Tema 23- cidos nucleicos

Maturita Qumica

Tema 23 - cidos nucleicos

Son biomolculas (construidas por C, H, O, N y P) y macromolculas, polmeros constituidos por cadenas de monmeros llamados nucletidos (unidos entre s mediante enlaces fosfodister). Son responsables del almacenamiento (= uskladovn), interpretacin y transmisin de la informacin gentica. Se encuentran (cromatina1) normalmente asociados a protenas, formando nucleoprotenas

1869 - Friedrich Miescher descubri los cidos nucleicos: aisl de los ncleos de las clulas una sustancia cida a la que llam nuclena, nombre que posteriormente se cambi en cido nucleico Hay dos tipos: ADN y ARN

Componentes de los cidos nucleicos

Pentosas: -D-ribofuranosa -> ARN; -D-desoxiribofuranosa -> ADN
Ribos a Desoxirribo sa

Base nitrogenada: compuestos heterocclicos de C y N de carcter bsico Bases pirimidnicas: - Citosina (C) (2-oxi-4aminopirimidina) -> ADN, ARN - Uracilo (U)(2,4-dioxipirimidina) -> ARN - Timina (T) (5-metil-2,4dioxipirimidina) -> ADN Bases pricas: - Adenina (A) (6-aminopurina) -> ARN, ADN - Guanina (G) (2-amino-6-oxipurina) -> ARN, ADN Grupo fosfato: cido fosfrico (H3PO4)

Nuclesidos (pentosa+base nitrogenada)

As se denomina la molcula que resulta de la unin covalente entre la pentosa y la base nitrogenada. El enlace que las une es de tipo N-glucoslico. Se establece entre el OH hemiacetlico del C1 de la pentosa y el nitrgeno N1 en las bases pirimidnicas o el N9 si es una base prica (se desprende una molcula de H 2O). Slo intervienen 4 de las cinco bases nitrogenada: - Ribonuclesidos: adenosina (con Adenina, A), citidina (Citosina, C), guanosina (Guanina, G) y uridina (Uracilo, U) - Desoxiribonucletisidos: desoxiadenosina, desoxiguanosina, desoxicitidina y timidina

Ver anexo al final del documento

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Nucletidos (Nuclesido + Ac.ortofosfrico)

El nucletido es el nuclesido fosforilado, o sea, es una pentosa unida con una base nitrogenada a la cual se une el cido ortofosfrico (en forma de grupo fosfato). Se unen mediante el enlace ster -> un oxigeno del grupo fosfato se une al C 5 de la pentosa (sutituyendo a su grupo -OH)

Fosfato

Fosfatos orgnicos Ester de fosfato

Los nucletidos son las piezas que forman el cido nuclico. El cido nuclico sera una cadena que puede estar compuesto por miles de ellos (polmero, macromolcula).

Los nucletidos se unen mediante enlace fosfodister 3-5 -> se une el Carbono 3 de una pentosa y el Carbono 5 de otra pentosa. Por lo tanto, un final de la cadena termina con el grupo del carbono 3 libre el otro con el grupo del carbono 5. (Lo mismo con palabras qumicas: El mismo grupo fosfato esterifica al OH en posicin 3 de un nucletido y al OH en posicin 5 de otro nucletido. En una cadena polinucleotdica habr siempre un extremo con el grupo 3 libre y el otro con el grupo 5 libre.

cidos nuclicos:
Los cidos nucleicos resultan de la polimerizacin de nucletidos. Existen dos tipos: ARN y ADN

ARN cido ribonucleico

Es una macromolcula formada por la polimerizacin de ribonucletidos (ribosa como pentosa y A, U, G y C como bases nitrogenadas) Est presente tanto en las clulas procariotas como en las eucariotas y tambin es la nica informacin gentica de algunos virus. Sus funciones estn relacionadas con la interpretacin del mensaje gentico. Mientras que el ADN contiene la informacin gentica, el ARN la expresa (la transcribe y traduce) Es lineal y de hebra sencilla, o sea, es una nica cadena (= monocatenario), aunque en ciertas situaciones puede formar estructuras plegadas complejas donde las bases pricas (adenina y guanina) pueden formar puentes de hidrgeno con las pirimidnicas (uracilo y citosina) segn el esquema C=G y A=U -> por ejemplo el ARNt. Desempea varias funciones: 2

