ADN

Cuprins
• Structura primara a acizilor nucleici
• Structura secundara a AND
• Fenomenul de denaturare-renaturare Hibri
zi moleculari

• Tipuri de ADN
• Replicarea AND
• Repararea AND
• Bibliografie
Structura primara a acizilor nucleici
• Acizii nucleici sunt substante polimere, macromoleculare, alcatuite din
unitati structurale care se repeta, numite nucleoide.
• O nucleoida este alcatuita dintr-o molecula baza azotata (purinica sau
purimidinica), o molecula de glucid (pentoza) si o molecula de radical acid
fosforic.
• Nucleosidita, este alcatuita dintr-o
molecula baza azotata si o molecula
pentoza. Principalele tipuri de baze
azotate purinice din molecula de acizi
nucleici sunt adenina si guanina, iar
dintre bazele azotate pirimidinice sunt
citozina si uracilul la ARN si
citozina si timina la ADN.
• Pentoza din ADN este 2’-dezoxi-riboza, obtinuta
prin eliminarea unui atom de oxigen din pozitia
C2’. In molecula de pentoza, atomii de carbon se
noteaza cu specificarea prim, respectiv de la C1’
la C5’
• Deoarece in fiecare tip de acid nucleic exista 4
tipuri de baze azotate, rezulta ca fiecare tip de
acid nucleic contine 4 tipuri de nucleotide. La
nivelul bazelor azotate purinice sau purimidinice
este prezent fenomenul de izomerie de pozitie –
tautomerie. Bazele azotate purinice prezinta un
atom de hidrogen la N9, iar bazele azotate
pirimidinice prezinta un atom de hidrogen la N3.
Aceasta dispozitie fovorizeaza formarea
moleculei de nucleosida. In cazul unei baze
azotate pirimidinice, formarea unei nucleoside
are loc prin legarea atomului C1’ al pentozei la
atomul N3 al bazei pirimidinice. In cazul bazei
azotate purinice, formarea unei nuclesoide are
loc prin legarea atomului C1’ al pentozei la
atomul N9 al bazei azotate si eliminarea unei
molecule de apa
• Nucleotida se obtine prin atasarea radicalului
fosfat la atomul C5’ al pentozei sau la atomul C3’
al pentozei cu eliminarea unei molecule de apa.
• Legatura dintre doua nucleotide se
realizeaza cu ajutorul grupului
fosfat care uneste moleculele de
pentoza a doua nucleotide
alaturate in pozitiile C5’-C3’ sau
C3’-C5’. Astfel daca radicalul
fosfat este legat la propria pentoza
in pozitia C5’, se leaga de atomul
C3’ al nucleotidului vecin, iar daca
este legat la atomul C3’ al
pentozei proprii, se leaga la
atomul C5’ al pentozei alaturate,
cu eliminarea unei molecule de
apa. Se obtin astfel catene
macromoleculare.
• Acizii nucleici sunt polimeri de
nucleotide, avand greutatea
moleculara de 10000 daltoni.
 Structura secundara a ADN
• ADN-ul a fost descoperit in anul 1896, in
nucleii celulelor albe ale sangelui. Functia lui
era necunoscuta. Acest compus, denumit
acid nucleic, a fost izolat din nucleii diferitelor
tipuri de celule. Analizele chimice, efectuate
in anul 1910 au identificat doua clase de acizi
nucleici ADN si ARN. In anul 1924, studiile
micrascopice si utilizarea colorantilor specifici
pentru ADN si proteine au demonstrat ca
amandoua substantele se gasesc in
cromozomi.
• Structura secundara a ADN a fost stabilita in
anul 1953 de catre J.D. Watson, F.H.C. Crick
si M.H.F. Wilkins si corespunde tipului B de
ADN, prezent in regiunile de eucromatina, cu
gene active metabolic. Conform acestui
model, molecula de ADN este alctuita din
doua catene macromoleculare, antiparalele
cu directie diferita de inaintare, rasucite in
jurul unui ax comun avand forma unei scari in
spirala.
