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RESUMEN
LPEZ G., G.; MONCADA B., M del P. Construccin de un mapa de ligamiento gentico preliminar
en Coffea liberica x C. eugenioides. Cenicaf 56(4):319-338. 2005.
La investigacin gentica en el cultivo del caf ha sido escasa y se ha concentrado en las especies ms cultivadas,
Coffea arabica L. y C. canephora P., sin explorar an el potencial gentico de otras especies del gnero
Coffea. En este estudio se describe la construccin de un mapa de ligamiento gentico interespecfico de caf,
y se utiliz una poblacin de mapeo obtenida en Cenicaf compuesta por 91 plantas hbridas F1, procedentes
del cruzamiento entre las especies diploides Coffea liberica x C. eugenioides. Se estudiaron 327 marcadores
genticos moleculares desarrollados en Cenicaf, de los cuales 116 presentaron patrones de segregacin que
permiten hacer el anlisis de ligamiento. Para los clculos asociados a la construccin del mapa gentico se
utiliz el programa JoinMap 3.0. Los resultados indican que 76 loci se integran en 12 grupos principales de
ligamiento. Otros 40 loci conforman grupos de ligamiento menores. Los anlisis de segregacin revelan la
existencia de una tendencia muy marcada de distorsin de segregacin en una gran proporcin de loci (39%).
Los conocimientos derivados de este trabajo tendrn aplicaciones en el mejoramiento del cultivo a travs de
los programas de seleccin asistida por marcadores, anlisis de desequilibrio de ligamiento e identificacin
de caracteres cuantitativos, entre otros.
Palabras clave: Caf, mapa gentico, ligamiento gentico, genmica.
ABSTRACT
Research on coffee genetics has been scarce and concentrated on the widely cultivated species Coffea arabica L.
and C. canephora P., leaving unexplored the genetic potential of other species in the genus. This study describes
the construction of an interspecific genetic linkage map using a mapping population of 91 F1 hybrid plants
from the cross between the diploid species C. liberica and C. eugenioides. From 327 molecular genetic markers
developed at Cenicaf, 116 displayed segregation patterns that allowed the linkage analysis. The program JoinMap
3.0 was used for the calculations associated to the construction of the map. The results indicate that 76 loci are
integrated in 12 main linkage groups, and 40 other loci make up smaller linkage groups. Segregation analyses
revealed the existence of a very marked segregation distortion tendency in a large proportion of loci (39%).
This information will be applied towards the improvement of marker assisted selection, linkage disequilibrium
analysis and identification of quantitative traits, among others, in coffee breeding programs.
Keywords: Coffee, genetic map, genetic linkage, genomics.
**
Cenicaf, 56(4):319-338.2005
319
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321
Cenicaf, 56(4):319-338.2005
especficos de C. pseudozanguebariae, de
tal manera que los gametos del parental
C. liberica, podan considerarse genticamente
homocigotos para esos marcadores, y de
esta manera facilitar la identificacin de
los recombinantes en la descendencia del
retrocruce F1 x C. liberica. Adicionalmente,
los marcadores AFLP permitieron identificar
ocho agrupamientos caractersticos de regiones
centroamericanas.
En otro caso, se construy un mapa de
C. canephora utilizando 92 plantas doble
haploides. Se analizaron 160 loci incluyendo
18 microsatlites, 97 AFLPs, 11 RAPDs y
36 RFLPs. El anlisis gener 11 grupos de
ligamiento que a excepcin del grupo 11,
renen ms de diez marcadores cada uno
y cubren un total de 1.041cM (43). Este
trabajo es notable en su cubrimiento del
genoma del caf, aunque adolece de haber
utilizado demasiados marcadores dominantes
y de baja reproducibilidad, pues slo incluye
18 microsatlites.
Recientemente, Pearl-HM et al. (55)
reportan un mapa en C. arabica L. utilizando
solamente 60 plantas del cruce entre los
cultivares Mokka y Catimor. Se emplearon
456 marcadores dominantes (AFLPs), lo cual
limita de manera considerable los resultados
del trabajo. Al finalizar se obtuvieron 31
grupos de ligamiento que cubren 1.802cM,
que indican que se sobre-estim el tamao
real del genoma de esta especie.
El objetivo de este trabajo fue el de construir
un mapa de ligamiento gentico preliminar
obtenido a partir de una poblacin de mapeo
de 91 individuos hbridos interespecficos
F 1, obtenidos a partir del cruzamiento
entre las especies diploides C. liberica
x C. eugenioides, originarios de frica
Oriental y frica Central, respectivamente.
Estas dos especies son diploides y de hbitat
silvestre, cuyos genomas comprenden 2n =
MATERIALES Y MTODOS
Extraccin de ADN. Se realiz a partir
de 10g de tejido fresco, proveniente de
hojas jvenes de cada planta, y se emple
el mtodo de extraccin descrito por Ky
et al. (37). La calidad del ADN se evalu
Gaitn A. y Greene R. y Cristancho, M., Laboratorios de -Dr. Susan McCouch, Cornell University, Ithaca, NY.
