Genmica estructural y funcional

I.- Genmica:
La Genmica, trmino introducido por Roderick en 1986, puede definirse como
la diseccin molecular del genoma de los organismos. Sin embargo, de nada
serviran los trabajos de secuenciacin si no se sabe para qu sirven las
secuencias descifradas.
Esta disciplina nace a partir del desarrollo de la gentica, la biologa molecular,
la biotecnologa y la informtica. Al poder obtener y almacenar las secuencias
de los genomas de prcticamente cualquier especie se adquiere la posibilidad
de usar la informacin para producir protenas de otras especies para usarlas
en la medicina, en la veterinaria y en la industria. Se facilita tambin la
comparacin de las secuencias de genes ortlogos en diferentes especies, lo
que hace posible rastrear su origen en la escala evolutiva.
II.- GENMICA ESTRUCTURAL
INTRODUCCIN
La genmica estructral se ocupa de la organizacin y de la secuencia de la
informacin gentica contenida en un genoma. A menudo, uno de los primeros
pasos para caracterizar un genoma es preparar mapas genticos y fsicos de
sus cromosomas.
Estos mapas aportan informacin sobre la ubicacin relativa de los genes, los
marcadores moleculares y los segmentos cromosmicos, que suelen ser
esenciales para ubicar segmentos de los cromosomas y alinear partes del DNA
secuenciado para formar el genoma completo.

TIPOS DE MAPEO

Mapas genticos:
Dan una informacin a grandes rasgos sobre la ubicacin de los genes en
relacin con otros genes conocidos. Esto mapas se basan en la funcin
gentica de la recombinacin. Los mapas genticos tienen varias limitaciones,
la primera es la resolucin o el detalle. Un segundo problema es que no
siempre se corresponden con precisin con las distancias fsicas entre los
genes. A pesar de estas limitaciones, los mapas genticos han sido
fundamentales para el desarrollo de los mapas fsicos y de la secuenciacin de
los genomas completos.
Los Mapas fisicos se basan en el analisis directo del DNA y ubican a los genes
respecto a las distancias meduidas en numero de bases.
Mapas fsicos
Se basan en el analisis directo del DNA y se ubican a los genes respecto de
distancias medidas en numero de bases. Por lo general los mapas fisicos
tienen mas resolucion y son ms exactos que los mapas geneticos. Una de las
tecnicas para crear mapas fisicos es el mapeo de restriccion en el DNA.
SECUENCIACIN
Es el proceso mediante el cual se determina el orden de nucletidos de un
fragmento dado de ADN. El objetivo final de la genmica estructural es

determinar la secuencia de nucletidos ordenada de los genomas completos de

los organismos. El principal obstculo para secuenciar un genoma completo es
el tamao inmenso de la mayora de ellos. Por lo tanto para determinar la
secuencia de un genoma completo debe cortarse el DNA en miles de millones
de fragmentos ms pequeos que puedan secuenciarse. LA dificultad radica en
ordenar luego estos fragmentos en la forma correcta.
Estrategias para la secuenciacin de genomas
Se han utilizado dos enfoques diferentes para ensamblar los fragmentos cortos
secuenciados en un genoma completo: secuenciacin basada en el mapa y la
secuenciacin por fragmentos escogidos al azar.
- Secuenciacin basada en el mapa: Los fragmentos cortos secuenciados se
ensamblan para formar la secuencia completa del genoma, con lo que se
crean primero mapas genticos y fsicos detallados, que proporcionan
ubicaciones conocidas de marcadores genticos (sitios de restriccin, otros
genes, o secuencias de DNA conocidas) en intervalos regulares a lo largo de
cada cromosoma. Una vez obtenidos los mapas genticos
fsicos, los
cromosomas o las piezas grandes de cromosomas se separan por
electroforesis en gel de campo pulsado (PFGE) o por citometra de flujo. Luego
cada cromosoma (o a veces el genoma completo) se corta por digestin
parciald e enzimas de restriccin (Fig. 1.1). La digestin parcial implica que
las enzimas de restriccin se dejen actuar solo durante un tiempo limitado, de
modo que no se cortan todos los sitios de restriccin de cada molecula de
DNA, As la digestin parcial produce un conjunto de fragmentos de DNA
grandes superpuestos, que luego son clonados mediante el empleo de
csmidos , YACs o BACs. A continuacin estos clones de inserciones grandes
se renen en el cromosoma en su orden correcto.

