Genomas 2008

Parte 1 Estudio de los genomaspresenta una des-
cripcin de las tcnicas y los enfoques cientficos

sobre los que se basa nuestro conocimiento acerca
de ellos. Comienza con un captulo de orientacin
que presenta los genomas, los transcriptomas y los
proteomas; despus, en el captulo 2, se consideran
los mtodos, centrados en la clonacin y la reaccin
en cadena de la polimerasa (PCR) de DNA, que se
emplean para estudiar segmentos cortos de DNA;
por ejemplo, genes individuales. El captulo 3 inicia
el examen de la genmica describiendo cmo se
construyen los mapas genticos y fsicos, y el captu-
lo 4 establece el vnculo entre mapeo y secuencia-
cin. A medida que se avanza en la lectura del
captulo 4, se advertir que, aunque los mapas pue-
den ser una ayuda valiosa para el ensamblaje de una
secuencia larga de DNA, el mapeo no siempre es un
prerrequisito esencial para la secuenciacin del
genoma. En el captulo 5, se investigan los diversos
enfoques que se aplican para conocer las secuencias
de un genoma; en el captulo 6, se examinan los
mtodos para estudiar las funciones de un genoma
que dirigen la sntesis de un transcriptoma y un pro-
teoma, para especificar, a travs de ellos, la capaci-
dad bioqumica de la clula.
1
Estudio de los genomas
par t e
Captulo 1
G enom as, transcriptom as
y proteom as
Captulo 2
Estudio del D N A
Captulo 3
M apeo de los genom as
Captulo 4
Secuenciacin de los genom as
Captulo 5
Conocim iento de las
secuencias de un genom a
Captulo 6
Conocim iento del
funcionam iento de un genom a
Genomas 2008. Editorial Mdica Panamericana
La vida como la conocemos est especificada por los genomas de los
innumerables organismos con los que compartimos el planeta. Todo
organismo tiene un genoma que contiene la informacin biolgica nece-
saria para construir y mantener un ejemplo viviente de ese organismo.
La mayora de los genomas, incluidos el genoma humano y los de todas
las dems formas de vida celular, estn compuestos por DNA (cido
desoxirribonucleico), pero unos pocos virus tienen genomas de RNA
(cido ribonucleico). El DNA y el RNA son molculas polimricas forma-
das por cadenas de subunidades monomricas denominadas nucletidos.
El genoma humano, que es tpico de los genomas de todos los animales
1.1 DNA
1.2 RNA y transcriptoma
1.3 Protenas y proteoma
1
Genomas,
transcriptomas
y proteomas
Despus de leer el captulo 1 deber ser capaz de:
Definir los trminos genoma , transcriptoma y proteoma , y explicar cmo se vinculan con el proceso
de expresin del genoma.
Describir los dos experimentos que llevaron a los bilogos moleculares a concluir que los genes estn
compuestos por DNA y explicar las limitaciones de estos experimentos.
Efectuar una descripcin detallada de la estructura de un polinucletido, y resumir las diferencias qumicas
entre DNA y RNA.
Analizar la evidencia que utilizaron Watson y Crick para deducir la estructura de la doble hlice del DNA,
y describir las caractersticas claves de esta estructura.
Distinguir entre RNA de codificacin y funcional, y dar ejemplos de cada tipo.
Describir, en trminos generales, cmo se sintetiza y se procesa el RNA en la clula.
Brindar una descripcin detallada de los diversos niveles de estructura proteica y explicar por qu la
diversidad de aminocidos es la base de la diversidad de las protenas.
Mencionar las caractersticas claves del cdigo gentico.
Explicar por qu la funcin de una protena depende de su secuencia de aminocidos.
Enumerar las principales funciones de las protenas en los organismos vivos y relacionar esta diversidad
con la funcin del genoma.
multicelulares, est formado por dos partes distintas (figura 1.1):
El genoma nuclear comprende alrededor de 3.200.000.000 de nucle-
tidos de DNA, divididos en 24 molculas lineales, la ms corta de
50.000.000 de nucl eti dos de l ongi tud y l a ms l arga de
260.000.000 de nucletidos, cada una contenida en un cromosoma
diferente. Estos 24 cromosomas consisten en 22 autosomasy los dos
cromosomas sexuales, X e Y. En conjunto, el genoma nuclear huma-
no contiene unos 35.000 genes.
El genoma mitocondrial es una molcula de DNA circular de 16.569
nucletidos, de la cual hay mltiples copias en los orgnulos genera-
dores de energa denominados mitocondrias. El genoma mitocon-
drial humano contiene slo 37 genes.
Cada una de las aproximadamente 10
13
clulas del cuerpo humano adul-
to tiene su propia copia o sus propias copias del genoma, excepto algu-
nos tipos celulares, como los eritrocitos, que carecen de ncleo en su
estado de diferenciacin completa. La mayora de las clulas son diploi-
desy, por lo tanto, tienen dos copias de cada autosoma, ms dos cromo-
somas sexuales, XX en las mujeres o XY en los varones: 46 cromosomas
en total. Se las denomina clulas somticas, a diferencia de las clulas
sexuales o gametos, que son haploides y slo tienen 23 cromosomas,
uno de cada autosoma y un cromosoma sexual. Ambos tipos de clula
tienen alrededor de 8.000 copias del genoma mitocondrial, ms o menos
10 en cada mitocondria.
El genoma es un depsito de informacin biolgica, pero por s mismo es
incapaz de liberar esa informacin a la clula. La utilizacin de la infor-
macin biolgica contenida en el genoma requiere la actividad coordina-
da de enzimas y otras protenas, que participan en una compleja serie de
reacciones bioqumicas conocida como expresin del genoma (figura
1.2). El producto inicial de la expresin del genoma es el transcriptoma,
un conjunto de molculas de RNA derivadas de los genes que codifican
protenas, cuya informacin biolgica es requerida por la clula en un
determinado momento. El transcriptoma es mantenido por el proceso
4 Captulo 1Genomas, transcriptomas y proteomas
Figura 1.1 Com ponentes nucleares y
m itocondriales del genom a hum ano.
denominado transcripcin, que copia genes individuales a molculas de
RNA. El segundo producto de la expresin del genoma es el proteoma, el
repertorio de protenasde la clula, que especifica el carcter de las reac-
ciones bioqumicas que la clula puede llevar a cabo. Las protenas que
forman el proteoma son sintetizadas por traduccinde las molculas indi-
viduales de RNA presentes en el transcriptoma.
Este libro trata acerca de los genomas y su expresin. Explica cmo se
los estudia (Parte 1), cmo se organizan (Parte 2), cmo funcionan
(Parte 3) y cmo se replican y evolucionan (Parte 4). Hasta hace muy
poco, era imposible escribir un texto como ste. Desde la dcada de
1950, los bilogos moleculares han estudiado genes individuales o
pequeos grupos de genes y, a partir de estos estudios, han acumulado
un gran conocimiento acerca del funcionamiento de los genes. Sin
embargo, slo durante los ltimos diez aos se ha dispuesto de tcnicas
que han posibilitado el examen de genomas enteros. Todava se estudia
de manera intensiva cada gen, pero la informacin acerca de genes indi-
viduales se interpreta, ahora, dentro del contexto del genoma en su con-
junto. Este nuevo y mayor inters se aplica no slo a los genomas, sino
a toda la bioqumica y la biologa celular. Ya no es suficiente conocer
vas bioqumicas o procesos subcelulares individuales. El desafo actual
es la biologa de sistemas, que intenta articular estas vas y procesos en
redes que describan el funcionamiento global de las clulas y los orga-
nismos vivos.
Este libro presenta al lector nuestro conocimiento de los genomas y mues-
tra cmo esta interesante rea de investigacin est apuntalando nuestra
creciente comprensin de los sistemas biolgicos. Sin embargo, primero
debemos prestar atencin a los principios bsicos de la biologa molecular
repasando las caractersticas claves de los tres tipos de molculas biolgi-
cas que participan en los genomas y la expresin de los genomas: DNA,
RNA y protenas.
1.1 DNA
En 1869, Johann Friedrich Miescher, un bioqumico suizo que trabajaba
en Tbingen, Alemania, descubri el DNA. Los primeros extractos que
obtuvo de leucocitos humanos eran mezclas no refinadas de DNA y pro-
tenas cromosmicas; al ao siguiente, se mud a Basilea, Suiza (donde
ahora se encuentra el instituto de investigacin que lleva su nombre) y
entonces prepar una mezcla pura de cido nucleicode espermatozoi-
des de salmn. Las pruebas qumicas de Miescher mostraron que el
DNA es cido y rico en fsforo; tambin sugirieron que cada molcula
es muy grande, aunque recin en la dcada de 1930, cuando se aplica-
ron tcnicas biofsicas al DNA, se reconoci totalmente la enorme lon-
gitud de las cadenas polimricas.
1 .1 .1 L o s g e n e s e st n co m p u e sto s p o r D N A
En la actualidad es tan conocido que los genes estn compuestos por DNA
que, a veces, es difcil apreciar que, durante los primeros 75 aos que
siguieron a su descubrimiento, no se sospech el verdadero papel del
DNA. Ya en 1903, W. S. Sutton haba advertido que los patrones de
herencia de los genes guardaban paralelo con el comportamiento de los
cromosomas durante la divisin celular, observacin que dio origen a la
teora cromosmica: la hiptesis de que los genes se localizan en los cro-
mosomas. El examen de las clulas por citoqumica, despus de teirlas
5 DNA
Figura 1.2 G enom a, transcriptom a y
proteom a.
con colorantes que se unen especficamente a slo un tipo de producto
bioqumico, mostr que los cromosomas estn compuestos por DNA y
protenas, en cantidades aproximadamente iguales. En esa poca, los bi-
logos reconocieron que deban de existir miles de millones de genes dife-
rentes y que, por lo tanto, el material gentico deba de ser capaz de
adoptar muchas formas distintas. Pero este requerimiento pareca no ser
satisfecho por el DNA, porque, en la primera mitad del siglo XX, se con-
sideraba que todas las molculas de DNA eran iguales. Por otra parte, se
saba con certeza que las protenas eran molculas polimricas muy varia-
bles, formadas cada una por una combinacin diferente de 20 monme-
ros de aminocidos qumicamente distintos (seccin 1.3.1). Por lo tanto,
los genes deban de estar compuestos por protena, no por DNA.
