Peran serta siswa dalam memberikan kritik dan saran terhadap sekolah belum maksimal dikarenakan peningkatan masukan dari siswa disebabkan ketakutan siswa terhadap pegawai sekolah akan adanya tekanan dalam pemberian nilai, masih banyak siswa yang tidak mengetahui bagaimana tata cara menyampaikan kritik dan saran yang baik. Selain itu, peningkatan masukan dari orang tua siswa belum terlihat karena sifat orang tua siswa yang lebih memperhatikan hasil akhir sesuai dengan dana yang dikeluarkan tanpa mengetahui proses pendidikan. 2. Hambatan Peningkatan Transparansi Adanya masalah peningkatan kepercayaan warga sekolah bahwa di dalam sekolah tidak ada praktik KKN dan adanya masalah pengurangan pelanggaran terhadap peraturan perundang-undangan yang berlaku di sekolah. 3. Hambatan Peningkatan Akuntabilitas Adanya masalah kepuasan warga sekolah terhadap penyelenggaraan sekolah karena sulitnya menyatukan harapan dan pendapat warga sekolah tentang penyelenggaraan sekolah. 4. Hambatan lain a. Implementasi MBS tidak difasilitassi dengan benar oleh pemerintah daerah. b. Otonomi yang diberikan kepada sekolah tidak diiringi dengan pemberian otoritas yang memadai. c. Semua kebijakan pendidikan di daerah pada penafsiran sepenuhnya kepada kepala daerah. d. Partisipasi masyarakat adalah pemasangan pagar sekolah, gotong royong dan semacamnya. e. Pelaksanaan MBS seolah-olah melaksanakan sekolah luar sistem pemerintahan,