije, koje bi u odsutnosti enzima trajale
godinama, dogode se u djeli}u sekunde, ako ih katalizira odgovaraju}i en-
zim. Stanice sadr`avaju tisu}e razli~itih enzima. Enzimske aktivnosti odre-
|uju koje }e se reakcije doista dogoditi unutar stanice.

Kataliti~ka aktivnost enzima

Enzimi imaju dva temeljna svojstva, bitna i za druge katalizatore: (1) oni
ubrzavaju kemijske reakcije, a da se tim reakcijama ne tro{e niti trajno mije-
njaju, (2) enzimi ubrzavaju reakcije ne mijenjaju}i polo`aj ravnote`e izme-
|u reaktanata i produkata.
Ta na~ela enzimske katalize predo~uje sljede}i primjer. Molekula na koju
djeluje enzim (koju nazivamo supstrat S) prevodi se reakcijom u produkt P.
U odsutnosti enzima reakcija te~e na sljede}i na~in:
S P
Kemijsku ravnote`u izme|u S i P odre|uju termodinami~ki zakoni (o
~emu }emo raspravljati dalje u poglavlju), a predstavlja je omjer specifi~nih
brzina polazne i povratne reakcije (S→P i P→S). U prisutnosti odgovaraju-
}eg enzima ubrzava se pretvorba S u P, ali ravnote`a izme|u S i P ostaje
nepromijenjena. Stoga enzim mora jednako ubrzati obje reakcije, polaznu i
povratnu. Odgovaraju}i prikaz te reakcije jest
E
S P.
 Stani~na kemija 57

Valja uo~iti da se enzim reakcijom ne mijenja pa kemijska ravnote`a osta- prijelazno

je nepromijenjena, jer je odre|ena isklju~ivo termodinami~kim svojstvima stanje
S i P. nekatalizirana
Promjene energije koje se moraju dogoditi tijekom konverzije S u P (sli- reakcija
ka 2-22) najbolje predo~uju u~inak enzima u takvoj reakciji. Reakcijska rav- energija
nergi
note`a odre|ena je kona~nim energijskim stanjima S i P. Na ta stanja ne aktivacije
tivac

energija
utje~e enzimska kataliza. Me|utim, da bi moglo do}i do reakcije, supstrat
se najprije mora dovesti u vi{e energijsko stanje, takozvano prijelazno sta-
nje. Energija koja je potrebna da se dosegne prijelazno stanje (energija akti-
vacije) predstavlja prepreku za napredovanje reakcije i ona ograni~uje brzi- S)
katalizirana
nu reakcije. Enzimi (i drugi katalizatori) djeluju tako da smanjuju energiju reakcija
aktivacije i na taj na~in pove}avaju brzinu reakcije. Ubrzanje je jednako u produkt (P)
oba smjera, u polaznom i u povratnom, jer oba puta prolaze preko istoga napredovanje reakcije
prijelaznoga stanja.
Kataliti~ka aktivnost enzima uklju~uje vezanje supstrata da nastane
kompleks enzim-supstrat (ES). Supstrat se ve`e na specifi~no mjesto enzi- Slika 2-22. Energijske
ma, takozvano aktivno sredi{te (mjesto). Supstrat vezan na aktivno sredi- promjene tijekom katalizirane i
{te prevodi se u reakcijski produkt, koji zatim napu{ta enzim. Enzimski ka- nekatalizirane reakcije.
taliziranoj reakciji odgovara stoga sljede}i prikaz: Prikazana reakcija je jednostavna pre-
tvorba supstrata S u produkt P. Budu}i
S+E ES E + P. da je kona~no energijsko stanje P ni`e
Valja uo~iti da se E pojavljuje nepromijenjen na obje strane jednad`be, od stanja S, reakcija te~e udesno. Me-
|utim, da bi do{lo do reakcije, S mora
tako da ravnote`a ostaje nedirnuta. Me|utim enzim osigurava okru`enje u najprije pro}i preko vi{ega prijelaznog
kojem reakcije pretvorbe S u P teku spremnije. To je posljedica interakcije stanja. Potrebna energija za postizanje
izme|u enzima i supstrata kojom se smanjuje energija aktivacije i poti~e prijelaznoga stanja (energija aktivacije)
stvaranje prijelaznoga stanja. predstavlja prepreku pri odvijanju re-
akcije i stoga odre|uje brzinu kojom }e
Mehanizmi enzimske katalize reakcija napredovati. U prisutnosti ka-
talizatora (primjerice enzima) smanjuje
Vezanje supstrata na aktivno mjesto enzima vrlo je specifi~na interakcija. se aktivacijska energije pa reakcija te~e
Aktivna mjesta su udubljenja ili utori na povr{ini enzima i obi~no su sazda- br`e.
na od aminokiselina iz razli~itih dijelova polipeptidnog lanca koje je terci-
jarna struktura pribli`ila u smotanom proteinu. Supstrati se najprije ve`u
na aktivno mjesto nekovalentnim interakcijama koje uklju~uju vodikove
veze, ionske veze i hidrofobne interakcije. Jednom kad je supstrat vezan na
aktivno mjesto enzima, mogu}i su razli~iti mehanizmi koji }e ubrzati pre-
tvorbu supstrata u reakcijski produkt.
Jednostavan primjer, o kojem je raspravljano, odnosio se na jednosup-
stratnu reakciju, premda ve}ina biokemijskih reakcija uklju~uje interakciju
dvaju ili vi{e supstrata. Primjerice stvaranje peptidne veze uklju~uje pove-
zivanje dviju aminokiselina. U reakcijama toga tipa odvijanje reakcije po-
spje{uje vezanje dvaju ili vi{e supstrata na aktivno sredi{te u pravom polo-
`aju i u pravoj orijentaciji (slika 2-23). Enzim osigurava kalup koji okuplja
reaktante usmjerene na pravi na~in da se pospje{i stvaranje prijelaznoga
stanja putem kojega }e stupiti u me|usobnu interakciju.
Enzimi ubrzavaju reakcije i time {to mijenjaju konformaciju svojih sup-
strata radi pribli`enja konformaciji prijelaznoga stanja. Najjednostavniji
model interakcije enzim-supstrat je model »klju~-brava« u kojem supstrat
savr{eno pristaje u aktivno sredi{te (slika 2-24.). Me|utim, u mnogo slu~aje-
va vezanjem supstrata dolazi do promjene konformacije enzima i substra-
ta, {to nazivamo inducirana prilagodba. U takvim se slu~ajevima konforma-
cija substrata promijeni da postane {to sli~nija prijelaznom stanju. Napreg-
nutost izazvana distorzijom supstrata mo`e oslabiti klju~ne veze i time do-
datno olak{ati postizanje prijelaznoga stanja. [tovi{e, prijelazno se stanje
stabilizira tijesnim vezanjem na enzim, ~ime se smanjuje potrebna energija
aktivacije.
58 Poglavlje 2

supstrati enzim produkt

prijelazno
stanje
+

kompleks enzim-supstrat
Slika 2-23. Enzimska kataliza dvo-
supstratne reakcije.
Enzim osigurava kalup putem kojega
se dva supstrata zbli`uju u prikladnom
polo`aju i orijentaciji da me|usobno
reagiraju. Povrh privo|enja supstrata i distorzije konformacije supstrata radi pribli-
`enja prijelaznom stanju mnogi enzimi sudjeluju izravno u kataliti~kom
procesu. U takvim slu~ajevima bo~ni ogranci specifi~nih aminokiselina u
aktivnom sredi{tu mogu reagirati sa supstratima i stvoriti veze s reakcij-
skim intermedijarima. Kisele i bazi~ne aminokiseline ~esto su uklju~ene u
takve kataliti~ke mehanizme {to }e predo~iti rasprava o kimotripsinu kao
primjeru enzimske katalize.
Kimotripsin je ~lan enzimske obitelji (serinske proteaze) koja razgra|uje
proteine kataliziraju}i kidanje peptidnih veza. Reakcija se mo`e prikazati
na sljede}i na~in:
protein + H2O → peptid1 + peptid2
Razli~iti ~lanovi obitelji serinskih proteaza (uklju~uju}i kimotripsin, trip-
sin, elastazu i trombin) specifi~ni su za razli~ite supstrate biraju}i razli~ite
susjedne aminokiseline me|u kojima }e pokidati peptidne veze. Primjeri-
ce, kimotripsin razgra|uje veze uz hidrofobne aminokiseline kao {to su
triptofan i fenilalanin, dok tripsin razgra|uje veze uz bazi~ne aminokiseli-
ne kao {to su lizin i arginin. Sve serinske proteaze imaju, me|utim, sli~nu
strukturu i koriste isti mehanizam katalize. Aktivna mjesta tih enzima sadr-
`avaju tri klju~ne aminokiseline – serin, histidin i aspartat – koje
pokre}u hidrolizu peptidne veze. Ti su enzimi nazvani serinskim
(A) supstrat proteazama zbog sredi{nje uloge serinskog ogranka. Supstrati se
ve`u na serinske proteaze umetanjem aminokiselina uz mjesto
kidanja u d`ep na aktivnom sredi{tu enzima (slika 2-25). Svoj-
stva d`epa odre|uju specifi~nost razli~itih serinskih proteaza
model
klju~-brava prema odre|enom supstratu. Primjerice, vezni d`ep kimotripsi-
na sadr`ava hidrofobne aminokiseline koje stupaju u interakciju
enzim s hidrofobnim ograncima izabranih supstrata. Suprotno tome

(B)
Supstrat i enzim su
promijenjeni u konformaciju
prijelaznoga stanja.
Slika 2-24. Modeli interakcije enzim-supstrat.
inducirana
Model klju~-brava pretpostavlja da supstrat precizno pristaje u aktivno
prilagodba
sredi{te enzima. (B) Model inducirane prilagodbe pretpostavlja da ve-
zanje supstrata mijenja konformacije supstrata i enzima. Ta promjena
pribli`uje supstrat konformaciji prijelaznoga stanja, {to ubrzava reak-
ciju.
 Stani~na kemija 59

peptidna veza Slika 2-25. Vezanje supstrata na

za kidanje serinske proteaze.
H O Aminokiselina uz peptidnu vezu koju
treba pokidati umetnuta je u d`ep ak-
N C C N H O
H H tivnoga sredi{ta enzima. Kod kimotrip-
CH2 N C C N sina d`ep ve`e hidrofobne aminokise-
H H line; vezni d`ep tripsina sadr`ava ne-
CH2
gativno nabijeni ogranak aspartata koji
CH2 ve`e bazi~ne aminokiseline ionskom in-
CH2 terakcijom.
CH2
kimotripsin NH3 tripsin
+
–
Asp
Hidrofobna interakcija Ionska interakcija

vezni d`ep tripsina sadr`ava negativno nabijenu kiselu aminokiselinu (as-

partat) koja mo`e stvoriti ionsku vezu s ograncima lizina ili arginina u svo-
jim supstratima.
Vezanje supstrata postavlja peptidnu vezu koju treba pokidati uz serin
aktivnoga mjesta (slika 2-26). Proton toga serina prenosi se tada na aktivno
mjesto histidina. Konformacija aktivnoga sredi{ta pogoduje tom prijenosu
protona, jer je histidin u interakciji s negativno nabijenim ogrankom aspar-
tata. Serin reagira sa supstratom stvaraju}i tetraedarsko prijelazno stanje.
Peptidna se veza zatim pokida, a C-kraj supstrata napu{ta enzim. Me|utim
N-kraj peptida ostaje vezan na serin. Nastalo se stanje razrje{uje kad mole-
kula vode (drugi supstrat) u|e u aktivno sredi{te i obrne slijed reakcija koje
su se bile dogodile. Proton molekule vode prenosi se na histidin, a hidroksil-
na skupina na peptid, pri ~emu nastane drugo tetraedarsko prijelazno sta-
nje. Proton se zatim prenosi od histidina natrag na serin, a peptid napu{ta
enzim, ~ime je reakcija dovr{ena.
Ovaj primjer osvjetljava nekoliko svojstava enzimske katalize: specifi-
~nost interakcija enzim-supstrat, smje{taj razli~itih supstrata u aktivnom
sredi{tu i uklju~enost ogranaka aktivnoga sredi{ta u stvaranju i stabilizaciji
prijelaznoga stanja. Premda tisu}e enzima kataliziraju mno{tvo razli~itih
vrsta kemijskih reakcija u stanici, za njihovo djelovanje vrijede ista temelj-
na na~ela.

