Professional Documents
Culture Documents
LAPORAN PRAKTIKUM
Oleh:
Kelompok 12
Putri Dhamira
100341404624
Rizky Alfarizy
120341421984
l. Rak tabung
2. Bahan
Adapun bahan yang digunakan pada praktikum ini, antara lain:
a.
b.
c.
d.
e.
f.
F. PROSEDUR KERJA
1. Tahap Persiapan
Persiapan buah
Mempersiapkan buah, yaitu buah semangka, jeruk, melon, dan nanas
Banyak/sedikitnya awan
terbentuknya DNA (detik)
Rinso
Sunlight Wings
Rinso
Sunlight Wings
Semangka
120
115
55
++
+++
+
Jeruk
90
43
39
++
+++
+
Melon
467
53,69
42,66
+
++
Nanas
291
18
13,87
+
+
++
Keterangan: + : sedikit, ++ : banyak, +++ : sangat banyak
Buah
H. ANALISIS DATA
Dari hasil pengamatan dapat diketahui bahwa pada isolasi DNA yang
dilakukan pada buah-buahan yaitu semangka, jeruk, melon, dan nanas dengan
menggunakan berbagai macam detergen (rinso, sunlight, wings) yaitu sebagai
berikut.
Pada buah semangka, wings memerlukan waktu pembentukan DNA lebih
cepat dari pada detergen lainnya yakni dengan waktu 55 detik. Dan sunlight
memiliki ketebalan DNA yang sangat banyak dibandingkan dengan menggunakan
detergen lainnya (rinso dan wings).
Pada buah jeruk, wings memerlukan waktu
cepat daripada detergen lainnya yakni dengan waktu 39 detik. Namun, memiliki
ketebalan DNA yang tipis dari pada detergen lainnya. Dan sunlight memiliki
ketebalan DNA yang sangat banyak dibandingkan dengan menggunakan detergen
lainnya (rinso dan wings).
Pada buah melon, wings memerlukan waktu pembentukan DNA lebih
cepat dari pada detergen lainnya yakni dengan waktu 42,66 detik. Dan memiliki
ketebalan DNA yang banyak dibandingkan dengan menggunakan detergen
lainnya (rinso dan wings).
Pada buah nanas, wings memerlukan waktu pembentukan DNA lebih
cepat dari pada detergen lainnya yakni dengan waktu 13,87 detik. Dan memiliki
glikoprotein pada membran. Kedua molekul ini akan dilisiskan oleh NaCl. Selain
itu keadaan hipertonis yang ditimbulkan oleh penambahan garam juga dapat
mengakibatkan sel mengalami lisis.
Tahap ketiga adalah pemurnian DNA. Cara ini dilakukan dengan
menambahkan alkohol adingin 96 %. Alkohol berfungsi untuk memisahkan DNA
dengan molekul-molekul yang lain, seperti protein. Alkohol mempunyai molekul
yang lebih padat dan ringan daripada air sehingga akan berada di atas permukaan
campuran. Protein dan lemak akan berada pada bagian bawah sedangkan DNA
akan memisah dan berada pada daerah alkohol.
Dari hasil isolasi DNA yang dilakukan, diketahui bahwa jenis detergen
berpengaruh terhadap hasil isolasi DNA dan jenis detergen tertentu memberikan
pengaruh waktu terbentuknya DNA dan tergantung jenis buah pada kadar air
berbeda. Dari data dapat diketahui bahwa detergen wings pengaruh paling cepat
terbentuknya DNA pada buah semangka, jeruk, melon, dan nanas.
Isolasi DNA, detergen berfungsi untuk melisiskan barier (penghalang) sel
secara kimia sebagai pengganti senyawa kimia yang mampu merusak dinding dan
membran sel antara lain lisozim yang dapat mendegesti senyawa polimerik yang
menyebabkan kekakuan sel dan etil endiamintetra asetat (EDTA) yang berfungsi
untuk menghilangkan ion Mg2+ yang penting untuk mempertahankan keseluruhan
struktur selubung sel, serta menghambat enzim-enzim seluler yang dapat merusak
DNA (ion Mg2+ merupakan kofaktor penting bagi DNAse yang biasa "memakan"
DNA). Selain lisozim dan EDTA, bisa juga digunakan detergen seperti sodium
dodesil sulfat (SDS) karena detergen ini bisa menyebabkan hilangnya molekul
lipid pada membran sel, sehingga bisa meusak struktur membran sel (Tim Dosen
Biologi FMIPA UB, tanpa tahun: 19-20).