• Cele doua balustrade ale scarii sunt reprezentate printr-un schelet glucido-
fosforic, treptele scarii fiind reprezentate prin bazele azotate intre care se
stabilesc punti de hidrogen de tipul A=T, respectiv G≡C. Prin asezarea in
interior a bazelor azotate, acestea sunt protejate la actiunea diferitilor factori
de mediu, asigurandu-se stabilitatea moleculei si implicit a informatiei
genetice, conferita de ordinea nucleotidelor dintr-o catena. Datorita faptului
ca pot exista numai patru tipuri de legaturi de hidrogen, A=T, G≡C, respectiv
T=A, C≡G, se asigura reproducerea cu mare fidelitate a informatiei genetice
in urma procesului de replicare. Pasul elicei este de 34 Ǻ. Deoarece la un
pas al elicei se afla 10 perechi de nucleotide, distanta dintre doua perechi
alaturate de nucleotide este de 3,4 Ǻ. Diametrul elicei, la tipul B al ADN,
este de 19 Ǻ fata de 20 Ǻ stabilita initial. Dublul helix prezinta rasucirea spre
dreapta, fiind usor asimetric avand doua scobituri: cobitura mare si
scobitura mica. Acestea reprezinta locurile unde actioneaza factiorii
mutageni.
 Fenomenul de denaturare-
renaturare Hibrizi moleculari.
• Prin incalzirea unei solutii de ADN la o
temperatura de 850-950oC, sau prin
mentinerea la o concentratie mare de
saruri, legaturile de hidrogen dintre
cele doua catene complementare se
pot rupe. Procesul este numit
denaturare, rezultand ADN denaturat.
Fig.1
• Renaturarea reprezinta capacitatea
catenelor complementare de a reface
dublul helix. Procesul are loc printr-o
racire treptata, lenta, care permite
refacerea puntilor de hidrogen si
reasocierea catenelor rezultand ADN
renaturat
• Temperatura de denaturare difera de
la o specie la alta, fiind dependenta de
procentul de legaturi triple de
hidrogen, fiind proportionala cu
procentul acestora in molecula de
ADN. Fig.2
• Procesul de renaturare se produce in doua etape. In prima etapa, catena de ADN din
solutie se imperecheaza cu alta catena, la intamplare, formandu-se scurte regiuni
bicatenare. In etapa urmatoare regiunea de baze imperecheate se extinde de-a lungul
moleculei, intreaga molecula devenind bicatenara.
• Hibridizarea implica refacerea unui dublu helix, pornind de la catene de ADN de origine
diferita, sau de la o catena de ADN si o catena de ARN. Hibridizarea se poate realiza pe
doua cai: hibridizare lichida si hibridizare de filtru
– Hibridizarea lichida, se face atunci cand doua preparate de ADN monocatenar
sunt amestecate in solutie. Procesul de hibridizare poate fi stabilit prin determinarea
schimbarilor in densitatea optica sau cu ajutorul unor izotopi radioactivi, prin
determinarea cantitatii de ADN care contine izotopi radioactivi.
– Hibridizarea de filtru, se utilizeaza pentru a stabili daca una din catenele originale
de ADN, hibridizeaza cu alte secvente. Pentru aceasta, dupa denaturarea ADN are
loc imobilizarea unei catene pe un filtru de nitroceluloza. Apoi, o alta catena de
ADN, marcata cu izotopi radioactivi este absorbita pe filtru. Aceasta va ramane pe
filtru numai daca va forma legaturi de hidrogen cu prima catena. Hibridizarea are
loc prin secvente complementare, fomandu-se duplexuri imperfecte, care sunt
intrerupte in regiunile unde nu exista corespondenta de baze azotate .
• Pe baza acestor proprietati ale moleculei de ADN, se pot stabili relatiile filogenetice
dintre specii, precum si modalitatile utilizate in tehnologia ADN- recombinat.
• Astfel s-a stabilit ca procentul de ADN comun dintre diferite specii este dependent de
distanta separarii filogenetice dintre specii: omul are in comun cu cimpanzeul 75% din
ADN, cu soarecele 25% si numai 5% cu pestii.
 Tipuri de ADN
• Forma clasica de ADN descrisa de Watson, Crick si Wilkins, reprezinta tipul B de
ADN. In alte conditii, duplexul de ADN se poate gasi si sub alte forme structurale.
• Tipul A
• Este foarte apropiat de conformatia regiunilor dublu
catenate din molecula de ADN, unde prezenta
grupului hidroxil-2’ impiedica adoptarea formei B
Duplexurile hibride ADN-ARN apartin structural
formei A.
• Tipul B
• Reprezinta structura generala a macromoleculei de
ADN in celule active metabolic.Aceasta forma
prezinta o scobitura principala mare si o scobitura
mica. Diferentele dintre baze sunt de obicei usor de
evidentiat in scobitura principala, care reprezinta
locul principal de contact pentru proteine, care
leaga specific secventekle de ADN.
