Aplicacin: Plegamiento de RNA como sistema de dos estados[editar]

Los fenmenos ms comunes en la naturaleza corresponden proceso de plegamiento del RNA (Acido Ribonucleico), sin embargo a pesar de ser un proceso complejo, se puede minimizar su estudio a partir de la aplicacin del modelo de dos estados, gracias a que este se ajusta a los resultados experimentales. El plegamiento
de protenas es el proceso por el cual una estructura de la protena asume su forma funcional o conformacin. Es el proceso fsico mediante el cual un polipptido se pliega en su estructura tridimensional caracterstica y funcional

Una protena totalmente desnaturalizada tanto carece de estructura secundaria y terciaria, y existe como una bobina de llamada al azar. Bajo ciertas condiciones, algunas protenas pueden replegamiento, sin embargo, en muchos casos, la desnaturalizacin es irreversible. Las clulas a veces protegen sus protenas contra la influencia de desnaturalizacin de calor con las enzimas conocidas como chaperones o protenas de choque trmico, que ayudan otras protenas tanto en el plegado y en permanecer doblado. Algunas protenas nunca veces en las clulas en absoluto, excepto con la ayuda de molculas chaperonas, que, o bien aslan protenas individuales, de modo que su plegado no se interrumpe por la interaccin con otras protenas o ayudar a desplegar protenas mal plegadas, dndoles una segunda oportunidad para replegar correctamente. Esta funcin es crucial para prevenir el riesgo de precipitacin en agregados amorfos insolubles. El biopolmero de RNA constituye la molcula fundamental para el almacenamiento y transformacin de informacin como tambin un agente catalizador de sustancias qumicas. Y es precisamente en procesos de divisin celular y sntesis protenica en donde se evidencias los efectos del despliegue del RNA, que a su vez es un efecto de la aplicacin de fuerzas de tipo mecnico, y que se pueden analizar a partir de la biofsica del sistema. A pesar de que la energa del plegamiento del RNA es muy compleja, su comportamiento general es el de un sistema de dos estados posibles: plegado y desplegado. En donde a medida que se aumenta la fuerza, disminuye el tamao del plegado. Se encontr entonces que el trabajo realizado por la fuerza externa ( F=F_{abierto} - F_{cerrado} entre los dos estados, y de esa manera se controlaba la el salto de la horquilla entre aplica fuerzas superiores a la fuerza crtica el sistema sale de su equilibrio y se despliega, mientras que para fuerzas menores a la fuerza crtica, la molcula permanecer en el estado

