Tutorial Chemsketch

Autores: Gabriel Iglesias, Rosana Rota y Luca B Chemes Chemsketch es un programa para dibujo avanzado en Qumica. til para dibujar estructuras qumicas, reacciones y esquemas. El programa consta de dos modos de trabajo: "Estructura" y "Dibujo": Modo Estructura (Structure Mode) para dibujar estructuras qumicas y calcular sus propiedades. Modo Dibujo (Draw Mode) para texto y procesamiento de grficos. Propiedades Moleculares (Molecular Properties) clculos p ara la estimacin automtica de: Peso frmula Composicin en porcentaje Refractividad molar Volumen molar Parachor ndice de refraccin Tensin superficial Densidad Constante dielctrica Polarizabilidad Masa monoisotpica, nominal y promedio.

Para comenzar: 1. Iniciar el programa. 2. En la esquina superior izquierda se elige el modo: Structure-Draw. Elegimos el modo "Structure" o "Estructura" ya que vamos a dibujar molculas. Dibujar molculas Para dibujar un tomo debemos tener seleccionado el modo de dibujo normal.

En las herramientas de la izquierda de la pantalla podemos seleccionar los tomos con los que queremos trabajar

Tabla Peridica tomos Radicales

Si queremos trabajar con un elemento que no est en la lista de la izquierda, en la parte superior de la misma podemos seleccionar una tabla peridica, se abrir una ventana nueva.

Cliqueando en el elemento podemos seleccionar el que queramos. Adems, al seleccionar un elemento en esta tabla nos brinda informacin del mismo. En el cuadro superior nos indica su nombre, masa atmica promedio, el nmero de valencia, el nmero atmico y la configuracin electrnica. En el cuadro inferior, en la pestaa general nos indica sus caractersticas (Characters), incluyendo cmo se encuentra en la naturaleza, y muchas cosas ms. Seleccionando la pestaa mass podremos ver los distintos istopos. Colocando el puntero del mouse sobre los istopos radioactivos nos indica su vida media (Half-Life).

Por ltimo, haciendo click en

podremos ver imgenes del elemento en su forma natural.

Actividad 1. Explorando las propiedades de un elemento qumico. Probemos encontrar el iodo. Cmo se ve en la foto? Quin fue su descubridor? Cul es su punto de ebullicin (boiling point)? Cules son sus istopos? Cules son radiactivos? Cul es su vida media? En qu estado de agregacin lo encontramos en la naturaleza? Ahora a dibujar! Cuando dibujemos un tomo, el programa por defecto lo asociar a los hidrgenos que correspondan de acuerdo a la valencia del elemento, por ejemplo si dibujamos un tomo de carbono estar asociado a 4 H. Pero al ir asocindolo con otros tomos cambiar un H por un enlace simple. En caso que queramos borrar un tomo tenemos que hacer clic en la goma y luego en el tomo.

Actividad 2. Dibujando molculas. Probemos dibujar el O2. (O=O) Tocamos el smbolo del O en la columna de la izquierda y luego hacemos clic en el centro de la pantalla. Aparece cmo queremos? Llevamos otro tomo de O y lo colocamos a una distancia corta del primero. Nos apoyamos en uno y vamos con el botn izquierdo del mouse apoyado hasta el otro para formar un enlace simple entre los dos. Obtuvimos la molcula como la queremos? Para lograr el doble enlace repetimos lo que hicimos recin, tocamos un O y arrastramos el mouse hasta el otro. Ahora s tenemos nuestra molcula. Actividad 3. Explorando los enlaces qumicos: Dibuja las siguientes molculas: NO2, H2SO4, XeF4. Elije la molcula de H2SO4 e intenta agregarle muchos oxgenos al azufre. Qu ocurre? en la barra de la derecha y haz Si quisieras dibujar el anin SO42- selecciona el menos del icono clic sobre el oxgeno. Qu ocurre con la carga de la molcula XeF4? Es la que esperaras? Actividad 4. Visualizacin 3D y clculo de distancias y ngulos de enlace. Podrn hacer la molcula de CO2(O=C=O)?

