Carrera Huertas, Jos. Salazar Vallejos, Jhunior. Vsquez Mija, Gamelin.
DOCENTE Pumachagua Huertas, Rodolfo.
CURSO Qumica Mdica.
FECHA DE PRESENTACIN
21/06/14
SEMINARIO N II-6: AMINOCIDOS Y PROTENAS. NIVELES ESTRUCTURALES EN PROTENAS.
INTRODUCCIN
Los aminocidos son sustancias cristalinas, casi siempre de sabor dulce; tienen carcter cido como propiedad bsica y actividad ptica; qumicamente son cidos carbnicos con, por lo menos, un grupo amino por molcula, 20 aminocidos diferentes son los componentes esenciales de las protenas. Aparte de stos, se conocen otros que son componentes de las paredes celulares. Las plantas pueden sintetizar todos los aminocidos, nuestro cuerpo solo sintetiza 16, aminocidos, stos, que el cuerpo sintetiza reciclando las clulas muertas a partir del conducto intestinal y catabolizando las protenas dentro del propio cuerpo.
Los aminocidos son las unidades elementales constitutivas de las molculas denominadas protenas. Son pues, y en un muy elemental smil, los "ladrillos" con los cuales el organismo reconstituye permanentemente sus protenas especficas consumidas por la sola accin de vivir.
Las protenas que son los compuestos nitrogenados ms abundantes del organismo, a la vez que fundamento mismo de la vida. En efecto, debido a la gran variedad de protenas existentes y como consecuencia de su estructura, las protenas cumplen funciones sumamente diversas, participando en todos los procesos biolgicos y constituyendo estructuras fundamentales en los seres vivos. De este modo, actan acelerando reacciones qumicas que de otro modo no podran producirse en los tiempos necesarios para la vida (enzimas), transportando sustancias (como la hemoglobina de la sangre, que transporta oxgeno a los tejidos), cumpliendo funciones estructurales (como la queratina del pelo), sirviendo como reserva (albmina de huevo), etc.
Los alimentos que ingerimos nos proveen protenas. Pero tales protenas no se absorben normalmente en tal constitucin sino que, luego de su desdoblamiento ("hidrlisis" o rotura), causado por el proceso de digestin, atraviesan la pared intestinal en forma de aminocidos y cadenas cortas de pptidos, segn lo que se denomina " circulacin entero heptica".
1. Respecto a los aminocidos: A. Cuntos aminocidos presentes en la naturaleza se han reportado hasta el momento?
B. Cuntos y cules aminocidos forman parte de las protenas?, qu caractersticas tienen en comn?
Los 20 aminocidos que forman parte de las protenas son: Serina (Ser,S), Treonina (Thr,T), Cistena (Cys,C), Asparagina (Asn,N), Glutamina (Gln,Q) y Tirosina (Tyr,Y), Glicina (Gly,G), Alanina (Ala,A), Valina (Val,V), Leucina (Leu,L), Isoleucina (Ile,I), Metionina (Met,M), Prolina (Pro,P), Fenilalanina (Phe,F) y Triptfano (Trp,W), cido asprtico (Asp,D) y cido glutmico (Glu,E), Lisina (Lys,K), Arginina (Arg,R) e Histidina (His,H). Los aminocidos, monmeros componentes del polmero protena, son molculas quirales constituidas por un tomo de carbono central, el C, que portan en ste un grupo amino y un grupo carboxilo, lo cual les da su nombre, adems de un tomo de hidrgeno y una cadena lateral que les confiere sus caractersticas definitorias.
C. Cmo se clasifican los aminocidos segn:
el tipo de cadena lateral.
Alfa-aminocidos: El grupo amino est ubicado en el carbono n. 2 de la cadena, es decir el primer carbono a continuacin del grupo carboxilo (histricamente este carbono se denomina carbono alfa). La mayora de las protenas estn compuestas por residuos de alfa- aminocidos enlazados mediante enlaces amida (enlaces peptdicos).
Beta-aminocidos: El grupo amino est ubicado en el carbono n. 3 de la cadena, es decir en el segundo carbono a continuacin del grupo carboxilo.
