Professional Documents
Culture Documents
PENDAHULUAN
Asam nukleat adalah biopolymer yang berbobot molekul tinggi dengan unit
monomernya mononukleotida. Asam nukleat terdapat pada semua sel hidup dan
bertugas untuk menyimpan dan mentransfer genetic, kemudian menerjemahkan
informasi ini secara tepat untuk mensintesis protein yang khas bagi masing-
masing sel. Asam nukleat (bahasa Inggris: nucleic acid) adalah makromolekul
biokimia yang kompleks, berbobot molekul tinggi, dan tersusun atas rantai
nukleotida yang mengandung informasi genetik. Asam nukleat yang paling umum
adalah Asam deoksiribonukleat (DNA) and Asam ribonukleat (RNA). Asam
nukleat ditemukan pada semua sel hidup serta pada virus. Asam nukleat dinamai
demikian karena keberadaan umumnya di dalam inti (nukleus) sel.
Pada tahun 1879, Albrecht Kossel menemukan asam nukleat yang tersusun
oleh suatu gugus gula, gugus fosfat, dan gugus basa. Asam nukleat berbentuk
rantai linier yang merupakan gabungan monomer nukleotida sebagai unit
pembangunnya. Molekul ini menyimpan informasi pertumbuhan sel dan
reproduksi.
Monomer nukleotida sebagai struktur primer asam nukleat diperoleh dari hasil
hidrolisis asam nukleat. Proses hidrolisis lebih lanjut dari monomer nukleotida
akan dihasilkan asam fosfat dan nukleosida. Proses hidrolisis ini dilakukan dalam
suasana basa. Jika hidrolisis dilanjutkan kembali terhadap senyawa nukleosida
dalam larutan asam berair akan dihasilkan molekul gula dan basa nitrogen dengan
bentuk heterosiklik.
1.2 Rumusan Masalah
Bagaimana struktur, macam-macam, dan fungsi asam nukleat?
Apa saja sifat yang dimiliki oleh asam nukleat?
Bagaimana proses sintesis DNA dan RNA?
Bagaimana proses transkripsi dan translokasi?
BAB II
PEMBAHASAN
(Sumardjo,2006)
Ikatan gula ribosa dengan basa nitrogen (pada atom karbon nomor 1).
Ikatan gula ribosa dengan gugus fosfat (pada atom karbon nomor 5).
Jika gula pentosanya adalah ribosa seperti halnya pada RNA, maka
nukleosidanya dapat berupa adenosin, guanosin, sitidin, dan uridin. Begitu pula,
nukleotidanya akan ada empat macam, yaitu adenosin monofosfat, guanosin
monofosfat, sitidin monofosfat, dan uridin monofosfat. Sementara itu, jika gula
pentosanya adalah deoksiribosa seperti halnya pada DNA, maka (2-
deoksiribo)nukleosidanya terdiri atas deoksiadenosin, deoksiguanosin,
deoksisitidin, dan deoksitimidin.
Ikatan fosfodiester
Kecuali yang berbentuk sirkuler, seperti halnya pada kromosom dan plasmid
bakteri, rantai polinukleotida memiliki dua ujung. Salah satu ujungnya berupa
gugus fosfat yang terikat pada posisi 5 gula >uanine. Oleh karena itu, ujung ini
dinamakan ujung P atau ujung 5. Ujung yang lainnya berupa gugus hidroksil
yang terikat pada posisi 3 gula >uanine sehingga ujung ini dinamakan ujung
OH atau ujung 3. Adanya ujung-ujung tersebut menjadikan rantai polinukleotida
linier mempunyai arah tertentu.
Jadi, spesifisitas suatu asam nukleat selain ditentukan oleh sekuens basanya,
juga harus dilihat dari arah pembacaannya. Dua asam nukleat yang memiliki
sekuens sama tidak berarti keduanya sama jika pembacaan sekuens tersebut
dilakukan dari arah yang berlawanan (yang satu 5 3, sedangkan yang lain
3 5).
( Susanto, 2012)
Ada dua jenis asam nuklet:
b. Basa nitrogennya >uanine (G), sitosin , timin (T) dan >uanine (A).
d. Kandungan basa nitrogen antara kedua rantai sama banyak dan berpasangan
spesifik satu dengan lain. Guanin selalu berpasangan dengan sitosin ( G
C), dan >uanine berpasangan dengan timin (A T), sehingga jumlah
>uanine selalu sama dengan jumlah sitosin. Demikian pula >uanine dan
timin.
d. Prosentasi kandungan bas tidak harus sama, pasangan >uanine tidak harus
sama dengan urasil, dan sitosin tidak harus sama dengan >uanine.
