Clase 1: Conceptos generales

Caractersticas de los seres vivos: Elevado grado de complejidad qumica y organizacin microscpica. Sistema de extraccin, transformacin y uso del estado del medio externo. Capacidad de auto-replicacin y auto-ensamblaje. Mecanismos de deteccin y adaptacin a cambios externos. Existencia de funciones definidas para cada uno de sus componentes y regulacin de las interacciones entre ellos. Historia de cambios evolutivos. Cundo aparece la vida en la Tierra? DNA o RNA? Nosotros tenemos la habilidad de transformar energa, porque necesitamos para realizar trabajo. Somos capaces de extraer energa a temperatura constante, porque las reacciones, conversin final el CO2 y H2O, ocurren por medio de catalizadores. En el caso nuestro stos son protenas. Durante la evolucin fue el ADN el que permiti este uso de energa? La primera molcula que se detect fue el RNA. ste tiene una caracterstica que no la tiene el DNA, puede catalizar reacciones; carcter de ribosima. Pasaron muchos aos antes de que apareciera el DNA. Hace 6 millones de aos, nosotros y los monos tenamos un ancestro en comn (para tener una referencia, se estaba recin formando la cordillera de los Andes). Nosotros aparecimos hace 50.000 aos. Todo el metabolismo normal de produccin energtica ya exista, es por esto que tenemos mecanismos parecidos a las bacterias, esto se ha mantenido en la evolucin; lo que s ha cambiado ha sido la regulacin y es lo que nos hace diferentes. La suma de varios genes alterados produce un determinado comportamiento. Un fenotipo no es producto de un solo genotipo sino de varios. Metabolismo intermediario: Es el producto de intermediarios que nos permite vivir. Consiste en degradar molculas para extraer energa (catabolismo) y en construir molculas para poder vivir (anabolismo). Nosotros existimos gracias al equilibrio entre ambos. Lo que nos diferencia de una bacteria es como, cuando y donde usamos este metabolismo. Caractersticas generales de procariontes No tienen ncleo. No tienen organelos membranosos. Tiene pared celular. Son individuos unicelulares. No todos son iguales, ya que existen los pluricelulares como nosotros. Caractersticas de los eucariontes

Tiene un ncleo que en su interior contiene el DNA. Hay un lugar de separacin, donde est la informacin y otro donde se expresa. La replicacin y la transcripcin del DNA, estn fsicamente separados. Vegetal: tiene cloroplastos, pared celular (le otorga una unidad de soporte). El citoplasma celular no es una sopa, sino un gel, tiene organizacin, un citoesqueleto que contiene molculas que polimerizan en diferentes momentos.

Cada clula de nuestro organismo tiene el mismo DNA, lo que la hace distintas entre s es que expresan distintos genes. Epigentica: Forma del DNA que permite que se exprese distinto. La produccin de energa por parte de una bacteria es igual a la de nosotros. Una de las caractersticas que nos hace diferentes es el grado de complejidad que vamos adquiriendo con los aos. El metabolismo intermediario no tiene nada que ver con la informacin sino que es algo que se estableci en la evolucin. Ms DNA ms evolucionado? Ms genes ms evolucionados? Ni lo uno, ni lo otro. No hay relacin entre el grado de complejidad de los individuos y el nmero de genes. La funcin no est dado por un gen una protena; un gen puede codificar para varias protenas. Una funcin est dada por varias protenas que se juntan.

El 90% de nuestro DNA es til. Pero, solo el 1% codifica para genes, el resto regula esto. El DNA por si solo es un regulador. No es caracterstica tener la funcin sino como usarla (esto nos hace ser distintos). No existe DNA basura si no que mucho DNA que no codifica para genes. RNA interferente: RNA pequeos, que regulan la expresin de los genes. El DNA se replica a una velocidad de 50 nucletidos por segundos.

50% de nuestro genoma son virus de transcriptasa reversa, es por esto que nosotros tambin heredamos genoma en forma horizontal. Concepto de monmero y polmero Hay funciones que se cumplen con ms de un gen, es decir, ms de una protena tiene que interaccionar entre s para formar un complejo y en ste recibe la actividad cataltica. La mayora de las protenas que son monmeros. Hay otras protenas que son polmeros, por ej: la RNA pol II, tiene 12 subunidades distintas.

Clase 1/ II Cuanto ms desarrollado es un organismo, mayor es la proporcin de su genoma que codifica genes implicados en la regulacin de procesos celulares y menos la proporcin de los dedicados procesos bsicos como generacin de ATP o sntesis de protenas. Los niveles de ATP siempre son constantes, el nivel de gasto nunca es superior al nivel que puedo producir. Si no produzco ATP no puedo hacer funciones y empiezo a utilizar las reservas. Para mantenerse vivo, es importante la integridad del medio interno, que este se mantenga constante, nosotros somos una piscina. Nosotros consumimos molculas y tambin producimos otras. Metabolismo intermediario: molculas que estn en baja concentracin. Los vegetales son los nicos capaces de crear energa a partir de partculas. Nosotros utilizamos la energa para generar molculas. Anabolismo El hgado, es uno de los pocos rganos que se regenera. Catabolismo Las clulas se organizan en vellosidades, aumentando su superficie en el menor espacio posible, aumentando la capacidad de absorcin y esto permite que los metabolitos entren. El costo energtico ms alto es la trasmisin del impulso nervioso.

Regulacin Concepto de feedback (-): el producto final de una va metablica cuando llega a cierto nivel se convierte en inhibidor de la 1era enzima de la va metablica que conduce a su propia sntesis. De esta manera todos los aminocidos regulan su sntesis y censando la cantidad de los otros aminocidos y as mantienen un equilibrio. Oxido reduccin: mecanismo que sirve para sacar energa qumica de una reaccin a otra. Al oxidar esta molcula, de pasar de un grupo alcohol a un grupo carboxilo, lo que ocurre es liberar electrones y protones que contienen la energa que se puede transferir a otra molcula. (es piruvato es la molcula que sirve

para sintetizar ATP). Se pasa de una molcula oxidada a una reducida, es decir, le entrego electrones. En este ciclo no hay prdida de energa. Oxidacin: cede electrones Reduccin: gana electrones. Nosotros estamos hechos de: H, Na, K, Ca, C, N, O, S, P, Cl. Los otros elementos estn en cantidades pequeas. El dficit de stos produce enfermedades metablicas.

Qumica del carbn La caracterstica de tener 4 electrones en la capa externa le permite ser crucial en la biologa. La mejor distribucin esto es en forma tetradrica, as las cargas estn lo ms lejos posible. Esta molcula se puede relacionar con otras a travs de la formacin de enlaces que pueden ser: Simples (cuando 1 par de electrones se comparten). Cuando se da entre C-C permite que cada carbono pueda rotar libremente una a la otra Doble (cuando se comparte ms de 1 par de electrones) cuando se da entre C=C la fuerza es tan grande entre los carbonos, que son fijos en un plano. Se separan uno de otro en un Angulo de 109. Este enlace se almacena ms energa. La energa es la capacidad de hacer trabajo.

Grupos funcionales

Molculas complejas Acetil Coenzima A: es un tioester. El carbono esta unido al Azufre y ste est unido a otro Carbono. Es un ester porque tiene un grupo carbonilo. Grupo amida: carbono unido a un nitrgeno.

Aminocidos: el grupo carbonilo y el grupo amino, estn unidos al mismo carbono, el carbono . ste tiene adems otras posibilidades de tener otro sustituyente. El ms simple de todos es la glicina: tiene un grupo carbonilo, un grupo mino y tiene 2 protones. Componentes de cidos nucleicos Nucleosido: unin entre una base nitrogenada y un azcar. Se caracteriza porque la base nitrogenada est unida a un carbono especial del azcar. Existen 5 bases que son de 2 tipos: 1. Puricas: tiene un anillo heterocclico doble. 2. Pirimidinicas: tiene un anillo heterocclico. El azcar puede ser de 2 tipos: 1. Ribosa 2. Desoxirribosa. La diferencia entre ambas es en el nmero de hidroxilos y en la posicin de ste. Posicin 2del OH: ribosa Posicin 2 del H+: desoxirribosa. El tomo de Fe: est unido en la posicin 5 de la ribosa. Nucletido: base nitrogenada, azcar y residuo de fosforo, tambin puede ser llamado un nucleosido monofosfato. Estos pueden ser de varios tipos: puede tener un nucleo de fosfato, 2 o 3. Estos estn unidos entre ellos solo al carbono 5.