Koenzimi
Osim {to ve`u supstrate, aktivna mjesta mnogih enzima ve`u i druge male
molekule koje sudjeluju u katalizi. Prosteti~ke skupine su male molekule
vezane na proteine i imaju klju~nu ulogu u proteinskoj funkciji. Primjerice
kisik, koji se prenosi mioglobinom ili hemoglobinom, vezan je na hem, pro-
steti~ku skupinu tih proteina. U mnogo slu~ajeva na enzime su vezani me-
talni ioni (npr. cink ili `eljezo) i imaju klju~nu ulogu u kataliti~kom procesu.
U specifi~nim vrstama enzimskih reakcija sudjeluju tako|er mnoge organ-
ske molekule male molekularne mase. Takve se molekule nazivaju koenzi-
mima, jer sura|uju s enzimima pri ubrzavanju reakcija. Suprotno supstrati-
ma, koenzimi se u reakcijama u koje su uklju~eni ne mijenjaju nepovratno.
Oni recikliraju i sudjeluju u mnogima enzimskim reakcijama.
60 Poglavlje 2

Slika 2-26. Kataliti~ki mehanizam N-kraj

kimotripsina. mjesto kidanja
Tri aminokiseline u aktivnom sredi{tu NH
O C-kraj
(Ser-195, His-57 i Asp-102) imaju klju~nu C
ulogu u katalizi. CH2 C N
H
O H N NH –O O
CH2 C

Vezni d`ep Ser-195 His-57 Asp-102

N-kraj Ser-195 prenosi H+ na His-57 i

oblikuje tetraedarsko prijelazno
NH stanje sa supstratom. Asp-102
O– C-kraj
C stabilizira prijenos H+ na His-57
CH2 C N ionskom interakcijom.
H
O HN NH –O O
+
CH2 C

Ser-195 His-57 Asp-102

N-kraj
C-kraj
NH
Preneseni H+ od His-57
O NH2 na supstrat; kidanje
C slobodni peptid
peptidne veze.
CH2 C

O N NH –O O
CH2 C

Ser-195 His-57 Asp-102

N-kraj H2O ulazi u aktivno mjesto

stvaraju}i vodikovu vezu s His-57.
NH H
O O
C
H
CH2 C

O N NH –O O
CH2 C

Ser-195 His-57 Asp-102

N-kraj
H2O prenosi H+ na His-57
NH O– i OH– na supstrat oblikuju}i
C C OH
drugo prijelazno stanje.
CH2

O HN NH –O O
+
CH2 C

Ser-195 His-57 Asp-102

N-kraj
H+ vra}en od His-57 na
NH O Ser-195; peptid na strani
C C N-kraja napu{ta enzim.
CH2 OH

O H N NH –O O
CH2 C

Ser-195 His-57 Asp-102

 Stani~na kemija 61

(A)

NAD+ NADH
H H H
O O
H C H C
NH2
+ 2e– + H+ NH2

H + H H H
N N
O CH2 O CH2 O
O
O P O– O P O–

O O
OH OH NH2 OH OH NH2
O P O– O P O–
N N
N O CH2 N
O CH2

O N O N
N N

OH OH OH OH

(B)
1
H H O
H C OH + NAD + C + NADH + H+
S1(red) S1(oks)
Koenzimi slu`e kao prenositelji razli~itih vrsta
kemijskih skupina. Izraziti primjer je koenzim niko-
2
tinamid-adenin-dinukleotid (NAD+) koji djeluje H
H O
kao prenositelj elektrona u oksido-redukcijskim
reakcijama (slika 2-27). NAD+ mo`e od nekog sup-
C + NADH + H + H C OH + NAD +
S2(oks) S2(red)
strata prihvatiti vodikov ion (H+) i dva elektrona,
pri ~emu nastaje NADH. NADH mo`e predati te
zbroj:
elektrone drugom supstratu da opet nastane
+ + H H
NAD . Na taj na~in NAD prenosi elektrone od H O H O
prvoga supstrata (koji se oksidira) na drugi sup- H C OH + C C + H C OH
strat (koji se reducira). S1(red) S2(oks) S1(oks) S2(red)
Ima jo{ nekoliko koenzima koji tako|er djeluju
kao prenositelji elektrona. Drugi pak koenzimi su-
djeluju u prijenosu kemijskih skupina (npr. karbok- Slika 2-27. Uloga NAD+ u oksido-
silne ili acilne skupine; tablica 2-1). Isti koenzimi sura|uju s razli~itim enzi- redukcijskim reakcijama.
mima u kataliti~kom prijenosu specifi~nih kemijskih skupina izme|u razli- (A) nikotinamid-adenin-dinukleotid
~itih supstrata. Mnogi su koenzimi blisko srodni vitaminima koji imaju dio (NAD+) djeluje kao nosa~ elektrona u
ili cjelovitu strukturu koenzima. Vitamini nisu nu`ni bakterijama, primjeri- oksido-redukcijskim reakcijama: prima-
ju}i elektrone (e–) prelazi u NADH. (B)
ce E. coli, ali su bitan sastojak u prehrani ljudi i vi{ih `ivotinja, kod kojih je NAD+ mo`e primjerice preuzeti elek-
i{~eznula sposobnost sinteze tih spojeva. trone supstrata (S1) pri ~emu nastaje
oksidirani S1 i NADH. NADH nastao tom
Regulacija enzimske aktivnosti reakcijom prenosi elektrone na drugi
Va`no svojstvo ve}ine enzima jest aktivnost koja nije konstantna, nego se supstrat (S2) pa nastaje reducirani S2
uz regeneraciju NAD+. Stvarni u~inak
mo`e prilago|avati. Enzimske se aktivnosti mogu regulirati tako da svojim jest prijenos elektrona (prenesenih s
u~inkom odgovaraju na promjenjive fiziolo{ke potrebe do kojih dolazi u `i- pomo}u NADH) od S1 (koji se oksidira)
votu stanice. na S2 (koji se reducira).
Jedan od ~estih tipova enzimske regulacije jest inhibicija povratnom
spregom, pri kojoj produkt metaboli~kog puta inhibira aktivnost odre|e-
nog enzima na putu sinteze tog produkta. Aminokiselina izoleucin se pri-
mjerice sintetizira nizom reakcija po~ev{i od treonina (slika 2-28). Prvi ko-
62 Poglavlje 2

Tablica 2-1. Primjeri koenzima i vitamina

Koenzim Srodni vitamin Kemijska reakcija
NAD+, NADP+ niacin oksido-redukcija
FAD riboflavin (B2) oksido-redukcija
tiamin-pirofosfat tiamin (B1) prijenos aldehidne skupine
koenzim A pantotenat prijenos acilne skupine
tetrahidrofolat folat prijenos 1C-skupine
biotin biotin karboksilacija
piridoksal fosfat piridoksal (B6) transaminacija

treonin

rak na tom putu katalizira enzim treonin-deaminaza koju inhibira izoleu-

treonin-
-deaminaza
a–ketoglutarat
izoleucin
Slika 2-28. Inhibicija povratnom
spregom.
Prvi korak pretvorbe treonina u izoleu-
cin katalizira enzim treonin-deaminaza.
Izoleucin, krajnji produkt reakcijskoga
puta, inhibira aktivnost tog enzima.
cin, kona~ni produkt puta. Odgovaraju}a koli~ina izoleucina u stanici inhi-
bira treonin-deaminazu, onemogu}uju}i na taj na~in daljnju sintezu izoleu-
cina. Ako se koncentracija izoleucina smanji, prestaje inhibicija povratnom
spregom i sintetizira se dodatni izoleucin. Regulacijom aktivnosti treonin-
deaminaze stanica sintetizira potrebni izoleucin izbjegavaju}i rasipanje
energije na sintezu nepotrebnoga vi{ka izoleucina.
Inhibicija povratnom spregom primjer je alosteri~ke regulacije pri kojoj
se enzimska aktivnost nadzire vezanjem malih molekula na regulacijska
mjesta u enzimu (slika 2-29). Naziv »alosteri~ka regulacija« izvodi se iz
~injenice da se regulacijska molekula ne ve`e na kataliti~ko mjesto nego na
odre|eno drugo mjesto na proteinu (alloj=drugi, stereoj=mjesto). Veza-
nje regulacijske molekule mijenja konformaciju proteina zbog koje se pro-
mijeni oblik aktivnoga sredi{ta i kataliti~ka aktivnost enzima. U slu~aju
treonin-deaminaze vezanje regulacijske molekule (izoleucina) inhibira en-
zimsku aktivnost. U drugim slu~ajevima regulacijske molekule slu`e kao
aktivatori. Aktivatori ne inhibiraju nego ciljano stimuliraju svoje enzime.
Aktivnosti enzima mogu se tako|er regulirati interakcijom s drugim pro-
teinima ili kovalentnim modifikacijama kao {to je vezanje fosfatne skupine

Akivna Neaktivna
supstrat vezan u
aktivnom mjestu

Slika 2-29. Alosteri~ka regulacija.

U prikazanom primjeru enzimsku ak-
tivnost inhibira vezanje regulacijske
molekule na alosteri~ko mjesto. U od-
sutnosti inhibitora supstrat se ve`e u
aktivno mjesto enzima i reakcija te~e.
Vezanje inhibitora na alosteri~ko mjesto
uzrokuje konformacijsku promjenu
enzima i sprje~ava vezanje supstrata.
Ve}ina alosteri~kih enzima imaju vi{e inhibitor vezan na
podjedinica. alosteri~ko mjesto
 Stani~na kemija 63

Slika 2-30. Fosforilacija proteina.

Neki su enzimi regulirani vezanjem
fosfatnih skupina na hidroksilne sku-
O O pine bo~nih ogranaka serina (kao {to je
H fosforilacija proteina H
N C C N C C prikazano), treonina ili tirozina. Primje-
H H rice, glikogen-fosforilaza, koja katalizira
CH2 CH2 pretvorbu glikogena u glukozu-1-fosfat,
OH ADP O aktivira se fosforilacijom na poticaj ve-
zanja epinefrina na mi{i}ne stanice.
serin P

epinefrin

neaktivna
fosforilaza-kinaza
glikogen-
-fosforilaza

ADP
glikogen
glukoza-1-fosfat

na bo~ni ogranak serina, treonina ili tirozina. Fosforilacija je osobito ~est me-
hanizam regulacije enzimske aktivnosti. Vezanje fosfatnih skupina stimuli-
ra ili inhibira aktivnosti mnogih enzima (slika 2-30). Primjerice, mi{i}ne sta-
nice odgovaraju na epinefrin (adrenalin) razgradnjom glikogena na gluko-
zu. Na taj se na~in osigurava izvor energije za poja~anu mi{i}nu aktivnost.
Razgradnju glikogena katalizira enzim glikogen-fosforilaza, koju aktivira
fosforilacija na poticaj vezanja adrenalina za receptor na povr{ini mi{i}ne
stanice. Fosforilacija proteina ima sredi{nju ulogu u kontroli, ne samo meta-
boli~kih, nego i mnogih drugih stani~nih funkcija, uklju~uju}i stani~ni rast
i diferencijaciju.

Metaboli~ka energija
Za mnoge zada}e (primjerice kretanje, sintezu makromolekula) koje stani-
ca mora obaviti potrebna je energija. Zbog toga je veliki dio stani~nih aktiv-
nosti usmjeren na dobavu energije iz okoline i na kori{tenje te energije za
pokretanje energijski zahtjevnih reakcija. Premda enzimi kontroliraju goto-
vo sve kemijske reakcije unutar stanica, enzimska kataliza ne utje~e na po-
lo`aj ravnote`e kemijskih reakcija. Zakoni termodinamike upravljaju kemij-
skom ravnote`om i odre|uju energijski povoljan smjer svih kemijskih
reakcija. Mnoge reakcije koje se moraju dogoditi unutar stanice nisu ener-
gijski povoljne i stoga se mogu odvijati samo dovo|enjem energije. Zato
stanica mora neprekidno tro{iti energiju koju crpi iz okoline. Stoga je stva-
ranje i kori{tenje metaboli~ke energije bitno za cjelokupnu stani~nu biolo-
giju.

Slobodna energija i ATP

Energetiku biokemijskih reakcija mo`e se najbolje opisati termodinami-
~kom funkcijom nazvanom Gibbsova slobodna energija (G) prema Josiahu
Willardu Gibbsu. Promjena slobodne energije (∆G) neke reakcije povezuje
64 Poglavlje 2

u~inke promjene entalpije (oslobo|ene ili apsorbirane topline tijekom ke-

mijske reakcije) i entropije (stupnja nereda koji nastaje reakcijom) pretkazu-
ju}i ho}e li reakcija biti ili ne}e biti energijski povoljna. Sve se kemijske
reakcije spontano odvijaju u energijski povoljnom smjeru i prati ih smanje-
nje slobodne energije (∆G < 0). Razmotrimo primjer zami{ljene reakcije ko-
jom se A prevodi u B:
A B.
Ako je ∆G < 0, reakcija }e te}i u smjeru kako je napisana. Me|utim, ako
je ∆G > 0, reakcija }e te}i u suprotnom smjeru: B }e prelaziti u A.
∆G reakcije ne odre|uju samo intrinzi~ka svojstva reaktanata i produka-
ta nego i njihove koncentracije i drugi reakcijski uvjeti (npr. temperatura).
Stoga je korisno odrediti promjenu slobodne energije u standardnim uvjeti-
ma. (Standardni uvjeti podrazumijevaju da su koncentracije svih reaktana-
ta i produkata 1 M te da je pritisak 1 atm). Promjena standardne slobodne
energije (∆G°) neke reakcije u izravnoj je vezi s polo`ajem ravnote`e, jer je
stvarna ∆G funkcija ∆G° i koncentracija reaktanata i produkata. Kao pri-
mjer razmotrimo reakciju
A B.
Promjena slobodne energije odre|ena je izrazom
DG = DG° + RT ln ¢B£/¢A£,
gdje je R plinska konstanta, a T apsolutna temperatura.
U ravnote`i je ∆G = 0 i reakcija se ne odvija ni u kojem smjeru. Ravno-
te`na konstanta reakcije (K = ¢B£/¢A£ u ravnote`i) prema gornjoj jednad`bi
izravno ovisi o ∆G°, {to se mo`e prikazati kao
0 = DG° +RT ln K
ili
DG° = –RT ln K.
Ako je stvarni omjer ¢B£/¢A£ ve}i od ravnote`nog omjera (K), ∆G > 0 i reakci-
ja te~e u suprotnom smjeru (konverzija B u A). Nasuprot tomu, ako je omjer
¢B£/¢A£ manji od ravnote`noga, ∆G < 0 pa se A prevodi u B.
Zbog toga promjena standardne slobodne energije (∆G°) neke reakcije
odre|uje njezinu kemijsku ravnote`u i pokazuje u kojemu }e smjeru te}i
reakcija u zadanim okolnostima. Promjena standardne slobodne energije
biokemijskih reakcija obi~no se izra`ava kao ∆G°’, i odnosi se na promjenu
standardne slobodne energije u vodenoj otopini kod pH = 7, {to pribli`no
odgovara uvjetima unutar stanice.
Mnoge biolo{ke reakcije (primjerice sinteza makromolekula) termodina-
mi~ki su nepovoljne (∆G > 0) u stani~nim uvjetima. Za odvijanje takvih
reakcija potreban je dodatni izvor energije. Razmotrimo primjer reakcije
A B ∆G = +42 kJ/mol.
Pretvorba A u B energijski je nepovoljna pa reakcija te~e u suprotnom
smjeru umjesto u smjeru stvaranja produkta B. Me|utim reakciju u smjeru
stvaranja B mo`e pokrenuti povezivanje nepovoljne konverzije A u B s
energijski povoljnom reakcijom kao {to je reakcija
C D ∆G = –84 kJ/mol.
Ako se pove`u ove dvije reakcije, ukupnu reakciju mo`emo zdru`ivanjem
prikazati kao
A+C B+D ∆G = –42 kJ/mol.
 Stani~na kemija 65

