Centro de Investigacin Biomdica en Red de Enfermedades Raras

El Sndrome de Usher: Diagnstico Molecular de una Enfermedad Genticamente Heterognea y la Importancia del Estudio Poblacional
Jos M. Milln Unidad de Gentica, Hospital La Fe. Valencia CIBER de Enfermedades raras (CIBERER)

Sndrome de Usher-Definicin
El sndrome de Usher (USH) es una enfermedad caracterizada por la asociacin de retinosis pigmentaria (RP), hipoacusia neurosensorial y, en ocasiones, afectacin de la funcin vestibular. Su tipo de herencia es autosmico recesiva Es clnica y genticamente heterogneo Su prevalencia en Espaa se estim en 4,2/100.000

Sndrome de Usher- Hipoacusia

Sndrome de Usher- RP

Sndrome de Usher-Clnica
Manifestacin clnica Prdida auditiva USH1 Profunda a severa Estable Alterada Usualmente prepuberal No inteligible USH2 USH3 Severa-moderada Severa-moderada Estable Progresiva Normal Peri o postpuberal Inteligible Variable Peripuberal Inteligible

Funcin vestibular Inicio RP Lenguaje

Sndrome de Usher-Gentica USH1

USH1B/ DFNB2/ DFNA11
USH1C/ USH1D/ USH1E USH1F/ USH1G

11q13.5 11p15 10q 21q21

miosina VIIA harmonina cadherina 23

DFNB18 DFNB12

?
protocadherina15 SANS

DFNB23

10 17q

Sndrome de Usher-Gentica USH2

USH2A/ USH2C USH2D

RP

1q41 5q14.3-q21.3 9q32

usherina VLGR1 WHRN

USH3
USH3

3q21-25

clarina-1

INTERACTOMA-USHER

Diagnstico Gentico. Para qu?

En todos los pacientes
Confirmacin diagnstico clnico, asesoramiento adecuado, futuras terapias gnicas?

En nios con sordera neurosensorial congnita

Estrategias rehabilitadoras no dependientes de la visin

Diagnstico del Individuo. Dificultades

Genes muy grandes No hay caractersticas clnicas distintivas entre los genes Las mutaciones son, en general especficas de cada familia Heterogeneidad gentica de nuestra poblacin

49 exones, 6645 pb 26 exones, 1656 pb 69 exones, 10062 pb 33 exones, 5865 pb 3 exones, 1380 pb TOTAL 25,608 Kb

73 exones, 15606 pb 94 exones, 18921 pb 12 exones, 2721 pb TOTAL 37,248 Kb

4 exones, 696 pb

USH3

> 50%

Superior al 50% en Finlandia (Y176X) en p. Ashkenazi (N48K)

<5%

Inferior al 5% en el resto de poblaciones

El diagnstico molecular es ms sencillo en individuos pertenecientes a poblaciones endogmicas

A veces hay excepciones
Delecin SMN1 (Atrofia Muscular Espinal) G380R en FGFR3 (acrondroplasia) 35delG en GJB2 (hipoacusias)

Es necesario conocer la estructura poblacional de la enfermedad para desarrollar un algoritmo ptimo de diagnstico molecular de la misma

Clasificacin clnica
Usher tipo I Usher tipo II Usher tipo III Usher Atpico
67% 3% 1% 29%

Similar en Europa, EUA, Colombia, Japn

Clasificacin Gentica
USH1
MYO7A: 45% CDH23: 20% PCDH15: 15% USH3A: 2% SANS: USH1C: ?

USH2
USH2A: 85% estimado (mutacin en 50%) VLGR1: ? WHRN:

USH2A 2299delG (23,3%) C759F (3,75%) 2431_2432delAA (4,5%) 30% 42% 40% W3955X (17%-30%) No en nuestra poblacin 22% 15% 45%

Herramientas Diagnsticas: DNA-Microchips

Tecnologa APEX Arrayed Primer Extension

USHER MICROARRAY
Results: sense signal/ antisense signal marked with blue - common polymorphisms marked with red - nucleotide substitution which lead to the amino acid substitution Example: T/A C/G TC/AG -/T - sense C - sense TC - sense missing signals A - antisense G - antisense AG - antisense wild type or mutation or rare heterozygote - C, not detected allele G indicate the common rare allele allele