Componentes principales de los lpidos Entre los ms importantes estn el cido oleico y el cido palmnico. Estas molculas pueden tener entre 16 a 8 tomos de carbono. Su importancia radica en la cantidad de carbonos que provocan el almacenamiento de energa. Es por esto que se acumula grasa ilimitadamente. cidos grasos insaturados: tienen doble enlace. cidos grasos saturados: enlace simple. el doble enlace rompe la distribucin y hace que espacialmente sea distinta Cis Trans: es menos estable. Los azucares La estructura de los hidratos de carbono en solucin no es lineal. Hemiacetato: el carbono 1 donde est el aldehdo esta a travs del oxgeno unido a un carbono 5 formando un enlace que permite constituir un heterocclico. Forma hemiacetal de la glucosa: permite una serie de caractersticas. Esteroqumica: distribucin espacial de una molcula. Esteroisomeros: molculas con iguales enlaces qumicos pero con una esteroquimica distinta, sea de diferente configuracin. Reaccin esteroespecificas: las biomolculas se relacionan e interactan de acuerdo a su esteroqumica. Molcula aquiral o simtrica: no forman esteroisomeros que pueden superponer sus imgenes especulares. Se da cuando un carbono es simtrico, teniendo 2 sustituyentes iguales y los otros 2 distintos. Molcula quiral o asimtrica: los 4 sustituyentes son diferentes, forman esteroisomeros que pueden ser enantiomeros (imagen especular uno del otro) o eastereomero. El carbono es asimtrico y si hay N en una molcula, se formarn 2n esteroisomeros.

Loius Pasteur: Tomo el tartaco, es una sal. Molecula de 4 tomos de carbono. Tiene unido a un tomo de carbono un grupo carboxlico, un grupo hidroxilico y un protn. La posicin del hidrogeno y del hidroxilo puede cambiar, diferencindose las molculas. Al cristalizar las molculas estas lo hacan de forma diferente. Los enantimeros poseen propiedades qumicas similares, pero difieren en una propiedad fsica, la interaccion con la luz polarizada. En soluciones separadas, los 2 enantimeros rotan la luz polarizada en direcciones opuestas: levatorotatoria o rextrorotatoria.

Esteroisomera: Nomenclatura R-S: es usada para describir molculas sin ambigedad; solo para los que poseen ms de un centro quiral, segn prioridad de los grupos sustituyentes de C. asimtrico, se dispone el de menor prioridad detrs del C, y los 3 se pueden superponer segn el sentido de las agujas del reloj R, o contrarios al sentido de las agujas del reloj S. Se tomo el hidrato de carbono ms simple, el gliceraldehido, que tiene las siguientes caractersticas: tiene un grupo aldehdo y tiene un grupo con un alcohol sustituyente, tiene un protn unido a un grupo OH directamente. Cuando el alcohol esta hacia la derecha: D Cuando el alcohol est la izquierda: L. Cuando hay ms de un centro o carbono quiral, se formarn 2n esteroisomeros, donde n corresponde al n de carbonos que posee la molcula. Diasteroisomeros: cuando son distintos pero no son imagen de espejo uno del otro.

La diferencia entre estas 2 molculas es la distribucin en el espacio de lo que est en rojo. Uno es dulce y el otro es amargo

Difieren en la posicin de sus grupos sustituyentes, con respecto al doble enlace que no tiene la libertad de movimiento. Cis: en el mismo lado del doble enlace. Trans: en el lado opuesto del doble enlace. A pesar de tener una configuracin parecida, poseen caractersticas qumicas y por ende papeles biolgicos muy distintos. Cuya diferencia se da entre el c11 y C12 estn en posicin Cis respecto a los otros que estn en posicin trans. Esto permite que veamos en colores, la retina censa los colores a travs de que la luz, las diferentes longitudes de onda es capaz de hacer que esta molcula cambie de posicin cis a trans y al hacerlo es la seal para los colores.

Clase 2 : el agua y carbohidratos

El agua El oxigeno es una molcula muy electronegativa. Comparte un par de electrones con el hidrogeno pero estn ms hacia el lado del oxgeno. Tiene una diferencial de carga negativa. El hidrogeno aporta un electrn. Su diferencial de carga es positiva, ya que el oxigeno le quit casi todo. Esto hace que el agua tenga una serie de caractersticas: Puede interaccionar con molculas iguales y formar una red. El hidrgeno de otras molculas de agua puede interaccionar con el oxgeno ya que ste ltimo esta con un diferencial de carga negativa y el hidrogeno con una carga positiva. Le permite interaccionar con molculas que tienen la misma caracterstica, por ejemplo: el carbonilo, ter, carboxilo, etc. Lo anterior permite que el agua a 37C sea lquida (nosotros vivimos a esa temperatura). El agua se mueve en un rango, que entre 4C a 90C. Alto calor especfico. Para eliminar un gran exceso de calor necesitamos una baja cantidad de agua. Siempre el hielo tiende a flotar. Esto hace que las molculas distintas del agua se pueden intercalar en la organizacin que tiene el agua. NaCl: la molcula de agua puede interaccionar con el Na y neutralizar las cargas y mantener las cargas rodeadas de agua, el tomo de Na estar en solucin. Lo mismo pasa con el tomo de Cl.

El glucgeno: se puede hidratar, para guardar un gramo de glicgeno necesitamos un volumen determinado de agua. Nosotros podemos guardar una gran cantidad de grasa sin agua, por lo tanto el volumen que ocupa la grasa con respecto al glicgeno es mucho menor. Molculas polares: algunos residuos tienen esa propiedad, desde el punto de vista orgnico esta el alcohol, sulfato, fosfato. Las molculas que nos constituyen tienen residuos positivos y negativos. Molculas apolares: grasas o ceras, sirven para almacenar y organizan estructuras. Molculas anfipticas: tienen un parte polar y otra apolar, por lo tanto, la interaccin con el agua es ms difcil. Muchas veces estn formando parte de un interfase, por ejemplo: las

membranas. Interaccin del agua con molculas apolares Las molculas apolares hacen que el agua se sienta rechazada. Obligamos al agua a adquirir una determinada conformacin entorno a esa molcula. Las fuerzas con que trata de escapar el agua son ms fuertes que las fuerzas apolares. Para que un sustrato pueda entrar, debe tener la capacidad de interaccionar con todos los residuos. Para que una molcula pueda remplazar al agua tiene que tener los mismos enlaces.

Hidratos de carbono
Tienen una capacidad alta de absorcin de agua. Gran parte del manejo de nuestro metabolismo la manejan los hidratos de carbono, por ejemplo: si no llega la suficiente cantidad de glucosa al cerebro, ste va perdiendo sus capacidades. Hay 2 tipos de demandas de energa: Rpida: el ATP y la fosfocreatina Menos Rpida: el glicgeno se empieza a utilizar como glucosa. La grasa se va a gastar a largo plazo. Los hidratos de carbono son seales, estn organizados y otros constituyen estructuras. Son de sabor dulce. Es una molecula que esta compuesta por C,H y O. Se llaman hidratos de carbono cuyas molculas de C sean mayor a 3. Triosas, n=3 Tetrosas, n=4 Pentosas, n=5 Hexosas n=6 Heptosas n=7 En general el metabolismo de nosotros se mueve en torno a las pentosas y a las hexosas. Son intermediarios ya que no son las molculas claves. Estruralmente hablando, tienen multiples grupos OH.

Estn parcialmente oxidados (tienen residuos de oxigeno). Pueden ser de 2 tipos: Aldosas: Tienen un grupo aldehdo, en el extremo de la cadena. Cetosas: Tienen un residuo ceto dentro del interior de la molcula. En el enlace doble, el oxigeno tendr un diferencial de carga negativa y el carbono positivo. El carbono cuando esta libre forma un aldehdo y cuando esta dentro de una cadena es un grupo ceto.

Glucosa: es una aldosa y el carbono de ms arriba recibe el nombre de carbono 1. Fructosa: recibe el nombre del carbono mas sustituido, el carbono 1.

Sern D si la configuracin de carbono quiral mas distante del grupo carbonilo tiene la misma configuracin del D-gliceraldehido. Ser L si posee la misma configuracin que el L-gliceraldehido. Configuracin referida al OH.

Cetosas: el de 3c no tiene centro quiral, aparece con 4c.