∆G vezane reakcije jednaka je zbroju promjena slobodnih energija poje-

dina~nih sastavnih reakcija pa je ukupna zdru`ena reakcija energijski po-
voljna i te}i }e kao {to je napisana. Tako se energijski nepovoljna konverzija
A u B pokre}e povezivanjem s drugom reakcijom koja se odvija uz veliko
smanjenje slobodne energije. Enzimi su zadu`eni za provedbu takvih veza-
nih reakcija na koordinirani na~in.
Stanica rabi ovaj temeljni mehanizam za pokretanje mnogih energijski
nepovoljnih reakcija koje su nu`ne u biolo{kim sustavima. Adenozin-5-tri-
fosfat (ATP) ima sredi{nju ulogu u takvim procesima i djeluje kao spremi{te
slobodne energije unutar stanice (slika 2-31). Veze izme|u fosfata u ATP po-
znate su kao »visoko-energijske« veze, jer njihovu hidrolizu prati relativno
veliko smanjenje slobodne energije. Nema ni{ta posebno u tim kemijskim
vezama. Nazivaju ih »visoko-energijskima« samo zbog velike slobodne
energije koja se oslobodi prigodom hidrolize unutar stanice. Hidroliza ATP
do ADP i fosfata (Pi) te~e uz ∆G°’ =–30 kJ/mol. Podsjetimo se, me|utim, da
se ∆G°’ odnosi na »standardne uvjete«, kod kojih su koncentracije produka-
ta i reaktanata 1 M. Stvarne unutarstani~ne koncentracije Pi pribli`no su
10-2 M, a koncentracije ATP ve}e su od koncentracija ADP. Te razlike izme|u
unutarstani~nih koncentracija i standardnog stanja pogoduju hidrolizi ATP
tako da ∆G za hidrolizu ATP unutar stanice iznosi pribli`no –50 kJ/mol.
ATP se alternativno mo`e hidrolizirati do AMP i pirofosfata (PPi). Oslo-
ba|a se pribli`no jednaka koli~ina slobodne energije kao pri hidrolizi ATP
do ADP. Me|utim, nastali pirofosfat u toj se reakciji sam brzo hidrolizira uz
∆G sli~nu hidrolizi ATP. Na taj je na~in ukupna promjena slobodne energije
pri hidrolizi ATP do AMP pribli`no dvostruka od energije dobivene hidroli-
zom ATP do ADP. Radi usporedbe, energija veze izme|u {e}erne i fosfatne
skupine AMP nije velika i tipi~na je za kovalentne veze: ∆G°’ = –14 kJ/mol.
Zbog popratnoga smanjenja slobodne energije hidroliza ATP mo`e po -
kretati druge energijski zahtjevne reakcije unutar stanice. Primjerice, prva
reakcija glikolize (o kojoj raspravljamo u sljede}em poglavlju) konverzija je
glukoze u glukoza-6-fosfat. Reakciju mo`emo prikazati kao
glukoza + fosfat (HPO42–) → glukoza-6-fosfat + H2O.
Budu}i da je napisana reakcija energijski nepovoljna (∆G° = + 14 kJ/
mol), mora se povezati s hidrolizom ATP da se pokrene u napisanom smje-
ru (∆G°’ = – 30 kJ/mol). Zdru`enu reakciju mo`emo napisati kao
glukoza + ATP → glukoza-6-fosfat + ADP.
Promjena slobodne energije za tu reakciju zbroj je promjena slobodnih
energija pojedina~nih reakcija, tako da je za zdru`enu reakciju ∆G°’ = –16
kJ/mol {to poti~e stvaranje glukoza-6-fosfata.
Postoje i druge molekule, uklju~uju}i nukleozid-trifosfate (primjerice
GTP), koje posjeduju visoko-energijske veze pa se i one koriste, kao i ATP,
za pokretanje energijski zahtjevnih reakcija. Me|utim, za ve}inu reakcija
energiju dobavlja ATP. Zbog toga su reakcije u stanici povezane: one koje
osloba|aju energiju sa sintezom ATP, a one koje zahtijevaju energiju s hi-
drolizom ATP. Stoga visoko-energijske veze ATP imaju sredi{nju ulogu u
stani~nom metabolizmu i slu`e kao uporabivi oblik pohranjene slobodne
energije.

Stvaranje ATP iz glukoze

Razgradnja ugljikohidrata, posebice glukoze, glavni je izvor stani~ne ener-
gije. Potpuna oksidativna razgradnja glukoze do CO2 i H2O mo`e se napisa-
ti kao
C6H12O6 +6O2 → 6CO2 + 6H2O.
66 Poglavlje 2

NH2

ATP N
N
O– O– O–
–O O CH2
P O P O P
O N
O O O N

H2O H2O
OH OH

NH2
NH2 N
AMP N
ADP O–
N
N
O– O– –O
P O CH2
O N
–O
P O P O CH2 O N
O N
O O N

OH OH
OH OH +
+ Slika 2-31. ATP kao uskladi{tena O– O–
O– energija. –O
P O P OH ( P P i)
Veze izme|u fosfatnih skupina ATP nazivaju
–O
P OH ( P i)
se visokoenergijskim vezama zbog velikog O O
O smanjenja slobodne energije nakon njihove
hidrolize. Hidrolizom ATP mo`e nastati ADP H2O
i fosfatna skupina (HPO42–) ili AMP i pirofos-
fat. Nastali pirofosfat sam se brzo hidrolizira
osloba|aju}i dodatnu slobodnu energiju.

2 Pi

Reakcija proizvodi veliku koli~inu slobodne energije: ∆G°’ = –867,5 kJ/mol.

Da bi se ova energija prikupila u uporabivom obliku, glukoza se u stanici
oksidira u nizu koraka koji su povezani sa sintezom ATP.
Glikoliza, po~etna faza razgradnje glukoze, zajedni~ka je prakti~ki svim
stanicama. Glikoliza se zbiva u odsutnosti kisika pa anaerobnim organizmi-
ma mo`e osigurati svu potrebnu metaboli~ku energiju. U aerobnim stanica-
ma glikoliza je tek prva faza razgradnje glukoze.
Reakcije glikolize razgra|uju glukozu do piruvata uz neto-dobitak od
dvije molekule ATP (slika 2-32). Po~etne reakcije na glikoliti~kom putu u
stvari tro{e energiju rabe}i ATP za fosforilaciju glukoze do glukoza-6-fosfa-
ta i zatim fruktoza-fosfata do fruktoza-1,6-bisfosfata. Enzimi koji katalizira-
ju ove dvije reakcije, heksokinaza i fosfofruktokinaza, va`ne su regulacij-
ske to~ke glikoliti~kog puta. Klju~ni nadzor provodi fosfofruktokinaza, ko-
ju inhibira visoka razina ATP. Inhibicija fosfofruktokinaze izaziva nagomila-
vanje glukoza-6-fosfata, koji tada inhibira heksokinazu. Na taj je na~in inhi-
birana razgradnja glukoze kad stanica ima dovoljno raspolo`ive metaboli-
~ke energije u obliku ATP.
 Stani~na kemija 67

Reakcije koje slijede nakon stvaranja fruktoza-1,6-bisfosfata pripadaju

dijelu glikoliti~kog puta kojim se proizvodi energija. Raspadom fruktoza-
1,6-bisfosfata nastaju dvije molekule {e}era s tri ugljikova atoma. Gliceralde-
hid-3-fosfat oksidira se u 1,3-bisfosfoglicerat. Fosfatna skupina toga spoja
ima vrlo veliku slobodnu energiju hidrolize (∆G° = –48,1 kJ) pa se koristi u
sljede}oj reakciji glikolize za pokretanje sinteze ATP iz ADP. Produkt te
reakcije, 3-fosfoglicerat, prevodi se zatim u fosfoenolpiruvat, drugi visoko-
energijski intermedijar u glikolizi. Hidroliza visokoenergijskog fosfata u
fosfoenolpiruvatu te~e uz ∆G°’ = –61 kJ/mol pa se konverzija fosfoenolpiru-
vata u piruvat povezuje sa sintezom ATP. Svaka molekula gliceraldehid-3-
fosfata, koja se prevede u piruvat, povezana je s proizvodnjom dviju mole-
kula ATP. Od ishodne molekule glukoze ukupno se sintetiziraju ~etiri mole-
kule ATP. Budu}i da su dvije molekule ATP bile potrebne za otpo~injanje
prvih reakcija, neto-dobitak od glikolize su dvije molekule ATP.
Povrh proizvedenog ATP, glikoliza pretvara dvije molekule koenzima
NAD+ u NADH. U toj reakciji NAD+ djeluje kao oksidacijsko sredstvo koje
prima elektrone od gliceraldehid-3-fosfata. NADH, nastali produkt te reak-
cije, reciklira, i slu`i kao donor elektrona u drugim oksido-redukcijskim
reakcijama unutar stanice. U anaerobnim uvjetima konverzijom piruvata u
laktat ili etanol NADH nastao glikolizom reoksidira se u NAD+. Me|utim,
u aerobnim organizmima NADH slu`i kao dodatni izvor energije daju}i
svoje elektrone transportnom lancu elektrona putem kojega }e na kraju
poslu`iti za redukciju O2 u H2O uz povezano stvaranje dodatnog ATP.
U eukariotskim stanicama glikoliza se odvija u citosolu. Piruvat se zatim
prenosi u mitohondrij, gdje se njegovom potpunom oksidacijom do CO2 i
H2O proizvede ve}ina ATP dobivenog razgradnjom glukoze. Sljede}i je
korak u metabolizmu piruvata njegova oksidativna dekarboksilacija u pri-
sutnosti koenzima A (CoA) koji slu`i kao nosa~ acilnih skupina u razli~itim
metaboli~kim reakcijama (slika 2-33). Jedan se ugljik piruvata oslobodi kao
CO2, a preostala dva ugljika predaju se koenzimu A da nastane acetil-CoA.
U tom se procesu reducira molekula NAD+ u NADH.
Acetil-CoA nastao ovom reakcijom ulazi u ciklus limunske kiseline ili
Krebsov ciklus (slika 2-34) koji je sredi{nji put oksidativnog metabolizma.
Dva ugljikova atoma acetilne skupine povezuju se s oksaloacetatom (~etiri
ugljika) da nastane citrat ({est ugljika). Tijekom osam sljede}ih reakcija dva
se citratna ugljika potpuno oksidiraju do CO2 pri ~emu se regenerira oksa-
loacetat. Tijekom ciklusa stvori se jedna visokoenergijska fosfatna veza u
GTP koja se izravno koristi za pokretanje sinteze molekule ATP. Povrh toga
svaki krug ciklusa proizvede tri molekule NADH i molekulu reduciranoga
flavin-adenin-dinukleotida (FADH2) koji je tako|er nosa~ elektrona u oksi-
do-redukcijskim reakcijama.
Ciklus limunske kiseline dovr{ava oksidaciju glukoze do {est molekula
CO2. ^etiri molekule ATP izravno su dobivene od svake molekule glukoze
– dvije tijekom glikolize i dvije ciklusom limunske kiseline (po jedna od sva-
ke molekule piruvata). Osim toga, nastaje deset molekula NADH (dvije iz
glikolize, dvije konverzijom piruvata u acetil-CoA i {est iz ciklusa limunske
kiseline) te dvije molekule FADH2. Preostala energija, kojoj je izvor razgrad-
nja glukoze, dolazi od reoksidacije NADH i FADH2, kad se njihovi elektroni
prenesu transportnim lancem elektrona do kisika koji se reducira u H2O.
Tijekom oksidativne fosforilacije povezuju se elektroni NADH i FADH2 s
O2, a oslobo|ena energija tim procesom pokre}e sintezu ATP od ADP. Prije-
nos elektrona od NADH na O2 oslobodi golemu koli~inu slobodne energi-
je: ∆G°’ = –219,5 kJ za svaki par prenesenih elektrona. Da bi se ta energija
prikupila u uporabivom obliku, proces se odvija postupnim prolaskom
68 Poglavlje 2

tro{enje energije proizvodnja energije

H2OH
Pi NAD + +
O Pi NAD
H
H glukoza NADH
NADH

H OH O OP
P
H 1,3-bisfosfoglicerat
H
2 P
ADP

H2O P ADP
O
H H
H
glukoza-6-fosfat
H OO–
HO OH –
H
H OH 3-fosfoglicerat
H2
P

PO H2 O H2OH

H –
fruktoza-6-fosfat –
H OH

OH H P 2 -fosfoglicerat
H
2 OH

ADP
–
PO H O H2O P
P fosfoenolpiruvat
H HO fruktoza-
H OH -1,6-bisfosfat

OH H AD
ADP
ADP
ADP

H2 OP H O aerobni uvjeti
– piruvat
O H OH
prema ciklusu
H2OH H2 OP limunske kiseline
H3
dihidroksiaceton gliceraldehid-
fosfat -3-fosfat
NADH anaerobni uvjeti
NADH
Slika 2-32. Reakcije glikolize. NAD + + 2
Glukoza se razgra|uje do piruvata uz NAD
osloba|anje dviju molekula ATP i dviju
molekula NADH. U anaerobnim uvjetima NADH NAD + +
NADH NAD
NADH se reoksidira konverzijom piruvata OO–
u etanol ili laktat. U aerobnim uvjetima OO–
piruvat se dalje metabolizira u ciklusu H H
OH O OH
limunske kiseline. Obrati pozornost na
~injenicu da od jedne molekule glukoze H3 H3 3
nastanu dvije molekule 3C-atomnih deri-
vata za proizvodnju energije. laktat acetaldehid etanol
 Stani~na kemija 69

