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FACULTAD DE MEDICINA
ESCUELA DE POSTGRADO
CURSO DE POSTGRADO
Mtodos Matemticos y Bioinformticos para el Anlisis de Datos Biolgicos (MMBADB)
Nombre Curso
Segundo
Semestre
2011
Ao
Prof. Encargado
Nombre Completo
Laboratorio de Procesamiento de Imgenes Cientficas (SCIAN-Lab), BNI,
Programa de Anatoma y Biologa del Desarrollo, ICBM, Facultad de Medicina, U-Chile
Y
Centro de Modelamiento Matemtico, Departamento de Ingeniera Matemtica,
Facultad de Ciencias Fsicas y Matemticas, U-Chile
Unidad Acadmica
Telfono
9786366
E-mail shartel@med.uchile.cl
Tipo de Curso
Complementario
(Bsico, Avanzado, Complementario, Seminarios Bibliogrficos, Formacin General)
88,5
121,5
210
N horas Presenciales
N horas NO Presenciales
N horas totales
Crditos
CUPO
ALUMNOS
25
(N mnimo)
Pre-requisitos
(N mximo)
autorizacin
Inicio
2. Diciembre 2011
Dia/horario
por sesion
Lugar
Metodologa
Las aplicaciones de la informtica en salud y biomedicina son cada vez ms importantes para
mejorar la calidad de vida de las sociedades modernas. La Informtica Biomdica abarca
disciplinas tales como la informtica, medicina, ciencias naturales y atencin sanitaria. En todo
el mundo se observa una demanda creciente de programas de postgrado y postdoctorado
flexibles e interdisciplinarios que preparen investigadores con las competencias necesarias para
facilitar el camino hacia futuros avances en este campo. Si bien la estructura de la poblacin y el
contexto socio-econmico en muchos pases de Amrica Latina hacen especialmente valiosa la
Informtica Biomdica, los esfuerzos para fomentar esta disciplina han sido dispersos.
La Oficina Alemana de Asuntos Exteriores a travs del Servicio Alemn de Intercambio
Acadmico (DAAD) ha iniciado el financiamiento para la creacin de un Centro de Excelencia
en Investigacin y Enseanza en Santiago de Chile desde 2009 hasta 2014. La iniciativa
incluye investigadores de diferentes Facultades de la Universidad de Chile (U-Chile), tanto de la
Facultad de Medicina (F-Med) como de la Facultad de Ciencias Fsicas y Matemticas (FCFM).
Tambin incluye la Universidad de Heidelberg, que aporta su experiencia para fomentar la
formacin interdisciplinaria junto a una consolidada plataforma de investigacin en el campo de
la Informtica Mdica. La Universidad de Heidelberg alberga el primer programa de Informtica
Mdica establecido en Alemania y est estrechamente relacionado con destacados institutos
de investigacin, como el Centro Alemn de Investigacin del Cncer (DKFZ). La formacin
profesional y la investigacin se centrarn en Programas Certificados, Escuelas de Verano,
Programas de Postgrado -Magster y Doctorado- y el Intercambio Cientfico entre las
Universidades.
El primer curso transdisciplinario de postgrado de Mtodos Matemticos y Bioinformticos
para el Anlisis de Datos Biolgicos (MMBADB) responde a la creciente necesidad de
mtodos matemticos/bioinformticos capaces de proveer herramientas para resolver preguntas
biolgicas, biomdicas y de medicina aplicada en el presente y el futuro. El curso reune docentes
del Centro de Modelamiento Matemtico (CMM) del FCFM, de la Facultad de Medicina y de la
Universidad de Mannheim, con el fin de cubrir cuatro aspectos fundamentales de la temtica:
(i) importancia de mtodos matemticos/bioinformticos en la medicina del presente/futuro (R
Armisen), (ii) mtodos de anlisis de secuencias en sistemas biolgicos (A Maass / N Loira) (iii)
interpretacin de datos de sistemas biolgicos y biomdicos (A Maass / N Loira) y (iv) manejo de
herramientas bioinformticas en el campo de la biologa de sistemas e investigacin biomdica
en el ejemplo de la esquizofrenia (P Gebicke).
Las clases, presentaciones y seminarios se dirigen a estudiantes de las disciplinas de biologa,
medicina, matemtica, computacin e ingeniera elctrica con especializacin en ciencias de la
computacin / informtica.