Importancia de que la glucosa sea D: todo nuestro metabolismo est hecho para D. Hay muy pocas bacterias que usan L. Epimeros: son amabas D difieren en la organizacin de los otros centros quirales. La glucosa y la galactosa, las 2 son hexosas, aldosas, molculas D. Pero difieren en el resto.

Enlace hemiacetal: se produce entre un grupo carbonilo que puede ser un aldehdo y una acetona y un alcohol. El alcohol pierde su proton y ste oxigeno pierde uno de los dobles enlaces y se convierte en un alcohol. Formacin de un hemiacetal. Gracias a esto permite a los hidratos de carbono polimerizar. Enlace hemicetal: ocurre con una cetona. Conforman un nuevo centro quiral.

Formacin de un anillo en solucin acuosa: Ocurre entre el carbono C-1 y el OH del C-5. Forman el enlace hemiacetal, forman una piranosa, un anillo. Glucosa en solucin se forman amabas glucopiranosas, y .

Fructosa forma un anillo secundario que est en el c5 y el grupo cetosa del c2, el anillo es de 5 carbonos, llamado anillo furanosico.

Forma de silla: hace que todos los grupos sustituyentes de los carbonos estn lo ms alejados posible. Forma bote: se puede producir interaccin entre los grupos sustituyentes. Las sillas no son iguales. Los grupos apolares tienden atraerse y los del mismo signo se repelen.

La glucosa puede formar distintos tipos de molculas ya que difiere en sus grupos sustituyentes (fosforilada, sulfatada, residuos largos, etc.)

Cuando se remplaza un hidroxilo por otro grupo se llaman deoxiazucares. El ms conocido es la deoxiribosa, tienen un protn en vez de un hidrogeno. Cdigo de azcar: glicoguiologa. La cantidad de residuos de azcar que se encuentran unidos a molculas como protenas lpidos, es muy variable. Cada una de estas formas que se organizan son seales. Polimerizar azcar: enlace glicosdico Disacridos: sacarosa, lactosa; son fuentes de energa. Entre una molecula de glucosa (-glucosa) y el alcohol que est en posicin 4. Se produce una reaccin de deshidratacin. Esta marcado en rosado el OH y el H+, el hemiacetal aporta el OH y el alcohol aporta el H+ y se produce la reaccin de condensacin, el oxigeno pasa a ser compartido simultneamente entre los 2 residuos de los monosacridos. Este enlace se produce entre el C1 de uno de los monosacridos y el C4. Cuando el OH esta hacia abajo: es un enlace 1-4. Una vez producido este enlace, la otra molcula de glucosa tiene ahora el hemiacetal y se puede unir a otra molcula.

Lactosa: tiene un enlace 1-4 Sacarosa: fructosa y glucosa. 1-2 (se nombra el 1 de la glucosa y el 2 de la fructosa) Trialosa: entre 2 molculas que aportan el carbono alfa, enlace alfa 1-1.

Enlace 1-4: gran parte de los polisacridos que nosotros tenemos en el organismo. Son molculas largas que tienen este tipo de enlace. Cuando la cadena esta hecho de solo 1 tipo de azcar se llaman homopolisacaridos. Cuando estn hechos de residuos de azucares distintos se llaman heteropolisacaridos. La diferencia de polimerizacin. Si todos los polisacridos solo fueran de enlace 1-4 las cadenas serian inmensas. Es por esto que se inventaron las ramificaciones que se dan entre el carbono alfa de un residuo y el hidroxilo presente en el carbono 6. ( 1-6). Se va produciendo un espiral que permite la acomodacin entre oxgenos e hidrgenos y hace factible de que se pueda almacenar. Enlace es 1-4 el polmero no tiene esa caracterstica. El enlace glicosidico, el oxigeno que est formando parte del enlace y el OH se acercan y forman un puente de hidrogeno. Este enlace es muy difcil de romper, es por esto que los vegetales lo utilizaron estructuralmente.

Nosotros almacenamos glicgeno y los vegetales almidn y los depsitos de este ltimo que tienen son bastante importantes. Nosotros lo almacenamos en forma de grnulos de glicgeno: tienen una parte llamada amilosa, que est formada por enlace alfa 1-4 lineales y otra parte que es la amilopectina cuya caracterstica es que tiene adems del enlace alfa 1-4 tiene enlace alfa 1-6, por lo tanto hay un juego. El primer residuo de la molcula de glicgeno es una protena y se llama glicogenina y a partir de eso se forma la molcula a partir de enlace alfa 1-4 y alfa 1-6 . Hemoglobina glicosilada: Al haber mucha azcar en la sangre se produce una reaccin entre un grupo amino de un aminocido de la hemoglobina y la glucosa. Se rompe el enlace hemiacetal y el carbono al unirlo

puede formar una base de schiff (unin entre un carbono y un nitrgeno) y esa base posteriormente se convierte en un cetoamina porque el hidroxilo se oxida para convertirse en un grupo ceto y el residuo permanece unido a la globina y el aumento de esto produce alguna caracterstica que son propio de los diabticos: Dao a nivel renal Dao a nivel de retina Dao a nivel cardiovascular.

Celulosa:

Quitina: Polisacrido que tiene un papel estructural, se encuentra en la pared externa del exoesqueleto de los coleocteros.

Distintos tipos de enlaces o , distintos residuos 1, 4, 6; si es que hay combinaciones de azcar. Polmeros con enlace 1-4 de glucosa: son polmeros de almacenamiento de energa. Por ejemplo: el almidn.

Distintos glicosaminoglicanos :

Como las clulas reconocen las seales: Esta dado por reconocer la matriz extracelular, que est compuesta por polisacridos que son especficos. Receptores espirales. Las protenas de transmenbrana, la mayora son glicoprotenas. Hay otras protenas que estn unidas a la membrana a travs del fofaditilinocitol, ste es un acido fosfatidico que tiene un azcar, a su vez puede tener una cadena y unida a sta se encuentra otra protena. Heparan sulfato: tiene varios tipos de residuos de organizaciones de azcar que producen el dominio NS son reconocidos por diferentes protenas y bsicamente que residuos de heparan sulfato tienen que ver con la coagulacin, cuando lo reconoce puede actuar como factores que activan las posibilidades de prevenir la formacin del coagulo o permite que se produzca si es que esta protena es reconocida por la trombina. Tambin pueden actuar como ligantes de otro tipo de molculas. Estn organizados, pueden haber bases de polisacridos en lo cual estn unidas protenas y a estas salen otro tipo de de polizacaridos, se da un tipo de ramificacin triple. Concavalina A: unin de manosa que est unida a un metox es protena que tiene que ver con la unin de receptores.

Clase cidos nucleicos

Se pueden dividir en: DNA ARN Todos ellos estn formados por nucleosidos monofosfato: 1 base nitrogenada: purica y pirimidinica 1 azucar: deoxiribosa,ribosa. Grupo fosfato. Los nucleosidos tienen una sustitucin en el carbono 5 por un grupo hortofosfato. Puede haber sustituciones en el carbono 5, 3, 2, 4. Bases: Puricas: guaninca y adenina. Existen otras formas como la santina, deoxisantina, etc. La diferencia entre el RNA y el DNA, radica que el DNA tiene timidina y el RNA tiene uracilo. Entre ambos la diferencia est en la sustitucin del grupo metilo. Hay RNA que son modificados posteriormente que tienen timidina y DNA que tienen uracilos.

Los nucletidos pueden formar cadenas: Si ustedes miran la molcula hacia un lugar est distribuido a los grupos fosfatos y los azucares, forman una cadena fosfatoazucar. Hacia el exterior se encuentran proyectadas las bases. El fosfato esta compartido entre 2 azucares, el enlace que se produce es entre el c5 de un azcar y el c3 del siguiente azcar. Este enlace es llamado fosfodiester.

Los grupos fosfatos tienen carga negativa, las bases no tienen carga. Normalmente un acido nucleico va a exponer a sus fosfatos al agua y sus bases las esconder. Organiza las cadenas de fosfato hacia el exterior y las bases nitrogenadas hacia el interior, creando un ambiente apolar. Organizacin Watson y Crick Esta organizacin puede darse entre 2 hebras o en 1. Las hebras son polmeros de nucletidos unidos con enlace fosfodiester. Cuando 2 hebras interaccionan: Una caracterstica del DNA, uno mira una cadena a un extremo le llama 5 Por qu la A se une a la T y la C a la G? Porque la distancia que se produce entre A-T es la misma que se produce entre G-C. La hebras de ADN son antiparalelas ya que una va 5 3 y la otra va de 3 5. Esto ocurre por la cercana de las bases. Todas las bases tienen el mismo eje una frente a la otra. Esto se llama stacking de las bases. La molcula se esta enrollando una sobre la otra, es como si 2 cadenas estuvieran subiendo paralelamente sobre un eje central, dejando 2 huecos, el paso mayor y el paso menor. Hay protenas que de unen al DNA, que reconocen en el paso mayor a las bases y se unen ah. Ejemplo la RNA polimeraza. Todo el sistema de regulacin gnica est basado en el DNA.

