BORANG LAPORAN PRAKTIKUM LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

No. Dokumen Berlaku sejak Revisi Halaman

FO-UGM-BI-07-13 03 Maret 2008 00 1 dari 15

Matakuliah

: Sistematika Mikrobia

KLASIFIKASI KAPANG DENGAN METODE TAKSONOMI NUMERIK FENETIK ACARA III

Priyatno Suwardhana 06/196899/BI/7857 II/4 Asisten : N. Anggiana Nurhayati

Fakultas Biologi Universitas Gadjah Mada Yogyakarta 2008

BORANG LAPORAN PRAKTIKUM LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

No. Dokumen Berlaku sejak Revisi Halaman

FO-UGM-BI-07-13 03 Maret 2008 00 2 dari 15

I. Pendahuluan A. Latar Belakang Dalam mikrobiologi, terdapat anggota dunia mikrobia yang saat ini tata namanya dimasukkan dalam tata nama botanica. Anggota tersebut ialah kapang. Kapang mempunyai ciri-ciri morfologi yang spesifik secara makroskopis dan mikroskopis. Ciri-ciri tersebut dapat digunakan sebagai identifikasi dan determinasi. Pengamatan secara mikroskopis dapat berupa bersekat atau tidaknya hifa, bentuk percabangan hifa, stolon, rizoid, sel kaki badan buah, dasar badan buah, pendukung badan buah, dan bentuk spora (Sutariningsih dkk, 1997). Dalam pengklasifikasian suatu mikrobia, ada beberapa macam cara

pengklasifikasian, diantaranya dengan metode numeric fenetik yang dibangun atas dasar similaritas dari dua strain yang berbeda dengan menggunakan lebih dari 50 karakter. B. Permasalahan Permasalahan yang akan timbul ialah, jika beberapa strain diklasifikasikan dengan metode numeric fenetik, strain manakah yang masuk dalam satu spesies? Kemudian bagaimanakah tingkat kepercayaan yang didapat antara hasil perhitungan dengan koefisien Jaccard dengan koefisien Ssm ? C. Tujuan Praktikum ini bertujuan untuk mempelajari dan mengklasifikasikan kapang dengan sebanyak banyaknya karakter dan menggunakan metode klasifikasi numeric fenetik dan membandingkan tingkat kepercayaan yang didapat dari kedua macam koefisien

II. DASAR TEORI Mikrobia merupakan jasad hidup yang terlalu kecil, sulit diamati dengan mata telanjang atau tanpa bantuan mikroskop. Kapang termasuk dalam golongan mikrobia. Kapang disebut juga jamur benang atau molds. Mikrobia jenis ini berbentuk benang atau filament, multiseluler, bercabang-cabang, dan tidak berklorofil (Sutariningsih dkk, 1997). Selain itu karakteristik kapang antara lain, tubuh atau talusnya terdiri dari dua bagian, yaitu miselium dan spora (sel resisten, istirahat atau dorman). Miselium merupakan kumpulan beberapa filamen yang dinamakan hifa. Setiap hifa lebarnya 5 sampai 10 mikron.. Di sepanjang setiap hifa terdapat sitoplasma (Pelczar, 1986).

