7.28 Biologa molecular.

Primavera 2001
Docencia

Profesores:
Prof. Tania A. Baker
Prof. Stephen P. Bell

Horario del curso

Clases:
2 sesiones por semana
2 horas cada sesin

Nivel
Estudiante de licenciatura
Envenos su opinin acerca de OCW

Distribucin de oxgeno y fosfatos en el ADN

Caractersticas principales
Este curso de Biologa molecular se centra en la lgica del diseo de experimentos, as como del anlisis de
datos. Todas las partes que lo componen: boletines de ejercicios, exmenes, encargos de lectura y trabajos
escritos opcionales; contribuyen a la comprensin de la materia.
Descripcin del curso
Biologa molecular: anlisis detallado de los mecanismos bioqumicos que regulan el mantenimiento, la
expresin y la evolucin de los genomas procariticos y eucariticos.

Entre los temas que se tratan en las clases y lecturas de la bibliografa principal del curso 7.28 se incluyen:

la replicacin del ADN,

la reparacin del ADN,

la recombinacin gentica,

la expresin gnica,

el procesamiento del ARN

y su traduccin.

Se har hincapi en la lgica del diseo experimental y del anlisis de datos. Las clases incluyen lecciones,
trabajos de lectura y debates en grupo. Los trabajos de redaccin, los boletines de ejercicios (que no
puntan) y las clases de repaso contribuyen tambin al desarrollo del curso.

Programa
Visin general del curso
Anlisis detallado de los mecanismos bioqumicos que regulan el mantenimiento, la expresin y la evolucin
de los genomas procariticos y eucariticos. Entre los temas que se tratan en las clases y lecturas de la
bibliografa principal del curso 7.28 se incluyen: la regulacin gnica, la replicacin del ADN, la
recombinacin gentica, el procesamiento del ARN y la traduccin. Se har hincapi en la lgica del diseo
experimental y del anlisis de datos. Las clases incluyen lecciones, trabajos de lectura y debates en grupo.
Los trabajos de redaccin (opcionales, leer a continuacin), los boletines de ejercicios (que no puntan) y las
clases de repaso contribuyen tambin al desarrollo del curso.
Temas tratados en las clases

Replicacin (enzimas de replicacin).

Replicacin (horquilla de replicacin).

Replicacin (sistemas procariticos).

Replicacin (sistemas eucariticos).

Constitucin de la cromatina.

Reparacin del ADN mal emparejado.

Reparacin del ADN II.

Reparacin de la rotura de cadena doble y recombinacin homloga.

Enzimas que participan en la recombinacin homloga.

Recombinacin especfica de sitio.

Recombinacin meitica.

Transposicin.

Transcripcin: maquinaria y promotores procariticos.

Transcripcin: maquinaria y promotores eucariticos.

Transcripcin: regulacin I.

Transcripcin: regulacin II.

Procesamiento del ARN: ARNs estables y edicin del ARN.

Procesamiento del ARN: importancia, localizacin, etc.

Procesamiento del ARN: mecanismo.

Traduccin: maquinaria fundamental I.

Traduccin: maquinaria fundamental II.

Traduccin: regulacin.

Regulacin postraduccional.

Requisitos previos
7.03 Genetics y 7.05 General Biochemistry (se admite la simultaneidad con el 7.05).
Libro de texto
Lewin, Genes VII (opcional).
Clases
2 sesiones por semana; 2 horas cada sesin.
Evaluacin
La nota final del curso se basar en los resultados obtenidos en los tres exmenes programados. Todos los
exmenes puntuarn igual y, por tanto, cada uno de ellos constituir el 33.3% de la nota final (los trabajos
de redaccin opcionales tambin pueden contribuir, como se indica ms adelante).
Las preguntas de cada examen se basarn principalmente en los nuevos temas impartidos despus de la
fecha del examen anterior; sin embargo, el curso se ha organizado de manera que los temas nuevos se
basen en conceptos y tcnicas impartidos previamente y los exmenes reflejarn esta organizacin. El no
presentarse a un examen se aceptar nicamente si se obtiene un justificante del Departamento Mdico (o
de otro mdico) o por un motivo aprobado por el Decanato. En cualquier caso, para que la ausencia sea
justificada es necesario ponerse en contacto con el Prof. Bell o el Prof. Baker antes del examen. Si se tuviera
algn problema con el horario estipulado para el examen final, se deber hablar con el Prof. Baker.
Habr un boletn de ejercicios acerca del material de cada examen. Estos boletines no se puntuarn, pero
las preguntas que en ellos figuran sern muy similares a las de los exmenes, tanto en profundidad como en
dificultad. Por este motivo, se recomienda encarecidamente realizar los boletines de ejercicios (sin leer
antes las respuestas!).
En cada tercio del curso, se asignar un artculo de investigacin relacionado con los materiales vistos en
clase. Todos deberan leer estos trabajos; se hablar de ellos en las clases de repaso y puede que en los

