BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Biokimia merupakan ilmu yang mempelajari tentang senyawa-senyawa yang ada di dalam
sistem hidup, penyusunan senyawa-senyawa tersebut ke dalam sel-sel dan interaksi kimia
yang terjadi. Sel-sel pada makhluk hidup tersusun dari biomolekul. Untuk dapat
mempertahankan hidup, sel-sel mengalami metabolisme (reaksi pada sel). Dalam
metabolisme, sel menyerap energi dari makanan atau nutrisinya, energi ini digunakan untuk
membentuk biomolekul penyusun sel.

Karakterisasi dan klasifikasi sebagian besar mikroba seperti bakteri berdasarkan pada reaksi
enzimatik ataupun biokimia. Mikroba dapat tumbuh pada beberapa tipe media, memproduksi
tipe metabolit tertentu yang di deteksidengan interaksi mikroba dengan reagen tes yang
menghasilkan warna reagen. Reaksi-reaksi dalam sel akan teridentifikasi dengan melakukan
pengujian-pengujian tertentu. Sel akan memberikan respon sesuai dengan kemampuan yang
dimilikinya, misalnya menghasilkan enzim katalase, enzim gelatinase atau kemamupuan
untuuk menghidrolisis lemak.

Secara morfologis, biakan maupun sel bakteri yang berbeda dapat tampak serupa. Karena itu
ciri fisiologis atau biokimiawi merupakan kriteria yang amat penting di dalam identifikasi
spesimen yang tidak dikenal. Tanpa hasil pengamatan fisiologis yang memadai mengenai
organisme yang diperiksa maka penentuan spesiesnya tidaklah mungkin dilakukan.

Bakteri E.coli dikenal sebagai salah satu bakteri yang menyebabkan gangguan pencernaan
pada manusia. Bakteri ini termasuk dalam kelompok bakteri berbentuk pendek dan tumbuh
ideal pada suhu 20-40C.

Bakeri Staphylococcus aureus ditemukan pada kulit dan hidung manusia. Salah satu penyakit
berbahaya yang disebabkan oleh bakteri satu ini ialah MRSA (Methicilin-Resistant
Staphylococcus Aureus) yang kebal terhadap antibiotik.

Pentingnya mengetahui kemampuan bakteri E. coli dan S. aureus dalam melakukan

metabolisme serta mengetahui perbedaan sifat dari bakteri E. coli dan S. aureus
melatarbelakangi dilakukannya praktikum ini.

1.2 Tujuan

Adapun tujuan dari percobaan agent penyakit kali ini yaitu:

1. Untuk mengetahui kemampuan bakteri E. coli dan S. aureus dalam melakukan

metabolisme pada medium yang ada

2. 2. Untuk mengetahui perbedaan sifat dari bakteri E. coli dan S. aureus.

1.3 Manfaat
Dengan melakukan praktikum karakterisasi mikroorganisme dengan beberapa uji biokimia ini
kita mendapatkan manfaat sebagaimana kita mengetahui pengocokan hati-hati dalam
menginokulasi suspensi bakteri ke dalam perbenihan gula-gula, kemudian mengetahui teknik-
teknik cara gores dan cara tusuk yang benar, kemudian kita juga dapat mengetahui
pembentukan apa saja yang terjadi pada bakteri yang telah kita inkubasikan selama 24 jam
dengan media dan metode yang telah ditentukan.

Serta manfaatnya dalam bidang Ilmu Kesehatan Masyarakat yaitu dalam Ilmu Kesehatan
Masyarakat terbagi menjadi beberapa macam bidang, salah satunya adalah gizi kesehatan
masyarakat. Kaitannya dalam praktikum ini, biokimia mempunyai peranan dalam
memecahkan masalah gizi, penyakit-penyakit akibat dari kurang gizi terutama pada anak-
anak. Adapun salah satu penyebab dari kekurangan gizi adalah Asupan Makanan, Infeksi
Penyakit. Seperti halnya yang telah di jelaskan di atas dengan mengetahui reaksi-reaksi apa
saja yang terjadi dalam tubuh kita, kita dapat mengatasi kekurangan gizi dan nantinya kita
dapat mengatur makanan yang akan kita konsumsi sehingga kita memperoleh manfaat dari
makanan secara optimal. Serta kita dapat terbebas dari dampak suatu lingkungan yang
tercemar oleh limbah yang membahayakan kesehatan.

BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Uji Biokimia

Uji biokimia adalah pengujian larutan atau zat-zat kimia dari bahan-bahan dan proses-proses
yang terjadi dalam tubuh makhluk hidup, sebagai upaya untuk memahami proses kehidupan
dari sisi kimia (Lehninger, 1995).

Biokimia bertujuan untuk memahami bagaimana interaksi biomolekul satu dengan lainnya
yang membawa sifat-sifat kehidupan ini. Belum pernah dalam pengamatan logika molekul sel
hidup, kita menemukan suatu pelanggaran terhadap hukum-hukum yang telah dikenal, seiring
dengan itu pula, kita belum pernah memerlukan pendefinisian hukum baru. Mesin organik
lunak sel hidup berfungsi di dalam kerangka hukum-hukum yang sama mengatur mesin
buatan manusia. Akan tetapi, reaksi-reaksi kimia dan proses pengaturan sel telah maju
demikian pesat, melampaui kemampuan kerja mesin buatan manusia (Lehninger, 1995).

Ciri biokimia merupakan kriteria yang amat penting di dalam identifikasi spesimen bakteri
yang tak dikenal karena secara morfologis biakan ataupun sel bakteri yang berbeda dapat
tampak serupa, tanpa hasil pengamatan fisiologis yang memadai mengenai organik yang
diperiksa maka penentuan spesiesnya tidak mungkin dilakukan. Karakteristik dan klasifikasi
sebagai mikroba seperti bakteri berdasarkan pada reaksi enzimatik ataupun biokimia.
Mikroba dapat tumbuh pada beberapa tipe media memproduksi metabolit tentunya yang
dideteksi dengan interaksi mikroba dengan reagen test yang mana menghasilkan perubahan
warna reagen (Murray, 2005).
Uji fisiologi bisanya identik dengan uji biokimia. Uji biokimia yang biasanya dipakai dalam
kegiatan identifikasi bakteri atau mikroorganisme yang antara lain uji katalase, koagulase,
dan lain-lain. Pengujian biokimia merupakan salah satu hal yang sangat penting dalam dunia
mikrobiologi (Lim, 1998).

Uji-uji biokimia yang biasanya dipakai dalam kegiatan identifikasi bakteri atau
mikroorganisme yaitu antara lain adalah uji MR-VP, uji gula-gula, uji SIM, Uji TSIA, Uji
Indol, dan Uji Simmons Citrate (Dwidjoseputro, 1954).

2.2 Metode Uji Biokimia

Berikut beberapa uji biokimia yang digunakan untuk identifikasi bakteri, antara lain:

1. 1. Reaksi Fermentasi Karbohidrat (Gula-gula)

Fermentasi merupakan salah satu aktivitas biokimia yang dilakukan oleh mikroba.
Fermentasi adalah proses pengunahan senyawa makromolekul organik menjadi senyawa yang
lebih sederhana oleh aktivitas mikroba pada kondisi anaerob. Fermentasi dapat menghasilkan
berbagai senyawa akhir, contohnya fermentasi karbohidrat yang dapat menghasilkan berbagai
senyawa asam seperti asam laktat dan propionet, ester-ester, keton dan gas (Pelczar, 2008).