Los errores en el conocimiento de la estructura del DNA persistieron, pero
hacia fines de la dcada de 1930 se haba aceptado que el DNA, al igual
que las protenas, presentaba inmensa variabilidad. El concepto de que las
protenas eran el material gentico se mantuvo firme al principio, pero con
el tiempo fue refutado por los resultados de dos experimentos importantes:
Oswald Avery, Colin MacLeod y Maclyn McCarty mostraron que el
DNA es el componente activo del principio de transformacin, un
extracto de clulas bacterianas que, al ser mezclado con una cepa
inocua de Streptococcus pneumoniae, convierte a estas bacterias en
una forma virulenta capaz de provocar neumona cuando son inyec-
tadas a ratones (figura 1.3A). En 1944, cuando se publicaron los
resultados de este experimento, slo unos pocos microbilogos reco-
nocieron que la transformacin implica transferencia de genes del
extracto celular a las bacterias vivas. Sin embargo, una vez aceptado
este punto, se clarific el verdadero significado del experimento de
Avery : los genes bacterianos deben estar compuestos por DNA.
Alfred Hershey y Martha Chase utilizaron la radiomarcacin para
mostrar que, cuando un cultivo bacteriano es infectado por bacteri-
fagos(un tipo de virus), el DNA es el principal componente de stos
que ingresa en las clulas (figura 1.3B). sta fue una observacin
vital porque se saba que, durante el ciclo de infeccin, los genes de
los bacterifagos infectantes se utilizan para la sntesis directa de
nuevos bacterifagos y esta sntesis tiene lugar dentro de las bacte-
rias. Si el DNA de los bacterifagos infectantes es lo nico que ingre-
sa en las clulas, se deduce que los genes de estos bacterifagos
deben estar compuestos por DNA.
Si bien desde nuestra perspectiva estos dos experimentos aportan los resul-
tados claves que demuestran que los genes estn compuestos por DNA, los
bilogos de la poca no se convencieron con tanta facilidad. Ambos expe-
rimentos tenan limitaciones que permitan a los escpticos argumentar que
las protenas podan ser, aun as, el material gentico. Por ejemplo, haba
preocupacin acerca de la especificidad de la enzima desoxirribonucleasa
que utilizaron Avery y cols. para inactivar el principio de transformacin.
Este resultado, una parte central de la evidencia de que el principio de
transformacin era DNA, sera invlido si, como pareca posible, la enzima
contuviese vestigios de una proteasacontaminante y, por lo tanto, tambin
pudiese degradar protenas. Tampoco el experimento con bacterifagos
es concluyente, como destacaron Hershey y Chase cuando publicaron
sus resultados: Nuestros experimentos muestran con claridad que es
posible una separacin fsica del fago T2 en una parte gentica y una
parte no gentica... La identificacin qumica de la parte gentica debe
aguardar, sin embargo, a que se hayan respondido algunas preguntas... .
Retrospectivamente, estos dos experimentos son importantes no por lo que
7 DNA
Figura 1.3 Los dos experimentos que sugirieron que los genes estn
compuestos por DNA.
(A) Avery y cols. m ostraron que el principio de transform acin est com puesto
por D N A. Los dos paneles superiores ilustran lo que sucede cuando se inyecta a
ratones con bacterias Streptococcus pneumoniae inocuas, con agregado o no del
principio de transform acin: un extracto celular obtenido de una cepa virulenta de
S. pneumoniae. En presencia de principio de transform acin, el ratn m uere por-
que los genes de este principio convierten a las bacterias inocuas en form as viru-
lentas; despus, estas bacterias virulentas se aslan en los pulm ones del ratn
m uerto. Los dos paneles inferiores m uestran que el tratam iento con proteasa o
con ribonucleasa no ejerce ningn efecto sobre el principio de transform acin,
pero que ste es inactivado por la desoxirribonucleasa.
(B) El experim ento de H ershey-Chase utiliz bacterifagos T2, cada uno de los
cuales consiste en una m olcula de D N A contenida en una cpside proteica
unida a un cuerpoy piernas, que perm iten que el bacterifago se fije a la
superficie de una bacteria y que inyecte sus genes en el interior de la clula. Se
m arc con
32
P el D N A de los bacterifagos y con
35
S, la protena. U nos pocos
m inutos despus de la infeccin, se agit el cultivo para desprender de la superfi-
cie celular las partculas de fago vacas. D espus, se centrifug el cultivo, lo que
rene a las bacterias m s los genes de los fagos en un m icroglbulo en el fondo
del tubo, pero deja en suspensin las partculas m s livianas del fago. H ershey y
Chase observaron que el m icroglbulo bacteriano contena la m ayor parte del
com ponente m arcado con
32
P de los fagos (el D N A), pero slo el 20% del
m aterial m arcado con
35
S (la protena del fago). En un segundo experim ento,
m ostraron que los nuevos fagos producidos al final de cada ciclo de infeccin
contenan m enos del 1% de la protena de los fagos progenitores. Vanse m s
detalles del ciclo de infeccin del bacterifago en la figura 2.19.
demuestran, sino porque alertaron a los bilogos sobre el hecho de que el
DNA podra ser el material gentico y, por lo tanto, vala la pena estudiar-
lo. Fue esto lo que influy en Watson y Crick para que trabajaran sobre el
DNA y, como se ver ms adelante, fue su descubrimiento de la estructura
de doble hlice, que resolvi el desconcertante interrogante sobre la mane-
ra de replicacin de los genes, lo que realmente convenci al mundo cien-
tfico de que los genes estaban compuestos por DNA.
1 .1 .2 E stru ctu ra d e l D N A
Los nombres de James Watson y Francis Crick estn tan estrechamente
ligados con el DNA que es fcil olvidar que, cuando comenzaron su
colaboracin en octubre de 1951, ya se conoca la estructura detallada
del polmero DNA. Su contribucin no fue determinar la estructura del
DNA per se, sino mostrar que, en las clulas vivas, se entrelazan dos cade-
nas de DNA para formar la doble hlice. Por consiguiente, primero es
necesario analizar qu saban Watson y Crick antes de iniciar su trabajo.
Nucletidos y polinucletidos
El DNA es un polmero lineal, no ramificado, cuyas subunidades mono-
mricas son cuatro nucletidos qumicamente distintos que se pueden
unir en cualquier orden en cadenas de cientos, miles o, incluso, millones
de unidades de longitud. Cada nucletido del polmero DNA est forma-
do por tres componentes (figura 1.4):
2-desoxirribosa, que es una pentosa, un tipo de azcar compuesto
por cinco tomos de carbono. Estos cinco carbonos se numeran 1
(que se dice uno prima ), 2, etc. El nombre 2-desoxirribosa indi-
ca que este azcar particular es un derivado de la ribosa, en el que el
grupo oxhidrilo (OH) unido al carbono 2 de la ribosa ha sido reem-
plazado por un grupo hidrgeno (H).
Una base nitrogenada, de citosina, timina (pirimidinas de un solo ani-
llo), adenina o guanina (purinasde doble anillo). La base est unida al
carbono 1 del azcar mediante un enlace -N-glucosdico, que se une al
nitrgeno nmero uno de la pirimidina o al nmero nueve de la purina.
Un grupo fosfatoque comprende una, dos o tres unidades ligadas de
fosfato unidas al carbono 5 del azcar. Los fosfatos se designan ,
y , y el fosfato es el que se une directamente al azcar.
Figura 1.4 Estructura de un
nucletido.
(A) Estructura general de un desoxi-
rribonucletido, el tipo de nucletido
hallado en el D N A. (B) Las cuatro
bases presentes en los desoxirribo-
nucletidos.
Una molcula compuesta slo por azcar y base se denomina nuclesi-
do; el agregado de los fosfatos la convierte en un nucletido. Aunque las
clulas contienen nucletidos con uno, dos o tres grupos fosfato, slo los
nuclesido trifosfatos actan como sustratos para la sntesis de DNA.
Los nombres qumicos completos de los cuatro nucletidos que se poli-
merizan para formar DNA son:
2-desoxiadenosina 5-trifosfato
2-desoxicitidina 5-trifosfato
2-desoxiguanosina 5-trifosfato
2-desoxitimidina 5-trifosfato
Las abreviaturas de estos cuatro nucletidos son dATP, dCTP, dGTP y
dTTP o cuando se hace referencia a la secuencia de DNA, A, C, G y T,
respectivamente.
En un pol i nucl eti do, cada nucl eti do est uni do por enlaces fosfo-
dister entre sus carbonos 5 y 3 (figura 1.5). A partir de la estructura
de esta unin, se puede observar que la reaccin de polimerizacin
(figura 1.6) implica la eliminacin de los dos fosfatos externos (los fos-
fatos y ) de un nucletido y el reemplazo por el grupo oxhidrilo
unido al carbono 3 del segundo nucletido. Obsrvese que l os dos
extremos del pol i nucl eti do son qu mi camente di sti ntos: uno ti ene
un grupo tri fosfato, que no ha reacci onado, uni do al carbono 5
(extremo 5 o 5-P) y el otro ti ene un oxhi dri l o, que tampoco ha reac-
ci onado, uni do al carbono 3 (extremo 3 o 3-OH). Esto si gni fi ca
que el pol i nucl eti do ti ene una di recci n qu mi ca, expresada como
53 (haci a abajo en l a fi gura 1.5) o 35 (haci a arri ba en l a fi gu-
ra 1.5). Una consecuenci a i mportante de l a pol ari dad del enl ace fos-
fodi ster es que l a reacci n qu mi ca necesari a para extender un
pol mero de DNA en di recci n 53 es di ferente de l a requeri da
para hacer una extensi n 35. Todas l as enzi mas DNA polimera-
sasnatural es sl o pueden l l evar a cabo l a s ntesi s 53, l o que suma
compl i caci ones si gni fi cati vas al proceso de repl i caci n del DNA de
dobl e cadena (secci n 15.2).