Menurut Jamilah, (2005: 11) menyatakan bahwa detergen bisa
menyebabkan kerusakan membran sel engan mengemulsi lipid dan protein sel
serta menyela interaksi polar yang menyatukan membran sel karena detergen
mengandung disodium EDTA dan lauryl sulfat yang memiliki fungsi yang sama
dengan dodesil sulfat.
Dollard (2005, dalam Jamilah, 2005: 11) menambahkan bahwa detergen
ini
kemudian
membentuk
kompleks
dengam
lipid
dan
protein
dan
Pada saat penghancuran jaringan sampel pada awal proses isolasi DNA,
terjadi pelepasan senyawa polifenol dan polisakarida. Senyawa polifenol yang
teroksidasi akan mengadakan ikatan kovalen dengan DNA yang membentuk suatu
senyawa kompleks berwarna kecokelatan, sedangkan polisakarida mengalami
kompresipitasi dengan asam nukleat saat presipitasi dengan penambahan alkohol
sehingga terbentuk suatu matriks seperti lem dalam jumlah berlebihan. Hal ini
dapat menyebabkan DNA menjadi kental, sulit larut secara sempurna dan sulit di
pipet meskipun telah dilarutkan dalam buffer TE. Akan tetapi jika ditinjau dari
sudut pandang media, DNA yang baik adalah DNA yang serupa pintalan benang.
(Zubaidah, 2004: 38)
Garam digunakan untuk melarutkan DNA, karena ion Na + yang dikandung
oleh garam mampu memblokir (membentuk ikatan) dengan kutub negatif fosfat
DNA, yaitu kutub yang bisa menyebabkan molekul-molekul saling tolak menolak
satu sama lain sehingga pada saat ion Na+ membentuk ikatan dengan kutub negatif
fosfat DNA, DNA akan terkumpul (Dollard, 1994, dalam Jamilah, 2005: 21).
Dari pernyataan diatas, nampak bahwa selain digunakan untuk
menghilangkan protein dan karbohidrat dan menjaga kesetabilan pH lysing buffer,
garam
juga
membantu
proses
pemekatan
DNA.
Konsentrasi DNA yang terpresipitasi tergantung dari beberapa hal, antara lain:
keenceran sumber DNA yang digunakan dan suhu ethanol. Semakin encer filtrat,
maka DNA yang terpresipitasi akan semakin sedikit (Zubaidah, 2004: 38).
Sementara semakin dingin ethanol, DNA yang terpresipitasi semakin pekat.
(Dollard,
2005,
dalam
Jamilah,
2005:
21).
Menurut Dollard (2005, dalam Jamilah, 2005: 21-22) pada saat penambahan
ethanol, larutan akan tampak terbalik untuk beberapa saat, dan pada akhirnya
ethanol akan berada di bagian atas tabung, sementara filtrat berada di bagian dasar
tabung karena ethanol memiliki densitas (kerapatan) yang lebih kecil
dibandingkan air. DNA akan tampak nyata sebagai strands (unting) putih atau
suatu bahan yang kental dengan gelembung udara yang terperangkap di dalamnya.
Gelembung ini yang akan menyebabkan DNA naik ke bagian atas larutan.
Ditinjau dari jenis buah yang digunakan sebagai sumber DNA, buah yang
memiliki kadar air rendah menghasilkan presipitasi DNA yang lebih baik daripada
buah yang kadar airnya tinggi. Buah nanas menunjukkan kualitas DNA terbaik
disusul selanjutnya berturut turut buah melon, semangka dan jeruk. Hal ini sejalan
dengan pendapat Muladno (2005) bahwa dalam proses pembuatan sumber DNA
untuk isolasi DNA, hendaknya jangan terlalu encer, karena semakin encer sumber
DNA, DNA yang terpresipitasi akan semakin sedikit karena sel yang lisis di
dalam air tentu lebih sedikit jika dibandingkan dengan sumber DNA yang lebih
kental.
