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Surco
menor
3.4 nm
Esqueleto
azcar
fosfato
Una Vuelta
helicoidal
Surco
Mayor
0.34 nm
3
2 nm
GENETICA MICRBOBIANA
Las bases del ADN son de dos tipos, las pricas (adenina, guanina) y
pirimidnicas (citosina, timina), cada base se une al C1 de la pentosa. La unin
base mas pentosa forma desoxinuclesido (desoxiadenosina, desoxiguanosina,
3desoxitimidina, desoxicitidina). Cada desoxinuclesido se une al grupo PO4
(ortofosfato) en el C5 de la pentosa y forma desoxinucletido (desoxiadenosin
monofosfato,
desoxiguanosin
monofosfato,
desoxitimidin
monofosfato,
desoxicitidin monofosfato). La cadena de ADN es una sucesin de
desoxinucletidos unidos entre s por molculas de ortofosfato. Cada una de
estas molculas esterifica, por un lado, la desoxirribosa de un nucletido en
posicin 5 (C5) y por el se une al C3 (posicin 3) del azcar siguiente, de modo
3que el PO4 une los C5 y C3 de las pentosas. Las cadenas tienen polaridades
opuestas, son antiparalelas, pues frente al tipo de unin fosfato-3desoxirribosa se
encuentra una unin en posicin 5, y el ensamblaje entre las dos cadenas se
realiza por puentes de hidrgeno que dada la disposicin espacial tan peculiar, se
establece entre adenina-timina y entre guanina-citosina en los dos sentidos (A-T,
T-A, G-C, C-G). Es decir que frente a una fraccin de la cadena, por ejm.
5GCCATACG3 debe hallarse una hebra 3CGGTATGC5.
GENETICA MICRBOBIANA
Cada Regin del ADN que produce una molcula de ARN funcional se denomina
GEN. El ADN de los procariotas es polignico y todas sus regiones codifican para
un gen. Los genes de los eucariotas son discontinuos a lo largo del ADN con
regiones no codificadoras llamadas INTRONES que se encuentran entre
secciones codificadoras o EXONES. El nmero de intrones es variables y flucta
desde ninguna hasta ms de 50. Cada gen puede tener en los eucariotas
5
alrededor de 1 x 10 pares de bases (pb), aunque hay genes que tienen hasta 2 x
6
10 pb. El 75 % del ADN eucaritico tienen secuencias nicas o singulares, de
esto el 13% son genes (un 10 % del genoma).El resto un 25 % de ADN son
secuencias repetitivas sin funcin conocida.
El total de la informacin gentica contenida en el ADN de la clula microbiana se
denomina GENOMA.
Repeticiones invertidas y estructura secundaria del ADN
Aunque la secuencia de bases a lo largo de la cadena de ADN est determinada
por el cdigo gentico, suelen darse secuencias de bases no causadas por sus
propiedades de codificacin sino debido a que influyen en la estructura
secundaria del ADN o la forma como ste interacta con las protenas. As estas
secuencias pueden emparejar sus bases formando una horquilla, la secuencia
que corresponde a dicha estructura consiste en dos copias de una secuencia
idntica dispuestas en orientacin inversa, y denominan repeticiones invertidas.
La secuencia de las repeticiones invertidas forma un Palndromo, (del griego
regresar de nuevo) Un palndromo una secuencia de caracteres que se lee lo
mismo de derecha a izquierda y al contrario, ejm. Dbale arroz a la zorra el
abad, Anita lava la tina, Atar a la rata, molecularmente se define como una
secuencia de ADN bicatenario que es idntica cuando una cualquiera de sus
cadenas se lee en una direccin definida.
As por ejemplo la secuencia
5 TGAGAAT ATTCTCA 3
3 ACTCTTA TAAGAGT 5
es palindrmica porque leda en sentido 5 a 3 cualquiera de las dos cadenas
presenta las misma bases, es decir de izquierda a derecha en la cadena superior
y de derecha a izquierda en la cadena inferior.
