Asignatura: BIOQUIMICA

Captulo 06 Nucletidos y cidos nucleicos

Los nucletidos desempean una amplia variedad de funciones en el metabolismo celular. Constituyen la moneda energtica en las transacciones metablicas, son los nexos qumicos en los sistemas celulares, en respuesta a hormonas y otros estmulos extracelulares, y son tambin componentes estructurales de una serie de cofactores enzimticos e intermedios metablicos. Por ltimo pero no por ello menos importante son los constituyentes de los cidos nucleicos: acido desoxirribonucleico (DNA) y cido ribonucleico (RNA), los depositarios moleculares de la informacin gentica. La estructura de todas las protenas, y en ltimo trmino de todas las biomolculas y de cada una de los componentes celulares, es producto de la informacin programada en la secuencia de nucletidos de los cidos nucleicos de la clula. Los nucletidos y los cidos nucleicos estn formados por bases y pentosas caractersticas Los nucletidos estn formados por: una base nitrogenada (BN), un azcar (A) y cido fosfrico (P); unidos en el siguiente orden: PABN

La molcula sin el grupo fosfato se le denomina nuclesido. Las bases nitrogenadas son derivados de dos compuestos parentales, pirimidina y purina. Las bases y las pentosas de los nucletidos comunes son compuestos heterocclicos.

Asignatura: BIOQUIMICA

La pentosa y la base nitrogenada se enlazan mediante un enlace N-glucosdico que se establece entre el N1 de la base si sta es pirimidnica o el N9 si la base es prica y el carbono 1 de la pentosa. Las bases nitrogenadas son sustancias derivadas de dos compuestos qumicos: la purina y la pirimidina. Las que derivan de la purina son las bases pricas. En los nucletidos vamos a encontrar, normalmente, dos base pricas: la adenina (A) y la guanina (G). Las que derivan de la pirimidina se llaman pirimidnicas. Tres son las bases pirimidnicas presentes en los cidos nucleicos: la citosina (C), la timina (T) y el uracilo (U).

Las pentosas que aparecen formando parte de los nucletidos son la -D-ribosa y su derivado, el desoxiazcar 2'--D-desoxirribosa, en el que el grupo hidroxilo unido al carbono 2' fue sustituido por un tomo de hidrgeno. Ambas se encuentran en forma de anillos de furanosa. Las posiciones del anillo de furanosa se numeran convencionalmente aadiendo el signo (') al nmero de cada tomo de carbono para distinguirlas de las de los anillos de las bases nitrogenadas.

Asignatura: BIOQUIMICA

Los nucletidos son los monmeros que constituyen los cidos nucleicos. Se forman cuando se unen el cido fosfrico y un nuclesido. Es una unin fosfoster entre un OH del cido fosfrico y el OH situado en el carbono 5 del azcar, con formacin de una molcula de agua. Segn el azcar sea la ribosa o la desoxirribosa, tendremos ribonucletidos o desoxirribonucletidos. La timina nunca forma parte de los ribonucletidos y el uracilo no forma parte de los desoxirribonucletidos. A veces, los nucletidos contienen ms de un grupo fosfato, unidos entre s mediante un enlace anhidro. En este caso, cada grupo se representa por una letra p. De esta forma, pAp representa a la 5',3'-adenosina difosfato, ppA representa a la adenosina-5'-difosfato (ADP) y pppA a la adenosina -5'-trifosfato (ATP). Los nucletidos trifosfato son particularmente importantes en el metabolismo, ya que la hidrlisis de los enlaces fosfato (de alta energa) proporciona la energa necesaria para impulsar multitud de procesos celulares. Los polinucletidos son cadenas lineales de nucletidos unidas por enlaces fosfodister. En este tipo de enlace, los grupos fosfato estn esterificados a los hidroxilos 5' y 3' de dos nucletidos consecutivos. Cada polinucletido contiene un OH libre en el grupo fosfato en posicin 5' (extremo 5') y un OH libre en posicin 3' (extremo 3').

