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第 卷 第 期 聊 城大 学学 报 自然 科 学 版
年 月

分 子 动 力学模拟 基 本 原 理 和 主 要 技 术

‘,
崔 守鑫 胡海 泉 肖效 光 黄海军
,

’ ,

聊 城大 学 物 理 科学 与信 息工 程 学 院 山东 聊 城
中国 工 程物 理研 究院 流 体 物理研 究所 四 川 绵 阳
,

摘 要 纷 述 了 分 子 动 力 学 模 拟 技 术 的 发 展 从 原 子 或 分 子 运 动 的 角度 出 发 简 要 地 介 绍 了 分
, ,

子 动 力 学 方 法 的 基 本 理 论 以 及 对 一 些 感 兴 趣 量 的 提 取 并 且 还 简 要 地 说 明 了分 子 动 力 学 的 用 途 以
及 与 其 它 方 法 的 结 合 最 后 还 指 出 了分 子 动 力 学 模 拟 方 法 本 身进 一 步 的 研 究 方 向
关键 词 分子 动 力 学 有限差 分法 相 互 作 用 势 结 构分析技米
, , ,

一 一 一
中 图分 类 号 文献 标识 码 文章 编 号

凝 聚 态 物 质 的 宏 观 现 象 是 由极 大 量 分 子 原 子 的 运 动 和 相 互 作 用 的 反 映 在 本 质 上 都 带 有 统 计 性 质
,

随 着 人 们对 凝 聚 态 物 质 的微 观 结 构 的 不 断 深 入 了解 人 们 愈 加 需 要 从 统 计 角度 探 讨 凝 聚 态 物 质 的 宏 观 现
,

象 的 基 本 规 律 寻 找 内在 的联 系 现 在 凝 聚 态 理 论 已 经 深 入 到 知 其 所 以 然 的 阶段 在 量 子 力 学 和 统 计 力 学
, ,

基 础 上 探 讨 宏 观 现 象 和 微 观 结 构 的本 质 统 计 力 学 是 研 究 凝 聚 态 物 质 的 微 观 结 构 和 宏 观 现 象 的 桥 梁 它 的
,

理 论 已 取 得 了很 大 的成 就 但 凝 聚 态 物 理 问 题 非 常 复 杂 纯 粹 用 解 析 理 论 来 描 述 目 前 尚 难 以 实 现 随 着 计
, ,

算 机 的软 硬 件 和 计 算 技 术 的 长 足 发 展 利 用 计 算 机 对 物 质 的 微 观 结 构 和 运 动 进 行 数 值 模 拟 计 算 得 到 了 迅
,

速 发 展 并 在 此 基 础 上 发 展 了 用 数 值 运 算统 计 求 和 的方 法 分 子 动 力 学 方 法 和 蒙特 卡 罗
,

方法
这 两 种 方 法 可 以 按 照 原 子 或 分 子 的 排 列 和 运 动 的模 拟 以 实 现 宏 观 物 理 量 的 计 算 不 仅 可 以 直 接 模 拟 许
,

多物 质 的宏 观 凝 聚 特 性 得 出 与 实 验 结 果 相 符 合 或 可 比 拟 的计 算结果 而 且 可 以 提 供 微 观 结 构 粒 子 运 动
, ,


以 及 它 们 和 物 质 宏 观 性 质关 系 的 明确 图像 有 利 于 从 中提 取 新 的 概 念 和 理 论 这 两 种方 法 又 可 视 为 计 算
,


机 实验
,

利 用 粒 子 之 间的 真 实相 互 作 用 势 也 可 用 半 经 验 势计 算 凝 聚 态物 质 的 结 构 和 热 力 学 性 质 从 而 很
, ,


方 便 的对 相 互 作用 与 宏 观 性 质 之 间 的 关 系 进 行 考 察 据 此 提 出 有关 物理 现 象 的 理 论 从 而 这 种 计 算 机 实
, ,