Ada tiga jenis RNA yaitu tRNA (transfer RNA), mRNA (messenger RNA)
dan rRNA (ribosomal RNA). Ketiga macam RNA ini mempunyai fungsi
yang berbeda-beda, tetapi ketiganya secara bersama-sama mempunyai
peranan penting dalam sintesis protein.
( Mustofa,2012)
DNA RNA
Ketika kita melihat struktur tangga berpilin molekul DNA atau pun
struktur sekunder RNA, sepintas akan nampak bahwa struktur tersebut
menjadi stabil akibat adanya ikatan hidrogen di antara basa-basa yang
berpasangan. Padahal, sebenarnya tidaklah demikian. Ikatan hidrogen di
antara pasangan-pasangan basa hanya akan sama kuatnya dengan ikatan
hidrogen antara basa dan molekul air apabila DNA berada dalam bentuk rantai
tunggal. Jadi, ikatan hidrogen jelas tidak berpengaruh terhadap stabilitas
struktur asam nukleat, tetapi sekedar menentukan spesifitas perpasangan
basa.
Di dalam asam pekat dan suhu tinggi, misalnya HClO 4 dengan suhu lebih
dari 100C, asam nukleat akan mengalami hidrolisis sempurna menjadi
komponen-komponennya. Namun, di dalam asam mineral yang lebih encer,
hanya ikatan glikosidik antara gula dan basa purin saja yang putus sehingga
asam nukleat dikatakan bersifat apurinik.
c. Pengaruh alkali
d. Denaturasi kimia
f. Kerapatan apung
Oleh karena dengan teknik sentrifugasi tersebut pelet RNA akan berada di
dasar tabung dan protein akan mengapung, maka DNA dapat dimurnikan baik
dari RNA maupun dari protein. Selain itu, teknik tersebut juga berguna untuk
keperluan analisis DNA karena kerapatan apung DNA () merupakan fungsi
linier bagi kandungan GC-nya. Dalam hal ini, = 1,66 + 0,098% (G + C).
a. Absorpsi UV
b. Hipokromisitas
Meskipun maks untuk DNA dan RNA konstan, ternyata ada perbedaan nilai
yang bergantung kepada lingkungan di sekitar basa berada. Dalam hal ini,
absorbansi pada 260 nm (A260) memperlihatkan variasi di antara basa-basa
pada kondisi yang berbeda. Nilai tertinggi terlihat pada nukleotida yang
diisolasi, nilai sedang diperoleh pada molekul DNA rantai tunggal (ssDNA)
atau RNA, dan nilai terendah dijumpai pada DNA rantai ganda (dsDNA).
Efek ini disebabkan oleh pengikatan basa di dalam lingkungan hidrofobik.
Istilah klasik untuk menyatakan perbedaan nilai absorbansi tersebut adalah
hipokromisitas. Molekul dsDNA dikatakan relatif hipokromik (kurang
berwarna) bila dibandingkan dengan ssDNA. Sebaliknya, ssDNA dikatakan
hiperkromik terhadap dsDNA.
Denaturasi termal pada DNA dan RNA ternyata sangat berbeda. Pada
RNA denaturasi berlangsung perlahan dan bersifat acak karena bagian rantai
ganda yang pendek akan terdenaturasi lebih dahulu daripada bagian rantai
ganda yang panjang. Tidaklah demikian halnya pada DNA. Denaturasi terjadi
sangat cepat dan bersifat koperatif karena denaturasi pada kedua ujung
molekul dan pada daerah kaya AT akan mendestabilisasi daerah-daerah di
sekitarnya.
f. Superkoiling DNA
Banyak molekul dsDNA berada dalam bentuk sirkuler tertutup atau closed-
circular (CC), misalnya DNA plasmid dan kromosom bakteri serta DNA
berbagai virus. Artinya, kedua rantai membentuk lingkaran dan satu sama lain
dihubungkan sesuai dengan banyaknya putaran heliks (Lk) di dalam
molekul DNA tersebut.
Sejumlah sifat muncul dari kondisi sirkuler DNA. Cara yang baik untuk
membayangkannya adalah menganggap struktur tangga berpilin DNA seperti
gelang karet dengan suatu garis yang ditarik di sepanjang gelang tersebut. Jika
kita membayangkan suatu pilinan pada gelang, maka deformasi yang
terbentuk akan terkunci ke dalam sistem pilinan tersebut. Deformasi inilah
yang disebut sebagai superkoiling.
g. Interkalator
(Susanto, 2012)
2.3 Proses sintesis DNA dan RNA
Replikasi DNA sangat penting agar DNA kita tidak termutasi, dimana
DNA menyimpan cetak biru bagi segala aktivitas sel. Pada proses replikasi
terdapat pos-pos pengecekan, sehingga jika ada kode yang salah tercetak, dapat
langsung dikenali dan langsung diperbaiki. Ada beberapa teori yang mencoba
menjelaskan bagaimana proses replikasi DNA ini terjadi, yaitu konservatif,
semikonservatif, dan dispersif.
