Taller 1 y 2

1. Qu es un aminocido? Por qu los aminocidos presentan actividad ptica?

Los aminocidos son los monmeros de las protenas. Dos aminocidos se combinan en una reaccin de condensacin que libera agua formando un enlace peptdico. Los aminocidos estn formados por un carbono unido a un grupo carboxilo, un grupo amino, un hidrgeno y una cadena R de composicin variable, que determina las propiedades de los diferentes aminocidos; existen cientos de cadenas R por lo que se conocen cientos de aminocidos diferentes. En los aminocidos naturales, el grupo amino y el grupo carboxil se unen al mismo carbono que recibe el nombre de alfa asimtrico. Estos dos restos aminocidos forman un dipptido. Si se une un tercer aminocido se forma un tripptido y as, sucesivamente para formar un polipptido. Son sustancias cristalinas, casi siempre de sabor dulce; tienen carcter cido como propiedad bsica y actividad ptica.

Actividad optica: Todos los aminocidos excepto la glicina, tienen el carbono alfa asimtrico lo que les confiere actividad ptica; esto es, que desvian el plano de polarizacin cuando un rayo de luz polarizada se refracta en la molcula. Si el plano es a la derecha, se denominarn dextrgiras y las que lo desvian a la izquierda se denominan levgiras. Adems, cada aminocido puede presentar configuracin D o L dependiendo de la posicion del grupo amino en el plano. Esta ltima configuracion D o L es independiente de las formas dextrgira o levgira. Segn el ismero, desviar el rayo de luz polarizada hacia la izquierda (levgiro) o hacia la derecha (dextrgiro) el mismo nmero de grados que su esteroismero. El hecho de que sea dextrgiro no quiere decir que tenga configuracin D. La configuracin D o L depende de la posicin del grupo amino (L si est a la izquierda segn la representacin de Fisher). 2. Dibuje el aminocido Alanita Cul es la forma de este aminocido que predomina ph neutro?

3. Los aminocidos pueden clasificarse segn la polaridad de los grupos R. Complete la siguiente lista utilizando el cdigo de 3 letras: No polares: Gli-Ala-Val-Leu-lie-Met-Prop-Fen-Trp Polares sin carga: Ser-Tre-Asn-Gln-Tir-Cis Polares con carga: Lis-Arg-His-Asp-Glu Complete la siguiente lista utilizando el codigo de 1 letra: No polares: G-A-V-L-l-M-P-F-W Polares sin carga: S-T-N-Q-Y-C Polares con carga: K-R-H-D-E 4. La glicina puede obtenerse comercialmente en 3 formas: Clorhidrato de glicina, glicina isoelectrica(glycine,free base) y la sal sodica (glicinato de sodio). Dibuje las 3 estructuras de estas 3 formas:

Una solucin de clorhidrato de glicina (cuyo pH inicial era 1.72) fue titulada con una solucin de NaOH 1M, de la siguiente forma: Sobre 50 mL de solucin de clorhidrato de glicina se agreg 0.5 mL de NaOH 1M; luego de mezclar bien la solucin, se midi el pH con un pH-metro. El agregado de NaOH se repiti sucesivamente hasta que el pH registrado fue cercano a 12. Los valores experimentales obtenidos estn en la tabla siguiente:
V(ml) 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 Ph 1.82 2.15 2.24 2.30 2.33 2.36 2.37 V(ml) 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 Ph 2.41 2.75 5.95 8.05 8.98 9.22 9.51 V(ml) 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0 Ph 9.58 9.62 9.68 10.00 10.96 11.80

Trazar la curva de titulacin (variacin de pH en funcin del volumen de NaOH agregado). Analizar las especies predominantes en cada regin de la curva de titulacin con sus correspondientes ecuaciones. A partir de la curva experimental, determinar los valores de pKa y el pI del aminocido. A qu pH es mximo el poder amortiguador? A qu pH es mnimo?

