GENETICA Y REPLICACION VIRAL.

INTRODUCCION En la tarea de reproducirse, los virus se encuentran en una gran desventaja comparada con formas superiores de vida. Este ltimo se multiplica por alguna forma de fisin, de modo que las clulas hijas comienzan su existencia con una dotacin completa de informacin gentica y con las enzimas necesarias para replicarse y catalizar la sntesis de nuevas protenas. Un virus, por otro lado, entra en la clula con nada ms que su propia molcula insignificante de cido nucleco, que puede tener solo 20 genes ms o menos comparados con 100.000 genes para una clula de mamfero, y a veces sin ni siquiera una sola enzima para iniciar el proceso de replicacin. Es por esto que debe depender de tanto de la clula husped para los materiales que necesita para la reproduccin y porque la replicacin de los virus es ms complicada en algunos aspectos que el de otros microorganismos. Aunque ahora nosotros tenemos un panorama bastante detallado de los pasos principales, todava no lo sabemos todo sobre las estrategias que los virus han desarrollado a lo largo de los milenios parta continuar su existencia. De hecho, investigaciones detalladas de la replicacin viral continan descubriendo hechos importantes sobre los mecanismos de control y estrategias genticas en nuestras propias clulas. A medida que la replicacin de virus est ntimamente relacionada con actividades celulares, puede ser til para proporcionar un esquema de la biologa molecular de la clula husped, con el que probablemente ya estn familiarizados, y servira como una base de comparacin entre estas muy diferentes formas de vida.

2. LA BIOLOGIA MOLECULAR DE LAS CELULAS DE MAMIFEROS. Hay ms de 100 tipos de clulas en el cuerpo humano y estas estn en su mayora ensambladas en los tejidos. Una tpica clula animal tiene 20 l de dimetro. El orgnulo ms prominente es el ncleo, que est encerrado por dos membranas concntricas que forman la envoltura nuclear. El ncleo contiene dsDNA, que codifica la especificacin gentica de la clula. Los poros nucleares permiten que ciertas molculas puedan entrar y salir del ncleo, pero este procedimiento es estrictamente controlado. El interior de la clula est compuesto de citoplasma trasparente que tiene todos los orgnulo y en el que el extenso trfico se lleva a cabo, involucrando varias protenas y mensajes qumicos, y todo lo que puede ser importante durante la replicacin viral. Todos los orgnulos celulares estn encerrados por membranas, permitiendo as que la clula pueda llevar a cabo muchos procesos diferentes al mismo tiempo. Un orgnulo importante es el retculo endoplasmatico, una estructura irregular encerrada por una membrana lipidica. Tambin est presente el aparato de Golgi, que tiene la apariencia de una pila de sacos vacos. Los lisosomas son estructuras en forma de globo en las que se produce la digestin intracelular. Muchos virus desnudos inician la infeccin en este orgnulo. Los ribosomas son la estructura en la que se hacen nuevas protenas, bajo la direccin de RNAm. El continuo intercambio de material se lleva a cabo entre estos orgnulos y el exterior de la clula, rodeada por una bicapa lipidica, membrana plasmtica. Subyacente esta el citoesqueleto de filamentos, tales como actina, que fortalecen la clula y le dan una estructura particular. La membrana plasmtica est llena con receptores para diferentes molculas, muchas son esenciales para el funcionamiento de la clula. Los virus pueden usar algunos de estos receptores para entrar e infectar a la clula.

2.1 DNA COMO EL TRASPORTADOR DEL MATERIAL GENETICO. La vida de las clulas depende de su capacidad para almacenar, recuperar u traducir las instrucciones genticas, que son almacenadas en los genes. En 1940, El DNA fue identificado como el trasportador de la informacin gentica. Una

molcula de DNA consiste en dos cadenas de nucletidos que se mantiene unidas por enlaces de hidrogeno -- un DNA de doble hlice. Las dos cadenas de cada hlice tienen una secuencia de nucletidos que es complementaria a la de la hebra pareja. El DNA es un ejemplo de mensaje lineal, codificado en la secuencia de nucletidos a lo largo de cada hebra. El DNA de una clula humana esta compuesto de 3X109 nucleotidos y tiene cuatro letras de nucletidos del alfabeto (A, C, T y G). Durante la replicacin esta informacin se debe copiar fielmente.

2.2 REPLICACION DE LA CELULA DE dsDNA En la replicacin, cada hebra de DNA acta como una plantilla, o molde, para la sntesis de una nueva cadena complementaria. La replicacin de DNA produce dos dobles hlices complementarias de la molecula original de DNA. Una enzima, la DNA polimerasa, es fundamental para este proceso. Se cataliza la adicin de nucletidos del extremo 3 a una creciente cadena de DNA para la formacin de un enlace fosfodiester entre este y el extremo de 5- grupo fosfato del nucletido entrante. El ADN o ARNs del virus se replica de una manera similar.