9 DNA
Figura 1.5 Polinucletido corto de
DNA que muestra la estructura del
enlace fosfodister. O bsrvese que
los dos extrem os del polinucletido
son qum icam ente distintos.
Evidencia que llev a la doble hlice
Antes de 1950, diversas lneas de evidencia haban mostrado que las mol-
culas de DNA celular estaban formadas por dos o ms polinucletidos
ensamblados de alguna manera. La posibilidad de que descifrar el carcter de
este ensamblaje pudiese aportar conocimientos sobre la manera como traba-
jan los genes inst a Watson y Crick, entre otros, a intentar resolver la estruc-
tura. Segn afirma Watson en su libro The Double Helix (La doble hlice),
su trabajo fue una carrera desesperada contra el famoso bioqumico estadou-
nidense Linus Pauling que propuso, inicialmente, un modelo incorrecto de
triple hlice, lo que les dio a Watson y Crick el tiempo que necesitaban para
completar la estructura de doble hlice. Ahora, es difcil separar la realidad
de la ficcin, sobre todo con respecto al papel desempeado por Rosalind
Franklin, cuyos estudios de difraccin de rayos X aportaron el grueso de los
datos experimentales que avalaban la doble hlice, y quien estuvo muy cerca
de resolver, ella misma, la estructura. Lo que queda claro es que la doble hli-
ce, descubierta por Watson y Crick el 7 de marzo de 1953, fue el avance ais-
lado ms importante de la biologa durante el siglo XX.
Watson y Crick emplearon cuatro tipos de informacin para deducir la
estructura de doble hlice:
Figura 1.6 Reaccin de polimeriza-
cin que determina la sntesis de
un polinucletido de DNA. La snte-
sis ocurre en direccin 53, y el
nuevo nucletido se agrega al carbo-
no 3al final del polinucletido exis-
tente. Se extraen los fosfatos y del
nucletido com o una m olcula de
pirofosfato.
Datos biofsicos de diversas clases. El contenido de agua de las fibras
de DNA era de particular importancia, pues permita estimar la den-
sidad de DNA de una fibra. La cantidad de cadenas de la hlice y el
espacio entre los nucletidos deban ser compatibles con la densidad
de la fibra. El modelo de triple hlice de Pauling se bas en una deter-
minacin incorrecta de la densidad, que sugera que la disposicin de
la molcula de DNA era ms compacta de lo que en realidad es.
Patrones de difraccin de rayos X (Nota sobre tcnicas 11.1), la
mayora de los cuales fueron producidos por Rosalind Franklin, y
que revelaron el carcter helicoidal de la estructura e indicaron algu-
nas de las dimensiones claves dentro de la hlice.
Las relaciones de bases, que haban sido descubiertas por Erwin
Chargaff de la Universidad de Columbia, Nueva York. Este investigador
realiz una larga serie de estudios cromatogrficos de muestras de DNA
de diversas fuentes y mostr que, aunque los valores son diferentes en
distintos organismos, la cantidad de adenina es siempre igual a la can-
tidad de timina y la cantidad de guanina equivale a la cantidad de cito-
sina (figura 1.7). Estas relaciones de bases dieron origen a las reglas de
apareamiento de bases, que son la clave para descubrir la estructura de
doble hlice.
La construccin del modelo, que fue la nica tcnica importante que
Watson y Crick practicaron por s mismos. Los modelos en escala de
posibles estructuras de DNA permitieron controlar la posicin rela-
tiva de los diversos tomos, asegurar que los pares que formaban
enlaces no estuvieran demasiado separados y que otros tomos no
estuvieran demasiado cerca para interferir entre s.
Caractersticas claves de la doble hlice
La doble hlice es dextrgira, lo que significa que si fuera una escalera en
espiral y usted la estuviera subiendo, la baranda del lado externo de la esca-
lera estara a su derecha. Las dos cadenas transcurren en direcciones
opuestas (figura 1.8A). La hlice es estabilizada por dos tipos de interac-
ciones qumicas:
Apareamiento de basesentre las dos cadenas, que implica la formacin
de enlaces de hidrgenoentre una adenina de una cadena y una timina
de la otra, o entre una citosina y una guanina (figura 1.8B). Los enlaces
de hidrgeno son atracciones electrostticas dbiles entre un tomo
electronegativo (como oxgeno o nitrgeno) y un tomo de hidrgeno
unido a un segundo tomo electronegativo. Los enlaces de hidrgeno
son ms largos que los enlaces covalentes y mucho ms dbiles, con
energas de enlace tpicas de 1-10 kcal mol
1
a 25C, en comparacin
con hasta 90 kcal mol
1
para un enlace covalente. Los enlaces de hidr-
geno estabilizan la estructura secundaria de las protenas, as como la
doble hlice de DNA. Las dos combinaciones de bases base A aparea-
da con T y base G apareada con C explican las relaciones de bases des-
cubiertas por Chargaff. stos son los nicos pares de bases permisibles,
en parte, por las geometras de las bases de nucletidos y las posiciones
relativas de los tomos que pueden participar en los enlaces de hidrge-
no, y, en parte, porque el par debe estar entre una purina y una pirimi-
dina: un par purina-purina sera demasiado grande para caber dentro de
la hlice y un par pirimidina-pirimidina sera demasiado pequeo.
Apilamiento de bases, denominado a veces interacciones -, que
implica interacciones hidrfobas entre pares de bases adyacentes y
suma estabilidad a la doble hlice una vez que las cadenas se han
unido por apareamiento de bases. Estas interacciones hidrfobas sur-
11 DNA
Figura 1.7 Experimentos sobre rela-
ciones de bases efectuados por
Chargaff. Se extrajo D N A de diversos
organism os y se lo trat con cido
para hidrolizar los enlaces fosfodister
y liberar los nucletidos individuales.
D espus, se cuantific cada nucleti-
do por crom atografa. Los datos
m uestran algunos de los resultados
reales obtenidos por Chargaff. stos
indican que, dentro del error experi-
m ental, la cantidad de adenina es
igual que la de tim ina y la cantidad de
guanina es igual que la de citosina.
gen porque la estructura acuosa con enlaces de hidrgeno fuerza a
los grupos hidrfobos hacia las partes internas de una molcula.
Tanto el apareamiento como el apilamiento de bases son importantes para
mantener juntos los dos polinucletidos, pero el apareamiento tiene mayor
significacin debido a sus implicaciones biolgicas. La limitacin de que
slo se pueden aparear las bases A con T y G con C implica que la replica-
cin del DNA puede determinar copias perfectas de una molcula madre a
travs del simple recurso de utilizar las secuencias de las cadenas preexis-
tentes para imponer las secuencias de las nuevas cadenas. Esto es la snte-
sis de DNA dependiente del moldey es el sistema utilizado por todas las
DNA polimerasas celulares (seccin 15.2.2). Por lo tanto, el apareamiento
de bases permite que las molculas de DNA se repliquen por un sistema
tan simple y delicado que, en cuanto Watson y Crick publicaron la estruc-
tura de la doble hlice, todos los bilogos se convencieron de que los genes
estn realmente compuestos por DNA.
La doble hlice tiene flexibilidad estructural
La doble hlice descrita por Watson y Crick, presentada en la figura 1.8A,
se denomina forma B de DNA. Sus caractersticas tpicas residen en sus
dimensiones: un dimetro de la hlice de 2,37 nm, un aumento de 0,34
nm por par de bases y un paso (pitch) (la distancia abarcada por un giro
Figura 1.8 Estructura de doble hli-
ce del DNA. (A) D os representacio-
nes de la doble hlice. En la
estructura de la izquierda, se m ues-
tran con los esqueletosde azcar-
fosfato de cada polinucletido
dibujados com o una cinta gris, con los
pares de bases en verde. A la dere-
cha, se presenta la estructura qum ica
de tres pares de bases. (B) La base A
se aparea con T y la base G , con C.
Se delinean las bases y las lneas de
puntos indican los enlaces de hidr-
geno. O bsrvese que un par de bases
G C tiene tres enlaces de hidrgeno,
m ientras que un par de bases AT
tiene slo dos.
completo de la hlice) de 3,4 nm, que se corresponde con diez pares de
bases por giro. Se considera que el DNA de las clulas vivas consiste pre-
dominantemente en esta forma B, pero ahora ha quedado claro que las
molculas de DNA genmico no tienen una estructura por completo uni-
forme. Esto se debe, sobre todo, a que cada nucletido de la hlice tiene
la flexibilidad de adoptar formas moleculares algo diferentes. Para adop-
tar estas conformaciones distintas, deben cambiar ligeramente las posicio-
nes relativas de los tomos del nucletido. Hay una serie de posibilidades,
pero los cambios de conformacin ms importantes implican rotacin
alrededor del enlace -N-glucosdico, lo que cambia la orientacin de la
base respecto del azcar, y rotacin en torno del enlace entre los carbonos
3 y 4. Ambas rotaciones ejercen un efecto significativo sobre la doble
hlice: la modificacin de la orientacin de las bases influye en la posicin
relativa de los dos polinucletidos y la rotacin alrededor del enlace 34
incide en la conformacin del esqueleto de azcar-fosfato.
Por lo tanto, las rotaciones dentro de nucletidos individuales inducen
cambios importantes en la estructura global de la hlice. Desde la dca-
da de 1950, se reconoci que ocurren cambios en las dimensiones de la
doble hlice cuando las fibras que contienen molculas de DNA son
expuestas a diferentes humedades relativas. Por ejemplo, la versin
modificada de la doble hlice denominada forma A (figura 1.9) tiene un
dimetro de 2,55 nm, un aumento de 0,29 nm por par de bases y un
paso de 3,2 nm correspondiente a 11 pares de bases por giro (cuadro
1.1). Otras variaciones son B, C, C, C, D, E y T-DNA. Todas
estas hlices son dextrgiras como la forma B. Tambin es posible una
reorganizacin ms drstica, que da origen al ZDNA levgiro (figura
1.9), una versin ms delgada de la doble hlice con un dimetro de slo
1,84 nm.
