You are on page 1of 7

PRAKTIKUM

TEKNIK BIOLOGI MOLEKULER (JCKB 365)

Tutorial 2

Membuat Grafik Molekul DNA/RNA dengan Vector NTI

LABORATORIUM BIOLOGI MOLEKULER DAN BIOKIMIA

PROGRAM STUDI BIOLOGI


FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS LAMBUNG MANGKURAT
2016

Membuat Grafik Molekul Vektor dan Insert


A.

Membuat Subset pada Local Database untuk Menyimpan File


1. Aktifkan Vektor NTI
2. Klik
Local database, pilih DNA/RNA molecules
3. Klik kanan pada DNA/RNA molecules (MAIN) atau subset lainnya
4. Pilih New Subset, dan namakan subset tersebut Latihan

B.

Menyimpan Molekul DNA/RNA


1. Undulah sekuen dan map pBluescript II KS(+), 2961 bp dan keterangan fiturnya dari
www.genomics.agilent.com. Genbank #X52327 [KS(+)]. Simpan file tersebut dalam .doc atau
.text
2. Hilangkan angka penunjuk baris dalam sekuen tersebut. Pastikan bahwa tidak ada
nukleotida yang berubah.
3. Arsirlah (high light) sekuen tersebut secara lengkap, lalu di kopi.
4. Aktifkan Vector NTI, klik FILE, Create New Sequence, Using Sequence (DNA/RNA)
5. Pada sub-window new DNA/RNA molecule, pilih General, tulis nama molekulnya
pBluescript II KS (+) Latihan, lalu pilih sequence and map, Edit sequence, Paste
6. Pastikan bahwa sequence tersebut panjangnya 2961 bp, OK ; DNA/RNA Molecule, klik
circular dan phage, Description bisa diisi atau tidak, OK
7. Klik Yes untuk melanjutkan
8. Akan tampak pada Graphic Pane molekul pBluescript II KS (+) Latihan dengan ukuran
2961 bp.

9. Save, , di subset Latihan.


C.

Membentuk Fitur Molekul pBluescript II Phagemid Vector


1. Lihatlah map (lampiran) dan fitur pBluescript II KS(+) yang anda unduh seperti di bawah

2. Buatlah fitur berdasarkan tabel di atas untuk molekul pBluescript II,


a. Multiple Cloning Site (MCS) : aktifkan Graphic Pane pBluescriptII, klik

Add Feature,

b. Pada Feature Type pilih Misc. Feature, pada Feature Name tulis MCS, posisinya klik
simple format From 653 to 760, klik Known Endpoint, OK.
c. Perhatikan di Graphic Pane, muncul tanda panah besar pada daerah cloning site
dengan nama MCS. Di Text Pane, pada Feature Map menjadi terisi dengan Misc.
Feature, yakni MCS. Jika ingin menghapus fitur tersebut, klik kanan pada MCS pilih
Delete Feature From FMap.
d. MCS seharus tidak dalam bentuk panah karena arah diperlukan, sehingga gambar MCS
tersebut bisa kita ubah menjadi kotak dengan cara aktifkan Edit Picture
, klik MCS,
klik kanan, Misc. Feature Display Setup, pada klik Show Label, More, pada
Subsitution pilih @N sinyal/enzyme/motif/molecule name, ; @F Fragment length,
pada Show simbol, klik Long , pilih kotak panjang, pada Style bisa dipilih warna dan
bentuk garis.

e. Kemudian tambahkan fitur lac promoter (p Lac) seperti pada langkah 2.b di atas namun
Feature Type-nya adalah Promoter Prokaryotic, hasilnya adalah p Lac mengarah ke
bawah (Gambar kiri) sehingga tidak sesuai dengan grafik pBluesript II pada lampiran,
fitur tersebut bisa diedit dengan klik p Lac, Feature Properties, Complementary,
OK (Gambar kanan).

f.

Dengan cara yang sama buatlah fitur yang dicantumkan dalam tabel di atas.
Perhatikan Feature Type-nya:
1. LacZ dan AmpR adalah coding sequence (CDS), perhatikan arahnya, klik
complementary.
2. pUC Ori adalah Replication Origin
3. f1 (+) origin of ss-DNA replication (f1 (+) ori) adalah replication origin

3. Menambahkan atau Menghilangkan Restriction Sites (REN)


a. Perhatikan peta restriksi pada gambar lampiran dengan gambar pada bagian 2.F.3 di
atas, ada restriction sites (REN) yang tidak ada seperti Kpn I dan Sac I. Penambahan
kedua REN
tersebut dilakukan dengan klik ANALYSIS Restriction
AnalysisRestriction Sites
Jendela Restriction Map Setup menampkan enzim restriksi yang diaktifkan (digunakan).
Pada jendela tersebut klik Add, Look in : Palindrome/non-ambigous pilih Kpn I,
OK, kemudian lagi Add, Look in : Palindrome/non-ambigous pilih Sac I, OK,
tutup Jendela dengan OK.
Lakukan juga untuk REN yang lain

b. Perhatikan pada fitur pBluescript II terdapat restriction sites Apal I yang berada diluar
MCS dan informasinya tidak diperlukan. Untuk menghilangkannya adalah klik Apal I,
klik remove, OK.
c. Untuk menampilkan REN pada daerah tertentu saja misal MCS, maka isi Ignore RENs
cutting outside region dengan posisi MCS.
4. Mengedit Fitur molekul pBluescript II
a. Grafik fitur pBluescript II KS (+) yang didapat menampakan fitur MCS berada diluar
lingkaran molekul. Gabungkan fitur tersebut dengan cara mengaktifkan Edit Picture
, klik kotak MCS, lalu seret (drag) ke lingkaran molekul (Gambar Kiri).
b. Edit grafik fitur molekul tersebut sebagai mana tutorial sebelumnya, sehingga pola
warna dan garisnya semirip mungkin dengan grafik molekul pBluescript II KS (+) pada
lampiran (Gambar Kanan).
c. Save As di subset latihan : pBluescript II KS (+) Latihan1

D.

Membentuk Fitur Insert gen Carbonic Anhydrase


1. Salinlah sekuen nukleotida dari CA-9 dan lakukan seperti langkah B
2. Lakukan analisis ORF
3. Klik ORF terpanjang, lalu add Fitur CDS, beri nama CA9

4. Aktifkan Test Pane, klik Link Panes


5. Munculkan fitur CDS dan Enzim restriksi nya

LAMPIRAN

You might also like