2.3 TRASCRIPCION DE DNA A LA FORMA Mrna. Cuando una protena en particular es requerida por la clula, la pequea porcin correcta de esta inmensa molcula de DNA es copiada en RNA. A su vez, estas copias de RNA (mRNAs) son usadas como moldes para orientar la sntesis de la protena. La mayora de estos miles de eventos se producen cada minuto en las clulas de los mamferos. La informacin en el mRNA es usada para hacer una protena, un proceso llamado traduccin. Los virus pueden utilizar este sistema con mucha eficiencia. Los virus pueden alterar el sistema o bloquear completamente la traslacin de protenas de la clula husped.

2.4 PROCESAMIENTO PRIMARIO DE LA TRASNCRIPCION DE RNA. El mRNA producido debe ser procesado en el ncleo de un transcrito primario al mRNA final. Primero, el RNA es copiado al extremo 5por adicin de un nucletido de guanina unido a un grupo metil. Entonces una cola de poli A es agregada al extremo 3. Los genes de las clulas de los mamferos (y muchos genes virales) tienen sus secuencias codificantes interrumpidas por secuencias no codificantes (intrones) tal vez tan largas como 10.000 nucleotidos. Estos intrones son removidos por RNA empalme (splicing). En cada intron un grupo de pequeas partculas nucleares de ribonucleoprotena (snRNPs) se rene en el ncleo, se corta el intrn y se une con la cadena de ARN. De hecho, esta unin se descubri por primera vez en las clulas infectadas con virus.

2.5. TRADUCCION DE mRNA EN PROTEINAS. Despus de migrar desde el ncleo hasta el citoplasma, el mRNA se traduce en protenas. Cada grupo de tres nucletidos consecutivos de RNAm se llama codn y cada uno especifica un aminocido. De ello se deduce por tanto, que una secuencia de ARN se puede traducir en tres diferentes marcos de lectura (Fig 3.9). Codones particulares en el RNAm sealan los sitios donde la sntesis de protenas comienza y termina. Factores de iniciacin de RNAm y la interaccin con la subunidad pequea del ribosoma que se mueve hacia adelante (5- 3) a lo largo del RNAm, buscando primer codn de inicio, es decir AUG. El final del mensaje que codifica la protena es sealado por UAA, UAG o UGA,

denominados codones de parada. Los RNAm virales son traducidos de una manera similar pero muchos tienen que competir con las clular RNAm. Tenga en cuenta que los genes se indican con letra cursiva (ej tax) y sus productos por el alfabeto romano (ej tax).

2.6. CONTROL DE LA EXPRESION GENETICA. La expresin gentica debe ser controlada y una fase de especial importancia es en la iniciacin de la transcripcin. La regin promotora de un gen atrae la ARN polimerasa: tiene un sitio de iniciacin y arriba una regin asociada. La mayora de los genes tambin tienen secuencias reguladoras de ADN que son necesarios para cambiar los genes; estos son reconocidos por protenas reguladoras que se unen al ADN y actan como activadores o represores. El proceso tambin requiere la cooperacin de un gran conjunto de protenas llamadas factores de generales de transcripcin. Algunos cdigos de los virus codifican para sus propios factores de trascripcin, que con ello interrumpen la expresin normal del gen en las clulas. El descubrimiento ms reciente es la interferencia de ARN, el silenciamiento de la expresin gentica de las molculas de ARN de doble cadena. La interferencia de ARN se ha desarrollado para silenciar a los virus y elementos genticos dainos que hacen que los intermediarios dsDNA, los tipos de RNA no suelen ser producidos por las clulas.

3. VIRUS, INFECCION Y REPLICACION EN UNA CELULA HUESPED. La infeccin inicial de una clula es un acierto o desacierto, dependiendo del contacto casual, pero es de gran ayuda si el virus entra en el cuerpo en un sitio adecuado y en grandes cantidades. A menudo, miles de virus pueden entrar al cuerpo y sin embargo, solo dos o tres en realidad establecen una infeccin. El resto son destruidos por las defensas generales antes de que tengan oportunidad de infectar. A continuacin se presenta un perodo de pocas horas durante el cual nada parece estar sucediendo. Este aspecto es, sin embargo, engaoso, porque est pasando demasiado dentro de la clula a nivel molecular, como la transcripcin de los nuevos genes virales para formar ARNm viral, as como su traduccin a producir protenas virales tempranas, incluyendo las enzimas necesarias para replicar ADN viral o ARN viral. As, aunque no hay signos visibles de la clula, a nivel molecular las sondas sensibles para los genes virales indican cambios sutiles pero definitivos. La figura 3.1 ilustra una diferencia fundamental entre la replicacin de virus y bacterias; este ltimo conserva su estructura y la infectividad en todo el ciclo de crecimiento, mientras que los virus pierden su identidad fsica y la mayora o la totalidad de su infectividad durante la etapa inicial de la replicacin, que por esta razn se ha denominado la fase de eclipse. La siguiente etapa, la etapa productiva, es an ms llena de accin como nuevas partculas de virus que se producen y se liberan de la clula.