Las dimensiones directas de las diversas formas de la doble hlice no
revelan lo que, tal vez, sean las diferencias ms significativas entre ellas.
stas se relacionan no slo con el dimetro y el paso, sino con el grado
de acceso a las regiones internas de la hlice desde la superficie de la
estructura. Como se muestra en las figuras 1.8 y 1.9, la forma B del
DNA no tiene una superficie totalmente lisa, sino que dos surcos trans-
curren en espiral a lo largo de la hlice. Uno de estos surcos es bastan-
te ancho y profundo, y se lo denomina surco mayor; el otro es angosto
y menos profundo, es el surco menor. El A-DNA tambin tiene dos sur-
cos (figura 1.9) pero, en esta conformacin, el surco mayor es an ms
13 DNA
Cuadro 1.1 Caractersticas de las diferentes conformaciones de la doble hlice de DNA
Caracterstica
Tipo de hlice
D im etro de la hlice (nm )
Aum ento por par de bases (nm )
D istancia por giro com pleto
(paso [pitch]) (nm )
N m ero de pares de bases por giro
com pleto
Topologa del surco m ayor
Topologa del surco m enor
B-DNA
D extrgira
2,37
0,34
3,4
10
Ancho, profundo
Angosto, superficial
A-DNA
D extrgira
2,55
0,29
3,2
11
Angosto, profundo
Ancho, superficial
Z-DNA
Levgira
1,84
0,37
4,5
12
Plano
Angosto, profundo
profundo y el surco menor es ms superficial y ms ancho, en compara-
cin con el B-DNA. Tambin el Z-DNA es diferente, con un surco casi
inexistente, pero el otro es muy angosto y profundo. En cada forma de
DNA, parte de la superficie interna de por lo menos uno de los surcos
est formada por grupos qumicos unidos a las bases nucleotdicas. En
el captulo 11 se ver que la expresin de la informacin biolgica con-
tenida en el genoma est mediada por protenas de unin al DNA, que
se unen a la doble hlice y regulan la actividad de los genes contenidos
en sta. Para cumplir su funcin, cada protena de unin al DNA debe
estar fijada en una posicin especfica, cerca del gen sobre cuya activi-
dad debe influir. Esto se puede lograr, al menos con cierto grado de exac-
titud, si la protena alcanza el fondo del surco, dentro del cual se puede
leer la secuencia de DNA sin abrir la hlice rompiendo los pares de
bases. De esto se deduce que una protena de unin al DNA, cuya
estructura le permite reconocer una secuencia nucleotdica especfica
dentro del B-DNA, por ejemplo, quiz no pueda reconocer esa secuen-
Figura 1.9 Estructuras del B-DNA
(izquierda), el A-DNA (centro) y el
Z-DNA (derecha). M odelos espacia-
les (arriba) y m odelos estructurales
(abajo) que representan diferentes
conform aciones de las m olculas de
D N A. O bsrvense las diferencias del
dim etro de la hlice, del nm ero de
pares de bases por giro com pleto, y
de la topologa de los surcos m ayor y
m enor, entre estas m olculas.
Reim preso con autorizacin de
Kendrew , J. (Ed.) Encyclopaedia of
Molecular Biology. 1994 Blackw ell
Publishing.
cia si el DNA ha adoptado una conformacin diferente. Como se anali-
zar en el captulo 11, las variaciones de conformacin a lo largo de una
molcula de DNA, junto con otros polimorfismos estructurales causados
por la secuencia nucleotdica, podran ser importantes para determinar
la especificidad de las interacciones entre el genoma y sus protenas de
unin al DNA.
1.2 RNA y transcriptoma
El producto inicial de la expresin del genoma es el transcriptoma
(vase figura 1.2), el conjunto de molculas de RNA derivadas de los
genes que codifican protenas, cuya informacin biolgica es requerida
por la clula en un momento particular. Las molculas de RNA del
transcriptoma, as como muchos otros RNA derivados de genes que no
codifican protenas, son sintetizadas por el proceso denominado trans-
cripcin. En esta seccin se examina la estructura del RNA y, despus,
se analizan ms de cerca los diversos tipos de molcula de RNA presen-
tes en las clulas vivas.
1 .2 .1 E stru ctu ra d e l R N A
El RNA es un polinucletido similar al DNA, pero con dos diferencias
qumicas importantes (figura 1.10). Primero, el azcar del nucletido de
RNA es ribosay, segundo, el RNA contiene uraciloen lugar de timina. Por
lo tanto, los cuatro sustratos nucleotdicos para la sntesis de RNA son:
adenosina 5-trifosfato
citidina 5-trifosfato
guanosina 5-trifosfato
uridina 5-trifosfato
Estos nucletidos se abrevian ATP, CTP, GTP y UTP, o A, C, G y U, res-
pectivamente.
Al igual que el DNA, los polinucletidos RNA contienen enlaces fosfodis-
ter 35, pero estos enlaces son menos estables que los de un polinucle-
tido DNA, debido al efecto indirecto del grupo oxhidrilo en la posicin 2
del azcar. Rara vez, las molculas de RNA tienen ms que unos pocos
miles de nucletidos de longitud y, aunque muchas forman pares de bases
intramoleculares (p. ej., vase figura 13.2), la mayora es de una sola cade-
na y no de doble cadena.
Las enzimas responsables de la transcripcin de DNA a RNA se denomi-
nan RNA polimerasas dependientes de DNA. El nombre indica que la
reaccin enzimtica que catalizan determina la polimerizacin del RNA a
partir de ribonucletidos y que este proceso es dependiente del DNA, lo
que significa que la secuencia de nucletidos de un molde de DNA impo-
ne la secuencia de nucletidos del RNA sintetizado (figura 1.11). Se per-
mite acortar el nombre de la enzima a RNA polimerasa, pues el contexto
en el que se emplea el nombre implica que rara vez hay confusin con las
RNA polimerasas dependientes de RNA, que participan en la replicacin
y la expresin de los genomas de algunos virus. La base qumica de la sn-
tesis de RNA dependiente del molde es equivalente a la ilustrada para la
sntesis de DNA en la figura 1.6. Se agrega un ribonucletido tras otro al
extremo 3 creciente del transcrito de RNA y la identidad de cada nucle-
15 RNA y transcriptoma
Figura 1.10 Diferencias qumicas
entre DNA y RNA. (A) El RN A contie-
ne ribonucletidos, en los que el az-
car es ribosa en lugar de
2-desoxirribosa. La diferencia es que
se une un grupo oxhidrilo, en vez de
un tom o de hidrgeno, al carbono 2.
(B) El RN A contiene la pirim idina
denom inada uracilo, en lugar
de tim ina.
Figura 1.11 Sntesis de RNA depen-
diente del molde. El transcrito de
RN A es sintetizado en direccin
53, leyendo el D N A en la direccin
35; el apaream iento de bases al
m olde de D N A determ ina la secuen-
cia del transcrito.
tido est especificada por las reglas de apareamiento de bases: la base A se
aparea con T o U, la base G se aparea con C. Durante la incorporacin de
cada nucletido, se eliminan los fosfatos y del nucletido entrante, as
como el grupo oxhidrilo del carbono 3 del nucletido del final de la cade-
na, precisamente igual que en la polimerizacin del DNA.
1 .2 .2 C o n te n i d o d e R N A d e la c lu la
Una bacteria tpica contiene de 0,05 a 0,10 pg de RNA, que representan
alrededor del 6% de su peso total. Una clula de mamfero, que es mucho
ms grande, contiene ms RNA, de 20 a 30 pg en total, pero esto repre-
senta slo el 1% de toda la clula. La mejor manera de conocer el conte-
nido de RNA de una clula es dividirlo en categoras y subcategoras segn
su funcin. Si bien hay varias maneras de hacerlo, el esquema ms infor-
mativo es el que se muestra en la figura 1.12. La divisin primaria es entre
RNA codificante y RNA no codificante. El RNA codificante es el trans-
criptoma y est compuesto por slo una clase de molcula: los RNA men-
sajeros (mRNA), que son transcritos de genes que codifican protenas y,
por ende, son traducidos a protenas en el segundo estadio de expresin
del genoma. Los mRNA rara vez representan ms del 4% del RNA total
y tienen vida breve, ya que son degradados poco despus de su sntesis.
Los mRNA bacterianos presentan semividas de no ms de algunos minu-
tos y la mayora de los mRNA eucariontes son degradados unas pocas
horas despus de la sntesis. Este recambio rpido significa que la composi-
cin del transcriptoma no est fija y que puede ser reestructurada con rapi-
dez por modificacin de la velocidad de sntesis de mRNA individuales.
El segundo tipo de RNA se denomina no codificante , dado que estas mol-
culas no son traducidas a protenas. Sin embargo, RNA funcional es un nom-
bre mejor, pues destaca que, aunque no forma parte del transcriptoma, el
RNA no codificante cumple, aun as, funciones esenciales dentro de la clu-
la. Hay varios tipos de RNA funcional, de los cuales los ms importantes son:
RNA ribosmicos (rRNA). Estn presentes en todos los organismos
y, por lo general, son los RNA ms abundantes de la clula; represen-
tan hasta ms del 80% del RNA total de las bacterias que se dividen
activamente. Estas molculas son componentes de los ribosomas, las
estructuras en las que tiene lugar la sntesis proteica (seccin 13.2).
RNA de transferencia (tRNA). Son molculas pequeas que tam-
bin participan en la sntesis proteica y, al igual que el rRNA, se
encuentran en todos los organismos. La funcin de los tRNA es
transportar aminocidos al ribosoma y garantizar que stos se unan
Figura 1.12 Contenido de RNA de
una clula. Este esquem a m uestra
los tipos de RN A presentes en todos
los organism os y aquellas categoras
halladas slo en clulas eucariontes.
RNA y transcriptoma
en el orden especificado por la secuencia nucleotdica del mRNA que
est siendo traducido (seccin 13.1).