BORANG LAPORAN PRAKTIKUM LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

No. Dokumen Berlaku sejak Revisi Halaman

FO-UGM-BI-07-13 03 Maret 2008 00 3 dari 15

Kapang mempunyai cirri-ciri morfologi yang spesifik secara makroskopis dan mikroskopis. Ciri-ciri tersebut dapat digunakan sebagai identifikasi dan determinasi. Pengamatan secara mikroskopis dapat berupa bersekat atau tidaknya hifa, bentuk percabangan hifa, stolon, rizoid, sel kaki badan buah, dasar badan buah, pendukung badan buah, dan bentuk spora (Sutariningsih dkk, 1997). Jenis kapang yang terdapat di alam sangat banyak, oleh karena itu untuk mempermudah dalam mempelajarinya dipergunakan pendekatan secara taksonomi. Taksonomi adalah ilmu yang mempelajari tentang penyusunan organisme dalam satu golongan yang disebut taksa berdasarkan karakter - karakter yang digunakan dalam penggolongan organisme. Taksonomi kapang dilakukan melalui beberapa tahap yaitu, klasifikasi, nomenklatur, dan identifikasi. Klasifikasi adalah proses Nomenklatur penataan organisme ke dalam suatu kelompok (taksa) berdasarkan hubungan kekerabatan (evolusioner) atau hubungan kemiripan (similaritas). merupakan cara pemberian nama ilmiah terhadap organisme menurut kode tatanama, sedangkan identifikasi berarti proses dan hasil penentuan apakah suatu organisme yang belum dikenal merupakan anggota kelompok yang sudah diketahui sebelumnya atau bukan (Nicklin et.al,1999). Ada 2 macam cara untuk mengklasifikasikan kapang, yaitu pengklasifikasian dengan taksonomi fenetik dan pengklasifikasian dengan taksonomi numerik-fenetik. Taksonomi fenetik adalah sistem klasifikasi mikrobia tanpa mempertimbangkan sifat evolusioner. Pengukuran kekerabatan berdasarkan sifat fenotif dan genotif, misalnya penentuan sifat biokimia, morfologi, fisiologi, kimiawi dan pembedaan DNA. Sedangkan taksonomi numerik-fenetik adalah sistem klasifikasi mikrobia berdasarkan persamaan dan perbedaan dengan metode matematik dengan menggunakan komputer. Tujuan utama taksonomi numerik-fenetik adalah untuk menghasilkan suatu klasifikasi yang bersifat teliti, reproducible, dan padat informasi. Aplikasinya dalam kontruksi klasifikasi biologis memungkinkan terwujudnya sirkumskripsi takson berdasarkan prinsip yang mantap dan objektif, bukan klasifikasi yang bersifat subjektif belaka (Stanier et al, 1982) Langkah awal yang dilakukan dalam taksonomi numerik adalah analisis karakter yang diuji dengan berbagai uji, dari morfologi, fisiologi dan sifat biokimiawi yang menghasilkan data yang beragam. Lalu nantinya dari data yang beragam menghasilkan koefisien similaritas, yaitu sebuah fungsi yang mengukur kemiripan antara karakter yang diperoleh dari dua strain, yang mana dihitung pada tiap pasang bakteri pada strain bakteri yang diteliti. Koefisien ini terbagi atas Simple Matching Coeficient (Ssm) dan Jaccard Coeficient (SJ). Ssm merupakan koefisien similaritas yang umum digunakan pada ilmu bakteriologi untuk mengukur proporsi karakter yang sesuai, baik hubungannya bersifat ada (positif) maupun tidak ada (negatif). Sedangkan SJ dihitung tanpa memperhitungkan karakter yang tidak dimiliki oleh kedua organisme tersebut (Stackebranat et al, 1999).

BORANG LAPORAN PRAKTIKUM LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

No. Dokumen Berlaku sejak Revisi Halaman

FO-UGM-BI-07-13 03 Maret 2008 00 4 dari 15

BORANG LAPORAN PRAKTIKUM LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

No. Dokumen Berlaku sejak Revisi Halaman

FO-UGM-BI-07-13 03 Maret 2008 00 5 dari 15

III. METODE A. Alat dan Bahan Alat-alat yang digunakan dalam praktikum ini antara lain tabung reaksi, cawan petri, rak tabung reaksi, erlenmeyer, mikro pipet, pipet tetes, pipet ukur, pro pipet, gelas benda, gelas penutup, dan mikroskop. Sedangkan bahan-bahan yang digunakan dalam praktikum ini adalah medium PDA (Potato Dextrose Agarose), medium pati agar, dan larutan jodium (JKJ). Selain itu digunakan pula 6 strain khamir, yaitu : A, B, C, D, E dan F

B.

Cara Kerja 1. Karakteristik Pertumbuhan Kapang:

