Unidad 1.

Metabolismo Primario y
Secundario
1.1. Introduccin

Cuando se habla de productos naturales se est refiriendo a los extractos o

sustancias que se obtienen de plantas, generalmente de aquellas que tienen un
uso medicinal o nutricional. De manera particular, se les llama productos
naturales a los metabolitos secundarios obtenidos de organismos vivos tales
como bacterias, algas, hongos, animales y vegetales.

Todos los organismos necesitan transformar una gran cantidad de compuestos

orgnicos para nacer, crecer y reproducirse. Necesitan proveerse por s
mismos de energa y de bloques edificadores para construir sus tejidos. Con tal
propsito se llevan a cabo una gran variedad de reacciones qumicas mediadas
y reguladas cuidadosamente por enzimas. Todo esto se refiere al metabolismo
intermediario, y los caminos implicados en ello son conocidos como rutas
metablicas. Algunas molculas que son esenciales para la vida son los
carbohidratos, las grasas, las protenas y los cidos nucleicos. Con excepcin
de las grasas, estas son sustancias polimricas. Los carbohidratos estn
compuestos de unidades de azcar, mientras que las protenas estn formadas
por aminocidos y los cidos nucleicos de nucletidos.

Los organismos varan ampliamente en su capacidad de llevar a cabo

transformaciones qumicas. En este sentido, las plantas son muy eficientes en
la sntesis de compuestos orgnicos va la fotosntesis a partir de compuestos
inorgnicos que se encuentran en su entorno. En cambio, otros organismos
tales como animales y microorganismos obtienen estos compuestos a partir de
su dieta, por ejemplo, consumiendo plantas. As, muchas de sus rutas
metablicas se centran en la degradacin de compuestos adquiridos como
comida,

mientras

que

las

plantas

requieren

de

sintetizar

molculas

especializadas a partir de sustancias bsicas como el CO2, N2, H2O y algunos

metales.

A pesar de la extremadamente grande variedad de organismos vivos, se ha

encontrado que las rutas para la sntesis y modificacin de carbohidratos,
grasas, protenas y cidos nucleicos son esencialmente las mismas en todos
ellos, con algunas variaciones menores. Esto demuestra lo fundamental que
son estos procesos para todo ser viviente que en conjunto se les llama
metabolismo primario, y los compuestos involucrados se les denomina como
metabolitos primarios.

En contraste de estas rutas metablicas primarias, en las cuales se sintetizan,

degradan y se interconvierten compuestos encontrados comnmente en todos
los organismos, tambin existe un rea del metabolismo que concierne a
sustancias con una distribucin limitada en la naturaleza. Tales sustancias,
llamadas metabolitos secundarios, se encuentran slo en organismos
especficos o grupos de organismos, y son una expresin de la individualidad
de las especies. Los metabolitos secundarios no son necesariamente
producidos bajo cualquier situacin, y en la gran mayora de los casos su
funcin y beneficio para el organismo que los produce no es bien conocida.
Algunos son indudablemente producidos (por razones fciles de apreciar), por
ejemplo, como sustancias txicas previendo defensa contra depredadores,
atrayentes voltiles hacia la misma o diferente especie, o como agentes
coloridos. Las plantas, a diferencia de los animales, no pueden correr o volar
para huir de los depredadores; entonces emplean mtodos fsicos (por ejemplo,
espinas) o qumicos (metabolitos secundarios) para defenderse. Es lgico
asumir que todos ellos juegan un rol vital para la sobre vivencia de la especie.
Esta es el rea del metabolismo secundario, el cual provee de la mayora de
los productos naturales farmacolgicamente activos. Es obvio considerar que la
dieta humana sera desagradable y peligrosa si todas las plantas, animales y
hongos generaran los mismos tipos de compuestos.

Resumiendo, los metabolitos primarios (polisacridos, protenas, aminocidos,

cidos nucleicos y grasas) son las sustancias que genera un organismo para
2

llevar a cabo sus funciones vitales, mientras que los metabolitos secundarios
son considerados como aquellos que no participan en eventos vitales pero si
en la supervivencia de la especie.

Tres grandes familias de compuestos conforman a los metabolitos secundarios:

los polictidos (acetogeninas) los terpenos, y los alcaloides. A estas
sustancias las denominamos como productos naturales y son las que
despiertan el inters y la admiracin de qumicos, bilogos y farmaclogos, ya
que generalmente poseen estructuras complejas y actividades biolgicas
relevantes y especficas.

En la figura 1.1 se muestra un panorama resumido de la generacin de

metabolitos primarios y secundarios.

METABOLISMO
PRIMARIO

METABOLISMO CENTRAL

Polisacridos

Glucosa

Polisacridos

Pentosas
Tetrosas

METABOLISMO
SECUNDARIO
Glicsidos

Aminocidos
aromticos

Fenilpropanoides
Alcaloides
Flavonoides

Protenas
Aminocidos
alifticos

Triosas

Polictidos
Grasas

cido actico

cidos nucleicos

Ciclo de Krebs
(cidos)

cido
mevalnico

Terpenos
Carotenoides
Tetrapirroles

Figura 1.1

Las generalizaciones anteriores pueden ayudar a distinguir entre metabolitos

primarios y secundarios, aunque en algunos casos no es tan trivial hacer tal

divisin de una sustancia. Los cidos grasos y los azcares son un buen
ejemplo, a los cuales la mayora de las veces se les describe como metabolitos
primarios, pero algunos de estos compuestos son extremadamente raros y se
han encontrado slo en cierto tipo de especies. En este sentido, la subdivisin
entre metabolismo primario (Bioqumica) y metabolismo secundario (Qumica
de Productos Naturales) es una mera conveniencia en donde existe un
traslape considerable.

