Ejercicios de PCR

Parte I.

1. La finalidad de la PCR es hacer copias de un fragmento de ADN de

inters. En este ejercicio, una cadena de la doble hlice de DNA ser
llamada Original-1. Escribe la secuencia de nucletidos de la cadena
complementaria que se llamar Original-2.
Fragmento de ADN de inters
(01) Original-1 3' T C G G C T A C A G C A G C A G A T G G T A C G T A 5'
(02) Original-2 5' _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ 3'

Parte II.

2. Un fragmento de ADN conocido como cebador se sintetiza

artificialmente y tiene una secuencia de nucletidos complementaria a
las bases adyacentes del segmento Original-1. Escriba la secuencia de
nucletidos de las cinco bases de Cebador-1.
3. Escribe la secuencia de nucletidos de los cinco bases de Cebador-2.
(01) Original-1 3' T C G G C T A C A G C A G C
5'
_____
(Cebador-1)
(02) Original-2 5' A G C C G A T G T C G T C G
3'
_____
(Cebador-2)

A G A T G G T A C G T A 5'
3
T C T A C C A T G C A T 3'
5'

Parte III.

4. En el ciclo 1 y todos los ciclos posteriores de la reaccin de PCR, una

copia de cada una de las dos hebras originales se sintetizarn
comenzando en el extremo 3' del cebador y continuando hasta el
extremo 5' de la cadena original. Escriba la secuencia de las copias que
se hacen de las hebras de O-1 y O-2.
(01) Original-1 3' T C G G C T A C A G C A G C A G A T G G T A C G T A 5'
(C1) Copy-1

5'

C C G A T _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ 3'

(O2) Original-2 5' A G C C G A T G T C G T C G T C T A C C A T G C A T 3'

(C2) Copy-2

3' _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ A T G G T 5'

Parte IV.
5. Durante el segundo ciclo de la PCR, se hace una copia de cada una de
las hebras Original-1, Copia-1, Original-2, y Copia-2 obtenido en el ciclo
1. Escriba la secuencia de Copia-1 formado durante la replicacin de
Original-1 en el ciclo 2.
Difiere la secuencia de la de Copia-1 realizada en el primer ciclo?
Escribe la secuencia de Copia-2 formada durante la replicacin de
Original-2 en el segundo ciclo.
Difiere la secuencia de la Copia-2 realizada en el primer ciclo?
6. Para hacer una copia de la hebra C1, un cebador se une a las
secuencias correspondientes a la hebra C1. Tenga en cuenta que slo
uno de los dos cebadores ser apropiado. Escriba la secuencia del
cebador.
Completar la secuencia del CC1.
7. Para hacer una copia de la hebra C2, escriba la secuencia del cebador
en el lugar apropiado en CC2.
Completar la secuencia de CC2.
(01) Original-1 3' T C G G C T A C A G C A G C A G A T G G T A C G T A 5'
(C1) Copia-1

5'

C C G A T _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ 3'

(C1) Copia-1

5'

C C G A T G T C G T C G T C T A C C A T G C A T 3'

(CC1) Copia-C1 3'

_______________

5'

(O2) Original-2 5' A G C C G A T G T C G T C G T C T A C C A T G C A T 3'

(C2) Copia-2

3' _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ A T G G T

(C2) Copia-2

3' T C G G C T A C A G C A G C A G A T G G T

(CC2) Copia-C2 5'

___________________

5'
5'

3'

8. Cuntas hebras de cada uno de los siguientes estn presentes

despus del segundo ciclo?
O1 ___

O2 ___

C1 ___

C2 ___

CC1 ___

CC2 ___

Parte V.
9. Para el tercer ciclo de PCR, cada una de las ocho hebras producidas
por el ciclo 2 se replican. Escribe el smbolo de la hebra producida por
replicacin del O-1, C1, O-2, y C2. Puede hacer referencia a la cuarta
parte del ejercicio para obtener ayuda.
10. Para replicar CC1 y CC2, un cebador se une a una secuencia
apropiada en cada una de las hebras. Escribe la secuencia del cebador
en el lugar apropiado en las nuevas hebras. Completar la secuencia de
las dos cadenas.
O-1
___ ?
C1
___ ?
C1
___ ?
CC1

3' G G C T A C A G C A G C A G A T G G T 5'

CC2

5' _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ 3'

O2
___ ?
C2
___ ?
C2
___ ?
CC2

5' C C G A T G T C G T C G T C T A C C A 3'

CC1

3' _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ 5'