验 建 立 了理 论 与 实 验 的桥 梁 对 新 的 理 论 和 新 的 实 验 的建 立 将 起 愈 来 愈 大 的 作 用 和
, ,



首 先 在 硬 球模型 下 采用 经 典
,

方 法 研 究 气 体 和 液 体 的 状 态 方 程 取 得 了尝 试 性 的 成 功
, ,

由 于 计 算 机 速 度 和 内 存 的 限 制 早 期模 拟 的 空 间尺 度 和 时 间尺 度 都 受 到 很 大 的 限 制
,

世纪 年代 后 期
由于 计 算 机 技 术 的 飞 速 发 展 和 多 体 势 函 数 的提 出 与 发 展 为 分 子 动 力 学 模 拟 技 术 注 入 了 新 的 活 力
,


年 和 田 首 先 将 分 子 动 力 学 模 拟 应 用 到 了 非 平 衡 态 的研 究 进 一 步 扩 展 了 方 法 的应 用 范
, ,

围 目前 许 多 在 实 际 实 验 中 无 法 获 得 的 微 观 细 节 而 在 分 子 动 力 学 模 拟 中可 以 很 方 便 的 得 到 这 种 优 点 使
, , ,

得 分 子 动力 学 模 拟 在新 材 料 的 研 究 和 开发 预 测 材 料 的介 观 和 宏 观 性 质等 领 域 显 得 非 常 重 要 由此 改 变 了
,

过 去理 论 计 算 与实 验 的关 系

分 子 动 力学 的 运 动 方程
分 子 动 力 学 模 拟 的 出 发 点 是 假 定粒 子 的 运 动 可 以 用 经 典 动 力 学 来 处 理 对 一 个 由
,

个粒 子 构成 的孤
‘ ‘ ‘
立 体 系 粒 子 的 运 动 由牛 顿 运 动 方 程 决 定 也 就 是 伙 一 甲 沁 式中 分别为第
, , , , , , ,

国 家 自然 科 学 基 金重 点 项 目 中 国工 程 物 理 研 究院科 学 技 术 基 金 资 助 课 题
一 一

收稿 日期

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第 期 崔 守 鑫 等 分 子 动 力 学 模 拟 基本 原 理 和 主 要 技 术


个 原 子 的质 量 和 位置 一 刃无 枷 为 体 系所 处 的势
, , ,

数值积分基本思想:近似估计,尽可能接近真实结果
运 动方程 的数值积 分 基本要求:精度
计 算 机 模 拟 方 法 的 基 点 是 利 用 现 代 计 算 机 高速 和 精 确 的优 点 对 几 百 个 以 至 上 千 个 分 子 的 运 动 方 程
,

进 行 数值 积 分 有 许 多不 同 的积 分 方 法 它 们 的效 率 和 方 便 程 度 各 异 问 题 基 本 上 就 是 用 有 限 差 分 法 来 对
,

二 阶常 微 分方 程 进 行 积 分 常 用 的 有 以 下几 种 方 法


算法
算法是 在 年 代 后 期 出现 的 对 扩 散 分子 的 质 心 运 动 的 积 分 是 最 稳 定 的 也 是 最 常 用 的 数 值方
,

法 它 运 用 时刻 的 位置 和 加 速 度 以 及 时刻 的 位 置 来 预 测 价 位置 其积分方案 以三 阶
,

展开为
基础 由 以 下方 程 给 出
,

乱 一 一 灸
,

这 里 为 简 单计 省略 了 速 度 可 以 按 微 分 的基 本 法 则 得 出 一 一 一 〕 改 这 种算
, ,


法 的优 点是 占有计算 机 的 内存 小 并 且 很 容 易编 程 但 它 的 缺 点是 位 置 占 要通过小项 价
,

与非 常大
,

的两 项 和 一 乱 的差 相 加 得 到 见 这 容 易造 成精度 损失 并 且 从 式 可 以 看 出 这 种算 法
, ,


不 是 一 个 自启动 算 法 新 位 置 必 须 由 和 一 灸 时刻 的位置 得 到
,

“ ” 一

蛙跳 算法

提 出的 算 法 的 变 化 这 种方 法 涉 及 半 时 间 间 隔 的速 度 即
, ,

算法 是
占 占 占 一 一 占 乱
,

时刻 的 速 度 由下 式 给 出
击 一 灸 〕 算法 相 比 有 两 个 优 点 包 括 显速度项 收敛速度快 计
,

这 种 算法 与
算 量 小 这 种 算 法 明显 的 缺 陷是 位置 和 速 度 不 同步



算法

这 种 算 法 可 以 同 时给 出位 置 速 度 和 加速 度 并 且 不 牺 牲精 度 给 出 了 显 速 度 项 计 算 量 适 中 目前 应
, , , ,

