Propiedades fsicas y qumicas

El ADN es un largo polmero formado por unidades repetitivas, los nucletidos. Una doble cadena
de ADN mide de 22 a 26 angstroms (2,2 a 2,6 nanmetros) de ancho, y una unidad (un nucletido)
mide 3,3 (0,33 nm) de largo.
Componentes

Estructura de soporte: La estructura de soporte de una hebra de ADN est formada por unidades
alternas de grupos fosfato y azcar (desoxirribosa).
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El azcar en el ADN es una pentosa,
concretamente, la desoxirribosa.
cido fosfrico:
Cada nucletido puede contener uno, dos o tres grupos de cido fosfrico, aunque como
monmeros constituyentes de los cidos nucleicos slo aparecen en forma de nuclesidos
monofosfato.
Desoxirribosa:
Es un monosacrido de 5 tomos de carbono derivado de la ribosa, que forma parte de la
estructura de nucletidos del ADN.
Las molculas de azcar se unen entre s a travs de grupos fosfato, que forman enlaces
fosfodister entre los tomos de carbono tercero y quinto de dos anillos adyacentes de
azcar. La formacin de enlaces asimtricos implica que cada hebra de ADN tiene una
direccin

Bases nitrogenadas:
Las cuatro bases nitrogenadas mayoritarias que se encuentran en el ADN son
la adenina (A), la citosina (C), la guanina (G) y la timina (T). Cada una de estas cuatro
bases est unida al armazn de azcar-fosfato a travs del azcar para formar el nucletido
completo (base-azcar-fosfato). Las bases son compuestos heterocclicos y aromticos con
dos o ms tomos de nitrgeno, y, dentro de las bases mayoritarias, se clasifican en dos
grupos: las bases pricas o purinas (adenina y guanina), derivadas de la purina y formadas
por dos anillos unidos entre s, y las bases pirimidnicas o bases
pirimdicas o pirimidinas (citosina y timina), derivadas de la pirimidina y con un solo
anillo.
Timina:
En el cdigo gentico se representa con la letra T. Es un derivado pirimidnico con
un grupo oxo en las posiciones 2 y 4, y un grupo metil en la posicin 5. Forma
el nuclesidotimidina (siempre desoxitimidina, ya que slo aparece en el ADN) y
el nucletido timidilato o timidina monofosfato (dTMP). En el ADN, la timina siempre
se empareja con la adenina de la cadena complementaria mediante 2 puentes de
hidrgeno, T=A.

Citosina:
En el cdigo gentico se representa con la letra C. Es un derivado pirimidnico, con
un grupo amino en posicin 4 y un grupo oxo en posicin 2. Forma
el nuclesido citidina(desoxicitidina en el ADN) y el nucletido citidilato o (desoxi)citidina
monofosfato (dCMP en el ADN, CMP en el ARN). La citosina siempre se empareja en el
ADN con la guanina de la cadena complementaria mediante un triple enlace, CG.
Adenina:
En el cdigo gentico se representa con la letra A. Es un derivado de la purina con un grupo
amino en la posicin 6. Forma el nuclesido adenosina (desoxiadenosina en el ADN) y el
nucletido adenilato o (desoxi)adenosina monofosfato (dAMP, AMP). En el ADN siempre
se empareja con la timina de la cadena complementaria mediante 2 puentes de
hidrgeno, A=T.


Guanina:
En el cdigo gentico se representa con la letra G. Es un derivado prico con un grupo oxo
en la posicin 6 y un grupo amino en la posicin 2. Forma el nuclesido
(desoxi)guanosina y el nucletido guanilato o (desoxi)guanosina monofosfato (dGMP,
GMP). La guanina siempre se empareja en el ADN con la citosina de la cadena
complementaria mediante tres enlaces de hidrgeno, GC.

