EKSPRESI GEN

A. EKSPRESI GEN
Gen merupakan satuan unit informasi genetika. Dalam makalah ini, kami
memusatkan perhatian pada proses konversi informasi di dalam gen menjadi
molekul-molekul yang menentukan sifat-sifat sel dan virus. Hal ini dilakukan melalui
sejumlah kejadian dimana informasi dalam sekuen DNA akan digandakan menjadi
molekul RNA dan kemudian digunakan untuk menentukan sekuen asam amino dari
suatu molekul protein.
Protein adalah molekul-molekul yang memiliki fungsi berikut:
1. Bertanggungjawab untuk katalis dalam sebagian besar reaksi

kimia

(enzim)
2. Pengaturan ekspresi gen (protein pengatur)
3. Membentuk struktur sel, jaringan dan virus (protein struktur)
Protein tersusun atas satu atau beberapa asam amino yang tergabung
secara kovalen. Rantai asam-asam amino ini disebut polipeptida, yang dapat
disusun dalam berbagai macam urutan. Karena jumlah asam amino dalam
polipeptida dapat mencapai ribuan, maka dapat dibentuk molekul protein yang
beraneka macam.
Ekspresi gen merupakan proses bagaimana informasi yang ada di dalam
DNA bisa di copy melalui proses traskripsi dalam organisme eukariot. Hasil proses
transkripsi adalah hn RNA (transkrip primer). Di dalam organisme eukariot ada
tahapan

proses

tertentu

processing. Kemudian

diikuti

sebelum
tahap

menghasilkan

translasi

yang

RNA,
akhirnya

yaitu

RNA

menghasilkan

polypeptida. Jika dalam proses tersebut ada tahapan yang tidak terjadi, maka dalam

hal ini tidak termasuk dalam kategori bahwa gen tersebut telah terekspresi atau
dengan akta lain tidak terjadi ekspresi gen.
Langkah-langkah utama dalam ekspresi gen adalah sebagai berikut.
1. Sintesis molekul RNA oleh RNA polymerase, yang menggunakan sekuen
basa-basa dari satu utas DNA sebagai cetakan dalam reaksi polimerisasi,
seperti pada replikasi DNA. Proses ini disebut transkripsi.
2. Molekul-molekul protein kemudian disintesis melalui penggunaan sekuen
basa dari molekul RNA untuk mengarahkan penggabungan asam-asam
amino menurut urutan tertentu. Proses ini disebut translasi.
Secara umum, rantai informasi genetik atau DNA merupakan pusat
pengendali jalannya metabolisme di dalam sel, yaitu dengan cara menyandikan
protein. Proses tersebut dilaksanakan melalui penentuan susunan nukleotida
molekul RNA, yang selanjutnya susunan nukleotida tersebut diterjemahkan ke dalam
susunan asam amino dari rantai polinukleotida protein. Proses penyusunan
polinukleotida RNA berdasarkan pola DNA disebut transkripsi. Sedangkan proses
penyusunan asam amino menurut pola molekul RNA disebut translasi.
B.

TRANSKRIPSI
Tahapan pertama dalam ekspresi gen adalah sintesis penggandaan sebuah

molekul RNA dari segmen DNA yang berisi gen.

Tahapan-tahapan transkripsi DNA adalah sebagai berikut.
1. 50 protein yang berbeda terikat pada tempat promoter, biasanya pada ujung
5 dari gen yang akan ditranskripsi

2. Enzim polimerase RNA mengikat pada kompleks faktor transkripsi. Dua

langkah pertama ini membuka ikatan ulir DNA. Tahap 1 dan 2 disebut
inisiasi.
3. Polimerase RNA bergerak menelusuri satu rantai dalam arah 3 5
4. Dalam gerakan ini, terbentuklah ribonukleotida (sebagai trifosfat seperti ATP)
dalam rantai baru RNA.
5. Sintesis RNA berlangsung dalam arah 5 3
6. Saat transkripsi selesai, hasilnya dilepaskan dari polimerase dan kemudian
polimerase dilepaskan dari DNA (Tahap terminasi). Tahapan 3-6 disebut
elongasi.
Suatu gen tertentu dari tanaman dapat diatur gen ekspesinya, yaitu dengan
mengatur proses translasinya atau mengatur proses tranksripsi. Apabila yang diatur
adalah

