Material elaborado por F. Agius, O. Borsani, P.Daz, S. Gonnet, P. Irisarri, F. Milnitsky y J. Monza. Bioqumica. Facultad de Agronoma.

PEPTIDOS Y PROTEINAS
Los pptidos y las protenas estn formados por aminocidos

Los pptidos y protenas resultan de la condensacin del grupo carboxilo (-COOH) de un aminocido con el grupo amino ( -NH2) de otro, con la eliminacin de una molcula de H2O. La condensacin de molculas con prdida de agua y la ruptura de enlaces por hidrlisis son procesos comunes a todas las biomolculas.

H
H2NCHC=O OH R1 O H2NCHC--NCHC=O OH R1 H R2
enlace peptdico

NCHC=O OH R2 H2O

El enlace covalente resultante se denomina enlace peptdico y su hidrlisis, es decir la ruptura por incorporacin de H2O, libera aminocidos: los polipptidos y protenas son molculas que por hidrlisis rinden aminocidos. Estos procesos a nivel biolgico son ms complejos que lo representado arriba y los detalles los veremos en Sntesis Proteica (condensacin de aminocidos para dar protenas) y digestin de protenas (hidrlisis de protenas que da aminocidos).

Las protenas son macromolculas

En trminos promedio las protenas estn formadas por 200-300 aminocidos y su peso molecular supera los 10.000 dalton: son macromolculas. Tanto los polipptidos como las protenas son cadenas aminoacdicas no ramificadas. La diferencia entre ellos es la masa molecular, relacionada a su vez con la cantidad de aminocidos y el peso molecular de stos. Una manera de separar protenas de otros compuestos de menor tamao es por un procedimiento llamado dilisis. La dilisis se basa en la particularidad de un tipo de membranas que permiten el pasaje de molculas pequeas a travs de sus poros, pero no de las macromolculas. Ms informacin al respecto encontrar en cualquiera de los libros de texto sugeridos en la bibliografa del curso.

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Los pptidos y protenas tienen residuos -N terminal y -C terminal

Cada uno de los elementos de la cadena polipeptdica ya no es un aminocido, aunque a veces nos refiramos a ellos con ese trmino, sino un producto de condensacin al que se le denomina residuo. Como el enlace peptdico se da entre el grupo carboxilo y amino de los aminocidos, la cadena polipeptdica tendr un extremo amino libre, N terminal, (que se representa a la izquierda), y un extremo carboxilo libre, C terminal (que se representa a la derecha).

Nmero de residuo 1 2 3 4 5 6 7 8 9 ser val val ala fen glu met ala - arg

Extremos

N-terminal 1

el 2 al 8 son residuos internos

C-terminal 9

Polipptidos y protenas participan en variadas funciones biolgicas

Estas biomolculas son las que exhiben una mayor diversidad de funciones biolgicas, algunas de las cuales se enumeran a continuacin: Estructural, integran diferentes estructuras como los "tubos" del citoesqueleto, la lana, el cuero. Enzimtica, todas las enzimas son protenas y aceleran la velocidad de las reacciones metablicas. Movilidad, la actina y la miosina, protenas del msculo, son responsables del acortamiento y extensin de estos rganos. Transporte , la hemoglobina de los eritrocitos transporta O2 y parcialmente del CO2. Otra protena, la mioglobina, se encarga del transporte de O2 en las clulas musculares. Inmune , las inmunoglobulinas o anticuerpos son encargadas del reconocimiento de otras molculas (antgenos) y estn relaciondas al mantenimiento de la individualidad, dado que reconocen como extraas a distintas sustancias, por lo general, exgenas. Hormonas, algunas hormonas son pptidos o protenas como la insulina y la somatotropina. Toxinas, muchas sustancias de este tipo son de naturaleza proteica, como la toxina diftrica, la botulnica, la ricina presente en la semilla de ricino y venenos de ofidios. Receptores de membrana , le permiten a la clula un relacionamiento diferencial con el medio, dado que no todas las clulas tienen los mismos. Un ejemplo son los

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receptores hormonales, cada hormona tiene un receptor especfico y la unin de la hormona a su receptor le da a la clula la seal para iniciar la respuesta metablica. Un aspecto que merece ser resaltado es la especificidad de algunas protenas. Este concepto ser visto muchas veces a lo largo del curso a propsito de las enzimas. Sin embargo, hay otras protenas como los transportadores y receptores de membrana que implican necesariamente procesos especficos.

