Kelemahan Sumber Daya Manusia (SDM) 1. Jumlah SDM yang kurang memadai dengan dosen dengan kualifikasi Magister (S2) orang, dan sisanya sarjana lulusan S1. 2. Terbatasnya jumlah pegawai administrasi yang memiliki kinerja tinggi. 3. Terbatasnya dana pengelolaan pendidikan dan kerjasama 4. Kurangnya dana dari universitas untuk biaya operasional pemeliharaan peralatan laboratorium. 5. Terbatasnya buku-buku dan jurnal-jurnal di perpustakaan. 6. Kecilnya kesempatan peningkatan mutu tenaga pengajar akibat terbatasnya beasiswa bagi dosen dan teknisi untuk melanjutkan pendidikan yang lebih tinggi. 7. Belum tersusunnya secara detail perencanaan pengembangan fakultas teknik, terutama pengembangan konsentrasi bidang keahlian bagi tenaga pengajar dan rasionya terhadap mahasiswa. Manajemen 1. Belum terbentuknya tim pengembangan fakultas. 2. Belum memiliki system informasi dan basis data yang terintegrasi untuk system akademis, kepegawaian, keuangan dan sumber daya. 3. Belum tersusunya aturan baku tentang pengelolaan dana fakultas sehingga rendahnya tingkat akuntabilitas dan transparansin pengelolaan dana fakultas. 8. Belum tersusunya aturan baku tentang pengelolaan dan pemanfaatan fasilitas dan peralatan laboratorium fakultas. Sarana dan prasarana 1. Kurangnya fasilitas ruang kelas di fakultas yang diakibatkan karena daya tamping setiap program studi dan munculnya program studi baru. 2. Sering terganggunya fungsi instalasi air bersih 3. Sering terganggunya fungsi instalasi air kotor, KM/WC. 4. Kecilnya kesempatan untuk menjaga tingkat kemutakhiran peralatan laboratorium yang diakibatkan pesatnya kemajuan ilmu teknologi. 5. Belum adanya laboratorium untuk program studi baru. 9. Masih belum mempunyai fasilitas pembelajaran dan laboratorium. Kekuatan pendidikan 1. Adanya unit pelayanan Terpadu (UPT) dan internet untuk akses referensi mata kuliah.
2. Respon positif masyarakat manokwari untuk masuk ke fakultas teknik sangat besar dan merupakan salah satu perguruan tinggi negeri.