La pnicilline II.

Dtermination de la structure et synthse

d'un antibiotique

Publi le 15/10/2006
Dossiers > Synthse > Mthodologie en chimie organique , Dossiers transversaux > Sciences et Sant
Niveau > 2nde , Terminale STL - SPCL , 1re S

Article rdig par Hagop Demirdjian (professeur agrg responsable du site ENS-
DESCOCultureSciences-Chimie), relu par J.-B. Baudin (Sous-Directeur du Dpartement de Chimie de
l'ENS). Cet article fait partie du dossier pluridisciplinaire sur la sant.


Table des matires
Techniques d'analyse de la structure chimique
L'analyse structurale dans les annes 1940
Pourquoi essayer de dterminer la structure ? Une stratgie de production
lucidation de la structure de la pnicilline
Un compos soufr ?
Les diffrentes hypothses
La synthse totale
Des difficults inattendues
Une synthse inutile ?
Synthse totale et pnicilline synthtiques
Bibliographie - ressources en ligne
Cet article fait suite la pnicilline I. Dcouverte d'un antibiotique qui retrace l'histoire de la
dcouverte des proprits bactricides de la pnicilline et la mise au point des procds de production
industrielle. Cette molcule est devenue le premier antibiotique connatre une trs large diffusion
alors mme que sa structure n'tait pas tablie de faon certaine. Le prsent article s'intresse la
dtermination de sa structure ainsi qu' sa synthse.
Techniques d'analyse de la structure chimique
L'analyse structurale dans les annes 1940
Au regard des techniques actuelles de caractrisation, la dtermination de la structure d'une molcule
telle que la pnicilline (figure 1) peut sembler simple aux chimistes d'aujourd'hui. Pourtant, au dbut
des annes 1940, la caractrisation d'un compos organique est une opration longue et dlicate.
Pour le comprendre nous allons rappeler de quels outils d'analyse disposaient les chimistes avant
1945.
Figure 1. Structure de la pnicilline.

Il faut d'abord garder l'esprit que les mthodes de purification sont peu nombreuses et d'une
efficacit limite. Elles se rsument essentiellement deux techniques : la recristallisation et la
distillation [1a]. La chromatographie en phase gazeuse ne se dveloppe qu'au milieu des annes
1950 et lorsque Abraham utilise la chromatographie d'adsorption pour purifier la pnicilline en 1940, il
fait figure de pionnier : c'est une technique qui vient d'apparatre [2].
Les chimistes d'alors ne disposent de presque aucune des techniques spectroscopiques d'analyse
structurale utilises en routine aujourd'hui. La diffraction des rayons X commence peine tre
utilise avec succs sur des cristaux molculaires de molcules aromatiques simples [3]. Ce sont les
premiers balbutiements de l'analyse par spectroscopie UV-visible et infrarouge : la spectroscopie UV-
visible commencera tre applique sur des grosses molcules organiques partir de 1945. C'est
galement cette priode que la spectroscopie infrarouge devient un outil d'analyse [4]. La
spectromtrie de masse est utilise pour analyser les molcules organiques partir du milieu des
annes 1950 et il faut attendre les annes 1960 pour que la RMN soit utilise en chimie.
En 1940, l'analyse structurale est encore un processus trs long qui peut prendre plusieurs annes,
voire plusieurs dcennies comme dans le cas des strols [1b]. Ernst Chain[1] dira plus tard que la
pnicilline est probablement la dernire molcule organique d'origine biologique avoir t analyse
en faisant appel aux mthodes classiques de la chimie organique [5].
Ces mthodes sont les suivantes [1c] :
L'analyse lmentaire : la dgradation d'une quantit de l'ordre de la centaine de milligramme de
substance permet de dterminer ses proportions en carbone, hydrogne, azote et oxygne[2]. Elle
permet galement d'estimer la quantit d'halognes, de phosphore, de soufre et des autres
lments. La micro-analyse permet de travailler sur des masses de produits infrieures 5 mg.
La cryomtrie et l'bulliomtrie permettent de dterminer la masse molaire.
Les tests chimiques permettent de connatre les fonctions prsentes.
La dgradation de la molcule, en gnral par oxydation : les diffrents produits de dgradation
sont leur tour soumis l'analyse structurale pour essayer de reconstruire la molcule de dpart.
La drivation de la molcule ou de ses rsidus de dgradation par des voies de transformation
connues.
Dans les deux derniers cas, on compare les fragments issus de la drivation et de la dgradation
des produits dont la structure est connue.
L'exemple suivant montre comment tablir, l'aide de ces mthodes, la structure de deux molcules
de mme formule brute C2H4O2.
Figure 2. Exemple d'analyse structurale de deux molcules de mme formule brute C2H4O2.