Fig. 3.1 Curva de crecimiento tpica de un virus en comparacin con la de una bacteria.

Fig. 3.2 Ciclo de vida de la vaccinia, un virus de ADN. La adsorcin y la penetracin ocurren rpidamente. A diferencia de otros virus de ADN, la vaccinia se replica exclusivamente en el citoplasma. La trascripcin original tiene lugar en el ncleo del virin. Las hebras de ADN genmico se unen covalentemente en sus extremos. El prematuro mRNAs que codifica para enzimas que tienen una funcin temprana, como la replicacin del DNA de entrada, se trascribe a partir de ADN de entrada. ARNm tardo que codifica para las protenas estructurales vricas se trascribe a partir de ADN recin sintetizado. Ver texto para ms detalles.

3.1 PLANO GENERAL DE LA REPLICACION VIRAL Veremos por primera vez los principales pasos en la replicacin de un virus de DNA (pasos contados como en la figura 3.2). Existe una indicacin aproximada de la escala de tiempo. Usted podr apreciar que el virus no es tpico de todos ellos. Hemos optado por un ADN de poxvirus, porque los pasos secuenciales en su replicacin son relativamente fciles de seguir. Se debe, sin embargo, mencionar que este ejemplo no es tpico de los virus de ADN que se replican en su totalidad en el citoplasma, lleva muchas de las enzimas necesarias para la trascripcin y replicacin viral y establece fbricas de virus pequeos. (1) La perforacin de moco o cualquier otra barrera fsica, el virus se adsorbe a una clula husped mediante un receptor especfico en la membrana celular. (2) Pocos minutos despus de su entrada en el citoplasma de la clula, despus de lo cual (3) uncoats (es decir, se despoja de su envoltura proteica de proteccin). En el caso de los poxvirus este desnudamiento es nicamente parcial. En otros virus el desnudamiento es ms completo y el cido nucleico viral se libera por completo. (4) El ADN de entrada del virus poxvirus se trascriben para producir distintos RNAm virales, que codifican para (5) temprana protenas virales. Las protenas virales son producidas por el ribosoma de la clula husped. Hay como hasta 100 genes temprano distribuidos a lo largo del genoma del poxvirus. Otros virus tienen solamente un puado de genes. Las protenas virales tempranas pueden tener diversas funciones; por ejemplo, algunos son ADN dependientes y ADN polimerasas que catalizan dirigen la sntesis de de nuevas molculas de ADN viral (7) y otros son activadores trascripcionales que aceleran el proceso de de la trascripcin viral. En contraste, los RNAm virales finales son trascribidos solamente a partir de ADN viral recin sintetizado. Las protenas finales traducidas a partir de estos mensajes virales finales son en su mayora estructuras polipptidas virales (8) que son (9) ensamblados con el nuevo ADN para formar una progenie de viriones. El ensamblado se produce en las zonas delimitadasdel citoplasma en el caso de los poxivirus y los viriones inmaduros se pueden ver fcilmente por ME. Otros virus se ensamblan a s mismos en la membrana plasmtica o en el ncleo. Los nuevos viriones son entonces liberados de la clula (10) por una mezcla de ciernes y de lisis celular; en este ejemplo, el proceso tarda mnimo de 6 8 horas. Los nuevos viriones infecciosos son libres para infectar a las clulas vecinas y comenzar el proceso otra vez. Como mucho 10.000 viriones pueden ser

liberados a partir de una clula infectada. El virus vaccinia puede matar la clula en la que se replica, pero muchos otros virus, los virus con envoltura sobre todo, brotan de la superficie de la clula, mientras que la clula mantiene su estructura normal y produce una ola tras otra de nuevos viriones. Vamos a describir los pasos en la replicacin viral en ms detalle, y explorar las variaciones importantes adoptadas tanto por ARN y ADN viral. Fig. 3.3 Modos de entrada de los virus a las clulas. (a) Fusin desde afuera. Los muelles de virus y una protena de de fusin viral cataliza la fusin de su lpido con la de la membrana plasmtica de la clula. El cido nucleico viral entra en la clula directamente. (b) Endocitosis mediada por receptor (viropoexis) Los muelles de un virus para un receptor y se internaliza en una vacuola intracelular. A pH bajo, la protena de fusin viral mediada por la fusin, resulta en la liberacin de cido nucleico en el citoplasma. Algunos virus usan pozos o macropinocitosis sin recubrimiento, lo cual es bastante similar a la fagocitosis e implica actina. Posteriormente los macropinosomas internalizados pueden ser acidificados de la misma forma como los endosomas. Esta puede ser la va de entrada principal en clulas dendrticas presentadoras de antgenos.