exmenes se incluyan preguntas relacionadas con ellos. Con cada trabajo, propondremos tambin una
pregunta para debatir. Se anima a los estudiantes a que redacten un texto breve (de 2 pginas a doble
espacio) en respuesta a esta pregunta. Los textos podrn recibir hasta un mximo de 15 pts.; y se
puntuarn en funcin de lo completa que sea la respuesta, la claridad de la explicacin y su originalidad.
La nota del curso se calcular nica y exclusivamente a partir de las puntuaciones obtenidas en los
exmenes. Los puntos acumulados por la realizacin de los trabajos escritos se aadirn posteriormente a la
nota global obtenida en los exmenes. A continuacin, se asignarn las calificaciones sin alterar la
puntuacin total correspondiente a cada letra de calificacin (A, B C, etc.). Por tanto, los trabajos escritos
contarn como puntos extra.

Calendario
* Fechas de entrega de los trabajos escritos opcionales.
CLASE N

TEMA

FECHAS IMPORTANTES

Replicacin (enzimas de replicacin)

Replicacin (horquilla de replicacin)

Replicacin (sistemas procariticos)

Replicacin (sistemas eucariticos)

Constitucin de la cromatina

Reparacin del ADN mal emparejado

Reparacin del ADN II

* Entrega del trabajo escrito

opcional n1

Examen

Examen 1

Reparacin de la rotura de cadena doble y

recombinacin homloga

10

Enzimas que participan en la recombinacin

homloga

11

Recombinacin de sitio especfico

12

Recombinacin meitica

13

Transposicin

14

Transcripcin: maquinaria y promotores

procariticos

15

Transcripcin: maquinaria y promotores

eucariticos

16

Transcripcin: regulacin I

17

Transcripcin: regulacin II

* Entrega del trabajo escrito

opcional n2

18

Examen

Examen 2

19

Traslacin: maquinaria fundamental I

20

Traslacin: maquinaria fundamenta II

21

Traslacin: regulacin

22

Procesamiento del ARN: ARNs estables y edicin

del ARN

23

Procesamiento del ARN: importancia, localizacin,

etc.

Trabajos
Trabajo de redaccin n1:
Artculo de los PNAS (Proceedings of the National Academy of Sciences de EEUU): "The thioredoxin binding
domain of bacteriophage T7 DNA polymerase confers processivity on Escherichia coli DNA polymerase I".
Autores: Ella Bedford, Stanley Tabor y Charles C. Richardson.
Se puede consultar en lnea en el sitio web de los PNAS.
El artculo escrito por Bedford y sus colegas describe un anlisis detallado de una forma modificada del
fragmento de Klenow de la ADN polimerasa I de E. Coli (esta protena es una porcin de la ADN polimerasa I
que incluye el dominio de la ADN polimerasa y la lectura y correccin ("proofreading") con actividad
exonucleasa [3->5], pero carece de actividad exonucleasa 5->3). Un elemento clave del artculo es lograr
el efecto de la adicin de la tioredoxina en la procesividad de la ADN polimerasa modificada. Para ello, los
autores emplean un experimento de procesividad distinto del que se ha descrito en clase. Comparar y
contrastar los dos experimentos. Cules son las ventajas y desventajas de cada enfoque?
Aunque los autores demuestran que la adicin del dominio de unin de la tioredoxina (TBD) al fragmento de
Klenow hace que la enzima modificada pase a depender de la adicin de tioredoxina, el nivel de estimulacin
de la sntesis del ADN en el fragmento de Klenow modificado nunca alcanza los niveles de estimulacin
observados en la ADN polimerasa del T7. Basndose en los datos del artculo, describir a qu se deben
fundamentalmente los elevados niveles de estimulacin de la tioredoxina observados en la ADN polimerasa
del T7, en comparacin con los del fragmento de Klenow de la ADN polimerasa modificado por el TBD.
Dado que en el genoma T7 slo hay un sitio en el que se puede cargar la ADN polimerasa del T7 (el origen
de replicacin del T7), por qu sera til para el fago una fuerte dependencia de la tioredoxina? (Pista: Qu
consecuencias tiene cargar una polimerasa de procesividad moderada en un origen?).
Indicaciones:
Las respuestas a las preguntas se debern entregar en un escrito de 2 pginas a doble espacio y letra
12, con mrgenes (superior, inferior, izquierdo y derecho) de 2,54 cm. Todos los escritos debern
estar alinados a la izquierda. No hay excusa que valga!
El escrito debera exponer los puntos principales del artculo que tengan relacin con la pregunta (no ms de
dos prrafos) y proponer una respuesta a la pregunta formulada. La calidad de la respuesta depender de la
calidad de los argumentos que la sustenten, as como de la calidad de la presentacin.
Criterios de evaluacin:

1.

