Prediccin computacional de la estructura terciaria de la protena de la

superfamilia HAD-hidrolasa subfamilia IA, variante 1 del Geobacter

sulfurreducens por homologa
Mamani Hancco, Laura Ivonne1
1 Universidad Catlica De Santa Mara Facultad De Ciencias Farmacuticas Bioqumicas Y
Biotecnolgicas Programa Profesional De Ingeniera Biotecnolgica.

RESUMEN
Objetivo Realizar predicciones computacionales de estructura de la protena HAD-hidrolasa
subfamilia IA, variante 1 del Geobacter sulfurreducens Materiales y mtodos. La prediccin de la
estructura secundaria se obtuvo mediante el programa de prediccin secundaria Psi-Pred. Los
modelos de estructura terciaria se elaboraron a partir de fragmentos homlogos de protenas con
estructura terciaria conocida que fueron obtenidos de la base de datos PDB seguido por mltiples
alineamientos. Empleando la secuencia primaria se obtuvieron perfiles de hidrofobicidad,
segmentos coil-coiled tanto en la protena nativa como en las homologas. Resultados: se logro la
prediccin de la estructura terciaria mediante el uso de homologa de 5 secuencias
Palabras clave superfamilia HAD-hidrolasa, homlogos, prediccin de estructura secundaria
Abstract Objective To computational predictions of structure HAD hydrolase protein subfamily IA,
option 1 from Geobacter sulfurreducens. Materials and methods The prediction of the secondary
structure was obtained by the secondary prediction program Psi-Pred. Tertiary structure models
were prepared from fragments of homologous proteins with known tertiary structure that were
obtained from the PDB data base followed by multiple alignments. These primary sequence using
hydrophobicity profiles, coiled-coil segments were obtained in both the native protein and the
homologous. Results: We made the the tertiary structure prediction it was achieved using 5
sequence homology
Keywords HAD hydrolase superfamily, homologues, secondary structure prediction

INTRODUCCIN

El Geobacter Sulfurreducens, es una deltaproteobacteria, que revela capacidades

insospechadas, incluyendo evidencia de
metabolismo aerbico, de un carbono y el
metabolismo de carbono complejo, la
motilidad y el comportamiento quimiotctico.
Estas caractersticas, junto con la posesin de
muchos sensores de dos componentes y
muchos citocromos de tipo c, revelan una
capacidad de crear, redes redundantes,
electrones de transporte alternativos y ofrecer
ideas sobre el proceso de reduccin de iones
metlicos en ambientes subterrneos. Adems
de jugar un papel en el ciclo global de
metales y de carbono, este organismo tiene
claramente el potencial para su uso en
biorremediacin de metales radiactivos y en
la generacin de electricidad. (1)
Las
hidrolasas-deshalogenasas
como
halocidos (HAD) incluyen la superfamilia L2-haloacido
deshalogenasa,
epxido
hidrolasa,
fosfoserina
fosfatasa,
fosfomanomutasa, fosfatasa fosfoglicolato,
ATPasa de tipo P, y muchos otros, todos los
cuales utilizan un aspartato nuclefilo en su
reaccin de transferencia de fosforilo.
Todos los miembros poseen un dominio de
ncleo alfa / beta altamente conservada. Los
miembros de esta superfamilia se refieren
como pertenecientes a la superfamilia DDDD
de fosfohidrolasas.
Los miembros de la superfamilia HAD
catalizan una variedad de reacciones
caracterizada por la formacin de un
intermedio covalente de la enzima que
conduce a deshalogenacin, la transferencia
de fosforilo, y la hidrlisis de steres de
fosfato y fosfonatos (2).
Muchas de las protenas con actividad
enzimtica conocidas en la superfamilia HAD
estn involucradas en la desintoxicacin de
xenobiticos o subproductos metablicos (3),

as mismo posee un papel especfico en la

catlisis de la hidrlisis de carbono halgeno,
y tiene la propiedad de romper molculas de
alto peso molecular adicionando una
molcula de agua, (4) para la actividad
cataltica de esta enzima se requiere la
presencia de un ion metlico divalente como
el Mg2+, con esta enzima se pueden romper
enlaces peptdicos, steres o enlaces
glicosdicos. (5)
MTODOS
La protena a determinar su estructura
pertenece a la target T0854 la cual fue
extrada de la base de datos del centro de
prediccin de estructuras de protenas
CASP11 (2014).
Esta protena consta de 212 aminocidos es
de origen de Geobacter Sulfurred, posee un
dominio conservado perteneciente a la
superfamilia HAD cuyo intervalo de
aminocidos se encuentra entre 97-190(Fig.1)
Anlisis de estructura primaria
Para la determinacin de los parmetros
fisicoqumicos se utiliz el programa
ProtParam de ExPAsy; mientras que para la
determinacin de sitios de corte se utiliz el
programa Peptide Cutter de ExPAsy;
entretanto para la determinacin de los
segmentos transmembrana e hidrofobicidad
se utiliz el programa ProtScale de
ExPAsy; finalmente para la prediccin de
segmentos coil-coiled se utiliz el Coil
Server.
Anlisis de protenas homologas
Para la determinacin de las protenas
homologas se realiz un Blast sobre la target,
y se tuvo como parmetros E.Value,
porcentaje de identidad; se tuvo la precaucin
de solo tomar protenas de la base de datos de
Protein Data Bank, descartando las nr.
Prediccin de estructura secundaria

