ESTRUCTURA Y FUNCION

DEL GEN
ESTRUCTURA Y FUNCION DEL
GENOMA

ESTRUCTURA Y FUNCION DELGEN

1- Gen eucaritico. Gen procaritico.
Regulacin transcripcional.
2- Estrategias para la identificacin de
la estructura y funcin de los
genes
Gentica directa
Gentica reversa

Organizacin y regulacin del opern lactosa en E. coli

Organizacin de un gen eucaritico

Regin reguladora

Regin estructural
+1

Regulacin de la expresin gnica

en EUCARIOTAS
A nivel transcripcional
Participan:

elementos (secuencias) del gen (CIS),

en general en el extremo 5

protenas reguladores: FACTORES DE

TRANSCRIPCION (TRANS)

Elementos en CIS de la regin

reguladora
1- cercanos al inicio de la transcripcin
(TATA 30)
2- proximales (CAT, otros)
3- silenciadores y potenciadores
ubicados a gran distancia
tanto hacia el extremo 5 como al 3

Organizacin de un gen eucaritico

Regin reguladora

Regin estructural
+1

-30
ARNm
5`

3`

PROTEINA

Elementos CIS en regin reguladora

(proximal)

Efecto de mutaciones puntuales de elementos CIS

en nivel de transcripcin

Complejo de iniciacin de la transcripcin:

factores de transcripcin y RNA pol II

Elemento HRE (potenciador de respuesta a hormona

estrgeno) del gen de ovalbmina
+1

Organizacin de un gen eucaritico

Regin reguladora

Regin estructural
+1

ARN
protena

Estrategias para la identificacin

de la estructura y funcin de los
genes

ANALISIS FUNCIONAL DEL

GENOMA
Identificacin de genes funcionales
(gene discovery)
ABORDAJES:
1) gentica clsica (forward Genetics)
2) gentica reversa (reverse Genetics)
1) gentica convencional (un gene por estudio)
2) anlisis global del genoma (genomics)

GENETICA CLASICA GENETICA REVERSA

FENOTIPO MUTANTE

SECUENCIA DE PROTEINA

ALELO MUTANTE

SECUENCIA DE ADN

SECUENCIA DE ADN

ALELO MUTANTE

SECUENCIA DE PROTEINA FENOTIPO MUTANTE

bsqueda de la secuencia

bsqueda de funcin

PRODUCTO GENICO CONOCIDO (protena)

exploracin de bibliotecas genmicas y de
ADNc con sondas de ADN y anticuerpos

PRODUCTO GENICO DESCONOCIDO

obtencin de mutantes (test de complementacin)
paseo cromosmico (clonado mediante mapeo)

patrones de expresin gnica global (EST,

microarrays)

Clon de ADN genmico

Construccin de una biblioteca genmica

Obtencin de ADNc

Biblioteca de ADNc
ADNc

ADNc

LAS BIBLIOTECAS DE ADNc SE

PUEDEN EXPLORAR CON SONDAS
DE ADN Y/O ANTICUERPOS (AL
ESTIMULAR LA EXPRESION DE LOS
INSERTOS EN LAS BACTERIAS)
LAS BIBLIOTECAS GENOMICAS
SUELEN EXPLORARSE CON
SONDAS DE ADN

EXPRESION GENICA GLOBAL

Elaboracin de catlogos de genes que participan
activamente en la determinacin de un determinado
fenotipo (desarrollo, tejido, reaccin frente al
ambiente
EST: expressed sequence tag
secuencia parcial de un inserto de cADN
existen mtodos rpidos que permiten
secuenciar miles de ESTs provenientes de una
biblioteca de ADNc
la informacin se acumula en bancos de datos
hibridacin vs. BLAST (computadora)

Arroz: planta modelo

ESTRUCTURA Y ORGANIZACIN
DEL GENOMA EUCARIOTICO

ADN EUCARIOTICO
Genes copia
nica
(protena)

