ADN repetido disperso

Son secuencias de ADN que se repiten de modo disperso por todo el genoma, constituyendo el 45% del genoma humano. Los elementos cuantitativamente ms importantes son los LINEs y SINEs, que se distinguen por el tamao de la unidad repetida. Estas secuencias tienen la potencialidad de autopropagarse al transcribirse a una ARNm intermediario, retrotranscribirse e insertarse en otro punto del genoma. Este fenmeno se produce con una baja frecuencia, estimndose que 1 de cada 100-200 neonatos portan una insercin nueva de un Alu o un L1, que pueden resultar patognicos por mutagnesis insercional, por desregulacin de la expresin de genes prximos (por los propios promotores de los SINE y LINE) o por recombinacin ilegtima entre dos copias idnticas de distinta localizacin cromosmica (recombinacin intra o intercromosmica), especialmente entre elementos Alu.
Frecuencias y tipos de repeticiones dispersas en el genoma de varios organismos
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Tipo repeticin

Homo sapiens 33,4% 8,1%

Drosophila melanogaster 0,7% 1,5% 0,7% 3,1%

Caenorhabditis elegans 0,4% 0% 5,3% 6,5%

Arabidopsis thaliana 0,5% 4,8% 5,1% 10,4%

LINE,SINE LTR/HERV

Transposones ADN 2,8% Total SINE 44,4%

Acrnimo del ingls Short Interspersed Nuclear Elements (Elementos nucleares dispersos cortos). Son secuencias cortas, generalmente de unos pocos cientos de bases, que aparecen 10 repetidas miles de veces en el genoma humano. Suponen el 13% del genoma humano, un 10% debido exclusivamente a la familia de elementos Alu (caracterstica de primates). Los elementos Alu son secuencias de 250-280 nucletidos presentes en 1.500.000 de copias dispersas por todo el genoma. Estructuralmente son dmeros casi idnticos, excepto que la segunda unidad contiene un inserto de 32 nucletidos, siendo mayor que la primera. En cuanto 10 a su secuencia, tienen una considerable riqueza en G+C (56%), por lo que predominan en las bandas R, y ambos monmeros presentan una cola poliA (secuencia de adeninas) vestigio de su origen de ARNm. Adems poseen un promotor de la ARN polimerasa III para transcribirse. Se consideran retrotransposones no autnomos, ya que dependen para propagarse de la retrotranscripcin de su ARNm por una retrotranscriptasa presente en el medio. LINE
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Esquema simplificado del mecanismo de retrotransposicin de un elemento LINE y un SINE. Un elemento LINE es transcrito produciendo un ARNm que sale del ncleo celular. En el citoplasma se traduce en sus dos marcos de lectura abiertos generando ambas protenas (vase el texto), que para simplificar se han representado como ORF1p y ORF2p. Ambas permiten retrotranscribir el ARNm del LINE y de otros retrotransposones no autnomos, como SINEs y pseudogenes procesados. Durante la retrotranscripcin la nueva secuencia de ADN se integra en otro punto del genoma.

Acrnimo del ingls Long Interspersed Nuclear Elements (Elementos nucleares dispersos largos). Constituyen el 20% del genoma humano. La familia de mayor importancia cuantitativa es LINE-1 o L1 que es una secuencia de 6 kb repetida unas 800.000 veces de modo disperso por todo el genoma, aunque la gran mayora de las copias es incompleta al presentar el extremo 5' truncado por una retrotranscripcin incompleta. As, se estima que hay unas 5.000 10 copias completas de L1, slo 90 de las cuales son activas, estando el resto inhibidas por metilacin de su promotor. Su riqueza en G+C es del 42%, prxima a la media del genoma (41%) y se localizan preferentemente en las bandas G de los cromosomas. Poseen adems un promotor de la ARN polimerasa II. Los elementos LINE completos son codificantes. En concreto LINE-1 codifica dos protenas: 1. Protena de unin a ARN (RNA-binding protein): codificada por elmarco de lectura abierto 1 (ORF1, acrnimo del ingls Open reading Frame 1) 2. Enzima con actividad retrotranscriptasa y endonucleasa: codificada por el ORF2. Por lo tanto, se consideran retrotransopsones autnomos, ya que codifican las protenas que necesitan para propagarse. La ARN polimerasa II presente en el medio transcribe el LINE, y este ARNm se traduce en ambos marcos de lectura produciendo una retrotranscriptasa que acta sobre el ARNm generando una copia de ADN del LINE, potencialmente capaz de insertarse en el genoma. Asimismo estas protenas pueden ser utilizadas por pseudogenes procesados o elementos SINE para su propagacin.
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Diversos estudios han mostrado que las secuencias LINE pueden tener importancia en la regulacin de la expresin gnica, habindose comprobado que los genes prximos a LINE presentan un nivel de expresin inferior. Esto es especialmente relevante porque aproximadamente el 80% de los genes del genoma humano contiene algn elemento L1 en sus 10 intrones.