5. Esquematice las curvas de titulacin que esperara para los aminocidos His, Ala, Glu y Lys. (b) Calcule el punto isoelctrico de cada uno de ellos. (c) Cul es la forma que predomina a pH neutro? 6. Cules de los aminocidos tienen capacidad reguladora de pH en la zona fisiolgica (entre pH6 y pH 8)? 7. Indique el o los rangos de amortiguacin de los aminocidos Gly,Asp,Lys. 8. Elija aminocidos que amortiguen a ph 4,ph 6,ph 9 y ph 12. 9. Para el grupo e-amino de Lys, Qu fraccion estara protonada a ph 9.5?

10. Investiga sobre: a. Electroforesis: La electroforesis es una tcnica para separar tipos de molculas relativamente similares. El proceso comienza colocando una muestra en el extremo del gel con un tampn adecuado. Se hace pasar la corriente elctrica a travs del gel, de manera que las molculas migran segn propiedades como el tamao, la forma o el punto isoelctrico. La electroforesis en gel se utiliza generalmente con propsitos analticos, pero puede ser una tcnica preparativa para purificar molculas parcialmente antes de aplicar una espectroscopa de masas, una PCR, una clonacin o una secuenciacin de ADN. La primera parte del nombre, electroforesis, se refiere a la fuerza electromotriz que es empleada para desplazar las molculas a travs del gel. Al situar las molculas en el gel y aplicar una diferencia de potencial elctrico, las molculas se mueven a diferentes velocidades, hacia el ctodo, si estn cargadas positivamente, y hacia el nodo, si estn cargadas negativamente (en una electroforesis, los electrodos se comportan igual que en una cubeta electroltica). La segunda parte del nombre, gel se refiere a la matriz usada para separar las molculas. En muchos casos un gel es un polmero entrelazado de porosidad controlable. Cuando la separacin es de protenas, ADN o cidos nucleicos pequeos (ADN, ARN o ribonucletidos), el gel est compuesto por diferentes concentraciones de acrilamida/bis-acrilamida y un iniciador de la polimerizacin, para producir redes de poliacrilamida de diferentes tamaos. Para separar cidos nucleicos grandes (ms de unos centenares de bases), la matriz empleada es agarosa purificada. En ambos casos, el gel forma una matriz slida pero porosa. La acrilamida, en contraste con la poliacrilamida, es una neurotoxina y debe ser manejada cuidadosamente para evitar envenenamientos. Fundamento: Cuando una mezcla de molculas ionizadas y con carga neta son colocadas en un campo elctrico, estas experimentan una fuerza de atraccin hacia el polo que posee carga opuesta, dejando transcurrir cierto tiempo las molculas cargadas positivamente se desplazaran hacia el ctodo (el polo negativo) y aquellas cargadas positivamente se desplazaran hacia el nodo (el polo positivo). El movimiento de las molculas esta gobernado tambin por dos fuerzas adicionales; inicialmente la friccin con el solvente dificultar este movimiento originando una fuerza que se opone , por otro lado las molculas tienen que moverse en forma aleatoria o movimiento browniano debido a que poseen energa cintica propia denominado difusin. La energa cintica de las molculas aumenta con la temperatura, por ello a mayor temperatura mayor difusin. La suma de todas estas fuerzas provoca que las molculas no migren de una manera homognea, de tal manera que, si las molculas son colocadas en un cierto lugar de solucin, los iones comenzaran a moverse formando un frente cuya anchura aumentara con el tiempo. Para reducir la anchura de este frente podemos reducir el movimiento de las molculas empleando un medio que oponga mas resistencia a dicho movimiento. Una forma comn de hacer esto es formar un gel. El gel consiste de un polmero