T-A: 2 puentes de hidrgeno. G-C: 3 puentes de hidrgeno.

Ribosa: Al representarlo como estructura tetradrica, si el c1 tiene unida la base y el C5 tiene unido el fosfato, el resto del anillo tiene 2 conformaciones factibles, que se llaman 2hexo o 3hexo, esto quiere decir que el acido nucleico tiene que elegir entre estas 2 conformaciones. Deoxiribosa: Se queda solo con 1 de las 2 conformaciones pero no hay mezclas de las 2. Al organizar el azcar de esta manera se puede formar 2 hebras.

Bases Hay bases que estas sustituidas y modificadas, como la metilcitocina que tiene un grupo metilo en posicin 5. Otra la N6metiladenosina, tiene un grupo metilado en el grupo amilo. Otras tienen residuos de fosfato como la tionilina. La 7 metil guanosina. Estas son parte del t-RNA. Otras bases estn metiladas en el DNA que tienen que ver con la expresin gnica. Tipos de nucletidos Hay nucleosidos en que el fosfato est en posicin 2, 3, o en que el fosfato esta compartido entre el c3 y el c2 y son nucletidos cclicos, tienen que ver con la seales intracelulares. En resumen La diferencia que hay entre el DNA y RNA es la presencia de uracilo por timidina y la presencia de ribosa y desoxiribosa. El enlace fosfodiester es prcticamente idntico. Ambas pueden formar doble hebra. Nomenclatura 5 fosfato 3OH

Reglas de Watson y Crick La distancia que se mantienen entre una cadena y otra es constante. La ribosa con respecto al fosfato no se puede mover, sin embargo, el enlace entre la ribosa y la base, entre el c1 de la ribosa y el c respectivo en la base es un simple enlace que puede rotar, al

mover las bases permite que las pueda orientar en la forma ms adecuada para formar el doble enlace entre las bases. Existen varias formas de DNA: Forma A: de mano derecha, si yo veo el paso de la hlice, yo voy cerrando la mano con el pulgar hacia arriba, yo voy hacia arriba. Tiene el azcar en posicin 3 endo. Tiene 11 bases. Forma B: de mano izquierda yo voy cerrando la mano voy hacia abajo. Tiene el azcar en posicin 2 endo. Tiene 12 bases. Forma Z: es tomar el DNA rotarlo y llevarlo al lado contrario. Puede mantenerse en las bases, la estructura es completamente distinta. La forma que adquiere depende de la cantidad de agua que tiene disponible y tambin de protenas. Las caractersticas del DNA varan. Al apretar el DNA se ve el dimetro, entre ms apretado es ms chico. La estructura del DNA depende de la secuencia que tenga: Secuencias palindrmicas: estas estructuras son reconocidas por protenas. El RNA tambin puede formar esto, ej: t-RNA.

Tipos de RNA RNA mensajero, RNA ribosomal. RNA transferencia. Constituyen menos del 2% del genoma. Los dems constituyen el RNA SI, RNA BI, RNA MI y riboswitch.

Ribowitch: Hay estructuras del RNA que pueden unir molculas. Ejemplo la biotina, al unirse cambia la estructura de esa regin y el gen que vena a continuacin no se expresa. En este caso la expresin de regulacin del gen depende del metabolito. RNA BI: estn codificados en los intrones (tienen estructuras secundarias). Eso es procesado por una nucleasa llamada diesel que lo que hace es cortar estos RNA y produce RNA de doble hebra y esto se une a un ris ago, al hacer esto su capacidad de unirse a protenas es similar al gen. RNA SI: hay regiones ejemplo la globina, los genes que son incompletos llamados seudogenes, que son transcritos en forma RNA pero se procesan de otro sistema de enzimas para producir RNA de doble hebra y esos usarlos para la defensa de la invasin de virus. Otros RNA se hacen a partir de RNA nuclear que vienen de la otra hebra que son traducidos por protenas que permiten regular la diferenciacin celular. Estructura tridimensional del RNA

La adenina est en la cola. La frecuencia entre que se una un codn con otro varia.

Clase: Protenas
Las ms conocidas son las enzimas. Estn compuestas por aminocidos, que tienen un grupo amino, grupo carboxilo, carbono quiral, hidrogeno a un costado y un grupo R (puede variar segn el aminocido). Un aminocido tiene distintas denominaciones para sus carbonos, desde el carbono que conforma al carboxilo hacia abajo hay C1, 2, 3, 4, 5, 6. Desde el centro quiral se denomina carbono ,, etc.

Depende a que lado se encuentra el grupo hidroxilo y el H. L: cuando el hidroxilo se encuentra a la izquierda D: cuando el hidroxilo se encuentra a la derecha. L-alanina cuando el grupo amino se encuentra a la izquierda. D-alanina cuando el grupo amino se encuentra a la derecha. siempre posicionando el grupo carboxilo arriba Los aminocidos se pueden clasificar segn su grupo R: 1. Para los a. Ms sencillos: (Los a apolares son bastante estables, su naturaleza es neutra) 1.1. glicina que en su grupo R tiene H. 1.2. prolina: es un a que se cicla y produce quiebres en la cadena. 1.3. Metionina: uno de los 2 a con un sulfato (tioester). 1.4. Leucina, isoleucina y valina; tienden a estar juntas en la cadena y estabilizar las estructura por enlace hidrofbicos.

Cuando el carbono est utilizando sus 4 enlaces, es muy difcil quitarle o aadir electrones. 2. A aromaticos: tienen un anillo de benceno. Los anillos son bastante estables, no se ionizan fcilmente.

La naturaleza de los distintos grupos R y el pH en el cual se encuentran es lo que le da la naturaleza, si que tiene carga (+), (-) si son aromticos o neutros. Tienen la capacidad de absorber luz. El triptfano y la tirosina y en menor medida la fenilalanina, a estos se les da la mayor propiedad de absorber la luz. En el grafico, en 230, empezamos a aumentar en medida de nanmetros, vemos que tiene un mximo de absorcin a 280nm. (triptfano) En la tirosina tiene el mismo pick. Esto nos da la posibilidad en el laboratorio de cuantificar las protenas en solucin. Hay una directa relacin entre la cantidad de protenas que hay en solucin y la cantidad de luz que absorben en un rango lineal. Mas debajo de esa concentracin no se va a poder discriminar y mas arriba de esa concentracin tampoco se va a poder porque es demasiada protena en solucin y no se podrn distinguir las diferencias. Cistena: Si se ubica en la cercana de otra cistena tiene la posibilidad de formar puentes disulfuros. Estos puentes estn unidos mediante un enlace covalente. La estabilidad de ese enlace es extremadamente alta. Me permite generar estructuras estables.

Los a. Pueden modificarse uniendo grupos diversos que confieren caractersticas diversas.

A que son derivados catablicos: Ornitina, citrulina que son intermediarios en el ciclo de la urea.

Qu es el pK de un a? Es un valor en el cual se puede determinar cuando ocurre la ionizacin o des ionizacin de un grupo. Ejemplo del acido actico El acido actico es un grupo metilo con un carboxilo. Cuando el pH del medio se encuentra por debajo del 4.8 el grupo carboxilo se encuentra neutro, fue capaz de captar un protn y fue una molcula neutra. Si uno aade NaOH aumenta el pH, se basifica el medio, aqu pierde un protn, se ioniza el grupo carboxilo. El mismo concepto se utiliza en los a, ya que estos tienen un grupo amino, un grupo carboxilo y un grupo R, que en algunos casos se puede ionizar. Para el grupo amino en la metilamina, cuando hay un pH por debajo de 10 la naturaleza del amino se encuentra ionizado, si aumento el pH se neutraliza porque pierde un protn. Glycina: tiene un grupo amino y uno carboxilo; si hay un pH muy cido el grupo carboxilo adquiere un protn porque hay muchos protones en el medio. A pH 7 sus grupos se encuentra ionizados. Si se aumenta el pH el grupo amino pierde el protn y el grupo carboxilo tambin (lo perdi hace rato). El pH que ocurre ese salto se denomina pK.

