Pemeriksaan GeneXpert

GeneXpert MTB/RIF adalah suatu alat uji yang menggunakan catridge berdasarkan
Nucleic Acid Amplification Test (NAAT) secara automatis untuk mendeteksi kasus TB dan
resistensi rifampisin, cocok untuk negara endemis, (WHO, 2013a) dan dapat dilakukan
walaupun sampel sputum hanya 1 ml (Hakeem et al, 2013). Uji konvensional untuk
mendiagnosa TB resisten OAT yang mengandalkan kultur bakteri dan uji kepekaan obat yang
telah lama digunakan merupakan proses yang lama dan tidak praktis. Pada saat ada
kemungkinan pasien menerima pengobatan yang tidak tepat, strain M. tuberculosis yang
resisten obat dapat menyebar dan resistensi dapat menjadi lebih luas.
Meskipun metode molekuler yang telah ada sebelumnya untuk mendiagnosa TB
resisten OAT, tetapi alat uji yang ada seperti PCR konvensional atau LPA, memakai metode
yang terlalu rumit untuk selalu dilakukan di negara berkembang. Sampel yang selalu diproses
dan DNA yang diekstraksi menambah kesulitan untuk dilakukan karena sumber daya
manusia kurang. GeneXpert, suatu perangkat platform, yang diluncurkan oleh Cepheid pada
tahun 2004 dan menyederhanakan uji molekuler yang terintegrasi dan automatis dengan 3
proses (persiapan sampel, amplifikasi, dan deteksi) berdasarkan real time PCR Uji Xpert
MTB/RIF dikembangkan oleh Foundation for Inovative New Diagnostic (FIND), Chepeid,
University of Medicine and Dentistry of New Jersey yang dipimpin oleh David Alland dengan
pembiayaan dari National Institutes of Health (NIH) Amerika Serikat dan the Bill and
Melinda Gates Foundation. GeneXpert sebagai alat uji diagnostik TB dan resistensi
rifampisin terus mengalami perkembangan diantaranya yaitu:

Mei 2006: FIND berkerjasama dengan Chepeid untuk mengembangkan suatu alat uji
diagnostik cepat serta praktis dilakukan yang dapat mendeteksi M. tuberculosis dan
resistensi rifampisin dari sampel sputum.

April 2009: uji cepat baru, Xpert MTB/RIF, diterima Conformite Europeene In Vitro
Diagnostic (CE IVD) marking.

Mei 2009: berlangsungnya penelitian yang dilakukan oleh FIND.

September 2010: New England Journal of Medicine mempublikasi data; Expert

Group merekomendasikan kepada WHO berdasarkan bukti ilmiah; WHOs Strategic
and Technical Advisory Group untuk TB melakukan penelaahan bukti lebih lanjut dan
membuat rekomendasi kebijakan politik.

Desember 2010: WHO merekomendasikan Xpert MTB/RIF.

Desember 2012: Sejak awal WHO merekomendasikan Xpert MTB/RIF, 77 negara

telah tersedia 966 alat GeneXpert dan 1.891.970 catridge Xpert MTB/RIF pada sektor
publik dengan harga yang lebih murah.
Teknologi yang didukung oleh WHO ini, pada 30 Juni 2013 total 3,2 juta catridge dan

1402 mesin GeneXpert (yang terdiri dari 7533 modul mesin) telah digunakan pada 88 negara
dari 145 negara yang memenuhi syarat untuk memperoleh mesin dan catridge dengan harga
yang lebih murah World Health Organization merekomendasikan pemakaian GeneXpert
(Cepheid) untuk mengevaluasi pasien tersangka TB MDR dan pasien dengan BTA negatif
Tuberkulosis paru BTA negatif dihubungkan dengan rendahnya hasil pengobatan, termasuk
kematian yang disebabkan lamanya diagnosa atau tidak terdiagnosa Teknologi baru seperti
GeneXpert memberikan keuntungan untuk diagnosa awal TB dan penggunaan sistem
diagnostik ini dapat meningkatkan diagnosa pasti secara cepat untuk semua pasien dengan
TB paru
Sistem GeneXpert terdiri dari alat GeneXpert, komputer dan disposible catridge Alat
ini membersihkan, mengkonsentrasi dan mengamplifikasi (dengan cepat, real time PCR) dan
mengidentifikasi target asam nukleat dalam gen M. tuberculosis dan memberikan hasil dari
sampel sputum yang tidak perlu diproses hanya dalam waktu kurang lebih 2 jam, dengan