proses

translasinya,

sedang

proses

lainnya

bebas

terjadi,

maka

disebut translation level control. Apabila kondisi translation level control dalam
keadaan permisif, maka proses translasi akan berjalan, tetapi apabila kondisinya
tidak permisif maka proses translasi tidak terjadi. Akibatnya, terjadi penumpukan
(degradasi) mRNA, atau disebut RNA turn over, yaitu mRNA akan terdegradasi
sebelum terjadi akumulasi yang berlebihan.

TIPE-TIPE RNA
1. mRNA (Messenger RNA), adalah RNA yang akan ditranslasikan menjadi

polipeptida. Sebagian besar sel memproduksi sejumlah kecil dari beribu ribu
molekul molekul mRNA yang berbeda dimana masing-masing ditranslasikan menjadi
peptida yang diperlukan oleh sel. Kebanyakan mRNA berupa housekeeping protein
yang dibutuhkan oleh semua sel (misal enzim glikolisis). mRNA lain adalah berupa

spesifik protein hanya untuk tipe-tipe tertentu dari sel (misal hemoglobin pada sel
darah merah).
Gambar 7. mRNA processing.
2.

rRNA (Ribosomal RNA), yang akan digunakan untuk membangun ribosom

sebagai mesin sintesis protein.

Ada 4 jenis rRNA pada organisme eukariot, yakni:
a.

18S rRNA, satu dari molekul molekul ini, bersama dengan 30 molekul
protein yang berbeda digunakan untuk membuat subunit kecil dari ribosom.

b.

285, 5.8S, dan 5S rRNA, masing-masing molekul molekul bersama dengan

45 molekul protein yang berbeda digunakan untuk membuat subunit besar
dari ribosom.

c.

28S, 18S, dan 5.8S molekul diproduksi dengan proses sebuah trankrip
utama dari penggandaan sebuah gen.

3.

tRNA (Transfer RNA), adalah molekul yang membawa asam-asam amino

menuju polipeptida yang sedang dirakit.

Ada 32 jenis tRNA yang berbeda pada organisme eukariot, dimana masingmasing produk adalah dari gen yang terpisah; kecil, berisi 79-93 nukleotidanukleotida; basa-basa berpasanagan satu dengan lainnya membentuk doubel helix;
masing-masing dari tRNA membawa satu dari 20 asam amino (ujung 3); pada loop
1 3 pasang basa yang tidak berpasangan dari antikodon; pasang basa antara
antikodon dan komplementnya pada mRNA membawa asam-asam amino yang
benar menuju rantai polipeptida.
Gambar 9. tRNA processing.
4.

snRNA (Small Nuclear RNA), adalah mediator dalam langkah-langkah

pemrosesan transkripsi gen-gen mRNA, rRNA dan tRNA.

5.

snoRNA (Small Nucleolar RNA).

6.

miRNA (Micro RNA), adalah RNA yang mengatur ekspresi molekul mRNA.

7.

XIST RNA, yang melakukan deaktivasi satu dari dua kromosom X pada
vertebrata betina.

RNA POLIMERASE
RNA polimerase adalah subunit protein multi komplek. Ada 3 jenis RNA

polimerase yang ditemukan pada organisme eukariote, diantaranya:

1. RNA polimerase I, mencatat gen rRNA untuk pendahuluan pada molekulmolekul 28S, 18S, dan 5.8S
2. RNA polimerase II, mencatat gen-gen pengkode protein menjadi mRNA
3. RNA polimerase III, mencatat gen-gen 5S rRNA dan seluruh gen-gen tRNA.

RNA PROCESSING
Tahapan-tahapan RNA prosesing adalah sebagai berikut.
1. Sintesis cap, dimana guanine (G) ditempelkan pada ujung 5. Cap
berfungsi: melindungi RNA dari pencopotan oleh enzim yang mencopot RNA
dari ujung 5, bertindak sebagai titik perakitan bagi protein yang diperlukan
untuk mengumpulkan subunit kecil ribosom untuk memulai translalsi.
2. Tahap

demi

tahap

menghilangkan introns pada

pre-mRNA

dan

menyisipkan exons.
3. Sintesis poly(A)

tail.