用 比较 广泛

的预 侧 校 正 算 法

这 种算法 分 为 三 步 来完 成 首 先 根 据 展 开 预 测 新 的 位 置 速 度 和 加 速 度 然 后 根 据 新 的计
, , ,

算 的力计 算 加 速 度 这 个 加 速 度再 由与 级 数 展 开 式 中的 加 速 度 进 行 比 较 两 者 之 差 在 校 正 步 里 用
来校 正 位 置 和 速 度项 这 种 方 法 的缺 点 就 是 占有 计 算 机 的 内存 大 除 了 上 述 提 及 的几 种 方 法 外 还 有
,

‘〕、

算法 等
,

周 期性 边 界 条 件 和 长 程 力
即使 是 使用 现 代 的 巨 型 计算 机 方 法 还 是 只 能 用 于 粒 子 数 大 约 是 几 百 到 几 千 的 系 统 这 就 引起 一
,

个 问 题 用 这 样 少 量 的 粒 子 如 何 来模 拟 宏 观 体 系
,

为 了 解 决 这 个 问 题 引入 了周 期 性 边 界 条 件
,

采用这
种 方法 模 拟 体 系 实 际 上 是 由 基 本单 元 也 称 为 模 拟 计 算 元 胞 在 各 个 方 向上 重 复 叠 合而 成 但 在 模 拟 中 只
,

需保 留 基 本 单 元 所有 其 它 单 元 与 基 本单 元 由平 移对 称 性 关 联 在 处 理 粒 子 之 间 的相 互 作 用 时 通 常 采 用
, ,

“ ”
最 小 影 像 约 定 这 个 约 定 是 在 由无 穷 重 复 的 基 本 模 拟 计 算 元 胞 中 一 个 粒 子 只 与 它所 在 的 基 本元 胞
,

个 设 在 此 元 胞 内有 个 粒 子 中 的 每 个 粒 子 或 其 最 邻 近 影 像 粒 子 发 生相 互 作 用 实 际 上
,

内的 另外

这个 约 定 就 是 通 过满 足不 等式 条 件
,

来截 断 位 势 为 截 断 半径 是 元 胞 的边 长 通常 的数 值
,

应 当选 得 很 大 以 避免 有 限 尺 寸 效 应 但 这 样 会 增 大 计算 量 通 常 采 用 对相 互 作 用 势 的 修 正 来 近 似 处 理
, , ,

势 函数 模拟结果的准确与原子间相互作用势函数相关

模 拟 结果 准确 与 否 的关键 在 于 对 系 统 内的原子 之 间相 互 作 用 势 函 数 的选 取 总 的 来说 原 子 或
, ,

分 子 之 间的 相 互 作 用 势 的研 究进 展 一 直 很 缓 慢 在 一 定 程 度 上 制 约 了
,

方 法 在 实 际 研 究 中的 应 用 原
子 间 的势 函 数 的 发 展 经 历 了 从 对 势 到 多 体 势的 过 程 对 势 认 为 原 子 之 间 的相 互 作 用 是 两 两 之 间 的 作 用 与
, ,

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L-J势: 描述惰性气体分子之间的相互作用而建立,描述材料的行为也比较柔韧,也可以用来描述过渡金属原子之间的相互作用
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B-L势:描述离子晶体离子之间的相互作用 福昕软件(C)2005-2009,版权所有,
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聊 城 大 学 学 报 自然 科 学 版 第 卷

其 它 原 子 的位 置 无 关 而 实 际 上 在 多 原 子 体 系 中 一 个 原 子 的位 置 不 同 将 影 响 其 它 原 子 间 的 有 效 相 互 作
, , , ,

用 所 以 多体 势能 更 准 确 地 表 示 多 原子体 系势 函 数
, ,

对势
在 分 子 动 力 学 模 拟 的 初 期 经 常采 用 的 就 是 对 势 对 势 可 以 分 为 间 断 对 势 和 连续 对 势 而 连续 对 势
, ,

