Acizi nucleici

Structura acizilor nucleici

Structura ADN

Introducere
Acizii nucleici sunt produi de policondensare a
nucleotidelor
Au rolul de a pstra i mijloci transferul de
informaie genetic n lumea vie
Dogma central a biologiei moleculare:
r
e
p
l
i
c
a
r
e
r
e
v
e
r
s
t
r
a
n
s
c
r
i
e
r
e
A
D
N
t
r
a
n
s
c
r
i
e
r
e

A
R
N
m

P
r
o
t
e
i
n

t
r
a
d
u
c
e
r
e

Introducere
Se cunosc 2 clase de acizi nucleici:
Acid dezoxiribonucleic (ADN)
Acid ribonucleic (ARN)

ADN conine informaia genetic cu privire la biosinteza

proteinelelor (la om 50 000-100 000 proteine); are rolul de
a stoca i transmite aceast informaie la generaia
urmtoare
ARN ndeplinete diverse funcii n procesul de biosintez a
proteinelor:
ARNm ARN mesager, transport informaia genetic din nucleu
la ribozomi
ARNt ARN de transport, transport aminoacizii necesari
biosintezei proteice
ARNr ARN ribozomal, este component esenial al ribozomilor

Structura acizilor nucleici

Pentoz D-b-riboz (n ARN) sau D-bdezoxiriboz (n ADN)
Baze azotate molecule plane, relativ insolubile
n ap, avnd un maxim de absorbie n UV ntre
252-271 nm.
Purinice (derivai ai purinei): adenina (6-aminopurina), guanina (2-amino-6-hidroxi-purina)
Pirimidinice (derivai ai pirimidinei): citozina (2hidroxi-4-aminio-pirimidina), timina (2,4-dihidroxi-5metil pirimidina sau 5-metil uracil; se gsete numai
n ADN) i uracilul ( 2,4-dihidroxi-pirimidina; se
gsete numai n ARN)

Acid fosforic

1N
2

6 5

4
7
N

3N
8
2

N 4 N
H9
3

NH2

O
N

N
H

H2N

O
HN

N
H

Citozin

N
H

Guanin

NH2

HN

Adenin

6
N
1

Pirimidin

Purin

O
CH3

HN
N
H

Uracil

N
H

Timin

Baze azotate
Prezint tautomerie:
Lactam-lactim; structurile lactam sunt mai stabile
Amino-imino (cele care nu conin grupri hidroxil);
structurile amino sunt mai stabile
O
N
H
C
f
o
r
m
a
l
a
c
t
a
m
(
m
a
i
s
t
a
b
i
l

O
H
N
C
f
o
r
m
a
l
a
c
t
i
m

N
H
2

N
H

N
C

N
H
C

f
o
r
m
a
a
m
i
n
o
(
m
a
i
s
t
a
b
i
l

f
o
r
m
a
i
m
i
n
o

Nucleozide
Rezult prin stabilirea unei legturi Nglicozidice ntre hidroxilul glicozidic de la C 1
al pentozei i atomul de N din poziia 9 a unei
baze purinice, sau atomul de N din poziia 1 a
unei baze pirimidinice

Ribonucleozide
NH2
N

CH2OH O
H
H
H
H
OH

NH2

OH

Adenozin

HN
H2N

CH2OH O
H
H
H
H
OH

OH

Guanozin

O
HN

CH2OH O
H
H
H
H
OH

OH

Citidin

CH2OH O
H
H
H
H
OH
Uridin

OH

Dezoxiribonucleozide
N H

C H 2 O H O
H
H
O H

N H

H
H
H

D e o x ia d e n o z in

C H

H N

C H 2 O H O
H
H
O H

H
H
H

D e o x ig u a n o z in

H N

H 2 N

C H 2 O H O
H
H
O H

H
H
H

D e o x ic itid in

C H 2 O H O
H
H
O H
T im id in

H
H
H

Nucleotide
Sunt esteri fosforici ai nucleozidelor; n
structura acizilor nucleici intr nucleozide
fosforilate la C 5 al pentozei
Se pot aduga 1,2 sau 3 resturi fosfat formnd
nucleozid mono, di i trifosfai