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Cenicaf, 56(4):319-338.2005
LOD = Z = Log10
L(r = )
L(r = 0,5)
325
Figura 1. Gel PAGE con el marcador GA55 en la poblacin de mapeo. Las muestras de cada carril
corresponden a C. eugenioides (E) y C. liberica (L). Los nmeros representan a los descendientes del cruce
interespecfico. Las muestras se cargaron en dos frentes de corrida consecutivos en el mismo gel.
Figura 2. Gel PAGE con el marcador GA1132 en la poblacin de mapeo. Los padres en los dos ltimos
pozos de cada extremo y los descendientes en el medio en el mismo orden. Las muestras se cargaron
en dos frentes de corrida consecutivos en el mismo gel.
Cenicaf, 56(4):319-338.2005
Cenicaf, 56(4):319-338.2005
327
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
90
No.
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CFGA103
CFGA171
CFGA206
CFGA528
CFGA1254
CFGA465
CFGA547a
CFGA574
CFGA910
CFGA1042
CFGA1081
CFGA1115
CFGA1123
CFGA2065
CFGA2129
CFGA2195
CFCA167
CFCA212
CFCAR255
EST230
EST274
FR-8-3
FR-80-3
FRF-9-3
FRH-6-3
Tipo segregante
Locus
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[ll:lm]
[ll:lm]
[ll:lm]
[ll:lm]
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[ll:lm]
[ll:lm]
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[ll:lm]
[ll:lm]
[ll:lm]
[ll:lm]
[ll:lm]
[ll:lm]
[ll:lm]
Clases genotpicas
49
33
28
34
50
47
22
69
44
64
55
50
67
45
45
48
54
53
49
27
49
44
65
42
28
ll
42
56
63
57
41
44
68
22
47
27
36
41
24
46
46
42
37
38
42
64
42
35
26
49
63
lm
2
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0
0
1
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0
0
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1
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0
0
0
0
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0
0
Fallos
0,5
5,9
13,5
5,8
0,9
0,1
23,5
24,3
0,1
15
4
0,9
20,3
0
0
0,4
3,2
2,5
0,5
15
0,5
1
16,7
0,5
13,5
X2
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
Df
**
******
**
*******
*******
******
**
*******
*
******
*******
******
Significancia
Tabla 1. Frecuencias genotpicas y anlisis de segregacin para el caso 1, donde se incluyen los loci que segregan en C. eugenioides con dos alelos y
en los que C. liberica es homocigtico.
Cenicaf, 56(4):319-338.2005
Cenicaf, 56(4):319-338.2005
329
CFGA54
CFGA55
CFGA92
CFGA210
CFGA227
CFGA240
CFGA249
CFGA259
CFGA280
CFGA285
CFGA1103
CFGA1147
CFGA2057
CFGA2230
CFGA2247
CFGA297
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CFGA569a
CFGA901
CFGA917
CFGA1056
CFGA1057
CFGA1107
CFGA1150
CFGA1180
CFGA1193
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
Locus
No.
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Tipo segregante
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[nn:np]
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[nn:np]
[nn:np]
[nn:np]
[nn:np]
[nn:np]
[nn:np]
[nn:np]
[nn:np]
Clases genotipicas
53
46
43
41
45
49
44
54
66
48
44
36
47
63
56
59
32
49
40
41
46
50
49
46
59
39
44
nn
38
45
47
50
46
42
47
37
25
42
47
55
44
28
35
28
59
41
51
49
42
41
42
45
32
52
47
np
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0
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0
Fallos
2,5
0
0,2
0,9
0
0,5
0,1
3,2
18,5
0,4
0,1
4
0,1
13,5
4,8
11,1
8
0,7
1,3
0,7
0,2
0,9
0,5
0
8
1,9
0,1
X2
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
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1
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1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
Df
Contina...
*
*******
**
******
**
*****
****
****
-
Significancia
Tabla 2. Frecuencias genotpicas y anlisis de segregacin para el caso 2, donde se incluyen los loci que segregan en C.liberica y son
homocigticos en C. eugenioides.