Gene CDH23-USH1D

Mutation ID on the chip U001 U002 U004 U003 U005 U006 U307 U007 U008 U009 U010 U011 U012 U013 U014 U015 U016 U017 U018 U019 U020 U021 U022 U023 U024 U308 U025 U026 U027 U028 U029 U030 U033 U031

Exon 3 4 5 10

13 14 15 20 25 26 29 30 31

35 36 37 40 42 45 46

nucleotide change 172C>T 193delC 336G>C 336+1G>A 371A>G 1087delG 1096G>A 1112delT 1355A>G 1439T>A 1450G>C 1745G>A 2289+1G>A 2968G>A 3105A>C 3178C>T 3557G>A 3617C>G 3625A>G 3841_3843del 3842_3845dup 3880C>T 4021G>A 4488G>C 4504C>T 4520G>A 4756G>C 4783G>A 5237G>A 5536G>A 5712G>A 6049+1G>A 6050-9G>A 6133G>A

amino acid change Q58X L65fs G112G/splice defect splice defect D124G V363fs A366T I371fs N452S L480Q A484P/splice defect R582Q splice defect D990N T1035T/splice defect? R1060W G1186D P1206R T1209A M1281del V1283fs Q1294X D1341N Q1496H/splice defect R1502X R1507Q A1586P E1595K R1746Q D1846N T1904T/splice defect splice defect splice defect D2045N

RP219 C/G C/G G/C G/C A/T G/C G/C T/A A/T T/A G/C G/C G/C G/A/T C/G G/C/G A/T T/T/C/G G/G/C C/G G/C G/C G/G/C G/C G/C G/C G/C G/-

RP572 C/G C/G G/C G/C A/T G/C G/C -/A A/T T/A G/C G/C G/C G/C A/T C/G G/C C/G A/T T/C T/C C/G G/C G/C C/G G/C G/C G/C G/C G/C G/C G/G/C G/C

RP808 C/G C/G G/C G/C A/T G/G/C T/A A/T T/A G/C G/C G/C G/A/T C/G G/C/G A/T T/C T/C C/G G/C G/C C/G G/C G/C G/G/C G/G/C G/C GA/CT G/C

RP1265 C/G C/G G/C G/C A/T G/C G/C T/A A/T T/A G/C G/C G/C G/C A/T C/G G/C C/G A/T T/C T/C C/G G/C G/C C/G G/C G/C G/C G/C G/C G/C G/C G/C G/C

RP1267 C/G C/G G/C G/C A/T G/G/C -/A A/T T/A G/C G/C G/C G/C A/T C/G G/C C/G A/T T/C T/C C/G G/C G/C C/G G/C G/C G/C G/C G/C G/C G/C A/T G/C

RP1268 C/G C/G G/C G/C A/T G/C G/C T/A A/T T/A G/C G/C G/C G/C A/T C/G G/C C/G A/T T/C T/C C/G G/C G/C C/G G/C G/C G/C G/C G/C G/C G/C G/C G/C

RP1283 C/G C/G G/C G/C A/T G/G/C -/A A/T T/A G/C G/C G/C G/C A/T C/G G/C C/G A/T T/T/C C/G G/C G/C C/G G/C G/C G/C G/C G/C G/C G/C G/C G/C

RP1286 C/G C/G G/C G/C A/T G/G/C -/A A/T T/A G/C G/C G/C G/C A/T C/G G/C C/G A/T T/C T/C C/G G/C G/C C/G G/C G/C G/C G/C G/C G/C G/C G/C G/C

RP1293 C/G C/G G/C G/C A/T G/C G/C T/A A/T T/A G/C G/C G/C G/C A/T C/G G/C C/G A/T T/T/C/G G/C G/C C/G G/C G/C G/C G/C G/C G/C G/C G/C G/C

RP1296 C/G C/G G/C G/C A/T G/C G/C -/A A/T T/A G/C G/C G/C G/C A/T C/G G/C C/G A/T T/C T/C C/G G/C G/C C/G G/C G/C G/C G/C G/C G/C G/C G/C G/C