1.5 El genoma mitocondrial

La mitocondria es un orgnulo de probable origen endosimbintico que se ha adaptado a su nicho intracelular: para aumentar su tasa de replicacin y asegurar la transmisin a las clulas hijas despus de cada divisin mittica, el genoma de las mitocondrias de mamferos se ha ido reduciendo de tamao hasta alcanzar las 16.569 kb en el caso del genoma mitocondrial humano. Las mitocondrias son las verdaderas centrales trmicas de nuestro organismo ya que en ellas tiene lugar la fosforilacin oxidativa (OXPHOS), es decir, la respiracin celular acoplada a la produccin de energa en forma de ATP. El funcionamiento del sistema OXPHOS tiene, adems, importancia mdica por la generacin de especies reactivas de O2 (Reactive Oxygen Species,ROS) y por la regulacin de la muerte celular programada o apoptosis. Las protenas incluidas en el OXPHOS se localizan dentro de la membrana mitocondrial interna, e incluyen: (1)Componentes de la cadena transportadora de electrones (Cadena respiratoria mitocondrial, CRM);(2) ATPasa de membrana; (3) Translocador de nucletidos de Adenina (ANT). El ADNmt humano es una molcula circular de 16.569 pares de bases. El nmero de molculas de ADNmt por clula vara entre unos pocos cientos en los espermatozoides a unas 200.000 copias en el oocito, pero en la mayor parte de los tejidos el rango est comprendidoentre unas 1.000 y 10.000 copias por clula, con 2 - 10 molculas de ADN por mitocondria. Este genoma contiene informacin para 37 genes: Genes que codifican las 2 subunidades 12S y 16S del ARNr (ARN ribosomal) de la matriz mitocondrial. Los genes para los 22 ARNt (ARN transferente), requeridos para la sntesis de protenas mitocondriales en la misma matriz mitocondrial. Genes que codifican 13 polipptidos que forman parte de los complejos multienzimticos del sistema OXPHOS. En concreto, en el genoma mitocondrial se codifican 7 subunidades del Complejo I, 1 subunidad del Complejo III, 3 subunidades del Complejo IV, y 2 subunidades de la ATPasa (Complejo V).

Es importante no perder de vista que el resto de las subunidades polipeptdicas de estos complejos, as como el Complejo II completo, estn codificados en el genoma nuclear, de manera que no todas las enfermedades mitocondriales estn necesariamente causadas por alteraciones en el ADN mitocondrial. La caracterstica estructural ms sorprendente del ADNmt es que los genes se encuentran situados uno a continuacin del otro, sin apenas intrones ni regiones no codificantes entre los genes. Al contrario que el genoma nuclear, en el que las regiones no codificantes son mayoritarias, el ADN mitocondrial slo posee un 3% de secuencias no codificantes.Veintiocho de los genes mitocondriales (2 ARNr, 14 ARNt y 12 polipptidos) se encuentran en una de las cadenas (cadena H pesada), mientras que los 9 genes restantes (1 polipptido y 8 ARNt) estn en la cadena complementaria (cadena L ligera). La nica zona del ADNmt que no codifica ningn gen es la regin del bucle de desplazamiento (bucle-D), localizada alrededor del origen de replicacin de la cadena H. Esta regin contiene tambin los promotores de la transcripcin y los elementos reguladores de la expresin gnica. Otra de las peculiaridades de la organizacin gentica del ADNmt es que los genes de los ARNt se distribuyen entre los genes de los ARNr y los codificantes de protenas; esta disposicin tiene consecuencias muy importantes para el procesamiento del ARN. Para la replicacin del ADNmt hacen falta dos orgenes diferentes, uno para cada cadena (O H y OL). Ambos orgenes