Gamma-aminocidos: El grupo amino est ubicado en el carbono n. 4 de la cadena, es decir en el tercer carbono a continuacin del grupo carboxilo.
las propiedades de la cadena lateral.
Neutros polares, polares o hidrfilos: serina (Ser, S), treonina (Thr, T), cistena (Cys, C), glutamina (Gln, Q), asparagina (Asn, N), tirosina (Tyr, Y). b. Neutros no polares, apolares o hidrfobos: alanina (Ala, A), valina (Val, V), leucina (Leu, L), isoleucina (Ile, I), metionina (Met, M), prolina (Pro, P), fenilalanina (Phe, F), triptfano (Trp, W) y glicina (Gly, G). Con carga negativa o cidos: cido asprtico (Asp, D) y cido glutmico (Glu, E). Con carga positiva o bsicos: lisina (Lys, K), arginina (Arg, R) e histidina (His, H). fenilalanina (Phe, F), tirosina (Tyr, Y) y triptfano (Trp, W) (ya incluidos en los grupos neutros polares y neutros no polares).
la capacidad de sntesis del organismo. A los aminocidos que deben ser captados como parte de los alimentos se los llama esenciales; la carencia de estos aminocidos en la dieta limita el desarrollo del organismo, ya que no es posible reponer las clulas de los tejidos que mueren o crear tejidos nuevos, en el caso del crecimiento.
Para el ser humano, los aminocidos esenciales son: Valina (Val, V) Leucina (Leu, L) Treonina (Thr, T) Lisina (Lys, K) Triptfano (Trp, W) Histidina (His, H) * Fenilalanina (Phe, F) Isoleucina (Ile, I) Arginina (Arg, R) * Metionina (Met, M) A los aminocidos que pueden sintetizarse en el propio organismo se los conoce como no esenciales y son: Alanina (Ala, A) Prolina (Pro, P) Glicina (Gly, G) Serina (Ser, S) Cistena (Cys, C) ** Asparagina (Asn, N) Glutamina (Gln, Q) Tirosina (Tyr, Y) ** cido asprtico (Asp, D) cido glutmico (Glu, E)
2. Respecto a niveles de organizacin de las protenas: A. Qu estructuras puede presentar una protena? Explique cada una de ellas. La organizacin de una protena viene definida por cuatro niveles estructurales denominados: estructura primaria, estructura secundaria, estructura terciaria y estructura cuaternaria. Cada una de estas estructuras informa de la disposicin de la anterior en el espacio.
Estructura primaria La estructura primaria de las protenas se refiere a la secuencia de aminocidos, es decir, la combinacin lineal de los aminocidos mediante un tipo de enlace covalente, el enlace peptdico. Los aminocidos estn unidos por enlaces peptdicos siendo una de sus caractersticas ms importantes la coplanaridad de los radicales constituyentes del enlace. La estructura lineal del pptido definir en gran medida las propiedades de niveles de organizacin superiores de la protena. Este orden es consecuencia de la informacin del material gentico: Cuando se produce la traduccin del RNA se obtiene el orden de aminocidos que van a dar lugar a la protena. Se puede decir, por tanto, que la estructura primaria de las protenas no es ms que el orden de aminocidos que la conforman. Estructura secundaria La estructura secundaria de las protenas es la disposicin espacial local del esqueleto proteico, gracias a la formacin de puentes de hidrgeno entre los tomos que forman el enlace peptdico, es decir, un tipo de enlace no covalente, sin hacer referencia a la cadena lateral. Existen diferentes tipos de estructura secundaria: -Estructura secundaria ordenada. -Estructura secundaria no ordenada. -Estructura secundaria desordenada. Los motivos ms comunes son la hlice alfa y la beta lmina (Hoja plegada beta). Hlice alfa Los aminocidos en una hlice estn dispuestos en una estructura helicoidal dextrgira, con unos 3.6 aminocidos por vuelta. Cada aminocido supone un giro de unos 100 en la hlice, y los carbonos de dos aminocidos contiguos estn separados por 1.5. La hlice est estrechamente empaquetada, de forma que no hay casi espacio libre dentro de la hlice. Todas las cadenas laterales de los aminocidos estn dispuestas hacia el exterior de la hlice.6 El grupo amino del aminocido (n) puede establecer un enlace de hidrgeno con el grupo carbonilo del aminocido (n+4). De esta forma, cada aminocido (n) de la hlice forma dos puentes de hidrgeno con su enlace peptdico y el enlace peptdico del aminocido en (n+4) y en (n-4). En total son 7 enlaces de hidrgeno por vuelta. Esto estabiliza enormemente la hlice. Esta dentro de los niveles de organizacin de la protena.