Visualizacin en 3D de la Molcula de CO2 Con la herramienta 3D-Viewer podemos ver la molcula en 3D. Haz clic en Se nos abre una nueva ventana con nuevas posibilidades: .
Optimizar estructura tridimensional

Diferentes opciones para mover las molculas.

Diferentes opciones para ver las molculas.

ngulo entre tomos

Distancia de enlaces

Ahora podemos calcular la distancia de los enlaces: El cono Asegrate que est seleccionado.

nos permite seleccionar tomos.

. De esta manera podemos ver los tomos de la molcula como esferas y el Haz click en el cono enlace como vara (Balls and Sticks). Para seleccionar un tomo hacemos click sobre l (se pone verde) y si queremos deseleccionar un tomo hacemos ctrl+clic sobre l. Para calcular la distancia del enlace asegrate que el icono est seleccionado. Seleccionamos un tomo (se pone verde), seleccionamos el otro y se abre una ventana que nos dice la distancia entre los tomos. Podemos tambin desde esta ventana modificarlo. De la misma manera, utilizando el icono seleccionndolos. podemos calcular el ngulo entre tres tomos

Mide los dos enlaces C-O. Deberan ser iguales? Mide el ngulo O=C=O. Qu ngulo esperaras? Probablemente, los valores no son los esperados. Esto es porque antes de medir enlaces y ngulos es necesario optimizar la estructura 3D. Para esto haz clic en el icono .

Vuelve a realizar las mediciones. Obtuviste los resultados esperados? Actividad 5. Tambin podemos usar las 3 dimensiones con el Chemsketch. Dibujemos el butano, pero dmosle algo de tridimensionalidad usando los puentes fuera del plano.

Ahora pasemos esta molcula al 3D-Viewer y optimizamos su estructura tridimensional. Hagamos luego girar la molcula y veamos su conformacin ms estable en el espacio.

Dibujando molculas ms complejas Si queremos dibujar una molcula ms compleja, como un alcano o luego un lpido con una cadena carbonada podemos utilizar la herramienta . Tambin podemos agregar un radical como un grupo cido utilizando la lista de radicales que encontramos a la derecha de la pantalla. Actividad 6. El repollo morado es una variedad de Brassica oleracea y su color se debe a que no slo posee los pigmentos vegetales tradicionales como la clorofila sino que adems tiene otros que son sensibles a la acidez como antocianinas y otros flavonoides. Dibujemos la estructura general de las antocianinas.

Para agregar la indicacin de los sustituyentes, agrega un tomo de Carbono en esa posicin y luego reemplzalo por R1 o R2 seleccionndolo del botn de la barra de la izquierda.

Para completar este dibujo necesita numerar los Carbonos e identificar los anillos aromticos A y B. Para ello puede usar la herramienta de escritura que se activa clickeando en Draw y justo debajo de este botn est la herramienta de escritura . A su derecha se activan una serie de menes desplegables y botones que permiten modificar las propiedades del texto.

Ejercicios adicionales. Actividad 7. Intentemos ahora algo ms complicado como la vitamina A o retinol:

Vista en Chensketch

Vista en 3D-Viewer

Tambin podemos trabajar con estructuras que ya estn dibujadas. Para eso, selecciona de la barra de men Templates y en el men desplegable selecciona Template window:

Se abrir una nueva ventana. En el primer campo nos permite elegir el tipo de molcula y en el segundo campo podemos recorrer las distintas pginas que existen para esa molcula.
Molcula Paginas

Y ah elegimos alguna molcula haciendo click sobre la estructura de la misma. Por ejemplo podemos buscar la vitamina A. Les sali parecida? Actividad 8. Pegar algunos nucletidos y hacer una cadena de ADN. Ej: A-C-T-G. Actividad 9. Dibujemos ahora la hebra de ADN complementaria a la anterior. Actividad 10. Agreguemos ahora los puentes de H. Para ello hay que definir primero las propiedades de las lneas que utilizaremos para dibujarlos.

Otra opcin es cambiarle las propiedades a las lneas haciendo doble click sobre ellas.