Cmo se encuentran los a. Libres en solucin? Se encuentran ionizados. Qu ocurre si se toma un aa en solucin y se empieza a modificar el pH de la solucin? ( se puede ir modificando cuando se le agregan OH, basificando el pH) se puede titular un aa y determinar en qu punto cambia su grupo R o grupo amino o carboxilo. Si se aumenta el pH se aumenta la cantidad de molculas que se van ionizando, hasta que todas se encuentran ionizadas. Hay un punto en que los aminos y los carboxilos se encuentran ionizados, se llama punto isoelctrico al pH en el cual la carga neta de la molcula se encuentra en 0. Los pptidos y las protenas tienen puntos isoelctricos reales y experimentales.

qu pasa si el grupo R es ionizable? La curva de titulacin se hace ms compleja.

Enlace peptidico El grupo carboxilo de un aa (1) reacciona mediante una reaccin de condensacin con el grupo amino de un aa. Adyacente (2); en esta reaccin donde se libera una molcula de agua, se genera un nuevo enlace entre el c del grupo carboxilo y el n el grupo amino. Este enlace es de naturaleza covalente, por lo tanto, es muy estable. El c no se encuentra solo sino que con un o formando un doble enlace, hay una extremada estabilidad en esta molcula donde se encuentra tal cantidad de electrones dando vuelta que se genera un enlace rgido (en la imagen es lo que est en caf). Hay pptidos que no actan como protenas como:

Los residuos son aminoacidicos. En algunos casos se van complejizando y son ms de una cadena polipeptidica.

Siendo 2 protenas que vienen del mismo animal, ambas tienen gran cantidad de alanina, metionina igual. Pero son protenas completamente diferentes.

Las protenas se pueden conjugar, pueden tener lpidos, carbohidratos, grupo hemo, cofactores como metales.

Estructura de protenas Los aa. Se pueden concatenar y se genera una cadena, llamada estructura primaria. sta tiene la posibilidad de adoptar ciertas formas en el espacio de maneras especiales, llamada estructura secundaria. La estructura primaria no dice la funcin de la protena. La estructura terciaria, es la interaccin espacial entre 2 hlices. La estructura cuaternaria, es cuando interaccionan 2 estructuras terciarias. La forma de las protenas es la que les da la funcin.

Cmo se estudian las protenas? Cromatografa: es una tcnica que permite separar cosas, no tan solo protenas. Si yo tengo la posibilidad de extraer qumicamente las protenas de lpidos, hidratos de carbono, etc. Pero yo tengo 30.000 diferentes, solo necesito 1, tengo que separarla del resto de las protenas que me estn contaminando la solucin, debo utilizar la tcnica de la cromatografa. Corresponde una tcnica donde fsicamente yo puedo separar una protena de varias, por ejemplo: un tubo de vidrio. Fase solida: resina Fase liquida: cada protena eluye por la forma estacionaria, separando protenas por su tamao. Las protenas ms pequeas van eluir primero y las mas grande va a costar ms que entren en la fase solida. Cromatografa de exclusin molecular: donde hay una resina que tiene pequeas bolitas que tienen espacio dentro, que le permiten captar molculas de cierto tamao. Las protenas que caern 1ero son las de mayor tamao, por qu? Estas van a pasar por al lado de la resina, ya que no tienen la posibilidad de entrar por las bolitas, pasan de largo. Van a ser retenidos todas aquellas molculas que caben por las bolitas. Es decir, voy a poder separar las protenas grandes de las pequeas Cromatografa de intercambio inico: corresponde a una resina en donde se encuentran pequeos brazos moleculares con carga, ya sea o +. Esto le da el nombre cationico o anionico. Si aumento la salinidad, aquellos brazos que estn con carga - , que retienen la protena van a estar ms ocupados reteniendo sal que reteniendo a la protena.

Purificacin por uso de ligando: de un extracto crudo 1.5L, 10gr. De protenas. Pero no hay protena pura entonces lo 1ero que se hace es precipitar con sulfato de amonio, que es una sal que hace que las protenas se agreguen a sta, caen y precipitan. Luego de la columna de sodio puede hacer intercambio inico, luego se va a tener toda la protena con carga positiva que tienen diversos tamaos, entonces se puede hacer otra cromatografa de exclusin molecular. Para estar seguro de la protena se puede realizar una cromatografa de afinidad.

Cmo se puede ver y separar protenas? Usando geles de poliacreamida, electroforesis. Corresponde: El gel se encuentra entre 2 vidrios. Se inyecta en el gel la solucin con protenas, luego ese gel se pone inmerso donde est la solucin y la parte de arriba se le pone otra solucin que tiene carga + abajo y carga arriba, y se le pone electricidad. Hago que los electrones vayan fluyendo de la carga negativa a la positiva por el gel, como hay un flujo de electrones, la protena que inyect en el gel van a ser atradas por ste y como hay molculas de diferente tamao, ese gel va a ir reteniendo, las que van a bajar primero sern las ms pequeas.

Isoelectroenfoque: es poner carga en una solucin con diferentes pH, hay una gradiente de pH en un tubo que luego se aplica electrodos (carga+ y - ). Hay una mezcla de protenas y al aplicar corriente las protenas se van a ir separando hasta ubicarse en la carga que corresponde, para su pH. Esto permite separar las protenas en su punto isoelctrico y luego la separacin se puede poner en un gel de policreamida y separaran por tamao. Teniendo como resultado: Un gel bidimensional.

Insulina: Es una protena que est compuesta por 2 cadenas: Cadena A Cadena B: las ms larga. Interaccionan entre s para formar una estructura cuaternaria, en donde se encuentra estabilizado por puentes disulfuro(3).

Las protenas pueden tener cierta similitud. Alineamiento: es tomar la secuencia primaria de la protena amino carboxilo y la comparo ej: eucarionte con bacteria. Se ve que la misma protena tiene similitudes, ciertos aa. Compartidos y otros que se diferencian. 1:18

Clase: estructura tridimensional de protenas

La estructura primaria no es tan solo una lnea, est conformada por aa y estos tiene grupos R a cada lado que tienen distinta naturaleza como por ej: la cistena que tiene la posibilidad de poder hacer enlaces covalentes para hacer puentes disulfuro; otras tienen carga y otros +. Esta carga depende del pH en que se encuentre la protena. Si uno acidifica mucho la solucin se puede perder la carga por lo tanto no se puede unir, no se pliega correctamente no es funcional no sirve. Muchas enfermedades derivan del problema del pH. Termodinmicamente, las molculas vibran, constantemente estn en movimiento, los residuos adyacentes estn chocando entre s. Las protenas molecularmente, existen dominios que interaccionan entre s. Los ribosomas tienen la funcin de facilitar la interaccin entre las protenas, entre los enlaces del amino y del carboxilo. Propiedades del enlace peptidico Se genera un flujo de electrones generando una nube electrnica. Como esto est en movimiento, los electrones tienden a irse donde se sienten ms atrados, tienen fuerza gravitatoria. El o es ms electronegativo que el N, es por esta razn que el electrn tiende irse hacia el carbono, tiende a polarizarse. Eso provoca una estabilidad en el enlace pepitico ya que esta zona se encuentra mas densa y no puede girar libremente el enlace; se forma un seudo enlace doble porque los electrones estn fluyendo. Es igual que una tabla. Las cadenas de aa. De estructura primaria tiene la posibilidad de girar, no son estticas pero giran en ciertos enlaces (en el peptidico NO), gira en los que est participando el carbono . Eso obedece a la capacidad de torsin de los enlaces. Los aa. Tienen la capacidad de torsin de esos 2 ngulos dependiendo a que pertenece si alanina, cistena, etc. Y sus grupos R ya que estos impiden la torsin, ejemplo prolina.

Si la protena no se mueve es completamente recta, porque termodinmicamente es ms estable porque si hay movimientos la nube electrnica es ms estable de esa forma. Siempre las protenas tienden a buscar el estado de mnima energa donde se sientan cmodas. Estructura secundaria Cierta conversin de aa. Promueve la conversin de estructura secundaria de: hlice: pueden ser de mano derecha o mano izquierda. Sbanas : existen de 2 tipos: la paralela y la antiparalela. Cuando la proximidad de la estructura primaria se antepone (una S) es antiparalera. Cuando es paralela todas tienen la misma direccin.