Sebagian besar mikroorganisme memperoleh energi dari substrat berupa karbohidrat yang
selanjutnya di fermentasi menghasilkan asam-asam organik (seperti asam laktat, format,
asetat), dengan disertai atau tidak disertai pembentukan gas. Organisme-organisme yang
berbeda akan menggunakan karbohidrat/gula-gula yang berbeda tergantung dari komponen
enzim yang dimilikinya. Perbenihan gula-gula digunakan untuk melihat adanya pembentukan
asam yaitu dengan adanya perubahan warna indikator (merah fenol atau biru bromtimol)
yang terdapat dalam perbenihan menjadi kuning yang sebelum ditanami berwarna merah
(indikator merah fenol) atau berwarna biru (indikator biru bromtimol) serta untuk
pembentukan gas, yaitu dengan terlihatnyaudara di dalam tabung peragian/fermentasi (tabung
durham). Jenis karbohidrat yang digunakan pada uji fermentasi karbohidrat antara lain:
Sukrosa, Laktosa, Maltosa, Manitol. Glukosa dapat langsung masuk dalam jalur fermentasi
tahap pertama. Sedangkan, sukrosa, laktosa mantol, dan maltosa akan di hidrolisis terlebih
dahulu menjadi monosakarida penyusunnya. Laktosa dihidrolisis menjadi galaktosa dan
glukosa. Monosakarida jenis manosa dan galaktosa terlebih dahulu akan diubah menjadi
glukosa melalui reaksi epimerisasi. Sedangkan fruktosa akan diubah terlebih dahulu menjadi
fruktosa 6-fosfat dan kemudian fruktosa 6-fosfat diubah menjadi glukosa 6-fosfat. Glukosa 6-
fosfat dan glukosa hasil epimerisasi galaktosa dan manosa akan masuk dalam tahap awal
proses fermentasi untuk menghasilkan asam piruvat, asam asetat dan CO 2 dan kemudian pada
tahap kedua fermentasi asam piruvat dan asam asetat di reduksi kembali oleh atom hidrogen
yang dilepaskan dalam tahap pertama, membentuk asam laktat dan etanol (Volk dan Wheeler,
1993).

1. 2. Uji Imvic (Indol, Methyl Red, Voges-Proskauer, Simmons Citrate)

Identifikasi basil enterik sangat penting dalam mengendalikan infeksi usus dengan mencegah
kontaminasi pasokan makanan dan air. Kelompok bakteri yang dapat ditemukan di saluran
usus manusia dan mamalia yang lebih rendah diklasifikasikan sebagai anggota
family Enterobacteriaeae. Yang termasuk dalam keluarga ini adalah:
1) Pathogen seperti anggota genera Salmonella dan Shigella

2) Sesekali pathogen seperti anggota genera Proteus dan Klabsiella

3) Yang normal flora usus seperti Escherichia anggota marga dan Enterobacter, yang
merupakan penduduk saprophytic dari saluran usus.

Diferensiasi kelompok utama Enterobacteriaceae dapat dicapai atas dasar sifat biokimia dan
reaksi enzimatik di hadapan substrat tertentu. Seri tes IMViC, indol, metil-merah, Voges-
Preskauer, dan pemanfaatan sitrat dapat digunakan untuk identifikasi ini.

1) Indol

Tryptophan merupakan asam amino esensial yang dapat mengalami oksidasi dengan cara
kegiatan enzimatik beberapa bakteri. Konversi triptofan menjadi produk metabolik di mediasi
oleh enzim Tryptophanase. Media ini biasanya digunakan dalam indetifikasi yang cepat.
Perbenihan indol digunakan untuk melihat kemampuan bakteri mendegradasi asam amino
triptofan secara enzimatik. Hasil uji indol yang diperoleh negatif karena tidak terbentuk
lapisan (cincin) berwarna merah muda pada permukaan biakan, artinya bakteri ini
tidak membentuk indol dari tryptopan sebagai sumber karbon, yang dapat diketahui dengan
menambahkan larutan kovaks. Asam amino triptofan merupakan komponen asam amino yang
lazim terdapat pada protein, sehingga asam amino ini dengan mudah dapat digunakan oleh
mikroorganisme akibat penguraian protein (Volk dan Wheeler, 1993).