RP1301 C/G C/G G/C G/C A/T G/C G/C T/A A/T T/A G/C G/C G/C G/C A/T C/G G/C C/G A/T T/C T/C C/G G/C G/C C/G G/C G/C G/C G/C G/C G/C G/C G/C G/C

Microchip-Usher
430 mutaciones en 8 de los 9 genes identificados (V4.0) 57 de las 430 mutaciones fueron encontradas en poblacin espaola (13,25%) La incorporacin de mutaciones propias debera aumentar la eficacia del chip en nuestra poblacin Ha permitido detectar dos mutaciones especialmente frecuentes en CDH23 (6049+1G>A y 6050-9G>A) Eficacia esperada: 50-60%/ Eficacia real: 37% USH1; 25% USH2; 30% USH3

Ventajas e Inconvenientes
Deteccin de muchas mutaciones con coste bajo en tiempo y esfuerzo tcnico La incorporacin de nuestras mutaciones aumenta la eficacia en nuestra poblacin Slo detecta mutaciones previamente encontradas Necesita actualizaciones Necesita estudio poblacional para determinar la patologa del cambio

Carcter patolgico de un cambio

Mutaciones nonsense Mutaciones de cambio de aminocido o que afectan al procesamiento del intrn
Naturaleza del cambio Segregacin con la enfermedad si es posible Presencia en tu poblacin
Mutacin patolgica Polimorfismo no patolgico Variante rara de difcil catalogacin

Nuevos Horizontes
Mutacin R3X en gen PCDH15 (exclusiva de poblacin pakistan??) [hipoacusia, CMT] Mutacin c.2283-1G>T en el gen MYO7A (frecuente en el Magreb??) T80fs en el gen USH2A (frecuente en poblacin sefard

Herramientas Diagnsticas-2: Microchip de genotipado mediante SNPs

Seleccin de SNPs informativos Intragnicos (preferible) o muy ligados a los genes que se pretenden valorar Anlisis rpido de muchos SNPs pertenecientes a muchos loci al mismo tiempo

FRP26

I:1 D3S1555 -71 55 189 D3S1279 (2) (A) (A) (A) (4) (2) (A) (A) (C) (3) 4 A A C 1

I:2 4 A A A 4

II:1 D3S1555 -71 55 189 D3S1279 2 A A A 4 4 A A A 4 2 A A A 4

II:2 4 A A A 4 2 A A A 4

II:3 4 A A C 1 2 A A C 3

II:4 4 A A C 1 2 A A A 4

II:5 4 A A A 4

FRP44

I:1 D3S1555 -71 55 189 D3S1279 2 A A C 3 3 A A A 4 2 A A C 3

I:2 3 A A A 4

II:1 D3S1555 -71 55 189 D3S1279

II:2 3 A A A 4 3 A A A 4

II:3 2 A A C 3

II:4 2 A A C 3

II:5 2 A A C 3

II:6 2 A A C 3

Herramientas Diagnsticas-2: Microchip de genotipado mediante SNPs

No rastrea mutaciones Permite descartar un cierto nmero de los genes implicados para cada familia Es til para familias grandes con varios afectados y sanos y en casos consanguneos No es til en casos aislados Requiere el anlisis posterior de los genes no descartados

Herramientas diagnsticas-3:
(MDPD: Mutation detection probability distribution)

Se basa en el anlisis de los amplicones de todos los genes implicados en una enfermedad en funcin de la probabilidad de que tengan una mutacin. Requiere un conocimiento previo de los amplicones ms mutados en una poblacin (LSDB: Locus Specific DataBase)

USH2A

MDPD
25 20 15 10 5 0
exn 13

MYO7A CDH23 PCDH15 ...

mutaciones

Algoritmo para el estudio del sndrome de Usher

USH1 USH2 exn 13 USH3 USH3A

Microchip-APEX 2 mut. 1 mut. Estudio de ese gen 0 mut. SNPs si posible

Nuevos genes candidatos

Estudio MDPD

Estudio genes segn prevalencia

El interactoma se expande...
microtbulos
RI de PKA

cadherinas cateninas

vezatina

miosina VIIA

actina
calmodulina

Rho GTPasas

whirlina

USH2D
miosina XVA

harmonina

actina
usherina

-catenina

colgeno IV

fibronectina

integrina

GRACIAS POR SU ATENCIN