minimal penggunaan tangan. GeneXpert MTB/RIF menggunakan catridge yang berisi semua
elemen yang dibutuhkan untuk reaksi, termasuk reagen lyophilized, liquid buffer serta wash
dan bekerja dengan cara menangkap bakteri setelah proses pencucian kemudian DNA bebas
dan masuk ke chamber pembuangan). GeneXpert MTB/RIF dirancang dengan sistem tertutup
untuk mengurangi atau mengeliminasi resiko kontaminasi amplikon. Sekali tertutup, catridge
jangan pernah dibuka kembali oleh karena itu sebaiknya tidak membuka catridge jika belum
siap untuk memulai pemeriksaan GeneXpert MTB/RIF.
Masing-masing instrumen GeneXpert berisi 4 modul yang dapat diakses secara
individu. Ukuran instrumen yang lain berisi antara 1-72 modul. Masing-masing modul terdiri
dari jarum suntik untuk mengambil atau mengeluarkan cairan, sebuah ultrasonik untuk
melisiskan sel, sebuah thermocycler, dan optical sign untuk mendeteksi komponen. Single
use catridge berisi a) chamber untuk menyimpan sampel dan reagen, b) valve body berisi
sebuah plunger dan syringe barrel, c) sebuah sistem rotary valve untuk mengendalikan
pergerakan diantara chamber, d) sebuah ruang untuk menangkap, menyatukan, mencuci, dan
melisis sel, e) reagen lyophilized real-time PCR dan buffer pencuci dan f) tabung reaksi PCR
yang terintegrasi yang secara automatis diisi instrument Uji GeneXpert MTB/RIF berdasarkan
prinsip multipleks, semi-nested quantitative real-time PCR dengan amplifikasi gen target rpoB
dan untuk meningkatkan sensitivitas, GeneXpert MTB/RIF menggunakan molecular beacon
dengan target gen rpoB. GeneXpert mendeteksi 81 bp core region dari gen rpoB yang dikode oleh
lokasi aktif enzim. Core region rpoB terletak di samping M. tuberculosis-urutan DNA spesifik.
Oleh karena itu, sangat memungkinkan untuk mendeteksi M. tuberculosis dan resistensi
rifampisin secara bersamaan dengan menggunakan teknologi PCR. Molecular beacon merupakan
urutan oligonukleotida yang berisi urutan probe yang terdapat diantara dua tangkai urutan DNA.
Molecular beacon digunakan untuk mendeteksi keberadaan M. tuberculosis dan mendiagnosa
resistensi rifampisin sebagai tanda pengganti untuk TB MDR secara bersamaan. Molecular
beacon menggunakan fluorophor dan quencher untuk mendeteksi hibridisasi pada masing-masing

dari lima region target amplifikasi gen Salah satu dari molecular beacon probes dibuat untuk
mendeteksi DNA pada sampel kontrol Bacillus globigi, suatu organisme tanah yang berspora,
bertindak sebagai penguji kualitas untuk perangkap bakteri, lisis bakteri, ekstraksi DNA,
amplifikasi dan deteksi probe Lima molecular beacon lainnya dibuat untuk hibridisasi pada
region core rpoB-amplikon. Lima warna berbeda yang digunakan pada hibridisasi probe, masingmasing menutup sequence asam nukleat secara terpisah diantara amplifikasi gen rpoB (Steingart
et al, 2013).
Menurut Piatek dalam Nwokoye et al (2014) probe screen rifampisin adalah untuk mutasi
di core region rpoB. Molecular beacon dibuat hanya untuk hibridisasi gen rpoB sequences yang
cocok dengan M. tuberculosis wild type. Jika tidak ada mutasi, probe mengikat target DNA dan
menghasilkan fluoresen terang. Tetapi jika ada mutasi pada core region rpoB, menghasilkan
fluoresen lambat (partial inhibition) atau tidak menghasilkan fluoresen. Mycobacterium
tuberculosis teridentifikasi jika paling sedikit 2 dari 5 probe memberikan sinyal positif dengan
ambang batas siklus (Cr) 38 siklus atau tidak berbeda jauh dari nilai siklus yang telah
ditetapkan. Dasar deteksi resistensi rifampisin adalah adanya perbedaan antara Cr yang pertama
dan yang terakhir dari probe M. tuberculosis (Cr). Pada Xpert G3, semua deviasi dari wildtype
sequencing menghasilkan pembatasan penampakan sinyal melebihi nilai Cr yaitu 5 dan disebut
resisten rifampisin. Uji berakhir sesudah 38 siklus oleh karena itu dapat dipertimbangkan bahwa
resisten rifampisin indeterminate adalah jika probe pertama Cr adalah >34,5 siklus dan probe
yang terakhir dengan Cr >38 siklus.