Strain kapang diinokulasikan kedalam media PDA, MEA dan Czapeck Dox Agar dan diamati karakteristik pertumbuan lebat, sedang, jarang, warna koloni bagian atas, warna koloni bagian bawah, pigmen terlarut dalam mdium. 2. Morfologi Hifa kapang Kapang ditumbuhkan pada media PDA diamati hifanya secara mikroskopis, diamati hifa bersekat atau tidak. 3. Karakteristik Miselium Kapang ditumbuhkan pada mdium PDA diamati miseliumnya secara mikroskopis, jernih atau gelap. Berwarna atau tidak berwarna. 4. Tipe Spora Seksual Kapang ditumbuhkan pada medium PDA diamati ada tidak spora seksualnya yaitu oospora, zygospora, dan askospora. 5. Tipe Spora Aseksual Kapang ditumbuhkan pada media PDA diamati ada atau tdaknya spora aseksualnya yaitu sporangiospora, konidiospora, dan artrospora. 6.Karakteristik Sporangia Kapang ditumbuhkan pada media PDA diamati usuran, warna, bentuk, dan lokasi sporangia. 7.Karakteristik Spore Head Baring Conidia, Kapang ditumbuhkan pada media PDAdiamati jumlah konidianya, rantai, tunas atau massa, bentuk dan susunan sterigma atau phialide. 8.Karakteristik Sporangiofor/Konidiofor Kapang yang ditumbuhkan pada media PDA diamati sporangiofor/ konidioforya bercabang atau tidak, ukuran dan bentuk kolumela pada ujung sporangiofor, konidiofornya tunggal atau dalam berkas. 9.Karakteristik Spora Aseksual, terutama konidia Kapang yang ditumbuhkan dalam media PDA diamati bentuk, ukuran, warna, dan tekstur permukaan dan jumlah sel penyusun konidia.

BORANG LAPORAN PRAKTIKUM LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

No. Dokumen Berlaku sejak Revisi Halaman

FO-UGM-BI-07-13 03 Maret 2008 00 6 dari 15

10. Struktur Tambahan Kapang ditumbuhkan pada media PDA diamati adanya struktur tambahan yaitu stolon, rhizoid, sel kakai, apophysis, klamidospora, dan sklerotina. 11. Karakteristik Fisiologis Hidrolisis amilum : Strain khamir ditumuhkan dalam medium pati agar. Setelah diinkubasikan selama 1-2 minggu ditetesi dengan larutan jodium ANALISIS DATA 1. Koleksi data : Dari masing-masing strain yang ada, berdasarkan taksonomi Adansonjan, namun karakter yang digunakanadalah kurang dari 50 karakter. Semua data berupa unit karatkter yang ada dimasukkan ke dalam matriks n x t untuk dianalisa selanjutnya. 2. Penghitungan nilai Similaritas : Setiap strain khamir (Operational Taxonomical Unit) akan dibandingkan dengan masing-masing strain yang lain. Tingkat kemiripan akan ditentukan dengan menggunakan dua cara yaitu : Simple Matching Coeficient ( Ssm ) dan Jaccard Coeficient ( SJ ). Rumus yang digunakan yaitu : Perhitungan Ssm Perhitungan SJ
a +d x100 % : a +b +c + d

a x100 % a+b+c

Keterangan : a = Jumlah karakter yang (+) untuk kedua strain b = Jumlah karakter yang (+) untuk strain pertama dan (-) untuk strain kedua c = Jumlah karakter yang (-) untuk strain pertama dan (+) untuk strain kedua d = Jumlah karakter yang (-) untuk kedua strain Selanjutnya nilai similaritas antara masing-masing strain yang dipasangkan (Ssm dan SJ ) dimasukkan ke dalam suatu matriks similaritas. 3. Konstruksi dendrogram berdasarkan nilai dalam matriks similaritas: Untuk mengklasifikasikan strain atau Operational Taxonomical Unit (OTU) berdasarkan nilai indeks similaritas maka dilakukan pengklasteran dalam tabel analisis klaster dengan menggunakan alogaritme pengklasteran Average Lingkage ( UPGMA : Unweighted Pair Group Method With Aritmatic Average ). Berdasarkan hasil analisis klaster yang diperoleh selanjutnya dikrontruksi menjadi dendrogram untuk mengkasifikasikan strain khamir dengan gambar yang mudah diamati. 4. Penentuan struktur taksonomis (deteksiphene) : Penentuan struktur taksonomis didefinisikan dengan tingkat similaritas yang lebih dari 70%. Hasil

BORANG LAPORAN PRAKTIKUM LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

No. Dokumen Berlaku sejak Revisi Halaman

FO-UGM-BI-07-13 03 Maret 2008 00 7 dari 15

klasifikasi selanjutnya dapat digunakan untuk mengontruksi kunci identifikasi yang belum diketahui.