Slika 2-33. Oksidativna dekarbo-

OO– O ksilacija piruvata.
+ A–SH
CoA + NAD + O2 + A–S
CoA H3 + NADH Piruvat se prevodi u CO2 i acetil-CoA.
U tom se procesu proizvodi molekula
3 NADH. Koenzim A (CoA-SH) je op}i
piruvat nosa~ aktiviranih acilnih skupina u razli-
~itim reakcijama.
A–SH
CoA NH2

N
N

O H2C
O N
–O
P O N

O O H CH3 O
C CH2 CH2 N C C C CH2 O P O
H O OH
HN
OH CH3 O– –O
CH2 CH2 SH P O
O–

elektrona preko niza nosa~a koji ~ine transportni lanac elektrona (slika 2-
35.). Sastavnice transportnog lanca elektrona smje{tene su u unutra{njoj
mitohondrijskoj membrani eukariotskih stanica. Pojedinosti oksidativne
fosforilacije razmotrit }emo u 10. poglavlju u raspravi o mitohondrijima. U
aerobnim bakterijama, koje rabe usporedivi sustav, sastavnice lan~anog pri-
jenosa elektrona smje{tene su u stani~nu membranu. U svakom slu~aju pri-
jenos elektrona od NADH na O2 stvara dovoljno energije za pokretanje
sinteze pribli`no triju molekula ATP. Elektroni od FADH2 ulaze u transport-
ni lanac na ni`oj energijskoj razini pa njihov prijenos na O2 donosi manje
uporabive energije, za dvije molekule ATP.
Sada mo`emo izra~unati ukupni prinos ATP oksidacijom glukoze. Neto-
dobitak od glikolize jesu dvije molekule ATP i dvije molekule NADH. Pre-
tvorba piruvata do acetil-CoA i njegov metabolizam putem ciklusa limun-
ske kiseline donosi jo{ dvije molekule ATP, osam molekula NADH i dvije
molekule FADH2. Pretpostavimo li da se oksidacijom svakog NADH sinteti-
ziraju tri molekule ATP i po dvije od svakog FADH2, ukupan prinos je 38
molekula ATP po molekuli glukoze. Me|utim, u nekim je stanicama prinos
ne{to ni`i, jer dvije molekule NADH, nastale glikolizom u citosolu, ne mo-
gu izravno u}i u mitohodrij. Elektroni tih molekula NADH prenose se u
mitohondrij posebnim prijenosnim sustavom. Ovisno o kori{tenom susta-
vu, mogu}e je da ti elektroni u|u u transportni lanac na razini FADH2. U
takvim slu~ajevima dvije molekule NADH iz glikolize ne omogu}uju sinte-
zu triju nego samo dviju molekula ATP pa na taj na~in smanjuju ukupno
iskori{tenje od 38 ATP na 36 ATP po molekuli glukoze.

Dobivanje energije iz drugih organskih molekula

Energiju u obliku ATP mogu}e je dobiti razgradnjom i drugih organskih
molekula pri ~emu sredi{nju ulogu imaju putovi uklju~eni u razgradnju
glukoze. Nukleotidi se, primjerice, mogu razgraditi do {e}era koji zatim ula-
ze u glikoliti~ki put. I aminokiseline se razgra|uju putem ciklusa limunske
kiseline. Dva osnovna oblika uskladi{tene energije unutar stanica, polisaha-
ridi i lipidi, tako|er se mogu razgraditi za proizvodnju ATP. Polisaharidi se
kidaju na slobodne {e}ere koji se metaboliziraju kako je opisano u prethod-
70 Poglavlje 2

O
S CoA acetil-CoA
H3

CoA–
A SH
oksaloacetat
citrat
OO–
–
NADH OO
O
H2
H2 H2O
NAD +
– HO OO–
OO
H2
–
OO – –
OO OO
malat HO
H2 cis-akonitat
2 –
OO
–
H

H2O OO–

H2O
OO–
ciklus limunske
fumarat H kiseline
OO–
– H2
H OO– izocitrat

FADH2 HO H2
OO–
FAD OO–
H2
NAD +
H2 CoA–
A SH OO
–

sukcinat OO– H NADH

O H
CoA–
A SH
CoA O CO2
–
OO
GDP
a-ketoglutarat
–
NAD +
NADH
Slika 2-34. Ciklus limunske kiseline.
2C-atomna acetilna skupina prenosi se sukcinil-CoA CO2
od acetil-CoA na oksaloacetat da nastane
citrat. Dva ugljika citrata oksidiraju se u
CO2 i regenerira se oksaloacetat. Svaki
krug ciklusa stvara molekulu GTP, tri
molekule NADH i molekulu FADH2.

nom odlomku. Lipidi su me|utim jo{ u~inkovitija molekularna skladi{ta

energije. Budu}i da su lipidi reduciraniji od ugljikohidrata, jer sadr`avaju
prete`ito ugljikovodi~ne lance, njihova oksidacija donosi osjetno vi{e ener-
gije po masi ishodne tvari.
Masti (triacilgliceroli) su glavni oblik skladi{tenja lipida. Prvi je korak u
njihovom iskori{tavanju razgradnja do glicerola i slobodnih masnih kiseli-
na. Svaka masna kiselina povezuje se s koenzimom A da nastane acil-CoA
uz utro{ak jedne molekule ATP (slika 2-36). Masne kiseline razgra|uju se u
 Stani~na kemija 71

NADH Slika 2-35. Transportni lanac elektrona.

Elektroni se prenose od NADH i FADH2 na
2 e– O2 preko niza nosa~a organiziranih u ~etiri
proteinska kompleksa unutar mitohondrijske
Elektroni se prenose od NADH membrane. Slobodna energija oslobo|ena
do flavin-mononukleotida reakcijama elektronskoga transporta na kom-
FMN
kompleks I (FMN) pa putem nosa~a pleksima I, III i IV koristi se za pokretanje
`eljezo-sumpor (Fe-S) sinteze ATP.
do koenzima Q (CoQ).
Fe–S

CoQ je mobilni nosa~

FADH2 2 e– Fe–S CoQ koji prenosi elektrone
do citokroma b (cyt b)
Elektroni FADH2 ulaze u
kompleks II u kompleksu III
transportni lanac elektrona
na ni`oj energijskoj razini
gdje se prenose na CoQ.

Elektroni se prenose na
citokrom c (cyt c) i dalje Cyt b
na kompleks IV.
kompleks III
Fe–S

Cyt c1

Cyt c

Elektroni se napokon koriste

za redukciju O2 u H2O. Cyt a
kompleks IV
Cyt a3

2 H+ 1/ O2
H2O

postupnom oksidativnom procesu od po dva ugljika. Nastaje acetil-CoA i

acil-CoA skra}en za dva C-atoma. U svakom krugu oksidacije nastaje mole-
kula NADH i molekula FADH2. Acetil-CoA ulazi zatim u ciklus limunske ki-
seline, a ostatak se masne kiseline nastavlja razgra|ivati na isti na~in.
Razgradnja masne kiseline sa 16 ugljikovih atoma proizvodi sedam mo-
lekula NADH, sedam FADH2 i osam molekula acetil-CoA. Izrazi li se taj re-
zultat prinosom ATP, dobivamo 21 molekulu ATP od NADH (3 × 7), 14 ATP
od FADH2 (2 × 7) i 96 od acetil-CoA. Budu}i da je jedan ATP potro{en za ot-
po~injanje procesa, neto-dobitak je 130 molekula ATP po molekuli masne
kiseline sa 16 ugljikovih atoma. Usporedimo taj prinos s dobivenih 38 ATP
po molekuli glukoze. Budu}i da je relativna molekularna masa zasi}ene
72 Poglavlje 2

O Slika 2-36. Oksidacija masnih kiselina.

CoA–
A SH + C (CH2)14 CH3 Prvo se masna kiselina (primjerice 16-C-atomna zasi}ena masna kiselina palmitat)
–O
ve`e na koenzim A uz utro{ak jedne molekule ATP. Oksidacija masne kiseline zatim
te~e postupnim uklanjanjem po dvije C-atomne jedinice u obliku acetil-CoA uz
istovremeno stvaranje po jedne molekule NADH i FADH2.

AMP
+ masne kiseline sa 16 ugljikovih atoma 256, a glukoze 180, dobivena koli~ina
P Pi 2 Pi
ATP je pribli`no 2,5 puta ve}a po gramu masne kiseline. Prema tome lipidi
su bolje molekularno skladi{te energije od ugljikohidrata.
H2O
Fotosinteza
O Stvaranje energije oksidacijom ugljikohidrata i lipida temelji se na razgrad-
CoA S C (CH2)14 CH3 nji prethodno oblikovanih organskih spojeva. Potrebna energija za sintezu
C16-acil CoA tih spojeva potje~e od Sun~eva svjetla. Biljke i fotosintetiziraju}e bakterije
prikupljaju i koriste tu energiju za pokretanje sinteze ugljikohidrata. Pre-
FAD
tvorbom Sun~eve energije u uporabivi oblik kemijske energije fotosinteza
je izvor prakti~ki svekolike metaboli~ke energije u biolo{kim sustavima.
Ukupna jednad`ba fotosinteze mo`e se prikazati kao
FADH2
svjetlo
O H
CoA S C C C (CH2)12 CH3 6 CO2 + 6 H2O C6H12O6 + 6 O2
H
Me|utim, taj je proces mnogo slo`eniji, i odvija se u dvije odvojene faze. U
H2O prvoj fazi, nazvanoj reakcije svjetla, apsorbirana Sun~eva energija pokre}e
sintezu ATP i NADPH (koenzim sli~an NADH) povezanu s oksidacijom
H2O u O2. ATP i NADPH, nastali reakcijama svjetla, pokre}u sintezu uglji-
O OH kohidrata od CO2 i H2O u drugom skupu reakcija, koje su nazvane reakci-
CoA S C C
je tame, jer ne zahtijevaju Sun~evo svjetlo. U eukariotskim stanicama reak-
CH2 (CH2)12 CH3
cije svjetla i reakcije tame odvijaju se u kloroplastima.
H
Fotosintezni pigmenti hvataju Sun~evu energiju apsorpcijom fotona.
Svjetlo apsorbirano tim pigmentima izaziva pokretanje elektrona iz normal-
NAD +
ne molekularne orbitale u orbitalu vi{e energije pretvaraju}i na taj na~in
Sun~evu energiju u kemijsku energiju. U bilju su najobilniji fotosintezni
NADH + H+ pigmenti klorofili (slika 2-37) koji, osim zelenoga, zajedno apsorbiraju vidlji-
vo svjetlo svih valnih duljina. Dodatni pigmenti apsorbiraju svjetlo drugih
valnih duljina tako da se na~elno uhvati potpuni spektar vidljivog svjetla i
O O
iskoristi za fotosintezu.
CoA S C CH2 C (CH2)12 CH3 Energija uhva}ena apsorpcijom svjetla tro{i se na pretvorbu H2O u O2
(slika 2-38). Tim procesom proizvedeni elektroni visoke energije ulaze za-
CoA–
A SH
tim u transportni lanac elektrona, gdje prijenosom preko niza nosa~a budu
povezani sa sintezom ATP. Osim toga elektroni visoke energije reduciraju
NADP+ u NADPH.
O
U reakcijama tame ATP i NADPH (proizvedeni reakcijama svjetla) pokre-
CoA S C CH3 }u sintezu ugljikohidrata od CO2 i H2O. Po jedna molekula CO2 ulazi u
acetil CoA + reakcijski ciklus poznat kao Calvinov ciklus (Melvin Calvin otkrio je taj ci-
O klus), koji dovodi do stvaranja ugljikohidrata (slika 2-39). Calvinov ciklus
utro{i ukupno 18 molekula ATP i 12 NADPH za sintezu svake molekule glu-
CoA S C (CH2)12 CH3
koze. Dva su elektrona potrebna za pretvorbu svake molekule NADP+ u
C14-acil CoA NADPH, tako da 24 elektrona moraju pro}i transportnim lancem elektrona
da stvore dovoljno NADPH za sintezu jedne molekule glukoze. Ti se elek-
troni dobivaju pretvorbom 12 molekula H2O u {est molekula O2 {to je u
 Stani~na kemija 73

Slika 2-37. Struktura klorofila.