• Tipul C
• Nu se afla in conditii in vivo.
• A lte doua forme, tipul D si E pot reprezenta
variante extreme ale aceleiasi forme. Ele contin mai
putine elemente pe pas ale elicei, fiind prezente in
vivo numai la secventele de ADN din care lipseste
guanina.
• Tipul Z, singurul cu rasucire la stanga, este in
contrast cu forma clasica, respectiv cu tipul B. Este
o forma compacta, avand cele mai multe perechi de
baze pe rotatie. Numele ii este dat de la forma in
zig-zag a catenei fosfo-glucidice. Scobitura mica
este adanca si ingusta, iar scobitua mare este
practic absenta. Este intalnit la polimerii care au
secvente de baze purinice si pirimidinice alterate .
 Replicarea ADN
Replicarea ADN bicatenar.

• Procesul de replicare a ADN, constituie

functia autocatalitica a materialului genetic,
care are loc in timpul fazei S a ciclului celular
mitotic. Watson si Crick, au emis ipoteza
replicarii ADN dupa modelul semiconservator.
Initial are loc ruperea puntilor de hidrogen,
rezultand ADN monocatenar. Ulterior, fiecare
catena originala serveste ca matrita pentru
sinteza unei catene noi. Vor rezulta doua
molecule noi, fiecare avand o catena veche si
o catena nou sintetizata.
• Datorita puntilor de hidrogen complementare
de tipul A=T, G≡C si invers, secventa
nucleotidelor din cele doua molecule
rezultate, este identica cu secventa de
nucleotide din molecula originala. Astfel, cele
doua molecule, respectiv cele doua fiice, vor
avea aceeasi baza ereditara.
• Replicarea ADN incepe de la punctul de
origine al repliconului.
• Aceasta constituie o regiune in care are loc o
trecere de la duplexul parental la noile
duplexuri fiice replicate.
• Originea replicarii este reprezentata printr-o
secventa scurta de ADN, pana la 300 perechi de
baze, constituind furca de replicare, bogata in A=T.
Apoi actioneaza enzima helicaza, care desface
puntile de hidrogen dintre cele doua catene.
Regiunea monocatera rezultata, este camplexata cu
o proteina denumita single-standard binding-
protein, care stabilizeaza regiunea cu ADN-
monocatenar, impiedicand refacerea puntilor de
hidrogen. Sinteza celor doua catene fiice noi, este
diferita de cele doua catene matrita.
• Catena veche 3’-5’, serveste ca matrita pentru
sinteza unei catene complementare noi, 5’-3’,
denumita catena leading. Catena initiala 3’-5’, are
liber grupul 3’-OH, la care se pot adauga nucleotide
complementare noi. Sinteza unei catene noi, are loc
la capatul 3’-OH, sub actiunea enzimei ADN-
polimeraza III. Sub actiunea enzmei ADN-giraza
are loc rasucirea catenei nou formate fata de cea
originala formand structura bicatemara.
• Catena initiala 5’-3’, serveste ca matrita pentru
sinteza unei catene noi, catena 3’-5’, denumita
catena lagging (catena discontinua, segmantara
sau intatziata). Intrucat catena matrita nu are liber
capatul 3’-OH, siteza este discontinua, avand loc
dupa un alt mecanism, de la furca de replicare spre
capatul liber al catenei.
• Primaza este inlocuita cu ADN-polimeraza III, sub
actiunea careia se ataseaza nucleotide noi, de la
furca de replicare spre capatul liber al catenei
lagging, formandu-se un fragment Okazaki.
• Fragmentul Okazaki este un fragment de ADN,
alcatuit din cateva mii de nucleoide la procariote si
100-200 nucleoide la eucariote. Dupa sinteza unui
fragment Okazaki, ADN-polimeraza III este
inlaturata. Imediat actioneaza ADN-polimeraza
I,avand loc atasarea ultimului nucleoid. Dupa
aceasta sub actiunea unei exonucleaza are loc
indepartarea primerului ARN, proces umat d
indepartarea ADN-polimeraza I. Doua fragmente
Okazaki alaturate sunt legate sub actiunea
enzimei AND-ligaza, dupa care sub actiunea
girazei, are loc rasucirea fragmentului nou format
in jurul matritei.