BORANG LAPORAN PRAKTIKUM LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

No. Dokumen Berlaku sejak Revisi Halaman

FO-UGM-BI-07-13 03 Maret 2008 00 8 dari 15

IV. HASIL DAN PEMBAHASAN A. Hasil Berikut adalah hasil pengamatan yang berupa table n x t, matriks similaritas, konstruksi dendrogram dan analisis korelasi kofenetik. Tabel.1 Tabel n x t No. Karakter Permukaan koloni 1 Velvety 2 Berserbuk 3 Wooly 4 Exudate drops 5 Radial furrow 6 Zonasi Warna permukaan 7 Hitam 8 Hijau 9 Kuning 10 Ungu 11 Merah 12 Putih Elevasi 13 Flat 14 Raised Warna koloni bagian bawah 15 HItam 16 Hijau 17 Kuning 18 Ungu 19 Merah 20 Putih Lain-lain 21 Pigmen terlarut Karakter hifa 22 Bersekat 23 Jernih 24 Berduri 25 Berwarna Karakter sporangiofor/konidiofor 26 Bercabang 27 Tunggal 28 Bersekat 29 Jernih 30 Berduri 31 Berwarna Spore bearing body 32 Kolumela 33 Penisel (seperti kuas) 34 Vesikel 35 Hifa Struktur tambahan 36 Stolon 37 Rhizoid 38 Sel kaki 39 Apofisis A + + + + + + + B + + + + + + + + Strain C D + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + E + + + + + + + + + F + + + + + + + + + + -

BORANG LAPORAN PRAKTIKUM LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

No. Dokumen Berlaku sejak Revisi Halaman

FO-UGM-BI-07-13 03 Maret 2008 00 9 dari 15

40 Klamidospora 41 Sklerotia Spora aseksual 42 Sel tunggal 43 Sel banyak 44 Bentuk bulat 45 Bentuk batang/memanjang 46 Bentuk kurva/bulan sabit 47 Bentuk spiral 48 Dinding halus 49 Dinding berduri Tidak berkumpul/sendiri50 sendiri 51 Membentuk untaian/rangkaian Spora seksual 52 Spora seksual terlihat 53 Hidrolisis amilum

+ + + + -

+ + + + + -

+ + + + +

+ + + + + +

+ + + + +

+ + + + +

Berikut ialah hasil perhitungan nilai Ssm dalam bentuk matriks similaritas. Tabel.2 Matriks simlaritas Ssm Ssm A B C D E F A 100 B 81,13 100 C 62,26 73,59 100 D 69,81 66,04 62,26 100 E 67,93 67,93 75,47 67,93 100 F 69,81 66,04 77,36 62,26 86,79 100 Selanjutnya, dari matriks similaritas dibentu clustering yang tercantum seperti di bawah ini. Tabel.3 Clustering Ssm Sim (%) A B C E F 100 A B C E F 90 A B C E F 86,79 A B C (E,F) 81,13 (A,B) C (E,F) 80 (A,B) C (E,F) 76,42 (A,B) {(C) (E,F)} 67,93 {(A,B) ((C) (E,F))} 60 {(A,B) ((C) (E,F))} 54,72 {((A,B) ((C) (E,F))) (D)} Dari data tabel diatas dapat dibuat dendrogram seperti di bawah ini. D D D D D D D D D

Gambar. 1 Konstruksi dendrogram Ssm a

BORANG LAPORAN PRAKTIKUM LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

No. Dokumen Berlaku sejak Revisi Halaman

FO-UGM-BI-07-13 03 Maret 2008 00 10 dari 15

b c e f d 54,72 60,00 67,93 76,42 80,00 81,13 86,79 90,00 100,00 Selanjutnya untuk menganalisis nilai korelasi kofenetik yang ada dimulai dengan membentuk matriks turunan dari dendrogram seperti di bawah ini. Tabel. 4 Matriks turunan dendrogram ssm A B C D E A 100 B 81,13 100 C 67,93 67,93 100 D 54,72 57,72 54,72 100 E 67,93 67,93 76,42 54,72 100 F 67,93 67,93 76,42 54,72 86,79 F