FORMA ANTIPARALELA

FORMA PARALELA

Las sabanas al igual que las hlices, tienden a estabilizar muy bien las estructuras ya que permiten una interaccin entre las hebras de tipo puente de hidrogeno, lo que hace una estructura plana muy estable. Cuando son antiparalelas se generan quiebres muy bruscos, las vueltas tipo son quiebres en donde participan 4 a. Y hau 2 tipos de quiebres: Tipo 1: es la ms comn, se encuentra hasta 2 veces ms en protenas que la tipo 2. Tipo 2: siempre el a 3 es glycina.

Prolina Es un a. Que tiene la capacidad de ciclar, se puede encontrar en trans o cys. Cys: es la conformacin donde se genera quiebre

La queratina est conformada por una estructura hlice, donde interaccionan entre s para ir concatenndose e ir generando las fibras del pelo. En el colgeno ocurre un tipo de conformacin especial, tipo hlice en donde participan 3 cadenas que estn girando una alrededor de la otra. En la seda, la fibra que se forma est conformada por sabanas antiparalelas. La sumatoria de las fibras es lo que hace el hilo de seda.

La estructura de las molculas de una protena es dinmica. Una protena que tiene varios puentes disulfuro tiene la capacidad de estabilizarse covalentemente, por lo tanto, le da una resistencia a cambios de temperatura, de pH mucho mayor que aquellas que no lo tienen. Sabana luego un loop hlice y nuevamente sbana . En la figura hay 0 hlice, solo hay loops. Hay muchas sbanas .

Si la protena est mal plegada no funciona bien y genera las enfermedades. Priones: son enfermedades CreutzfedtJacob para el humano. La enfermedad de las vacas locas para las vacas. Es una protena que tiene cierta forma de plegarse. Si nosotros llegamos a comer carne de una persona enferma o de una vaca loca, la protena que se encuentra mal plegada en el momento de ingerirla es extremadamente estable y no se digiere, pasa al torrente sanguneo y se dirige hacia el cerebro donde est la protena bien plegada, la toma y la pliega mal. Con esto logra reproducirse, tomando todas las protenas de la clula normal y la convierte en una priona. El exceso de las protenas mal plegadas genera la enfermedad en el sistema nervioso. Anticuerpos: son protenas que estn conformados por dominios, estabilizados por puentes disulfuros en donde hay dominios constantes y variables. En las cadenas pesadas se encuentran los dominios variables. Los anticuerpos tienen forma de Y, las 2 puntas de la y que tienen los dominios variables son los que interaccionan con los antgenos, la clulas genera aleatoriamente el anticuerpo que tiene que hacer, pero solo algunos van a reconocer al antgeno. La interaccin anticuerpo-antgeno es una afinidad media alta. Porque necesita interaccionar con el antgeno, poder marcarlo o neutralizarlo para que venga un macrfago y para que se lo pueda tragar y destruir. La interaccin entre protenas va a depender de acuerdo a la conformacin y a la naturaleza de sus grupos R. ejemplo: la biotina, de alta afinidad. La enzima sustrato, de baja afinidad. Hemoglobina: tiene la capacidad de que sus cadenas interaccionen para formar una estructura bastante estable, en donde en su centro los nitrgenos tienen la capacidad de poder coordinar o quelar . El hierro es importante en la hemoglobina porque tiene carga + y el oxigeno -, entonces tiene la capacidad de poder retener el oxigeno, transportarlo y despus entregarlo. Por lo tanto, la afinidad no debe ser muy elevada para que entregue al oxigeno. Monxido de carbono: es mas -, por lo tanto tiene mayor afinidad por el hierro, a la hora de inhalarlo se retiene el grupo hemo muchsimo ms fuerte que el oxigeno y esto produce la intoxicacin. Si yo aumento la concentracin de oxigeno en la inhalacin, estoy favoreciendo en el equilibrio el desplazamiento del monxido de carbono por el oxigeno porque va haber una mayor cantidad de oxigeno que va luchando por tratar de desplazar el monxido de carbono e unirse a la hemoglobina.

Clase: Lpidos
Los principales lpidos que encontramos en la naturaleza: Grasas y aceites: reservas energticas de platas y animales. Membranas: fosfolpidos. Hormonas o coenzimas. cidos grasos Estructura bsica de los lpidos. Se encuentra en: 1. glicerofosfolipidos, en membranas. 2. Triagliceroles: grasas y aceites de reserva energticas. 3. Ceras. Estructura: grupo funcional carboxilo, al cual est unida una cadena larga hidrocarbonada. Son anfipaticas: presenta un cuerpo polar y una cabeza apolar. La forma ms simple que los podemos encontrar son: cidos grasos saturados: son aquellos que no presentan doble enlace en su estructura. cidos grasos insaturados: presentan doble enlace en su estructura. Ej: cido oleico. cidos grasos poli insaturados: presentan ms de un doble enlace. Nomenclatura (comn): 1. Indicar el nmero de carbono que posee el cido graso. Se parte del carbono carboxilico. 2. Luego se pone :. 3. Con el nmero indico la cantidad de insaturaciones que posee el acido graso. 4. Se pone () x x: el carbono donde est la instauracin. (Omega) El primer carbono de la cola hidrocarbonada, sin tomar en cuenta el carboxilo se conoce como carbono . El 2do carbono es el . El 3er carbono es el . El ultimo carbono 1. Se empieza a contar en direccin opuesta. 1. 2. 3. 4. Indicar el nmero de carbonos. Luego se pone : Luego pongo . Poner el carbono con respecto a donde se encuentra el doble enlace.

Clasificacin 1. Saturados o insaturados. 2. Por su largo. Lo normal es de 12 a 24 C.

3. Luego se clasifican segn el nivel de sus insaturaciones. Todos los cidos grasos tienen en comn que estn formados por un nmero par de C, los impares de dan en menor medida. Son pares por cmo se sintetizan, ya que se van agregando de 2 carbonos en el crecimiento de una cadena de un cido graso. La temperatura para pasar al estado lquido es ms baja en los insaturados. A temperatura ambiente los saturados son slidos y la de los insaturados son lquidos. El doble enlace de los insaturados es del tipo cys.

1. Triaciglicerol: es un glicerol, un poliol (molcula que posee muchos alcoholes) unido a 3 ac. Grasos. Su funcin es de reserva energtica. Se encuentran en los adipocitos. A cada hidroxilo se le une un ac. Graso por un enlace de tipo ester, es por esto que los acidos grasos se encuentran esterificados al glicerol.

cidos grasos de tipo trans: no se generan en grandes cantidades.

Lo genera la industria, se hidrogenan los acidos grasos de origen vegetal, posteriormente se vuelven a formar dobles enlaces por si solos que pueden ser del tipo cys o trans. No hay un control en la formacin de este tipo de enlaces. Los enlaces trans son rectos, no forman quiebres es por esto que se pueden empaquetar y son de tipo slidos. Estimulan la alta liberacin de LDL (colesterol malo).

2. Ceras: estirificacion entre un acido graso y un alcohol de cadena larga Son altamente hidrofbicas. Se encuentran en los panales de abejas, plumaje de aves acuticas. 3. Lpidos de membranas: Fosfolpidos: 1. Glicerofosfolipidos: son dreivados de los triagliceroles, es un glicerol que tiene unido 2 ac. Grasos y al 3er c se une un fosfato. -1 ac. Graso saturado, corto. -1ac. Graso insaturado. -3c: un fosfato que se le pueden unir distintos grupos funcionales, el ms simple es que se le una hidrogeno y genera el c. Fosfatidico. Las cardiolipinas las encontramos en la membrana de las mitocondrias. Estas caractersticas se dan porque como van a ir a membranas le deben dar fluidez.

2. Esfingolipidos: Son similares a los glicerofosfolipidos pero varian en su base estructural. Su funcin es en la membrana plasmtica. Su base estructural es la esfingosina: esta formada por un esqueleto de 3 C: 1er C: una cola hidrocarbonada larga. 2do C : tiene un grupo amino al cual se une por enlace ester el c. Graso. 3er C : se le una la molcula que le va a dar la funcionalidad. Se le puede unir un hidrogeno y forma la ceramida, da origen al resto. Si se une fosfatilcolina se generan las esfingomielinas. Cerebrosidos: son molculas que se les une una azcar. Globosidos: se les una 2 azucares. Gangliosidos: aparte de todas las azucares que se les pueden unir, se les une un ac. Cialico. Estn formados por un oligosacarido de 4 azucares unido a un ac. Cialico que se une a cualquier azcar. A travs de enlace glicosidico tipo . Los fosfolipidos son degradados por a nivel de lisosomas a travs de las enzimas fosfolipasas. Cuando se forma el enlace ester entre el glicerol y el ac graso, se libera una molcula de agua, condensacin, por lo tanto si se quiere romper el enlace hay que agregarle una molcula de agua, hidrlisis. Fosfolipasa A: su funcin es sacar el 1er c. Graso de un fosfolipido. Fosfolipasa C: actua sobre el fosfato y el glicerol. Fosfolipasa D: actua sobre el enlace entre el azcar y el fosfato.