Klorofili se sastoje od struktura porfirinskoga prstena vezanih na ugljikovodi~ne CHO u klorofilu b
lance. Klorofili a i b razlikuju se u jednoj funkcionalnoj skupini u porfirinskom CH3 u klorofilu a
prstenu.
CH2
CH H CH3 porfirinski
C C C prsten
C C
H3C C C CH2 CH3
skladu sa stvaranjem {est molekula O2 uz svaku molekulu glukoze. Nije C N N
me|utim jasno dostaje li prolazak istih 24 elektrona niz transportni lanac H C Mg C H
elektrona za proizvodnju 18 ATP koje predvi|a Calvinov ciklus. Mo`da ne-
H3C C N N C
ke od molekula ATP nastanu alternativnim transportnim lancima koji kori- C C CH3
ste Sun~evu energiju za sintezu ATP bez sinteze NADPH (vidi 10. pogla- H C
C C
C
C
vlje). H2C H
H C C
O
Biosinteza stani~nih sastojaka
2
C O
C O
O
Prethodni odlomak predo~io je pregled glavnih metaboli~kih reakcija pu- O
tem kojih stanica dobavlja i pohranjuje energiju u obliku ATP. Ta se metabo- CH3
CH2
li~ka energija zatim iskori{tava za obavljanje razli~itih zada}a uklju~uju}i i
CH
sintezu makromolekula i drugih stani~nih sastojaka. Energija, koja se dobi-
C CH3
va razgradnjom organskih molekula (katabolizam), tro{i se za pokretanje
sinteze drugih stanici potrebnih sastojaka. Ve}ina kataboli~kih putova CH2
uklju~uje oksidaciju organskih molekula povezanu sa stvaranjem energije CH2
(ATP) i reduktivnoga potencijala (NADH). Nasuprot tomu, biosintezni pu- CH2
tevi naj~e{}e tro{e i ATP i reduktivni potencijal (obi~no u obliku NADPH)
HC CH3
za proizvodnju novih organskih spojeva. Jedan od glavnih biosinteznih pu-
tova je sinteza ugljikohidrata od CO2 i H2O tijekom fotosinteznih reakcija u CH2
ugljikovodi~ni »rep«
tami, o ~emu je raspravljano u prethodnom odlomku. O postoje}im alterna- CH2
tivnim putevima koji dovode do biosinteze glavnih stani~nih sastojaka CH2
(ugljikohidrata, lipida, proteina i nukleinskih kiselina) raspravljat }emo u
HC CH3
sljede}im odlomcima.
CH2
CH2
CH2
CH
H3C CH3

H2O 1/ + 2 H+
2 O2
2 e–

transportni
lanac
elektrona

Slika 2-38. Reakcije svjetla u fotosintezi.

Sun~eva se energija koristi da rastavi H2O u O2 i protone. Visokoenergijski elek-
2 e–
troni iz tog procesa prenose se nizom nosa~a i koriste se za prevo|enje NADP+ u
NADPH. Energija reakcija elektronskoga transporta pokre}e tako|er sintezu ATP.
+
+ H+ O pojedinostima ovih reakcija raspravljamo u 10. poglavlju.
74 Poglavlje 2

Slika 2-39. Calvinov ciklus. 6 CO2

Prikazana je sinteza molekule
glukoze iz {est molekula CO2.
Svaka molekula CO2 dodaje se 6 molekula 12 molekula
ribuloza-1,5-bisfosfatu da na-
stanu dvije molekule 3-fosfogli- 2 P 2O P 3-fosfoglicerat
cerata. Tih {est molekula CO2
H C
dovode do stvaranja 12 moleku-
la 3-fosfoglicerata koje se pre- ribuloza- H COO–
vode u 12 molekula gliceralde- -1,5-bisfosfat
H 12
hid-3-fosfata uz utro{ak po 12
molekula ATP i NADPH. Zatim 2 P
se dvije molekule gliceraldehid- 12 ADP
3-fosfata koriste za sintezu jed-
ne molekule glukoze, a deset 6 ADP
molekula nastavljaju u Calvino-
CH O P
vom ciklusu oblikovati {est mo- Calvinov ciklus
6 H C OH
lekula ribuloza-5-fosfata. Ciklus 1,3-bisfosfoglicerat
je dovr{en uporabom {est do- C
datnih molekula ATP za sintezu CH2OH
O OP
ribuloza-1,5-bisfosfata. 6 molekula C O
H C OH 12
ribuloza-
-1-fosfat H C OH
CH2O P 12 NADP +
12 molekula

2O P Pi
H
10 molekula gliceraldehid-3-fosfat
O H

2 molekule

1 glukoza

Ugljikohidrati
Osim {to se glukoza dobavlja izravno iz hrane ili se stvara fotosintezom,
mogu}e je sintetizirati glukozu iz drugih organskih molekula. Sinteza glu-
koze (glukoneogeneza) u animalnim stanicama obi~no po~inje laktatom
(proizvedenim anaerobnom glikolizom), aminokiselinama (nastalim raz-
gradnjom proteina) ili glicerolom (nastalim razgradnjom lipida). Biljke su
tako|er sposobne (`ivotinje nisu) sintetizirati glukozu iz masnih kiselina,
{to je posebice zna~ajno tijekom klijanja sjemenki, kad se energija pohranje-
na u obliku masti mora prevesti u ugljikohidrate nu`ne za rast biljke. U ani-
malnim i biljnim stanicama jednostavni se {e}eri polimeriziraju i pohranju-
ju kao polisaharidi.
Glukoneogeneza uklju~uje pretvorbu piruvata do glukoze – na~elno obr-
nuti proces glikolize. Me|utim, kako je ve} prije bilo re~eno, glikoliti~ka
pretvorba glukoze do piruvata put je koji stvara energiju proizvode}i dvije
molekule ATP i NADH. Premda su neke reakcije glikolize povratne, preosta-
le teku samo u smjeru razgradnje glukoze, jer su vezane uz golemo smanje-
nje slobodne energije. Tijekom glukoneogeneze, takve se energijski povolj-
ne reakcije glikolize zaobilaze pomo}u drugih reakcija koje kataliziraju
drugi enzimi, a koje uz utro{ak ATP i NADH teku u smjeru sinteze gluko-
 Stani~na kemija 75

ze. Stvaranje glukoze iz dviju molekula piruvata zahtijeva ukupno ~etiri

molekule ATP, dvije molekule GTP i dvije molekule NADH. Taj je proces iz-
razito skuplji nego povratni proces glikolize (koji bi zahtijevao dvije mole-
kule ATP i dvije molekule NADH), {to pokazuje da je potrebna dodatna
energija za pokretanje puta u smjeru biosinteze.
Biljne i animalne stanice skladi{te glukozu u obliku polisaharida ({kroba
odnosno glikogena). Sinteza polisaharida, kao i svih drugih makromoleku-
la, energijski je zahtjevna reakcija. Ve} je ranije spomenuto da je vezu izme-
|u dvaju {e}era (glikozidna veza) mogu}e prikazati kao produkt reakcije
dehidracije kojom se uklanja H2O (vidi sliku 2-3). Takva je reakcija me|u-
tim, energijski nepovoljna pa ne mo`e spontano te}i u smjeru nastajanja
glikozidne veze. Stoga se stvaranje glikozidne veze mora povezati s reakci-
jom koja osloba|a energiju, {to se posti`e uporabom nukleotidnih {e}era
kao intermedijara u sintezi polisaharida (slika 2-40). Glukoza se reakcijom
koju pokre}e ATP prvo fosforilira u glukoza-6-fosfat koji zatim prelazi u glu-
koza-1-fosfat. Glukoza-1-fosfat reagira s UTP (uridin-trifosfat), pri ~emu
nastane UDP-glukoza i pirofosfat, koji se hidrolizira u fosfat uz osloba|anje
dodatne energije. UDP-glukoza je aktivirani intermedijar koji predaje svoj
glukozni dio rastu}em lancu polisaharida u energijski povoljnoj reakciji.
Na taj na~in kemijska energija u obliku ATP i UTP pokre}e sintezu polisaha-
rida iz jednostavnih {e}era.

Lipidi
Lipidi su va`ne molekule za pohranu energije i glavni su sastojak stani~nih
membrana. Sintetiziraju se iz acetil-CoA, koji nastaje razgradnjom ugljiko-
hidrata u nizu reakcija koje su sli~ne obrnutoj oksidaciji masnih kiselina.
Me|utim, kao i kod biosinteze ugljikohidrata, reakcije koje dovode do sinte-
ze masnih kiselina razlikuju se od reakcija koje ih razgra|uju, a u smjeru
biosinteze pokre}e ih popratni utro{ak energije u obliku ATP i reduktivno-
ga potencijala u obliku NADPH. Masne se kiseline sintetiziraju postupnim
dodavanjem jedinica od po dva C-atoma na rastu}i lanac. Svaka od tih 2C-
atomnih jedinica, koje donosi acetil-CoA, tro{i jednu molekulu ATP i dvije
molekule NADPH.
Biosinteza masnih kiselina odvija se u citosolu. Njezin glavni produkt je
palmitat, 16C-atomna masna kiselina. Osnovni sastojci stani~nih membra-
na (fosfolipidi, sfingomijelin i glikolipidi) sintetiziraju se iz masnih kiselina
u endoplazmatskom retikulu i Golgijevu aparatu.

Proteini
Dok ugljikohidrati i lipidi sadr`avaju samo ugljik, vodik i kisik, proteini (kao
i nukleinske kiseline) sadr`avaju osim tih elemenata i du{ik. U razli~itim or-
ganizmima (slika 2-41) razli~ito je podrijetlo du{ika koji se ugra|uje u or-
ganske spojeve. Neke bakterije rabe atmosferski du{ik. U procesu nazva-
nom fiksacija du{ika, N2 se reducira u NH3 uz utro{ak energije u obliku
ATP. @ive vrste sposobne za fiksaciju du{ika relativno su malobrojne, me|u-
tim ve}ina bakterija, biljaka i gljiva mo`e koristiti nitrat (NO3–), obi~ni sasto-
jak tla, koji se reducira do NH3 putem elektrona koje daju NADH ili
NADPH. Bez obzira na razlike svi su organizmi sposobni ugraditi NH3 u
organske spojeve.
U organske se molekule NH3 ugra|uje prije svega tijekom sinteze amino-
kiselina glutamata i glutamina iz a-ketoglutarata, intermedijara u ciklusu li-
munske kiseline. Te aminokiseline zatim slu`e kao donori amino skupina ti-
jekom sinteze drugih aminokiselina, koje se tako|er izvode iz intermedija-
ra sredi{njih metaboli~kih puteva, glikolize i ciklusa limunske kiseline (slika
76 Poglavlje 2

Slika 2-40. Sinteza polisaharida. glukoza

Prvo se glukoza prevodi u aktivirani oblik, UDP-glukozu,
uz utro{ak po jedne molekule ATP i UTP. Zatim se energi-
jski povoljnom reakcijom glukoza prenosi od UDP-glukoze
na rastu}i lanac polisaharida.
ADP

glukoza-6- P

glukoza-1- P

CH2OH
O
H2O
OH O O
HO O P O P O uridin + P Pi 2 Pi
OH O– O–
UDP-glukoza

CH2OH CH2OH
O O

OH OH
O O
HO
OH OH

CH2OH CH2OH CH2OH

O O O

UDP + OH OH OH
O O O
HO
OH OH OH

2-42). Sirovine za sintezu aminokiselina dobivaju se, dakle, iz glukoze, a sin-

teza aminokiselina tro{i energiju (ATP) i reduktivni potencijal (NADPH).
Mnoge bakterije i biljke mogu sintetizirati svih 20 aminokiselina. Ljudi i
drugi sisavci mogu, me|utim, sintetizirati samo oko polovinu potrebnih
aminokiselina, a ostale moraju pribaviti prehranom (tabl. 2-2).

N2 bakterije koje fiksiraju du{ik svi organizmi

amonijak organski
atmosferski
NH3 spojevi
du{ik

Slika 2-41. Asimilacija du{ika u

organske spojeve. bakterije
Svi organizmi ugra|uju amonijak u gljive
organske spojeve. Neke su bakterije biljke
sposobne prevesti atmosferski du{ik
u amonijak, a ve}ina bakterija, gljiva i NO3–
nitrat (tlo)
biljaka mo`e koristiti nitrat iz tla.
 Stani~na kemija 77

glukoza Slika 2-42. Biosinteza amino-

kiselina.
Ugljikovi kosturi aminokiselina potje~u
od intermedijara glikolize i ciklusa li-
glukoza-6-fosfat His
munske kiseline.

