PRAKTIKUM

TEKNIK BIOLOGI MOLEKULER (JCKB 365)

Tutorial
Pengenalan Aplikasi Vector NTI

LABORATORIUM BIOLOGI MOLEKULER DAN BIOKIMIA

PROGRAM STUDI BIOLOGI

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS LAMBUNG MANGKURAT
2016

A. MENGENAL JENDELA PENAMPIL WINDOW- DISPLAY MOLEKUL

1. Mengaktifkan Vektor NTI :
Start > Programs > Invitrogen > Vector NTI Advance 10 > Vector NTI.
2. Melihat ruang kerja dan Window explorer database

-Buka Database Explorer

-File menu >local data base

Tutup Database Explorer

3. Membuat dan memeriksa Jendela Penampil Molekul - pBR322

Buka

, pilih tab Database DNA/RNAs, scroll untuk memilih pBR322

Aktifkan Jendela Penampil : tombol Text Pane (

), Graphics Pane (

) or Sequence

Pane (
) pada Toolbar
Memilih suatu fragmen atau fitur pada Graphic Pane
Aktifkan Graphic Pane, Pilih Edit > Set Selection, pada kotak dialog Set Selection, masukan
pada rentang 100 bp 1000 bp dan klik OK.
Modifikasi seleksi, bisa dengan mengubah pada kotak dialog atau dragging and dropping
ujung 5 atau 3. Perhatikan cross hair
Ekpslorasi pemilihan fitur. Catat apa yang anda alami.
4. Memeriksa sekuen nukleotida pBR322
Batas pemisah horizontal atau vertical dapat digeser untuk bekerja lebih nyaman. Geser
batas horizontal ke atas.
Perhatikan : sekuen disusun dalam blok 10 nt, situs restriksi, motif, ORF, jika ada.

 Klik dimana saja dalam Sequence Pane untuk mengaktifkan toolbarnya, atau klik tombol
Sequence Pane.
Perhatikan Tombol-tombol yang aktif. Kenali tombol tersebut dan Catat fungsi masingmasing.
.
..
.
.
5. Bekerja dengan Text Description untuk pBR322
Klik Text Pane. Geser Batas Vertikal ke kanan untuk memperluas Text Pane
Buka folder General Description, klik

, tutup dengan mengkliknya lagi

Pilih Feature Map Folder: klik tombol, expand branch

, buka semuanya, pilih sub-

folder TC(R), klik tombol Find

, perhatikan :
a. Pada Graphic Pane , apa yang terjadi ? ..
b. Pada Sequence Pane apa yang terjadi ?
c.

Lakukan hal sama untuk sub folder lainnya. Catat!

Pilih Restriction Map Folder, klik tombol, expand branch

, klik Display Set Up,

, pilih Display Set Up , klik tombol RMap Setup :

a) Lakukan penambahan (add) atau
penghilangan
(remove)
enzim,
Namun jangan merubah default dan
klik Cancel untuk kembali ke Window
Display
b) Lakukan penambahan (add) atau
penghilangan
(remove)
enzim,
Namun jangan merubah default dan
klik Cancel untuk kembali ke
Window Display
c)

Cari folder ApaLI di Text Pane, klik

situs restriksi, lalu klik tombol
pada toolbar di Window

6. Menghubungkan (Link) Text Pane dengan Graphics and Sequence Panes pada pBR322s
Klik tombol Link Pane

, buka folder Feature Map, pilih TCR,

a. Perhatikan perubahan pada Grapic Panes !

b. Klik situs restriksi pada folder ApaLI, apa yang terjadi ?
7. Menutup Jendela Penampil dan keluar dari Vector NTI

 Keluar dari Jendela Penampil , File > Close

Keluar dari Vector NTI, File > Exit.
Latihan : Eksplorasi protein ADCY7- adenilat siklase 7 (homo sapiense), sebagaimana latihan
untuk nukleotida di atas

B. MENGEDIT MOLEKUL
1. Aktifkan Vektor NTI
2. Buka Jendela Penampil Molekul - pBR322
3. Klik Nama pBR322 pada Text Pane, maka akan muncul kotak dialog pengedit pBR322 :
4.
Pilih Keyword, tulis Plasmid-ku, klik
tombol < Add,
Klik DNA/RNA molecule, ubahlah
Description menjadi pBR322-latihan1
Simpan file (save as) menjadi pBR322latihan1

5. Mengedit sekuen
Pilih fragmen 21 bp- 40 bp
Klik Edit > New > Replace Sequence 21 bp40 bp
Hapus nukleotida TC pada 25-26 dan ganti AA, perhatikan pesan pada penampil dialog box
Klik OK, perhatikan, apakah ada enzim restriksi
yang hilang? (Perhatikan pada
Penampil Jendela,)
Perhatikan file molekul pBR322-latihan1 bertanda
asterisk *, untuk kembali ke versi database pilih
File > Revert To Saved, lalu OK.
Catat apa yang berubah

Perhatikan, apakah ada enzim restriksi yang

muncul kembali? ..