La funcin biolgica de los polipptidos y protenas est determinada por la secuencia de aminocidos

La hidrlisis de cualquier protena libera siempre los 20 aminocidos. Entre protenas distintas los aminocidos varan en la secuencia, nmero y en el porcentaje en que cada uno de ellos se encuentra. En el caso de los pptidos pequeos, al ser molculas formadas por pocos aminocidos pueden no estar representados todos. La unin entre aminocidos para formar una protena est dirigida por el ADN, concretamente por una regin del ADN denominada gen. Simplificado este concepto, se puede asumir que un gen una proteina. Para empezar a comprender este proceso, que ser motivo de estudio de la Unidad II del curso, podemos analizar la Sntesis Proteica a travs del esquema que aparece a continuacin. Ribosoma, rARN

-A -A -A -T -G -G -C -C -G

UUUACCGGC-

mARN UUUACCGGC AAAUGG CCG tARN Fen Tre Gli

ADN

mARN

Enlace peptdico PROTEINA

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Estructura de las protenas

La estructura primaria de una protena est dada por la secuencia de aminocidos

Los aminocidos pueden unirse entre s sin restricciones en cuanto a la cantidad de veces que se repiten, para formar protenas. La secuencia y nmero de aminocidos, unidos entre s por enlace peptdico, constituyen el nivel elemental de su estructura: la estructura primaria de una protena.

Estructura primaria de la ins ulina

La estructura tridimensional de las protenas depende de la secuencia de aminocidos

Las protenas adquieren una conformacin espacial que depende de las secuencias de sus aminocidos. Una determinada secuencia aminoacdica se ordenar espontneamente siempre igual porque los R que interactan son los mismos y estn a la misma distancia. As, las molculas se ordenarn espacialmente siempre de la misma forma, a un determinado pH y temperatura, entre otros factores. De esta forma, en un medio a cuoso, los -R apolares de los aminocidos tendern a orientarse hacia el interior de la molcula para interactuar con otros grupos apolares y evitar el contacto con el agua. Los -R polares, por el contrario, se situarn hacia la parte externa de la molcula e interaccionarn con el agua. La flexibilidad de la cadena aminoacdica permite que grupos -R alejados en la estructura primaria se encuentren prximos cuando la molcula se pliega. En su estado nativo las protenas se encuentran plegadas segn patrones tridimensionales especficos que se denominan conformacin, determinada por la secuencia de aminocidos. La conformacin de una protena, resulta principalmente de un conjunto de interacciones no covalentes entre los -R de los aminocidos y de ellos con el medio acuoso en que se encuentran. Del plegamiento de la protena resulta la conformacin con menor energa, es decir la forma ms estable.

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Estructura secundaria: protenas fibrilares

La estructura secundaria, plegamiento inicial de las protenas, incluye dos ordenamientos espaciales bsicos, la -hlice y la lmina plegada o -hlice. En estos ordenamientos los puentes de hidrgeno, interacciones no covalentes entre grupos >N-H y >C=O de grupos adyacentes, estabilizan la molcula.

>NH ||||||||| OC -hlice. La disposicin espacial -hlice dextrgira (el giro es a la derecha cuando se observa a la cadena desde el amino terminal) la presentan protenas como la -queratinas, el pelo, la lana, la sustancia crnea de los cuernos y las pezuas.

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Lmina plegada o -hlice. Las protenas fibrosas como la seda, tienen ordenamiento . La figura muestra esta disposicin que, segn la direccin de las cadenas, puede ser paralela o antiparalela. Las hlices y hojas adoptan ordenamientos lineales, por eso a las protenas con este predominio se denominan fibrilares.

Lmina plegada antiparalela

Estructura terciaria: protenas globulares

La estructura terciaria corresponde al ordenamiento tridimensional de la molcula plegada, es decir con regiones con estructura secundaria. De esta forma, las protenas con estructura terciaria o cuaternaria incluyen amplias regiones bajo forma secundaria. pero presentan adems otras interacciones (fuerzas estabilizadoras). Vea los esquemas que aparecen a continuacin.

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Protenas con estructura terciaria en las que se sealan las regiones bajo estructura secundaria.

Entre las fuerzas estabilizadoras de la estructura terciaria se encuentran: Interacciones hidrofbicas entre -R apolares, los R hidrofbicos se orientan hacia el interior de la molcula, dado que hacia el exterior de la misma se encuentra el medio acuoso. Interacciones electrostticas, se dan entre residuos cargados como el de un -R cido (- COO-) y el de un -R bsico (- +NH3). Las protenas en general tienen pocas interacciones electrostticas, por lo que contribuyen poco a su estabilidad. Enlaces covalentes, entre dos residuos cistena de la misma o diferente cadena se pueden formar puentes disulfuro. Estos enlaces se dan una vez que la protena se orden espacialmente y ms que participar en el plegamiento parecen estabilizar la estructura despus de lograda. No son abundantes en protenas intracelulares pero si protenas extracelulares o de membrana celular.

Representacin de una protena con estructura terciaria sealando distintas fuerzas estabilizadoras

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Otras interacciones como fuerzas de Van der Waals, puentes de hidrgeno entre alcoholcido e interacciones con metales puede verlas en los textos sugeridos en la Bibliografa.