330
Cenicaf, 56(4):319-338.2005
55
56
57
58
59
60
61
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
...Continuacin
CFGA54
CFGA55
CFGA92
CFGA210
CFGA227
CFGA240
CFGA249
CFGA259
CFGA280
CFGA285
CFGA1103
CFGA1147
CFGA2057
CFGA2230
CFGA2247
CFGA297
CFGA494
CFGA502
CFGA569a
CFGA901
CFGA917
CFGA1056
CFGA1057
CFGA1107
CFGA1150
CFGA1180
CFGA1193
CFGA1236
CFGA2078
CFGA2082
CFCA20
CFCA52
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[nn:np]
[nn:np]
[nn:np]
53
46
43
41
45
49
44
54
66
48
44
36
47
63
56
59
32
49
40
41
46
50
49
46
59
39
44
39
42
50
42
43
38
45
47
50
46
42
47
37
25
42
47
55
44
28
35
28
59
41
51
49
42
41
42
45
32
52
47
52
49
41
49
47
0
0
1
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0
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0
0
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0
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0
1
0
1
3
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
2,5
0
0,2
0,9
0
0,5
0,1
3,2
18,5
0,4
0,1
4
0,1
13,5
4,8
11,1
8
0,7
1,3
0,7
0,2
0,9
0,5
0
8
1,9
0,1
1,9
0,5
0,9
0,5
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1
1
1
1
1
1
1
1
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1
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1
1
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1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
*
*******
**
******
**
*****
****
****
-
Cenicaf, 56(4):319-338.2005
331
CFGA965
CFGA1082
115
116
<hkxhk>
<hkxhk>
[hh:hk:kk]
[hh:hk:kk]
hh
47
36
hk
11
25
kk
0
3
Fallos
10,7
3
X2
2
2
Df
****
-
Significancia
Locus
1
CFGA52
2
CFGA69
3 CFGA97y99
4
CFGA205
5
CFGA239
6 CFGA1132
7 CFGA462a
8
CFGA529
9
CFGA651
10 CFGA1033
11 CFGA1120
12 CFGA1122
13 CFGA1159
14 CFGA1246
15 CFGA2011
16 CFGA2147
17 CFGA2258
18 CFGA2260
19
CFCA12
20
CFCA44
21 CFCA177
22 CFCA193
No.
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[ee:ef:eg:fg]
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[ac:ad:bc:bd]
[ac:ad:bc:bd]
[ac:ad:bc:bd]
[ee:ef:eg:fg]
[ac:ad:bc:bd]
[ac:ad:bc:bd]
[ac:ad:bc:bd]
[ac:ad:bc:bd]
[ac:ad:bc:bd]
[ac:ad:bc:bd]
[ac:ad:bc:bd]
[ac:ad:bc:bd]
[ac:ad:bc:bd]
37
14
19
25
14
18
19
22
22
28
24
23
27
12
18
31
20
32
34
35
32
12
10
26
19
30
22
ad
21
25
27
ac
33
20
21
27
29
17
15
21
21
13
24
25
18
18
23
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15
bc
10
17
19
30
30
20
33
16
18
23
22
27
16
30
26
22
19
bd
25
23
30
26
23
11
36
15
28
ef
23
ee
19
21
19
12
23
eg
32
24
29
15
17
0
0
1
0
0
0
2
2
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0
0
0
0
0
1
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0
0
0
0
1
3
fg Fallos
0,7
1,1
5,8
2,7
11,4
0,2
10,9
16,2
14,1
6,5
2
7
7,2
20,7
9,5
5,1
8,2
11,2
3,5
8
4,5
1,9
X2
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
3
Df
Contina...
**
**
**
-
***
**
****
****
*
*
*
******
**
-
Significancia
Tabla 4. Frecuencias genotpicas y anlisis de segregacin para el caso 4, donde se incluyen los loci de C. eugenioides y C. liberica segregando con
cuatro alelos.
Locus
No.
Tabla 3. Frecuencias genotpicas y anlisis de segregacin para el caso 3, donde se incluyen los loci en los que C. eugenioides y C. liberica son heterocigticos.
332
Cenicaf, 56(4):319-338.2005
CFCA285
CFCA358
FR-73-5
FR-102-5
FR-147-5
FRE-7-3
FRH-1-3
<abxcd>
<abxcd>
<abxcd>
<abxcd>
<efxeg>
<abxcd>
<abxcd>
[ac:ad:bc:bd]
[ac:ad:bc:bd]
[ac:ad:bc:bd]
[ac:ad:bc:bd]
[ee:ef:eg:fg]
[ac:ad:bc:bd]
[ac:ad:bc:bd]
CFGA69
CFGA651
CFCA44
FR-147-5
FRH-1-3
CFGA210
CFGA2057
CFGA2247
CFGA297
CFGA494
CFGA502
CFGA1056
CFGA1057
CFGA1107
CFGA1150
CFGA1193
CFCA85
CFCA169
CFCA420(LocusA)
CFCAR253
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
15
14
29
17
Locus
30
32
24
24
13
12
17
21
No.
23
24
25
26
27
28
29
...Continuacin
30
33
25
26
26
26
17
27
23
20
24
20
20
21
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
No.
17
33
0
1
0
0
0
0
0
6,7
9,7
2
1
6,5
8,1
10,2
Locus
*
**
*
**
**
CFCAR257
CFCAR258
CFCAR259
FR-4-1
FR-28-2
FR-34-2
FRE-8-3
FRE-12-3
CFGA103
CFGA171
CFGA528
CFGA1254
CFGA465
CFGA547a
CFGA910
CFGA1042
CFGA1081
CFGA1115
FR-8-3
FRF-9-3
3
3
3
3
3
3
3
Figura 3. Mapa de ligamiento gentico de C. liberica x C. eugenioides. Construido a partir de 91 hbridos interespecficos.
Se agruparon 74 loci microsatlites y 2 EST, utilizando la funcin de mapeo de Kosambi y el programa JoinMap 2.0. Se
obtuvieron 12 grupos de ligamiento y un cubrimiento total de 378cM.
333
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