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Dirige la sntesis proteica (donde el ADN no puede actuar, transcribe y traduce la informacin gnica para sintetizar las proteinas) Varios tipos de ARN regulan la expresin gnica, mientras que otros tienen actividad cataltica (= de catalizador)

Tipos de ARN
ARN mensajero (ARNm) (2-5% del total de ARN de la clula) - Consiste en una molcula lineal de nucletidos (monocatenaria), cuya secuencia de bases es complementaria a una porcin de la secuencia de bases del ADN. Es una molcula intermediaria para el traslado de la infomacin gentica entre el ADN y la protena - Son los ARN ms largos y pueden tener entre 1000 y 10000 nucletidos - El ARNm copia transcribe- un trozo de ADN que codifica la informacin gentica sobre la secuencia de aminocidos necesaria para sintetizar una protena y la lleva hasta el ribosoma (lugar en que se sintetizan las protenas de la clula). - Adems, acta como matriz o molde para situar y ordenar los aminocidos de la cadena proteica. - El ARNm dicta con exactitud la secuencia de aminocidos en una cadena polipeptdica en particular. Las instrucciones residen en tripletes de bases a las que llamamos codones. Cada combinacin de tres bases (triplete o codn) codifica a un aminocido espcifico (ver anexo al final). - CONCLUSIN: la secuencia de nucletidos del ARNm determina la secuencia de aminocidos de la protena ARN de transferencia (ARNt) (10% del total de ARN de la clula) - Son cadenas formadas por 75-95 nucletidos (el ms pequeo de todos), se pliega adquiriendo lo que se conoce con forma de hoja de trbol plegada. - El ARNt se encarga de captar y transportar los aminocidos libres del citoplasma al lugar de sntesis proteica (ribosomas). All los coloca en el lugar adecuado que indica la secuencia de nucletidos del ARNm para producir la sntesis de una protena. - En su estructura presenta un triplete de bases complementario de un codn determinado, lo que permitir al ARNt reconocerlo con exactitud y dejar el aminocido en el sitio correcto. A este triplete lo llamamos anticodn. ARN ribosmico (ARNr) - Es muy abundante y representa el 80% del ARN en el ribosoma. Se asocia a protenas para constituir los ribosomas - actan como ribozimas (molcula de ARN con la capacidad cataltica) -> crean los enlaces peptdicos entre los aminocidos en formacin durante la sntesis de protena ARN nucleolar (ARNn) - son molculas precursoras de los ARN que forman los ribosomas

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ADN cido desoxirribonucleico

Son macromolculas formadas por la polimerizacin de desoxirribonucletidos (desoxirribosa como pentosa y A, T, G y C como bases nitrogenadas). Es el portador de la informacin genttica. Un gen -> fragmento de ADN que lleva la informacin necesaria para sintetizar una cadena polipeptdica (una proteina concreta). (ver anexo al final) ADN es capaz de transcripcin, traduccin y replicacin (= proceso que permite al ADN duplicarse) En el hombre pueden alcanzar 50 cm x 2nm de anchura

Estructura primaria: - Es la secuencia ordenada de desoxirribonucletidos (con las bases nitrogenadas A, G, C, T) formando una cadena lineal. Estructura secundaria: - Tiene forma de una doble hlice donde hay dos cadenas polinucleotdicas antiparalelas (una va en la direccin 5-3 y la otra 3-5) y complementarias. - Las dos cadenas estn unidas entre si mediante las bases de cada hlice que se unen dos a dos (de forma complementaria) mediante puentes de hidrgeno: AT o TA y CG o GC la proporcin de bases pricas es siempre la misma que la de bases pirimidnicas (ley de Chargaff) - Este fenmeno se denomina como la complementaridad de las bases cada A de una cadena se une mediante dos puentes de hidrgeno a una T de la otra cadena (A=T) cada G se une mediante tres puentes de hidrgeno a una C (GC).