Fig. 1.1 Mtodos de secuenciacin del genoma completo basados en mapas

se sustentan en detallados mapas genticos y fsicos para alienar los
fragmentos secuenciados.

Secuenciacin por fragmentos escogidos al azar (Shotgun): Se

preparan y secuencian clones de inserciones pequeas directamente del DNA
genmico. Luego, programas informaticos poderosos ensamblan el genoma
completo mediante el examen de superposiciones entre los clones de
inserciones pequeas. Una ventaja de la secuenciacin por fragmentos
escogidos al azar es que pueden colocarse pequeos clones dentro de los
plsmidos, los cuales son simples y fciles de manipular. El requerimiento de
la superposicin significa que la mayora del genoma ser secuenciado
mltiple de veces (de 10 a 15). Este tipo de secuenciacin puede llevarse a
cabo de una manera altamente automatizada, donde el investigar toma pocas
decisiones debido a que el ordenador ensambla la versin final de la
secuencia.

Fig. 1.2. Secuenciacin del genoma

por fragmentos escogidos al azar

APLICACIONES

Proyecto del genoma humano: El 26 de junio de 2000, tras 10 aos

de intensa investigacin, el genoma humano, considerado el autntico
libro de la vida, ha sido descifrado en sus partes esenciales. Se trata de
realizar mapas de cada uno de los cromosomas humanos. Implica dividir
los cromosomas en pequeos fragmentos que puedan ser caracterizados
y posteriormente ordenados en el cromosoma. Disponer de la secuencia
completa del genoma humano, ha hecho ms fcil la identificacin y el
aislamiento de genes que participan en muchas enfermedades humanas,
y la creacin de sondas que pueden utilizarse en las pruebas genticas,
el diagnstico y el desarrollo de medicamentos.

Diagnstico de enfermedades genticas: La influencia de la

genmica en la medicina ha creado una nueva visin acerca de la forma
de percibir los episodios patolgicos y fisiolgicos, tras conocer la
influencia de las variaciones genticas sobre la susceptibilidad a la

enfermedad. Los polimorfismos de un solo nucletido o SNP son

variaciones en la secuencia del ADN caracterizadas por cambios de un
solo nucletido a lo largo del genoma. La distribucin de los SNPs en
genes definidos del genoma en ciertas poblaciones especficas es
fundamental para comprender los procesos biolgicos, las enfermedades
y la respuesta a los agentes teraputicos.
-

Genmica Agropecuaria: Disponer de las secuencias genmica

completas de las plantas de cultivo y de los animales domsticos
facilitara la identificacin de genes que determinen su rendimiento, la
resistencia a las enfermedades y las pestes y otros factores importantes
para la agricultura, factores que luego pueden manipularse mediante le
cultivo o la cra tradicional o la ingeniera gentica, para producir
alimentos en mayores cantidades y ms nutritivos.

Bioinformtica: El mayor motor para el desarrollo de la bioinformtica

ha sido la biologa molecular, y en concreto la posibilidad que ofrece de
disponer de secuencias de ADN. A escala genmica la informacin
procedente de las estructuras conocidas puede ser expandida a las
secuencias semejantes, es decir podemos utilizar las estructuras
conocidas para reconstruir modelos aproximados de las secuencias
similares.

PERSPECTIVAS

Los genomas de numerosos organismos estn en proceso de ser secuenciados.

Estos esfuerzos por obtener las secuencias, combinados con la gran cantidad
de secuencias conocidas que ya existen, aportan informacin que es
enormemente til para la agricultura, la salud humana y la biotecnologa. El
Proyecto del genoma humano, permitir avanzar el conocimiento de la base
gentica de las enfermedades y abrir perspectivas nuevas en el diagnstico,
pronstico y tratamiento de enfermedades.

Genmica Funcional
La Genmica funcional se ocupa de describir la funcin biolgica de los genes
mediante el conocimiento de su actividad en:

Los rasgos que determinan.