Cara pemakaian geneexpert

Pemakaian GeneXpert secara manual sangat mudah: buffer ditambahkan pada sampel
sputum dengan perbandingan volume yang telah ditentukan (2:1), masukkan sampel ke dalam
catridge chamber kemudian catridge dimasukkan ke dalam GeneXpert. Setelah itu, semua proses
yang terjadi adalah secara automatis: GeneXpert pada awalnya menangkap organisme M.

tuberculosis dari sampel sputum pada filter membran. Inhibitor mencuci sel organisme yang
ditangkap dengan buffer kemudian dilisiskan dengan sumber energi ultrasonik dan DNA yang
terlepas dielusi (dialirkan) melalui saringan membran. Solusi DNA akhirnya dicampur dengan
reagen PCR kering kemudian dipindahkan ke dalam tabung PCR untuk real-time PCR dan
dideteksi. Hasilnya dapat dapat diketahui dalam waktu kurang lebih 2 jam. Adanya semua lima
sinyal fluoresensi menunjukkan rifampisin sensitif terhadap DNA M. tuberculosis. Jika 2-<5
sinyal fluoresensi diindikasikan bahwa M. tuberculosis resisten rifampisin. Jika sinyal fluoresensi
tidak ada atau hanya 1 mengindikasikan tidak adanya DNA M. tuberculosis
Sensitivitas GeneXpert MTB/RIF lebih baik daripada pemeriksaan mikroskopis

dan

sensitivitasnya sama dengan kultur media padat Hal ini dibuktikan pada saat sesudah dilakukan
penyempurnaan pada Xpert kemudian dilakukan validasi klinis pada pasien di daerah Afrika
Selatan, India, Peru, Jerman dan Azerbaijan. Ada sekitar 4.500 spesimen sputum dari 1.500
suspek TB. Hasilnya Xpert mempunyai spesifisitas dan sensitivitas tinggi untuk mendeteksi DNA
M.tuberculosis pada hampir semua apusan sputum positif dan kultur positif. Sedangkan resisten
rifampisin dideteksi dengan akurasi yang tinggi.

Uji GeneXpert MTB/RIF merupakan uji diagnostik TB yang memiliki banyak kelebihan
diantaranya: mudah dipakai, mengurangi pemakaian biosafety cabinet, hasil diperoleh lebih cepat
yaitu kurang lebih 2 jam, dan tidak memerlukan tenaga ahli khusus untuk melakukannya. Tetapi
GeneXpert MTB/RIF juga memiliki keterbatasan, diantaranya yaitu: adanya batasan masa pakai
catridge, suhu pengoperasian/ kelembaban dibawah 30 0C sehingga di negara tropis
membutuhkan penyejuk udara yang tetap menyala, biaya mahal, ketersediaan aliran listrik, dan
memerlukan perawatan tahunan serta kalibrasi tiap mesin.
Setelah seseorang didiagnosis sebagai TB MDR maka harus segera dilakukan pelacakan
kontak erat pasien. Definisi kontak erat adalah orang yang tinggal dalam satu ruangan selama
beberapa jam sehari dengan pasien TB MDR, misalnya anggota keluarga, teman kerja dalam
ruangan yang sama, dan lain-lain. Berdasarkan pengalaman, kontak erat pasien TB MDR yang
kemudian sakit TB sebagian besar juga sebagai pasien TB MDR. Resistensi terhadap obat ini
biasanya tidak terdeteksi karena kultur dan uji kepekaan obat tidak rutin dilakukan pada klinik
TB. Pemakaian OAT lini pertama untuk pengobatan pada pasien meningkatkan resiko resistensi
didapat, kambuh dan pengobatan gagal.