- La doble hlice tiene estructura helicoidal2 -> las cadenas estn enrrolladas alrededor de un eje imaginario y no pueden ser separadas sin desenrrollarse previamente Estructura terciaria: (ver anexo) - Es el ADN asociado con histonas ( un tipo de proteina bsica), para aumentar el empaquetamiento - Forma la cromatina( -> lo que est dentro de la cromosoma en las clulas eucariticas) - Pueden tener forma de un collar de perlas (nucleosoma = octmero de histonas + 200 pares de bases resulta en una fibra de ADN de 10 nm de grosor) la
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Arrollamiento helicoidal plectonmico

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estructura cristalina (ADN asociado a protaminas; aparece en los espermatozoides de algunos peces) Estructura cuaternaria, empaquetamiento de ADN - Se forma una fibra de 30 nm de grosor cuando el collar de perlas se enrrolla sobre s mismo - Solenoide -> 6 nucleosomas por vuelta

Duplicacin de ADN
Duplicarse (replicarse) = crear dos molculas idnticas (copia). El ADN es capaz de duplicarse gracias a la complementaridad de las bases Proceso de replicacin: Cuando una clula se divide, cada una de las clulas hijas recibe una copia exacta e ntegra de la informacin hereditaria de la clula madre. Es un proceso semiconservatorio -> cada una de las molcula hijas contiene una hebra de la molcula original y otra neoformada; Es un proceso bidireccional (En cada cadena a copia replicacin se realiza en una direccin, en una 53 y en otra 35), en una cadena la replicacin es continua (hebra conductora), en la otra discontinua (hebra retardada). Proceso - requerimientos: - Bases nitrogenada activas trisfosforiladas en el 5 - cebador (= ARN porque la ADN-polimerasa es slo capaz de unir nucletidos a un trozo de cido nucleico ya sintetizado) ADN-polimerasa o es la enzima que cataliza la replicacin o tiene varios centros activos o slo aade nucletidos en el extremo 3, o sea, la direcin 5->3 y al mismo tiempo es capaz de separar nucletidos de los extremos de las cadenas (= la actividad exonucleasa) o intervienen varios tipos de ADN-polimerasas, por ejemplo ADN-polimerasa III Otras enzimas: helicasas (desespiralizan las dos cadenas); girasas y topoisomerasas (eliminan las tensiones); primasas para formar el cebador; ligasa (une los fragmentos formados en la hebra de replicacin descontinua)

Proceso etapas: (Esta seccin, no creo que sea necesaria estudirsela en detalle, slo de forma general, la idea) 1 etapa: iniciacin - La helicasa rompe los puentes de H entre las dos cadenas provocando la aparicin de una burbuja de replicacin. Las girasas y topoisomerasas eliminan las tensiones generadas por la separacin de las cadenas y evitan que se vuelvan a enrollarse. - El proceso es bidireccional, pues en cada extremo de la cadena se forma una horquilla de replicacin. Las primasas sintetizan oligonucletidos de ARN que servirn de cebadores a las ADN-polimerasa III.

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La ADN-polimerasa III aade el primer nucletido (por complementariedad con la cadena molde) al extremo 3 del cebador. 2 etapa: elongacin - La ADN-polimerasa avanza un nucletido en la direccin de sntesis, reconoce el siguiente nucletido de la cadena molde y coloca el nucletido complementario. - A continuacin cataliza la formacin del enlace fosfodister con el nuevo nucletido obteniendo la energa necesaria de la separacin de los dos grupos fosfato sobrantes (recuerda que se van uniendo nucletidos trifosfato). - La hebra conductora es de crecimiento continuo puesto que la horquilla se va abriendo en el mismo sentido que la ADN-polimerasa III aade los nucletidos. - En la hebra retardada, a partir del cebador la ADN-polimerasa III sintetiza unos 1000 nucletidos de ADN, alejndose de la horquilla de replicacin, formndose el denominado fragmento de Okazaki. Segn se va abriendo la horquilla se sintetizan nuevos fragmentos, por lo que podemos decir que la hebra retardada es de crecimiento discontinuo. - Despus, otra ADN-polimerasa (la ADN-polimerasa I) retira los fragmentos de ARN que han hecho de cebador y rellena los huecos con nucletidos de ADN. La ligasa se encargar de unir los fragmentos. 3 etapa: terminacin - La elongacin finaliza en las clulas eucariticas cuando la horquilla de replicacin alcanza a la horquilla vecina. - Se eliminan los ltimos cebadores y se sustituyen por nucletidos de ADN de una forma semejante a la mencionada anteriormente. - En las clulas eucariticas en este proceso de terminacin tiene que intervenir un nuevo enzima, la telomerasa, que aaden a los extremos del cromosoma secuencias de ADN repetitivo no codificante (denominadas telmeros).