La molcule (a) soumise l'action du pentachlorure de phosphore donne un compos chlor. Cela
prouve la prsence d'un groupe hydroxyle au sein de (a) qui peut donc tre r-crit (C2H3O)OH. Son
sel de sodium (C2H3O)ONa soumis l'action de la soude NaOH haute temprature produit un gaz
identifi comme tant le mthane CH4 et le sel Na2CO3. Un des atomes d'hydrogne du mthane
provient de la soude, (a) contient donc un radical mthyl -CH3. Cela permet de conclure que la
structure de la molcule (a) est (CH3)-CO-OH avec une double liaison C=O pour respecter la valence
du carbone. C'est l'acide thanoque.
Cette structure peut tre confirme par synthse. Il est connu que l'action de NaCH3 sur CO2 mne
l'acide thanoque. On peut vrifier que le compos synthtique est identique en tout point (a).
La molcule (b) ne ragit pas avec le pentachlorure de phosphore, ce qui permet d'exclure la
prsence d'un groupe hydroxyle. En revanche, son hydrolyse permet d'obtenir (c) de formule CH4O et
(d) de formule CH2O2. L'obtention de CH3Cl par action du pentachlorure de phosphore permet
d'identifier (c) au mthanol CH3OH, et la substitution par NH2 dans (d) prouve l'existence d'un groupe
hydroxyle, ce qui permet d'aboutir la structure (HCO)OH. (b) doit tre le produit de condensation de
(c) et (d), soit CH3O(OCH), le mthanoate de mthyle.
Vrification par synthse : le chauffage en milieu acide d'un mlange de mthanol et d'acide
mthanoque produit de l'eau et le mthanoate de mthyle en tout point identique (b).
Cet exemple montre que, mme pour une molcule simple (moins de dix atomes, une seule fonction
chimique, aucun strocentre), l'analyse requiert la mise en ?uvre de plusieurs cycles de raction /
purification / caractrisation. On mesure ds lors les difficults rencontres pour des molcules de
plusieurs dizaines d'atomes, polyfonctionnelles et plusieurs strocentres comme la pnicilline.
Pourquoi essayer de dterminer la structure ? Une stratgie de production
Avant d'examiner plus prcisment l'tablissement de la structure de la pnicilline, il est utile de
s'interroger sur le but poursuivi par les chercheurs. Il faut garder l'esprit que la production de
pnicilline entre 1940 et 1942 est trs faible. Les doses obtenues par fermentation partir du
champignonPenicillium notatum permettent peine de raliser les essais cliniques. La possibilit de
produire une substance permettant d'viter l'infection des blessures est, en ces temps de guerre, une
source de motivation trs forte pour mettre au point une voie de synthse totale de la molcule afin de
la mettre en production industrielle. C'est dans l'espoir de mettre au point cette synthse que Ernst
Chain et Edward Abraham entament Oxford, vers la fin de 1942, une collaboration avec Wilson
Baker et Sir Robert Robinson[3] . Cette petite quipe collabore galement avec Dorothy Hodgkin[4],
pionnire des caractrisations structurales par diffraction des rayons X. Elle s'enrichira d'une
quinzaine de collaborateurs au cours des annes. L'effort de guerre amnera jusqu' un millier de
chimistes anglais et amricains travailler la synthse de la pnicilline jusqu'en 1945 [6].
lucidation de la structure de la pnicilline
Un compos soufr ?
la fin de 1941, trs peu de caractristiques structurales de la pnicilline sont tablies. Les
chercheurs ont constat, en essayant d'amliorer le processus d'extraction, que l'activit
antibactrienne disparat en milieu acide ou basique et l'analyse lmentaire montre que la molcule
contient de l'azote mais pas de soufre. Cette dernire donne est trs importante puisqu'elle oriente
toutes les analyses ultrieures. En 1942, les produits de dgradation par hydrolyse acide sont
caractriss : il s'agit de dioxyde de carbone, d'un aldhyde et d'un acide amin. Ce dernier sera isol
par Abraham qui le nomme pnicillamine . La pnicillamine est analyse en posant l'hypothse
d'une molcule non-soufre mais de nombreux rsultats sont incohrents. La substance cristallise
est confie pour analyse Hodgkin et Baker. Ils remarquent que les quantits des lments C, H, N
dtermines par l'analyse lmentaire conduisent dduire une proportion aberrante d'oxygne. Ils
suggrent de reconsidrer la prsence du soufre et Baker prouvera cette prsence par un test
chimique : l'analyse lmentaire de dpart tait errone. Cette correction permet d'interprter
plusieurs observations restes sans explications jusque l et relance l'activit des chercheurs.
Les diffrentes hypothses
De nombreux progrs sont faits en 1943 : la structure de plusieurs produits de dgradation de la
pnicilline est lucide l'aide de caractrisations chimiques et des hypothses concernant la
structure de la pnicilline sont mises. La premire mane de Robinson qui propose l'existence d'un
noyau oxazolone (figure 3 a). Chain et Abraham en revanche soutiennent qu'un noyau -lactame,
c'est dire un amide cyclique 4 chanons, est au c?ur de la structure (figure 3 b).
Figure 3. Structures proposes pour la pnicilline par Robinson (a) et Chain et Abraham (b).