Proses replikasi DNA ini merupakan proses yang rumit namun teliti. Proses
sintesis rantai. Proses replikasi memerlukan protein atau enzim pembantu;
salah satu yang terpenting dikenal dengan nama DNA polimerase, yang
merupakan enzim pembantu pembentukan rantai DNA baru yang
merupakan suatu polimer. Proses replikasi diawali dengan pembukaan
untaian ganda DNA pada titik-titik tertentu di sepanjang rantai DNA. Proses
pembukaan rantai DNA ini dibantu oleh enzim helikase yang dapat
mengenali titik-titik tersebut, dan enzim girase yang mampu membuka
pilinan rantai DNA. Setelah cukup ruang terbentuk akibat pembukaan
untaian ganda ini, DNA polimerase masuk dan mengikat diri pada kedua
rantai DNA yang sudah terbuka secara lokal tersebut. Proses pembukaan
rantai ganda tersebut berlangsung disertai dengan pergeseran DNA
polimerase mengikuti arah membukanya rantai ganda. Monomer DNA
ditambahkan di kedua sisi rantai yang membuka setiap kali DNA polimerase
bergeser. Hal ini berlanjut sampai seluruh rantai telah benar-benar terpisah.
Proses replikasi DNA ini merupakan proses yang rumit namun teliti.
Ada tiga cara teoretis replikasi DNA yang pernah diusulkan, yaitu
konservatif, semikonservatif, dan dispersif. Pada replikasi konservatif seluruh
tangga berpilin DNA awal tetap dipertahankan dan akan mengarahkan
pembentukan tangga berpilin baru. Pada replikasi semikonservatif tangga
berpilin mengalami pembukaan terlebih dahulu sehingga kedua untai
polinukleotida akan saling terpisah. Namun, masing-masing untai ini tetap
dipertahankan dan akan bertindak sebagai cetakan (template) bagi pembentukan
untai polinukleotida baru. Sementara itu, pada replikasi dispersif kedua untai
polinukleotida mengalami fragmentasi di sejumlah tempat. Kemudian, fragmen-
fragmen polinukleotida yang terbentuk akan menjadi cetakan bagi fragmen
nukleotida baru sehingga fragmen lama dan baru akan dijumpai berselang-
seling di dalam tangga berpilin yang baru. antara ketiga cara replikasi DNA
yang diusulkan tersebut, hanya cara semikonservatif yang dapat dibuktikan
kebenarannya melalui percobaan yang dikenal dengan nama sentrifugasi
seimbang dalam tingkat kerapatan atau equilibrium density-gradient
centrifugation.Percobaan ini dilaporkan hasilnya padatahun1958 oleh M.S.
Meselson dan F.W. Stahl.
Garpu replikasi
Lagging strand ialah untaian DNA yang terletak pada sisi yang
berseberangan dengan leading strand pada garpu replikasi. Untaian ini disintesis
dalam segmen-segmen yang disebut fragmen Okazaki. Pada untaian ini,
primase membentuk primer RNA. DNA polimerase dengan demikian dapat
menggunakan gugus OH 3' bebas pada primer RNA tersebut untuk mensintesis
DNA dengan arah 5'3'. Fragmen primer RNA tersebut lalu disingkirkan
(misalnya dengan RNase H dan DNA Polimerase I) dan deoksiribonukleotida
baru ditambahkan untuk mengisi celah yang tadinya ditempati oleh RNA. DNA
ligase lalu menyambungkan fragmen-fragmen Okazaki tersebut sehingga
sintesis lagging strand menjadi lengkap.
Sliding clamp pada semua jenis makhluk hidup memiliki struktur serupa
dan mampu berinteraksi dengan berbagai DNA polimerase prosesif maupun
non-prosesif yang ditemukan di sel. Selain itu, sliding clamp berfungsi sebagai
suatu faktor prosesivitas. Ujung-C sliding clamp membentuk gelungan yang
mampu berinteraksi dengan protein-protein lain yang terlibat dalam replikasi
DNA (seperti DNA polimerase dan clamp loader). Bagian dalam sliding clamp
memungkinkan DNA bergerak melaluinya. Sliding clamp tidak membentuk
interaksi spesifik dengan DNA. Terdapat lubang 35A besar di tengah clamp ini.