Una secuencia palindrmica se describe formalmente como una regin de
simetra binaria en la que el eje de simetra separa las repeticiones invertidas. En
nuestro ejemplo el eje de simetra est sealado por una lnea que en ambos
lados aparece la misma secuencia en orientacin invertida. Las dos copias de
una repeticin invertida no tienen porque ser necesariamente contiguas, podra
darse el siguiente caso
5 TGAGAATNNN NNNATTCTCA 3
3 ACTCTTANNN NNNTAAGAGT 5
PRINCIPIOS BSICOS DE MICROBIOLOGIA
GENETICA MICRBOBIANA
GENETICA MICRBOBIANA
- El otro grupo est formado por la histona no nucleosmica, la Histona 1 (H1) que
tiene unos 213 aa, con Mr de 23 kDA y con un 29 % de LYS (62 resduos de LYS)
y 1.4 % de ARG (3 resduos de ARG). Es muy heterognea encontrndose
varios tipos diferentes en la misma clula. Cada H1 presenta una regin globular
central y dos extremos (carboxilo y amino). Las H1 son necesarias para el
plegamiento helicoidal de la fibra de cromatina.
- Otras protenas. Se encuentran tambin en menor proporcin protenas cidas
del tipo fosfoprotenas, abundantes en la eucromatina. Se caracterizan por su alta
velocidad de recambio (turn-over) y porque se sintetizan durante todo el ciclo
celular, a diferencia de las histonas que solo se sintetizan en el perodo S del ciclo
celular eucariota. Las protenas mejor conocidas son la nucleoplasmina, protena
cida de 29 kDa que se une a las histonas H2A y H2B y la protena N1, que se
une a la H3 y H4. En el ncleo eucariota tambin existen protenas cidas no
unidas al ADN ni al ARN denominadas residuales (HMG, de alta velocidad) las
mas conocidas son la HMG 1 2, 14 y 17. Otras protenas son diversas enzimas
como ADN sintetasa, nuclesido trifosfatasa, acetilasa de histonas o histona
acetilasa, etc.
- Nucleosoma. Constituido por ocho molculas de histonas sobre las que se
enrolla el ADN. El octmero de histonas est compuesto por 2 molculas de cada
una de las histonas H2A, H2B, H3 y H4. Las histonas forman una estructura
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NUCLEOSOMA
MADURO
ADN
ESPACIADOR
146 pb
220 pb
Cada una de las cuatro histonas presenta un extremo extendido rico en LIS y
ARG por el que se une al ADN, y otro ms compacto por el que se une al extremo
compacto de las otras tres histonas. Cada tetrmero entonces, tiene una regin
central (unin de los cuatro extremos compactos de las histonas) y cuatro colas
(los cuatro extremos distendidos) de unin al ADN. Alrededor de cada tetrmero
se dispone una vuelta del doble helicoide de ADN formando as un hemioctmero.
De la unin de ambos hemioctmeros resulta el nucleosoma completo. Los
octmeros forman una unidad fija, es decir no se desplazan por la cadena. Esta
cadena de nucleosomas o fibra de 10 nm corresponde a la cromatina totalmente
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Cromtidas
Constriccin secundaria
paracentromrica
Brazo q
centrmero
cinetocoro
Heterocromatina
constitutiva
Cromonema
Brazo p
Microcvulas
bandas
Entramado
proteco
Constriccin secundaria
(organizador nucleolar)
telmero
Los Genes
Un gen se puede definir como entidad que especifica la estructura de un
polipptido. Los genes son unidades que predisponen y motivan a originar o
producir diferentes rasgos o caractersticas. Se les denomina unidades o
potencialidades de herencia o transmisin. Desde el punto de vista molecular es
la secuencia de ADN que contiene informacin requerida para fabricar una ARN y
a travs de ste una protena. Este flujo de informacin se conoce como dogma
central de la biologa molecular.
Transcripcin
Replicacin
ADN
Traduccin
ARN
Protena
En los procariotas pueden existir unos 5 000 genes, en los eucariotas pueden ser
unos 100 000 genes, mas o menos el 10 % del ADN, el resto del ADN no tiene
significado. En los eucariotas los genes son discontinuos (genes partidos) con
secuencias no codificadoras insertadas entre las secuencias que en realidad
codifican para una protena. Durante la transcripcin tanto los intrones como
exones son copiados y las secuencias de intrones son luego cortadas y
eliminadas cuando el ARN mensajero es procesado en el citoplasma.