Estructura de los cidos nucleicos Existen dos tipos principales de cidos nucleicos: el cido ribonucleico (RNA), que es un polmero de ribonucletidos, y el cido desoxirribonucleico (DNA), que es un polmero de desoxirribonucletidos. Las diferencias en cuanto a composicin entre estos dos tipos de cido nucleico vienen dadas por las que existen entre sus nucletidos constituyentes y residen en el tipo de pentosa y bases nitrogenadas caractersticas de uno y otro.

Asignatura: BIOQUIMICA

El DNA es una doble hlice que almacena informacin gentica Una vez demostrado que los cidos nucleicos eran los portadores de la informacin gentica, se realizaron muchos esfuerzos encaminados a determinar su estructura con exactitud. Watson y Crick (1953) fueron los primeros investigadores en proponer una estructura para los cidos nucleicos y su labor investigadora se vio recompensada con el Premio Nobel en 1962, Premio Nobel que compartieron con M. H. F. Wilkins y que se les concedi por sus descubrimientos en relacin con la estructura molecular de los cidos nuclecos y su significacin para la transmisin de la informacin en la materia viva. Para realizar su trabajo emplearon datos ya existentes, como Se saba que la molcula de ADN era muy grande, larga y delgada. Compuesta por nucletidos que contenan las bases nitrogenadas Adenina, Timina, Citosina y Guanina. Linus Pauling (1950) haba demostrado que las cadenas de aminocidos que componen las protenas estn dispuestas a menudo en forma de una hlice y se mantienen con esa conformacin gracias a las uniones puente de Hidrgeno que se forman entre los aminocidos de los distintos giros de la hlice. Pauling haba sugerido que la estructura del ADN poda ser semejante a la hlice que presentaban las protenas. Los patrones de las fotografas del ADN, obtenidas hasta este momento, reflejaban los giros de una hlice de grandes dimensiones. Erwin Chargaff analiz el ADN y confirm que las cantidades de las Bases Pricas eran iguales a las de las Bases Pirimdicas. En sntesis, las cantidades de Adenina eran iguales a las de Timina y, las de Citosina se correspondan a las de Guanina. Con todos estos datos, Watson y Crick intentaron construir el modelo de ADN. Para llevar la gran cantidad de informacin gentica el modelo deba considerar dos aspectos fundamentales: ser heterogneo y variado. En 1953, James Watson y Francis Crick combinaron los datos qumicos y fsicos del DNA, y propusieron un modelo en el que las dos hebras estn enrolladas una alrededor de la otra formando una doble hebra helicoidal.

Cadena de doble helice Hay que distinguir dos cosas entre las bases nitrogenadas de los nucletidos, que son cruciales para la estructura secundaria de los cidos nucleicos. Una de ellas se basa en la presencia de grupos cetnicos y amnicos, que ofrecen la oportunidad de que se formen puentes de hidrgeno. Sobre