1.2. Bloques de construccin de metabolitos secundarios

Los bloques de construccin de los metabolitos secundarios se derivan del

metabolismo primario como se indica en la figura 1.2. En esta figura se muestra
la formacin de metabolitos a partir de procesos fundamentales como la
fotosntesis, la gliclisis y el ciclo de Krebs. Sorpresivamente, resulta que el
nmero de bloques de construccin empleados en la biosntesis de metabolitos
secundarios es pequeo, siendo importante hacer notar que estos bloques son
derivados de los intermediarios acetil coenzima A (acetil-CoA), cido
mevalnico y cido shikmico.

FOTOSNTESIS

CICLO DE PENTOSA FOSFATO

GLICLISIS

GLUCOSA

OH

OH
OH

O
PO

CO2H

CO2H

HS

eritrosa 4-P

CO2H

OH

NH2
NH2
L- serina

L-cistena

O
OH

OH

HO2C

CO2H

HO

NH2

PO

OH
glucosa 6-P

NH2
glicina

PO
cido 3-fosfoglicrico

L-fenilalanina
CO2H
CO2H

HO2C

OP

CO2H

HO

fosfoenolpiruvato
L-valina

NH2

HO

L-tirosina
CO2H

OH

OH
cido shikmico

NH2
CO2H

HO2C

NH2
N

H
L-triptofano

L-alanina NH2
cido pirvico

CO2H
NH2
L-leucina

HO
CoAS

O
HO2C

OH
cido mevalnico

acetil-CoA

CICLO DE KREBS
CO2H

HO2C

L-isoleucina

CO2H

HO2C

CO2H

cido L-asprtico

H2N

HO2C

CO2H
NH2

cido oxaloactico

cido 2-oxoglutrico

cido L-glutmico

NH

CO2H

NH2
L-metionina

CO2H

HO2C
NH2

NH2

CO2H

H2N

NH2

CO2H

N
H

L-lisina

NH2
L-arginina

Figura 1.2

CO2H

H2N

NH2
L-ornitina

C1: es el bloque de construccin mas simple compuesto por slo un tomo de

carbono, generalmente mediante la forma de un grupo metilo unido a oxgeno o
nitrgeno y ocasionalmente a carbono. Este bloque se deriva del grupo S-metil
de la L-metionina. El grupo metilndioxi (OCH2O) es otro ejemplo de una
unidad C1.

H3C

C1

CO2H

H3C

(X = O, N, C)

NH2
L-metionina

C2: esta unidad de dos tomos de carbono es aportada por la acetil-CoA.

Puede presentarse como un simple grupo acetilo (como un ster), pero ms
frecuentemente formando parte de cadenas hidrocarbonadas (como en los
cidos grasos) o como parte de la estructura de sistemas aromticos (por
ejemplo fenoles). En este ltimo caso, la acetil-CoA se convierte primero en
malonil-CoA antes de su incorporacin.

CO2H

SCoA

SCoA

C2
O

acetil-CoA

malonil-CoA

C5: la cadena entrelazada de la unidad isoprnica C5 es aportada por el cido

mevalnico en donde slo cinco de sus seis tomos se emplean al perderse el
grupo carboxilo. El cido mevalnico a su vez se forma de tres molculas de
acetil-CoA.

HO
SCoA

C5

3X
O
acetil-CoA

HO2C

OH
cido mevalnico

unidad de isopreno

C6C3: se refiere a la unidad fenilpropilo aportada por el esqueleto de la Lfenilalanina o L-tirosina, los cuales son dos aminocidos aromticos
provenientes de la ruta del cido shikmico. Esto, por supuesto, requiere de la
perdida del grupo amino de dichos aminocidos. La cadena lateral C3 puede
ser saturada o insaturada, y en ocasiones oxigenada. Algunas veces la cadena
lateral se rompe perdiendo uno o dos carbonos, dando lugar a las unidades

C6C2 y C6C1 que representan formas modificadas ms pequeas del sistema

C6C3.

CO2H
NH2

C6C2

L- fenilalanina

C6C3

CO2H
NH2

HO

C6C1

L- tirosina

C6C2N: esta unidad tambin es aportada por la L-fenilalanina o L-tirosina. En

la elaboracin de este bloque de construccin el carbono del grupo carboxilo se
pierde.

CO2H
NH2
L- fenilalanina

C6C2N

N
CO2H
NH2

HO
L- tirosina

Indol.C2N: el tercero de los aminocidos aromticos es el L-triptfano. Este

aminocido conteniendo el sistema indlico puede sufrir una descarboxilacin,
como en el caso de la L-tirosina o L-alanina, para dar lugar a la unidad
Indol.C2N.
CO2H
N

NH2

Indol.C2N

H
L-triptfano

C4N: esta unidad generalmente se encuentra como un sistema de pirrolidina y

proviene del aminocido no-proteico L-ornitina. A diferencia de las unidades
C6C2N e Indol.C2N descritas anteriormente, la ornitina aporta el nitrgeno de la
posicin y no el de la posicin . El grupo carboxilo y el grupo amino en la
posicin se pierden.

C4N

CO2H

H2N

N
N

NH2
L-ornitina

C5N: esta unidad se produce de la misma forma que el bloque de construccin

C4N, pero empleando como precursor la L-lisina. El nitrgeno de la posicin
se retiene, y la unidad tiende a presentarse en forma de anillo de piperidina

H2N

CO2H

C5N

N
NH2

L-lisina

Estos ocho bloques de construccin pueden formar las bases estructurales de

la mayora de los productos naturales que conocemos.