ADN EUCARIOTICO

30-40%
Genes copia
nica
(protena)

REPETIDOS
ADN mas de una
copia

Secuencias funcionales

Familia de
genes

Sec. no
codificantes

Familias gnicas
dispersas

ADN espaciador

Secuencias con funcin

desconocida

Repetidos
(centrmero)

Familias gnicas
en tandem

VNTR

Transposones

Transposones

Retrotransposones

TAMAO DE GENOMA HAPLOIDE

EN PARES DE NUCLEOTIDOS
Organismo
T4
E. coli
Neurospora crassa
Arabidopsis thaliana
Homo sapiens
Zea mays

Grupo
Bacterifago
Bacteria
Hongo
Planta
Mamfero
Planta

Tamao de genoma
2.0 x 105
4.2 x 106
2.7 x 107
1.0 x 108
3.3 x 109
5.4 x 109

Organismo

Mbp/1C

Arabidopsis thaliana
175
Oryza sativa
490
Lycopersicum esculentum 1010
Zea mays
2675
Hordeum vulgare
5440
Triticum aestivum
16985
Frutillaria assyriaca
124850

pg/1C
0.18
0.50
1.03
2.73
5.55
17.33
127.40

% sec.rep.
37

76
83

http//www.rbgkew.org.uk/cvaldatabse1.html

Ejemplo
Repetidos funcionales en tandem
Protenas de reserva de grano (endosperma)
En el maz, una de las mas importantes son las zenas.

Locus 1
Zena 1

Locus 2
Zena 2

Locus 3
Zena 3

FAMILIAS MULTIGENICAS
Son un caso de secuencias repetidas con funcin
conocida
Pueden estar en tandem o dispersas
Algunos miembros pueden ya NO ser funcionales debida
a mutaciones, se denominan PSEUDOGENES

ADN
ARN
protena

Repetidos funcionales dispersos

actina
tubulina
histonas

5 a 30
3-15
100-1000

ADN EUCARIOTICO
Genes copia
nica
(protena)

REPETIDOS
ADN mas de una
copia

Secuencias con funcin

desconocida

Secuencias funcionales

Familia de
genes

Sec. no
codificantes

Familias gnicas
dispersas

ADN espaciador

Repetidos
(centrmero)

Familias gnicas
en tandem

VNTR

Transposones

Transposones

Retrotransposones

Secuencias repetidas sin funcin conocida

VNTR
Transposones
transposones
retrotransposones

VNTR

ANALISIS ESTRUCTURAL
DEL GENOMA
(STRUCTURAL GENOMICS)
mapa

gentico
mapa fsico
identificacin de subdominios en
el genoma
mapeo comparativo
secuenciacin completa del genoma

MAPA GENTICO
(cM)

MAPA FISICO
(Mb)

Modelo de la organizacin
de cromosoma de cereales

Genes/
Secuencias repetidas

Regiones de copia
nica

I I I I I I I I I I I I I I I
Centrmero

Telmero
Islas hipometiladas
ABCDABCD

Moore et al., 1993

DESCRIPCION GENERAL DEL DISEO DE UN

CROMOSOMA EUCARIOTICO

LINE

GEN

GEN
Region
centromrica

VNTR

SINE

ADNr

PA
A
M

EN

O
IC
T
E
PA
A
M

CO
I
IS

MAPA FUNCIONAL

ORGANIZACIN DEL GENOMA (resumen)

1- La mayor parte del genoma vegetal est constitudo por secuencias
repetidas cortas que se intercalan con secuencias copia nica y
repetidos en tandem
2- La mayor parte de las secuencias repetidas NO es transcripcionalmente
activa
3- Las mutaciones no se acumulan en el genoma al azar. Las mutaciones
silentes se ubican en zonas no codificantes
4- El genoma como tal es una estructura dinmica, compuesto por varios
subgenomas, los cuales posee cada uno caracteres propios