Asignatura: BIOQUIMICA

esta base, T U, ambos compuestos cetnicos, pueden aparearse con A, un compuesto amnico, mediante un enlace de hidrgeno. G y C, que tienen tanto grupos cetnicos como amnicos; pueden formar dos puentes de hidrgeno. De hecho, puede formarse un puente de hidrgeno adicional entre los nitrgenos del ncleo en el par A-T y tambin en el par G-C. La segunda importante diferencia, entre las bases es que tienen distinto tamao: las pirimidinas T U y C son ms pequeas que las purinas A y G. Sin embargo, los pares de, bases A-T y G-C resultan tener un tamao idntico, mientras que un par de pirimidinas sera mucho ms grande. Y resulta adems que los pares de bases A-T y G-C, no solo tienen el mismo tamao, sino tambin la misma forma. Estas caractersticas del apareamiento de las bases en los nucletidos son las responsables del apareamiento de dos cadenas para formar un duplex rgido, fuertemente estabilizado Cuando dos cadenas se auto alinean de esta manera, adoptan la estructura de una doble hlice, tal como han puesto de manifiesto con todo detalle los estudios de difraccin de rayos X por fibras de DNA y la construccin de modelos. La doble hlice del DNA tiene una serie de notables caractersticas. i. Las columnas vertebrales azcar-fosfato de las dos cadenas forman hlices que giran hacia la derecha, con las mismas dimensiones en cada hlice y un eje de hlice comn. El dimetro de la hlice es 20 A. La hlice tiene dos surcos, uno profundo y otro poco hondo. ii. Las columnas vertebrales de azcar-fosfato de las dos cadenas estn conectadas por enlaces de hidrgeno entre las bases, cuyos planos superficiales son perpendiculares al eje de las hlices iii. Las bases estn en el interior y la columna vertebral en la parte externa. Los planos de dos pares de bases vecinos estn separados 3,4 A. Hay diez pares de bases dentro de cada paso de rosca de la hlice, de tal manera que cada par de bases est rotado 36 en relacin con su par vecino y cada paso de rosca completo tiene una longitud de 34 A . iv. El apilamiento de las bases, a pesar de las interaciones hidrofbicas entre sus superficies planas aromticas estabiliza la estructura helicoidal frente a la fuerza electrosttica de repulsa que existe entre los grupos fosfricos cargados negativamente. Esta energa estabilizante puede ser igualo mayor que la que establece puentes de hidrgeno entre las bases de dos cadenas. v. Las dos cadenas son antiparalelas. Desde el punto de vista qumico estn dispuestas en direcciones opuestas, es decir que la estructura... poS' azcar-3' P... se opone a la estructura... P-3' azcar-S'-P. Cuando las cadenas se trazan desde el extremo 5' al extremo 3' (5' 3') la direccin es ascendente en una hlice y descendente en la otra. vi. Los nicos pares de bases que permiten esta estructura son A-T y G-C. Todos los pares de bases tienen la misma forma y el mismo tamao. Los enlaces glicosdicos tienen las mismas posiciones y orientaciones en estos pares. Las bases modificadas pueden entrar tambin en la formacin de pares, siempre que formen puentes de hidrgeno con su pareja correspondiente. vii. Un importante elemento de simetra en la hlice es un doble eje de rotacin (diada) que pasa a travs del plano de cada par de bases y relaciona los enlaces glicosdicos N-C. La rotacin de un par de bases 1800 permite a los grupos correspondientes, el azcar y el fosfato de las dos cadenas antiparalelas, tener la misma conformacin. Como resultado de ello, o la conexin entre los tomos de carbono glicosdicos puede hacerse a travs de cualquiera de los cuatro pares de bases A-T, T-A, G-C y C-G,

Asignatura: BIOQUIMICA

viii. ix. x.

Debido a que los cuatro pares de bases encajan igualmente bien, es posible una secuencia cualquiera dentro de la cadena, y la doble hlice sigue teniendo un dimetro uniforme en toda su longitud. La rotacin en torno al enlace N-glicosdico permite establecer varias relaciones geomtricas entre la base y el azcar. El rango de conformacin designado como anti ocurre con mayor frecuencia que las conformaciones opuestas 1800, designadas como sin. Las dobles hlices antiparalelas pueden formarse tambin entre una cadena de DNA y una cadena de RNA.

PROPIEDADES BIOLGICAS DEL DNA En las clulas eucariotas, el DNA est presente en el ncleo, as como en mitocondrias y cloroplastos. Cada cromosoma eucariota contiene una nica molcula de DNA cuya masa molecular