Las bases nitrogenadas tienen una serie de caractersticas que les confieren unas propiedades
determinadas. Una caracterstica importante es su carcter aromtico, consecuencia de la presencia
en el anillo de dobles enlaces en posicin conjugada. Ello les confiere la capacidad de absorber luz
en la zona ultravioleta del espectro en torno a los 260 nm, lo cual puede aprovecharse para
determinar el coeficiente de extincin del ADN y hallar la concentracin existente de los cidos
nucleicos. Otra de sus caractersticas es que presentan tautomera o isomera de grupos funcionales,
debido a que un tomo de hidrgeno unido a otro tomo puede migrar a una posicin vecina; en las
bases nitrogenadas se dan dos tipos de tautomeras: tautomera lactama-lactima, donde el hidrgeno
migra del nitrgeno al oxgeno del grupo oxo (forma lactama) y viceversa (forma lactima), y
tautomera imina-amina primaria, donde el hidrgeno puede estar formando el grupo amina (forma
amina primaria) o migrar al nitrgeno adyacente (forma imina). La adenina slo puede presentar
tautomera amina-imina, la timina y el uracilo muestran tautomera doble lactama-lactima, y la
guanina y citosina pueden presentar ambas. Por otro lado, y aunque se trate de molculas apolares,
las bases nitrogenadas presentan suficiente carcter polar como para establecer puentes de
hidrgeno, ya que tienen tomos muy electronegativos (nitrgeno y oxgeno) que presentan carga
parcial negativa, y tomos de hidrgeno con carga parcial positiva, de manera que se forman
dipolos que permiten que se formen estos enlaces dbiles.
Apareamiento de bases
La dble hlice de ADN se mantiene estable mediante la formacin de puentes de hidrgeno entre
las bases asociadas a cada una de las dos hebras. Para la formacin de un enlace de hidrgeno una
de las bases debe presentar un "donador" de hidrgenos con un tomo de hidrgeno con carga
parcial positiva y la otra base debe presentar un grupo "aceptor" de hidrgenos con un tomo
cargado electronegativamente. Los puentes de hidrgeno son uniones ms dbiles que los
tpicos enlaces qumicos covalentes, como los que conectan los tomos en cada hebra de ADN, pero
ms fuertes que interacciones hidrfobas individuales. Como los puentes de hidrgeno no son
enlaces covalentes, pueden romperse y formarse de nuevo de forma relativamente sencilla. Por esta
razn, las dos hebras de la doble hlice pueden separarse como una cremallera, bien por fuerza
mecnica o por alta temperatura. La doble hlice se estabiliza adems por el efecto hidrofbico y el
apilamiento.
Cada tipo de base en una hebra forma un enlace nicamente con un tipo de base en la otra hebra, lo
que se denomina complementariedad de las bases. As, las purinas forman enlaces con las
pirimidinas, de forma que A se enlaza slo con T, y C slo con G. La organizacin de dos
nucletidos apareados a lo largo de la doble hlice se denomina apareamiento de bases. Este
emparejamiento corresponde a que la cantidad de adenina era muy similar a la cantidad de timina, y
que la cantidad de citosina era igual a la cantidad de guanina en el ADN. Como resultado de esta
complementariedad, toda la informacin contenida en la secuencia de doble hebra de la hlice de
ADN est duplicada en cada hebra, lo cual es fundamental durante el proceso de replicacin del
ADN. En efecto, esta interaccin reversible y especfica entre pares de bases complementarias es
crtica para todas las funciones del ADN en los organismos vivos.
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los dos tipos de pares de bases forman un nmero diferente de enlaces de hidrgeno: A=T forman
dos puentes de hidrgeno, y CG forman tres puentes de hidrgeno. El par de bases GC es por tanto
ms fuerte que el par de bases AT. Como consecuencia, tanto el porcentaje de pares de bases GC
como la longitud total de la doble hlice de ADN determinan la fuerza de la asociacin entre las dos
hebras de ADN. Las dobles hlices largas de ADN con alto contenido en GC tienen hebras que
interaccionan ms fuertemente que las dobles hlices cortas con alto contenido en AT.
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Por esta
razn, las zonas de la doble hlice de ADN que necesitan separarse fcilmente tienden a tener un
alto contenido en AT.
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En el laboratorio, la fuerza de esta interaccin puede medirse buscando la
temperatura requerida para romper los puentes de hidrgeno, la temperatura de fusin . Cuando
todas las pares de bases en una doble hlice se funden, las hebras se separan en solucin en dos
hebras completamente independientes. Estas molculas de ADN de hebra simple no tienen una
nica forma comn, sino que algunas conformaciones son ms estables que otras.
Estructuras en doble hlice