3.2 EL RECONICIMIENTO DE UN BLANCO DE LA CELULA HUESPED. Todos los virus tienen en su exterior una protena de unin al receptor, que a menudo tiene un hueco en forma de platillo que reacciona especficamente con un receptor correspondiente en la superficie de la clula. Estos receptores suelen tener otras funciones y los virus simplemente los utilizan para la fijacin. Los receptores de virus en las clulas son a menudo glicoprotenas o glicolpidos. Una vez unido, puede ser un proceso ms o menos instantneo, los virus son casi imposibles de desalojar. Esto precisa de la interaccin clave y bloque la cual explica porque muchos virus se limitan a un husped determinado y, dentro de ese husped, a las clulas y tejidos particulares. Por ejemplo, el virus del SIDA, VIH 1, reconoce y reacciona especficamente con dos receptores en ciertos linfocitos T y otras clulas, y por lo tanto se puede unir e infectar solo a esas clulas. El receptor principal es la molcula CD4 presente en las clulas T y un receptor secundario es un receptor de molculas de quimioquinas CXCR 4, o un receptor molecular de quimioquina, CCR 5. (CD = cmulo de diferenciacin).

3.3 INTERNALIZACION DEL VIRUS Habindose unido el virus a la clula husped, el virus debe penetrar en la membrana plasmtica externa de la clula rpidamente y liberar su genoma en el medio celular para su posterior replicacin. Esta internalizacin se lleva a cabo en una de tres formas. Fusin desde el exterior. La fusin en la membrana plasmtica celular externa, es decir la fusin desde el exterior, es la estrategia de entrada de los paramixoviros como el sarampin y las paperas, y tambin el VIH (Fig. 3.3 (a)). Estos virus tienen una protena de fusin, con un corto tramo de aminocidos hidrfobos catalticos, que median la fusin entre los l pidos del virus y los lpidos de la membrana celular. Endocitosis mediada por un receptor (virpexis). Viropexis es la tcnica de ingreso ms comn para los virus (Fig. 3.3 (b)). Las clulas de los mamferos han tenido que desarrollar mtodos de fijacin y la entrada de una serie de molculas esenciales, tales como nutrientes y hormonas. Los virus pueden explotar las vas de entrada existentes. Los virus estn conectados a las reas especiales de los receptores del virus en la membrana celular. La protena celular, clatrina, que subyace a la membrana, forma un llamado hoyo revestido y, una vez que el virus se ha unido, se produce la inversin de la membrana celular y se produce el virus asociado. El virus se encuentra ahora en el citoplasma, pero todava est limitado por la membrana celular, a travs del cual se tiene que negociar una ruta hacia el entorno interno real y, a menudo al ncleo de la clula. Es un misterio cmo el cido nucleico del virus, sobre todo el RNAss, se protege de la destruccin por muchas nucleasas presentes en la vacuola citoplasmtica, pero se supone que las nucleoprotenas virales estrechamente ligadas proporcionan proteccin. Estos endosomas ofrecen un sistema de trasporte conveniente y rpido a travs de la membrana plasmtica y tambin a travs del citoplasma al poro nuclear. Algunos virus, como la gripe, consiguen la liberacin de la vacuola endosomal interna por la fusin interna (fusin desde adentro) mediada por la protena HA viral. Un requisito adicional de la fusin interna de la gripe es un pH bajo en la vacuola citoplsmatica; esto provoca un movimiento de la estructura tridimensional de la protena HA, permitiendo as la yuxtaposicin de la secuencia de fusin HA, normalmente, enterrado profundamente en la punta de la protena HA, con las membrana lipidicas, tanto virales como celulares. Endocitosis mediana por no clatrina (non - clathrin) Algunos virus pueden entrar por una tercera tcnica conocida como endocitosis mediada por no clatrina o una va de entrada de caveolas asistida. En todos los casos, el trfico interno es bastante extenso y se produce antes de que el ARN del virus se libere a partir del virus internalizado y entra en el ncleo a travs del poro nuclear.

3.4 FORMACION DE LOS ARNm VIRALES: UN PASO VITAL EN LA REPLICACION. Cuando los virus infectan las clulas, dos eventos importantes y por separado deben ser organizados, es decir, la produccin de protenas y enzimas estructurales del virus, y la replicacin del genoma viral. Los virus tienen diversos mtodos de asegurar que sus ARNm se producen y luego se traducen en protenas virales, a menudo con preferencia a normales clulas RNAm. En el esquema de clasificacin de Baltimore los virus de ARN se clasifican por sus tres estrategias para la formacin de ARN viral, la cual depender del sentido de su genoma de ARN. En este contexto, el sentido se refiere a si el genoma

es homologo con el ARNm viral (sentido positivo o cadena positiva) o complementarios a la misma (sentido negativo o cadena negativa). Cadena positiva del virus de ARN La cadena positiva del virus de RNA parental (Figs 3.4 y 3.5), con la adicin de una poli (A) (AAA) en un tramo del extremo 3de la molcula y un capuchn en el extremo 5, se utiliza directamente como ARNm viral, de la cual las protenas virales tempranas y tardas (ver seccin 3.1) se traducen directamente. El Polio y el Flavivirus son buenos ejemplos de cadena positiva de ARN viral. Otra caracterstica de estos virus es que le genoma viral en s es infeccioso para las clulas, pero mucho menos que el virus completo. Cadena negativa del virus de ARN En el caso de los virus de ARN de cadena negativa, por ejemplo la influenza (Fig. 3.6) o la Rabia (Fig. 3.7), una polimerasa asociada con el virus de ARN (transcriptasa), que es llevado a la clula por el virus, primero debe hacer copias de imagen espejo de los segmentos virales de ARN de la cadena original negativa. Estas copias, ahora cadenas positivas y denominadas anti genoma, se complementan exactamente con la del genoma, tienen una capca en el extremo 5, poliadenilado en el extremo 3, y luego funcionan como ARNm virales, que, a su vez, se traducen para dar protenas virales.

