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Trabajo

documental 27/Julio/2012 UPQROO

UNIVERSIDAD POLITCNICA DE QUINTANA ROO

BIOTECNOLOGA
Gentica Molecular
Trabajo documental -Mtodos para dar

Ingeniera en

mantenimiento y variacin al material genticoProfa. MBC. Susana Carolina Hernndez Reyes

Matr. 201100079 Grupo: IB511


Edgar No Tec Caamal


27/Julio/2012

Trabajo documental 27/Julio/2012 UPQROO

Tabla de contenido

-MTODOS PARA DAR MANTENIMIENTO Y VARIACIN AL MATERIAL GENTICO-


INTRODUCCIN ........................................................................................................................................................ 3 OBJETIVO ...................................................................................................................................................................... 3 CAPTULOS ................................................................................................................................................................... 3 1.- MTODOS DE MANTENIMIENTO ............................................................................................................................................... 3 1.1.- Errores de la duplicacin y su reparacin ................................................................................................................ 3 1.1.1.- La naturaleza de las mutaciones ............................................................................................................................ 3 1.1.2.- La reparacin de los apareamientos incorrectos elimina los errores que eluden la lectura de prueba. ............................................................................................................................................................................................... 4 1.2.- LESIN DEL ADN ................................................................................................................................................................... 4 1.2.1.- Lesin por hidrlisis y desaminacin ...................................................................................................................... 4 1.2.2.- Dao por alquilacin, oxidacin y radiacin al ADN ....................................................................................... 5 1.2.3.- Anlogos de bases y agentes intercalantes .......................................................................................................... 5 1.3.- REPARACIN DE LAS LESIONES DEL ADN ........................................................................................................................ 5 1.3.1.- Reversin directa de la lesin del ADN ................................................................................................................... 6 1.3.2.- Reparacin por escisin de base ............................................................................................................................... 6 1.3.3.- Reparacin por escisin de nucletido ................................................................................................................... 6 1.3.4.- Mecanismo de reparacin de las roturas bicatenarias ................................................................................... 7 2.- MTODOS DE VARIACIN DEL MATERIAL GENTICO: RECOMBINACIN ........................................................................... 7 2.1.- Recombinacin homloga (tambin llamada recombinacin general) ..................................................... 7 2.1.1.- Recombinacin homloga con el modelo de Holliday ................................................................................... 7 2.2.- Recombinacin no homloga ......................................................................................................................................... 8 2.2.1.- Recombinacin especfica de sitio .......................................................................................................................... 8 2.2.2.- Transposicin .................................................................................................................................................................. 8 CONCLUSIN .............................................................................................................................................................. 9 BIBLIOGRAFA ............................................................................................................................................................ 9

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27/Julio/2012 UPQROO

Mtodos para dar mantenimiento y variacin al material gentico


INTRODUCCIN
La perpetuacin del material gentico de generacin en generacin depende de que se mantenga baja la tasa de mutaciones. Tasas elevadas en la lnea germinal destruiran la especie, mientras que en clulas somticas destruiran al individuo, por ejemplo el cncer. Las clulas vivas necesitan el funcionamiento correcto de miles de genes, cada uno de los cuales podra daarse por una mutacin en muchos sitios de su secuencia o el procesamiento de su ARN mensajero. Dos fuentes de mutacin son: 1) La inexactitud en la duplicacin del ADN (por la tautomerizacin), la maquinaria enzimtica para la duplicacin del ADN intenta hacer frente a la incorporacin inadecuada de nucletidos incorrectos por medio de un mecanismo de revisin o lectura de prueba, pero algunos errores eluden la deteccin; y 2) el dao qumico del material gentico, el ADN no solo sufre lesin espontanea, como la prdida de bases, sino que tambin se afecta por sustancias qumicas naturales y artificiales, as como por la radiacin, que rompen su columna de nucletidos y alteran sus bases por medios qumicos. Los errores de la duplicacin y el dao del material gentico por causas del medio ambiente son inevitables. Una tercera fuente de importante de mutacin que son la clase de inserciones generadas por los elementos de ADN conocidos como transposones. Las mutaciones que se pueden dar por situaciones como las que hemos visto anteriormente, explica porque las clulas desarrollaron mecanismos complejos para identificar y reparar el dao antes de que bloquee la duplicacin o cause una mutacin. Las clulas no soportaran mucho tiempo sin estos mecanismo. Por lo cual la vida y la biodiversidad dependen de un equilibrio feliz entre las mutaciones y su reparacin.