Lmina beta La beta lmina se forma por el posicionamiento paralelo de dos cadenas de aminocidos dentro de la misma protena, en el que los grupos amino de una de las cadenas forman enlaces de hidrgeno con los grupos carboxilo de la opuesta. Es una estructura muy estable que puede llegar a resultar de una ruptura de los enlaces de hidrgeno durante la formacin de la hlice alfa. Las cadenas laterales de esta estructura estn posicionados sobre y bajo el plano de las lminas. Dichos sustituyentes no deben ser muy grandes, ni crear un impedimento estrico, ya que se vera afectada la estructura de la lmina. Estructura terciaria Es el modo en que la cadena poli peptdica se pliega en el espacio, es decir, cmo se enrolla una determinada protena, ya sea globular o fibrosa. Es la disposicin de los dominios en el espacio. La estructura terciaria se realiza de manera que los aminocidos apolares se sitan hacia el interior y los polares hacia el exterior en medios acuosos. Esto provoca una estabilizacin por interacciones hidrofbicas, de fuerzas de van der Waals y de puentes disulfuro1 (covalentes, entre aminocidos de cistena convenientemente orientados) y mediante enlaces inicos. Estructura cuaternaria La hemoglobina es una protena tetramrica que suele emplearse como ejemplo de protena con estructura cuaternaria. La estructura cuaternaria deriva de la conjuncin de varias cadenas peptdicas que, asociadas, conforman un ente, un multmero, que posee propiedades distintas a la de sus monmeros componentes. Dichas subunidades se asocian entre s mediante interacciones no covalentes, como pueden ser puentes de hidrgeno, interacciones hidrofbicas o puentes salinos. Para el caso de una protena constituida por dos monmeros, un dmero, ste puede ser un homodmero, si los monmeros constituyentes son iguales, o un heterodmero, si no lo son.
B. Qu fuerzas estabilizan la estructura tridimensional de una protena? La estructura de las protenas est estabilizada por diferentes tipos de enlaces, como enlaces covalentes (enlace peptdico, enlace por puentes disulfuro), enlaces por puentes de hidrgeno (interacciones dipolo-dipolo), interacciones hidrofbicas, enlaces salinos (interacciones electrostticas) o las fuerzas de los contactos de Van der Waals. Todos estos tipos de enlaces juegan un importante papel en la estabilizacin de la estructura tridimensional de las protenas.
3. Qu condiciones afectan el plegamiento correcto de las protenas? El plegamiento de protenas es el proceso por el que una protena alcanza su estructura tridimensional. La funcin biolgica de una protena depende de su correcto plegamiento. Si una protena no se pliega correctamente ser no funcional y, por lo tanto, no ser capaz de cumplir su funcin biolgica. El proceso inverso es conocido como desnaturalizacin de protenas. Una protena desnaturalizada no es ms que una cadena de aminocidos sin una
estructura tridimensional definida ni estable. A menudo, las protenas desnaturalizadas pierden su solubilidad y precipitan. En algunos casos los procesos de plegamiento y desnaturalizacin son reversibles, aunque en otros no. Hasta el momento se cree que la estructura primaria de una protena induce a establecer las estructuras secundaria, terciaria y cuaternaria ya que el ADN no slo determinara la estructura primaria sino tambin los niveles superiores de estructura. Sin embargo, la actividad biolgica de la protena depende en gran medida de su estructura terciaria especfica mantenida por los enlaces mencionados anteriormente, de tal manera que cuando una protena se somete a: Calor Determinadas sustancias qumicas Cambios bruscos de pH, etc.