Cys
3-fosfoglicerat Ser
Gly
Tyr
fosfoenolpiruvat Phe
Trp

Ala
piruvat Val
Leu

Asn Asp oksaloacetat a-ketoglutarat Glu Gln

Met Lys
Thr Arg Pro

Ile

Polimerizacija aminokiselina u proteine tako|er zahtijeva energiju. Sli-

~no sintezi polisaharida, stvaranje peptidne veze mo`e se smatrati reakci-
jom dehidracije koju }e u smjeru sinteze pokretati povezivanje s nekim
Tablica 2-2. Potrebe za amino-
drugim izvorom metaboli~ke energije. U biosintezi polisaharida takvo se kiselinama u ljudskoj prehrani
povezivanje ostvaruje konverzijom {e}era u aktivirane intermedijare kao
{to je UDP-glukoza. Aminokiseline treba tako|er aktivirati prije nego {to }e Esencijalne Neesencijalne
biti uporabljene za sintezu proteina. aminokiseline aminokiseline
Klju~na razlika izme|u sinteze proteina i sinteze polisaharida jest ~inje- histidin alanin
nica da se aminokiseline ugra|uju u proteine zadanim redoslijedom koji je izoleucin arginina
odre|en genom. Slijed nukleotida u genu odre|uje slijed aminokiselina u leucin asparagin
proteinu putem translacije pri kojoj glasni~ka RNA (mRNA) slu`i kao ka- lizin aspartat
lup za proteinsku sintezu (vidi 3. poglavlje). Svaka se aminokiselina najpri- metionin cistein
je ve`e za specifi~nu molekulu RNA (tRNA) u reakciji koja je povezana s fenilalanin glutamat
hidrolizom ATP (slika 2-43). Zatim se aminoacil-tRNA privije uz kalup treonin glutamin
mRNA koji je vezan na ribosomu i svaka se aminokiselina doda C-kraju ra- triptofan glicin
stu}ega polipeptidnog lanca nizom reakcija o kojima podrobno raspravlja- valin prolin
mo u 7. poglavlju. Tijekom toga procesa dodatno se hidroliziraju dvije mo- serin
lekule GTP, tako da je ugradba svake aminokiseline u protein povezana s tirozin
hidrolizom jedne molekule ATP i dviju molekula GTP. Esencijalne aminokiseline moraju se dobaviti iz
hranidbenih izvora; humane stanice mogu sin-
tetizirati neesencijalne aminokiseline.
Nukleinske kiseline a
Premda je arginin razvrstan u skupinu neesen-
Prete~e nukleinskih kiselina, nukleotidi, sastavljeni su od fosforiliranih 5C- cijalnih aminokiselina, djeci u razvoju potreban
je dodatni arginin iz hrane.
atomnih {e}era vezanih na baze nukleinskih kiselina. Nukleotidi se mogu
78 Poglavlje 2

sintetizirati iz ugljikohidrata i aminokiselina. Mogu}e ih je tako|er dobiti iz

prehrambenih izvora ili ponovnim kori{tenjem nakon razgradnje nuklein-
skih kiselina. Polazi{te u biosintezi nukleotida jest fosforilirani {e}er, riboza-
5-fosfat, koji se dobiva iz glukoza-6-fosfata. Divergentni putevi vode zatim
do sinteze purinskih i pirimidinskih nukleotida koji su izravni prete~e za
sintezu RNA. Ribonukleotidi se prevode u deoksiribonukleotide koji su mo-
nomerne gradbene jedinice DNA.
RNA i DNA su polimeri nukleozidnih monofosfata. Kao i za druge ma-
kromolekule, izravna polimerizacija nukleozidnih monofosfata energijski
je nepovoljna, pa sinteza polinukleotida umjesto njih koristi nukleozidne

R1
O
+
C C NH3
–O
H

P Pi 2 Pi

O O R1
+
aminoacil-AMP adenozin O P O C C NH3
–O H
O
tRNA1 P O CH2
–O O A

O OH OH
aminoacil-tRNA1 tRNA1 O P O CH2 3′ kraj
–O O A

+ AMP

O OH
C O
H C R1
+
NH3
rastu}i peptidni lanac

H R–11
N-kraj N C C tRNA–1 2

H O
Slika 2-43. Stvaranje peptidne 2 GDP
veze.
Aminokiselina se prvo aktivira veza-
njem na svoju tRNA u dvostupanjskoj
reakciji koja uklju~uje hidrolizu ATP R–11 R1
do AMP. tRNA slu`e kao adaptori za
nizanje aminokiselina prema kalupu N-kraj N C C tRNA1 + tRNA–1
mRNA koji je vezan na ribosomu. H O H O
 Stani~na kemija 79

M O L E KU L A R N A M E D I C I N A

Fenilketonurija

Bolest klju~no je nagomilavanje abnormalnih nati po povi{enoj razini fenilalanina

Fenilketonurija (PKU) je uro|ena
pogre{ka aminokiselinskog metabo-
lizma s razornim u~incima. Poga|a prib-
li`no jedno od 10.000 novoro|en~adi.
Ako se ne lije~i, izaziva te{ku mentalnu
retardaciju. Na sre}u, razumijevanje
naravi defekta koji uzrokuje fenilke-
tonuriju omogu}uje ranu dijagnozu i
u~inkovito lije~enje.
Molekular na i stani~na osnova
Fenilketonuriju uzrokuje nedostatak
enzima fenilalanin-hidroksilaze, koji
prevodi fenilalanin u tirozin. Taj nedo-
statak uzrokuje nagomilavanje fenila-
lanina do visokih razina, {to izaziva
druge reakcije, primjerice, njegovu
konverziju u fenilpiruvat. Fenilalanin,
fenilpiruvat i drugi abnor malni meta-
boliti skupljaju se u kr vi i izlu~uju se
u visokim koli~inama u urinu (naziv
bolesti potje~e od visoke koncentracije
fenilpiruvata, fenilketona koji se pojav-
ljuje u urinu bolesne djece). Premda
biokemijski uzrok mentalne retardacije
nije precizno poznat, za njezinu pojavu
metabolita fenilalanina. u kr vi. Mogu}e je sprije~iti mentalnu
retardaciju prehranom bolesne novo-
Prevencija i lije~enje ro|en~adi sinteti~kom dijetom koja je
Nedostatak enzima ne stvara pro- siroma{na fenilalaninom. Takav dije-
bleme dok je fetus u mater nici pa su talni postupak uklanja nagomilavanje
djeca s fenilketonurijom pri ro|enju toksi~nih fenilalaninskih metabolita
nor malna. Me|utim, ako se bolest ne i u~inkovito sprje~ava per manentnu
lije~i, bolesna djeca postaju nepovratno mentalnu retardaciju do koje bi do{lo
i te{ko zaostala tijekom pr ve godine bez terapije. Stoga je rutinska analiza
`ivota. Sretna je okolnost da se pri fenilalanina u kr vi test bitan za svu
rutinskim testovima novoro|en~adi novoro|en~ad.
fenilketonurija mo`e odmah prepoz-
NH3+
fenilalanin- HO CH2 C COO–
-hidroksilaza H
tirozin
NH3+
CH2 C COO–
H
fenilalanin O
CH2 C COO–
Abnormalni metabolizam fenilalanina u fenilpiruvat
pacijenata s fenilketonurijom. (fenilketon)

trifosfate kao aktivirane prete~e (slika 2-44). Nukleozid-5'-trifosfat dodaje

se 3'-hidroksilnoj skupini rastu}ega polinukleotidnoga lanca uz otpu{tanje
i zatim hidrolizu pirofosfata, {to pokre}e reakciju u smjeru sinteze polinu-
kleotida.

Stani~ne membrane
Struktura i funkcija stanica presudno ovisi o membranama koje ne odvaja-
ju samo unutra{njost stanice od njezine okoline, nego tako|er odre|uju in-
terne odjeljke eukariotskih stanica uklju~uju}i jezgru i citoplazmatske orga-
nele. Oblikovanje biolo{kih membrana temelji se na svojstvima lipida. Sve
stani~ne membrane imaju zajedni~ku strukturnu organizaciju: dvosloj fos-
folipida i pridru`ene proteine. Membranski proteini obavljaju mnoge speci-
jalizirane zada}e. Neki slu`e kao receptori koji omogu}uju stanici da odgo-
vara na izvanjske signale, neki su odgovorni za selektivni transport
molekula kroz membranu, a neki sudjeluju u transportu elektrona i oksida-
tivnoj fosforilaciji. Osim toga, membranski proteini nadziru interakcije iz-
80 Poglavlje 2

rastu}i polinukleotidni lanac me|u stanica u mnogostani~nim organizmima.

5' kraj Zajedni~ko strukturno ustrojstvo membrana pod-
O loga je razli~itim biolo{kim procesima i specijalizi-
–O P O ranim membranskim funkcijama, o kojima }emo
O
podrobno raspravljati u sljede}im poglavljima.
baza n
n–1
CH2 O + P P P CH2 O
Membranski lipidi
Osnovne gradbene jedinice svih stani~nih mem-
brana jesu fosfolipidi koji su amfipati~ne moleku-
OH OH OH OH le, sastavljene od dvaju hidrofobnih masnokiselin-
3' kraj nukleozid-trifosfat skih lanaca vezanih na hidrofilnu ~eonu skupinu
koja sadr`ava fosfat (vidi sliku 2-7). Fosfolipidi
spontano stvaraju dvosloje u vodenim otopinama
5' kraj zbog slabe topljivosti masnokiselinskih repova u
O vodi. Hidrofobni masnokiselinski repovi skriveni
–O P O su u unutra{njosti membrane, a njihove polarne
~eone skupine izlo`ene su dodiru s vodom na
O H2O
n–1 objema stranama (slika 2-45). Takvi fosfolipidni
CH2 O dvosloji stvaraju stabilnu pregradu izme|u dvaju
+ P Pi 2 Pi
vodenih odjeljaka i oni su osnovna struktura svih
biolo{kih membrana.
O OH U ve}ini stani~nih membrana lipidi ~ine pribli-
–O P O `no 50% mase, ali taj postotak varira ovisno o tipu
membrane. Primjerice, stani~ne membrane sadr`a-
O n vaju pribli`no 50% lipida i 50% proteina. Unutra{nja
CH2 O membrana mitohondrija ima pak neobi~no veliki
udio proteina (oko 75%) {to je odraz obilja protein-
skih kompleksa uklju~enih u transport elektrona i
3' kraj
oksidativnu fosforilaciju. Tako|er je raznovrstan li-
OH OH
pidni sastav razli~itih stani~nih membrana (tablica
2-3). U E. coli membrane su izgra|ene prete`ito od
Slika 2-44. Sinteza polinukleotida. fosfatidiletanolamina koji ~ini 80% ukupnih lipida. Membrane sisavaca mno-
Nukleozid-trifosfati se ve`u na 3'-kraj go su slo`enije i kao ~etiri glavna lipida sadr`avaju fosfatidilkolin, fosfatidilse-
rastu}ega polinukleotidnoga lanca uz
rin, fosfatidiletanolamin i sfingomijelin. Ti lipidi ~ine 50 – 60% ukupnih mem-
otpu{tanje pirofosfata.
branskih lipida. Osim fosfolipida animalne stanice u membranama sadr-
`avaju glikolipide i kolesterol, koji ~ine oko 40% ukupnih lipidnih molekula.
Va`no svojstvo lipidnog dvosloja jest da djeluje kao dvodimenzionalna
teku}ina u kojoj se pojedina~ne molekule (lipidi i proteini) slobodno okre-
}u i lateralno kre}u (slika 2-46). Klju~no svojstvo membrana jest fluidnost
koja ovisi o temperaturi i lipidnom sastavu. Interakcije izme|u kratkolan~a-
nih masnih kiselina slabije su od onih izme|u dugolan~anih masnih kiseli-
na, pa su membrane koje sadr`avaju kra}e masne kiseline manje krute, te
ostaju fluidne i kod ni`ih temperatura. Lipidi koji sadr`avaju nezasi}ene
masne kiseline tako|er pove}avaju membransku fluidnost, jer prisutnost
dvostrukih veza izaziva izlomljenost masnokiselinskih lanaca pa se oni te-
H2O `e zbli`uju u membranskoj strukturi.
Zbog svoje ugljikovodi~ne prstenaste strukture (slika 2-9) molekula ko-
polarna ~eona skupina les te rola ima zasebnu ulogu u odre|ivanju membranske fluidnosti. Mole-
hidrofobni rep
ku le kolesterola usa|uju svoje polarne hidroksilne skupine u dvosloj uz

Slika 2-45. Fosfolipidni dvosloj.

H2O Fosfolipidi spontano oblikuju stabilne dvosloje tako da su njihove polarne ~eone sku-
pine izlo`ene vodi, a hidrofobni repovi usa|eni u unutra{njost membrane.
 Stani~na kemija 81

Tablica 2-3. Lipidni sastav stani~nih membrana

Stani~na membrana Hrapavi Vanjska
endoplazmatski mitohondrijska
Lipid E. coli eritrocit retikul membrana
fosfatidilkolin 0 17 55 50
fosfatidilserin 0 6 3 2
fosfatidil- 80 16 16 23
etanolamin
sfingomijelin 0 17 3 5
glikolipidi 0 2 0 0
Slika 2-46. Pokretljivost fosfo-
lipida u membrani.
kolesterol 0 45 6 <5 Pojedina~ni fosfolipidi mogu se okretati
Izvor podataka: P. L. Yeagle, 1993. The Membranes of Cells, 2nd ed. San Diego, CA: Academic Press. i lateralno kretati unutar dvosloja.
a
Sastav membrana iskazan je molarnim postotcima glavnih lipidnih sastojaka.

hidrofilne ~eone skupine fosfolipida (slika 2-47). Kruti ugljikovodi~ni prste-

ni kolesterola stoga su u interakciji s masnokiselinskim lancima koji su privi-
nuti uz fosfolipidne ~eone skupine. Takve interakcije smanjuju pokretljivo-
st udaljenijega dijela masnokiselinskog lanca i stoga ukru}uju pripadnu
membransku regiju. S druge strane, usa|eni kolesterol ometa interakcije
me|u masnokiselinskim lancima {to odr`ava membransku fluidnost kod
ni`ih temperatura.

