Mikrosatelit merupakan salah satu marka generasi kedua yang berkembang pada awal tahun

1990 (Tautz, 1990) karena mempunyai potensi yang besar dalam menganalisis berbagai
keragaman populasi atau individu. Mikrosatelit atau juga dikenal Short Tandem Repeats
(STRs) atau Variabel Number of Tandem Repeats (VNTR) merupakan untaian basa
nukleotida 1-6 pasang basa yang berulang dan tersebar di dalam genom, baik genom inti
(SSRs) maupun genom organel. Tipe pengulangan basa dari mono-, di-, tri-, tetra-, dan pentanukleotida. Mikrosatelit genom organel terdiri mikrosatelit kloroplas (cpSSRs) dan
mikrosatelit mitokondria (mtSSRs) dengan tipe dominan mononukleotida.
Mikrosatelit yang berasal dari genom organel ini banyak digunakan untuk studi antar
spesies karena sifat dari genom organel ini hanya diturunkan secara uniparental. Mikrosatelit
mempunyai keunggulan dalam berbagai studi genetika seperti keterwarisan hukum Mendel,
tingkatan polimorfik tinggi, bersifat marka kodominan, keakuratan yang tinggi dan berlimpah
di dalam genom. Isolasi marka mikrosatelit yang dilakukan hingga saat ini secara garis besar
dikelompokan ke dalam tiga bagian: pencarian database nukleotida di GeneBank, enrichment
libary (Edward et al., 1996), dan dual-suppression (Lian et al., 2001). Pencarian sekuen
mikrosatelit pada database nukleotida hanya pada tanaman yang telah lengkap sekuen
genomnya, akan tetapi sekuen lengkap tersebut tidak tersedia pada semua jenis tanaman.
Oleh karena itu banyak dikembangkan metode dengan mengisolasi fragmen-fragmen
mikrosatelit dengan membuat pustaka genomnya. Metode enrichment library merupakan
metode yang paling banyak digunakan dan telah dimodifikasi untuk meningkatkan persentase
fragmen mikrosatelit (Zane et al, 2002).

Isolasi dengan menggunakan metode enrichment library dapat menggunakan non-probe

radioaktif (Estoup et al., 1993) atau probe radioaktif (Edward et al., 1996). Penggunaan
mikrosatelit dalam studi-studi genetik telah banyak dilakukan untuk studi genetik populasi,
ekologi, pemuliaan tanaman, aliran gen (gene flow), dan keragaman genetik intraspesies
maupun interspesies. Penggunaan model ikan banyak digunakan untuk studi analisis gene
flow karena mudah dilakukan dan dianalisis. Penggunaan ikan dikarenakan mempunyai
mobilitas yang tinggi sehingga memungkinkan terjadinya migrasi populasi ikan secara cepat
dan lingkungan akuatik yang mudah berubah. Hal ini memungkinkan terjadinya isolasi dari
populasi-populasi ikan yang bermigrasi. Pada penelitian yang telah dilaporkan oleh Was and
Wenne (2003) pada jenis ikan seatrout. Penelitian ini menggunakan lima jenis pasangan
primer polimorfik. Hasil penelitian mampu menjelaskan asal populasi ikan yang terpisah
karena topografi dengan menghitung jumlah alel spesifik yang muncul dalam populasi. Pada
tanaman studi terhadap alfafa (Falahati-Anbaran et al., 2007) menunjukkan keragaman
genetik tanaman tersebut di daerah timur tengah berdasarkan letak lintang subtropis. Studi
lain pada gandum yang tersebar di seluruh dunia menunjukkan keragaman genetik yang
tinggi (Prasad et al., 2000) dari 48 genotipe gandum terhadap 55 genotipe gandum yang diuji
menggunakan 12 pasang primer polimorfik.
pustaka :
Edwards, K. J. E., J. H. A. Barker, A. Daly, C. Jones, and A. Karp. 1996. Microsatellite
libraries enriched for several microsatellite sequences in plants. BioTechniques 20:758760.

Falahati-Anbaran, M, A. A. Habashi, M. Esfahany, S. A. Mohammadi dan B. Ghareyazie.

2007. Population genetic structure based on SSR markers in alfalfa (Medicago sativa L.)
from various regions contiguous to the centres of origin of the species. J. Genet. 86(1):59-63.
Lian, C., Z. Chou and T. Hogetsu. 2001. A simple method for developing microsatellite
markers using amplified fragments of inter-simple sequence repeats (ISSR). J. Plant Res.
114:381-385.
Prasad, M., R.K. Varshney, J.K. Roy, H.S. Balyan, dan P.K. Gupta. 2000. The use of
microsatellites for detecting DNA polymorphism, genotype identification and genetic
diversity in Wheat. Theor. Appl. Genet. 100:584592
Tautz, D. 1989. Hypervariability of simple sequences as a general source for polymorphic
DNA marker. Nucl. Acids Res. 17:6443-6471.
Ws, A. dan R Wenne. 2003. Microsatellite DNA polymorphism in intensely enhanced
populations of Sea Trout (Salmo Trutta) in the Southern Baltic. Marine Biotechnol. 5:234243.
Zane, L., L. Bargelloni and T. Patarnello. 2002. Strategis for microsatellite isolation: a
review. Mol. Eco. 11:1-6.