D'autres structures seront proposes par des quipes amricaines, mais jusqu'en 1945 c'est la
structure oxazolone de Robinson qui est privilgie par la majorit des chercheurs. Son grand mrite
est de permettre d'interprter la dgradation de la pnicilline pH = 2 en une molcule qui prsente
deux groupes acides et un groupe basique et dont la structure avait t tablie par Robinson
galement (figure 4) [6-7].
Figure 4. Raisonnement de Robinson pour justifier la structure oxazolone.

L'hypothse -lactame est carte a priori car la ractivit de la pnicilline est trs diffrente de celle
des -lactames isoles qui sont beaucoup moins sensibles l'hydrolyse acide. Pourtant c'est bien
cette structure -lactame qui est mise en vidence par la cristallographie par diffraction des rayons X
en 1945 par Hodgkin. Robert B. Woodward[5] proposera une interprtation la diffrence de ractivit
entre les -lactames libres et la fonction prsente dans la pnicilline. Au sein de cette dernire, la -
lactame fait partie d'un systme bicyclique, et l'environnement de l'azote ne peut pas tre plan car
cela engendrerait une tension de cycle trop grande. Ceci empche la dlocalisation lectronique sur la
fonction amide telle qu'observe sur une -lactame libre (figure 5).
Figure 5. Diffrence de ractivit entre la -lactame libre et la -lactame bicyclique.

Or cette dlocalisation a pour effet de diminuer l'lectrophilie du carbonyle. La conclusion est que le
carbonyle de la pnicilline est beaucoup plus lectrophile que celui d'une -lactame libre, il est donc
beaucoup plus ractif par addition nuclophile et c'est pourquoi sa dsactivation est si aise en milieu
acide (figure 6) [6-8]. On peut remarquer que la structure propose par Robinson apparat dans ce
mcanisme comme un intermdiaire ractionnel.
Figure 6. Schma de dgradation de la pnicilline en milieu acide.

Il aura donc fallu prs de trois ans de recherches pour tablir la structure de la pnicilline. Il y a alors
en Grande-Bretagne et aux tats-Unis prs d'un millier de chimistes qui tentent de mettre au point sa
synthse totale.
La synthse totale
Des difficults inattendues
La voie de synthse la plus explore alors repose sur des tentatives de condensation de drivs
d'oxazolones avec la penicillamine (figure 7).
Figure 7. Tentative de synthse de la pnicilline par condensation de deux molcules.