de replicacin estn muy separados, haciendo que el proceso sea unidireccional y asimtrico. La sntesis del ADN se inicia en OH y es realizada por una polimerasa especfica de la mitocondria, la DNApol ?, que alarga un ARN iniciador fruto del procesamiento de un transcrito primario que se sintetiza a partir del promotor L. La replicacin contina de modo unidireccional hasta alcanzar OL, momento en el cual comienza la sntesis de la segunda cadena del ADN, alargando tambin un pequeo iniciador de ARN. En la transcripcin del ADNmt intervienen una polimerasa de ARN, al menos un factor de transcripcin implicado en la iniciacin (mtTFA), y uno de terminacin (mTERF). Las dos cadenas del ADNmt se transcriben completamente a partir de tres puntos de iniciacin diferentes, dos para la cadena pesada (H1 y H2) y uno para la cadena ligera (L), originando tres molculas policistrnicas que se procesan posteriormente por cortes endonucleolticos precisos en los extremos 5 y 3 de las secuencias de los ARNt, para dar lugar a los ARNr, ARNt y ARNm maduros. De esta forma los ARNt, situados entre los genes de los ARNr y ARNm, actan como seales de reconocimiento para los enzimas de procesamiento. En particular, la cadena H se transcribe mediante dos unidades de transcripcin solapadas en la regin de los ARNr: la primera de estas unidades comienza delante del gen para el Phe ARNt (lugar de iniciacin H1), termina en el extremo 3 del gen para el ARNr 16S y es Phe Val responsable de la sntesis de los ARNr 12S y 16S, del ARNt y del ARNt . El factor de Leu terminacin (mTERF) se une a una secuencia situada en el gen del ARNt y provoca la terminacin de esta unidad. La segunda unidad de transcripcin comienza cerca del extremo 5 del gen del ARNr 12S (lugar de iniciacin H2) y transcribe la casi totalidad de la cadena pesada; el procesamiento de este ARN policistrnico origina los ARNm de 12 pptidos y los otros 12 ARNt codificados en esta cadena. La transcripcin de la cadena ligera comienza cerca del extremo 5 del ARN 7S (en el bucle-D) y da lugar al iniciador de la replicacin de la cadena pesada, 8 ARNt y 1 pptido (ND6). La sntesis de las protenas mitocondriales tiene lugar en ribosomas especficos de la mitocondria, cuyos componentes estn codificados en el ADNmt (ARNr 12S y 16S) y en el genoma nuclear (84 protenas ribosomales). En este sistema de traduccin se sintetizan las trece protenas codificadas en el ADNmt utilizando un cdigo gentico que difiere ligeramente del cdigo gentico universal. As, UGA codifica el aminocido triptfano (Trp) en vez de ser un codn de terminacin, y los codones AUA y AUU se utilizan tambin como codones de iniciacin. La biognesis de la mitocondria depende de la expresin coordinada de los genomas mitocondrial y nuclear, pero hasta ahora se conoce muy poco acerca de los mecanismos que regulan la interaccin de ambos sistemas genticos. La expresin del ADNmt parece estar regulada por el factor de iniciacin de la transcripcin mtTFA, codificado en el genoma nuclear. Este factor podra ser el responsable tanto de los niveles de ARN como del nmero de copias de ADNmt, ya que la replicacin depende de la sntesis de un iniciador de ARN a partir del promotor de la cadena ligera. La regulacin de la relacin entre los ARNr y los ARNm mitocondriales se realiza fundamentalmente mediante la seleccin del lugar de iniciacin de la transcripcin de la cadena pesada, que a su vez est relacionada con el factor mtTERF (que causa terminacin de la transcripcin despus de la sntesis de los ARNr) y con el procesamiento de los ARN primarios. Asimismo, la actividad transcripcional puede estar regulada por estmulos hormonales, especialmente por hormonas tiroideas que actan tanto de un modo indirecto (por activacin de genes nucleares) como directamente sobre el propio ADNmt.