Nucleotide
NH2
N

O
-O

P
O-

O
O

P
O-

O
O

P
O

5'

O
H

1'
H

OH
X
Acid adenilic (adenozin 5'-monofosfat, AMP)
or acid deoxiadenilic (deoxiadenozin 5'-monofosfat, dAMP)
Adenozin 5'-difosfat, ADP
or deoxiadenozin 5'-difosfat, dADP)
Adenozin 5'-trifosfat, ATP
or deoxiadenozin 5'-trifosfat, dATP)

Nucleotide naturale libere

Pe lng nucelotidele care constituie elemente de
construcie a acizilor nucleici, exist o serie de
nucleotide care ndeplinesc roluri importante n
esuturi:
Compui macroergici ATP, GTP
Componeni structurali ai unor coenzime NAD+,
NADP+, FAD
Mesageri secunzi ai unor hormoni AMPc, GMPc
Donori de grupri metil S-adenozil metionina (SAM)
Acceptori de fosfat n fosforilarea oxidativ ADP
Efectori alosterici ai activitii enzimelor

Nucleotide naturale libere

N H
N H

C H
N H

C H

C H

H
2

C H

O
C H

S -a d e n o z ilm e tio n in a

O H

H
O

H
O H

H O O C

C H

H
O H

A M P c ic lic (A M P c )

Nucleotide naturale libere

Metilxantinele = derivai metilai ai xantinei,
identificai la plante; prezint proprieti
O
O
CH
farmacologice
3

HN
N
H

H3C

N
H

N
N

CH3
Xantina

Cafeina

H3C
O

O
N

N
N

N
H

CH3
Teofilina

HN
O

CH3

CH3
Teobrom
ina

Structura primar covalent a acizilor

nucleici
Acizii nucleici sunt formai din nucleozide legate
fosfat diesteric
Gruparea OH de la C 3 a unui nucleozid este legat
de gruparea OH de la C 5 a nucleozidului urmtor
prin legtur fosfat diesteric
Fiecare caten are dou capete:
Captul 5 la care gruparea OH de la C 5 are ataat un
rest fosfat
Captul 3 la care gruparea OH de la C 3 nu este
angajat ntr-o legtur internucleotidic

Prin convenie o caten este scris ntotdeauna n

direcia 5 3

Structura primar covalent a acizilor

nucleici
n fiecare caten polinucleotidic (cu mai mult de 50
nucleotide), legturile dintre nucleotide au aceeai
orientare de-a lungul lanului, catenele avnd o
polaritate specific
Dou lanuri polinucleotidice sunt antiparalele cnd
unul evolueaz n direcia 5 3 iar cellalt n direcia
3 5
Diversitatea polinucleotidelor este dat de bazele
azotate legate de scheletul format de moleculele de
monozaharid legate ntre ele fosfat disteric

NH2

Capt 5'-terminal
N

P
O

CH2

legtur fosfat
diesteric

5'

OH,H

O
-

3'

NH2

O
H

3'

5'

O
-

5'

P
3'

5'

CH2

O
H

3'

H
OH,H

O
-

HN

H2N
O
CH2

O
H

H
H

OH

OH,H

Capt 3'-terminal

Structura secundar a ADN

Propus de Watson i Crick (1953) pe baza
rezultatelor altor cercettori:
Prin analiz cromatografic s-a stabilit c n toate
tipurile de ADN numrul de baze purinice este
egal cu numrul bazelor pirimidinice (A+G = T+C)
Prin difracie cu raze X s-a stabilit c ADN are 2
perioade de identitate, una de 34 iar alta de
3,4