Para degradar los oligosacaridos se requiere de otras hidrolasas. stas parten de las azcares que estn en los extremos. Todas las enzimas tambin se encuentran en los lisosomas. Patologas genticas asociadas al metabolismo de esfingolpidos Acumulacin de gangliosidos: - Gangliosiobolis general: falta -galactodesa que saca GM1. - Tay-Sachs: inhibe hexasaminidosa A que saca GM2 - Gaucher: inhibe galactocerebosidasa que saca la glucosa final Acumulacin de esfingomielina - Niemman pick: inhibe esfingomielinasa que saca fofocolina.

Glicolipidos 1. Esfingolipidos 2. Galactolipidos: se encuentran en bacterias Lpidos de archeas : estn esterificados. Son ms estables ya que tienen 2 gliceroles (un solo fosfolipido mira hacia ambos lados de la membrana).

Los glicoesfingolipidos determinan los grupos sanguneos Grupos sanguneos determinados por la porcin glucida del esfingolipido (glucoesfingolipido tipo gangliosido) Grupo O: no tiene azcar extraa Grupo A: tiene N-acetil-galactoamina Grupo B: tiene galatosa Grupo AB: tiene ambas azucares

Lpidos esteroidales Encontramos al colesterol y todos sus derivados. Su funcin se encuentra en la membrana plasmtica, es uno de sus principales constituyentes, regulando la fluidez de sta, es precursor de hormonas y de algunas sales. Lpidos menores Derivados del fenol que son lpidos de platas. Sacarolipidos: generan el lipopolisacarido la membrana externa de las bacterias gran negativas. Cuerpos policetonicos.

Seales intra celulares asociadas a los lpidos Fosfatil inocitol: se caracteriza porque esta difosforilado (en la posicin 4 y en la 5). Cuando una hormona es reconocida por un receptor de membrana, genera que la fosfolipasa C rompa el enlace entre el diaciglicerol y el poliol con el fosfato y ste es liberado. Entonces se genera un diaciglicerol y un inocitol 3-fosfato (molcula libre). Este ltimo es liberado hacia el citoplasma, viaja hacia el retculo y es capaz de estimular la liberacin de calcio, esto es una seal para que las enzimas empiecen a actuar, principalmente quinasas que desencadenan una cascada de seales. El diaglicerol que queda en la membrana junto con el calcio que es liberado puede activas a las

quinasas C, que es una fosfatasa que fosforila a otras enzimas que llevan una cascada de seales, que tiene como fin la regulacin a travs de la expresin gnica.

Fosfolipidos de membranas como mediadores paracrinos cido aracnidnico: se libera a partir de triagliceroles, tiene la capacidad de ser transformado en 3 molculas distintas:

Prostaglandinas: son molculas que estn relacionadas con respuesta inflamatoria. Tromboxanos: estn involucradas directamente en coagulacin. Leucotrienos: tiene accin sobre la contraccin del musculo liso. Son regulados principalmente por molculas como la aspirina y el ibuprofeno, que son conocidos como antiinflamatorios no esteroidales. Inhiben que este ac. Graso sea transformado en

estas 2 molculas. Prostaglandinas: cuando uno tiene un inflamacin y toma ibuprofeno, lo que hace es impedir que se genere mas prostaglandinas, impide que la inflamacin aumente. Tromboxanos: cuando una persona tiene una herida se le recomienda no tomar aspirina, porque inhibe la formacin del tromboxano. Si uno toma aspirina y no tiene tromboxano, por lo tanto, no hay coagulacin y el sangramiento no se detiene. Leucotrieno: es la molcula que aumenta en las personas que tienen alergia, las personas asmticas. Los principales medicamentos hacen que el leucotrieno se una a su receptor y asi impedir que se produzca la contraccin molecular. Lpidos esteroidales Derivan de una molcula de 4 anillos, el esterol. Los esteroles se generan del isopreno, molcula de 5C. Colesterol: esterol. Es una molcula anfipatica, posee una estructura grande que es hidrofbicas que son los anillos esteroidales y una pequea cabeza polar dada por un hidroxilo. Su funcin es regulacin de la fluidez de la membrana.

Acido taudocolico: se genera a partir del hgado. Su funcin es como sal biliar, emulsiona las grasas que se consumen en la dieta para que sean absorbidas y degradadas. Hormonas: -

Testosterona y estradiol. Cortisol. Aldosterona. Prendisona: antiinflamatorio esteroidal, la utilizan los asmticos.

Vitaminas - D: se genera por un rompimiento, gracias a la luz uv. Su funcin principal es que regula los niveles de calcio sanguneo. Se genera a partir del colesterol gracias a la luz UV. Si no se obtiene la vitamina por la dieta se genera raquitismo. - A: funcin principal visin. Su nombre es retinol, deriva de los betacarotenos que se obtienen de la dieta. - E: antioxidante. Impide que el oxigeno tenga contacto con los fosfolipidos. - K: coagulacin. Ubiquinona y plastoquinona: estn en las cadenas transportadoras de electrones.

Los lpidos al tener dobles enlaces generan colores: Cantaxina: grupo funcional cetona. Color rojizo. Zaxantina: grupo funcional hidroxilo. Color amarillo.

Membranas Bicapa lipidica las partes ms polares estn apuntando hacia el exterior y la parte aporlar es hacia el interior.

La insercin de protenas en la bicapa es diferencial, hay distintos modos en los cuales una protena se puede insertar (proyectada hacia el lado externo o el interno). La membrana citoplasmtica est apuntando hacia el lado externo. La membrana del Golgi est apuntando hacia el medio interno.

Hay animales que tienen la costumbre de vivir a distinta temperatura. La membrana no es una estructura esttica, tiene que permitir que la molcula de protena se pueda mover dentro de eso, fluidez de membrana. El estado de un ac. Graso depende de la temperatura, entre mayor dobles enlaces tuviera mayor o menor era la temperatura en que se solidificaba. La capacidad de la membrana de moverse esta dado por el grado de desorden que tenga las colas apolares de los ac. Grasos. Los insaturados, inducen mucho ms al desorden que los saturados, que tienen la capacidad de formar organizaciones que son mucho ms rgidas. Protenas que se relacionan con la membrana: Estn solamente interaccionando con la membrana, hay distintos tipos: - Aquellas cuyo grupo amino est hacia un lado de la membrana. - Cuyo grupo carboxilo final. Son parte integral de la membrana Estn unidas a residuos, uno de ellos es el inocitol fosfato. Hay protenas que formar claster dentro de la membrana formando agrupaciones. Hay protenas que son integrales de membrana que tambin tienen regiones que interaccionan con los residuos polares de los lpidos de la membrana interna o externa. La membrana es su composicin no es uniforme, hay zonas que estn favorecidas con fosfolipidos y con colesterol, se llaman raft. Existe una enzima, caveolina, tiene un rol importante en la formacin de vesculas. Determinan que ciertos residuos se unan a ellos y otros no. Generalmente cuando se habla de organizaciones proteicas que permiten la entrada, se habla de canales, existen canales que permiten pasar: - Cosas desde el interior hacia el exterior - Permiten sacar cosas - Permiten el intercambio, que pueda entrar una molcula en la medida que salga otra. El mecanismo del transporte activo, las protenas son capaces de ir cambiando su estructura dentro de la membrana. Que le permite inicialmente captar el producto y luego su liberacin hacia el interior. Los canales pueden captar una molcula por vez, cambiando su estructura terciaria.