Los eucariotes tienen en realidad mucho mas ADN por genoma que el necesario
para codificar todo lo requerido para la funcin celular, el ADN eucaritico puede
dividirse en tres tipos: el ADN de una copia, que tiene secuencias codificadoras
para las principales protenas de la clula; el ADN moderadamente repetitivo, que
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Fig. 5
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5
3
Base de ARN
GENETICA MICRBOBIANA
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14
Hebra conductora
continua
ADN polimerasa
sintetizado sobre la
cadena conductora
3
5
Fragmento de Okasaki 2
ADN polimerasa
sintetizado sobre la
cadena retrasada
Protenas
desestabilizadoras de
la hlice
Fragmento de Okasaki 4
ADN ligasa
uniendo dos
fragmentos de
Fragmento de Okasaki 1
Fig. 8. Horquilla de replicacin tal como debe ocurrir. La cadena retrasada sufre
un plegamiento de tal forma que las protenas que intervienen en la
replicacin formen un complejo nico que puede ser utilizado ala vez por
ambas cadenas.
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REPLICACIN
------------INTERFASE-------------
tiempo horas cls. en cultivo
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CADENA CONTINUA
PCNA
ADNpol
5
ADN
3
HELICASA
ADN pol
CADENA RETRASADA
(Fragmentos de Okasaki)
Fig.9
PRIMASA
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1. Protena rep.- Una helicasa que desenrolla la cadena continua del ADN.
2. Helicasa.- Se requiere para ayudar a desenrollar la cadena retrazada o
rezagada del ADN. Forma un complejo con la primasa para producir el precursor
de ARN.
-Protena de unin de una sola hebra o Protena SSB, aseguran que las
hebras nicas de ADN generadas por las helicasas permanezcan separadas. En
presencia de protena SSB, la cadena de ADN est en posicin rgida, extendida,
ideal para el copiado. Estabiliza el ADN de una sola cadena.
-ADN polimerasa I.- Une nucletidos a la molcula de ADN en crecimiento.
Rellena vacos en el ADN, participa en la reparacin del ADN. Se ha tratado en
apartado anterior.
-ADN polimerasa III.- Sintetiza ADN. Se ha mencionado con anterioridad sobre
estas enzimas.
-ADN topoisomerasa I.- Corta una cadena del ADN, cambiando al ADN
superenrollado a un estado mas relajado. La topoisomerasa I al unirse u corta un
a hebra del ADN permite que la hlice de ADN oscile y disipe la tensin causada
por el enrollamiento. Un residuo tirosina de la topoisomerasa se enlaza con el
fosfato libre en el ADN y el complejo gira, entonces la enzima se disocia del
complejo y se libera del ADN. Las topoisomerasas I pueden intervenir en el
movimiento de la horquilla de replicacin en las bacterias y tambin se encuentran
en las clulas animales.
-ADN topoisomerasa II.- tambin llamada girasa.- Corta ambas cadenas del
ADN, produce superhlices negativas al destorcer el ADN. Las topoisomerasas
tipo II eliminan el ADN concatenado (dos hebras entrelazadas de ADN) generado
cuando se replica ADN circular. En la bacteria E. coli la topoisomerasa II presenta
dos subunidades, una de ellas se une a los extremos rotos del ADN y la otra es
una ATPasa. La utilizacin de ATP proporciona la suficiente energa libre para
desenrollar el ADN:
-ADN ligasas.- Catalizan la formacin de enlaces fosfodister entre los
polinucletidos preformados. Las ADN ligasas intervienen en la sntesis de ADN
discontinuo para unir los extremos de los polinucletidos (fragmentos de Okasaki)
preformados, despus de la sustitucin del precursor de ADN. Tambin
intervienen en la reparacin de ADN daado. El mecanismo de accin de las
enzimas difiere del de la ADN polimerasa en que aqu participa el enlace
+
pirofosfato del NAD . Existe un solo tipo de ADN ligasa en los procariotas, pero
en los eucariotas se encuentran dos enzimas, ambas funcionan en el ncleo.
-Endonucleasa de restriccin.- Enzima que corta el ADN en secuencias de
bases especficas. Destruye al ADN extrao.