Fig. 3.4 Ciclo de vida y replicacin de un virus de ARN de cadena positiva.

Fig. 3.5 Estrategia de replicacin de la Polio, un virus de ARN de cadena positiva. El ARN genmico acta directamente como ARNm y se traduce para dar una poliprotena, que se escinde rpidamente por el virus, codificadas por proteasas en 12 o ms protenas ms pequeas (no todas ilustradas). En una etapa posterior durante la replicacin del nmero de cadenas positivas de ARN estas se utilizan ya sea como ARNm o se empaquetan en viriones. Cola de poli (A); capa o capucha 5

Fig. 3.6 Estrategia de replicacin de la influenza, un ARN viral de cadena negativa. El genoma viral es en forma de ocho, vagamente relacionado a los segmentos de la cadena sencilla de ARN. La mayora de los ARNm transcritos son monocistrnicos, es decir, el cdigo para una sola protena. Sin embargo, el RNAm de los genes 7 y 8 ha sido sometido a un corte y empalme y ahora cada uno de los cdigos son para dos protenas virales. El modo de trascripcin y replicacin del virus de la influenza es nico, ya que requiere la cooperacin celular con la ARN polimerasa II (tapa de robo (cap snatching))., Cola de poli (A); RNA dependiente de RNA polimerasa.

Fig. 3.7 Estrategia de replicacin del virus de la rabia, un virus de cadena negativa. El genoma viral es en forma de una sola cadena de ARN completa. Los cinco genes estn posicionados de una manera lineal. Hay una secuencia intergnica, una seal de inicio de la traduccin y una poli (A) que seala el final de cada gen. Cinco RNAm son transcritos por un mecanismo de arranque y parada y cada uno se traduce en una protena viral. Cola de poli (A); RNA dependiente de RNA polimerasa.

Los retrovirus El tercer grupo de virus de ARN, los retrovirus, tienen una estrategia ms compleja en la produccin de ARNm viral. Los elementos esenciales de la replicacin y la integracin son ilustrados en el captulo 25. (Fig. 25.4). Tan pronto como el virus infecta una clula el ARN viral parental es transcrito por por un virus asociados a un RT (ADN polimerasa ARN dependiente), que convierte el genoma del ARN viral a un hibrido ARN ADN. La cadena de ADN se digiere lejos del hbrido y se sustituye por una copia de ADN para obtener una molcula de ADN de doble cadena. Esta se integra en el ADN cromosmico de la clula husped por una integrasa codificada viralmente, y que ahora se denomina ADN proviral. El ARNm viral se trascribe a partir del ADN proviral en gran parte de la misma manera como el clula husped de ARNm son transcritos a partir de ADN cromosmico de la clula husped. Los mensajes virales se traducen y se sintetizan las protenas virales. Virus de DNA Obviamente, los virus de ADN tambin se deben producir transcritos de ARNm viral poco despus de la infeccin de una clula (Fig. 3.8). Esto se consigue normalmente por una enzima de la clula husped, el ADN dependiente de ARN polimerasa II, a pesar d que hemos visto con el poxvirus que, excepcionalmente, un virus de ADN puede llevar la enzima apropiada en la clula. Los ARNm virales tempranos y tardos se transcriben a partir de cualquier cadena de ADN en el caso de los virus de DNA de cadena doble, y se traducen a protenas virales temprana y tarda, respectivamente. Los ARNm tempranos se transcriben a partir de DNA del virus parental de entrada, mientras que los ARNm finales se transcriben a partir de ADN viral recin replicado (Ver Fig. 3.2).

Fig. 3.8 Estrategia de replicacin del adenovirus, un virus de ADN. El genoma del adenovirus se transcribe y se replica en el ncleo celular. La replicacin es mediada por una protena (P) en el extremo 5de cada cadena de ADN. Mltiples ARNm (no todos se muestran) se transcriben a partir de ambas hebras de ADN. El ARNm temprano es codificado por el ADN parental. Ms tarde se codifican los ARNm de ambas hebras de ADN. El empalme es ampliamente utilizado y puede proporcionar un control de las diferentes regiones del genoma, as como un medio para cambiar el marco de lectura. Cola de poli (A).