Clase: Enzimas, catalizadores proteicos

Varan el tiempo en que va a ocurrir la reaccin, sin cambiar el producto final ni el equilibrio. Aumenta la velocidad con que se logra el equilibrio, esto es un catalizador. Todos los catalizadores biolgicos son enzimas que son protenas. Hay varias molculas que pueden cumplir el rol de los catalizadores como el RNA, que son ribosimas. Pueden unir a travs de su estructura, pueden unir al sustrato en el sitio activo y ste entrega una serie de grupos qumicos para que el sustrato se sienta cmodo, estos grupos qumicos son parte de los radicales de los aminocidos. Un gran nmero de enzima requiere que su estructura esta asociada a metales, iones que son parte de la catlisis. El ms conocido que requiere nucleotido trifosforado requiere magnesio.

Coenzimas o grupos prostticos.

Todas estas molculas se hacen a partir de las vitaminas, sobre todo de las de la serie b. Hay enzimas: - Oxido-reductasas - Transferasas - Hidrolasas - Liasas - Isomerasas - Ligasas

Si tenemos una determinada molcula que entra en una reaccin, sustrato, lo que importa es que se convierta en producto. Eso va a ocurrir en la medida de que esa reaccin se posible. Para que ocurra esto la energa libre, que pase de un estado de mayor a uno menor, la diferencia sea negativa. La enzima apura que el estado inicial y el final se logren. No cambian la constante de equilibrio. Complejo enzima-sustrato: predispone al sustrato estructuralmente a que el paso a producto sea ms fcil. La enzima da el medio para que el paso intermediario sea factible. Lo que la enzima debe tener para que el sustrato sea posible es que la acumulacin del sustrato sea tan buena que permita tambin al producto y as va a ser ms fcil el paso a producto. Constante de equilibrio: razn que existe entre la concentracin de producto y la concentracin de sustrato cuando se obtiene el equilibrio. Entre ms producto se forme a travs del sustrato, la constante de equilibrio ser mayor. Esto significa que mas sustrato se ha convertido en producto en una unidad de tiempo, por lo tanto la reaccin ocurre mucho ms fcil y la molcula se encuentra ms cmoda como producto. El G de la reaccin a medida que la cte aumenta, disminuye. El estado final es ms cmodo que el inicial. ESTOS PARAMETROS LA ENZIMA NO LOS ALTERA YA QUE SON PROPIOS DE LA REACCION. La afinidad de la enzima por el sustrato debe ser baja. Energa de activacin: tiene 2 componentes. Formacin complejo enzima-sustrato, formacin complejo enzima-producto. Ureasa: produce la ltima etapa del ciclo de la urea. Lo aumenta a 10 14 veces. Esto quiere decir que ninguna de las reacciones que estn ocurriendo en nuestro cuerpo podra ocurrir si es que no hubiera enzimas.

La enzima crea en el sitio activo un ambiente en el cual la molcula puede entrar y sentirse muy cmoda. Depende de la orientacin que tienen los grupos qumicos que estn interaccionando con el sustrato.

La enzima en algn momento se va alterar cuando interacciona con el sustrato o con el producto. Luego de esto la enzima vuelve a su estado normal. Reacciones que implican un nucleofilo y un electrofilo: Nucleofilo: molcula que est cargada negativamente, tiene un par de electrones que puede compartir. Puede entregrselo a distinto electrfilos, dependiendo del cual ms le acomode. Electrfilo: vida por tener electrones. El oxigeno tiende a atraer los electrones, el carbono que con los electrones en baja concentracin.

Principios de cintica enzimtica Entre ms sustrato se pone, para un catalizador, ms probabilidades voy a tener para convertirla en producto. Si a una enzima se le pone poca concentracin de sustrato, la velocidad con que va a ser producto va a depender de la cantidad de sustrato, hasta que llegue a la velocidad mxima que pueda hacer producto. En la medida que se aumente el sustrato, va ir aumentando la velocidad. Hasta que se le da tanto sustrato que la velocidad no va a aumentar ms, porque ya est saturada. Este momento se llama la velocidad mxima de una reaccin.

La velocidad en cualquier momento es una relacin que tiene que ver con la concentracin de sustrato, naciendo 2 conceptos: que cada reaccin en cada condicin va a tener una velocidad mxima propia y para que yo forme harto producto, va a depender de la afinidad que se tenga por el sustrato, esto se refleja en la Km. Matemticamente es la concentracin de sustrato que es igual a la mitad de la velocidad mxima.

Para una velocidad ms pequea se necesita ms sustrato, en este caso la Km. es menor. Si tiene menor afinidad por la enzima a la misma concentracin de sustrato, la velocidad tambin ser menor. Qumicamente Km :

Mide la afinidad enzima- sustrato. Es la cte de disociacin de la enzima-sustrato. La hexoquinasa tiene mas afinidad por la Dglucosa. La quimiotripsina tiene mas afinidad por la Nbenzoyltyrosinamide. a mayor km, menor afinidad de la E con el S

Kcat: la km deja de tener valor cuando el sustrato con alta afinidad la tiene saturada, la reaccin depende de la velocidad con que ella libere el producto.

La disponibilidad de la enzima es distinta, porque el inhibidor est compitiendo. Si la enzima se una al inhibidor no va a formar producto, por lo tanto, la velocidad de la reaccin ser ms baja.

La velocidad mxima disminuye, menos E disponible. Disminuyen las molculas posibles para hacer la reaccin. Km: disminuye, se necesita menos concentracin de S para alcanzar velocidad mxima por segundo ya que la velocidad mxima disminuyo. La enzima no se une al sitio activo, sino a otro. El inhibidor se puede unir a la molcula cuando ya el sustrato esta unido.

Se producen todos los eventos de la inhibicin, ste se puede unir a la enzima sola o al complejo enzimasustrato. Se altera tanto el valor de la velocidad mxima pero la km aumenta.

En resumen

: factor en el cual se aumenta la concentracin de inhibidor. Acompetitiva: la velocidad mxima disminuye por ese factor y el km tambin. Mixta: la velocidad mxima disminuye y km tambin. Inhibidores irreversibles: no se afecta la km, ya que solamente queda como til aquella que no tiene inhibidor. La velocidad mxima disminuye porque el nmero de molculas disponibles para hacer el mximo producto la enzima lo disminuye. Las enzimas no funcionan todas igual. Las enzimas tiene un pH optimo, es cuando la estructura terciaria y cuaternaria, es la optima para unir al sustrato. Es el pH al cual enzima funciona mejor.

El sitio activo puede estar constituido por ms de una cadena polipeptidica.

Modificacin de la actividad de una enzima Hay enzimas que tienen un sitio distinto, alosterico. Esto hace que la enzima funcione mejor o peor. En ausencia del regulador la actividad cataltica es mala, sin embargo, cuando este modulador se una al sitio regulador, el sitio cataltico adquiere una configuracin que le da mayor afinidad por el sustrato. En este caso uno obtiene un complejo enzima- sustrato que es ms a fin. Hay un 3er actor que es el modulador. La mayora de las vas metablicas en que el producto final es un regulador alosterico de las etapas iniciales de una va metablica, me aseguro de no hacer ms de lo que necesito. Homotropica: el sustrato que va interaccionando con la enzima, va haciendo que esta vaya adquiriendo ms afinidad por el mismo. En la medida que aumento la concentracin de sustrato la velocidad de la reaccin va aumentando. No hay km sino que se llama k05, el concepto es el mismo pero no todas las molculas parten iguales. A una menor concentracin de sustrato se va a obtener una mayor velocidad. El modulador aumenta la afinidad de la enzima por el sustrato. Heterotropica: el que produce el efecto no es el mismo sustrato, sino que es otra molcula. Modulador +: puede disminuir sin alterar la velocidad mxima, es decir, un aumento en la velocidad inicial a un concentracin de S fija. Puede aumentar la velocidad mxima sin cambios importantes en K0.5 Modulador - : aumenta la K05, se necesita ms concentracin de S para alcanzar la mitad de la velocidad mxima. Fosforilacion de glucgeno fosforilaza Las protein kinasas toman las enzimas y las fosforilan. Esto hace que la enzima pueda ser ms activa o menos activa. Fosforilasa A: esta modificada por un grupo fosfato, es la que es activa. Tiene cofactores alostericos que la hacen ser ms o menos activa. El factor positivo alosterico es el AMP. Dependiendo de las combinaciones de fosforilacion, se puede regular el grado en que aumenta o disminuya la actividad. Exiten combinaciones de sitios de fosoforilacion que hacen que la enzima se comporte distinto.

Hay enzimas que se hacen con ms a de lo normal, ej: las del pncreas. Tienen pedazos de a. Mas grandes y solamente se produce la actividad cuando estos son cortados o retirados.