El alumno ha sabido introducir el tema del artculo mediante un resumen claro y conciso de las
conclusiones principales que se pueden extraer a partir de los experimentos presentados en el
encargo de lectura.

2.

El trabajo demuestra una clara comprensin de los experimentos presentados en el encargo de

lectura.

3.

El trabajo presenta un enfoque revelador para la(s) pregunta(s) en cuestin. Las respuestas estn
bien fundamentadas con argumentos lgicos basados en los datos del artculo.

4.

El alumno ha respondido a la(s) pregunta(s) sin sobrepasar la extensin permitida.

5.

El trabajo:
a.

Est bien estructurado; la primera frase de cada prrafo introduce el contenido del mismo,
los prrafos se encuentran perfectamente enlazados entre s y las ideas han sido
expresadas con claridad.

b.

Sigue un desarrollo lgico.

c.

Presenta unas tcnicas de composicin y una gramatica correctas.

Trabajos
Trabajo de redaccin n2:
Artculo de los PNAS (Proceedings of the National Academy of Sciences de EEUU): "Mechanism for a
transcriptional activator that works at the isomerization step".
Autores: Simon L. Dove, Franklin W. Huang y Anne Hochschild.
Se puede consultar en lnea en el sitio web de los PNAS.
El artculo de Dove y sus colegas se centra en el mecanismo involucrado en la activacin de la formacin de
complejos abiertos por medio de cI. Para ello, los autores utilizan una combinacin protenas quimricas y
secuencias promotoras alteradas, con el fin de investigar la activacin por medio de cI.
Los autores defienden que los estudios de las protenas y promotores quimricos descritos en el artculo han
servido para aclarar el mecanismo de activacin de la formacin de complejos abiertos por medio de . A
pesar de ello, nunca determinan qu tipo de activacin estn observando en sus experimentos. Qu paso
del proceso de iniciacin (formacin de complejos cerrados, formacin de complejos abiertos o eliminacin
de promotores) creen que emplea el aparato de transcripcin quimrica descrito por los autores? Por qu?
Si hubiera que elegir una nica grfica del artculo, cul se podra decir que demuestra con mayor
contundencia el modelo descrito por los autores en su exposicin? Incluir algn razonamiento que justifique
dicha eleccin.
Indicaciones:
Las respuestas a las preguntas se debern entregar en un escrito de 2 pginas a doble espacio y letra
12, con todos los mrgenes (superior, inferior, izquierdo y derecho) de 2,54 cm. Todos los escritos
debern estar alinados a la izquierda. No hay excusa que valga!
El escrito debera exponer los puntos principales del artculo que tengan relacin con la pregunta (no ms de
dos prrafos) y proponer una respuesta a la pregunta formulada. La calidad de la respuesta depender de la
calidad de los argumentos que la sustenten, as como de la calidad de la presentacin.
Criterios de evaluacin:

1.

El alumno ha sabido introducir el tema del artculo mediante un resumen claro y conciso de las
conclusiones principales que se pueden extraer a partir de los experimentos presentados en el
encargo de lectura.

2.

El trabajo demuestra una clara comprensin de los experimentos presentados en el encargo de

lectura.

3.

El trabajo presenta un enfoque revelador para la(s) pregunta(s) en cuestin. Las respuestas estn
bien fundamentadas con argumentos lgicos basados en los datos del artculo.

4.

El alumno ha respondido a la(s) pregunta(s) sin sobrepasar la extensin permitida.

5.

El trabajo:

6.

a.

Est bien estructurado; la primera frase de cada prrafo introduce el contenido del mismo,
los prrafos se encuentran perfectamente enlazados entre s y las ideas han sido
expresadas con claridad.

b.

Sigue un desarrollo lgico.

c.

Presenta unas tcnicas de composicin y una gramatica correctas.

El ttulo del trabajo resume de forma concisa los temas tratados y atrae el inters del lector.

Trabajos
Boletines de ejercicios con las soluciones
Boletn 1 (PDF)
Boletn 2 (PDF)
Boletn 3 (PDF)
Lecturas obligatorias y trabajos escritos opcionales
Todos los estudiantes deben leer los artculos de investigacin, ya que se
hablar sobre ellos en las clases de repaso y puede que en los exmenes se
incluyan preguntas relacionadas con ellos. Se anima a los estudiantes a que
redacten un texto breve sobre cada artculo.
Trabajos escritos
1. Trabajo opcional n 1 (HTML)
2. Trabajo opcional n 2 (HTML)
3. Trabajo opcional n 3 (HTML)

Material de estudio
Tcnicas descritas en el curso 7.28 (PDF)

Exmenes anteriores
Examen 1 con las respuestas (PDF)
Examen 2 con las respuestas (PDF)
Examen 3 con las respuestas (PDF)

Otras fuentes
Material proporcionado
Procariotas frente a eucariotas (PDF)