3.5 REPLICACIN DEL GENOMA VIRAL Virus RNA En contraste con la informacin gentica del anfitrin, codificada en el ADN de doble cadena, muchos virus tienen un genoma de ARN. En los virus de ARN de cadena positiva, una polimerasa codificada por el virus ARN ("replicasa") se traduce directamente en el genoma viral, mientras que la replicasa de la cadena negativa del virus de ARN es llevada por el propio virus. En general, los genes del RNA viral se transcriben desde el extremo 3. De cualquier manera, la RNA replicasa sintetiza una cadena de ARN complementaria que sirve como una plantilla de nuevas rondas de sntesis de RNA viral. Estos ARN dplex son inestables y se producen slo como transitorios " intermediarios replicativos. De esta manera fielmente el virus ARN, - a veces, el proceso de transcripcin es propenso a errores- copia su propio genoma en los genomas de los descendientes. El proceso es rpido, con produccin de decenas de miles de nuevos genomas virales en un asunto de unas pocas horas despus de que la clula ha sido infectada. Virus DNA Todos los virus de ADN, excepto los poxvirus replican su genoma en el del ncleo celular. Se utilizan varios mtodos, dependiendo de la configuracin del ADN, que puede ser lineal y de cadena sencilla (parvovirus), circular (el virus del papiloma) o lineal y de doble cadena (poxvirus). La replicacin de ADN de cadena simple implica la formacin de un intermedio de doble cadena, que sirve como una plantilla para la sntesis de una sola cadena progenie del ADN. La replicacin de molculas dsDNA utiliza una horquilla de replicacin. En estas horquillas la DNA polimerasa se mueve a lo largo del ADN, la apertura hasta las dos hebras de la doble hlice y el uso de cada hebra como una plantilla para hacer una nueva hebra hija. Las horquillas se mueven rpidamente a 100 pares de nucletidos por segundo.

3.6 LA LOCALIZACIN INTRACELULAR DE LA REPLICACIN DEL GENOMA VIRAL Un virus ARN de cadena positiva, cuyo genoma puede actuar como el ARNm, no es necesario que entre en el ncleo de la clula. Esto tambin es caracterstico de los poxvirus de ADN, adems de llevar el ADN tambin llevan las polimerasas con ellos. Otros virus de ADN se replican en el ncleo junto con el ADN de la clula husped, aunque no necesariamente por los mismos mecanismos.

3.7 CONTROL OF VIRAL REPLICATION Como los virus dependen totalmente de los aparatos y mecanismos de la clula para la replicacin, es esencial que el genoma viral lleve el control de estos procesos y por lo tanto debe utilizar su informacin gentica al mximo. Quizs el mecanismo ms importante para lograr este control es un cdigo viral con seales positivas fuertes para promover la expresin de genes virales y otras seales para reprimir la expresin de genes celulares. Los Virus de la transcripcin pueden ser bloqueados y algunos virus utilizan para llevarlo a cabo su protena M. Otras estrategias para mejorar el acceso a esta informacin por parte de los pequeos genomas virales son transcripcin y empalme del RNA primario, superposicin de los marcos de lectura, u otros mtodos de codificacin de las protenas mltiples en un solo ARNm. La sntesis de la protena viral es completamente dependiente de los mecanismos de traduccin en la clula y por lo tanto han desarrollado reducir su dependencia en esta etapa crtica. La mayora de los ARNm eucariotas dependen para la iniciacin de la traduccin en un 5 terminal de la estructura de la capa. Algunos virus participan en la iniciacin de la traduccin a travs de la unin interna de los ribosomas del ARNm a un sitio interno de entrada al ribosoma (IRES), un mtodo utilizado por la hepatitis C, la poliomielitis y la hepatitis A. Esto elimina la competencia de la clula husped dando ventaja para el virus. Por ejemplo dos protenas de NS de la hepatitis C mejoran la traduccin IRES diigida. Adems el control se ejerce por las diversas propiedades del ARNm viral, incluyendo su vida media y el flujo real de ARN a partir del ncleo al citoplasma. El control de la replicacin del gen viral puede por lo tanto ser ejercida en los niveles de transcripcin, despus de la transcripcin, o de la traduccin. La expresin de grupos de genes de virus a menudo se lleva a cabo oportunamente en las fases crticas. As tempranos genes virales inmediatos de un virus como el herpes o adenovirus pueden codificar por activacin de protenas y genes virales tempranos para protenas reguladoras, mientras que los genes virales terminales codifican para las protenas estructurales.

3.8 SNTESIS DE PROTENAS VIRALES Todos los virus utilizan los ribosomas celulares para traducir los ARNm virales. Los mensajes virales se traducen a las protenas estructurales que constituyen la partcula del virus en s, o protenas de NS, que son enzimas o factores de transcripcin para la replicacin del virus, pero no estn incorporadas en el virus. El mensaje se lee continuamente desde el codn de inicio AUG (Fig. 3,9), pero esta continuidad puede ser interrumpida por la insercin o delecin de una base que causa un cambio de marco. En otras palabras, desde el punto de dicha mutacin el mensaje se lee como un conjunto diferente de tripletes y por lo tanto la protena viral tiene una secuencia de aminocidos completamente diferente del que se especifica en el mensaje original. Incluso puede ser una protena acortada si el cambio de marco produce un codn de parada. En esta manera, el nmero de protenas que pueden ser generados a partir de un genoma viral pequeo se incrementa. Varios virus utiliza esta estrategia, incluyendo el VIH y el paramixovirus. Los retrovirus tienen una seal especial en el ARNm que provoca que el ribosoma 'salte' y comience a leer el cdigo de tripletes en un marco diferente.