RNA nucleares pequeos (snRNA, denominados tambin U-RNA
porque estas molculas son ricas en nucletidos de uridina). Se
encuentran en el ncleo de los eucariontes. Estas molculas partici-
pan en el corte y empalme, uno de los pasos claves de los eventos de
procesamiento que convierten los transcritos primarios de genes que
codifican protenas en mRNA (seccin 12.2.2).
RNA nucleolares pequeos (snoRNA). Se hallan en las regiones
nucleolares de los ncleos eucariontes. Tienen una participacin cen-
tral en la modificacin qumica de las molculas de rRNA al dirigir a
las enzimas que realizan las modificaciones de los nucletidos espe-
cficos donde se deben efectuar alteraciones, como el agregado de un
grupo metilo (seccin 12.2.5).
MicroRNA (miRNA) y RNA interferentes pequeos (siRNA). Son
RNA pequeos que regulan la expresin de genes individuales (sec-
cin 12.2.6).
1 .2 .3 P ro ce sa m i e n to d e l R N A p re cu rso r
Las clulas, adems de los RNA maduros mencionados, tambin contie-
nen molculas precursoras. Muchos RNA, sobre todo en los eucarion-
tes, se sintetizan al principio como RNA precursor o pre-RNA, que debe
ser procesado antes de que pueda cumplir su funcin. Los diversos fen-
menos de procesamiento, todos los cuales se comentan en el captulo 12,
son los siguientes (figura 1.13):
Las modificaciones terminalesocurren durante la sntesis de mRNA
eucariontes, la mayora de los cuales tienen un solo nucletido
inusual, denominado caperuza o casqueteunido al extremo 5 y una
cola de poli(A) unida al extremo 3.
El corte y empalmees la eliminacin de segmentos del interior de un
RNA precursor. Muchos genes, sobre todo de eucariontes, contienen
segmentos internos que no contienen informacin biolgica. stos se
denominan intronesy, cuando se transcribe el gen, se los copia junto
con los exonesque contienen informacin. Los intrones son extra-
dos del pre-mRNA mediante reacciones de corte y unin. El pre-
RNA no empalmado forma la fraccin de RNA nuclear denominado
RNA nuclear heterogneo (hnRNA).
Los eventos de corte son de particular importancia en el procesa-
miento de los rRNA y los tRNA, muchos de los cuales son sintetiza-
dos, al principio, a partir de unidades de transcripcin que
especifican ms de una molcula. Por lo tanto, se deben cortar en
17
Figura 1.13 Esquema de los cuatro
tipos de fenmeno de procesa-
miento del RNA. N o todos los
fenm enos tienen lugar en todos
los organism os.
fragmentos los pre-rRNA y los pre-tRNA para producir los RNA
maduros. Este tipo de procesamiento ocurre tanto en procariontes
como en eucariontes.
Los rRNA, los tRNA y los mRNA sufren modificaciones qumicas.
Los rRNA y los tRNA de todos los organismos son modificados por
agregado de nuevos grupos qumicos a nucletidos especficos den-
tro de cada RNA. La modificacin qumica del mRNA, denominada
edicin del RNA, ocurre en muchos eucariontes.
1 .2 .4 Tra n scri p to m a
Si bien el transcriptoma representa menos del 4% del RNA total de la
clula, es el componente ms significativo, porque contiene el RNA
codificante que participa en el siguiente estadio de expresin del geno-
ma. Cabe destacar que el transcriptoma nunca es sintetizado de novo.
Toda clula recibe parte del transcriptoma de su progenitora cuando se
origina por primera vez, por divisin celular, y mantiene un transcrito-
ma durante toda su vida. Aun clulas latentes en esporas bacterianas o
en semillas de plantas tienen un transcriptoma, aunque su traduccin a
protenas puede estar desactivada por completo. Por lo tanto, la trans-
cripcin de cada gen que codifica protenas no determina la sntesis del
transcriptoma, sino que lo mantiene reemplazando mRNA que han sido
degradados y desencadena cambiosen la composicin del transcriptoma
a travs de la activacin y la desactivacin de diferentes grupos de genes.
Aun en los organismos ms simples, como bacterias y levaduras, hay
muchos genes activos a la vez. Por ende, los transcriptomas son comple-
jos y contienen copias de cientos, si no miles, de mRNA diferentes. Por
lo general, cada mRNA representa slo una pequea fraccin del con-
junto y el tipo ms comn rara vez contribuye a ms del 1% del mRNA
total. Las clulas que tienen funciones bioqumicas muy especializadas,
reflejadas por transcriptomas en los que predominan uno o unos pocos
mRNA, constituyen excepciones. Por ejemplo, las semillas de trigo sin-
tetizan y acumulan grandes cantidades de protena gliadina, que propor-
cionan una fuente de aminocidos para el grano en germinacin. Dentro
de las semillas en desarrollo, los mRNA de gliadina pueden representar
hasta el 30% de los transcriptomas de ciertas clulas.
1.3 Protenas y proteoma
El segundo producto de expresin del genoma es el proteoma (vase
figura 1.2), el repertorio de protenas de la clula, que especifica el
carcter de las reacciones bioqumicas que sta es capaz de realizar.
Estas protenas son sintetizadas por traduccin de las molculas de
mRNA que forman el transcriptoma.
1 .3 .1 E stru ctu ra p ro te i ca
Una protena, al igual que una molcula de DNA, es un polmero lineal, no
ramificado. En las protenas, las subunidades monomricas se denominan
aminocidos(figura 1.14) y los polmeros resultantes, o polipptidos, rara
vez tienen ms de 2.000 unidades de longitud. Como en el caso del DNA,
las caractersticas claves de la estructura proteica se determinaron en la
primera mitad del siglo XX; esta fase de la bioqumica proteica culmin en
la dcada de 1940 y principios de la de 1950 con el esclarecimiento, por
Pauling y Corey, de las principales conformaciones, o estructuras secunda-
rias, adoptadas por los polipptidos. En los ltimos aos, se ha centrado
Figura 1.14 Estructura general de
un aminocido. Todos los am inoci-
dos tienen la m ism a estructura gene-
ral, que consiste en un carbono a
central unido a un tom o de hidrge-
no, un grupo carboxilo, un grupo
am ino y un grupo R. El grupo R es
diferente para cada am inocido
(vase figura 1.18).
el inters en el modo de combinacin de estas estructuras secundarias para
generar las formas tridimensionales, complejas, de las protenas.
Los cuatro niveles de la estructura proteica
Tradicionalmente, se considera que las protenas tienen cuatro niveles
de estructura. Estos niveles son jerrquicos y la protena se construye
estadio por estadio; cada nivel de estructura depende del inferior:
La estructura primariade la protena est compuesta por la unin de
los aminocidos en un polipptido. Los aminocidos estn unidos
por enlaces peptdicos, formados por una reaccin de condensacin
entre el grupo carboxilo de un aminocido y el grupo amino de un
segundo aminocido (figura 1.15). Obsrvese que, al igual que en un
polinucletido, los dos extremos del polipptido son qumicamente
distintos: uno tiene un grupo amino libre y se denomina extremo
amino, NH
2
o N; el otro tiene un grupo carboxilo libre y se deno-
mina extremo carboxilo, COOH o C. Por lo tanto, la direccin del
polipptido se puede expresar como NC (de izquierda a derecha en
la figura 1.15) o CN (de derecha a izquierda en la figura 1.15).
La estructura secundariahace referencia a las diferentes conforma-
ciones que puede adoptar el polipptido. Los dos tipos principales de
estructura secundaria son la hlice y la hoja (figura 1.16). stas
son estabilizadas sobre todo por enlaces de hidrgeno que se forman
entre distintos aminocidos del polipptido. La mayora de los poli-
pptidos son suficientemente largos para plegarse en una serie de
estructuras secundarias, uno despus de otro a lo largo de la molcula.
La estructura terciariaobedece al plegamiento de los componentes de la
estructura secundaria del polipptido en una configuracin tridimensio-
nal (figura 1.17). La estructura terciaria estabilizada por diversas fuerzas
qumicas, como enlaces de hidrgeno entre aminocidos individuales,
interacciones electrostticas entre los grupos R de los aminocidos con
carga (vase figura 1.18) y fuerzas hidrfobas, que imponen que los ami-
nocidos con grupos laterales no polares ( sin afinidad por el agua ) que-
den resguardados del agua dentro de las regiones internas de la protena.
Tambin puede haber enlaces covalentes denominados puentes disulfuro
entre residuos de aminocidos cistena en diversos lugares de polipptido.
La estructura cuaternariaconsiste en la asociacin de dos o ms poli-
pptidos, cada uno plegado en su estructura terciaria, en una protena
de mltiples subunidades. No todas las protenas forman estructuras
cuaternarias, pero stas son una caracterstica de muchas protenas
con funciones complejas, incluidas varias que participan en la expre-
sin del genoma. Algunas estructuras cuaternarias se mantienen uni-
das por puentes disulfuro entre los diferentes polipptidos y forman
protenas de mltiples subunidades estables que no pueden ser
degradadas con facilidad en sus partes componentes. Otras son aso-
ciaciones ms laxas de subunidades estabilizadas por enlaces de hidr-
geno y efectos hidrfobos, lo que significa que estas protenas pueden
revertir a sus polipptidos componentes o cambiar la composicin de
sus subunidades segn los requerimientos funcionales de la clula.
La diversidad de los aminocidos es la base de la diversidad de
las protenas
Desde el punto de vista funcional, las protenas difieren porque los amino-
cidos que las componen son, en s mismos, qumicamente diversos. Por lo
tanto, diferentes secuencias de aminocidos dan por resultado distintas
combinaciones de reactividad qumica, que imponen no slo la estructura
19 Protenas y proteoma
Figura 1.15 En los polipptidos, los
aminocidos estn unidos por enla-
ces peptdicos. La ilustracin m ues-
tra la reaccin qum ica que tiene
lugar entre dos am inocidos que se
unen por un enlace peptdico.La
reaccin se denom ina condensacin
porque provoca la elim inacin de agua.