100

Dari matriks turunan diatas, nilai korelasi kofenetik bisa dicari melalui tabel di bawah ini. Tabel. 5 analisis korelasi kofenetik ssm X SSM X Y A-B 81,13 81,13 6582,077 A-C 62,26 67,93 3876,308 A-D 69,81 54,72 4873,436 A-E 67,93 67,93 4614,485 A-F 69,81 67,93 4873,436 B-C 73,59 67,93 5415,488 B-D 66,04 57,72 4361,282 B-E 67,93 67,93 4614,485 B-F 66,04 67,93 4361,282 C-D 62,26 54,72 3876,308 C-E 75,47 76,42 5695,721 C-F 77,36 76,42 5984,57 D-E 67,93 54,72 4614,485 D-F 62,26 54,72 3876,308 E-F 86,79 86,79 7532,504 1056,61 1004,94 75152,17 Kemudian nilai r dicari melalui rumus :
r = r = nxy x y x100 x100

Y 6582,077 4614,485 2994,278 4614,485 4614,485 4614,485 3331,598 4614,485 4614,485 2994,278 5840,016 5840,016 2994,278 2994,278 7532,504 68790,24

XY 6582,077 4229,322 3820,003 4614,485 4742,193 4998,969 3811,829 4614,485 4486,097 3406,867 5767,417 5911,851 3717,13 3406,867 7532,504 71642,1

[ n x (x ) 2 ][ n y 2 (y ) 2 ]
2

15 x 71642 .1 1056 .61 x1004 .94 [15 x 75152 .17 (1056 .61 ) 2 ][15 x 68790 .24 (100 .96 ) 2 ]

r = 82,92574

Nilai r didapatkan sebesar 82.92%, ini melebihi batas kepercayaan sebesar 60% sehingga bisa dikatakan bahwa nilai perhitungan Ssm dapat dipercaya.

BORANG LAPORAN PRAKTIKUM LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

No. Dokumen Berlaku sejak Revisi Halaman

FO-UGM-BI-07-13 03 Maret 2008 00 11 dari 15

Kemudian dari perhitungan dengan koefisien Sj, didapatkan matriks similaritas seperti berikut, Tabel. 6 Matriks similaritas Sj A B C A 100 B 41,18 100 C 16,67 36,36 100 D 27,27 25 25,93 E 19,05 22,73 40,91 F 23,81 21,74 45,46 D E F

100 29,17 23,08

100 61,11

100

Kemudian dibentuk clustering sperti dalam Tabel. 7 di bawah ini Tabel. 7 Clustering analysis SJ SIM (%) A B C E F 100 A B C E F 90 A B C E F 80 A B C E F 70 A B C E F 61,11 A B C (E,F) 60 A B C (E,F) 50 A B C (E,F) 43.19 A B ((C) (E,F)) 41,18 (A,B) ((C) (E,F)) 40 (A,B) ((C) (E,F)) 30 (A,B) ((C) (E,F)) 26,14 (A,B) (D) ((C) (E,F)) 21,72 (A,B) (D) ((C) (E,F)) Selanjutnya dibentuk dendrogram dengan data dari tabel. 7 Gambar.2 Konstruksi dendrogram Sj a b c e f d 26,14 30 40 41,18 43,19 50 60 61,11 70 80 90 100 D D D D D D D D D D D D

Lalu dibuat matriks turunan dari dendrogram diatas. Tabel. 8 Matriks turunan dendrogram Sj A B C D E A 100 B 41,18 100 C 41,18 41,18 100 D 26,14 26,14 26,14 100 E 41,18 41,18 43,19 26,14 100 F 41,18 41,18 43,19 26,14 61,11 F

100

BORANG LAPORAN PRAKTIKUM LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

No. Dokumen Berlaku sejak Revisi Halaman

FO-UGM-BI-07-13 03 Maret 2008 00 12 dari 15

Dan terakhir dibuat tabel analisis korelasi kofenetik beserta nilai r, seperti tercantum dalam tabel dan rumus di bawah ini Tabel. 9 Analisis Korelasi Kofenetik Sj Sj X Y X A-B 41,18 41,18 1695,792 A-C 16,67 41,18 277,8889 A-D 27,27 26,14 743,6529 A-E 19,05 41,18 362,9025 A-F 23,81 41,18 566,9161 B-C 36,36 41,18 1322,05 B-D 25 26,14 625 B-E 22,73 41,18 516,6529 B-F 21,74 41,18 472,6276 C-D 25,93 26,14 672,3649 C-E 40,91 43,19 1673,628 C-F 45,46 43,19 2066,612 D-E 29,17 26,14 850,8889 D-F 23,08 26,14 532,6864 E-F 61,11 61,11 3734,432 459,47 566,45 16114,09
r = r = n xy x y