El ADN existe en muchas conformaciones.
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Sin embargo, en organismos vivos slo se han
observado las conformaciones ADN-A, ADN-B y ADN-Z. La conformacin que adopta el ADN
depende de su secuencia, la cantidad y direccin de superenrollamiento que presenta, la presencia
de modificaciones qumicas en las bases y las condiciones de la solucin, tales como la
concentracin de iones de metales y poliaminas.
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De las tres conformaciones, la forma "B" es la
ms comn en las condiciones existentes en las clulas.
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Las dos dobles hlices alternativas del
ADN difieren en su geometra y dimensiones.
La forma "A" es una espiral que gira hacia la derecha, ms amplia que la "B", con una hendidura
menor superficial y ms amplia, y una hendidura mayor ms estrecha y profunda. La forma "A"
ocurre en condiciones no fisiolgicas en formas deshidratadas de ADN, mientras que en la clula
puede producirse en apareamientos hbridos de hebras ADN-ARN, adems de en complejos
enzima-ADN.
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Los segmentos de ADN en los que las bases han sido modificadas por metilacin pueden sufrir
cambios conformacionales mayores y adoptar la forma "Z". En este caso, las hebras giran alrededor
del eje de la hlice en una espiral que gira a mano izquierda, lo opuesto a la forma "B" ms
frecuente.
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Estas estructuras poco frecuentes pueden ser reconocidas por protenas especficas que
se unen a ADN-Z y posiblemente estn implicadas en la regulacin de la transcripcin.
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Estructuras en cudruplex


Estructura de un ADN en cudruplex formada por repeticiones en los telmeros. La conformacin
de la estructura de soporte del ADN difiere significativamente de la tpica estructura en hlice.
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En los extremos de los cromosomas lineales existen regiones especializadas de ADN
denominadas telmeros. La funcin principal de estas regiones es permitir a la clula replicar los
extremos cromosmicos utilizando la enzima telomerasa, puesto que las enzimas que replican el
resto del ADN no pueden copiar los extremos 3' de los cromosomas.
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Estas terminaciones
cromosmicas especializadas tambin protegen los extremos del ADN, y evitan que los sistemas
de reparacin del ADN en la clula los procesen como ADN daado que debe ser corregido.
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En
las clulas humanas, los telmeros son largas zonas de ADN de hebra sencilla que contienen
algunos miles de repeticiones de una nica secuencia TTAGGG.
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Estas secuencias ricas en guanina pueden estabilizar los extremos cromosmicos mediante la
formacin de estructuras de juegos apilados de unidades de cuatro bases, en lugar de los pares de
bases encontrados normalmente en otras estructuras de ADN. En este caso, cuatro bases guanina
forman unidades con superficie plana que se apilan una sobre otra, para formar una estructura
cudruple-G estable.
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Estas estructuras se estabilizan formando puentes de hidrgeno entre los
extremos de las bases y laquelatacin de un metal inico en el centro de cada unidad de cuatro
bases.
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Tambin se pueden formar otras estructuras, con el juego central de cuatro bases
procedente, o bien de una hebra sencilla plegada alrededor de las bases, o bien de varias hebras
paralelas diferentes, de forma que cada una contribuye con una base a la estructura central.
Adems de estas estructuras apiladas, los telmeros tambin forman largas estructuras en lazo,
denominadas lazos telomricos o lazos-T (T-loops en ingls). En este caso, las hebras simples de
ADN se enroscan sobre s mismas en un amplio crculo estabilizado por protenas que se unen a
telmeros.
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En el extremo del lazo T, el ADN telomrico de hebra sencilla se sujeta a una regin de
ADN de doble hebra porque la hebra de ADN telomrico altera la doble hlice y se aparea a una de
las dos hebras. Esta estructura de triple hebra se denomina lazo de desplazamiento o lazo D (D-
loop).
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Hendiduras mayor y menor