Fig. 3.9 La superposicin de los marcos de lectura. El diagrama muestra cmo dos o ms polipptidos pueden ser codificadosl en una sola longitud de cido nucleico. A partir de un codn AUG de iniciacin, la secuencia de nucletidos se lee para dar una protena MLRFMG ...., etc Un codn de alternativo de inicio situado ms abajo en la molcula de cido nucleico permite una protena diferente, MVTAYS ...., etc, para ser traducido a partir del mismo gen, como los tripletes de nucletidos se leen en una secuencia diferente. Las letras en caja son los cdigos convencionales para los aminocidos diferentes: M, metionina; V, valina, L, leucina, etc. Para mayor claridad, los tripletes de bases se representan alternativamente como barras abiertas y slidos: el sombreado no tiene otro significado. , Poli (A) de cola.

3.9 Post-Traduccin Modificacin De Las Protenas Virales Incluso despus de la sntesis de protenas virales nuestra historia bioqumica est lejos de ser completa, ya que la protena viral debe doblarse correctamente en una precisa estructura tridimensional. El aminocido iniciador se retira mientras que el polipptido est todava unido al ribosoma. Otros acontecimientos importantes que puedan ser la glicosilacin (unin de los hidratos de carbono), la unin covalente de cido lipoico, y la adicin de fosfato, sulfato, y grupos acilo. Algunos virus, particularmente los virus ARN de cadena positiva tales como la poliomielitis, los rinovirus y los flavivirus, tienen una estrategia mediante la cual una poliprotena viral muy grande se traduce inicialmente a partir de un solo ARNm mensajero viral. Esta poliprotena es entonces escindida en sitios especficos de enzimas proteolticas virales o celulares para dar una serie de pequeas protenas virales, algunas de las cuales se incorporan en el virus.

4. EL ENSAMBLAJE DEL VIRUS, LA LIBERACIN DE LA CLULA HUSPED, Y LA MADURACIN 4.1 VIRUS DE ENSAMBLAJE Y LIBERACIN El virus se est acercando al momento de la liberacin y maduracin. Sus protenas estructurales se han sintetizado por una clula husped que parece relativamente normal. Algunos virus (por ejemplo, virus de la polio) se ensambla completamente en el citoplasma, mientras que otros (por ejemplo, adenovirus) son en su mayora nucleares. Algunos virus tienen seales en sus picos de la glicoprotena de orientacin especfica, o retencin. Por la nucleocpside de ARN viral de cadena negativa se tiene que inactivar antes de su envasado. La protena M viral acta como un bloqueador. Virus lticos, la polio por ejemplo, se libera en la lisis y muerte de la clula. Otros (por ejemplo, la gripe, el VIH y el sarampin) escapan por gemacin de la superficie celular. Las protenas virales son transportadas por la maquinaria celular existente y son, en el caso de los ciernes de virus, insertadas en la membrana plasmtica externa de la clula; otras protenas estructurales del virus migran al interior de la membrana plasmtica. Las protenas y cidos nucleicos se auto ensamblan, y el ARN o ADN viral se empaqueta como el completo brote de virin por protrusin a travs de la membrana plasmtica celular. El brote es aplastado y un virus nuevo nace. Algunos virus, como el VIH y el herpes, no surgen de la clula, pero puede propagarse a travs de los poros de las clulas contiguas de conexin o induciendo la fusin de sus membranas.

4.1 MADURACIN VIRAL Para algunos virus, como el VIH y la influenza, existe una mayor etapa en el ciclo de replicacin, denominado posterior a la liberacin de maduracin. Ciertas protenas de la cpside del VIH tienen que ser escindidas por una proteasa viral, lo que conduce a cambios en la morfologa del nuevo virin, bastante fcilmente detectado por EM. En el caso del virus de influenza, las proteasas celulares son necesarias para separar el virus HA de la protena de anclaje. Algunas clulas no tienen la proteasa correcta y as el virus no suele iniciar un exitoso ciclo en ese rgano: la replicacin del virus est restringido. La escisin a menudo se produce antes de la HA alcance la membrana plasmtica y antes en ciernes, pero puede tener lugar en o despus de la brotacin, en particular si una proteasa es suministrada exgenamente. Un ejemplo de ello es la co-infeccin de los pulmones con el virus de la influenza y estafilococos o estreptococos, que constituyen la proteasa y por lo tanto aumenta la infectividad del virus mismo. Resultando la neumona que puede ser catastrfico.