Transcripicin del ADN y sintesis de proteinas

El proceso de transcripcin y traduccin del ADN es realizado por el ARN. En la clula eucariota el fragmento de ADN que contiene la informacin correspondiente a la sntesis de una protena es replicada en una hebra (cadena) de ARNm (transcripcin). Esta hebra viaja hasta el ribosoma donde la protena ser sintetizada. Molculas de ARNt captan en el citoplasma los aminocidos que se necesitan y los transportan tambin hasta el ribosoma. All el ARNm acta como molde. En cada codn del ARNm se colocar una molcula de ARNt con su aminocido correspondiente (ver codones y cdigo gentico en anexo). El ARNt reconoce est posicin y se une a ella gracias a su anticodn. 6

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De esta forma la secuencia de nucletidos que codifica la informacin es traducida a la secuencia de aminocidos que formar la protena.

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ANEXO
Cromatina y cromosomas, empaquetamiento del ADN (Wikipedia):
La cromatina es el conjunto de ADN, histonas y protenas no histnicas que se encuentra en el ncleo de las clulas eucariotas y que constituye el cromosoma eucaritico. Cromosoma: En biologa, se denomina cromosoma (del griego , - chroma, color y , - soma, cuerpo o elemento) a cada uno de los pequeos cuerpos en forma de bastoncillos en que se organiza la cromatina del ncleo celular durante las divisiones celulares (mitosis y meiosis). La cromatina es un material microscpico que lleva la informacin gentica de los organismos eucariotas y est constituida por ADN asociado a protenas especiales llamadas histonas. Este material se encuentra en el ncleo de las clulas eucariotas y se visualiza como una maraa de hilos delgados. Cuando el ncleo celular comienza el proceso de divisin (cariocinesis), esa maraa de hilos inicia un fenmeno de condensacin progresivo que finaliza en la formacin de entidades discretas e independientes: los cromosomas. Por lo tanto, cromatina y cromosoma son dos aspectos morfolgicamente distintos de una misma entidad celular (Wikipedia)
Diagrama de un cromosoma eucaritico duplicado y condensado (en metafase mittica).

Las unidades bsicas de la cromatina son los nucleosomas. stos se encuentran formados por 1) Cromtida, cada una de las partes idnticas de un cromosoma luego de aproximadamente 146 pares de bases de longitud (el la duplicacin del ADN. (2) nmero depende del organismo), asociados a un complejo Centrmero, el lugar del cromosoma en el cual ambas cromtidas se especfico de 8 histonas (proteinas) nucleosmicas tocan. (3) Brazo corto. (4) Brazo (octmero de histonas). Cada partcula tiene una forma de largo. disco. Este octmero forma un ncleo proteico alrededor del que se enrolla la hlice de ADN (da aproximadamente 1,8 vueltas). Este tipo de organizacin, permite un primer paso de compactacin del material gentico, y da lugar a una estructura parecida a un "collar de cuentas". Posteriormente, un segundo nivel de organizacin de orden superior lo constituye la "fibra de 30nm" compuestas por grupos de nucleosomas empaquetados uno sobre otros adoptando disposiciones regulares gracias a la accin de la histona H1. Finalmente contina el incremento del empaquetamiento del ADN hasta obtener los cromosomas que observamos en la metafase, el cual es el mximo nivel de condensacin del ADN.
Diferentes de condensacin de ADN .

(1) Hebra simple de ADN. (2) Hebra de cromatina (ADN con histonas, "cuenta de collar"). (3) Cromatina durante la interfase con centrmero. (4) Cromatina condensada durante la profase (Dos copias de ADN estn presentes). (5) Cromosoma durante la metafase.