La regulacin a la que se ven sometidos.
La interaccin con otros genes.
La identificacin de un patrn de comportamiento en un gen,
dependiendo de las condiciones que le circundan.
La actividad que desarrolla el gen cuando est alterado en relacin a su
actividad normal.

La genmica funcional permite conocer con mayor detalle las funciones

biolgicas de la totalidad del genoma mediante el procesamiento de alto
rendimiento del anlisis de la expresin de manera automatizada
Enfoque basados en secuencias

1.- MARCADORES DE SECUENCIA EXPRESADA (EST)

Uno de los enfoques de alto rendimiento para
la construccin de perfiles de expresin de
genes del genoma son los marcadores de
secuencias expresadas o EST (acrnimo del
ingls expressed sequence tag)
Los EST son secuencias cortas obtenidas de
clones de Adn complementario (ADNc) y
sirven como pequeos identificadores del
gen.
Los datos de los EST son capaces de
proporcionar una estimacin aproximada de
los genes que estn expresados activamente
en
un
genoma
bajo una condicin fisiolgica en particular.
2.- ANLISIS EN SERIE DE LA EXPRESIN
GNICA
El anlisis en serie de la expresin gnica o
SAGE (acrnimo del ingls Serial analysis of
gene expression), est basada al igual que
EST en secuencias, para el anlisis de perfil
de expresin gnica global.
Este enfoque es mucho ms eficiente que el
anlisis de EST, ya que utiliza un cdigo corto
de nucletidos para definir una transcripcin
de genes y permite el secuenciamiento de
varios marcadores en un nico clon.

Enfoques basados en Microarreglos

Los microarrays de
DNA nos permiten
analizar el mRNA de
las
muestras
estudiadas mediante
ensayos
de
hibridacin: cada una
de las especies de
mRNA
de
las
muestras
interrogadas, una vez
extraidas
y
marcadas,
son
capaces de formar
una doble cadena o
aparearse
con
aquellas
molculas
de DNA inmovilizadas
en la superficie del
chip que tengan una
secuencia
complementaria a la
suya,
de acuerdo
con las propiedades
de complementariedad de bases de la estructura de los cidos nucleicos

Campos de aplicacin
La genmica funcional incluye aspectos relativos a la funcin del mismo
genoma como el anlisis demutacines y polimorfismos (como los SNPs), as
como la medida de las actividades moleculares. Esto ltimo comprende otras "micas" como la transcriptmica (expresin gnica), la protemica (expresin
de las protenas), la fosfoprotemica y la metabolmica. En conjunto estas
modalidades en el objeto de medicin cuantifican los distintos procesos
biolgicos e impulsa el conocimiento de la funcin de los genes y protenas y
sus interacciones.

El transcriptomica consiste en estudiar qu porcin del genoma es transcrito

a ARN mensajero: es decir, qu material gentico es expresado en un tipo
celular bajo unas condiciones dadas. As pues, el concepto de transcriptoma
surge para representar todo este mRNA transcrito bajo unas circunstancias, de
forma global.
La Protemica
La protemica es el estudio y caracterizacin de todo el conjunto de protenas
expresadas de un genoma (proteoma). Las tcnicas de protemica abordan el
estudio de este conjunto de protenas. La Protemica permite identificar,
categorizar y clasificar las protenas con respecto a su funcin y a las
interacciones que establecen entre ellas. De este modo, se pueden caracterizar
las redes funcionales que establecen las protenas y su dinmica durante
procesos fisiolgicos y patolgicos. La protemica se est aplicando en la
identificacin de nuevos marcadores para el diagnstico de enfermedades, la
identificacin de nuevos frmacos, la determinacin protenas involucradas en
al patogenia de enfermedades y el anlisis de procesos de transduccin de
seales.
La protemica es el estudio y caracterizacin del conjunto de protenas
expresadas de un genoma (proteoma). El proteoma de una clula vara segn
el estado en el que se encuentre la clula, si se encuentra en una situacin de
estrs, bajo el efecto de frmacos o de una hormona. As, en cada momento y
en cada tipo celular el perfil de protenas expresadas ser diferente. La
protemica es til para estudiar estas diferencias. Existen tres ramas en la
protemica que tratan de caracterizar el proteoma estudiando distintos
aspectos del mismo:
La protemica de expresin se encarga del estudio de la abundancia relativa
de las protenas y de sus Modificaciones postranscripcionales La protemica
estructural se encarga de la caracterizacin de la estructura tridimensional de
las protenas
La protemica funcional se encarga de la localizacin y distribucin subcelular
de protenas y de las interacciones que se producen entre las protenas y otras
molculas con el fin de determinar su funcin
La Protemica permite identificar, categorizar y clasificar las protenas con
respecto a su funcin y a las interacciones que establecen entre ellas. De este

