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La evolucin de
MOLCULAS y de
sistemas BIOLGICOS
Amanda Castillo Cobin, Agustino Martnez-Antonio y Alexander de Luna Fors
Introduccin
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Evolucin
tes, y 2) la seleccin positiva, del tipo darwiniano, que favorece la fijacin de cambios en
los genomas. A su vez, la seleccin positiva
puede considerarse de dos tipos: la direccional,
que promueve la fijacin de un alelo ventajoso
(un gen en una poblacin); y la balanceadora,
que tiende a incrementar el polimorfismo
(variacin dentro de un mismo gen); es esta
ltima la que ms se acerca a lo que Darwin se
refiri como la seleccin natural.
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inmunolgicas, proponiendo por primera vez que las comparaciones de estas reacciones nos pueden indicar las relaciones
filogenticas entre los primates y otros grupos de animales. Las
implicaciones de estas ideas fueron el eje central que rige el
estudio de la evolucin molecular hasta nuestros das. La primera premisa es que podemos estudiar las relaciones filogenticas entre biomolculas de la misma forma que estudiamos
relaciones entre especies; es decir, que la historia evolutiva de
las protenas o el ADN nos puede reflejar la historia de las especies. La segunda premisa es la existencia de un reloj molecular;
es decir, que los cambios fijados en las protenas y en el ADN
pulsan de manera constante y nos dan un registro directo del
tiempo transcurrido. Estas ideas sentaron las bases tericas para
el estudio de la evolucin a nivel molecular y han tenido
impacto en todas sus ramas, desde la propuesta de los modelos
de sustitucin en protenas y ADN, hasta los estudios de fechacin molecular.
Sin embargo, para lograr comprender el papel de la evolucin molecular dentro del desarrollo de la biologa evolutiva
moderna es necesario estudiarla en el contexto de la denominada gran sntesis evolutiva ocurrida entre los aos 30s y 50s,
y que involucr el trabajo de las mentes ms brillantes de su
tiempo. La sntesis evolutiva intenta hacer una incorporacin
de las ideas darwinistas y la gentica mendeliana que result en
el surgimiento de la gentica de poblaciones. Los tres principales arquitectos de esta sntesis fueron Sewall G. Wright, Ronald
A. Fisher y J. B. S. Haldane, quienes modelaron la distribucin
de las frecuencias allicas en las poblaciones como resultado de
la interaccin de las fuerzas evolutivas, tales como la seleccin,
la mutacin, la migracin y la deriva gnica. La sntesis evolutiva es central en biologa ya que nos da un marco terico de
referencia sobre el cual analizar los procesos evolutivos de una
manera formal en la biologa evolutiva moderna.
A partir de esta poca comenz una acumulacin de trabajos en gentica de poblaciones que mostraron que exista una
gran variacin gentica en los genes y las protenas, misma que
no poda ser justificada del todo por efectos de la seleccin
natural. Se inici as un debate acerca de la naturaleza del polimorfismo molecular y sobre si la evolucin actuaba de la misma
forma a nivel organismo y molcula. Los neo-darwinistas consideraban que el tamao de las poblaciones era grande (infinito para sus modelos estadsticos) y tomaban como modelo de
seleccin, por ejemplo, caracteres con importancia agronmica, sin parecerles importante la mutacin como generadora de
adaptaciones. Este tipo de discusiones hicieron que los debates
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giraran en cmo buscar evidencia de la seleccin tipo darwiniana en las poblaciones biolgicas.
Es durante el perodo de la sntesis evolutiva que Haldane
calcula lo que denomina el costo de la seleccin natural, que se
refiere al lmite de substituciones que un mamfero puede poseer en un gen como resultado nico de la seleccin natural. El
clculo result en aproximadamente una substitucin gnica
cada 300 generaciones o cada 1 200 aos, si el tiempo generacional promedio de un mamfero es de 4 aos. Haldane desarrolla,
a su vez, el concepto de carga gentica, que hace posible el
clculo del nmero de variantes allicas que pueden existir en
una poblacin natural, y cmo el mantenimiento de esta variacin por seleccin hara que la carga de las mutaciones deletreas fuese muy grande al pasar el tiempo, tanto que no podra
sostener a la poblacin y terminara por extinguirse. Estas
ideas, en conjunto con la acumulacin de evidencia emprica
del polimorfismo en protenas y ADN, comenzaron a generar
polmica sobre la participacin de la seleccin en el mantenimiento del polimorfismo molecular, lo que culmin con la propuesta alternativa de la teora neutra.