Crditos:
Crditos para el curso se otorgan por la Facultad de Medicina, Universidad de Chile. Las materias
podrn ser reconocidas para futuros estudios de postgrado, Diplomado y Magister en Health
Informatics.
(40%)
(60%)
FCFM
Facultad de Ciencias Fsicas y Matemticas
Universidad de Chile
Mathomics
CMM, FCFM
+56 (2) 978-4551
ZI-Mannheim, Germany
Central Institute of Mental Health, University of Heidelberg
J5, D-68159 Mannheim, Germany
Descripcin / Objetivos
Este curso cubre los siguientes aspectos fundamentales:
(i) importancia de mtodos matemticos/bioinformticos en la medicina del presente/futuro
(ii) mtodos de anlisis de secuencias en sistemas biolgicos
(iii) interpretacin de datos de sistemas biolgicos y biomdicos y
(iv) manejo de herramientas bioinformticas en el campo de la biologa de sistemas e
investigacin biomdica, en el ejemplo de la esquizofrenia.
(i) Para comprender la importancia de los mtodos matemticos y bioinformticos en la medicina
del presente y futuro se requiere tener conocimientos de los siguientes paradigmas: herencia
gentica, replicacin y transcripcin gnica, estructura e interaccin de DNA y RNA. En esta parte
del curso participarn docentes de la F-Med.
(ii) Para manejar mtodos de anlisis de secuencias en sistemas biolgicos se requiere
comprender a nivel terico los mtodos matemticos y bioinformticos clsicos de anlisis
y procesamiento de datos biolgicos experimentales, comenzando desde las secuencias de
DNA, siguiendo por datos de transcriptmica y metabolmica, hasta la construccin y anlisis
matemtico de la dinmica de redes asociadas a sistemas biolgicos.
En esta parte del curso participarn docentes del Departamento de Ciencias de la Computacin
(DCC) y del Centro de Modelamiento Matemtico (CMM) de la FCFM.
(iii) Para interpretar datos de sistemas biolgicos y biomdicos se necesita aprender a utilizar
el software existente para el anlisis matemtico y bioinformtico de datos biolgicos, y tener la
capacidad de aprender a utilizar software de caractersticas similares. En esta parte del curso
participarn docentes del Departamento de Ciencias de la Computacin (DCC) y del Centro de
Modelamiento Matemtico (CMM) de la FCFM.
(iv) La aplicacin de herramientas bioinformticas en el campo de la biologa de sistemas e
investigacin biomdica depende en forma crucial de la capacidad de disear una secuencia
metodolgica que permita responder una pregunta biolgica a partir de datos experimentales.
Se presenta una aplicacin de anlisis de microarrays de genoma completo para investigar la
regulacin de la expresin gentica en pacientes con esquizofrenia. Se discutirn aplicaciones y
limitaciones de diferentes tcnicas estudiadas en el curso y la interpretacin de los resultados en
el contexto biomdico del problema estudiado. En esta parte del curso participarn docentes del
Departamento de Psicofarmacologa del Instituto Central de Salud Mental de la Universidad de
Heidelberg, en Mannheim, Alemania.
Dedicacin:
El curso contempla:
63 hrs de ctedra (42 clases tericas)
21 hrs en 14 pasos prcticos
3 hrs otras actividades presenciales
Subtotal 87 hrs presenciales
102 hrs estudio propio
21 hrs preparacin para exmenes
Subtotal 123 hrs no presenciales
Dedicacin total: 210 hrs (=7 ECTS)
Relacin no presencial/presencial = 1,41
Bibliografa:
1.
4.
Lodish, Berk, Matsudaira, Kaiser, Krieger, Scott, Zipursky & Darnell. Molecular Cell Biology,
5th Edition. Chapter 4: Basic Molecular Genetic Mechanism. Ed. W. H. Freeman, New York.
The Cancer Genome Atlas Research Network. Comprehensive genomic characterization
defines human glioblastoma genes and core pathways. 2008. Nature 455, 1061-1068.
Ding L, Getz G, Wheeler D.A., Mardis E.R., McLellan M.D., Cibulskis K, Sougnez C et al.
Somatic mutations affect key pathways in lung adenocarcinoma. 2008. Nature 455, 10691075.
Beginning Perl for Bioinformatics. James D. Tisdall, OReilly Media, Inc., 2001
5.
6.
7.
8.
9.
Fundamentals of Data Mining in Genomics and Proteomics. Werner Dobitzky. Springer, 2007
2.
3.