OBJETIVO
Estudiar los mtodos para dar mantenimiento y variacin al material gentico.

CAPTULOS

1.- Mtodos de mantenimiento


1.1.- Errores de la duplicacin y su reparacin

1.1.1.- La naturaleza de las mutaciones


Las mutaciones abarcan casi todo cambio concebible de la secuencia de ADN. Las ms simples son intercambios de una base por otra. Hay dos tipos: Las transiciones, que son sustituciones pirimidina-pirimidina o purina-purina (como T por C y A por G). Las transversiones, que son sustituciones pirimidina-purina o purina-pirimidina (como T por G o A y A por C o T) Otras mutaciones simples son las inserciones o las deleciones (eliminaciones) de un nucletido o una cantidad pequea de nucletidos. Las mutaciones que alteran un solo nucletido se llaman puntuales. Otras clases de mutaciones causan cambios ms drsticos en el ADN, como las inserciones y deleciones extensas, y las reorganizaciones grandes de la estructura cromatnica. Estos cambios podran ser consecuencia , por ejemplo, de la insercin de un transposn, que en los casos tpicos coloca muchos miles de nucletidos de ADN exgeno en las secuencias codificadoras o reguladoras de un gen, o por las acciones de procesos celulares de recombinacin.

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27/Julio/2012 UPQROO Aunque las clulas eucariontes poseen sistemas de reparacin de los apareamientos incorrectos, carecen de MutH (enzima que produce una incisin o corte en una cadena cerca del sitio del mal apareamiento) y del mecanismo de hemimetilacin para marcar la cadena progenitora. En este caso el sistema de reparacin de los apareamientos incorrectos sabe cual cadena es la que hay que corregir porque se diferencia una cadena por la discontinuidad de la sntesis (cadena), o sea los fragmentos de Okasaki.

La maquinaria de duplicacin consigue un altsimo grado de precisin mediante el mecanismo de la revisin o la lectura de prueba (realizado por el componente de exonucleasa 35 del replisoma), que elimina los nucletidos incorporados de modo incorrecto. La lectura de prueba mejora la fidelidad de la duplicacin del ADN. Sin embargo la exonucleasa revisora no es infalible. Algunos nucletidos incorporados de modo incorrecto evaden la deteccin.

1.1.2.- La reparacin de los apareamientos incorrectos elimina los errores que eluden la lectura de prueba.

Hay un mecanismo para detectar y reparar los apareamientos incorrectos. La responsabilidad final de la fidelidad en la duplicacin del ADN recae en este sistema de reparacin de apareamientos incorrectos. Este sistema tiene dos trabajos. Primero busca los apareamientos incorrectos en todo el genoma. Y dado que estos son temporales (porque se les elimina despus de una segunda ronda de duplicacin, momento en el que se convierten en mutaciones) el sistema de reparacin tiene que encontrarlos y repararlos con rapidez. Segundo, el sistema tiene que corregir los apareamientos equivocados con precisin; o se que tiene que reemplazar el nucletido mal Figura 1.- Metilacin DAM en la horquilla de replicacin. incorporado en la cadena que se sintetiza La duplicacin genera ADN hemimetilado en E. Coli. (neosintetizada) y no en el correcto en la cadena progenitora. Ejemplo de reparacin en E. Coli: En el 1.2.- Lesin del ADN sistema de reparacin de los apareamientos incorrectos de E. Coli, en la duplicacin del 1.2.1.- Lesin por hidrlisis y desaminacin ADN se da la hemimetilacin para que este Las mutaciones no solo se originan por sistema pueda reconocer cual es el nucletido errores de la duplicacin del ADN. Algunas mal apareado. Solo las hebras progenitoras mutaciones son consecuencia de factores sern hemimetiladas antes de que la Dam ambientales, como la radiacin y los metilasa metile la cadena neosintetizada. En mutgenos, que son agentes qumicos que consecuencia, esta cadena estar marcada aumentan la tasa de mutacin. Pero el ADN (carecer de grupos metilo), y por ende puede tambin sufre dao espontanea por la accin ser reconocida para su reparacin. Por del agua. consiguiente, la metilacin es un dispositivo El tipo de dao hidroltico ms frecuente e de memoria que permite que el sistema de importante es la desaminacin de la base reparacin de E. Coli recupere la secuencia citosina (en condiciones normales la citosina correcta de la cadena progenitora si se sufre desaminacin espontnea), con lo que cometi un error durante la duplicacin. genera la base no natural (en el ADN) uracilo. Este ltimo se aparea preferentemente con la