Structura secundar a ADN

Dou catene antiparalele formeaz o dubl elice cu
orientare dreapt prin rsucire de la stnga la dreapta n
jurul unui ax.
Scheletul extern este format din ciclurile pentozelor legate
ntre ele fosfat diesteric
Resturile fosfat sunt ionizate i ncrcate negativ la pH
fiziologic
Bazele azotate sunt orientate spre interior i
perpendicular pe axul helixului
ntre o baz purinic de pe o caten i o baz pirimidinic
de pe cealalt caten, numite baze complementare, se
formeaz legturi de hidrogen; adenina se leag de timin
prin 2 legturi de hidrogen iar guanina se leag de citozin
prin 3 legturi de hidrogen

Sant mare
H
N
H

N
N

Adenin

CH3

Timin

H
Sant mic

Sant mare
H
N

H
Guanin

N
N

N
N

H
Sant mic

Citozin

Structura secundar a ADN

Diametrul moleculei este de 20

Distana dintre 2 baze adiacente este de 3,4
Pasul elicei are 10 perechi de baze i o lungime de 34
Helixul prezint n exterior dou anuri: unul mic, cu
limea de 12 i unul mare, cu limea de 22 , prin
intermediul crora unele proteine i medicamente vin n
contact cu bazele azotate fr s fie necesar desfacerea
dublu helixului
ntre bazele azotate se stabilesc legturi dipol-dipol,
interacii van Der Waals i interacii hidrofobe; acestea
produc stivuirea bazelor i determin conformaia
helicoidal a catenei

Forma B a ADN

Formele structurale A i Z ale ADN

Structura ADN este dinamic n mediul apos al celulei
Pe lng forma B, predominant n celule, pot exista
formele A-E i Z.
Conformaia A este o elice dreapt mai compact,
cu un pas de 28 si avnd 11 perechi de baze
Conformaia Z corespunde unei elice stng, cu 12
perechi de baze pe spir i cu un pas al elicei de 57 .
Aspectul catenei este de zigzag, datorit conformaiei
adoptate de bazele azotate din componen

Denaturarea i renaturarea ADN

DENATURARE = ruperea legturilor de hidrogen i a
diferitelor tipuri de interaciuni dintre catenele moleculei
de ADN se poate realiza prin creterea temperaturii, la
valori extreme de pH (ADN este stabil ntre pH 4-10) sau la
modificarea triei ionice a soluiei; acesta duce la
separarea celor 2 catene.
Dac denaturarea este determinat de modificri de
temperatur procesul se numete TOPIRE
Prin denaturare se modific unele proprieti fizice ale
ADN:
Scade vscozitatea
Crete absorbana la 260 nm (absorbana bazelor azotate n
catenele libere este cu 40% mai mare dect n ADN = efect
hipercrom)
Crete densitatea
Se modific capacitatea de rotire a luminii polarizate

Denaturarea i renaturarea ADN

1.5

Densitate optic (260 nm)

1.4
100
1.3
1.2

50

1.1

Tm

1.0

0
30

50

70
o

( C)

90

Denaturarea i renaturarea ADN

Denaturarea se poate urmri prin creterea absorbanei
la 260 nm
Temperatura de topire, Tm, este temperatura la care
jumtate din ADN este denaturat
Compoziie ADN n baze azotate influeneaz Tm; un
procent mai mare de GC fa de AT din ADN determin o
cretere a Tm. Coninutul de perechi de baze GC la om
este de 40% iar punctul de topire in jur de 87 C
n celule pentru denaturare se folosesc enzime numite
helicaze, care utilizeaz ATP

Denaturarea i renaturarea ADN

pH >11,3 determin deprotonarea bazelor
azotate, ceea ce le mpiedic s mai formeze
legturi de hidrogen
Se prefer denaturarea cu soluii de baze pentru a
preveni ruperea legturilor fosfat diesterice
(situaie posibil n cazul temperaturilor mari sau
a pH acide)
La adugarea unor ageni denaturani
(formamida) se produce destabilizarea legturilor
de hidrogen dintre baze, putndu-se face
denaturarea la temperaturi mai mici

Denaturarea i renaturarea ADN

Renaturarea este procesul prin care se reface dublul
helix prin restabilirea valorilor de pH, temperaturii
sau triei ionice la valorile fiziologice
Renaturarea este folosit n tehnica hibridizrii
moleculare care permite combinarea unor catene de
ADN sau a unei catene de ADN cu o caten de ARN
dac exist un grad mare de complementaritate ntre
cele dou catene.