Membranski proteini fosfolipidna polarna kolesterol

Proteini su drugi va`an sastojak stani~nih membrana i zauzimaju 25 do ~eona skupina hidroksilna
75% mase razli~itih stani~nih membrana. Prihva}eni model membranske skupina
strukture, koji su predlo`ili Jonatan Singer i Garth Nicolson 1972. godine,
predo~uje membrane kao teku}i mozaik, gdje su proteini usa|eni u lipidni
dvosloj (slika 2-48). Dok fosfolipidi osiguravaju osnovnu strukturnu organi-
zaciju membrana, membranski proteini obavljaju specifi~ne zada}e u razli-
~itim stani~nim membranama. Ovisno o na~inu na koji su udru`eni u mem-
branu ti su proteini razvrstani u dvije osnovne skupine. Integralni masnokiselinski rep
membranski proteini ukopani su izravno u lipidni dvosloj. Periferni mem-
branski proteini nisu usa|eni u lipidni dvosloj nego su povezani s mem-
branom posredno, naj~e{}e putem interakcija s integralnim membranskim
proteinima.
Ve}ina integralnih membranskih proteina (nazvanih transmembranskim
proteinima) premo{}uju lipidni dvosloj i dijelom su izlo`eni okru`enju na
obje strane membrane. Proteinski dio koji premo{}uje membranu obi~no je
izgra|en od 20 do 25 aminokiselina koje tvore β-uzvojnicu. Hidrofobni bo~-
ni ogranci tih aminokiselina u interakciji su s masnokiselinskim lancima
membranskih lipida, a oblikovanje β-uzvojnice neutralizira polarni karak-
ter peptidnih veza, {to je ve} prije spominjano pri smatanju proteina. Poz-
nato je da lipidni dvosloj premo{}uje jo{ samo β-ba~vasta struktura, koja
nastaje smatanjem β-plo~a u ba~vastu konformaciju. Takvi su transmem-
branski proteini opa`eni u bakterijama, kloroplastima i mitohondrijima (sli-
ka 2-49). Sli~no fosfolipidima, membranski proteini su amfipati~ne moleku-
le, i njihovi su hidrofilni dijelovi izlo`eni vodenom okru`enju na obje stra-
ne membrane. Ima transmembranskih proteina koji premo{}uju membra- Slika 2-47. Kolesterol umetnuti u
nu samo jednom, ali i onih koji imaju strukturnu regiju za vi{ekratno pre- membranu.
Kolesterol se usa|uje u membranu tako
mo{}enje. Ve}ina transmembranskih proteina u eukariotskim membrana- da svojom polarnom hidroksilnom
ma modificirana je dodatkom ugljikohidrata koji su izlo`eni na povr{ini skupinom bude blizu polarnih ~eonih
stanice i ~esto sudjeluju u me|ustani~nim interakcijama. skupina fosfolipida.
82 Poglavlje 2
izvan ugljikohidrat
glikolipid
unutar
transmembranska
a-uzvojnica
Slika 2-48. Teku}i mozaik – model
membranske strukture.
Biolo{ke membrane sadr`avaju proteine
usa|ene u lipidni dvosloj. Integralni
membranski proteini ugra|eni su u
membranu obi~no putem regija a-
uzvojnica koje se sastoje od 20 do 25 hi-
drofobnih aminokiselina. Neki trans-
membranski proteini jednokratno pro-
laze kroz membranu, drugi imaju vi{e
transmembranskih regija. Uz to su neki
proteini usidreni u membranu lipidima
koji su kovalentno vezani na polipep-
tidni lanac. Takvi se proteini mogu usi-
driti na izvanstani~nu stranu membrana
s pomo}u glikolipida, a na citosolnu
stranu s pomo}u masnih kiselina ili pre-
nilnih skupina (vidi strukture u 7. po-
glavlju). Periferni membranski proteini
nisu usa|eni u membranu nego su pove-
zani interakcijama s integralnim pro-
teinima.
proteini
masna kiselina
ili prenilna skupina
lipidni
dvosloj
integralni
membranski
protein
periferni membranski protein
Proteini mogu tako|er biti usidreni u membrane s pomo}u lipida koji su
kovalentno vezani na polipeptidni lanac (vidi 7. poglavlje). Specifi~ne lipid-
ne modifikacije usidruju proteine na citosolne i izvanstani~ne strane mem-
brane bilo dodatkom 14C-atomne aminokiseline (miristinske kiseline) na
amino kraj, bilo dodatkom 16C-atomne masne kiseline (palmitinske kiseli-
ne) ili 15C-atomne odnosno 20C-atomne prenilne skupine na bo~ni ogra-
nak cisteina. Na izvanstani~nu stranu membrane proteini se tako|er mogu
usidriti dodatkom glikolipida na proteinskom C-kraju.
Transport kroz stani~ne membrane
Selektivna permeabilnost biolo{kih membrana za male molekule omogu}u-
je stanici da nadzire svoj unutra{nji sadr`aj. Samo male nenabijene moleku-
le mogu slobodno difundirati kroz fosfolipidne dvosloje (slika 2-50). Male
nepolarne molekule, kao {to su O2 i CO2, topljive su u lipidnom dvosloju i
mogu nesmetano prolaziti kroz stani~ne membrane. Male nenabijene polar-
ne molekule, kao {to je H2O, tako|er mogu difundirati kroz membrane, ali
to ne mogu ve}e nenabijene polarne molekule, kao {to je glukoza. Nabije-
ne molekule, tj. ioni, ne mogu difundirati kroz fosfolipidni dvosloj bez obzi-
 Stani~na kemija 83

ra na veli~inu; ~ak ni ioni H+ ne mogu prije}i lipidni dvosloj slobodnom di- izvan
fuzijom.
Premda ioni i ve}ina polarnih molekula ne mogu prije}i lipidni dvosloj,
mnoge takve molekule (kao glukoza) ipak prolaze kroz lipidni dvosloj. Ta-
kve molekule prolaze kroz membrane djelovanjem specifi~nih transmem-
branskih proteina koji djeluju kao nosa~i. Ti transportni proteini odre|uju
selektivnu permeabilnost stani~nih membrana i stoga imaju klju~nu ulogu
u membranskoj funkciji. Sadr`avaju strukturne regije za vi{ekratno mem-
bransko premo{}enje kojim oblikuju prolaz kroz lipidni dvosloj dopu{taju-
}i da polarne ili nabijene molekule prije|u kroz membranu putem protein-
ske pore bez doticaja s hidrofobnim masnokiselinskim lancima membran-
skih fosfolipida.
Postoje na~elno dvije vrste membranskih transportnih proteina (slika 2-
51.), o ~emu podrobno raspravljamo u 12. poglavlju. Kanalni proteini obli-
kuju u membranama otvorene pore dopu{taju}i nesmetani prolazak svakoj
molekuli odgovaraju}e veli~ine. Primjerice ionski kanali dopu{taju pro-
lazak kroz membranu anorganskim ionima kao {to su Na+, K+, Ca2+ i Cl–.
Kad se otvore, kanalni proteini oblikuju male pore kroz koje mogu slobod-
nom difuzijom prolaziti ioni odgovaraju}e veli~ine i naboja. Pore oblikova-
ne kanalnim proteinima nisu neprekidno otvorene. One se selektivno otva-
raju ili zatvaraju odgovaraju}i na izvanstani~ne signale i na taj na~in omo-
gu}uju stanici da nadzire kretanje iona kroz membranu. Takvi regulirani
unutar
ionski kanali osobito su dobro prou~eni u `iv~anim i mi{i}nim stanicama,
gdje posreduju u prijenosu elektrokemijskih signala.
Suprotno kanalnim proteinima, proteinski nosa~i selektivno ve`u i pre-
Slika 2-49. Struktura b-ba~ve.
nose specifi~ne male molekule kao {to je glukoza. Da bi olak{ali prolazak Neki se transmembranski proteini is-
specifi~nih molekula kroz membranu, proteinski nosa~i ne oblikuju otvore- pru`e kroz lipidni dvosloj kao β-plo~e
ne kanale, nego djeluju kao enzimi. Proteinski nosa~i ve`u specifi~ne mole- smotane u ba~vastu strukturu.
kule, {to dovodi do konformacijskih promjena koje otvore kanale, da bi
transportirana molekula pre{la membranu i bila otpu{tena na drugoj strani.
Do sada smo opisali transport molekula kroz membrane putem kanala i
proteinskih nosa~a u energijski povoljnom smjeru koji je odre|en koncen-

male nenabijene molekule velike polarne molekule i ioni

O2 H+ Ca2+
CO2 Na+

2
H2 glukoza Cl–

glicerol aminokiseline
etanol (npr. alanin)

Slika 2-50. Propusnost fosfo-

lipidnoga dvosloja.
Male nenabijene molekule mogu slo-
bodno difundirati kroz fosfolipidni dvo-
sloj. Dvosloj je, me|utim, nepropustan
za ione i ve}e polarne molekule (kao {to
su glukoza i aminokiseline).
84 Poglavlje 2
(A)
kanalni
protein
Slika 2-51. Proteinski kanal i nosa~.
(A) Kanalni proteini oblikuju u membrani
otvorene pore kroz koje mogu prolaziti
molekule odgovaraju}ih dimenzija (npr.
ioni). (B) Proteinski nosa~i selektivno ve`u
male molekule predvi|ene za prijenos,
da bi se zatim dogodila konformacijska
promjena pri kojoj se molekula otpusti
na drugoj strani membrane.
H+ niska koncentracija H+
ADP
H+
P P
H+ visoka koncentracija H+
(B)
proteinski
nosa~
konformacijska
promjena
tracijskim i elektrokemijskim gradijentima. Taj se proces naziva pasivnim
transportom. Me|utim proteinski nosa~i osiguravaju tako|er mehanizam
kojim se promjene energije, koje prate transport molekula kroz membranu,
mogu povezati s kori{tenjem ili osloba|anjem drugih oblika metaboli~ke
energije, sli~no enzimskim reakcijama koje se mogu povezati s hidrolizom
ili sintezom ATP. Molekule se primjerice mogu transportirati kroz membra-
Slika 2-52. Model aktivnog transporta.
Energija oslobo|ena hidrolizom ATP koristi se za transport H+ usuprot elektrokemij-
skom gradijentu (od ni`e koncentracije H+). Vezanje H+ prati fosforilacija protein-
skog nosa~a, koja izaziva konformacijsku promjenu {to pokre}e transport H+ protiv
elektrokemijskoga gradijenta. Osloba|anje H+ i hidroliza vezane fosfatne skupine
ponovno uspostavljaju po~etnu konformaciju nosa~a.
H2O P
H+ H+
 Stani~na kemija 85

nu u energijski nepovoljnom smjeru (primjerice, protiv koncentracijskoga

gradijenta), ako se njihov prijenos u tom smjeru pove`e s hidrolizom ATP
kao izvorom energije. Takav se proces naziva aktivnim transportom (slika
2-52). Slobodna energija pohranjena u ATP mo`e se na taj na~in iskoristiti
za nadzor unutra{njeg sastava stanice kao {to se iskori{tava za pokretanje
biosinteze stani~nih sastojaka.

S A @ E TA K KLJU^NI POJMOVI
MOLEKULARNI SASTAV STANICA
Ugljikohidrati: Ugljikohidrati obuhva}aju jednostavne {e}ere i polisaha- ugljikohidrati, monosaharidi,
glikozidna veza, oligosaharidi,
ride. Polisaharidi slu`e kao skladi{ni oblici {e}era, konstruktivni sastojci
polisaharidi, glikogen, {krob,
stanice i biljezi u procesima stani~noga prepoznavanja. celuloza

Lipidi: Lipidi su osnovni sastojci stani~nih membrana, slu`e za pohranu lipid, masna kiselina,
triacilglicerol, mast, fosfolipid,
energije i kao signalne molekule. Fosfolipidi se sastoje od dvaju hidrofob-
sfingomijelin, amfipati~an,
nih masnokiselinskih lanaca vezanih na hidrofilnu ~eonu skupinu koja glikolipid, kolesterol, steroidni
sadr`ava fosfat. hormon
deoksiribonukleinska kiselina
Nukleinske kiseline: Nukleinske su kiseline glavne informacijske moleku-
(DNA), ribonukleinska
le u stanici. DNA i RNA su polimeri purinskih i pirimidinskih nukleoti- kiselina (RNA), glasni~ka RNA
da. Vodikove veze izme|u komplementarnih parova baza omogu}uju (mRNA), ribosomna RNA,
usmjeravanje samoreplikacije nukleinskih kiselina. transportna RNA (tRNA),
nukleotid, purin, pirimidin,
adenin, gvanin, citozin, timin,
uracil, 2'-deoksiriboza, riboza,
nukleozid, fosfodiesterska veza,
oligonukleotid, polinukleotid
Proteini: Proteini su polimeri 20 razli~itih aminokiselina od kojih svaka protein, aminokiselina, peptidna
ima razli~iti bo~ni ogranak specifi~nih kemijskih svojstava. Svaki protein veza, polipeptid, kristalografija
difrakcijom X-zraka, primarna
ima jedincati aminokiselinski slijed koji odre|uje njegovu trodimenzio- struktura, sekundarna struktura,
nalnu strukturu. U ve}ini proteina smata se kombinacija a-uzvojnica i a-uzvojnica, b-nabrana plo~a,
b-nabranih plo~a u globularne domene s hidrofobnim aminokiselinama tercijarna struktura, domena,
u unutra{njosti, a s hidrofilnim aminokiselinama na povr{ini. kvarterna struktura

SREDI[NJA ULOGA ENZIMA KAO BIOLO[KIH KATALIZATORA

Kataliti~ka aktivnost enzima: Enzimi kataliziraju gotovo sve kemijske re- enzim, supstrat, produkt,
akcije u stanici. prijelazno stanje, energija
aktivacije, aktivno sredi{te
Mehanizmi enzimske katalize: Enzimi ubrzavaju reakcije vezanjem sup- model klju~-brava, inducirana
prilagodba
strata u odgovoraju}em polo`aju, mijenjaju}i konformaciju supstrata ra-
di postizanja prijelaznoga stanja i izravno sudjeluju}i u kemijskim reak-
cijama.
Koenzimi: Koenzimi djeluju u svezi s enzimima prenose}i kemijske sku- prosteti~ka skupina, koenzim,
pine izme|u supstrata. nikotinamid-adenin-dinukleotid
(NAD+)