Y 1695,792 1695,792 683,2996 1695,792 1695,792 1695,792 683,2996 1695,792 1695,792 683,2996 1865,376 1865,376 683,2996 683,2996 3734,432 22752,23
x100

XY 1695,792 686,4706 712,8378 784,479 980,4958 1497,305 653,5 936,0214 895,2532 677,8102 1766,903 1963,417 762,5038 603,3112 3734,432 18350,53

[ nx 2 (x ) 2 ][ n y 2 (y ) 2 ]

15 x18350 .53 459 .47 x566 .45 [15 x16114 .09 ( 459 .47 ) 2 ][15 x16114 .09 (566 .45 ) 2 ]

x100

r = 59,97634

Didapatkan nilai r sejmlah 59.97634 yang jika dibulat akan mencapai batas kepercayaan yang bernilai 60%, sehingga bisa dikatakan bahwa perhitungan ini tidak bisa dipercaya

B. Pembahasan Pada praktikum ini dilakukan klasifikasi terhadap 6 strain khamir berdasarkan unit karakter dari strain yang digunakan dengan analisis taksonomi numerik-fenetik. Strain diberi kode dengan abjad A, B, C, D, E dan F dengan menggunakan 53 karakter total Berdasarkan unit karakter yang telah diteliti, diperoleh konstruksi dendogram dari perhitungan Ssm dan dendogram dari perhitungan SJ. Hasil dari perhitungan Ssm menunjukkan angka similaritas yang lebih besar dibandingkan dengan SJ. Pada Ssm, kekerabatan paling dekat terjadi antara strain E dan F dengan nilai similaritas 86.79 %. Selanjutnya terjadi clustering antara A dan B dengan nilai similaritas 81.13 %. Setelah itu strain C bergabung pada kelompok strain (E,F) dengan nilai similaritas 76.42 %, sedangkan pada nilai similaritas tersebut strain (A,B) tetap menjadi satu kelompok. Namun pada nilai similaritas 67.93% tersebut strain D belum membentuk kelompok dengan kelompok strain yang lain yang telah terbentuk sebelumnya dan strain (A,B) telah bergabung dengan starin (C,E,F). Kemudian

BORANG LAPORAN PRAKTIKUM LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

No. Dokumen Berlaku sejak Revisi Halaman

FO-UGM-BI-07-13 03 Maret 2008 00 13 dari 15

Pada nilai similaritas 54.72 % strain D baru membentuk kelompok satu kelompok menjadi (A, B, C, D, E. F) Dari hasil dendogram SJ, memperlihatkan pembentukan kelompok yang cenderung berbeda dengan perhitungan Ssm. Strain E bergabung dengan strain F pada nilai 61.11 %. Selanjutnya strain C dan (E,F) bergabung dengan menjadi satu kelompok pada nilai similaritas sebesar 43.19 %. Strain B dan strain A bergabung dengan kelompok strain (C,E,F) pada nilai similaritas 41.18 %. Kemudian strain D bergadung dengan kelompok sebelumnya pada nilai similaritas paling kecil yaitu 26.14 % membentuk kelompok (A, B, C, D, E, F). Berdasarkan hasil uji taksonomi numerik fenetik diperoleh dua taksospesies, yang merupakan kelompok strain yang menpunyai indeks similaritas > 70 % yaitu kelompok strain (A,B) dan (E,F) pada perhitungan Ssm. Hal ini berarti strain A dan strain B tergolong dalam satu spesies, dan strain E dengan strain F juga tergolong dalam satu spesies, sedangkan pada perhitungan dengan menggnakan koefisien Sj, strain E dan F bisa dikatakan satu taxospecies, walaupun nilai similaritasnya kurang dari 70 % Persamaan hubungan kekerabatan yang terbentuk berdasarkan Ssm dan SJ dapat disebabkan karena hubungan kekerabatan antar strain-strain khamir tersebut sama. Nilai similaritas SJ lebih kecil daripada Ssm karena karakter yang digunakan pada analisis SJ lebih sedikit. Karakter yang digunakan pada analisis SJ sedikit karena tidak memperhitungkan karakter strain yang sama-sama negatif, sedangkan pada analisis Ssm karakter yang sama-sama negatif juga diperhitungkan. Pada analisis SJ yang tidak memperhitungkan karakter yang sama-sama negatif dapat mengurangi tingkat kesalahan ( error ). Semakin banyak unit karakter yang diuji maka hasilnya semakin valid. Semakin banyak sifat yang sama, semakin dekat hubungan kekerabatannya, begitu juga sebaliknya. Hasil yang dapat terbentuk merupakan suatu gambaran dari sifat-sifat yang telah diketahui. Hasil dari klasifikasi dapat memberikan gambaran kemungkinan hubungan kekerabatan antara strain yang satu dengan strain yang lain dari nilai similaritas karakternya. Pada praktikum ini digunakan algoritma average linkage, yang diambil adalah nilai rerata dari indeks similaritas. Selanjutnya akan diperoleh clustering untuk konstruksi dendogram. Dengan cara ini dapat terjadi perubahan indeks similaritas yang menyebabkan data tidak valid. Untuk mengetahui tingkat kebenaran atau kevalidan hasil konstruksi dendogram, dilakukan suatu uji yaitu analisis korelasi kofenetik. Dari hasil analisis ini akan diproleh nilai r. Hasil dikatakan valid apabila nilai r ini lebih besar daripada 60 %. Dari hasil analisis korelasi kofenetik Ssm diperoleh nilai r sebesar 82.93 %. Sedangkan untuk SJ diperoleh nilai r hanya sebesar 59.97 %. Karena hanya koefisien Ssm yang memiliki nilai diatas 60 % tetapi tidak dengan perhitungan Sj, maka hanya koefisien Ssm yang memiliki hasil yang valid dan dapat dipercaya.