Trabajo documental adenina y as introduce esa base en la cadena opuesta durante la duplicacin, en lugar de la G que hubiese sido dirigida por la C. La adenina y la guanina tambin estn sometidas a la desaminacin espontnea. sta de convierte la adenina en hipoxantina, que establece enlaces de hidrgeno con la citosina en lugar de hacerlo con la timina; la guanina se convierte en xantina, que sigue aparendose con la citosina, aunque solo mediante don enlaces de hidrgeno. El ADN tambin sufre despurinacin por hidrlisis espontnea del enlace N-glucosdico y esto produce un sitio absico (o sea desoxirribosa sin una base) en el ADN. A diferencia de los errores de la duplicacin, todas estas reacciones hidrolticas producen alteraciones del ADN que son antinaturales

27/Julio/2012 UPQROO consecuencias de esto es la fusinfotoqumica de dos pirimidinas que ocupan posiciones contiguas en a cadena de polinucletidos. En el caso de dos timinas, el producto de la fusin se conoce como dmero de timina.

Las mutaciones tambin se producen por accin de compuestos que sustituyen las bases normales (anlogos de bases) o que se deslizan entre las bases (agentes intercalantes) y producen errores en la duplicacin. Los anlogos de bases son de estructura similar a la de las bases normales pero difieren en forma que son perjudiciales para la clula. A causa de las diferencias estructurales entre estos anlogos y las bases normales, los anlogos se aparean de manera imprecisa, lo que conduce a errores frecuentes durante el proceso de duplicacin. 1.2.2.- Dao por alquilacin, oxidacin y Uno de los anlogos de bases ms mutagnico radiacin al ADN es el 5-bromuuracilo, un anlogo de la timina. En la alquilacin de transfieren grupos metilo Los agentes intercalantes son molculas o etilo a sitios reactivos en las bases y a planas que contienen varios anillos fosfatos en las columnas de nucletidos del policclicos que se unen a las bases pricas o ADN. Ejemplos de sustancia qumicas son: las pirimidcas del ADN, tambin planas, de modo nitrosaminas y el mutgeno de laboratorio N- que se unen o apilan unas sobre otras en la metil-N1nitro-Nnitrosoguanidina, que es muy doble hlice. Los agentes intercalantes, como potente. la proflavina, la acridina y el etidio, causan la El oxgeno del tomo del carbono 6 de la eliminacin o la adicin de un par de bases o guanina es uno de los sitios ms vulnerables a incluso de unos cuantos pares de bases. la alquilacin. El producto de esta metilacin Cuando esto sucede en un gen, puede haber (O6-metilguanina) con frecuencia se aparea consecuencias profundas en la traduccin de de modo incorrecto con la timina, siendo su ARNm porque desvan la secuencia consecuencia el cambio de par de bases G:C codificadora de su marco de lectura adecuado. por uno A:T cuando se duplica el ADN daado. La oxidacin de la guanina (que puede ser por 1.3.- Reparacin de las lesiones del agentes oxidantes como: O2-, H2O2 ) por ADN ejemplo, genera oxoG que es muy mutgeno Las mutaciones que se pueden dar por porque puede aparearse con la adenina al situaciones como las que hemos visto igual que con la citosina. Si se aparea con la anteriormente, explica porque las clulas adenina durante la duplicacin del ADN, da desarrollaron mecanismos complejos para origen a una transversin de G:C a T:A que es identificar y reparar el dao antes de que una de las mutaciones ms comunes halladas bloquee la duplicacin o cause una mutacin. de los cnceres humanos. Las clulas no soportaran mucho tiempo sin Otro tipo mas de lesiones de las bases lo estos mecanismos. genera la luz ultravioleta. Las bases absorben en gran medida la radiacin y una de las

1.2.3.- Anlogos de bases y agentes intercalantes

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1.3.1.- Reversin directa de la lesin del ADN

Un ejemplo de reparacin por reversin simple del dao del ADN es la fotorreactivacin. sta revierte de modo directo la formacin de dmeros pirimidnicos que son consecuencia de la irradiacin ultravioleta. La enzima ADN-fotoliasa captura energa de la luz y la utiliza para romper os enlaces covalentes que unen la pirimidinas contiguas, las bases daadas se reparan de manera directa.