Teora neutra
La propuesta de la teora neutra fue desarrollada por Kimura (1968) en conjunto con King y Jukes (1969). Usando
las hemoglobinas de los mamferos como punto de partida,
donde el nmero promedio de sustituciones nucleotdicas, al
ao por genoma, es de 4 109, calcularon que existe, en promedio, una substitucin cada dos aos. Si esto fuese cierto sera
una tasa de cambio altsima, muy superior al lmite propuesto
por Haldane, para ser justificado nicamente por la seleccin
natural darwiniana. Por esta razn Kimura propone que la mayora de estas sustituciones son neutras, o casi neutras, a la seleccin natural. De acuerdo a la teora neutra, la mayor parte
de la variacin observada a nivel molecular no es mantenida
por la seleccin natural de tipo darwiniano, sino que es resultado de un balance entre la deriva gnica (azar) y las mutaciones neutras o casi neutras. Es decir, que la mayor parte de la
variacin a nivel molecular ocurre de manera aleatoria y no
tiene importancia adaptativa. Otra de las predicciones de la
teora neutra es que las mutaciones no se produciran de manera uniforme en todas las protenas o al interior de las mismas.
Es decir, protenas que participasen en funciones esenciales
seran ms restringidas al cambio y sus tasas de cambio seran
mucho menores que las protenas que no tuviesen tanta res-
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Evolucin
Adaptacin molecular
1a
2a
3a
A T G
dS
dN
dN
dS
dN
Figura 1. En la actualidad la adaptacin a nivel molecular se estudia con base en las tasas de sustitucin (sinnimas y no sinnimas) a nivel de nucletidos, usando al
codn como unidad evolutiva.
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Gen
Organismo
Arabis y Arabidopsis
Escherichia coli
Roedores
Mamferos
Mamferos
Dicotiledneas y legumbres
Primates y roedores
Primates
Salmones
Mamferos
Roedores
Plasmodium falciparum
Virus de la hepatitis D
Virus HIV
Virus de la pseudorabia
Shigella
Plasmodium falciparum
Chlamydia
Neisseria gonhorreae y N. meningitidis
Coronavirus del ratn
Reovirus
Yersinia
Haliotis (Abuln)
Drosophila
Roedores
Aplysia californica
Drosophila
Roedores
Primates
Haliotis
Rosaceae
Primates
Bovinos
Lisozima
Primates
Toxinas
Conotoxina
Gastrpodo Conos
Fosfolipasa A 2
Serpientes crotalinas
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E. coli
Primates
Primates
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Tabla 1. Continuacin.
Gen
Organismo
Citoquinas
SF de Granulocito-macrfago
Roedores
Interleucina-3
Primates
Interleucina-4
Primates
Miscelneos
CDC6
Hormona de crecimiento
Cadena b de la hemoglobina
Gen Jingwei
Pptido C3 de la prostatena
Saccharomyces cerevisiae
Vertebrados
Peces antrticos
Drosophila
Rata
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La duplicacin gentica
ocurre en un individuo y
puede fijarse o perderse en
la poblacin, de manera muy
similar a lo que ocurre con
las mutaciones puntuales
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Subfuncionalizacin
1
Duplicacin + mutaciones
degenerativas y complementarias
Neofuncionalizacin
2
Figura 2. Dos escenarios posteriores a la duplicacin gentica. Los cuadros representan genes y los valos
representan los elementos que controlan la transcripcin (en este ejemplo, la divergencia funcional es definida
en trminos de las condiciones en las que se expresan los genes).
de una funcin completamente original (nueva funcin bioqumica), o bien el refinamiento de la funcin preexistente (por ejemplo,
la expresin en una nueva condicin). Aun
cuando es improbable que una funcin completamente nueva se origine a partir de un gen
duplicado, existen ejemplos documentados. A
la fecha no es claro cul es la proporcin de
genes cuya divergencia funcional ocurre por
subfuncionalizacin o por neofuncionalizacin. En trminos de los niveles de expresin,
se ha sugerido que ambos procesos han determinado los perfiles de expresin de genes
duplicados en la levadura. Es probable que
lo que ocurre en muchos casos es una combinacin de ambos procesos: la subfuncionalizacin juega un papel importante en el man-
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damente que la funcin codificada en la protena. Es decir, la funcin de la protena se conserva por ms tiempo que
su regulacin.
