Nama : Anisa Ayu Widiaswara

NIM : M0414010
TUGAS BIOINFORMATIKA

Variabilitas Molekuler dari Celosia argentea Menggunakan Penanda

Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP)
A. Pendahuluan
Celosia argentea merupakan salah satu sayuran yang termasuk dalam famili
Amaranthaceae sebagai makanan tradisional. Daun muda dari Celosia argentea
yang dipanen dalam waktu 5-7 minggu setelah penanaman memiliki kandungan
nutrisi yang paling baik dimana terdapat air, energi, protein, lemak, karbohidrat,
dan beberapa komponen lainnya. Komposisi tersebut sangat bergantung pada
faktor lingkungan seperti kesuburan tanah, pemupukan, dan umur panen tanaman.
Variabilitas genetik dari tanaman ini telah dikarakterisasi secara fenotipik dengan
variasi populasi yang signifikan.
Polymerase Chain Reaction (PCR) telah banyak digunakan sebagai teknik
untuk mengembangkan analisis genomik pada tanaman. PCR lebih terpercaya
dalam hal genetik karena efisiensi waktu dalam hal karakterisasi morfologi, dan
dapat menampilkan keseluruhan genom dari suatu organisme. Teknik molekuler
memungkinkan untuk mengisolasi dan menganalisis secara spesifik gen,
pemahaman genom suatu organisme, peta genetic dan terapi gen pada suatu
organisme. Selain itu, PCR telah memainkan peran penting dalam studi filogeni
dan evolusi spesies menggunakan DNA. Akhir-akhir ini, penggunaan penanda
Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) menjadi alat utama dalam
menganalisa tingginya jumlah penanda polimorfik dari suatu reaksi tunggal.
Hal ini merupakan teknik yang sangat berguna untuk mengembangkan suatu
tanaman berbiji, menggunakan peta molekuler genetik untuk mengetahui beberapa
karakter dari suatu spesies. Identifikasi hubungan kekerabatan pada suatu kultivar
didasarkan pada analisis biokimia dan molekuler. Penanda AFLP telah sukses
digunakan untuk analisis keragaman genetik pada beberapa spesies dari
Amaranthaceae seperti Ginseng Brazil, Palmer Amaranths, dan Weed Amaranths.
Bagaimanapun juga, informasi yang dihasilkan pada variabilitas molekuler dari C.
argentea terbatas bila menggunakan penanda AFLP.

Metode AFLP didasarkan pada deteksi fragmen restriksi genom oleh

amplifikasi PCR dan dapat digunakan untuk DNA dari beberapa spesies
kompleksitas. Penanda molekuler AFLP menunjukkan variabilitas genetik pada
genotip C. argentea berdasarkan pada nomor fragmen yang diamplifikasi dengan
informasi polimorfik sebanyak 89,1% dan keragaman gen sebanyak 90%.
B. Bahan dan Metode
B.1. Pengambilan biji C. argentea
Sepuluh genotip C. argentea berasal dari National Institute of Horticultural
Research (NIHORT) dan National Centre for Resources and Biotechnology
(NACGRAB) di Ibadan, Nigeria. Biji-biji tersebut kemudian dibawa pada
laboratorium IITA, yang mana biji-biji tersebut kemudian ditanaman dalam wadah
perawatan selama 2 minggu dan daun yang baru tumbuh di ambil lalu diletakkan
di dalam wadah es sebelum dilakukan penelitian molekuler.
B.2. Ekstraksi DNA
Ekstraksi DNA pada apikal daun muda dilakukan dengan teknik AFLP untuk
mendapatkan variabilitas genetik dari sepuluh genotip C. argentea.
B.3. Kuantisasi DNA dan Protokol AFLP
Kit kuantisasi DNA digunakan untuk mendeterminasi konsentrasi DNA pada
akhir preparasi menggunakan kuantisasi nano drop DNA. Kuantisasi nano drop
DNA menunjukkan perbandingan atau rasio absorbsi dari ekstrak pada 260/280
nm. Rasio ini digunakan untuk validasi pemurnian asam nukleat terhadap kualitas
dan kuantitas dari jumlah total DNA genom yang terekstraksi dari sampel
tanaman. Teknik AFLP didasarkan pada amplifikasi dari restriksi fragmen
genomik menggunakan PCR. DNA dipotong oleh enzim restriksi, dan penghubung
dobel stranded diligasi sampai akhir dari fragmen DNA untuk menghasilkan
template DNA untuk amplifikasi. Hasil template reaksi AFLP menggunakan
kombinasi enzim EcoRI/MseI yang mana berlaku sebagai adapter.
B.4. Digesti DNA genom dan ligasi oligonukleotida adapter
Digesti DNA genom oleh enzim restriksi EcoRI dan MseI dan ligasi
oligonukleotida yang dicapai dalam reaksi tunggal yaitu 11 L. Adaptor kemudian
dipanaskan pada suhu 95oC selama 5 menit kemudian didinginkan perlahan selama

10 menit pada temperature ruangan. Hasil dari campuran tersebut kemudian

diinkubasi semalaman pada temperature ruang untuk agar template DNA terdigesti
secara sempurna.
B.5. Pre-selektif PCR pada amplifikasi DNA
Pre-selektif amplifikasi PCR dilakukan dengan menggunakan kit AFLP
biosystem.
B.6. Selektif PCR pada amplifikasi DNA
Pada amplifikasi DNA selektif dengan PCR untuk fragmen restriksi, primer
disiapkan untuk mengenali adapter EcoRI dan MseI.
B.7. Preparasi amplifikasi fragmen DNA untuk pemisahan produk PCR oleh
gel poliakrilamik elektroforesis (PAGE)
Loading solution disiapkan dengan standar 100 pasang basa DNA. Loading
solution dicampur dengan cara memvortex minimal selama 2 menit.
B.8. Pemberian skor data dan analisis produk AFLP
Total pita dihitung dan diberi skor visual dari kombinasi ketiga primer dan
pita polimorfik diobservasi dengan cara memberi tanda ada (1) dan tidak ada (0).
Teknik analisis AFLP didasarkan pada deteksi fragmen restriksi genom oleh
amplifikasi PCR.
C. Hasil dan pembahasan
Variasi molekuler Celosia argentea diamati pada nomor fragmen yang
diamplifikasi dengan masing-masing tiga kombinasis primer AFLP. Informasi
polimorfik amplifikasi fragmen pada genom DNA adalah sebanyak 89,1% untuk
ukuran DNA dengan 100 pasang basa, dan persentase keragaman gen adalah 90%.
Kombinasi primer sekuens dari AAC + CAG menghasilkan pita, fragmen
amplifikasi, dan nomor pita polimorfik dengan jumlah paling banyak yaitu 400,
40, dan 156.000.
D. Kesimpulan
AFLP merupakan suatu teknik yang dapat digunakan untuk menganalisis
data polimorfik dari suatu genom DNA spesies baik tumbuhan maupun hewan.
Prinsip dari AFLP sendiri adalah didasarkan pada deteksi fragmen restriksi genom
oleh amplifikasi PCR. AFLP digunakan dalam penelitian ini untuk mengetahui ada

tidaknya variabilitas molekuler pada Celosia argentea, yang mana terbukti bahwa
dengan teknik AFLP dapat mengetahui adanya variabilitas molekuler pada
tanaman C. argentea. dan dapat digunakan untuk mengembangkan plasma nutfah
C. argentea dalam program pembenihan.

Sumber:
John, B. B., Joseph, O. O., & Gbolagade, J. S. (2016). Molecular Variability of
Celosia argentea Using Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP)
Marker. Molecular Plant Breeding, 7.