Hidroliza acizilor nucleici

ADN este rezistent la hidroliza bazic; ARN este hidrolizat la
un amestec de 2 i 3 nucleotide
ADN este relativ stabil poate fi pstrat n soluii apoase la
pH ~ neutru
ADN mono i bicatenar precum i ARN poate fi hidrolizat de
enzime numite nucleaze:
Exonucleaze- hidrolizeaz nucleotidele terminale de la capetele
3 sau 5 ale unui lan polinucleotidic (ex. ADN polimerazele I i
III) producnd 3 mononucleozid fosfai sau 5 mononucleozid
fosfai; se poate produce degradarea total a acidului nucleic
Endonucleaze- hidrolizeaz legturi fosfat diesterice din
interiorul catenei polinucleotidice; pot hidroliza i polinucleotide
ciclice pentru c nu necesit un capt terminal liber

Deoxiribonucleazele pot fi specifice pentru ADN

monocatenar sau dublu catenar

Hidroliza acizilor nucleici

Un grup special de endonucleaze produse de
microorganisme se numesc endonucleaze de restricie sau
restrictaze
Au fost izolate peste 100 restrictaze i au fost denumite n
funcie de specia bacterian de la care au fost izolate
(deoarece fiecare bacterie conine mai multe restrictaze, se
utilizeaz o cifr roman pentru a identifica fiecare enzim)
Enzimele recunosc secvene specifice, numite secvene de
recunoatere avnd 4-6 nucleotide i taie ambele catene
Secvenele de recunoatere sunt palindroame = secvene
cu dubl simetrie rotaional, n care secvena nucleotidic,
citit pe ambele catene n direcia 5 3 este identic

Hidroliza acizilor nucleici

Unele endonucleaze de restricie taie ADN bicatenar
formnd capete boante, drepte, neadezive (blunt
ends), altele formeaz capete monocatenare,
coezive (sticky ends)
5'

A A G CTT

3'

5'

TG G CCA

3'

5'

G A G CTC

3'

3'

TTCG A A

5'

3'

A CCG G T

5'

3'

CTCG A G

5'

H in d I I I
5'

3'

TTCG A

B al I

S st I

A G CTT

3'

5'

TG G

CCA

3'

5'

G A G CT

5'

3'

A CC

G G T

5'

3'

c a p e te c o e z iv e

c a p e te b o a n te

C
TCG A G

c a p e te c o e z iv e

3'
5'

Hidroliza acizilor nucleici

O enzim de restricie are aceeai secven de
recunoatere indiferent de sursa ADN (bacterian, din
plante sau din animale)
O molecul de ADN poate s nu aib nici un situs de
recunoatere, unul sau mii de situsuri
Capetele ADN pot fi legate de ADN ligaz rezultnd ADN
recombinat, utilizat n ingineria genetic, diagnosticul
prenatal al unor boli genetice sau la alctuirea hrilor de
restricie
La bacterii enzimele de restricie au rol de protecie
mpotriva infeciilor virale; bacteria i metileaz A i C
din secvena de recunoatere i astfel i-o protejeaz

Organizarea ADN la procariote i

eucariote
Moleculele de ADN au de la cteva perechi de
baze (virusuri mici) pn la miliarde de perechi
de baze (plante, animale)
Cu excepia unor bacteriofagi care au ADN
moncatenar, majoritatea moleculelor de ADN
sunt dublu catenare, liniare sau circulare

Organizarea ADN la procariote i

eucariote
Moleculele de ADN dintr-o celul alctuiesc
cromozomii celulei
Fragmentele cromozomiale care conin informaia
genetic cu privire la sinteza unui singur lan
polipeptidic au fost denumite gene.
Fiecare cromozom conine un set unic de gene
Totalitatea genelor cuprinse n cromozomii unei celule
constituie genomul acesteia
La procariote avem un singur cromozom, circular, care
conine setul complet de gene pentru specificarea
caracterelor celulei (4,6 x 106 perechi de baze, lungime
aprox. 1,6 mm)