Ini

adalah

proses

pembentangan

nukleotida

adenine(A). Saat satu site pada pre-mRNA yang menempel poly(A) muncul
dari RNAP II, transkrip dipotong kemudian poli A tertempel pada ujung 5.
mRNA yang telah komplit siap keluar ke sitosol (sisa-sisa transkripsi dilepas
dan RNA polimerase meninggalkan DNA).

Ada beberapa tanaman yang proses transkripsi berjalan terus, tetapi RNA
processing hanya terjadi pada kondisi permisif tertentu. Hasil dari transkripsi DNA
yang tidak mengalami RNA processing ini dikenal dengan post transcription level
control. Pada kondisi yang tidak permisif, mRNA tidak akan berfungsi, sehingga
selalu dalam bentuk hn dan tidak dapat di translasi. Zhang et al. (2007)
menyebutkan bahwa post transcriptional modificasiondapat mengurangi stabilitas
protein Okt-4 dan kapasitas regenerasi pada sel ES pada tikus.
C.

TRANSLASI
Translasi adalah proses penerjemahan RNA menjadi suatu barisan asam-

asam

amino

yang

menyusun

protein. Translasi

RNA messenger menjadi

protein. Adalah suatu proses dimana mRNA terikat dengan tRNA pasangannya
untuk kemudian terikat dengan ribosom (RNA ribosom). Setelah pembentukan
protein di ribosom selesai, maka protein tersebut kemudian dibebaskan dan
keseluruhan proses tersebut dikenal dengan translasi.
Keberadaan suatu transgen pada tanaman belum menunjukkan bahwa gen
tersebut dapat terekspresi. Untuk mengekspresikan dirinya, gen memerlukan
seperangkat sistem untuk memulai proses ekspresi tersebut. Gen atau DNA di
dalam nukleus harus dapat ditranskrip menjadi mRNA. Selanjut- nya mRNA ini harus
dapat keluar dari nukleus ke sitoplasma yang kemudian mengadakan proses
translasi untuk menghasilkan protein sesuai dengan templateDNA-nya. Dalam
proses ekspresi ini banyak hal yang dapat terjadi sehingga gen tidak dapat
menghasilkan protein yang dimaksud. Hal ini dikenal dengan istilah gene
silencing, suatu kasus di mana ditemukan keberadaan sekuen DNA transgen dalam
tanaman transgenic tetapi gen tersebut tidak dapat membentuk protein yang

diinginkan. Beberapa faktor yang diduga men-jadi penyebabnya adalah terjadinya

metilasi DNA dan co-suppressing dari sekuen yang homolog (Meyer1995).
Bila molekul mRNA kontak dengan ribosom, maka akan dibentuklah molekul
protein disepanjang ribosom. Proses pembentukan protein ini disebut translasi. Jadi
pada ribosom terjadi proses kimia penyusunan asam amino untuk membentuk
protein.
Translasi merupakan tahap akhir dari ekspresi gen, yaitu penterjemahan
runtunan nukleiotida mRNA menjadi runtunan asam amoni polipeptida. Translasi
pada proses ekspresi gen diperlihatkan pada eukariotik yang dimulai dengan
pembentukan mRNA atau transkripsi di dalam inti sel dan selanjutnya mRNA keluar
dari inti untuk menjadi model cetakan dalam translasi didalam sitoplasma.
Terdapat 3 jenis RNA yang dibentuk oleh DNA dimana tiap jenis RNA
mempunyai fungsi yang berbeda, yaitu :
1. Messenger RNA (mRNA), berfungsi membawa kode genetik ke sitoplasma
untuk mengatur sintesa protein. Fungsi ini dilaksanakan dengan cara mRNA
menjadi cetakan dalam penyusunan rangkaian asam amino dalam translasi.
Informasi genetik yang dibawa oleh mRNA terdapat pada runtunan basa
yang dikandungnya. Dalam satu rantai mRNA hanya bagiantertentu yang
menjadi pola cetakan dalam sintesis protein, yaitu ruas yang diapit oleh
kodon awal dan kodon akhir. Dalam sandi genetic umum yang menjadi
kodon awal ialah rangkaian tiga basa AUG, sedangkan sebagai kodon akhir
terdapat tiga kombinasi basa yaitu UAA, UAG dan UGA. Dalam satu mRNA
prokariotik dapat ditemukan lebih dari satu ruas penyandi, sedangkan pada
mRNA eukariotik hanya terdapat satu ruas. Ruas penyandi protein inilah
yang setara dengan satu gen, dalam kasus gen penyandi protein.