soluble de muy alto peso molecular que atrapa molculas de agua y forma un tamiz que dificulta el movimiento de los solutos, consecuentemente, la migracin electrofortica de las molculas ser mas lenta, pero el ensanchamiento del frente se vera reducido tambin. Mtodos electroforeticos zonales: Son los ms comunes, dada su alta aplicabilidad en diferentes campos. Son tiles para lograr la separacin de mezclas complejas. Se aplican pequeas cantidades de la disolucin de protenas a un soporte slido, que se impregna con una solucin tampn. Los soportes son en general polmeros y forman un gel poroso que restringe el movimiento de las molculas a travs del medio durante la electroforesis y disminuyen los flujos de conveccin del solvente. Como soporte han sido utilizados papel (celulosa), almidn, poliacrilamida, agarosa y acetato de celulosa, entre otros. Este mtodo tiene gran poder resolutivo por que se aplica una cantidad pequea de protena a una zona estrecha, mientras que la longitud del trayecto es mucho mayor que la zona de aplicacin. El equipamiento requerido es simple, fuente de poder, cubeta vertical u horizontal donde se colocan el soporte y dos electrodos Los ms utilizados son: Electroforesis en gel de poliacrilamida. Electroforesis en geles de gradientes. Electroforesis en geles de agarosa. Electroforesis capilar. Isoelectroenfoque. Electroforesis bidimensional.

b. Aminocidos:
Los aminocidos (aa) son molculas orgnicas pequeas con un grupo amino ( NH2) y un grupo carboxilo (COOH). La gran cantidad de protenas que se conocen estn formadas nicamente por 20 aa diferentes. Se conocen otros 150 que no forman parte de las protenas. Todos los aminocidos tiene la misma formula general:

Generalmente, el nmero de AA que forman una protena oscila entre 100 y 300. Los enlaces que participan en la estructura primaria de una protena son covalentes: son los enlaces peptdicos. El enlace peptdico es un enlace amida que se forma entre el grupo carboxilo de una AA con el grupo amino de otro, con eliminacin de una molcula de agua. Independientemente de la longitud de la cadena polipeptdica, siempre hay un extremo amino terminal y un extremo carboxilo terminal que permanecen intactos.

Propiedades:

cido-bsicas. Comportamiento de cualquier aminocido cuando se ioniza. Cualquier aminocido puede comportarse como cido y como base, se denominan sustancias anfteras. Cuando una molcula presenta carga neta cero est en su punto isoelctrico. Si un aminocido tiene un punto isoelctrico de 6,1 a este valor de pH su carga neta ser cero Los aminocidos y las protenas se comportan como sustancias tampn. pticas. Todos los aminocidos excepto la glicina, tienen el carbono alfa asimtrico lo que les confiere actividad ptica; esto es, que desvian el plano de polarizacin cuando un rayo de luz polarizada se refracta en la molcula. Si el plano es a la derecha, se denominarn dextrgiras y las que lo desvian a la izquierda se denominan levgiras. Adems, cada aminocido puede presentar configuracin D o L dependiendo de la posicion del grupo amino en el plano. Esta ltima configuracion D o L es independiente de las formas dextrgira o levgira. Segn el ismero, desviar el rayo de luz polarizada hacia la izquierda (levgiro) o hacia la derecha (dextrgiro) el mismo nmero de grados que su esteroismero. El hecho de que sea dextrgiro no quiere decir que tenga configuracin D. La configuracin D o L depende de la posicin del grupo amino (L si est a la izquierda segn la representacin de Fisher) Qumicas. Las que afectan al grupo carboxilo (descarboxilacin). Las que afectan al grupo amino (desaminacin). Las que afectan al grupo R.

Clasificacin segn su cadena:

Los aminocidos se clasifican habitualmente segn las propiedades de su cadena lateral:

Neutros polares, polares o hidrfilos : Serina (Ser,S), Treonina (Thr,T), Cistena (Cys,C), Asparagina (Asn,N), Glutamina (Gln,Q) y Tirosina (Tyr,Y). Neutros no polares, apolares o hidrfobos: Glicina (Gly,G), Alanina (Ala,A), Valina (Val,V), Leucina (Leu,L), Isoleucina (Ile,I), Metionina (Met,M), Prolina (Pro,P), Fenilalanina (Phe,F) y Triptfano (Trp,W). Con carga negativa, o cidos: cido asprtico (Asp,D) y cido glutmico (Glu,E). Con carga positiva, o bsicos: Lisina (Lys,K), Arginina (Arg,R) e Histidina (His,H). Aromticos: Fenilalanina (Phe,F), Tirosina (Tyr,Y) y Triptofano (Trp,W) (ya incluidos en los grupos neutros polares y neutros no polares).