Organizarea ADN la procariote i

eucariote

n celulele procariote, ADN este distribuit ntr-o mas

cromozomial
n citoplasma celulei se afl cantiti mici de ADN
extracromozomial. Aceste molecule se numesc plasmide i
conin o cantitate redus de informaie genetic
Plasmidele:
Trec uor prin membrana celulei gazd
Molecule mici, ce codific gene accesorii - conin gene ce le
confer bacteriei rezisten la antibiotice
Se autoreplic extrem de rapid, independent de ADN
cromozomial
Pot migra de la o celul cu rezisten la antibiotic la alt celul,
cu sensibilitate la antibioticul respectiv, fcnd-o i pe aceasta
rezistent (pericol pentru terapia cu antibiotice)
Sunt utilizate n manipularea genic, fiind vectori pentru
fragmente strine de ADN

Organizarea ADN la procariote i

eucariote
La eucariote ADN se afl n nucleu
n perioadele de repaus, materialul se gsete sub
form de cromatin = material amorf, dispersat
n nucleu, care conine ADN, proteine bazice
(histone), proteine nehistonice (hertine) i mici
cantiti de ARN
n timpul mitozei cromatina se condenseaz i se
subdivide n cromozomi = complexe ADNproteine (o singur molecul de ADN)

Organizarea ADN la procariote i

eucariote
Genomul uman const n 46 cromozomi grupai n 23
perechi i conine aproximativ 6 x 109 perechi de baze
Cea mai mare parte a genomului este necodificatoare
avnd rol n reglarea exprimrii genelor n timpul
dezvoltrii, diferenierii i adaptrii la condiiile de mediu
n mitocondrii se afl molecule de ADN circular, cu mas
mic, care difer de ADN nuclear prin structur i
proprieti (reprezint 1% din ADN total) ; specific
proteine mitocondriale, cum ar fi proteine ale lanului
respirator; majoritatea proteinelor mitocondriale sunt
ns specificate de ADN nuclear.

Cromozomii eucariotelor
Fiecare cromozom conine o singur molecul de
ADN cu o lungime de aprox. 2 m !!!
mpachetarea presupune scurtarea de 10 000 ori a
lungimii sale
Primul stadiu n condensarea ADN, realiznd un grad
de compactare egal cu 7, este nucleozomul
Nucleozomul este unitatea de baz a cromatinei;
fibra de cromatin arat ca un irag de mrgele,
mrgelele fiind nucleozomii iar aa poriuni de ADN
liber (ADN de legtur cu 8-120 perechi de baze)

Cromozomii eucariotelor
Histonele sunt proteine bazice, cu mas
molecular mic, care interacioneaz ionic cu
anionii fosfat din catenele de ADN; exist 5
clase de histone:
Histone bogate n lizin H2A, H2B
Histone bogate n arginin H3, H4
Histone de legtur H1, cu rol de protejare a
ADN de aciunea nucleazelor

Cromozomii eucariotelor
Nucleozomul are forma unui cilindru turtit i cuprinde un
octamer histonic constituit din 2H2A, 2H2B, 2H3, 2H4 n
jurul cruia se nfoar de aprox. 2 ori cu rsucire spre
stnga o secven de ADN avnd aprox. 140 perechi de
baze
Histona H1 se leag de ADN de legtur; ea are rol
esenial n etapa urmtoare de compactare cu formarea
unei structuri care arat ca un solenoid i care asigur o
scurtare de 40 ori a moleculei de ADN
Solenoizii se asociaz ntre ei determinnd o condensare
suplimentar
Proteinele nehistonice din structura cromatinei au rol n
destinderea strii condensate a cromatinei, pentru a
permite replicarea i transcrierea, au rol n viabilitatea
celulei

 Nucleozom

Solenoid