一 一 、 一 一 、 一

主要 有 以 下 几 种 势 势 势和 势等 其 中
, ,

势是 为
描述 惰性 气 体 分 子 之 间 的相 互 作 用 而建 立 的 因此 它 表达 的力 比较 弱 描 述 材 料 的行 为 也 比较 柔 韧 也 可
, , ,

以 用 来 描 述 过 渡 金 属 原子 之 间 的相 互 作 用 势 是 用 来 描 述 离 子 晶体 离 子 之 间 的 相 互 作 用 的 势
和 势 多 用 于 描 述 金 属 原 子 之 间 的相 互 作 用 对 势 虽 然 简 单 得 到 的 结 果 往 往 也 符 合 某 些 宏 观 物 理
,

规 律 但 其 缺 点是 必 然 导 致 关 系 所 以 对 势 实 际 上 不 能 准 确 地 描 述 晶 体 的弹 性 性 质
, , ,

多体 势
多体 势 是 在 世纪 年 代初 期 开 始 出现 的
,

年 和 首次提 出了原子嵌人
势 阁 此 势 的基 本 思 想 是 把 晶 体 的 总 势 能 分 成 位 于 晶格 点 阵上 的原 子 核 之 间的相 互 作 用 对 势 和 原 子 核 镶
嵌 在 电子 云 背 景 中 的 嵌 入 能 多 体 相 互 作 用 两 部 分 其 中 对 势 和 多 体 作 用 势 的 函 数 形 式 往 往 根 据 经验 选
, ,

“ 〕
,

取 基于 势 的势 函 数 还 有很 多 种 这 些 多 体 势 大 多 用 于 金 属 的 微 观 模 拟 此 外 还 有 许 多形 式 的
, , ,


多体势 函 数 形 式 在 等 效 介 质 原 理 的 基 础 上 提 出 的 另 一 种 多 体 势 函 数 形 式 由于
,

等人
,


其简单 有效 也得 到 了广泛 地 应 用
,

分子动 力学模拟 的系综


平 衡 态 分 子 动 力 学 模拟 是 在 一 定 的 系 综 下 进 行 的 经 常 用 的 平 衡 系 综 是 系综 在 这 两 种
,


系综 中 牵 涉 到 控 制 温 度 和 压 力 的几 种 技 术 分 别 介 绍 如 下
, ,

控 沮方法
‘ 。、 ’
速 度 标 定 〔周 系统 的 温 度 与 动 能 存 在 如 下 的 关 系 一 一 一
,

艺 式
, 。 ,

是原子数
,

是 约 束数
,

是 常数
,

中 是 原 子 的 速 度 由于 系 统 的温 度 和 动 能 存 在这 样
的 关 系 所 以 一 种 最 简 单 和 最 直 观 的 方 法 是 直 接 对 速 度 进 行 标 定 这 种 方 法 的基 本 思 想 是 如 果
, ,

时刻 的
才 、
温 度是 速 度 乘 以 因 子 又后 温 度 的 变 化 为 △ 一 矛 一 几
, , , , ,

其中 一 厄不面 为 所控 制 体
,

系 的温 度
恒 温 槽 方 法 山 〕 这 种 控 温 方 法 假 设 所 模 拟 的体 系 与 一 个 恒 温 槽 连 在 一 起 则 两 者 之 间
,

就 可 以 通 过 热 交 换 而 使 模 拟 体 系 达 到 恒 温 的 目的 方 法 女口下 定 义 一 个 参数 、 、
, , ,

心不屯石二五不
式 中 参数 表 征 系统 与 恒 温 槽 之 间 的 热交 换 速 率 △ 为 的 时 间步 长 那 么 通 过 一 人匈 校 正 即可保
, , , ,
,