1.3.2.- Reparacin por escisin de base


La manera ms frecuente en que el ADN se deshace de las bases daadas est determinada por los sistemas de reparacin que eliminan y reemplazan estas bases alteradas. Los dos sistemas de reparacin principales son: la reparacin por escisin de base y la reparacin por escisin de nucletido. En la primera, una enzima llamada glucosilasa reconoce y elimina la base daada mediante la hidrlisis del enlace glucosdico. Despus de que el nucletido daado se elimin por completo de la columna (porque la cadena azcar-fosfato es cortada en el lado 5 del sitio absico por una AP endocnucleasa. Tambin hay un corte en el lado 3 para eliminar el residuo de azcar, igual a cargo de unas AP endonucleasa o por un actividad AP liasa), una DNA polimerasa y una DNA ligasa reparadoras restauran la integridad de la cadena mediante el uso de la cadena no daada como plantilla. Ver figura 2.

1.3.3.- Reparacin por escisin de nucletido

Esta reparacin acta sobre una amplia variedad de lesiones, normalmente de gran entidad, tales como la modificacin con grandes grupos o distorsiones de la estructura en doble hlice. La lesin es

Figura 2.- Reparacin por escisin de base. a) el sitio daado (nube) es reconocido por una ADN glucosilasa. b) La base es eliminada mediante el corte del enlace glucosdico. La cadena azcar- fosfato no se rompe. c) La cadena azcar-fosfato es cortada en el lado 5, y tambin hay un corte en el lado 3 para eliminar el residuo de azcar. d) El hueco de un nico nucletido de rellenado por una ADN polimerasa, e) la mella que queda es sellada por una ADN ligasa.

Trabajo documental reparada por un complejo enzimtico que corta a varios nucletidos de distancia a ambos lados de la base o bases daadas, de forma que la lesin se elimina como parte de un oligonucletido. En E. coli , un complejo de escisin de la lesin, que contiene UvrA, UvrB y UvrC, reconoce el dao y practica dos cortes endonucleolticos, uno 3-5 nucletidos ms debajo de la lesin y el otro 8 nucletidos ms arriba de la lesin. La lesin se elimina como parte de un oligonucletido de 12-13 nucletidos de la longitud. El proceso comienza con el reconocimiento de la lesin por UvrA. La apertura de las hebras por UvrB (una helicasa) requiere energa. A continuacin se une UvrC, que cataliza el corte a ambos lados de la lesin. Una ADN polimerasa llena el hueco y una ligasa sella la fisura o mella. El principio de la reparacin por escisin de nucletidos en las clulas eucariontes es muy semejante al del mecanismo de E. Coli pero la maquinaria para detectar, escindir y reparar el dao es ms complicada y comprende 25 protenas.

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2.- Mtodos de variacin del material gentico: Recombinacin


La recombinacin es el intercambio de informacin gentica. Hay dos tipos bsicos de recombinacin, la recombinacin homloga y la recombinacin no homloga, ambas veremos de que se tratan.

2.1.- Recombinacin homloga (tambin llamada recombinacin general)


Esta recombinacin tiene lugar entre secuencias idnticas o casi idntica, por ejemplo, entre los cromosomas paternos y maternos de una pareja. Mas bien, el cromosoma heredado del padre contiene porciones procedentes de sus dos progenitores. Esto forma parte del proceso normal de alineamiento y segregacin de los cromosomas, necesario para asegurar que cada clula germinal reciba un solo conjunto haploide de cromosomas durante la meiosis. Esta recombinacin es recproca, pes transfiere parte de un cromosoma a otro y viceversa. Se mezcla la combinacin de genes antes de que pasen a la generacin siguiente, generando diversidad gentica. La recombinacin tambin es importante para la replicacin y la reparacin del ADN.

