Universidad de Alcal Departamento de Bioqumica y Biologa Molecular Bioqumica. 2 de Farmacia. Curso 2010/11 PROBLEMAS DE SECUENCIACIN DE PROTENAS 1.

- La hidrlisis con tripsina de un pptido X, dio tres pptidos, cuya composicin cuantitativa es la siguiente: A: Ala, Lys B: Ala, Lys, Met, Tyr C: Gly, Ile, Ser, Trp El tratamiento anlogo para los pptidos con quimiotripsina de X, dio por resultado: D: Ala, Ala, Lys, Tyr E: Met, Lys, Ser, Trp F: Gly, Ile Deducir la secuencia del pptido X

Ala Lys Ala Tyr Met Lys Ser Trp - Gly/Ile

---------------- ----------------------------------- ----------------------------- Cortes con Tripsina ------------------------------------------------------------------ ----------- Cortes con Quimiotrpisina

Gly/Ile es una indeterminacin. No se puede saber con estas enzimas el orden de estos dos aa.
2.- Un pptido posee las siguientes propiedades: a) Forma PTH-Ala en el primer ciclo de degradacin de Edman b) Su tratamiento con BrCN produce dos tripptidos c) Su tratamiento con tripsisna produce un tetrapptido y un dipptido La secuencia posible de este pptido es: 1- Val-Leu-Met-Lys-Gly-Ala 2- Ala-Leu-Met-Gly-Val-Lys 3- Ala-Leu-Gly-Lys-Met-Val 4- Ala-Leu-Met-Lys-Val-Met Cal es la secuencia correcta?

La secuencia correcta es la 4: Ala-Leu-Met-Lys-Val-Met a) Se elimina la secuencia 1 que tiene como 1er aa la Val b) Se elimina la secuencia 3, el BrCN corta detrs de Met, aqu producira dos pptidos de 5 aa y 1 aa c) Se elimina la secuencia 2, la tripsina no lo cortara
3.- Determinar los aminocidos de pptido: Phe-X-Gly-Y-W-Glu-Z S S X Sabiendo que la accin de la carboxipeptidasa B libera Z; el tratamiento con BrCN rompe el pptido entre Y y W, y que la tripsina hidroliza W y Glu. Escribir la estructura completa del pptido y expliquese como se determina el extremo N-terminal

X = Cistena, es el nico aa que forma puentes de H Y = Metionina, se rompe detrs por BrCN W = Lisina o Arginina, la tripsina puede romper detrs de estos dos aa Z = Arginina o lisina, son los aa que libera la carboxipeptidasa A

4.- Determinar la secuencia del opaceo leucinencefalina a partir de estos datos: a) La hidrlisis completa con HCl 1N a 110C seguida de anlisis de los aminocidos indica la presencia de Gly, Leu, Phe, Tyr en relacin molar de 2:1:1:1 b) El tratamiento del polipptido con el reactivo de Edman seguido de hidrlisis completa y de cromatografa indica la presencia de PTH-Tyr, y no se encontr Tyr libre C) El tratamiento con quimiotripsina seguido de cromatografa renda Leu, Tyr y un pptido pequeo. La hidrlisis completa de ste ltimo seguida de anlisis indicaba que haba Gly y Phe en relacin 2:1

a) BrCN libera Gly Gly Leu Tyr b) El 1er aa es Tyr y ya no se encuentran ms en la secuencia c) Se producen dos aa libres Leu y Tyr, y un pptido con Gly Gly y Phe, que tiene que terminar en Phe, ya que es el nico sitio por donde puede cortar la quimiotripsina. El pptido es: Tyr - Gly - Gly - Phe - Leu ----- --------------------- ---- cortes con la quimiotripsina

Si la Tyr fuera al final, se habran encontrado 2 pptidos: Gly-Gly-Phe y Leu-Tyr, y no la Leu y Tyr libre como dice el enunciado.

Carboxipeptidasa B

libera Arg o Lys del C-terminal