Asignatura: BIOQUIMICA

es enorme: aproximadamente de 2 10 6 dalton por m de longitud. En procariotas, el DNA se encuentra en el citoplasma celular. Tanto en unos como en otros, la molcula de DNA es el soporte material de los caracteres hereditarios de una especie y es trasmitida ntegramente a la progenie. El modelo de Watson y Crick explica las propiedades biolgicas del DNA: Resistencia a la alteracin de las bases (mutacin): Si aparece una base incorrecta, su emparejamiento se ve impedido, y la doble hlice se altera. Estos errores pueden ser reparados por medio de diversos mecanismos celulares, ya que la hebra complementaria conserva la informacin Duplicacin del material gentico (replicacin): Las clulas hijas tienen la misma dotacin gentica que su progenitora. Para obtener esta duplicacin exacta, basta la separacin de las dos cadenas de la doble hlice y la sntesis de las complementarias Expresin de la informacin gentica (transcripcin) : La complementariedad de bases permite a la clula utilizar una hebra de DNA como molde para sintetizar una molcula de RNA con la misma secuencia que su hebra de DNA complementaria En los organismos eucariotas, el transcrito primario sufre un proceso de maduracin que genera los principales tipos de RNA celulares: RNAm, RNAr y RNAt Los RNA mensajeros codifican las cadenas polipeptidicas. A diferencia del ADN todos los tipos de ARN, son de una sola hebra, la cual que se sintetiza a partir de moldes de ADN. An as, los ARNs, tienen estructuras estables (regiones de doble hlice antiparalelas) que les permite tener estructuras tridimensionales. Es el Acido nucleico ms abundante en la clula, y puede purificarse fcilmente. Una clula tpica contiene 10 veces ms RNA que DNA. El azcar presente en el RNA es la ribosa. Esto indica que en la posicin 2' del anillo del azcar hay un grupo hidroxilo (OH) libre. Por este motivo, el RNA es qumicamente inestable, de forma que en una disolucin acuosa se hidroliza fcilmente. La mayora de los ARN son molculas monocatenarias aunque por lo general poseen fragmentos que presentan doble hlice al haberse unido por complementariedad las bases de una misma cadena. En algunos organismos como los Reovirus aparece como material hereditario un ARN bicatenario. Hay diferentes tipos de ARN que se clasifican atendiendo a la funcin que realizan en las clulas, su composicin y la localizacin en la clula: ARN mensajero, transferente, ribosmico y hetergeno-nucleolar.

Asignatura: BIOQUIMICA

ARNm El ARNm constituye aproximadamente el 5% del ARA total de la clula eucaritica. Contiene unos 5.000 nucletidos y tiene las bases caractersticas, raramente aparecen bases extraas en la composicin. Una caracterstica comn a todos los ARNm es que presentan unos 200 restos de Adenina en 3terminal. Los ARNm son molculas largas, lineales que no tienen estructura secundaria. Cada molcula de ARNm se sintetiza en el ncleo durante un proceso llamado transcripcin que consiste en la sntesis de un ARNm siguiendo las instrucciones de un fragmento de ADN (gen), de manera que la informacin contenida en la secuencia de bases del ADN pasa a estar contenida en el ARNm sintetizado por complementariedad de bases.

ARNt Los ARN de transferencia son pequeas molculas que contienen 75-90 nucletidos y de peso molecular de unos 25.000. Constituyen el 15% del total del ARN. En su composicin son frecuentes la aparicin de bases nitrogenadas raras que muchas veces son bases metiladas, por ejemplo las pseudouridilina, ribotimidina, inosina, etc... Estas bases llegan a constituir el 10% del total de las bases. Aproximadamente aparecen entre 7 y 15 bases raras en cada molcula. Todos los ARNt tienen una estructura secundaria caracterstica denominada hoja de trbol.

Asignatura: BIOQUIMICA

ARN r Se refiere al ARN como un constituyente esencial de los ribosomas. En clulas eucariticas la subunidad pequea posee una molcula de ARN ribosomal y cerca de 30 protenas, mientras la subunidad grande tiene cerca de 3 molculas de ARNr y 45 a 50 protenas. Los ARN ribosmicos son el componente cataltico de los ribosomas; se encargan de crear los enlaces peptdicos entre los aminocidos del polipptido en formacin durante la sntesis de protenas; actan, pues, como ribozimas. El ARNr tiene ciertos segmentos con estructura de doble hlice, pero en otras zonas no llega a formar estructura secundaria. Las formas de ARNr que aparecen se diferencian y clasifican por su velocidad de sedimentacin que depende del peso, forma y densidad de la molcula. Los ARNr de las clulas procariotas y de las eucariotas son distintos.