2) MR-VP

Uji MR Perbenihan ini digunakan untuk mendeteksi bakteri yang memiliki kemampuan
untuk mengoksidasi glukosa menghasilkan produk asam berkonsentrasi tinggi yang stabil
sehingga menyebabkan pH media turun hingga dibawah 4,4 yang ditandai dengan hasil
positif, terjadi perubahan warna menjadi merah setelah ditambahkan Methyl Red. Artinya,
bakteri ini mengahasilkan asam campuran (metilen glikon) dari proses fermentasi glukosa
yang terkandung dalam medium MR-VP (Lehninger, 1995).

3) Uji VP

Dengan hasil negatif, karena tidak terbentuk warna merah pada medium setelah ditambahkan
-napthol dan KOH, artinya hasil akhir fermentasi bakteri inibukan asetil metil karbinol
(asetolin) (Volk dan Wheeler, 1993).

4) Simmons Citrate

Perbenihan ini digunakan untuk melihat kemampuan organisme enterik berdasarkan

kemampuan memfermentasi sitrat sebagai sumber karbon. Perbenihan Simmons Citrate ini
mengandung indikator biru bromtimol yang akan berubah menjadi biru pada reaksi positif
dan tetap hijau jika reaksi negatif (Volk dan Wheeler, 1993).

5) Uji katalase

Uji katalase merupakan suatu pengujian terhadap bakteri tertentu untuk mengetahui apakah
bakteri tersebut merupakan bakteri aerob, anaerob fakultatif, atau anaerob obligat dan
digunakan untuk mengetahui kemampuan mikroorganisme untuk menguraikan hidrogen
peroksida dengan menghasilkan enzim katalase. Bakteri yang memerlukan oksigen
manghasilkan hidrogen peroksida (H2O2) yang sebenarnya beracun bagi bakteri sendiri.
Namun mereka dapat tetap hidup dengan adanya anti metabolit tersebut karena mereka
menghasilkan enzim katalase yang dapat mengubah hidrogen peroksida menjadi air dan
oksigen. Enzim merupakan katalisator sejati, dimana molekul ini meningkatkan dengan nyata
kecepatan reaksi kimia spesifik yang tanpa enzim akan berlangsung sangat lambat. Enzim
tidak dapat mengubah titik keseimbangan reaksi yang dikatalisnya, enzim juga tidak akan
habis dipakai atau diubah secara permanen oleh reaksi-reaksi ini. Enzim merupakan
biokatalis yang berfungsi untuk membantu proses metabolisme. Enzim memiliki kemampuan
untuk mengkatalisis suatu reaksi. Suatu enzim adalah suatu katalis biologis. Hampir tiap
rekasi biokimia dikatalis oleh enzim. Enzim merupakan katalis yang lebih efisien daripada
kebanyakan katalis laboratorium atau industri. Enzim juga memungkinkan suatu selektivitas
pereaksi-pereaksi dan suatu pengendalian laju reaksi yang tidak dimungkinkan oleh kelas
katalis lain. Kespesifikan enzim disebabkan oleh bentuknya yang unik dan oleh gugus-gugus
polar (atau nonpolar) yang terdapat dalam struktur enzim tersebut. Beberapa enzim bekerja
bersama suatu kofaktor non protein, yang dapat berupa senyawa organik maupun anorganik.
Hidrolisis Gelatin terdapat enzim-enzim yang menguraikan golongan potein disebut
protenase/protease, kedua nama ini dianggap sinonim. Contoh pada hidrolisis gelatin dimana
protein diperoleh dari hidrolisis kalogen, yaitu zat pada jaringan penghubung dan tendon dari
hewan. Gelatin akan terurai oleh mikrobia yang mensintesis enzim proteolisis. Larutan
gelatin bersifat cair pada suhu ruang atau suhu kamar dan padat apabila berada di dalam
refrigerator. Dan apabila gelatin sudah dihidrolisis oleh mikroba, maka akan tetap bersifat
cair (Hadioetomo, 1993).