Protenas (clase 3)

Los Aminocidos son la subunidad bsica de las protenas (20 aminocidos esenciales) unidos por un enlace covalente (fuerte) denominado enlace peptidico. Todos los aminocidos tienen un - Carbono central - Grupo amino (NH2) forma neutra o desprotonado y cuando esta protonado queda NH3+ (se le agrega un H y queda con carga positiva) **cuando un grupo se puede cargar positiva o negativamente quiere decir que es un grupo ionizable (ej. NH2, COOH) ** Grupo carboxilo (COOH) forma neutra o protonado y cuando esta desprotonado queda COO- (pierde un H quedando con carga negativa) Un hidrogeno Una grupo (cadena lateral) R

De qu va a depender que estos grupos estn cargados o no (el grupo amino, el grupo carboxilo y eventual mente el grupo R)? del pH. A un pH fisiolgico (neutro, pH 7) estos grupos (amino y carboxilo) los vamos a encontrar ionizados (cargados), el grupo amino cargado (+) y por su parte el grupo carboxilo cargado (-) **nunca vamos a encontrar un carboxilo (COOH) cargado positivamente y tampoco vamos a encontrar a un grupo amino (NH2) cargado negativamente** Los aminocidos en general son molculas Quirales, estas estn conformadas por un tomo central (en el caso de los aminocidos seria un carbono) y sus sustituyentes son todos distintos. Casi todos los aminocidos tienen todos sus sustituyentes diferentes a excepcin de la GLICINA; La glicina tiene repetidos uno de sus sustituyentes (el H), la glicina tiene el hidrogeno que todos los aminocidos tienen y en su cadena lateral R tiene otro H. Entonces la Glicina es Aquiral, pero todos los dems aminocidos son molculas Quirales. Es decir los 4 sustituyentes en torno al carbono alfa central SON DIFERENTES, lo que le da ciertas propiedades. (Cuando se habla de sustituyentes se refiere a todo el grupo). Estas propiedades de que la molcula de los aminocidos sea quiral (menos la glicina) es que pueden tener ISOMEROS (estas son molculas que tienen la misma composicin atmica, mismo nmero y tipo de tomos pero estos tomos estn ordenados espacialmente distintos) Aminocidos aromticos contienen un anillo aromtico o anillo bencnico en su cadena lateral R Fenilalanina, Tirosina y Triptfano

Aminocidos No polares, alifticos o con su cadena lateral hidrofobica (esto es porque sus grupos de la cadena lateral R no tienen la opcin de estar cargados es decir no son grupos ionizables y estn principalmente constituidos por carbonos e hidrgenos, estos no tienen diferencia de electronegatividad por lo tanto no atraen ninguno de los 2 a los electrones y por eso no pueden estar cargados por ningn motivo) Por el contrario los grupos que poseen hidroxilos s, porque cuando vemos un OH, el oxigeno y el hidrogeno entre s tienen diferencia de electronegatividad y eso le da una polaridad a la molcula (puede estar cargado o no) Por otra parte se encuentran los aminocidos que son Polares y con carga; * Como los aminocidos cargados positivamente o tambin considerados como aminocidos Bsicos ya que tienen un grupo amino en su cadena R y los grupos aminos tienen la opcin de estar cargados positivos. * Y estn los aminocidos cargados negativamente o aminocidos cidos como el Aspartato o Glutamato (Acido Aspartico o Acido Glutamico) eso es porque tienen grupos carboxilos en su cadena R y estos carboxilos tienen la opcin de estar cargados negativamente.