11. Cuntas hebras de cada uno de los siguientes tipos estn presentes
despus del tercer ciclo?
Hebras totales _____
O1 ___

O2 ___

C1 ___

C2 ___

CC1 ___

CC2 ___

Parte VI.
12. Durante el cuarto ciclo de PCR, las hebras producidas por el tercer
ciclo sern copiadas de la misma manera que los ciclos anteriores. Use
la Parte IV como referencia y determine el nmero de hebras de cada
uno de los siguientes que estar presente despus de completar el ciclo
4.
Hebras totales ____
O1 ___
O2 ___
C1 ___
C2 ___
CC1 ___
CC2 ___

Parte VII.
13. El nmero total de hebras presentes al final de cada ciclo se calcula
as:
CT =2*# de ciclo + 1
Utilice este principio para calcular y registrar el nmero total de hebras
en la tabla de abajo.
14. La reaccin de PCR se inici con una doble hlice del ADN que se
separa en dos hebras designadas como O-1 y O-2. Registre el nmero de
hebras de O-1 y O-2 en la tabla de abajo.
15. El nmero de copias de cada una de C1 y C2 se incrementa en uno
cada ciclo. Anote el nmero de hebras de C1 y C2 en la tabla siguiente.
16. El nmero de copias de cada una de CC1 y CC2 en cada ciclo se
puede determinar restando las copias de O1, O2, C1 y C2 del nmero
total y dividiendo la diferencia entre 2.
= [CT - (O1 +O2 +C1 +C2)]/2
Utilice este principio para completar la tabla de abajo.
Ciclo Total

O1

O2

C1

Nmero de hebras
C2 CC1 CC2

___

___

___

___

___

___

___

___

___

___

___

___

___

___

___

___

___

___

___

___

___

___

___

___

___

___

___

___

___

___

___

___

___

___

___

___

___

___

___

___

___

___

:
:
10

___

___

___

___

___

___

___

:
:
20

___

___

___

___

___

___

___

Parte VIII
Las siguientes secuencias corresponden a un par de oligonucletidos
utilizados como cebadores para la amplificacin del gen que codifica
para la amelogenina en humanos, protena encargada del esmalte de los
dientes, y utilizado en ciencias forenses para la determinacin del sexo
en cadveres.
Fwd 5 C T C A T C C T G G G C A C C A C T T G T T A T A T C 3
Rev 5 G G T A C C A C T T C A T A G G G G T C A G C A C 3

De acuerdo a la secuencia anterior determine:

El porcentaje de T, C, G y C
La temperatura media de alineacin (Tm)
De acuerdo con las recomendaciones para los diseos de los cebadores:
La longitud de los cebadores es adecuada? Explique su respuesta
Los oligos son complementarios entre s?
La diferencia entre sus Tm es adecuada? Explique su respuesta
El porcentaje de C+G es adecuado? Explique su respuesta
1. Elija la opcin correcta (Reaccin en Cadena de la Polimerasa)

A) La PCR permite la amplificacin exponencial de unas pocas molculas

diana de ADN.
B) La PCR incluye 3 pasos que se repiten al menos 50 veces:
naturalizacin, alineamiento
y polimerizacin.
C) Los cebadores para la PCR estndar deben ser autocomplementarios.
D) El ADN molde en una PCR slo puede ser ADNc.
E) Un ejemplo de ARN polimerasa termoestable es la Taq.

2. Elija la opcin correcta (Reaccin en Cadena de la Polimerasa)

A) Entre las mltiples aplicaciones de la PCR, estn la investigacin
forense y las pruebas
de paternidad.
B) La RT-PCR es una variacin de la PCR que permite amplificar ADNc.
C) La RT-PCR requiere de una ADN polimerasa dependiente de ADN.
D) A y B son correctas.
E) Todas las anteriores son incorrectas.
2. Si la secuencia 5-G-T-G-G-G-A-A-T-G-T-C-C-A-A-A-G-A-A-T-C-T-GT-C-3
fuera de una hebra de ADN molde, Cul es la secuencia del ARN
transcrito?
(indica en la respuesta el extremo 5 y el 3)

3. Si la secuencia 5-G-T-G-G-G-A-A-T-G-T-C-C-A-A-A-G-A-A-T-C-T-GT-C-3
fuera de una hebra de ADN codificante, Cul es la secuencia del
ARN transcrito?
(indica en la respuesta el extremo 5 y el 3)

A qu tipo de dominio de unin al ADN corresponden las siguientes

imgenes?