-ADN metilasa.- Coloca grupos metilos en las bases del ADN inhibiendo as la
accin de las endonucleasas de restriccin. Modifica al ADN circular para que no
sea afectado por su propia endonucleasa de restriccin.
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(a)
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(b)
Fig.10. (a) Topologa del ribosoma de E.coli. (b) Microfotografa electrnica de ribosomas
libres.Tomado de Smith y Wood.Molecular Biology and Biotechnology, University of Leeds,
England.
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Fig.11.
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DENOMINACION
SIMBOLO
DENOMINACION
Inosina
s4U
m1I
1- metil inosina
s2m5U
2-tio-5-metil uridina
m1A
1- metil adenosina
m2A
2 -metil adenosina
s2am5U
m6A
N6
- metil adenosina
s2cm5U
2-tio-5-carboximetil uridina
i6A
N6
-isopentenil adenosina
cmm5U
ms2i6a
cm5U
5-carboximetil uridina
t6A
N6 -(N-teonilcarbonil) adenosina
Um
2'-o-metil uridina
m1G
1-metil guanosina
2'-o-metil pseudouridina
mam5s2U
5-metilaminometil-2-tiouridina
guanosina
4-tiouridina
m2G
N2-metil
3-(3-amino-3-carboxipropil)uridina
m2G2
N2-dimetilguanosina
s2m5C
2-tio-5-metil citidina
m7G
N7-metil guanosina
s2C
2-tiocitidina
Gm
2'-o-metil guanosina
Cm
2'-O-metil citidina
(ribo) timidina
ac4C
N4-acetil citidina
N3-metil citidina
D o hU
5,6-dihidrouridina
5-metil citidina
m5C
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Las enzimas que permiten la activacin del aminocido son especficas que
aseguran que un ARNt determinado reciba sus aminocidos correctos, estas
enzimas se han denominado enzimas activadoras de aminocidos o
aminoacil-ARNt sintetasas, reconocen tanto al aminocido como al ARNt
especfico. Como en la clula existen mas de una especie de ARNt para la
mayora de los aminocidos a stos se les conoce como ARNt isoaceptores.
Las reacciones catalizadas por las aminoacil-ARNt sintetasas son esencialmente
las mismas, pero existen diferencias casi imperceptibles segn la lnea de
especializacin y adaptabilidad de sus especificidades. Estas enzimas permiten
una reaccin en dos pasos en la unin de aminocidos y ARNt. El grupo
carboxilo del aminocido es activado primero por la formacin del
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Subestructura
alfa
alfa2
alfa4
alfabeta
alfa2beta2
Aminoacil-ARNt
Sintetasa
Glutaminil
Isoleucil
Histinidil
Triptofanil
Alanil
Glutamil
Fenilalanil
69,000
112,000
84,000
37,000
95,000
(56,000)
(39,000)
(46,000)
(94,000)
Existen unos 60 ARNt diferentes en las bacterias, mientras que en los organismos
superiores como mamferos hay entre 100 a 110 ARNt diferentes. Tanto en
procariotas como en los eucariotas los ARNt derivan de molculas precursoras
mas largas que sufren un fenmeno de procesamiento. Por ejm., en la E.coli los
genes de ARNt se encuentran con frecuencia en operones mixtos que codifican
varios ARNt (hasta 7 ARNt), protenas y ARNr. As tenemos que el opern tyrU
codifica cuatro ARNt y el ARNm para el factor Tu en la sntesis proteica. La
primera escisin endonucletida es realizada por la ARNasa P que da lugar a los
extremos 5 de las molculas de ARNt. La ARNasa P es una enzima formada por
ARN y una protena con una Mr de 20000. En condiciones normales fisiolgicas
ambos componentes son necesarios para que muestre actividad, pero cuando
2+
hay elevada concentracin de Mg , el componente ARN por s solo tiene
actividad cataltica. Despus de esto una serie de fenmenos nucleolticos y
modificaciones en las bases generaran el ARNt maduro.
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La informacin del ADN est recopilada en el ARNm, en donde cada tres bases
forman un Codn o Triplete que es definido para un aminocido en particular, la
secuencia de tripletes sobre el ARNm determina un polipptido especfico.