Se conceso un programa para la

determinacin de la estructura secundaria el
cual fue PSIPRED, para el alineamiento
mltiple se utiliz el programa CLUSTAWL
y para la determinacin de dominios
conservados se utiliz el programa LALIGN.
Prediccin de estructura terciaria
Se efectu el alineamiento mediante el uso
del programa SPDBV versin 4.10 por lo que
se alineo los fragmentos de los homologos
con la protena de origen. Finalizando ello
con la comprobacin de resultados haciendo
una comparacin de la secuencia original
PDB 4rn3con la secuencia predicha todo ello
fue realizado en el programa RASMOL.
RESULTADOS
Anlisis de estructura primaria
La tabla 1 muestra las propiedades
fisicoqumicas de la protena as mismo
muestra la composicin de aminocidos
presentes en la molcula. La tabla dos
muestra los sitios de cortes potenciales por
proteasas o productos qumicos as mismo se
encuentran las enzimas que no presentan

actividad en la enzima. La obtencin de los

perfiles de hidrofobicidad fue realizada
mediante el algoritmo de Kyte-Doolitle, en la
Figura 2 nos muestra que la target T0854 no
posees segmentos transmembrana.
La obtencin de los segmentos coil-coiled
fueron positivas (Fig.3)
Anlisis de Protenas homologas
En la tabla 3 se muestra las protenas
homologas tomadas, se consideraron 5 para
obtener datos fiables de la prediccin terciaria
de la secuencia original.
Prediccin de estructura secundaria
La prediccin secundaria presenta una alta
confidencia; con mltiples alfa hlices; as
mismo se determin la presencia de dominio
conservado perteneciente a la superfamilia
HAD-hidrolasa
Prediccin de estructura terciaria.
Se obtuvieron los resultados finales despus
de pasar las secuencias predichas por el
Programa RASMOL, lo que confirmara la
prediccin echa por el programa SPDBV 4.10

Fig1: Resumen grafico del dominio conservado de la target T0854

Fig.: estructura primaria de la target T0584

Tabla 1: Parmetros fisicoqumicos y composicin de aminocidos de la target T0854

Parmetros proteicos
Numero de aminocido
212
Peso molecular
23776.3

PI teorico
Estimado de vida
media

5.28
30 hrs (Retculo
mamario, in vitro).
>20 hrs (levaduras, in
vivo).
>10 hrs (Escherichia
coli, in vivo).

Tabla2: Enzimas con actividad de corte en la protena T0854

Enzimas con actividad de corte

Enzimas sin actividad de corte

Fig2: Perfil de hidrofobicidad de la target T0854 segn el algoritmo de Kyte-Doolitle.

Fig.3: Presencia de segmentos coil.

Tabla3: Resultado de protenas homologas.
Protena

E.Value

2FI1_A

1.00E-06

%identida
d
25

3DV9_A

3.00E-06

25

4FFD_A

8.00E-06

27

2HOQ_
A
4DFD_
A

1.00E-05

28

3.00E-05

33

Fig4: Prediccin de estructura secundaria mediante el uso del programa PSIPRED donde el color
rosa representa las alfa hlices y el color amarillo representa las lminas beta.
Tabla4: Evaluacin de dominios conservados mediante el uso del programa LALIGN

homologo

porcentaje de
similaridad
69.6%
57.2%

Naminoacidos

espacios /overlap

2FI1_A
3DV9_A

porcentaje de
identidad
26.1%
27.3%

23
187

154-176:52-74
39-219:44-228

4FFD_A

27.6%

58.6%

29

83-111:163-191

2HOQ_A

30.0%

63.3%

30

206-235:197-223

4DFD_A

30.0%

70.0%

20

33-52:44-63

Fig5: prediccion terciaria d ela proteina T0854 donde Ay G corresponden al homologo3DV9_A, C

e I 4FFD_A, DyJ 2HOQ_A y Ey K4DFD_A. F representa la estructura original de la target
t0854; H,I,J,K representan las estructuras predichas a partir de los homlogos

Discusin

se logro predecir la estructura tridimencional de la target T0854 para ello fue necesario el uso de
secuancias homologas con un porcentaje de identidad del 25%5, y con un Value comprendido
entre E-5 E-10 se evito el uso de de proteinas no redundantes ya que al hacerlo sus secucencias
moldes no superaba el 70% de identidad con la original, por lo que fueron descartadas.
En la prediccion de estructuras en el programa RASMOL fueron usadas las secuencias ya predichas
por el programa SPDBV 4.10 y finalmente esta fueron comparadas con la secuencia original
brindad por Protein Data Bank.
Referencia bibliograficas
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