Plusieurs produits de condensation sont isols et analyss, mais aucun ne prsente d'activit
antibiotique. La synthse de la pnicilline se rvle plus difficile que ne l'avaient espr les
chercheurs [6].
Une synthse inutile ?
Mais le principal frein la mise au point de cette synthse fut sans doute l'absence de motivation. En
effet l'effort de guerre a permis de mettre au point un procd par fermentation [2]. En 1945, la
molcule est produite en quantits telles que les restrictions sur sa distribution sont leves, la mise au
point d'une synthse totale n'est plus une priorit. Vers la fin 1945 une molcule dont les
caractristiques sont en tout point semblables celle de la benzylpnicilline est synthtise avec un
rendement de... 0,1 % ! Les espoirs d'amlioration de ce rendement sont faibles et la recherche dans
ce domaine connat une dsaffection rapide. Elle est totalement abandonne ds 1946.
Synthse totale et pnicilline synthtiques
Il faut attendre 1957 pour que John Sheehan, chimiste amricain au Massachusetts Institute of
Technology, mette au point la synthse totale de la phnoxymthylpnicilline, ou pnicilline V
(figure 8).
Figure 8. Structure de la pnicilline V.

Cette synthse sera publie en 1959 [9]. Il est clair cette poque qu'aucun procd de synthse
totale n'est comptitif par rapport aux mthodes industrielles de fermentation, mais son intrt est
ailleurs. En effet, la mthodologie de Sheehan lui permet d'obtenir des drivs de la pnicilline qui en
diffrent par la chane latrale de la fonction amide. Il ouvre ainsi une voie de synthse de nouvelles
substances qui ne sont pas disponibles dans la nature et qui peuvent prsenter des proprits
antibiotiques : ce sont les pnicillines synthtiques.
Bibliographie - ressources en ligne
[1] a) L. Gattermann Laboratory methods of organic chemistry 24me d. 1937, MacMillan. b) L.
F. Fieser, M. Fieser Natural products related to phenantrene 3me d. 1949, Reinhold. c) P.
Karrer Organic chemistry 3me d. 1947, Elsevier.
[2] La dcouverte de la pnicilline sur CultureSciences-Chimie la pnicilline I. Dcouverte d'un
antibiotique .
[3] L'histoire de la diffraction des rayons X en ligne sur le site de l'Union Internationale de
Cristallographie. P. P. Ewald Fifty Years of X-Ray Diffraction.
[4] B. Vidal, Histoire de la chimie , Que sais-je ? Puf, 1998.
[5] B. Weintraub, Ernst Boris Chain (1906-1979) and Penicillin , Bull. Israel Chem. Soc. 29, 13,
2003.
[6] E. P. Abraham, Sir Robert Robinson and the early story of penicillin , Nat. Prod. Rep. 41, 4,
1987.
[7] E. B. Chain The chemical structure of the penicillins 1946, Nobel Lectures. En ligne sur le site
de la fondation Nobel.
[8] G. L. Patrick Chimie pharmaceutique 2003, De Boeck.
[9] J. C. Sheehan, K. R. Henery-Logan The total synthesis of penicillin V JACS, 3089, 81, 1959.

[1] Ernst Chain : prix Nobel de physiologie-mdecine pour la dcouverte de la pnicilline et ses
effets curatifs de nombreuses maladies infectieuses , partag avec Florey et Flemming en 1945.
[2] La quantit d'oxygne est en gnral dtermine de manire indirecte, par diffrence entre la
masse de carbone, d'hydrogne et d'azote et la masse molaire de la substance.
[3] Sir Robert Robinson : prix Nobel de chimie en 1947 pour ses recherches d'importance biologique
sur les substances extraites des plantes et spcialement sur les alcalodes .
[4] Dorothy Hodgkin : prix Nobel de chimie 1964 pour la dtermination de structures biochimiques
importantes (pnicilline et vitamine B12) par diffraction des rayons X.
[5] Robert Burns Woodward : prix Nobel de chimie 1965 pour ses accomplissements exceptionnels en
synthse organique.