5 LA VARIACIN GENTICA DE LOS VIRUS 5.1. BAJO LA FIDELIDAD DE LA TRANSCRIPTASA INVERSA Y LA ARN REPLICASA. Las mutaciones tales como la eliminacin o insercin de un nucletido o un grupo de nucletidos (mutantes de delecin o insercin) no son raras durante la replicacin viral. Tales mutaciones son ms frecuentes en el ARN que en el de ADN de los virus, debido a la baja fidelidad de la transcripcin de RT y la ARN transcriptasa, y la ausencia de correccin de pruebas y la capacidad de correccin, en comparacin con la ADN polimerasa. De hecho, todos los virus de ARN se piensa que existen como mezclas de un sinnmero de variantes genticas y con composiciones antignicas: los llamados cuasi-especie. Estas mezclas de viriones existen como un equilibrio dinmico dentro del husped. El desarrollo de la inmunidad especfica para una variante particular o el uso de un frmaco antiviral proporcionan la presin para forzar la evolucin viral.

5.2 RECOMBINACION Una manera importante en el que los virus pueden variar su estructura genmica es por recombinacin. Esto se produce en el virus de ADN por rotura de la cadena de ADN y la unin covalente de fragmentos de ADN del genoma, ya sea de un solo gen o de infectar a dos virus de la misma clase. Se cree que ocurre en los virus de ARN cuando la polimerasa del virus cambia hebras de plantilla durante la sntesis del genoma. Afortunadamente, este tipo de interacciones genticas no se producen entre los virus no relacionados (por ejemplo, la poliomielitis y la gripe), de lo contrario los problemas se acrecentaran enormemente. No obstante, este tipo de interaccin gentica puede dar lugar a un virus con caractersticas desconocidas hasta ahora y tambin puede dar una mutacin ventajosa sobre sus parientes. Ms a menudo, sin embargo, el virus recombinante nuevo tiene propiedades incompatibles con la supervivencia.

5.3. REDISTRIBUCIN DE GENES Con ciertos virus de ARN, como la influenza y rotavirus, en el que el genoma existe como fragmentos separados, un sencillo intercambio de genes puede ocurrir, un proceso conocido como recombinacin de genes. Tales virus progenie tienen caractersticas que difieren de las de los virus parentales. La frecuencia de los intercambios de genes puede ser muy elevada, mucho mayor, por ejemplo, que la de recombinacin verdadero. Tal redistribucin gentica puede ampliar el acervo gentico del virus y propiciar la aparicin de nuevas y exitosas variantes. Un ejemplo es la aparicin frecuente

de las pandemias de la influenza (en 1918, 1957 y 1968), causada por la redistribucin de genes entre los virus aviar en humanos, y la influenza porcina A. Una nueva mutacin puede ser creada para cruzar la barrera de las especies e infectar a los humanos.

6. RECORDATORIOS Las etapas de la infeccin viral de las clulas son el reconocimiento celular y el apego a un receptor celular, la internalizacin, la transcripcin del genoma para formar ARNm viral, la traduccin del ARNm, la replicacin del genoma, encapsidacin, y la liberacin de nuevos viriones de la clula. El ciclo completo de vida del virus caractersticamente toma 6-8 horas y el nuevo hasta 10 000. Los virus son liberados de cada clula infectada. Algunos virus que contienen ARN como la poliomielitis son de cadena positiva y el genoma acta directamente como ARNm. La hebra negativa de los virus de ARN, como la gripe, poseen un virin asociada a transcriptasa ARN que produce un hebra positiva del ARNm transcrito a partir del ARN del genoma tras la infeccin de la clula. La transcripcin de los virus de ADN, con la excepcin del virus de la viruela, se lleva a cabo por celulares dependientes de ADN-ARN polimerasas. El esquema de Baltimore designa siete estrategias de codificacin del genoma viral: dsDNA, ssDNA, dsRNA, ss de sentido positivo ARN; ss ARN de sentido negativo; ss ARN de sentido positivo con ADN intermedio, y dsDNA con ARN intermedio. Las transcripciones de ARN primarios pueden ser empalmados, permitiendo as varios mRNAs que ha de codificarse en una sola pieza del genoma viral. Mensajes virales tambin puede ser ledo en diferentes marcos de lectura en la etapa de traduccin, de nuevo permitiendo un uso ms extenso de la informacin gentica viral. Control de la expresin genetica viral ocurre en cuatro etapas: configuracin de ADN o ARN viral, en la transcripcin en s mismo (tasa de iniciacin, la utilizacin de factores de transcripcin aguas arriba); ARNm vida media, el empalme de los precursores de ARNm, y el flujo de ARNm del ncleo, y En la traduccin. Los virus pueden florecer las ondas de muchas de las clulas infectadas (que siguen siendo viables) o puede ser liberado instantneamente por lisis celular. La replicacin de los genomas de ARN viral es propenso a errores, lo que genera la diversidad genmica. En contraste, la replicacin de Virus de ADN es extremadamente fiel, como el ADN viral polimerasa tiene una prueba de lectura y funciones de correccin. La recombinacin gentica y la recombinacin de genes puede dar lugar a la diversidad gentica.