Genes e informacin Gentica

Todas las clulas contienen la informacin necesaria para realizar distintas reacciones qumicas mediante las cuales las clulas crecen, obtienen energa y sintetizan sus componentes. Est informacin est almacenada en el material gentico, el cual puede copiarse con exactitud para transmitir dicha informacin a las clulas hijas. Sin embargo 8

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estas instrucciones pueden ser modificadas levemente, es por eso que hay variaciones individuales y un individuo no es exactamente igual a otro de su misma especie (distinto color de ojos, piel, etc.). De este modo, podemos decir que el material gentico es lo suficientemente maleable como para hacer posible la evolucin. Un gen es una secuencia lineal organizada de nucletidos en la molcula de ADN (o ARN en el caso de algunos virus), que contiene la informacin necesaria para la sntesis de una macromolcula con funcin celular especfica, normalmente protenas, pero tambin ARNm, ARNr y ARNt. Esta funcin puede estar vinculada al desarrollo o funcionamiento de una funcin fisiolgica. El gen es considerado como la unidad de almacenamiento de informacin gentica y unidad de herencia al transmitir esa informacin a la descendencia. Los genes se disponen, pues, a lo largo de ambas cromtidas de los cromosomas ocupando en el cromosoma una posicin determinada. El conjunto de genes de una especie, y por tanto de los cromosomas que los componen, se denomina genoma. (Wikipedia) La informacin gentica o genoma, est contenida en unas molculas llamadas cidos nucleicos. Existen dos tipos de cidos nucleicos: ADN y ARN. El ADN guarda la informacin gentica en todos los organismos celulares, el ARN es necesario para que se exprese la informacin contenida en el ADN; en los virus podemos encontrar tanto ADN como ARN conteniendo la informacin (uno u otro nunca ambos).

Codones: el cdigo gentico

En el cdigo gentico, cada aminocido est codificado por un codn o varios codones. En total hay 64 codones que codifican para 20 aminocidos y 3 seales de parada de la traduccin. Esto hace que el cdigo sea redundante, lo que se denomina cdigo degenerado, porque hay varios codones diferentes que codifican para un solo aminocido. Tabla 1: Tabla de codones. Ilustra los 64 tripletes posibles. 2 base U C A G

UUU Fenilalanina UUC Fenilalanina UUA Leucina UUG Leucina CUU Leucina CUC Leucina CUA Leucina CUG 4Leucina AUU Isoleucina AUC Isoleucina AUA Isoleucina AUG 1Metionina GUU Valina

UCU Serina UCC Serina UCA Serina UCG Serina CCU Prolina CCC Prolina CCA Prolina CCG Prolina ACU Treonina ACC Treonina ACA Treonina ACG Treonina GCU Alanina

UAU Tirosina UAC Tirosina UAA Ocre Parada UAG 3mbar Parada CAU Histidina CAC Histidina CAA Glutamina CAG Glutamina AAU Asparagina AAC Asparagina AAA Lisina AAG Lisina GAU cido asprtico

UGU Cistena UGC Cistena UGA 2palo Parada UGG Triptfano CGU Arginina CGC Arginina CGA Arginina CGG Arginina AGU Serina AGC Serina AGA Arginina AGG Arginina GGU Glicina
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1 base

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GUC Valina GUA Valina GUG Valina

GCC Alanina GCA Alanina GCG Alanina

GAC cido asprtico GGC Glicina GAA cido glutmico GGA Glicina GAG cido glutmico GGG Glicina

Otros nucletidos de inters biolgico (nucletidos no nucleicos)

1. AMPc - Un grupo fosfato esterifica los OH en posicin 5' y 3'. Acta como segundo mensajero, intermediario entre molculas extracelulares (hormonas, neurotransmisores) y ciertas reacciones intracelulares que conducen a una respuesta celular. 2. ATP y GTP (nucleotidos trifosfato) - Molculas con una elevada energa qumica potencial debido a los enlaces entre los grupos fosfato. Actan como vectores energticos en las reacciones metablicas. 3. FAD, FMN, NAD y NADP - Coenzimas de las deshidrogenasas que intervienen en las reacciones metablicas en las que hay transferencia de protones y electrones (reacciones de xidoreduccin). Todos ellos pueden aparecer en dos formas, una oxidada y otra reducida. - FMN (Flavinmononucletido) derivado de la vitamina B2 (riboflavina) - FAD (Flavinadenindinucletido) derivado de la vitamina B2 (riboflavina) - NAD (Nicotinadenindinucletido) derivado de la niacina (factor PP) - NADP (Nicotinadenindinucletido-fosfato) derivado de la niacina (factor PP) 4. Coenzima A - Adenosina + difosfato + cido pantotnico (vitamina) + b-aminoetanotiol. - Interviene en la transferencia de grupos acilo en el metabolismo de los cidos grasos.

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