Estructura cuaternaria: protenas oligomricas

Esta categora incluye algunas molculas proteicas que interaccionan con otras molculas de proteicas y producen estructuras complejas y de gran tamao. Las protenas con esta estructura se conocen como protenas oligomricas y cada subunidad o monmero, corresponde a un oligmero. Un ejemplo de este tipo de protena es la hemoglobina, protena formada por cuatro oligmeros, dos cadenas y dos : es un tetrmero 2 2. Esto quiere decir que la protena est formada por 4 cadenas, 2 cadenas iguales entre si y 2 cadenas iguales entre s. Cada molcula se une a un hemo , segn se muestra en la figura.

Las protenas ribosmicas, algunas protenas de membrana celular y muchas enzimas son ejemplos de estructuras cuaternarias, en las que monmeros se ensamblan entre si. Recuerde que: El ordenamiento espacial de una protena es consecuencia de su plegamiento. El plegamiento surge como resultado de las interacciones entre los -R. Las protenas con distinta secuencia se p legarn distinto y las que tienen igual secuencia lo harn siempre de la misma forma, si las condiciones de temperatura, pH y fuerza inica son las mismas. La estructura primaria corresponde a la secuencia de aminocidos sin ordenamiento espacial definido. La estructura secundaria se estabiliza por puentes H, formando hlices y lminas . En la estructura terciaria las molculas con regiones helicoidales se pliegan sobre si mismas y se hacen ms compactas: adoptan formas globulares. Aparecen interacciones hidrofbicas, enlaces salinos etc. Algunas protenas que constan de varias cadenas (oligmeros) que se estabilizan por interacciones entre sus -R y se ordenan regularmente tienen estructura cuaternaria.

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Las protenas se pliegan termodinmicamente ms estable

adoptando

la

configuracin

Una cadena polipeptdica podra plegarse en un nmero infinito de configuraciones. Sin embargo, una determinada secuencia siempre adopta la misma configuracin, a determinada temperatura, pH y fuerza inica. Esa configuracin, ms estable termodinmicamente, se denomina nativa.

Desnaturalizacin

La configuracin nativa de las protenas puede perderse por accin de agentes qumicos y fsicos diversos. Esta prdida de la conformacin, o desarreglo espacial de la molcula se conoce como desnaturalizacin. La accin de cidos y bases, diferentes metales, solventes orgnicos y temperatura producen disturbios moleculares que no afectan la secuencia de aminocidos. Sin embargo pueden producir cambios conformacionales tales que las molculas pueden llegar a la precipitacin, por ejemplo el cortado de la leche. Como consecuencia de este desorden espacial las protenas pierden reversible o irreversiblemente su funcin biolgica. Slo cuando el tratamiento desnaturalizante es suave, la protena puede volver a su conformacin nativa y adquirir su funcin nuevamente.
Aplicaciones de la desnaturalizacin de protenas La esterilizacin en autoclave, por calentamiento en vapor y a presin, se basa en que los microorganismos mueren al desnaturalizarse sus protenas: El alcohol empleado como desinfectante es tambin un eficaz desnaturalizador de protenas. +2 +2 Los iones de metales pesados como Hg o Pb son venenosos porque reaccionan con los grupos sulfhidrilo de cistenas presentes en las protenas. Se forman enlaces entre dos grupos sulfhidrilo con los iones metlicos y as las protenas se desnaturalizan y pierden su funcin. Por eso para tratar pacientes intoxicados con metales pesados se les suministra clara de huevo y leche, que tienen protenas que son desnaturalizadas por los iones metlicos y forman un complejo insoluble que es eliminado por lavado estomacal antes que las enzimas digestivas lo hidrolicen. Este tratamiento no puede aplicarse en casos de plombemia como los registrados recientemente en Montevideo ya que en esos casos el plomo ha pasado a la sangre y se ha combinado con protenas celulares.

Protenas y evolucin

Los anlisis de las protenas de individuos de distintas especies muestran que cuanto ms prximos se encuentren evolutivamente, mayor es la semejanza en la secuencia de aminocidos. Por anlisis de secuencias de una protena determinada en distintas especies se han construido rboles genealgicos de los distintos grupos. As, comparando las secuencias de las hemoglobinas de distintos mamferos, se pueden establecer grados de parentesco ms o menos estrechos entre distintas especies. Abajo aparece la secuencia de una protena (el citocromo c humano). Los R en rojo son los mismos y estn en esa misma posicin en el citocromo c de 38 organismos diferentes.

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gli-asp-val-glu-lis-gli-lis-lis-ile-fen-ile-met-lis-cis-ser-gln-cis-his-tre-val-glu-lis-gli-glilis-his-lis-tre-gli-pro-asn-leu-his-gli-leu-fen-gli-arg-lis-tre-gli-gln-ala-pro- gli- tir-sertir-tre-ala-ala-asn-lis-asn-lis-gli-ile-ile-trp-gli-lis-asp-tre-leu-met-glu-tir-leu-glu-tir-prolis-lis-tir-ile-pro-gli-tre-lis-met-ile-fen-val-gli-ile-lis-lis-lis-glu-glu-arg-ala-asp-leu-ileala-tir-leu-lis-lis-ala-tre-tir-glu