10. Mathematical and Statitistical Methods for Genetic Analysis. Kenneth Lange. Springer, 2002
11. The Phylogenetic Handbook. Marco Salemi. Cambridge University Press, 2003
12. The Metabolic Pathway Engineering Handbook. Christina Smolke, CRC Press, 2009
13. Microarrays for an integrative genomics. Isaac Kohane. MIT Press, 2005
14. Data Analysis and Graphics Using R. John Maindonald. Cambridge University Press, 2010
15. Metabolome Analysis. Silas Villas-Boas. Wiley-Interscience, 2007
16. Metabolomics: A Powerful Tool in Systems Biology. Jens Nielsen, Springer, 2010
17. An Introduction to Systems Biology. Uri Alon. Chapman & Hall/CRC, 2007
18. Genomic Regulatory System. Eric Davidson, Academic Press, 2001
19. Cheadle C, Vawter MP, Freed WJ, Becker KG.Analysis of microarray data using Z score
transformation.J Mol Diagn. 2003 May;5(2):73-81.
20. Ringnr M. What is principal component analysis?Nat Biotechnol. 2008 Mar;26(3):303-4.
21. Eisen MB, Spellman PT, Brown PO, Botstein D. Cluster analysis and display of genome-wide
expression patterns. Proc Natl Acad Sci U S A. 1998 Dec 8;95(25):14863-8.
22. Spearman C. The proof and measurement of association between two things. By C.
Spearman, 1904.Am J Psychol. 1987 Fall-Winter;100(3-4):441-71.
23. Saldanha AJ. Java Treeview--extensible visualization of microarray data. Bioinformatics.
2004 Nov 22;20(17):3246-8.
24. Shi L, Reid LH, Jones WD, et al. The MicroArray Quality Control (MAQC) project shows interand intraplatform reproducibility of gene expression measurements. Nat Biotechnol. 2006
Sep;24(9):1151-61.
25. Subramanian A, Tamayo P, Mootha VK, Mukherjee S, Ebert BL, Gillette MA, Paulovich A,
Pomeroy SL, Golub TR, Lander ES, Mesirov JP. Gene set enrichment analysis: a knowledgebased approach for interpreting genome-wide expression profiles. Proc Natl Acad Sci U S A.
2005 Oct 25;102(43):15545-50.
26. Wilson CL, Miller CJ. Simpleaffy: a BioConductor package for Affymetrix Quality Control and
data analysis. Bioinformatics. 2005 Sep 15;21(18):3683-5.
27. Huber W, von Heydebreck A, Sltmann H, Poustka A, Vingron M. Variance stabilization
applied to microarray data calibration and to the quantification of differential expression.
Bioinformatics. 2002;18 Suppl 1:S96-104.
28. Kostka D, Spang R. Microarray based diagnosis profits from better documentation of gene
expression signatures. PLoS Comput Biol. 2008 Feb;4(2):e22.
29. Tretter F , Gebicke-Haerter PJ, Mendoza ER, Winterer G. Systems Biology in Psychiatric
Research: From High-Throughput Data to Mathematical Modeling. Wiley-VCH, 2010; ISBN10: 3527325034 | ISBN-13: 978-3527325030
30. Gonzalez-Burgos G, Fish KN, Lewis DA. GABA neuron alterations, cortical circuit dysfunction
and cognitive deficits in schizophrenia. Neural Plast. 2011;2011:723184. Epub 2011 Sep 5.