• Viteza de atasare a noilor nucleotide, respectiv
viteza de replicare a AND este de 1000 nucleotide
pe secunda. La aceasta viteza au loc erori de
imperechere, respectiv de atasare a unor
nucleotide noi, intr-un procent de 1eroare/100000
perechi de nucleotide. In acest fel, bacteriile care
au 3x106 perechi de baze azotate in molecula de
ADN, contin 300 erori pe celula.ADN-ul din celula
umana contine circa 3x109 perechi de baze,
numarul de erori fiind 30000 nucleotide pe celula.
• Topoizomerazele, sunt enzime care regleaza
procesul de de replicare. Ele au rolin taierea uneia
dintre catenele moleculei de ADN.
 Repararea ADN
• Cand procesele de replicare si reparare a ADN
esueaza, apar schimbari permanente in structura
si functiile ADN. Aceste schimbari nucleotidice
permanente sunt numite mutatii. Uneori o
mutatie care afecteaza o singura pereche de
nucleotide poate sa distruga un organism, daca
are loc intr-o pozitie vitala a secventei ADN.
• Celula are un sistem de siguranta numit sistem
de reparare a nepotrivirilor ADN, care
corecteaza eventualele graseli de copiere.
Dispozitivul de reparare face o greseala la 107
nucleodide copiate; sistemul de reparare a
nepotrivirilor corecteaza 99% dintre aceste erori,
crescand precizia totala la o eroare din 109
nucleotide copiate (Kolodner 1995).
• Ori de cate ori masina de replicare lasa un
nucletid gresit imperecheat. Daca aceasta
nepotrivire nu este corectata la urmatoarea
replicare a ADN se va transforma in mutatie. Fig.1
• Un complex de reparare recunoaste aceste
nepotriviri, indeparteaza una sin cele doua catene
ADN implicate si reinsereaza catena lipsa. Fig.2
• Mecanismele de deteriorare a ADN
• Ca orice alta molecula a celulei, ADN sufera
continuu coliziuni termice cu alte molecule.
Acestea determina modificari chimice
importante la ADN. Reactia de depurinare
nu rupe scheletul fosfodiesteric, dar da
nastere unor leziuni care seamana cu dintii
lipsa. O alta schimbare majora este
dezaminare consta in pierderea spontana a
unor grupari amino, din citoza ADN care se
transforma in uracil. Unii produsi de
metabolism reactioneaza cu bazele ADN
alterandu-le, astfel incat proprietatile lor de
imperechere se modifica. Daca aceste
modificari n-ar fi reparate multe dintre ele ar
duce – dupa replicarea ADN - fie la
substituirea unei perechi de baze, ca rezultat
al imperecherii incorecte a bazelor in timpul
replicarii, fie la deletia unora sau mai multor
perechi nucleotidice din catena ADN fiica.
Etapele mecanismului de reparare a ADN
• Majoritatea mecanismelor de reparare sunt
dependente de existenta a doua copii ale
informatiei genetice, cate una in fiecare
catena a dublului helix de ADN.
Mecanismul de baza pentru repararea
ADN implica trei etape :
• ADN deteriorat este recunoscut si
indepartat de catre o nucleaza, care
cliveaza legaturile covalente ce leaga
nucleotidele « avariate» de restul moleculei
de ADN lasand un mic spatiu intr-o catena
din dublul helix al ADN din aceasta zona ;
• O ADN polimeraza reparatorie se leaga la
capatul lui 3’OH al catenei de ADN taiat.
Apoi ea umple spatiul gol prin sinteza unei
copii complementare a informatiei din
catena intacta.
• Cand ADN polimeraza reparatorie a umplut
spatiul gol, in scheletul dezoxiriboza-fosfat
al catenei reparate ramane o crapatura
care este astupata de catre AND ligaza.
• Datorita mecanismelor de reparare care conserva
secventa ADN, modificarile in molecula ADN se
acumuleaza extrem de incet in cursul evolutiei. Rata de
modificari in ADN-ul unei specii depinde de selectia
naturala: erorile de copiere ale ADN – care au un rezultat
daunator pentru organism – sunt eliminate din populatie
prin moartea sau infertilitatea indivizilor care poarta ADN
replicat gresit. Multumita acuratetei replicarii si repararii
ADN, in peste o suta de milioane de ani s-a schimbat
foarte putin in continutul acestor procese esentiale. Deci,
in genomurile noastre, noi si animalele inrudite purtam
sau primim un mesaj din timpuri stravechi.
 Bibliografie
• Colectia Hipocrate 25
– Mihai Cruce, Biologie celulara si moleculara
• Mihaela Corneanu, Genetica
• Manual Biologie clasa a XII-a