La doble hlice es una espiral dextrgira, esto es, cada una de las cadenas de nucletidos gira a
derechas; esto puede verificarse si nos fijamos, yendo de abajo a arriba, en la direccin que siguen
los segmentos de las hebras que quedan en primer plano. Si las dos hebras giran a derechas se dice
que la doble hlice es dextrgira, y si giran a izquierdas, levgira (esta forma puede aparecer en
hlices alternativas debido a cambios conformacionales en el ADN). Pero en la conformacin ms
comn que adopta el ADN, la doble hlice es dextrgira, girando cada par de bases respecto al
anterior unos 36.
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Cuando las dos hebras de ADN se enrollan una sobre la otra (sea a derechas o a izquierdas), se
forman huecos o hendiduras entre una hebra y la otra, dejando expuestos los laterales de las bases
nitrogenadas del interior (ver la animacin). En la conformacin ms comn que adopta el ADN
aparecen, como consecuencia de los ngulos formados entre los azcares de ambas cadenas de cada
par de bases nitrogenadas, dos tipos de hendiduras alrededor de la superficie de la doble hlice: una
de ellas, la hendidura o surco mayor, que mide 22 (2,2 nm) de ancho, y la otra, la hendidura o
surco menor, que mide 12 (1,2 nm) de ancho.
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Cada vuelta de hlice, que es cuando sta ha
realizado un giro de 360 o lo que es lo mismo, de principio de hendidura mayor a final de
hendidura menor, medir por tanto 34 , y en cada una de esas vueltas hay unos 10,5 pb.

La anchura de la hendidura mayor implica que los extremos de las bases son ms accesibles en sta,
de forma que la cantidad de grupos qumicos expuestos tambin es mayor lo cual facilita la
diferenciacin entre los pares de bases A-T, T-A, C-G, G-C. Como consecuencia de ello, tambin se
ver facilitado el reconocimiento de secuencias de ADN por parte de diferentes protenas sin la
necesidad de abrir la doble hlice. As, protenas como los factores de transcripcin que pueden
unirse a secuencias especficas, frecuentemente contactan con los laterales de las bases expuestos en
la hendidura mayor.
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Por el contrario, los grupos qumicos que quedan expuestos en la hendidura
menor son similares, de forma que el reconocimiento de los pares de bases es ms difcil; por ello se
dice que la hendidura mayor contiene ms informacin que la hendidura menor.
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Sentido y antisentido
Una secuencia de ADN se denomina "sentido" (en ingls, sense) si su secuencia es la misma que la
secuencia de un ARN mensajero que se traduce en una protena. La secuencia de la hebra de ADN
complementaria se denomina "antisentido" (antisense).
Superenrollamiento

El ADN puede retorcerse como una cuerda en un proceso que se denomina superenrollamiento del
ADN . Cuando el ADN est en un estado "relajado", una hebra normalmente gira alrededor del eje
de la doble hlice una vez cada 10,4 pares de bases, pero si el ADN est retorcido las hebras pueden
estar unidas ms estrechamente o ms relajadamente.
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Si el ADN est retorcido en la direccin de
la hlice, se dice que el superenrollamiento es positivo, y las bases se mantienen juntas de forma
ms estrecha. Si el ADN se retuerce en la direccin opuesta, el superenrollamiento se llama
negativo, y las bases se alejan. En la naturaleza, la mayor parte del ADN tiene un ligero
superenrollamiento negativo que es producido por enzimas denominadastopoisomerasas.
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Estas
enzimas tambin son necesarias para liberar las fuerzas de torsin introducidas en las hebras de
ADN durante procesos como la transcripcin y la replicacin.