modo, se pueden caracterizar las redes funcionales que establecen las

protenas y su dinmica durante procesos fisiolgicos y patolgicos.
Las aplicaciones de la protemica son mltiples, pero actualmente se destacan
las siguientes:
Identificacin de nuevos marcadores para el diagnstico de enfermedades
Identificacin de nuevos frmacos Determinacin de mecanismos moleculares
involucrados en la patogenia de enfermedades.
Anlisis de rutas de transduccin de seales Las tcnicas ms usadas en
protemica se basan en la electroforesis y en la espectrometra de masas.
Dependiendo del objetivo del estudio podemos agrupar las tcnicas de
protemica en los siguientes grupos: Tcnicas empleadas para analizar
globalmente el proteoma y separar sus protenas. Cabe destacar la
electroforesis bidimensional, DIGE (Difference In Gel Electrophoresis:
electroforesis diferencial en gel), ICAT (Isotope-Coded Affinity Tags: marcaje
isotpico diferencial) y MudPIT(Multidimensional Protein Identification
Technology: tecnologa de identificacin de protenas multidimensional)
Tcnicas usadas para analizar individualmente las protenas. Con este objetivo
se utilizan distintos tipos de espectrometra de masas, como el MALDI-TOF
(Matrix-assisted laser desorption/ionization Time Of Flight: desorcin/ionizacin
mediante lser asistida por matriz en tiempo de vuelo), SELDI-TOF-MS
(Surface Enhanced Laser Desorpcion Ionization Time Of Flight Mass
Spectrometry: espectrometra de masas en "Tiempo de Vuelo" mediante
desorcin/ionizacin por lser de superficie), MS/MS (Mass Spectrometry/ Mass
Spectrometry: espectrometra de masas en tndem). Con estas tcnicas se
obtiene la huella peptdica (peptide mass fingerprint).
La huella peptdica es el conjunto de fragmentos peptdicos que se obtienen
tras tratar una protena concreta con una proteasa determinada. La huella
peptdica es caracterstica de cada protena y depende de la enzima con la que
se fragmente. Actualmente hay numerosas bases de datos que recogen las
huellas peptdicas de multitud de protenas conocidas. Estas bases de datos se
pueden rastrear usando programas bioinformticos para buscar la huella
peptdica que corresponda con la huella peptdica de la protena que se est
estudiando y por tanto poder identificarla.
Tcnicas que se usan para estudiar interacciones entre proteinas, como los
sistemas yeast two hybrids de alto rendimiento o y la tcnica Phage
Display. La tcnica Phage Display permite averiguar con qu protenas
interacciona una protena problema o sonda. Esta tcnica consiste en la
expresin en la superficie de un fago de las protenas que se quieren analizar.
La protena problema o sonda se inmoviliza sobre un soporte o membrana de
tal modo que los fagos que expresan las protenas que se unen a la sonda
quedan inmovilizados sobre el soporte.
Estos fagos se pueden recuperar fcilmente de la membrana y pueden ser
empleados para la expresin de la protena en Escherichia coli y su posterior
identificacin. El anlisis y la interpretacin de los datos obtenidos con las
tcnicas de protemica descritas anteriormente, especialmente cuanto se
utilizan a gran escala, necesita herramientas bioinformticas. Durante los
ltimos aos la genmica, la protemica y la bioinformtica se han desarrollado
de forma sinrgica experimentando un desarrollo sorprendente que est
aportando grandes avances a la medicina.
La metabolmica es el conjunto de ciencias y tcnicas dedicadas al estudio
completo del sistema constituido por el conjunto de molculas que constituyen

los intermediarios metablicos, metabolitos, hormonas y otras molculas seal,

y los metabolitos secundarios, que se pueden encontrar en un sistema
biolgico.