Regulacija enzimske aktivnosti: Aktivnosti enzima reguliraju se u skladu inhibicija povratnom spregom,
s fiziolo{kim potrebama stanice. Enzimska se aktivnost mo`e nadzirati alosteri~ka regulacija,
fosforilacija
vezanjem malih molekula, interakcijom s drugim proteinima i kovalent-
nim modifikacijama.
86 Poglavlje 2
Gibbsova slobodna energija
(G), adenozin-5'-trifosfat (ATP,
visokoenergijska veza
glikoliza, koenzim A (CoA),
ciklus limunske kiseline, Krebsov
ciklus, flavin-adenin-dinukleotid
(FADH2), oksidativna fosforilacija,
transportni lanac elektrona
reakcije svjetla, reakcije tame,
fotosintezni pigmenti, klorofil,
Calvinov ciklus
glukoneogeneza
fiksacija du{ika
fosfolipidni dvosloj
teku}i mozaik, integralni
membranski protein,
periferni membranski protein,
transmembranski protein,
b-ba~va
kanalni protein, proteinski
nosa~, pasivni transport, aktivni
transport
METABOLI^KA ENERGIJA
Slobodna energija i ATP: ATP slu`i kao uskladi{tena slobodna energija
koja se koristi za pokretanje energijski zahtjevnih reakcija u stanici.
Stvaranje ATP iz glukoze: Razgradnja glukoze glavni je izvor stani~ne
energije. U aerobnim stanicama potpuna oksidacija glukoze proizvodi
36 do 38 molekula ATP. Ve}ina tog ATP dobiva se transportnim lancem
elektrona koji reduciraju O2 u H2O.
Dobava energije iz drugih organskih molekula: Mogu}e je proizvesti ATP
razgradnjom organskih molekula druga~ijih od glukoze. Budu}i da su
masti reduciranije od ugljikohidrata, one su u~inkovitiji oblik skladi{te-
nja energije.
Fotosinteza: Krajnji izvor energije potrebne za sintezu organskih moleku-
la Sun~evo je svjetlo koje iskori{tavaju biljke i fotosintetiziraju}e bakteri-
je. U prvoj fazi fotosinteze Sun~eva se energija koristi za pokretanje sin-
teze ATP i NADPH uz oksidaciju H2O u O2. Na taj na~in proizvedeni
ATP i NADPH koristi se zatim za sintezu glukoze iz CO2 i H2O.
BIOSINTEZA STANI^NIH SASTOJAKA
Ugljikohidrati: Glukozu je mogu}e sintetizirati iz drugih organskih mo-
lekula uporabom energije i reduktivnog potencijala u obliku ATP i
NADH. Dodatni ATP je zatim potreban za pokretanje sinteze polisahari-
da iz jednostavnih {e}era.
Lipidi: Lipidi se sintetiziraju iz acetil-CoA koji nastaje razgradnjom uglji-
kohidrata.
Proteini: Aminokiseline se sintetiziraju iz intermedijara glikolize i ciklu-
sa limunske kiseline. Polimerizacija u proteine zahtijeva dodatnu energi-
ju u obliku ATP i GTP.
Nukleinske kiseline: Purinski i pirimidinski nukleotidi sintetiziraju se iz
ugljikohidrata i aminokiselina. Njihovu polimerizaciju u DNA i RNA
pokre}u nukleozidni trifosfati koji slu`e kao aktivirani prete~e.
STANI^NE MEMBRANE
Membranski lipidi: Osnovnu strukturu svih stani~nih membrana ~ini li-
pidni dvosloj. Membrane animalnih stanica sadr`avaju tako|er glikolipi-
de i kolesterol.
Membranski proteini: Proteini mogu biti usidreni u lipidni dvosloj ili se
posredno povezuju putem interakcija protein-protein. Neki proteini pre-
mo{}uju lipidni dvosloj, drugi su usidreni s jedne strane membrane.
Transport kroz stani~ne membrane: Lipidni su dvosloji propusni samo za
male nenabijene molekule. Ioni i ve}ina polarnih molekula prenose se
kroz membrane specifi~nim transportnim proteinima, ~ije djelovanje
mo`e biti povezano s hidrolizom ili sintezom ATP.

Pitanja
1. Koja svojstva ~ine vodu idealnom da
bude najobilnija molekula u stanici?
2. Obrazlo`i razliku izme|u oligosahari-
da i polisaharida.
3. [to razlikuje glikogen i celulozu?
4. Po ~emu se masne kiseline razlikuju
od masti?
5. [to su osnovne uloge masti i fosfolipi-
da u stanicama?
6. Koje su va`ne stani~ne zada}e nukleo-
tida osim {to slu`e kao gradbene jedinice
u sintezi nukleinskih kiselina?
Literatura
Op}enita literatura
Berg, J. M., J. L. Tymoczko and L. Stryer. 2002.
Biochemistry. 5th ed. New York: W. H. Free-
man.
Mathews, C. K., K. E. van Holde and K. G.
Ahern. 2000. Biochemistry. 3rd ed. Redwood
City, CA: Benjamin Cummings.
Molekularni sastav stanica
Anfinsen, C. B. 1973. Principles that govern
the folding of protein chains. Science 181:
223–230. ¢I£
Branden, C. and J. Tooze. 1999. Introduction
to Protein Structure. 2nd ed. New York:
Garland.
Chothia, C. and A. V. Finkelstein. 1990. The
classification and origins of protein folding
patterns. Ann. Rev. Biochem. 59: 1007–1039.
¢P£
Holm, L. and C. Sander. 1996. Mapping the
protein universe. Science 273: 595–602. ¢P£
Kendrew, J. C. 1961. The three-dimensional
structure of a protein molecule. Sci. Am.
205(6): 96–111. ¢P£
Levitt, M., M. Gerstein, E. Huang, S. Subbiah
and J. Tsai. 1997. Protein folding: The
endgame. Ann. Rev. Biochem. 66: 549–
579. ¢P£
Pauling, L., R. B. Corey, and H. R. Branson.
1951. The structure of proteins: Two hy-
drogen bonded configurations of the poly-
7. Nabroji deset nepolar nih aminokise-
lina i opi{i kamo se nastoje smjestiti u
tipi~nom monomer nom enzimu toplji-
vom u vodi.
8. Vezni d`ep tripsina sadr`ava aspartat.
Pretpostavi kako }e zamjena te amino-
kiseline lizinom utjecati na enzimsku
aktivnost.
9. Promatraj reakciju A B+C za koju
je DG° = +14,6 kJ/mol. Izra~unaj DG u
stani~nim uvjetima pri kojima je koncen-
tracija A 10–2 M, a pojedina~ne koncentra-
cije B i C su 10–3 M. U kojem }e smjeru
te}i reakcija u stanici? (R = 8,28 × 10–3
peptide chain. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 37:
205–211. ¢I£
Richardson, J. S. 1981. The anatomy and tax-
onomy of protein structure. Adv. Protein
Chem. 34: 167–339. ¢P£
Sanger, F. 1988. Sequences, sequences, and
sequences. Ann. Rev. Biochem. 57: 1–28. ¢P£
Tanford, C. 1978. The hydrophobic effect and
the organization of living matter. Science
200: 1012–1018. ¢P£
Sredi{nja uloga enzima kao
biolo{kih katalizatora
Koshland, D. E. 1984. Control of enzyme activ-
ity and metabolic pathways. Trends Biochem.
Sci. 9: 155–159. ¢P£
Lienhard, G. E. 1973. Enzymatic catalysis
and transition-state theory. Science 180:
149–154. ¢P£
Lipscomb, W. N. 1983. Structure and catalysis
of enzymes. Ann. Rev. Biochem. 52: 17–34.
¢P£
Monod, J., J.-P. Changeux and F. Jacob. 1963.
Allosteric proteins and cellular control sys-
tems. J. Mol. Biol. 6: 306–329. ¢I£
Narlikar, G. J. and D. Herschlag. 1997. Mecha-
nistic aspects of enzymatic catalysis: Les-
sons from comparison of RNA and protein
enzymes. Ann. Rev. Biochem. 66: 19–59. ¢P£
Stani~na kemija 87
kJ/mol/stupanj; T = 298 K (25 °C); ln(x) =
2,3 log 10(x))
10. Koje su reakcije svjetla i reakcije tame
u fotosintezi?
11. Premda su proteinski nosa~i i kanalni
proteini sli~ni po mnogo ~emu, primjeri-
ce po specifi~nosti i zasi}enju kod visokih
koncentracija transportirane molekule,
objasni za{to su proteinski nosa~i mnogo
sporiji od kanalnih proteina?
12. Za{to su regije transmembranskih
proteina koje premo{}uju membranu u
obliku a-uzvojnica?
Neurath, H. 1984. Evolution of proteolytic
enzymes. Science 224: 350–357. ¢P£
Schramm, V. L. 1998. Enzymatic transition
states and transition state analog design.
Ann. Rev. Biochem. 67: 693–720. ¢P£
Metaboli~ka energija
Beinert, H., R. H. Holm and E. Munck. 1997.
Iron-sulfur clusters: Nature’s modular,
multipurpose structures. Science 277:
653–659. ¢P£
Bennett, J. 1979. The protein that harvests sun-
light. Trends Biochem. Sci. 4: 268–271. ¢P£
Calvin, M. 1962. The path of carbon in photo-
synthesis. Science 135: 879–889. ¢P£
Deisenhofer, J. and H. Michel. 1991. Structures
of bacterial photosynthetic reaction centers.
Ann. Rev. Cell Biol. 7: 1–23. ¢P£
Krebs, H. A. 1970. The history of the tricar-
boxylic cycle. Perspect. Biol. Med. 14: 154–
170. ¢P£
Kuhlbrandt, W., D. N. Wang and Y. Fujiyoshi.
1994. Atomic model of plant light-harvest-
ing complex by electron crystallography.
Nature 367: 614–621. ¢I£
Nicholls, D. G. and S. J. Ferguson. 2002. Bioen-
ergetics. 3rd ed. London: Academic Press.
Saraste, M. 1999. Oxidative phosphorylation
at the fin de siecle. Science 283: 1488–1493.
¢P£
88 Poglavlje 2
Biosinteza stani~nih sastojaka
Hers, H. G. and L. Hue. 1983. Gluconeogen-
esis and related aspects of glycolysis. Ann.
Rev. Biochem. 52: 617–653. ¢P£
Jones, M. E. 1980. Pyrimidine nucleotide bio-
synthesis in animals: Genes, enzymes, and
regulation of UMP biosynthesis. Ann. Rev.
Biochem. 49: 253–279. ¢P£
Kornberg, A. and T. A. Baker. 1991. DNA Repli-
cation. 2nd ed. New York: W. H. Freeman.
Tolbert, N. E. 1981. Metabolic pathways in
peroxisomes and glyoxysomes. Ann. Rev.
Biochem. 50: 133–157. ¢P£
Umbarger, H. E. 1978. Amino acid biosynthe-
sis and its regulation. Ann. Rev. Biochem. 47:
533–606. ¢P£
Van den Bosch, H., R. B. H. Schutgens, R. J. A.
Wanders and J. M. Tager. 1992. Biochemis-
try of peroxisomes. Ann. Rev. Biochem. 61:
157–197. ¢P£
Wakil, S. J., J. K. Stoops and V. C. Joshi. 1983.
Fatty acid synthesis and its regulation. Ann.
Rev. Biochem. 52: 537–579. ¢P£
Stani~ne membrane
Bretscher, M. 1985. The molecules of the cell
membrane. Sci. Am. 253(4): 100–108. ¢P£
Dowham, W. 1997. Molecular basis for mem-
brane phospholipid diversity: Why are
there so many lipids? Ann. Rev. Biochem.
66: 199–212. ¢P£
Englund, P. T. 1993. The structure and bio-
synthesis of glycosyl phosphatidylinositol
protein anchors. Ann. Rev. Biochem. 62:
121–138. ¢P£
Farazi, T. A., G. Waksman and J. I. Gordon.
2001. The biology and enzymology of pro-
tein N-myristoylation. Ann. Rev. Biochem.
276: 39501–39504. ¢P£
Petty, H. R. 1993. Molecular Biology of Mem-
branes: Structure and Function. New York:
Plenum Press.
Singer, S. J. 1990. The structure and insertion
of integral proteins in membranes. Ann.
Rev. Cell Biol. 6: 247–296. ¢P£
Singer, S. J. and G. L. Nicolson. 1972. The fluid
mosaic model of the structure of cell mem-
branes. Science 175: 720–731. ¢I£
Tamm, L. K., A. Arora and J. H. Kleinschmidt.
2001. Structure and assembly of β-barrel
membrane proteins. J. Biol. Chem. 276:
32399–32402. ¢P£
Towler, D. A., J. I. Gordon, S. P. Adams and L.
Glaser. 1988. The biology and enzymology
of eukaryotic protein acylation. Ann. Rev.
Biochem. 57: 69–99. ¢P£
White, S. H., A. S. Ladokhin, S. Jayasinghe and
K. Hristova. 2001. How membranes shape
protein structure. J. Biol. Chem. 276: 32395–
32398. ¢P£
Yeagle, P. L. 1993. The Membranes of Cells. 2nd
ed. San Diego, CA: Academic Press.
Zhang, F. L. and P. J. Casey. 1996. Protein pre-
nylation: Molecular mechanisms and func-
tional consequences. Ann. Rev. Biochem. 65:
241–269. ¢P£