Figura 1.16 Las dos unidades
estructurales secundarias principa-
les halladas en las protenas: (A) la
hlice y (B) la hoja . Bosquejo de
las cadenas polipeptdicas. Se han
om itido los grupos R para que resulte
m s claro. Cada estructura est estabi-
lizada por enlaces de hidrgeno (H )
entre grupos C= O y N H de diferen-
tes enlaces peptdicos. La conform a-
cin en hoja m ostrada es
antiparalela; las dos cadenas transcu-
rren en direcciones opuestas. Tam bin
hay hojas paralelas.
Figura 1.17 Estructura terciaria de
una protena. Esta estructura de una
protena im aginaria consiste en tres
hlices , ilustradas com o espirales y
una hoja de cuatro cadenas, indica-
da por las flechas.
Figura 1.18 Grupos R de los amino-
cidos. Se considera, convencional-
m ente, que estos 20 am inocidos
estn especificados por el cdigo
gentico.
global de la protena resultante, sino tambin la posicin sobre la superfi-
cie de la estructura de los grupos reactivos que determinan las propiedades
qumicas de la protena.
La diversidad de los aminocidos deriva del grupo R, pues esta parte es
diferente en cada aminocido y vara mucho de estructura. Las prote-
nas se forman a partir de un conjunto de 20 aminocidos (figura 1.18;
cuadro 1.2). Algunos de ellos tienen grupos R que son estructuras
pequeas, relativamente simples, como un solo tomo de hidrgeno (en
el aminocido llamado glicina) o un grupo metilo (alanina). Otros gru-
pos R son grandes cadenas laterales aromticas, complejas (fenilalanina,
triptfano y tirosina). La mayora de los aminocidos no tienen carga,
pero dos presentan carga negativa (cido asprtico y cido glutmico) y
tres, carga positiva (arginina, histidina y lisina). Algunos aminocidos
son polares (p. ej., glicina, serina y treonina), otros son no polares (p.
ej., alanina, leucina y valina).
Los veinte aminocidos mostrados en la figura 1.18 son los que se con-
sidera, convencionalmente, que estn especificados por el cdigo gen-
tico (seccin 1.3.2). Por lo tanto, son los aminocidos que estn unidos
cuando las molculas de mRNA son traducidas a protenas. Sin embar-
go, estos 20 aminocidos no representan, por s mismos, el lmite de la
diversidad qumica de las protenas. La diversidad es an mayor debido
a dos factores:
Durante la sntesis proteica, se pueden insertar, por lo menos, otros
dos aminocidos: selenocistena y pirrolisina (figura 1.19), en una
cadena polipeptdica; su insercin est dirigida por una modificacin
de la lectura del cdigo gentico (seccin 13.1.1).
Durante el procesamiento de las protenas, algunos aminocidos son
modificados por el agregado de nuevos grupos qumicos; por ejem-
plo, por acetilacin o fosforilacin, o por unin de una gran cadena
lateral formada por unidades de azcar (seccin 13.3.3).
Por lo tanto, las protenas muestran un inmenso grado de variabilidad
qumica, parte de la cual est directamente especificada por el genoma,
mientras que el resto surge del procesamiento de las protenas.
1 .3 .2 P ro te o m a
El proteoma comprende todas las protenas presentes en una clula en
un momento determinado. Se considera que una clula tpica de
mamfero; por ejemplo, un hepatocito, contiene de 10.000 a 20.000 pro-
tenas diferentes, alrededor de 8 109 molculas individuales en total,
lo que representa cerca de 0,5 ng de protena o 18-20% del peso celu-
lar total. El nmero de copias de cada protena vara enormemente, de
menos de 20.000 molculas por clula, para los tipos ms raros, hasta
100 millones de copias, para los ms comunes. Se considera que cual-
quier protena que est presente con un nmero de copias superior a
50.000 por clula es relativamente abundante y, en la clula promedio
Cuadro 1.2 Abreviaturas de los aminocidos
Aminocido
Alanina
Arginina
Asparagina
cido asprtico
cido glutm ico
Cistena
G lutam ina
G licina
H istidina
Isoleucina
Leucina
Lisina
M etionina
Fenilalanina
Prolina
Serina
Treonina
Triptfano
Tirosina
Valina
Tres letras
Ala
Arg
Asn
Asp
G lu
Cys
G ln
G ly
H is
Ile
Leu
Lys
M et
Phe
Pro
Ser
Thr
Trp
Tyr
Val
Una letra
A
R
N
E
D
C
Q
G
H
I
L
K
M
F
P
S
T
W
Y
V
Abreviatura
Figura 1.19 Estructura de la seleno-
cistena y la pirrolisina. Las partes
m ostradas en pardo indican las dife-
rencias entre estos am inocidos y la
cistena y la lisina, respectivam ente.
de mamfero, alrededor de 2.000 protenas caen dentro de esta catego-
ra. Cuando se examinan los proteomas de diferentes tipos de clulas de
mamferos, se observan muy pocas diferencias entre estas protenas
abundantes, lo que sugiere que la mayora de ellas son protenas consti-
tutivas que realizan actividades bioqumicas generales que tienen lugar
en todas las clulas. Las protenas que aportan a la clula su funcin
especializada suelen ser bastante raras, aunque hay excepciones, como
las grandes cantidades de hemoglobina presente slo en los eritrocitos.
Relacin entre transcriptoma y proteoma
El flujo de informacin del DNA al RNA por transcripcin no da lugar a
ninguna dificultad conceptual. Los polinucletidos DNA y RNA tienen
estructuras muy similares y es fcil comprender cmo se puede hacer una
copia RNA de un gen mediante sntesis dependiente del molde, utilizando
las reglas de apareamiento de bases con las que nos hemos familiarizado.
La segunda fase de la expresin del genoma, durante la cual las molculas
de mRNA del transcriptoma dirigen la sntesis de protenas, es menos fcil
de entender si se consideran slo las estructuras de las molculas involu-
cradas. A principios de la dcada de 1950, poco despus del descubri-
miento de la estructura de doble hlice, varios bilogos moleculares
intentaron disear posibles modos de unin ordenada de aminocidos a
mRNA, pero todos estos esquemas contenan por lo menos algunos enla-
ces que deban ser ms cortos o ms largos que lo posible, de acuerdo con
las leyes fisicoqumicas, y cada idea fue desechada en silencio. Finalmente,
en 1957, Francis Crick comenz a aclarar la confusin al predecir la exis-
tencia de una molcula adaptadora que formara un puente entre el mRNA
y el polipptido sintetizado. Poco despus se advirti que estas molculas
adaptadoras eran los tRNA y, una vez establecido este hecho, se adquiri
con rapidez un conocimiento detallado del mecanismo de sntesis de las
protenas. Este proceso se examina en la seccin 13.1.
El otro aspecto de la sntesis proteica que interesaba a los bilogos mole-
culares de la dcada de 1950 era el problema de la informacin. ste
hace referencia al segundo componente importante del eslabn entre el
transcriptoma y el proteoma: el cdigo gentico, que especifica cmo se
traduce la secuencia nucleotdica de un mRNA a la secuencia de amino-
cidos de una protena. En la dcada de 1950 se reconoci que se
requiere un cdigo gentico de tripletes uno en el que cada palabra de
codificacin, o codn, comprende tres nucletidos para explicar los 20
aminocidos hallados en las protenas. Un cdigo de dos letras tendra
slo 4
2
= 16 codones, que no bastan para explicar los 20 aminocidos,
mientras que un cdigo de tres letras dara 4
3
= 64 codones. El cdigo
gentico fue descifrado en la dcada de 1960, en parte por anlisis de
los polipptidos que surgan de la traduccin de mRNA artificiales de
secuencia conocida o predecible, en sistemas sin clulas, y en parte, por
determinacin de qu aminocidos se asociaban con qu secuencias de
RNA, en un anlisis basado en ribosomas purificados. Cuando se finali-
z este trabajo, se advirti que los 64 codones pertenecan a grupos
cuyos miembros codificaban el mismo aminocido (figura 1.20). Slo el
triptfano y la metionina tienen un codn cada uno: todos los dems
aminocidos son codificados por dos, tres, cuatro o seis codones. Esta
caracterstica del cdigo se denomina redundancia (degeneracy). El
cdigo tambin tiene cuatro codones de puntuacin, que indican los
puntos donde debe comenzar y finalizar la traduccin de la secuencia
nucleotdica dentro de un mRNA (figura 1.21). Por lo general, el codn
de iniciacines 5AUG3, que tambin especifica la metionina (as, la
mayora de los polipptidos recin sintetizados comienzan con metioni-
na), aunque con unos pocos mRNA se utilizan otros codones como
5GUG3 y 5UUG3. Los tres codones de terminacin son
5UAG3, 5UAA3 y 5UGA3.
El cdigo gentico no es universal
Al principio se pensaba que el cdigo gentico deba de ser el mismo en
todos los organismos. El argumento era que, una vez establecido, sera
imposible que el cdigo cambiara, porque dar un nuevo significado a
cualquier codn aislado determinara una alteracin global de las secuen-
cias de aminocidos de las protenas. Este razonamiento parece slido, de
manera que es sorprendente que, en realidad, el cdigo gentico no sea
universal. El cdigo mostrado en la figura 1.20 es vlido para la mayora
de los genes de casi todos los organismos, pero las desviaciones son gene-
ralizadas. En particular, los genomas mitocondriales suelen utilizar un
cdigo no estndar (cuadro 1.3). Esto fue descubierto en 1979 por el
grupo de Frederick Sanger de Cambridge, RU, que observ que varios
mRNA mitocondriales humanos contienen la secuencia 5UGA3, que
en general codifica terminacin, en posiciones internas donde no es espe-
rable que se detenga la sntesis proteica. Comparaciones con las secuen-
cias de aminocidos de las protenas codificadas por estos mRNA
mostraron que 5UGA3 es un codn de triptfano en las mitocondrias
humanas y que esto es slo una de cuatro desviaciones del cdigo en este
sistema gentico particular. Los genes mitocondriales de otros organis-
mos tambin presentan desviaciones del cdigo, aunque es probable que
por lo menos una de stas el uso de 5CGG3 como codn del tript-
fano en las mitocondrias de las plantas sea corregida por edicin del
RNA (seccin 12.2.5) antes de que se produzca la traduccin.