11. Cuando los aminocidos estn formando cadenas polipeptdicas, los pK de las cadenas laterales estn influenciados por el contexto de la molcula de la cual forman parte, y por lo tanto los pK pueden diferir de los valores observados en los aminocidos libres. (a) A los fines de este ejercicio, suponga que estos pK son los que se dan en la tabla, y calcule el punto isoelctrico de los tripptidos del ejercicio anterior. (b) En cada caso, cul sera la carga de las especies que espera encontrar a pH 6.5?

12. Cuando los aminocidos estan formando cadenas polipeptidicas, los pk de las cadenas laterales estan influenciados por el contexto de la molcula de la cual forman parte, y por lo tanto los Pk pueden diferir de los valores observados en los aminocidos libres. a. A los afines de este ejercicio, suponga que estos Pk son los que se dan en la tabla y calcule el punto isoelectricode los tripeptidos del ejercicio anterior. b. en cada caso,cual seria la carga de las especies que espera encontrar a ph 6.5?

Investiga sobre la estructura de las protenas en: http://depa.pquim.unam.mx/proteinas/estructura/index.html http://www.biorom.uma.es/contenido/av_biomo/material.html http://www.wiley.com/legacy/college/boyer/0470003790/chapter/chapter.htm

(2) Enumere las caractersticas del enlace peptdico. (3) Dibuje el dipptido Gly-Ala. Seale el enlace peptdico, los enlaces que pueden rotar y los que no pueden rotar.

(4) Se consideran cuatro niveles de organizacin en la estructura de las protenas. Cules son?. Describa brevemente cada uno.

Nombre dos tipos de conformaciones regulares que representan la estructura secundaria de una protena. Descrbalos brevemente.

(6) Complete los siguientes prrafos: ! La hlice es una configuracin regular donde hay .................. aminocidos por cada vuelta de hlice, con un paso de rosca de ............ nm. La distancia axial entre los aminocidos es de .............. nm. Las cadenas laterales de los residuos aminoacdicos se ubican en forma ....................... con respecto al eje mayor de la hlice. Se forman ................ de ................. entre grupos peptdicos. En ellos participan tomos de ............ y de .......... separados por ............. restos aminoacdicos en la secuencia peptdica. Previenen la formacin de la hlice los residuos de .............., o la presencia de residuos consecutivos con cargas ........... ! La hoja plegada se forma entre cadenas polipeptdicas conectadas por .............. de ................. Las cadenas laterales de los restos aminoacdicos se disponen hacia ............... y hacia ............... del plano de la hoja. La distancia entre dos residuos es de .......... nm. Las cadenas polipeptdicas pueden orientarse en forma ............... o ............... Las hojas plegadas suelen formarse en regiones con grupos R compactos.

Suponga que la estructura de una protena globular determina que las cadenas laterales de algunos de los siguientes aminocidos de su secuencia queden expuestas hacia la superficie: Glutamato Asparagina Lisina Alanina Serina Qu tipo de interacciones podran ocurrir entre esas cadenas laterales y el agua? (8) Verdadero o falso? ! Los grupos amino y carboxilo terminales constituyen un porcentaje alto de los grupos cargados en la protena. (V) (F) ! Toda la informacin necesaria para la estructura espacial de todas las protenas est determinada por su estructura primaria. (V) (F) ! Los disolventes orgnicos desnaturalizan las protenas porque impiden las interacciones inicas. (V) (F) ! Los puentes disulfuro se establecen fundamentalmente entre residuos de cistena prximos en el espacio. (V) (F)