持 体 系 的温 度 在 附近 振 动 而 参 数 武 通 常 取 为
,

则 可 用 于 控 制这个 振 动 幅度
一 ‘司
,

亡 方法 这 种方法是通过 改 变模拟体 系 的 来实 现控温 的 因而有更


,

强 的物 理 意 义 其 基 本 思 想 就 是 在
,

加 入 一 个 假 想 的项 来 代表 一 个 恒 温 源 具体做法 如 下
,

、 。
一 时 十
, ,

习 十 参 十 式中 和 参分 别 是 假 想 项 的 坐 标 和 动 量 这 样 体 系 的 微 分 方 程
、 ‘ ‘

, ,

就变为 一 十 夸 一 一
, ,

夸 式中
,

艺 对 为 体 系 的 自由

,

为一 个 可 调 参 量
, 一
表 征 着 假 想 项 的质量
,

为温度
在 这 三 种 控 温 方 法 中 速 度 标 定是 一 种 非 真 实 的物 理 效 应 但 这 种 方 法 可 以 使 系 统 很 快 达 到 平 衡 在
, , ,

经 典 分 子 动 力 学 方 法 中 这 是 一 种 比较 常 用 的 控 温 方 法
,

控 温 方 法 是 通 过 系统 和 恒 温 槽 进 行 热

交换 来控 制 温 度 此 方 法 的优 点 是 非 常 简 单 应 用 起 来 非 常 方 便 亡
, ,

控温 方法是 基 于统计力 学
,

而 提 出 来 的 一 种 控 温 方 法 当 系统 和 恒 温 槽 进 行 热 交 换 时 在 系 统 中粒 子 出现 的几 率 遵 从 统 计 力 学 规 律
, ,

所 以这 是 一 种 真 实 的物 理 效 应
控 压 方法
用 方 法 研 究 压 力 的诱 导 相 变 和 结 构 重 构 在 等 压 下 模 拟 比 在 等 体 积 下 更 容 易 实 现 在 等 压 模拟
,

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第 期 崔 守鑫 等 分 子 动 力 学 模 拟 基 本 原 理 和 主 要 技 术

下 可 以 通 过 改 变 模 拟 元 胞 的三 个 方 向 或 一 个 方 向 的 尺 寸 来 实 现 体 积 的 变 化 类 似 于 温 度 控 制 的 方 法 也
, , ,

有 许 多 方 法 用 于 压 力 控 制 在 实 际 应 用 中 有 以 下 两 种 较 为 常 用 的压 力 控 制 方 法
, ,

方 法 ’〕 这 种 控 压 方 法 的 基 本 思 路 与基 本 控 制 方 程 均 与 他 的控 温 方 法类 似 如 下 产
,

。 ‘ 。
△, 一 尸 尸
,

式中
,

是一个 可调参数
,

为 所 控 制 的压 力 然 后 在 每 一 次 的
,

迭代中 粒
,


子坐标 均 用 产 相 乘 得 到 新 的坐 标 即 可 实现 对 压 力
, , , ,

的 控 制 该 方 法 的 缺 点是 可 能 导 致 在 很 长 的
模 拟 时 间步 长 内 保 持 着 起 伏
,

一 ‘ 〕
这 种 方 法 是 通 过 改 变体 系 的 来实现 的 新 的
,

方法
’ 。 。
定义如下 一 一 十 从 人 一 日 “一
, , , ,

汉 人 其中 是 模 拟 单 胞 的基 矢
,

名 名习
,

‘ ‘
一万 一 日
,

原子坐标
,

为 原 子 之 间 的相 互 作 用 势 为单 胞 体 积
,

表 示 矩 阵 的迹
,

是 一个可
,

调参 量 这 种方 法 的优 点 是 模 拟 单 胞 不 仅 大 小 可 变 形 状 也 可 变
,

模拟 的初始条 件
模 拟 进 入 对 系 统微 分 方 程 组 做 数值 求解 的过 程 时 需 要 知 道 粒 子 的 初 始 位 置 和 速 度 的数 值 不 同
, ,

的算法 要 求 不 同 的 初 始条 件 常用 的 初 始 条 件 可 以 选 择 为 令 初 始 位 置 在 差 分 划 分 网 格 的格 子 上 初
,

始速 度 则 从玻 尔 兹 曼分 布 随 机 抽 样 得 到 令初 始位置 随机地偏 离差分划分 网格 的格子 初 始速度为


,

零 令 初 始 位置 随 机 地 偏 离 差 分 划 分 网 格 的 格 子 初 始速 度 从玻 尔 兹 曼 分 布 随 机 抽 样 得 到
,

热 力学 性 质 的 计 算
经 典 力 学 的 一 个 基 本前 提 是 只要 知 道 了 物 理 体 系在 相 空 间 的运 动 就 可 以 导 出 其 所 有 的宏 观 性 质
, ,