La informacin en el ARNm est en clave o codificada El orden de agrupacin de
las bases del ARNm determinar cada uno de los 20 aminocidos esenciales. Las
cuatro bases (Adenina, Citosina, Guanina, Uracilo) se ensamblan de 3 en 3 con lo
3
que se obtiene 64 combinaciones (4 ), de las cules 61 codifican cada una para
un aminocido, esto se denomina "clave de tripletes", cada triplete se denomina
codn o clave para un aminocido. El llamado anticodn es el triplete de bases
del ARNt complementario al del codn. El cdigo gentico no es ambiguo ya que
un codn designa solamente a un aminocido, pero se dice que es degenerado
porque un aminocido puede ser codificado por dos o mas tripletes de bases
diferentes, teniendo desigual solo la tercera base, mientras que otros aminocidos
son codificados por un solo triplete de bases (metionina y triptfano). El patrn de
degeneracin no es uniforme, as tenemos por ejemplo que para tirosina y lisina
existen dos codones, mientras que para la arginina y serina hay seis codones. Las
otras tres combinaciones o codones restantes no codifican aminocido alguno y
funcionan como "signos" para la terminacin de la biosntesis de una cadena de
los polipptido especfica por parte de un cistrn o gen. Estos tres tripletes se
denominan codones sin sentido o de terminacin y sealan el termino de la
codificacin : UAA o triplete ocre , UAG o triplete mbar, y UGA o triplete palo.
La clave o cdigo gentico es universal, el mismo cdigo funciona en el citosol de
todos los procariotas y eucariotas. La nica variacin del estndar conocida se
produce en las mitocondrias que contienen su propio sistema gentico, habiendo
incluso diferencias en las asignaciones de codones entre las mitocondrias de
hongos y animales.
Tabla 3. Secuencias de codones de ARNm que constituyen el Cdigo Gentico.
U
U
UUU
Phe
UUC
Phe
UUA
Leu
AAG
Leu
CUU
Leu
CUC
Leu
CUA
Leu
CUG
Leu
PAUU
Ile
AUC
Ile
AUA
Ile
AUG Met
GUU Val
GUC Val
GUA Val
GUG Val
C
UCU
UCC
UCA
UCG
CCU
CCC
CCA
CCG
ACU
ACC
ACA
ACG
GCU
GCC
GCA
GCU
Ser
Ser
Ser
Ser
Pro
Pro
Pro
Pro
Thr
Thr
Thr
Thr
Ala
Ala
Ala
Ala
UAU Tyr
UAC Tyr
UAA Ocre
UAG..Ambar
CAU His
CAC His
CAA Gln
CAG Gln
AAU Asn
AAC Asn
AAA Lys
AAG Lys
GAU Asp
GAC Asp
GAA Glu
GAG Glu
UGA Cys
UGC Cys
UGA Opalo
UGG Trp
CGU Arg
CGC Arg
CGA Arg
CGG Arg
AGU Ser
AGC Ser
AGA Arg
AGG Arg
GGU Gly
GGC Gly
GGA Gly
GGG Gly
U
C
A
G
U
C
A
G
U
C
A
G
U
C
A
G
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32
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33
ARNpol
(18)
(7)
R. Pribnow
(7)
Transcripcin
de una sola
cadena
Replique en horquilla
lleva a la terminacin
de la transcripcin
UAA
CGA
G|C
G|C
U|A
C|G
G|C
A|U
C|G
U|A
G|C
C U
A
Transcripcin en Eucarya.
La maquinaria transcripcional de los eucariotas es mas compleja que la de los
procariotas. Solo una pequea porcin del genoma (un 10 %) se expresa en
forma de secuencia de ARN. Las secuencias transcritas se localizan en la
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Punto de corte 3
3
5
5
AG GURAGO
YNYURAY
Tramo de
pirimidinas
Punto de corte 5
3
(U/C)n
5
AG G
Y pirimidina (C,T U)
R purina (G,A)
N cualquiera de los 4 nucletidos
Fig. 16.
Factores de transcripcin
Asimismo en eucariotas existen factores que participan activamente en la
transcripcin. Son protenas que se unen al ADN promotor convirtindolo en ADN
promotor funcional que atrae las polimerasas. Para cada tipo de ARN existen
factores que intervienen en su transcripcin.