Tambin se conocen cdigos no estndares para los genomas nucleares de
eucariontes inferiores. A menudo, una modificacin se limita slo a un
pequeo grupo de organismos y suele consistir en reasignacin de los codo-
nes de terminacin (cuadro 1.3). Las modificaciones son menos frecuentes
en los procariontes, pero se conoce un ejemplo en especies de Mycoplasma.
Un tipo ms importante de variacin del cdigo es la reasignacin del codn
dependiente del contexto, que ocurre cuando la protena que debe ser sin-
tetizada contiene selenocistena o pirrolisina. Las protenas que contienen
pirrolisina son raras y es probable que slo estn presentes en el grupo de
Figura 1.20 Cdigo gentico. Los
am inocidos son designados con las
abreviaturas estndares, de tres letras
(vase cuadro 1.2).
Figura 1.21 Posiciones de los codo-
nes de puntuacin en un m RN A.
procariontes denominados archaea (captulo 8), pero las selenoprotenas
estn difundidas en muchos organismos; por ejemplo, la enzima glutatin
peroxidasa que ayuda a proteger las clulas de los seres humanos y otros
mamferos contra el dao oxidativo. La selenocistena est codificada por
5UGA3 y la pirrolisina, por 5UAG3. Por lo tanto, estos codones tie-
nen un doble significado porque todava se emplean como codones de ter-
minacin en los organismos pertinentes (cuadro 1.3). Un codn 5UGA3
que especifica selenocistena se distingue de los verdaderos codones de ter-
minacin por la presencia de una estructura de bucle en horquilla en el
mRNA, localizada inmediatamente corriente abajo del codn de selenocis-
tena, en los procariontes, y en la regin 3 no traducida (la parte del mRNA
despus del codn de terminacin) en los eucariontes. El reconocimiento del
codn de selenocistena requiere interaccin entre la estructura en horquilla
y una protena especial que participa en la traduccin de estos mRNA. Es
probable que acte un sistema similar para especificar pirrolisina.
Relacin entre proteoma y bioqumica celular
La informacin biolgica codificada por el genoma encuentra su expresin
final en una protena, cuyas propiedades biolgicas estn determinadas por
Cuadro 1.3 Ejemplos de desviaciones respecto del cdigo gentico estndar
Organismo
Genomas mitocondriales
M am feros
Drosophila
Saccharomyces cerevisiae
H ongos
M az
Genomas nucleares y procariontes
Varios protozoos
Candida cylindracea
Especies de Micrococcus
Especies de Euplotes sp.
Especies de Mycoplasma sp.
Reasignacin del codn dependiente
del contexto
D iversos
Archaea
Codn
U G A
AG A, AG G
AUA
U G A
AG A
AUA
U G A
CU N
AUA
U G A
CG G
UAA, UAG
CU G
AG A
AUA
U G A
U G A
CG G
U G A
UAG
Debera codificar
Term inacin
Arg
Ile
Term inacin
Arg
Ile
Term inacin
Leu
Ile
Term inacin
Arg
Term inacin
Leu
Arg
Ile
Term inacin
Term inacin
Arg
Term inacin
Term inacin
En realidad codifica
Trp
Term inacin
M et
Trp
Ser
M et
Trp
Thr
M et
Trp
Trp
G ln
Ser
Term inacin
Term inacin
Cys
Trp
Term inacin
Selenocistena
Pirrolisina
Abreviatura: N , cualquier nucletido.
su estructura plegada y por la disposicin espacial de los grupos qumicos
de su superficie. Al especificar protenas de diferentes tipos, el genoma
puede construir y mantener un proteoma, cuyas propiedades biolgicas for-
man la base subyacente de la vida. El proteoma puede desempear este
papel debido a la enorme diversidad de estructuras proteicas que se pue-
den formar, diversidad que les permite a las protenas llevar a cabo una
variedad de funciones biolgicas. Estas funciones son las siguientes:
La catlisis bioqumica es la funcin del tipo especial de protenas
denominadas enzimas. Las vas metablicas centrales, que aportan
energa a la clula, son catalizadas por enzimas, como los procesos bio-
sintticos que determinan la construccin de cidos nucleicos, prote-
nas, hidratos de carbono y lpidos. La catlisis bioqumica tambin
impulsa la expresin del genoma a travs de la actividad de enzimas
como la RNA polimerasa.
La funcin estructural que, en el nivel celular, depende de las prote-
nas que forman el citoesqueleto, tambin es una funcin primaria de
algunas protenas extracelulares. Por ejemplo, el colgeno, que es un
componente importante de huesos y tendones.
Las protenas contrctiles confieren movimiento; los ejemplos mejor
conocidos son la actina y la miosina de las fibras citoesquelticas.
El transporte de materiales alrededor del cuerpo es una actividad impor-
tante de las protenas: por ejemplo, la hemoglobina transporta oxgeno
por el torrente circulatorio y la albmina srica, cidos grasos.
La regulacin de los procesos celulares es mediada por protenas de
sealamiento, como STAT (transductores de seales y activadores de
la transcripcin, seccin 14.1.2) y por protenas como activadores
que se unen al genoma e influyen en los niveles de expresin de genes
individuales y grupos de genes (seccin 11.3). Las actividades de
grupos de clulas son reguladas y coordinadas por hormonas extra-
celulares y citocinas, muchas de las cuales son protenas (p. ej., insu-
lina, la hormona que controla los niveles de glucemia, e interleucinas, un
grupo de citocinas que regulan la divisin y la diferenciacin celular).
La proteccin del cuerpo y de clulas individuales es la funcin de un
espectro de protenas, entre ellas los anticuerpos y las protenas invo-
lucradas en la respuesta de coagulacin de la sangre.
Las protenas desempean funciones de depsitos, por ejemplo, la
ferritina, que acta como un depsito heptico de hierro, y las glia-
dinas, que depositan aminocidos en semillas de trigo.
Esta multiplicidad de funciones de las protenas brinda al proteoma su
capacidad del convertir el plan detallado contenido en el genoma en las
caractersticas esenciales del proceso de la vida.
R e su m e n
El genoma es el depsito de la informacin biolgica que tiene cada orga-
nismo del planeta. La mayora de los genomas estn compuestos por
DNA, con escasas excepciones, como los virus que tienen genomas de
RNA. La expresin del genoma es el proceso por el cual la informacin
contenida en el genoma se libera en la clula. El primer producto de la
expresin del genoma es el transcriptoma, el conjunto de RNA derivados
de los genes que codifican protenas que estn activos en la clula en un
momento particular. El segundo producto es el proteoma, el repertorio de
protenas de la clula que especifican el carcter de las reacciones bioqu-
micas que la clula es capaz de llevar a cabo. Entre 1945 y 1952, se obtu-
vo la primera evidencia experimental de que los genes estaban compuestos
26 Captulo 1 Genomas, transcriptomas y proteomas
por DNA, pero fue el descubrimiento de la estructura de doble hlice por
Watson y Crick, en 1953, lo que convenci a los bilogos de que el DNA
era, por cierto, el material gentico. Un polinucletido de DNA es un pol-
mero no ramificado formado por mltiples copias de cuatro nucletidos
qumicamente diferentes. En la doble hlice, se entrelazan dos polinucle-
tidos entre s, con las bases de los nucletidos del lado interno de la mol-
cula. Los polinucletidos estn unidos por enlaces de hidrgeno entre las
bases, con el apareamiento de la base A siempre con T y de G siempre con
C. El RNA tambin es un polinucletido, pero cada nucletido tiene
estructuras diferentes de las de los hallados en el DNA y, en general, el
RNA es de una sola cadena. Las RNA polimerasas dependientes de DNA
son responsables de copiar los genes en RNA mediante el proceso denomi-
nado transcripcin, que determina la sntesis no slo del transcriptoma, sino
tambin de una serie de molculas de RNA funcional, que no codifican pro-
tenas, pero cumplen, aun as, papeles vitales en la clula. Inicialmente,
muchos RNA son sintetizados como molculas precursoras que, a travs
de reacciones que provocan cortes y uniones, y por modificaciones qumi-
cas, liberan las formas maduras. Las protenas tambin son polmeros no
ramificados, pero sus unidades son aminocidos unidos por enlaces pept-
dicos. La secuencia de aminocidos es la estructura primaria de la prote-
na. Los niveles ms altos de estructura secundaria, terciaria y cuaternaria
se forman por plegamiento de la estructura primaria en conformaciones tri-
dimensionales y asociacin de polipptidos individuales en estructuras mul-
tiproteicas. Las protenas presentan diversidad funcional, porque cada
aminocido tiene diferentes propiedades qumicas que, al combinarse de
distintas maneras, dan origen a protenas con un espectro de caractersti-
cas qumicas. Las protenas son sintetizadas por traduccin de los mRNA y
las reglas del cdigo gentico especifican qu triplete de nucletidos codifi-
ca cada aminocido. El cdigo gentico no es universal, se observan varia-
ciones en las mitocondrias y los eucariontes inferiores, y algunos codones
pueden tener dos significados diferentes en un solo gen.
27 Preguntas
1 .1 . Cul de las siguientes afirm aciones acerca del geno-
m a de un organism o es FALSA?
a . El genom a contiene la inform acin gentica
para construir y m antener un organism o vivo.
b . Los genom as de los organism os celulares estn
com puestos por D N A.
c. El genom a puede expresar su propia inform a-
cin sin la actividad de enzim as y protenas.
d . Los genom as eucariontes estn com puestos por
D N A tanto nuclear com o m itocondrial.
1 .2 . Las clulas som ticas son aquellas que:
a . Contienen un nm ero haploide de crom osom as.
b . D an origen a los gam etos.
c. Carecen de m itocondrias.
d . Contienen un nm ero diploide de crom osom as
y representan la m ayor parte de las clulas
hum anas.