plegado. Para Fcritica la molcula pasa igual tiempo en ambos estados. As se logro controlar en tiempo real las variables de reaccin termodinmicas y cinemticas Sin embargo, lo maravilloso de las protenas no termina ah. Si bien es cierto que las protenas son molculas lineales de aminocidosunidas mediante un tipo especial de enlaces, cuando una molcula de este tipo es sintetizada, inmediatamente inicia un proceso dereacomodo como el que ocurrira si tomramos un hilo y lo hiciramos bolita. A este proceso se le conoce como el plegamiento de laprotena, y es de una importancia fundamental por la siguiente razn. Si nos imaginamos la cadena de aminocidos, uno tras otro, cadauno de esos aminocidos tiene elementos qumicos colocados en una cierta estructura. A la hora de plegar esa cadena, algunos de esoselementos quedarn acomodados al interior de la madeja, mientras que otros quedarn por fuera. Dependiendo de cules quedarondentro y cules quedaron fuera, la protena actuar como atractor o repulsor de otros elementos qumicos. Dicho en otras palabras, lamisma protena puede tener diferentes funciones qumicas dependiendo de cmo se pliegue. La estructura tridimensional de la protena esla que define la funcin qumica de la misma y no solamente la secuencia de aminocidos. Pero lo ms interesante de todo esto es que anno es claro para los cientficos cmo es que la protena sabe como plegarse de manera que su funcin sea la apropiada. Por supuestoque esto ha generado una serie de hiptesis atrayendo la atencin de muchos investigadores. Todos ellos modelan de alguna manera lasmolculas de protenas y simulan en computadoras cmo ocurrira el proceso de plegamiento, para luego analizar la funcin qumica de lamolcula y compararla con resultados experimentales l aplicar precisas fuerzas mecnicas a los extremos de las molculas individuales de ARN,unos investigadores han desplegado y replegado exitosamente las molculas. Segn loscientficos, las mediciones de las fuerzas necesarias para desplegar y replegar estasmolculas producirn nueva informacin sobre cmo las molculas de ARN consiguen susestructuras tridimensionales establesTradicionalmente, los cientficos han intentado estudiar el desplegamiento fundiendo lasmolculas con temperatura o desnaturalizndolas con productos qumicos. Pero el problemacon esas metodologas es que medan masivos nmeros de molculas a la vez y hacan unpromedio final de esa extensa poblacin. Sumado al problema de que cada molcula puedetomar una va diferente para desplegarse Para medir la fuerza necesaria para desplegar una sola molcula de ARN, Bustamante y suscolegas unieron a cada extremo de la molcula a estudiar una bolita de plstico microscpicaa travs de manijas de ARN/ADN. Utilizaron una trampa ptica que consista en un rayolser que sostena y meda la fuerza en una bolita, a medida que un actuador piezoelctricounido a la otra bolita provea de las diminutas fuerzas que son requeridas para desplegar lamolcula. Los cientficos tambin utilizaron la tcnica para medir el cambio en la longitud dela molcula a medida que sta se desplegaba. Este sistema elimin el problema de hacer el promedio de una gran cantidad de molculas yel problema de las mltiples vas de reaccin, dijo Bustamante, porque a medida quetiramos, seguimos el desplegamiento de una sola molcula a lo largo de una va enparticular.En sus experimentos, los cientficos desplegaron tres clases de molculas de ARN, cada unams compleja que la anterior:

la ms simple, una estructura de ARN en forma de horquilla plegada un ARN que tambin contena una hlice empalmada ms compleja que se encuentra en muchos ARNs plegados la ms compleja, un ARN que tena una protuberancia en su estructura, y quepuede lograr una estructura terciaria. En un primer momento, queramos estudiar un ribosoma completo, dijo Bustamante, perocuando se hizo evidente la complejidad que estbamos observando cuando tirbamos delribosoma, nos dimos cuenta que iba a ser imposible entender todo desde un principio. Enltima instancia, nos dimos cuenta que dado que las molculas de ARN son jerrquicas en suestructura, siendo cada dominio relativamente independiente, sera posible sintetizar losdiferentes dominios de la molcula y despus tirar de cada tipo de dominio para entendersus caractersticas Segn los cientficos, las mediciones de las fuerzas necesarias para desplegar y replegar estas molculas producirn nueva informacin sobre cmo las molculas de ARN consiguen sus estructuras tridimensionales estables. En un artculo publicado en el nmero del 27 de abril de 2001, de la revista Science , el investigador del Instituto Mdico Howard Hughes, Ca Las tcnicas experimentales para el estudio de plegamiento de protenas ESPECTROSCOPIA DE RESONANCIA MAGNTICA NUCLEAR DE PROTENAS El plegamiento de protenas se estudia de forma rutinaria utilizando espectroscopa de RMN, por ejemplo mediante la monitorizacin de intercambio hidrgeno DICROSMO CIRCULAR Dicrosmo circular es una de las herramientas ms generales y fundamentales para el estudio de plegamiento de protenas. Espectroscopa de dicrosmo circular mide la absorcin de la luz polarizada circularmente. En las protenas, estructuras tales como las hlices alfa y lminas beta son quirales, y por lo tanto absorben esta luz. INTERFEROMETRA DE DOBLE POLARIZACIN Interferometra de doble polarizacin es una tcnica basada en la superficie para la medicin de las propiedades pticas de las capas moleculares. Cuando se usa para caracterizar el plegamiento de protenas, MODELADO DE PLEGAMIENTO DE PROTENAS tcnicas de clculo de prediccin de estructura de protenas estn relacionadas con, pero estrictamente distinta de los estudios experimentales de plegamiento de protenas.