A identificao de espcies depende de um sistema de classificao estvel e com base
slida. Os dados anatmicos so facilmente aplicados para melhorar a classificao e
com frequncia podem ser utilizados para realizar identificaes. Dessa forma, a caracterizao morfolgica e anatmica dos rgos vegetativos e reprodutivos de espcies pode ser realizada como subsidio taxonomia e filogenia, evidenciando padres estruturais no grupo analisado, em diferentes nveis hierrquicos (famlia, subfamlia, tribo e/ou gnero). O estudo anatmico de rgos vegetativos (raiz, caule e folha) pode facilitar a distino entre espcies semelhantes ou prximas, que so difceis de serem diferenciadas apenas pela morfologia externa. Da mesma forma, os estudos anatmicos dos rgos reprodutivos, em especial a ontognese do fruto e sementes, assim como o tipo e a anatomia de estrutura secretora juntamente com sua estrutura histoqumica so caracteres distintivos, de valor diagnstico onde podem ser teis na distino de espcies e variedades dos gneros. Os caracteres anatmicos so extremamente teis na resoluo de problemas de parentesco porque eles podem frequentemente sugerir homologia de estruturas morfolgicas (macro e micro) e tambm auxiliar na interpretao da origem evolucionria.