1 .3 . Cul de los siguientes flujos de inform acin genti-
ca tiene lugar en las clulas?
a . El D N A es transcrito a RN A que, despus, es tra-
ducido a una protena.
b . El D N A es traducido a una protena que, des-
pus, es transcrita a RN A.
c. El RN A es transcrito a D N A que, despus, es tra-
ducido a una protena.
d . Las protenas son traducidas a RN A que, des-
pus, es transcrito a D N A.
1 .4 . A principios del siglo XX se consideraba que las prote-
nas podan transportar inform acin gentica. A cul
de las siguientes causas se deba este razonam iento?
a . Los crom osom as estn com puestos por cantida-
des aproxim adam ente iguales de protenas y D N A.
b . Se saba que las protenas estaban com puestas
por 20 am inocidos diferentes, m ientras que el
D N A estaba com puesto por slo 4 nucletidos.
c. Se saba que diferentes protenas tenan secuencias
nicas, m ientras que se consideraba que todas las
m olculas de D N A tenan la m ism a secuencia.
d . Todas las anteriores.
1 .5 . Q u tipos de enlaces unen los nucletidos indivi-
duales del D N A?
a . G lucosdico.
b . Peptdico.
c. Fosfodister.
d . Electrosttico.
1 .6 . Cul de las siguientes tcnicas em plearon activa-
m ente W atson y Crick para resolver la estructura del
D N A?
a . Construccin de m odelos de m olculas de D N A
para garantizar que los tom os estuviesen correc-
tam ente ubicados.
b . Cristalografa de rayos X del D N A.
c. Estudios crom atogrficos para determ inar la com -
posicin relativa de nucletidos de diversas fuen-
tes.
d . Estudios genticos que dem ostraron que el D N A
es el m aterial gentico.
1 .7. Erw in Chargaff estudi el D N A de diversos organis-
m os y dem ostr que:
a . El D N A es el m aterial gentico.
b . El RN A es transcrito del D N A.
c. La cantidad de adenina de un determ inado orga-
nism o es igual a la cantidad de tim ina (y la de
guanina a la de citosina).
d . La doble hlice se m antiene unida por enlaces
de hidrgeno entre las bases.
1 .8 . El transcriptom a de una clula se define com o:
a . Todas las m olculas de RN A presentes en una
clula.
b . Las m olculas de RN A que codifican protenas
presentes en una clula.
c. Las m olculas de RN A ribosm ico presentes en
una clula.
d . Las m olculas de RN A de transferencia presentes
en una clula.
1 .9 . Cm o efectan la sntesis de RN A las RN A polim e-
rasas dependientes de D N A?
a . U tilizan un m olde de D N A para la polim erizacin
de ribonucletidos.
b . U tilizan un m olde de protenas para la polim eri-
zacin de ribonucletidos.
c. U tilizan un m olde de RN A para la polim erizacin
de ribonucletidos.
d . N o requieren ningn m olde para la polim eriza-
cin de ribonucletidos.
1 .1 0 . Q u tipo de RN A funcional es un com ponente pri-
m ario de las estructuras requeridas para la sntesis
proteica?
a . RN A m ensajero.
b . RN A ribosm ico.
c. RN A nuclear pequeo.
d . RN A de transferencia.
1 .1 1 . El proteom a de una clula se define com o:
a . Todas las protenas que una clula es capaz de
sintetizar.
b . Todas las protenas presentes en una clula
durante la vida de la clula.
c. Todas las protenas presentes en una clula en
un m om ento dado.
Contina...
Preguntas de eleccin mltiple * Las respuestas a las preguntas impares se encuentran en el Apndice
Preguntas de respuesta breve * Las respuestas a las preguntas impares se encuentran en el Apndice
Preguntas de eleccin mltiple (continuacin)
d . Todas las protenas que se estn sintetizando acti-
vam ente en una clula en un m om ento dado.
1 .1 2 . Q u nivel de estructura proteica describe la confor-
m acin plegada de una protena de m ltiples subu-
nidades?
a . Estructura prim aria.
b . Estructura secundaria.
c. Estructura terciaria.
d . Estructura cuaternaria.
1 .1 3 . Q u tipo de enlace covalente es im portante para
unir residuos cistena localizados en diversos sitios
de un polipptido?
a . Puente disulfuro.
b . Enlace de hidrgeno.
c. Enlace peptdico.
d . Enlace fosfodister.
1 .1 4 . Se considera que la m ayora de las protenas abun-
dantes de una clula son constitutivas. Cul es su
funcin?
a . Son responsables de las funciones especficas de
cada tipo celular.
b . Son responsables de regular la expresin del
genom a en las clulas.
c. Son responsables de elim inar m ateriales de
desecho de las clulas.
d . Son responsables de las actividades bioqum icas
generales que tienen lugar en todas las clulas.
1 .1 5 . A cul de las siguientes caractersticas hace referen-
cia la redundancia del cdigo gentico?
a . Cada codn puede especificar m s de un am i-
nocido.
b . La m ayora de los am inocidos tienen m s de
un codn.
c. H ay varios codones de iniciacin.
d . Los codones de term inacin tam bin pueden
codificar am inocidos.
1 .1 6 . Cul de las siguientes funciones biolgicas N O
corresponde a las protenas?
a . Catlisis biolgica.
b . Regulacin de procesos celulares.
c. Transporte de inform acin gentica.
d . Transporte de m olculas en organism os m ultice-
lulares.
1 .1 . Proporcione una pauta tem poral para el descubrim ien-
to del D N A, el descubrim iento de que el D N A es el
m aterial gentico, el descubrim iento de la estructura
del D N A y la caracterizacin del prim er genom a.
1 .2 . Q u dos tipos de interaccin qum ica estabilizan la
doble hlice?
1 .3 . Por qu el apaream iento de bases especfico entre
A y T, y G y C brinda la base para la fidelidad de la
replicacin del D N A?
1 .4 . Cules son las dos diferencias qum icas im portantes
entre RN A y D N A?
1 .5 . Por qu las m olculas de m RN A tienen sem ivida
breve respecto de otras m olculas de RN A?
1 .6 . El m RN A que es traducido est en la m ism a form a
que el sintetizado del m olde de D N A?
1 .7 Carecen alguna vez las clulas de un transcriptom a?
Explique su respuesta.
1 .8 . D e qu m anera los enlaces de hidrgeno, las inter-
acciones electrostticas y las fuerzas hidrfobas des-
em pean papeles im portantes en las estructuras
secundaria, terciaria y cuaternaria de las protenas?
1 .9 . Cm o pueden tener tantas estructuras y funciones
diversas las protenas cuando todas son sintetizadas
de tan slo 20 am inocidos?
1 .1 0 . Adem s de los 20 am inocidos, las protenas pre-
sentan diversidad qum ica adicional debido a dos
factores. Cules son estos dos factores y cul es su
im portancia?
1 .1 1 . Cm o puede el codn 5U G A3funcionar com o
codn de term inacin y com o codn para el am ino-
cido m odificado selenocistena?
1 .1 2 . Cm o dirige el genom a la actividad biolgica de
una clula?
29 Preguntas
Problemas complejos * Las respuestas a las preguntas impares se encuentran en el Apndice
Preguntas sobre figuras * Las respuestas a las preguntas impares se encuentran en el Apndice
1 .1 . El texto (pgina 11) afirm a que W atson y Crick descu-
brieron la estructura de la doble hlice del D N A el sba-
do 7 de m arzo de 1953. Justifique esta afirm acin.
1 .2 . Analice por qu la doble hlice gan aceptacin uni-
versal inm ediata com o estructura correcta del D N A.
1 .3 . Q u experim entos llevaron a dilucidar el cdigo
gentico en la dcada de 1960?
1 .4 . El transcriptom a y el proteom a son considerados, res-
pectivam ente, un producto interm edio y el producto
final de la expresin del genom a. Evale los puntos
fuertes y las lim itaciones de estos trm inos para nues-
tro conocim iento de la expresin del genom a.
1 .1 . Analice cm o cada uno de estos experim entos ayud a dem ostrar que el D N A, y no las protenas, contena la infor-
m acin gentica.
Preguntas sobre figuras (continuacin)
1 .2 . Identifique la desoxirribosa, los grupos fosfato y las diferentes bases nitrogena-
das. Puede identificar los tom os de carbono de 1a 5de la desoxirribosa?
1 .4 Explique las diferencias del RN A de las clulas procariontes y eucariontes.
1 .3 . Para este m odelo espacial de
B-D N A describa las caractersti-
cas estructurales im portantes
de la m olcula.
Libros y artculos sobre el descubrimiento de la
doble hlice y otros hitos importantes en el estudio
del DNA
Brock, T. D. (1990) The emergency of Bacterial
Genetics. Cold Spring Harbor Laboratory Press, New
York. Historia detallada que pone en perspectiva el tra-
bajo sobre el principio de transformacin y el experi-
mento de Hershey-Chase.
Judson, H. F. (1979) The Eighth Day of Creation.
Jonathan Cape, London. Relato muy accesible sobre el
desarrollo de la biologa molecular hasta la dcada de
1970.
Kay, L. E. (1993) The Molecular Vision of Life. Oxford
University Press, Oxford. Contiene una explicacin par-
ticularmente informativa de por qu alguna vez se consi-
der que los genes estaban compuestos por protena.
Lander, E. S. and Weinberg, R. A. (2000) Genomics:
journey to the center of biology. Science 287: 1777-
1782. Breve descripcin de gentica y biologa molecu-
lar desde Mendel hasta la secuencia del genoma
humano.
Maddox, B. (2002) Rosalind Franklin: The Dark Lady
of DNA. HarperCollins, London.
McCarty, M. (1985) The transforming Principle:
Discovering that Genes are Made of DNA. Norton,
London.
Olby, R. (1974) The Path to de Double Helix.
Macmillan, London. Una resea exhaustiva de la inves-
tigacin que llev al descubrimiento de la doble hlice.
Watson, J. D. (1968) The Double Helix. Atheneum,
London. El descubrimiento ms importante de la biolo-
ga del siglo xx escrito como una telenovela.
31 Lecturas recomendadas
L e ctu ra s re co m e n d a d a s

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Parte 1 Estudio de los genomaspresenta una des-

cripcin de las tcnicas y los enfoques cientficos

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