Para recordar: ENLACE PEPTIDICO enlace covalente entre aminocidos y esa unin siempre involucra un carbono del grupo carboxilo del a y un hidrogeno del grupo amino del a y forma agua es decir es una reaccin de condensacin (no deshidratacin). Es un enlace RIGIDO (no hay posibilidad de girar sino que estn quietos, no hay flexibilidad, Y PLANO(es decir que los tomos que estn en torno a los tomos protagnicos el carbono y el nitrgeno se encuentran ordenados en un mismo plano hablando espacialmente) esto va a influenciar la estructura secundaria de la protena buscando siempre la estabilidad. En una cadena polipeptdica hay que recordar que al extremo derecho siempre va a haber un grupo amino terminal libre (ya que no est formando enlace con otro aminocido) y al otro extremo estar el carboxilo terminal libre. Hay algunas protenas que pueden absorber una longitud particular (280 nn) de onda esto se ocupa con un espectrofotmetro para detectar la presencia de protenas. Por ejemplo en una muestra de orina al pasar el haz de luz se va a obtener una absorbancia, la cual es directamente proporcional a la cantidad de protenas en la muestra. Porque absorben a 280 nn las protenas? Radica en los 3 aminocidos que poseen anillos aromticos (los anillos son en rigor los que absorben la luz) estos aminocidos son fenilalanina triptfano y tirosina. Este anlisis es cualitativo y cuantitativo porque a ms valor de absorbancia hay ms protenas en la muestra. GRUPOS IONIZABLES (cargados o no) Los aminocidos son cidos dbiles cidos son especies qumicas capaces de LIBERAR PROTONES (H+)

Por lo tanto todos los aminocidos pueden liberar protones desde el grupo carboxilo y el amino es decir una reaccin de disociacin y en toda reaccin qumica existe una constante de equilibrio (Keq) o en este caso llamada constante de acides, la que relaciona la concentracin de los productos/sustratos. Si hay una constante de acides tambin hay un menos logaritmo de esta misma, la que se denomina PKa entonces existe un PKa asociado al grupo carboxilo de este aminocido. Este PKa es denominado PK1 que habla de la capacidad de DISOCIACION de liberacin de un protn de este grupo carboxilo de este aminocido. Pero el aminocido no tiene un solo PK porque hay otro sector del que se pueden liberar protones que es el grupo AMINO. Y la disociacin de un protn del grupo amino del aminocido se denomina PK2. DEL PH depende si los grupos van a estar protonados o desprotonados.

Si el pH del medio en el que est el aminocido es MAYOR que el PKa de ese grupo, el grupo estar DESPROTONADO. Si el pH es Menor que el PKa el grupo estar PROTONADO.
(Los valores de PK1 y PK2 son valores fijos establecidos a los aminocidos y no cambian) Algunos grupos R de los aminocidos son ionizables por lo tanto tienen PKr es decir que el grupo R puede estar protonado o no. Los pk1 siempre se mueven entre el margen de 1 y 3 y pk2 entre 8 y 11 RECORDAR (ya que los cidos de desprotonan a pH cido y los aminos a pH bsico) Calcular la carga neta del pptido a pH 10: serina, glicina, tirosina, alanina, leucina PK1 2.21 PK2 9.15 PKr 2.34 9.60 2.20 9.11 10.07 2.34 9.69 2.36 9.60

A pH 10 el grupo AMINO de la SERINA (PK2 9.15) se encuentra DESPROTONADO (pH mayor que el PKa) por lo tanto tiene una carga neutra 0. A pH 10 el grupo R de la TIROSINA (PKr 10.07) se encuentra PROTONADO (pH menor que el PKa) por lo tanto tiene una carga neutra 0 (ya que el grupo R de este aminocido tiene un OH el cual protonado queda con carga neutra y desprotonado con carga negativa 0- ) A pH 10 el grupo CARBOXILO de la LEUCINA (PK1 2.36) se encuentra DESPROTONADO (pH mayor que el PKa) por lo tanto tiene una carga negativa -1 CARGA NETA DEL AMINOACIDO: -1

************************************************************************* Carboxilo Protonado: COOH (carga 0) Carboxilo Desprotonado: COO- (carga -1) OH protonado: OH (carga 0) OH desprotonado: O- (carga -1) Amino Protonado: NH3+ (carga -1) Amino Desprotonado: NH2 (carga 0) SH protonado: SH (carga 0) SH Desprotonado: S- (carga -1)

*************************************************************************
El pH es importante porque dependiendo de este se altera la forma de la protena ya que hay extremos amino y carboxilo terminal y tambin grupos R que a distinto pH van a estar protonados o desprotonados cambiando las interacciones entre estos alterando su forma y por lo tanto su funcin.