2. Transfer RNA (tRNA) untuk transport asam amino menuju ribosom untuk
digunakan menyusun molekul protein. tRNA mempunyai fungsi sebagai
pengangkut asam amino kedalam kompleks translasi serta membaca sandisandi (kodon-kodon) mRNA. Kesanggupan tRNA menjalankan tugas tersebut
ialah berkat adanya simpul anti kodon dan kemampuan membentuk satu
kompleks dengan asam amino, yang disebut aminoasil-tRNA.
a. Perpautan tRNA dengan asam amino terjadi berkat adanya enzim
sintetase aminoasil- tRNA, yang dapat mengaitkan asam amino
kepada ujung 3 tRNA. Dengan cara mengenali struktur tRNA atau
untuk asam amino sintetase-aminoasil- tRNA mampu bekerja
memasangkan satu jenis tRNA dengan satu jenis asam amino.
Untuk 20 asam amino yang dikenali dalam sandi genetic
sekurang-kurangnya ada 31 jenis tRNA.
3. Ribosomal RNA (rRNA) untuk membentuk ribosom bersama dengan 75
protein lainnya. Ribosom merupakan tempat berlangsungnya translasi.
Dengan komponen penyusunnya yang terdiri dari rRNA dan protein ribosom
mampu mengenali mRNA dan sejumlah enzim yang protein yang berperanan
dalam proses translasi.
Ribosom terdiri dari dua sub unit, yaitu sub unit kecil dan subunit besar. Sub
unit kecil mengandung sekitar sepertiga masa ribosom dan sisanya terdapat pada
sub unit besar. Dalam keadaan bebas kedua sub unit ribosm terpisah satu dari yang
lain, dan mereka akan bersatu pada saat proses translasi akan dimulai. Ukuran
ribosme Eukariotik adalah 80 S atau setara dengan 4.420.000 dalton lebih besar
dibandingkan dengan ribosom pada prokariotik seperti bakteri 70 S atau setara
dengan 2.520.000 dalton.

Di dalam ribosom, terdapat satu situs untuk mRNA dan dua situs untuk tRNA
dan satu situs untuk enzim transferase peptidil. Transferase peptidil adalah enzim
yang berperan dalam merangkaikan satu asam amino dengan asam amino yang
lain. Situs mRNA terdapat pada sub unit kecil dan sedangkan situs tRNA, yaitu situs
A dan P, terdapat pada sebagian kecil pada sub unit kecil dan bagian terbesar pada
sub unit besar. Situs tranferase peptidil terdapat pada sub unit besar. Adanya rRNA
pada ribosom memberikan kemampuan pada ribosom untuk mengenali tRNA dan
mRNA.
Sebagian besar ribosom terletak pada sitoplasma, dan dalam sel eukariotik
sejumlah ribosom terdapat dalam organel intraseluler seperti mitokondria dan
kloroplas. Ribosom-ribosom ini berfungsi untuk memsintesis protein yang khusus
berfungsi di dalam organel-organel tersebut.

TUGAS INDIVIDU
DASAR-DASAR GENETIKA IKAN

EKSPRESI GEN

OLEH :
NAMA
STAMBUK

: NURUL FADHILLAH AZIS

: L221 12 103

LABORATORIUM GENETIKA DAN PEMULIAAN BIOTA AIR

PROGRAM STUDI BUDIDAYA PERAIRAN
JURUSAN PERIKANAN
FAKULTAS ILMU KELAUTAN DAN PERIKANAN
UNIVERSITAS HASANUDDIN
MAKASSAR
2014