CALENDARIO DE ACTIVIDADES
Diciembre
Vi
02
Sa Do
03 04
Lu
05
Ma 06
Mi
07
Jue-Do
08-11
Lu
12
Ma
13
Mi 14
Ju 15
Vi 16
Sa Do
17 18
9-10:30
C1
libre
C5
C8
P3
libre
C 13
C 16
libre
P7
C 21
libre
11-12:30
C2
libre
C6
P2
C 11
libre
C 14
P6
libre
C 19
C 22
libre
14-15:30
C3
libre
P1
C9
C 12
libre
P5
C 17
libre
C 20
P9
libre
16-17:30
C4
libre
C7
C 10
P4
libre
C 15
C 18
libre
P8
C 23
Diciembre Enero
Lu 19
Ma
20
Mi 21
Ju
22
Vi - Ju
23 - 05
Vi 06
Sa 07
Vi - Vi
08 - 13
9-10:30
C 24
P 11
C 29
C 32
libre
C 35
C 39
libre
11-12:30
C 25
P 10
C 30
P 14
libre
C 36
C 40
libre
14-15:30
C 26
C 28
P 13
C 33
libre
C 37
C 41
libre
16-17:30
C 27
P 12
C 31
C 34
libre
C 38
C 42
libre
OA 1
OA 1
Almuerzo
Sa 14
EF
Almuerzo
18-19:30
Clases Tericas
C1
Ricardo Armisen
C2
Ricardo Armisen
C3
Katherine Marcelain
C4
Mutaciones en cncer
Katherine Marcelain
C5
El enfoque bioinformtico
Nicols Loira
C6
Nicols Loira
C7
Tecnologas de secuenciamiento
Dante Travisany
C8
Alineamiento de secuencias
Nicols Loira
7
C9
Alex Di Genova
Alex Di Genova
Andrs Aravena
Andrs Aravena
Alex Di Genova
Andrs Aravena
Nicols Loira
Nicols Loira
Andrs Aravena
Dante Travisany
Rodrigo Assar
C 20 Anlisis de microarrays
Rodrigo Assar
Alex Di Genova
Rodrigo Assar
Toms
Prez-
Toms Prez-Acle
Prez-
Mara
Paz
Corts,
C 28 Anlisis de cromatogramas
Mara
Paz
Corts,
8
Marco Budinich
C 29 Modelamiento de sistemas vivos
Nicols Loira
Mara
Paz
Corts,
Mara
Paz
Corts,
Andrs Aravena
Andrs Aravena
Nicols Loira
Peter Gebicke
Peter Gebicke
Peter Gebicke
Peter Gebicke
Peter Gebicke
Peter Gebicke
Peter Gebicke
Pasos Prcticos
P1
Dante Travisany
P2
Dante Travisany
P3
P4
Alex Di Genova
Dante Travisany
9
P5
Andrs Aravena
P6
Andrs Aravena
P7
Dante Travisany
P8
Rodrigo Assar
P9
P 10
Alex Di Genova
Toms
P 14
Andrs Aravena
Otras Actividades
OA 1 Conferencia Epigentica.
Peter Gebicke
Peter Gebicke
Evaluaciones
E1
Seminarios
40%
E2
Examen Final
60%
10
AD-B
LF
AJA
Auditorio J. Allamand
PC1
PC2
Diciembre
Vi 02
Sa Do
03 04
Lu 05
Ma
06
Mi 07
Ju Do
08 11
Lu
12
Ma
13
Mi
14
9-10:30
AD-A
11-12:30
Ju
15
libre
AD-A
AD-A
PC2
libre
AD-A
AD-A
libre
PC2
AD-A
libre
AD-A
PC2
AJA
libre
AD-A
PC2
libre
AD-B
14-15:30
AD-A
libre
PC1
AD-A
AJA
libre
PC1
AD-A
libre
AD-B
16-17:30
AD-A
libre
LF
AD-A
PC2
libre
AD-A
AD-A
libre
PC2
Almuerzo
Diciembre Enero
Vi 16
Sa Do
17 18
Lu 19
Ma
20
Mi 21
Ju
22
Sa - Ju
24 - 05
Vi 06
ene
Sa 07
ene
9-10:30
AD-A
libre
AD-A
PC2
AD-B
libre
AD-A
AD-A
11-12:30
AD-A
libre
AD-A
PC2
PC2
libre
AD-A
AD-A
14-15:30
PC2
libre
AD-A
AD-A
PC2
AD-B
libre
AD-A
AD-A
16-17:30
AD-A
libre
AD-A
PC2
AD-B
libre
AD-A
AD-A
AD-A
AD-A
Sa 14
ene
AD-A
Almuerzo
18-19:30
11
14:00-15:30
16:00-17:30
Lunes 5
09:00-10:30
11:00-12:30
14:00-15:30
16:00-17:30
Martes 6
09:00-10:30
11:00-12:30
14:00-15:30
16:00-17:30
Miercoles 7
09:00-10:30
11:00-12:30
14:00-15:30
16:00-17:30
12
Lunes 12
09:00-10:30
11:00-12:30
14:00-15:30
16:00-17:30
Martes 13
09:00-10:30
11:00-12:30
14:00-15:30
16:00-17:30
Jueves 15
09:00-10:30
11:00-12:30
14:00-15:30
16:00-17:30
Viernes 16
09:00-10:30
11:00-12:30
14:00-15:30
16:00-17:30
Prez-Acle)
(Toms
13