4. Cmo est formado el sistema de control de plegamiento en los organismos?
Uno de los componentes fundamentales de los sistemas de control del plegamiento son las chaperonas moleculares. Esta clase de protenas, muy conservadas entre las diferentes especies, unen reversiblemente a las molculas de protena de reciente sntesis y, mediante mecanismos diversos que pueden requerir la hidrlisis de ATP, las ayudan a plegarse en su estado nativo. Algunas chaperonas pueden revertir el plegamiento de las molculas que estn plegadas incorrectamente, dndoles una nueva oportunidad de iniciar el proceso y potencialmente alcanzar su estado nativo funcional. Adems de las chaperonas moleculares, los sistemas de control del plegamiento se componen de varias proteasas muy especializadas cuya distribucin intracelular semeja a la de las chaperonas. Estas proteasas, cuya funcin est coordinada con la de las chaperonas, degradan a las molculas de protenas plegadas incorrectamente, generalmente una vez
que chaperonas especficas las han desplegado convenientemente. La va fundamental de eliminacin de las protenas incorrectamente plegadas en el compartimiento citoplasmtico es el complejo del proteosoma. Este sistema degrada a las protenas que han sido marcadas para tal fin mediante la unin covalente a su estructura de un nmero variable de molculas de ubiquitina. La va del proteosoma es tambin el destino de algunas de las protenas sintetizadas en los ribosomas unidos al retculo endoplsmico y que por alguna razn no alcanzaron su estado nativo.
5. A qu se denomina precursor amiloide? La amiloidosis es un grupo de enfermedades raras y de causa desconocida, que se caracterizan por el depsito de sustancia amorfa (amiloide), en los espacios extracelulares de diversos rganos y tejidos condicionando alteraciones funcionales y estructurales segn la localizacin e intensidad
del depsito. Alrededor del 75% de los pacientes que la padecen tienen una amiloidosis primaria, el 5% del total presenta amiloidosis secundaria (asociada a otra enfermedad), y menos del 5% desarrolla una forma de amiloidosis familiar. Las manifestaciones clnicas son inespecificas, determinadas por el rgano o el sistema afectado. El diagnstico se basa en la sospecha clnica y la demostracin de la presencia de la sustancia amiloide en los tejidos. La evolucin de la amiloidosis, es difcil de comprobar debido a que casi nunca se conoce con precisin el inicio de la misma. En cuanto al tratamiento mdico, se observa respuesta favorable con melfaln ms prednisona, respecto al transplante de rganos, no se cuenta con un protocolo de aceptacin universal, este depende de cada caso, extensin y estadio evolutivo de la enfermedad. 6. Cules son las caractersticas generales de los amiloides? Son protenas muy heterogneas y se depositan en cuadros clnicos distintos. 95% protenas fibrilares: AL (Amiloide Ligera): Son cadenas ligeras de inmunoglobulinas producidas por clulas secretoras. Pueden estar completas, ser fragmentos o presentarse una mezcla. Su depsito se asocia a algunas formas de proliferacin monoclonal de las clulas B. AA (Amiloide Asociada): Son protenas de 76 aminocidos (8500 D) sintetizadas por el hgado. Derivan de un precursor de 12.000 D que se encuentra en el suero y se denomina SAA (protena srica-amiloide-asociada). La SAA circula asociada a lipoprotenas de la subclase HDL3. Estas protenas se encuentra en los cuadros clnicos descritos como "amiloidosis secundarias". Transtirretina amiloide (TTRA): Es una protena srica normal que se une y transporta tiroxina y retinol. Una forma mutante de transtirretina se deposita en un grupo de enfermedades conocidas como polineuropatas amiloides. Otra forma se deposita en la amilodosis relacionada con el envejecimiento.