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cional no se incrementa en la misma proporcin sino que se cuadruplica, y que los genes
reguladores, por lo general no se mantienen a
la par que los genes regulados. Es decir, que el
cableado de regulacin transcripcional en los
genomas de bacterias es tremendamente flexible y, al parecer, los genes regulados se conservan ms que sus regiones regulatorias (y por
ende que sus protenas reguladoras).
El entender la evolucin de los organismos, como un todo, es una tarea compleja y
debe involucrar, por una parte, conocer la
identidad y saber el arreglo preciso de los elementos genticos en los genomas: conocer la
dinmica de las interacciones de los productos
de los genes, conocer la influencia de los factores ambientales en el hardware celular
(regulacin fisiolgica) y en el software
gentico (regulacin transcripcional). Por
otro lado, hace falta entender la influencia de
los procesos estocsticos en los procesos bioqumicos y conocer ms acerca del grado de
robustez y plasticidad evolutiva de los organismos con base en el nmero y grado de estructuracin de sus componentes internos.
Quienes nos dedicamos al estudio de la
biologa tenemos una oportunidad nica y una
gran responsabilidad para intentar entender,
desde una perspectiva mas integral, los procesos que definen la evolucin de la autoorganizacin material que hizo posible la existencia
de los organismos contemporneos y quizs
predecir, e incluso influir en, su comportamiento.
Deriva gnica. Es una fuerza evolutiva que acta junto con la seleccin
natural modificando las caractersticas de las especies, en el tiempo,
mediante el cambio aleatorio de la frecuencia de alelos de una generacin a la siguiente.
Estocstico. Concepto matemtico que sirve para caracterizar y estudiar
todo tipo de fenmenos aleatorios que evolucionan generalmente con
el tiempo.
Sitio activo. Es el espacio tridimensional donde ocurre la reaccin especfica que una protena realiza (por ejemplo, catlisis en una reaccin enzimtica).
Tamao efectivo poblacional. Est definido por los individuos de una
poblacin que dejan descendencia, que se reproducen.
Sustituciones sinnimas. Sustituciones a nivel de nucletidos (codones)
que no cambian el aminocido resultante en la traduccin.
Sustituciones no sinnimas. Sustitucin de codones que resulta en un
cambio del tipo de aminocido.
Anticuerpo. Son glicoprotenas empleadas por el sistema inmune para
identificar y neutralizar elementos extraos tales como bacterias, virus
o parsitos.
Antgeno. Sustancia extraa al organismo que desencadena la formacin de
anticuerpos.
Mxima verosimilitud. Mtodo estadstico basado en distribucin de probabilidades; describe el rango de valores de la variable aleatoria, as
como la probabilidad de que el valor de la variable aleatoria est dentro
de un subconjunto de dicho rango.
Genmica. Ciencia que estudia el contenido, funcionamiento, origen y
evolucin de los genomas completos.
Parlogo. Gen producto de la duplicacin de otro gen en el mismo organismo.
Dominio proteico. Es un mdulo tridimensional de la protena, el cual
puede ser funcional si lleva a cabo una funcin bioqumica, y estructural
si estabiliza la estructura.
Definiciones de trminos
empleados
tener un gen.
en el Instituto de Biologa y en el de Ecologa de la UNAM . Es profesora inviColumbia, y ha trabajado para el IBM TJ Watson Research Center en Nueva
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amartinez@ira.cinvestav.mx
(Langebio) del Centro de Investigacin y Estudios Avan zados Irapuato. En el Laboratorio de Sistemas Ge nticos
a su cargo se trabaja en la genmica funcional y se
investigan redes de interacciones genticas, con nfasis
en las funciones regulatorias y bioqumicas en el contexto de la historia evolutiva.
adeluna@ira.cinvestav.mx
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