Problema 1

Los autores Chou y Fasman (1978) consideraron que la estructura

Para la prediccin de estructuras secundarias se utilizan algoritmos que analizan
la composicin de la secuencia de aminocidos, entre los que sobresalen: ChouFasman, GOR, DSC, PREDATOR, SIMPA96, NNPredict, PHD y PSIPRED. A
continuacin se explican brevemente algunos de estos algoritmos.
El mtodo Chou-Fasman se basa en una tabla que result de un anlisis
estadstico sobre la frecuencia de aparicin de cada uno de los 20 aminocidos en
secuencias cuya estructura secundaria era conocida. Con base en este anlisis
presentado en Chou & Fasman (1974) se conoce la probabilidad de la ocurrencia
de cada aminocido en cada una las tres estructuras hlice, hoja y giro.
El mtodo se centra en detectar regiones de una secuencia de aminocidos no
caracterizada que tengan mayor probabilidad de pertenecer a una de las tres
estructuras secundarias. Las probabilidades se obtienen de la tabla presentada en
Chou & Fasman (1974).
El mtodo GOR propone usar una ventana de observacin deslizante de tamao
fijo de 17 aminocidos. Si se desea predecir la estructura del aminocido central
de la ventana (posicin 9), se deben sumar los puntajes asignados de sus 16
vecinos de acuerdo a dos tablas que acompaan el mtodo, una para hlices y
otra para hojas. Estas tablas se pueden encontrar en Garnier et al. (1978).
Los vecinos tendrn los valores segn e aminocido y la posicin en la que se
encuentre. Ya que se tienen dos tablas, la asignacin se hace a aquella estructura
secundaria con cuya tabla se obtiene el mayor valor. El proceso contina
desplazando la ventana una posicin a la derecha de la secuencia hasta llegar al
final de la misma. Al igual que GOR, otros algoritmos que reportan valores altos de
exactitud como SIMPA96 de Levin (1997), NNPredict de Kneller et al. (1990) y
PSIPRED de Jones (1999) presentan tamaos de ventana que vara entre 15 y 18
aminocidos. Esto muestra que la prediccin de la estructura secundaria se vuelve
ms confiable al incorporar en el estudio de un aminocido en particular la
estructura de sus residuos vecinos.
En el mtodo SIMPA96 se maneja la tcnica del vecino ms cercano utilizando
una matriz de similitud. SIMPA96 maneja una ventana de observacin deslizante
de 13 a 17 aminocidos y se basa en la matriz de puntuacin Blosum62 para
asignar los puntajes a cada aminocido en la ventana.
Se considera un valor de corte C, si la puntuacin es menor que el valor C, el
pptido es rechazado, de lo contrario su conformacin observada se asigna a la

secuencia de prueba. La descripcin completa del mtodo se puede encontrar en

Levin (1997) secundaria de una protena puede estar en uno de estos 3 estados:
hlice-, hoja- o giro. Analizaron la base de datos de las secuencias de protenas
y encontraron la distribucin de residuos en cada una de estas estructuras. De lo
cual analizaron la tendencia intrnseca de un aminocido a estar en una
determinada estructura secundaria. Esta tendencia es propia de cada residuo,
pero el que ese residuo est o no en una determinada estructura no slo depende
de l sino tambin de los aminocidos contiguos en la secuencia. Analizando las
tendencias de los aminocidos a formar parte de una hlice-, P(), de una hoja,8 P(), o de un giro, P(turn), se puede predecir si un determinado segmento de
una cadena peptdica formar o no determinada estructura secundaria.

Indica que aminocido tiende a estabilizar la -hlice y cuales son las

consecuencias del no plegamiento.

Los aminocidos son compuestos orgnicos que se unen para formar protenas,
Un aminocido es una molcula orgnica con un grupo amino (-NH2) y un grupo
carboxilo (-COOH).
El plegamiento de protenas es el proceso por el que una protena alcanza
su estructura tridimensional. La funcin biolgica de una protena depende de su
correcto plegamiento. Si una protena no se pliega correctamente ser no
funcional y, por lo tanto, no ser capaz de cumplir su funcin biolgica.
1. Hacer una lista con aquello que se conoce.
Los aminocidos son compuestos orgnicos que se unen.
hlice-.
Secuencias de protenas.
Grupo amino (-NH2) y un grupo carboxilo (-COOH).

2. Hacer una lista con aquello que no se conoce.

El plegamiento.
La matriz de puntuacin Blosum62
Mtodo SIMPA96

Referencias

http://es.wikipedia.org/wiki/Amino%C3%A1cido
http://www.nlm.nih.gov/medlineplus/spanish/ency/article/002222.htm
http://es.wikipedia.org/wiki/Plegamiento_de_prote%C3%ADnas