6. Menyisipkan satu fragmen sekuen baru

Tempatkan cursor /caret pada posisi 200 bp (Edit > Set Caret Position)
Pilih Edit > New > Insert Sequence at 200 bp
Tulis 10 T, pada kotak dialog, klik OK
Pilih Keep, perhatikan menyisipnya 10 T tersebut

 Letakan kursor pada AP(R), perhatikan apa yang terjadi dengan posisi AP(R) ! Catat posisi
baru tersebut.
Amati posisi ujung 3 TC(R)! apakah berubah?
7. Mengedit sinyal TC(R)
Klik-2 TC(R) atau klik-1 lalu pilih Edit> Feature Properties
you can change the name, type or description of the feature as well as its position on
the molecule.
Ubahlah namanya jadi Old TC(R), lalu klik OK
Perhatikan nama coding sequence (CDS) dari Tetracyclin Resistance TC(R) berubah
Untuk menyimpan perubahan, klik SAVE AS

8. Mengubah Starting Coordinate pBR322-latihan1

Setelah disisipi 10 T, maka koordinat 1 (start) menjadi 11
Sisipkan kursor pada koordinat 11 di Sequence PANE
Pilih File >Molecule Operations > Advanced (DNA/RNA) > Change Starting Coordinate
Klik OK, perhatikan koordinat AvaI. dan Old TC(R) Apa koordinatnya
sekarang.....................?
9. Tutup atau Keluar dari Vector NTI

C. Memformat Grafik Molekul

1. Aktifkan Vektor NTI
2. Buka Jendela Penampil Molekul pBR322-latihan1
3. Klik Standard Arrangement
4. Untuk mengubah tampilan CDS, klik Old TC(R), lalu klik kanan, maka CDS Display Setup

Eksplor fitur yang ada

.......................................
.........................................
.........................................

D. Merubah Setup Grafik Sinyal Coding Sequences (CDS)

1. Aktifkan Vektor NTI
2. Buka Jendela Penampil Molekul pBR322-latihan1
3. Tekan Kontrol sambil Klik Standard Arrangement
4. Untuk mengubah tampilan CDS, klik Old TC(R), lalu klik kanan, maka CDS Display Setup
5. dapat dilakukan dengan meng-kliknya untuk mengatur style : simbol, font, garis, dan warna,

Eksplor fitur yang ada

.......................................
.........................................
.........................................

6. Pelajari masing-masing style dan simbol tersebut. Perhatikan perubahan pada grafik dari fitur
yang anda modifikasi.
7. Hasil modifikasi bisa disimpan pada style sheet, simpan (save) hasil tersebut dengan
mengklik tombol Display Setup
pada toolbar Window, lalu piliih save setting as
dari menu popup lalu tulis sesuai dengan warna yang dirubah misal hijau.
8. Untuk melihat style sheet semula, pada Display Setup pilih default

E. Memformat Grafik Suatu Fitur : Panah Old TC (R) menjadi berwarna biru-bergarisgaris
1. Aktifkan picture editing dengan cara mengklik tombol edit picture
pada toolbar window
atau dengan memilih menu Edit>Edit Picture atau View>Edit Picture.
2. Arahkan kursor pada Old TC (R), klik ganda fitur tersebut, pada kotak dialog klik tab Fill>patern,
pilih pola bergaris silang (crosshatched), lalu pada pilih warna blue, kemudian klik OK.

3. Coba lakukan perubahan lainnya seperti mengubah line dan shape, demikian juga terhadap fitur
lainnya.

F. Mengatur ukuran suatu fitur : Memperbesar panah Old TC(R)

1. Aktifkan picture editing, klik pada fitur Old TC(R), maka akan muncul drag boxes atau
handles.
kursor pada drag boxes tersebut ke posisi ukuran panah Old TC(R) yang
2. Geser
diiinginkan.

3. Coba lakukan juga terhadap fitur lainnya, jika

drag boxes terlalu kecil, perbesar gambar
(zoom in), agar mudah menggeser kursornya.

4. Untuk membatalkan pengaturan/perubahan, klik tombol Undo

, atau tekan ctr+Z

G. Memformat label suatu fitur dan memberi keterangan tambahan : label Old TC (R)
1. Dalam posisi picture editing masih aktif, klik
ganda label Old TC(R)
2. Pilih Font 18
3. Posisi label dapat diubah (reposisi) dengan
cara menekan mouse kiri, lalu arahkah
kursor ke label dan seret (drag) ke posisi
yang diinginkan
4. Reposisi dapat dibatalkan dengan meng-klik
Standard Arrangement
5. Untuk menambahkan teks keterangan
(annotasi), lalu klik tombol Add Annotation
pada toolbar window, seret ke label
Old TC(R) dan atur font

H. Latihan : bereksperimen dengan style.

1. Arahkan kursor pada Old TC(R), lalu klik kanan.
2. Lakukan eksplorasi terhadap fungsi-fungsi berikut
a. Style ...........................................................................................................
b. Redefine ....................................................................................................
c. Copy style ................................................................................................
d. Paste style ................................................................................................

I. Menyimpan dan membuka File Molekul

1.
2.
3.
4.

Simpan dokumen molekul File > Save As > Save as File

Lihat filename adalah : pBR322-latihan1.gb
Pilih folder untuk menyimpannya agar bisa digunakan dikemudian hari atau oranga lain
Untuk membuka kembali file tersebut File > Open > Molecule File