1.3.4.- Mecanismo de reparacin de las roturas bicatenarias

La recombinacin del ADN tambin contribuye a reparar errores en su duplicacin. Aunque la cadena de plantilla no pueden obtenerse de la otra molcula hija de la horquilla replicativa por recombinacin. El mecanismo de reparacin de roturas bicatenarias slo puede operar cuando en la clula est el hermano del cromosoma roto. En circunstancias donde el cromosoma se rompe al inicio del ciclo celular, antes de que se genere un hermano por duplicacin del ADN, entra en juego un sistema de seguridad conocido como unin de extremos no homlogos. (NHE) = nonhomologous end joining.

2.1.1.- Recombinacin homloga con el modelo de Holliday El modelo de Holliday ilustra muy bien los procesos de la invasin de las cadenas, la migracin de las ramas y la resolucin de las uniones de Holliday, todas de importancia capital en la recombinacin homloga.

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2.2.2.- Transposicin La transposicin es el movimiento de trozos especficos de ADN en el genoma. La transposicin est catalizada por enzimas especficas al igual que en el caso de la recombinacin especfica de sitio. Algunos trozos de ADN, denominados transposones, tienen dos propiedades clave que les permiten moverse libremente dentro de un cromosoma. Codifican transposasas y tienen secuencias de insercin que son reconocidas por las transposasas. stas reconocen las repeticiones invertidas de los extremos, as como el sitio de insercin, corta ambos y los liga. 2.3.- Recombinacin V(D)J El sistema inmunolgico de los vertebrado tiene la funcin de reconocer y defender de organismos invasores, tales como bacterias, virus, clulas eucariontes patgenas, etc. Las clulas que se encargan del reconocimiento son las clulas B y las clulas T. Las primeras producen anticuerpos que circulan por el torrente sanguneo, mientras que las otras producen protenas receptoras (TCR T cell receptor-) que se unen al antgeno. Para que este mecanismo se lleve de manera exitosa estas protenas deben de reconocer una amplia gama de molculas. El mecanismo principal por el que esto es posible es la recombinacin V(D)J La letra V es de variable, D, de diversidad y J, de unin-. Cabe mencionar que la recombinacin son reacciones de rearreglos del secuencias especficas de ADN. A continuacin se muestra un ejemplo de recombinacin V(D)J.

Figura 4.- Modelo de Holliday a travs de los pasos de la migracin de las ramas. Obsrvese que Ay a, B y b y C y c especifican alelos diferentes y poseen secuencias de ADN algo distintas. Por consiguiente el ADN heterodplex con estos genes exhibir algunos apareamientos incorrectos (d), por ejemplo no se unir la C con A.

2.2.- Recombinacin no homloga


2.2.1.- Recombinacin especfica de sitio En la recombinacin sitio especfica, enzimas especficas catalizan la integracin de una secuencia en determinados sitios del ADN. La integracin del bacterifago ! es el mejor ejemplo estudiado. La integrasa ! cataliza el corte especfico del ADN de ! y de una secuencia especial en el cromosoma de E. Coli, y tambin cataliza el splicing posterior. Es un proceso reversible y la secuencia integrada de ! puede escindir del cromosoma. Hay importantes ejemplos de control de procesos mediante recombinacin especfica de sitio, tales como la conversin del tipo de apareamiento en levadura y el cambio de fase en los tripanosomas.

Figura 5.- Rearreglo durante la diferenciacin de clulas B (productoras de anticuerpos).

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CONCLUSIN
Las mutaciones se dan de manera comn (como las transiciones) y continuas en el ADN, habiendo diferentes tipos de daos que le pueden ocurrir como las transversiones, las deleciones y eliminaciones, al igual que las lesiones por factores ambientales como la radiacin, agentes mutagnicos, etc. Sin embargo para contrarrestarlos la clula cuenta con mecanismos que se encargan de reparar esos daos, con el fin de mantener intacta la informacin gentica tales como la escisin de bases y nucletidos, los cuales remueven las bases y nucletidos respectivamente, y los cambien por los adecuados. Por lo cual se puede puntualizar que la vida depende grandemente del equilibrio entre mutaciones y reparaciones, aunado a que favorece la diversidad tambin.

BIBLIOGRAFA

1.- Devlin T. M. Bioqumica. 4 ed, Libro de texto con aplicaciones clnicas. Espaa: Revert; 2004. 1219 p. 2.- James D. Watson, Baker T. A., Bell S. P., Gann A., Levine M., Losick R. Biologa molecular del gen. 5 ed. Giovanello O., Negrete J., Tzall K, traduccin. Madrid: Medica Panamericana; c2008. 762 p.

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