Dollard (2005, dalam Jamilah, 2005: 21) menambahkan bahwa semakin
encer
filtrat,
maka
DNA
yang
terpresipitasi
akan
semakin
sedikit.
diri dengan DNA pada setiap detergen, sehingga perbedaan waktu terlepasnya
DNA dari sel tersebut juga menunjukkan bahwa kemampuan setiap detergen
dalam merusak membran sel tidak sama.
I.
DISKUSI
1. Jelaskan fungsi reagen-reagen pada praktikum isolasi DNA berikut:
a. Deterjen
b. Garam
c. alkohol
2. Apa fungsi pemblenderan buah pada proses isolasi DNA?
3. Mengapa pada proses pengadukan tidak boleh berbusa?
4. Mengapa alcohol yang ditambahkan harus dalam keadaan dingin?
5. Mengapa pada macam deterjen yang berbeda diperoleh kuantitas DNA dan
waktu pembentukan yang berbeda?
6. Mengapa pada macam buah yang berbeda diperoleh kuantitas DNA dan
waktu pembentukan yang berbeda?
Jawaban
1.a. Deterjen berfungsi untuk memecah membran sel (baik membran sitoplasma
maupun membran nukleus). Molekul detergen dan lemak terdiri dari dua
bagian, yaitu bagian kepala yang suka dengan air (hidrofil) dan bagian ekor
yang benci dengan air (hidrofob). Bagian yang hidrofob akan berikatan
dengan molekul lemak dan protein yang menyusun membran sel.
Sedangkan bagian yang hidrofil akan berhubungan dengan air.
b. Fungsi garam dapur adalah untuk melisiskan sel yaitu dengan membuat
kondisi hipertonis sehingga sel mengalami plasmolisis, NaCl juga
melisiskan membran sel, bekerja pada molekul oligosakarida dan
glikoprotein pada membran.
3.
semakin cepat.
Pada saat pembutan larutan deterjen harus diaduk dengan hati-hati agar
tidak berbuih karena pengadukan larutan bertujuan untuk membantu
pengerusakan membran sel oleh detergen, tetapi jika pengadukannya cepat
dan keras akan menimbulkan buih yang dapat menyebabkan rusaknya DNA
sehingga proses isolasi DNA akan sulit diamati dan menghalangi penyatuan
DNA di daerah atas antara alkohol dengan aliqut. selain itu, Pengadukan
dilakukan untuk memperbesar pergerakan partikel sel dan detergen agar
reaksi berlangsung cepat, dimana detergen bereaksi merusak membran sel.
Pengadukan yang terlalu keras atau cepat akan menyebabkan larutan
berbuih, hal ini akan menyebabkan terbentuknya rongga udara pada hasil
4.
5.
6.
J. KESIMPULAN
1. Dari hasil isolasi DNA yang dilakukan, diketahui bahwa jenis detergen
berpengaruh terhadap hasil isolasi DNA dan jenis detergen tertentu
2.
K. DAFTAR PUSTAKA
Gardener, EJ dkk. 1991. Principle of Genetic. New York: Jhon Wiley and Sons.
INC.
Genetics Science Learning Center at the University of Utah. 2005. DNA
Extraction,
(online),
(http://gslc.genetics.utah.edu/basic/howto/DNA_Extraction.html, diakses
18 Februari 2014)
Jamilah. 2005. Pengaruh Berbagai Macam Detergen, Penambahan Garam Dan
Ekstrak Nanas (ananas comulus (L) mers) Terhadap Hasil Isolasi DNA
Berbagai Macam Buah Sebagai Topik Praktikum Matakuliah Genetika.
Skripsi. Malang: Program Serjana Pendidikan Biologi
Kartini, Endang. 2001. Sitologi. Malang : Universitas Negeri Malang.
Machmud, wildan. 2006. Penentuan LC 50 48 Jam Detergen dan Pengaruhnya
Terhadap Mortalitas Larva Ikan Mas (Cyprus Corpio) Ras Punten
dengan tipe Ploidi Yang Berbeda. Skripsi tidak diterbitkan. Malang:
Program Sarjana Biologi
Muladno. 2002. Seputar Teknologi Rekayasa Genetika. Bogor: Pustaka Wirausaha
Muda.
Toha, Abdul Hamid. 2001. Deoxiribosa Nuclear Acid. Bandung: Alfabeta