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En ARNt : La transcripcin dirigida por ARN polimerasa III (ARNpol III). Con
los factores de transcripcin TFIII-B (que porta la subunidad TBP) y el
factor TFII-C.
En ARN5S : Transcripcin dirigida por ARN polimerasa III (ARNpol III), con
los factores de transcripcin TFIII-A, TFIII-B (con subunidades TBP y
TAFs), TFIII-C. Apenas es sintetizado debe ingresar al nuclelo para
asociarse a las protenas ribosmicas e incorporarse a la subunidad mayor
ribosmica.
ADN
-
Promotor
CAAT
75
TATA
25
Intron 1
Intron 2
GT AG Exon 2 GT AG Exon 3 AATAAA
Exon 1
+1
TRANSCRIPTO PRIMARIO
Exon 1
GT AG
Exon 2
GT AG
Exon 3 AATAAA
Cortes y empalmes
AUG
Poli
UAA
A
ARN
mensajero
Traduccin
7mGppp
3
5 Cap
Comienzo
PROTEINA
Terminacin
NH2
COOH
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hidrlisis del enlace que une el aminocido final con el ltimo ARNt, se cree que
en esta reaccin participa la peptidil-transferasa del ribosoma requirindose de
GTP. As quedan libres el polipptido, el ltimo ARNt, el ribosoma 70S que se
disocia en sus subunidades y el ARNm queda libre tambin.
Control de la Transcripcin
- Regulacin de la expresin gentica
La sntesis de protenas y de otros elementos que la bacteria necesita se
producen por un mecanismo de autorregulacin que determina la concentracin
de protenas intracelulares merced a metabolitos que favorecen el incremento
(protenas activadoras) o la disminucin (protenas represoras). Es un sistema
bifuncional que evita la acumulacin o un gasto de enrga muy grande. Este
mecanismo se representa por la inhibicin de la sntesis del ARNm por accin de
protenas represoras, que se encuentran a su vez reguladas por pequeas
molculas especficas, conocidas como inductores y represores. Se da el
nombre de OPERON a un grupo de genes controlados por el mismo operador y
que intervienen en el metabolismo de un determinado producto. Por ejm. en el
caso del Opern LAC o de la -galactosidasa que degrada la lactosa, tiene ste
cuatro componentes:
a.Genes estructurales: -galactosidasa, permeasas y transacetilasa que
degradan la lactosa y transportan a sta a travs de la membrana.
b.Operador: que controla la transcripcin de los genes estructurales. Cuando
la lactosa no se halla presente en el medio, no es preciso su utilizacin, y en
consecuencia se produce la represin de los genes estructurales debido a la
unin de la protena represora con el operador.
c.Promotor: necesario para la iniciacin de la transcripcin, se sita por
fuera del operador y es la zona de asiento de la ARN-polimerasa y de un
catabolito activador proteco que estimula la formacin de ARNm.
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Fig.23.
Modelo de un Plsmido
de
resistencia
MUTACIONES
En gentica se utilizan las CLONAS, bacterias genticamente idnticas. Una
mutacin se observa como un cambio sbito, que se hereda en el fenotipo de la
bacteria. Una cepa aislada en la naturaleza se le denomina tipo natural o
salvaje (wild type) y a la cepas aisladas a partir de ella como mutantes. Se
pueden diferenciar las mutaciones selectivas y las no selectivas. En las no
selectivas la bacteria puede perder una caracterstica que puede traer ventajas o
desventajas sobre las bacterias originales al cultivarlas in vitro. Una mutacin
selectiva confiere a la bacteria mutante una ventaja bajo cierto tipo de condiciones
ambientales, de manera que su descendencia es capaz de superar el crecimiento
de la cepa natural y sustituirla.
Existen mutantes nutricionales, que tienen requerimiento para un factor de
crecimiento, se denominan AUXOTROFAS, mientras que la cepa original de tipo
natural es una PROTOTROFA.
Las mutaciones pueden originarse
espontneamente, como tambin pueden acelararse al aplicar agentes
mutagnicos en manipulaciones in vitro.
- MUTACIONES PUNTUALES.Cambio que se verifica en una sola base. La consecuencia depender del lugar
donde ocurra la mutacin. En un aminocido con varios codones que lo codifican
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