BORANG LAPORAN PRAKTIKUM LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

No. Dokumen Berlaku sejak Revisi Halaman

FO-UGM-BI-07-13 03 Maret 2008 00 14 dari 15

V. SIMPULAN Setelah dilakukan uji taksonomi numerik dari 6 strain khamir yang digunakan dalam percobaan ini, dapat disimpulkan bahwa dari perhitungan Ssm diperoleh 2 taksospesies. Taksospesies yang pertama dibentuk oleh kelompok strain A dan strain B dengan nilai similaritas 81.13 %. Sedangkan taksospesies yang kedua dibentuk oleh kelompok strain E dan strain F dengan indeks similaritas sebesar 86.79 %. Pada perhitungan SJ terbentuk satu taksospesies yaitu kelompok strain E dan strain F dengan nilai similaritas 61.11 %. Hasil analisis korelasi kofenetik pada Ssm diperoleh nilai r = 0,82927 atau 82,93 %, sedangkan pada SJ diperoleh nilai r = 0,5997 atau 59.97 %. Hanya koefisien Ssm yang valid dan dapat dipercaya. Konstruksi dendogram antara Ssm dan SJ memiliki bentuk yang berbeda. Pada Ssm memperhitungkan unit karekter yang sama-sama negatif sedangkan pada SJ tidak memperhitungkan sifat yang sama-sama negatif

BORANG LAPORAN PRAKTIKUM LABORATORIUM MIKROBIOLOGI

No. Dokumen Berlaku sejak Revisi Halaman

FO-UGM-BI-07-13 03 Maret 2008 00 15 dari 15

VI. LAMPIRAN Berikut adalah hasil perhitungan nilai Ssm dan Sj untuk tiap dua strain yang berbeda dan data sementara dari karakteristik tiap strain.
Ssm = a +d x100 % a +b +c + d dan

Sj =

a x100 % a +b+c

A-B A-C A-D A-E A-F B-C B-D B-E B-F C-D C-E C-F D-E D-F E-F

A (++) 7 4 6 4 5 8 6 5 5 7 9 10 7 6 11

B (+-) 4 7 5 7 6 5 7 8 8 10 8 7 10 11 3

C (-+) 6 13 11 10 10 9 11 9 10 10 5 5 7 9 4

D (--) 36 29 31 32 32 31 29 31 30 26 31 31 29 27 35

SSM 81,13208 62,26415 69,81132 67,92453 69,81132 73,58491 66,03774 67,92453 66,03774 62,26415 75,4717 77,35849 67,92453 62,26415 86,79245

SJ 41,17647 16,66667 27,27273 19,04762 23,80952 36,36364 25 22,72727 21,73913 25,92593 40,90909 45,45455 29,16667 23,07692 61,11111