在 分 子 动力 学 中 对 模 拟 得 到 的位 形 进 行 结构 分 析 是 很 重 要 的 比 如 在研 究 晶 体 的熔 化 时 需 要 及 时 分 析
, , ,

它 的结 构 变 化 就 结 构 分 析 而 言 目前常 用 的方法 有 径 向分 布 函 数 静 态 结 构 因 子 和 配 位 数 等 方 法
,

‘, 〕
径 向分布 函数

径 向分 布 函 数 可 以 由下 式 来 定 义 △ 表示 距 离原 点 到 十 △
,

式中
,


间 的平 均 粒 子 数 是 模 拟 的体 积 表 示 的物 理 含 义 是 在 空 间位 置 点 周 围 的体 积 元 中单 位 体 积 内
,

发 现 另 一 个 粒 子 的 几 率 由此 看 出
,

表 征 着 结 构 的无 序 化 程度
。 ‘ ’〕
静态 结 构 因子

静 态 结 构 因子 的表 示 式 为 ’
, ,

是 总原子数
,

是倒 格 矢
,

其中 为原子
,


,

的位 置 矢 量 对 理 想 晶 体 而 言 而 对 理 想流体 则 为
, , ,


配位数
所 谓 配 位 数 就 是 原 子 的 第 一 最 近 邻 原 子 的 个 数 配 位 数 的多 少 表 示 了 该 原 子 周 围的 原 子 分 布 的密
, ,

度大 小 它 经 常 在 一 些 分 析 中作 为 结 构 分 析 的 一 种 辅 助 手 段
,

方 法 的进 一 步研 究 方 向
经 典 分 子 动 力 学 方 法 存 在两 个 缺 陷 元 胞 的体积 和 形 状 保持 不 变 限制 了
,

方 法 的应 用 不
适 合 含 有 自由电子 的 系 统 因而 对 金 属 等 系 统 的计 算 的结 果 不 理 想 为 了 克 服 经典分 子 动力 学 方法 的 局 限
,

。 、
〕 。 〕

,

世纪 年 代初
,

等人 发 展 了 可 变元 胞 分 子 动 力 学 方 法 由 于 能 带论 中 的

密 度泛 函 方 法 是 研 究凝 聚 态 物 质 电子 结 构 的有效 方 法
,

年 等人 提 出 了第一 原 理 的 方
法 但是 进一 步 拓 宽 分 子 动 力 学 方法 的应 用 面 显 然是 一 个 热 门 的发 展 方 向 对
,

方 法 本 身而 言 最 重 要
,

的两 个 要 素是 初 始 位 形 的给 定 和 相 互 作 用 势 函 数 的选 取 模 拟 时 间 足 够 长 初 始 条 件 的选 择 不 会 影 响
,

计 算 的结 果 但 是 选 择 合 理 的 初 始 条 件 可 以 加 快 系 统 趋 于 平衡 可 以 节 省机 时 影 响 计 算 结 果精 确 程
, ,

度 的 最 主要 的 因 素是 相 互 作 用 势 的精 确性 人 们 对提 高 势 函 数 的精 确性 进 行 了 大 量 的 研 究 提 出了 许 多 势
, ,

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聊 城 大 学 学 报 自然 科 学 版 第 卷

函 数 的形 式 但 是 对 大 多 数 原 子 而 言 努 力 找 到 即 准 确 而 形 式 又 不 太 复 杂 的 势 函 数 仍 然 是 一 个 很 有 挑 战
, , , ,

性 的 课 题 我 们认 为 把 第 一 原 理 量 子 化 学 分 析 和 参 数 拟 合 相 结 合 是 势 函 数 研 究 的 最 好 的 方 法
, ,


等人 就 用 此 方 法研 究 了氯 化 钠 晶 体 离 子 之 间 的 相 互 作 用 势 并 研 究 了 微 结 构 的 变 化 这 是 一 个 值
, ,

得 进 一 步 研 究 的方 向
参 考 文 献
,
, , ,



, ,

〔〕
, , ,

〕 汀 ‘ ’ 一
,
仁〕
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仁〕
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〔 〕 二
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