2 microglobulina (2m):
Es una protena srica normal componente de las molculas MHC clase I. Se ha identificado como la subunidad fibrilar amiloide en la amiloidosis que sufren los hemodializados. 2 del amiloide (A): Es un pptido de 4000D, constituye el ncleo de las placas cerebrales observadas en la enfermedad de Alzheimer. Deriva de una glucoprotena transmembrana mucho ms grande, la protena precursora de amiloide (APP). 5% componente amiloide-P del suero (SAP): Componente normal de la matriz asociado con las fibras elsticas y la membrana basal glomerular. Es una glicoprotena decamrica del plasma. Compuesta por subunidades idnticas que forman dos anillos pentamricos. Se une a todas las fibrillas de amiloide conocidas. No se requiere para la fibrilognesis del amiloide in vitro pero parece funcionar protegiendo las fibrillas de la degradacin in vivo. Es la principal protena del plasma capaz de unirse a ADN y cromatina. Tambin se une a fibronectina y a glicosaminoglicanos. La unin de estos ligandos y la fibrilla de amiloide es dependiente de calcio. Podra ser necesario para que se produzca el depsito de las fibrillas de amiloide. Es la causa de que la tincin con cido perydico salga positiva. 7. Mencione las estructuras proticas involucradas en las amiloidosis humanas conocidas.
Los precursores de amiloide tambin difieren en la proporcin de alimentos de estructura secundaria que caracteriza su plegamiento. Por ej. La insulina solo posee estructura secundaria tipo alfa-hlice, mientras otros como la beta2- microglobulina, son molculas todo-beta; un tercer grupo como la lisozima y la anteriormente mencionada transtiretina, se caracterizan por una proporcin diferente de ambas formas de plegamiento.
8. Qu modelos se postulan para el posible mecanismo de conversin del estado nativo al estado fibrilar de una protena amiloidea?
No existe un modelo estructural nico que explique las propiedades individuales de todas las fibras amiloides. En base a la informacin estructural obtenida mediante diversos mtodos biofsicos, se propusieron tres modelos bsicos, con sus variantes, que explican las propiedades identificadas en algunos tipos particulares, desde la perspectiva de los posibles mecanismos de conversin del estado de plegamiento inicial, representado por el estado nativo del precursor, en el estado fibrilar. Uno de estos modelos, denominado de replegamiento, postula que el estado nativo y el fibrilar del precursor son esencialmente diferentes, siendo el primero una entidad definida por las interacciones mediadas por las cadenas laterales de sus residuos constituyentes, mientras que en el segundo son las interacciones intra e intermoleculares, dependientes del esqueleto peptdico, las determinantes. Para que esta transicin ocurra, la protena debe desplegarse totalmente para luego adoptar el estado fibrilar, rico en estructura beta. Un tercer grupo de modelos, reunidos bajo la denominacin comn de modelos de ganancia de interacciones, propone que la formacin de la fibra amiloide requiere un reajuste estructural en el precursor que se limita a un segmento menor de su estructura, mientras que el resto de la molcula conserva su estado nativo.
CONCLUSIONES Las protenas son materiales polmeros que se encuentran en las clulas vivientes. Sirven como materiales estructurales en el cuerpo y son fundamentales para muchos procesos vitales. Las protenas son polmeros de aminocidos y se producen en las clulas del cuerpo. Las protenas de otros animales y de algunas plantas son un alimento importante, ya que proporcionan los aminocidos que son esenciales para el cuerpo en la produccin de las protenas necesarias. La realizacin de este trabajo nos ha permitido tener una visin ms clara y completa de cmo se lleva a cabo la sntesis de protenas en los seres vivos, adems de ensearnos la importancia que tienen cada uno de los pasos insignificantes que puedan parecernos, ya que por ejemplo, el cambio de un aminocido por otro en la sntesis de una determinada protena podra ocasionar que la protena resultante no realice su trabajo con eficacia o que, simplemente, no la realice. Los aminocidos de los compuestos qumicos ms importantes pues son la base de la vida, adems de su interesante actividad qumica. Por lo mismo es que se debe continuar su estudio en el futuro prximo para comprender ms profundamente su comportamiento qumico; lo que nos llevara no solo a adelantar en la investigacin qumica sino tambin en el rea de la bioqumica y por qu no soar algn da con poder sintetizar la vida en un laboratorio.