Lubang tersebut berukuran sesuai untuk dilalui DNA dan air menempati tempat
sisanya sehingga clamp dapat bergeser pada sepanjang DNA. Begitu polimerase
mencapai ujung templat atau mendeteksi DNA berutas ganda (lihat di bawah),
sliding clamp mengalami perubahan konformasi yang melepaskan DNA
polimerase.Clamp loader merupakan protein bersubunit banyak yang mampu
menempel pada sliding clamp dan DNA polimerase. Dengan hidrolisis ATP,
clamp loader terlepas dari sliding clamp sehingga DNA polimerase menempel
pada sliding clamp. Sliding clamp hanya dapat berikatan pada polimerase
selama terjadinya sintesis utas tunggal DNA. Jika DNA rantai tunggal sudah
habis, polimerase mampu berikatan dengan subunit pada clamp loader dan
bergerak ke posisi baru pada lagging strand. Pada leading strand, DNA
polimerase III bergabung dengan clamp loader dan berikatan dengan sliding
clamp.
Seperti telah dijelaskan di atas, replikasi DNA terjadi baik pada untai
pengarah maupun pada untai tertinggal. Pada untai tertinggal suatu kompleks
yang disebut primosom akan menyintesis sejumlah RNA primer dengan interval
1.000 hingga 2.000 basa. Primosom terdiri atas helikase DnaB dan DNA
primase. Primer baik pada untai pengarah maupun pada untai tertinggal akan
mengalami elongasi dengan bantuan holoenzim DNA polimerase III. Kompleks
multisubunit ini merupakan dimer, separuh akan bekerja pada untai pengarah
dan separuh lainnya bekerja pada untai tertinggal. Dengan demikian, sintesis
pada kedua untai akan berjalan dengan kecepatan yang sama. Masing-masing
bagian dimer pada kedua untai tersebut terdiri atas subunit a, yang mempunyai
fungsi polimerase sesungguhnya, dan subunit e, yang mempunyai fungsi
penyuntingan berupa eksonuklease 3 5. Selain itu, terdapatsubunit b yang
menempelkan polimerase pada DNA. Begitu primer pada untai tertinggal
dielongasi oleh DNA polimerase III, mereka akan segera dibuang dan celah
yang ditimbulkan oleh hilangnya primer tersebut diisi oleh DNA polimerase I,
yang mempunyai aktivitas polimerase 5 3, eksonuklease 5 3, dan
eksonuklease penyuntingan 3 5. Eksonuklease 5 - 3 membuang primer,
sedangkan polimerase akan mengisi celah yang ditimbulkan. Akhirnya,
fragmen-fragmen Okazaki akan dipersatukan oleh enzim DNA ligase. Secara in
vivo, dimer holoenzim DNA polimerase III dan primosom diyakini membentuk
kompleks berukuran besar yang disebut dengan replisom. Dengan adanya
replisom sintesis DNA akan berlangsung dengan kecepatan 900 pb tiap detik.
Kedua garpu replikasi akan bertemu kira-kira pada posisi 180C dari ori.
Di sekitar daerah ini terdapat sejumlah terminator yang akan menghentikan
gerakan garpu replikasi. Terminator tersebut antara lain berupa produk gen tus,
suatu inhibitor bagi helikase DnaB. Ketika replikasi selesai, kedua lingkaran
hasil replikasi masih menyatu. Pemisahan dilakukan oleh enzim topoisomerase
IV. Masing-masing lingkaran hasil replikasi kemudian disegregasikanke dalam
kedua sel hasil pembelahan. Replikasi DNA eukariota
Mesin replikasi yang terdiri atas semua enzim dan DNA yang berkaitan
dengan garpu replikasi akan diimobilisasi di dalam matriks nuklear. Mesin-
mesin tersebut dapat divisualisasikan menggunakan mikroskop dengan melabeli
DNA yang sedang bereplikasi. Pelabelan dilakukan menggunakan analog
timidin, yaitu bromodeoksiuridin (BUdR), dan visualisasi DNA yang dilabeli
tersebut dilakukan dengan imunofloresensi menggunakan antibodi yang
mengenali BUdR.
Jenis RNA
RNA dapat dibedakan menjadi dua kelompok utama, yaitu RNA genetik dan
RNA non-genetik.
1. RNA genetik
RNA genetik memiliki fungsi yang sama dengan DNA, yaitu sebagai
pembawa keterangan genetik. RNA genetik hanya ditemukan pada makhluk
hidup tertentu yang tidak memiliki DNA, misalnya virus. Dalam hal ini fungsi
RNA menjadi sama dengan DNA, baik sebagai materi genetik maupun dalam
mengatur aktivitas sel.
2. RNA non-genetik
Dengan adanya penjelasan materi di atas, terdapat perbedaan antara DNA dan
RNA.
- sintesis protein
- sintesis RNA
Berikut ini adalah garis besar dari RNA polimerase pada eukariota:
1. Inisiasi,
2. Perpanjangan, dan
3. Penghentian.
Pada tahap inisiasi, RNA polimerase DNA pencarian untuk situs inisiasi,
juga disebut situs promotor, atau promotor. Pada tahap ini, DNA untai ganda
("tertutup"). Ini RNA polimerase / luka-struktur DNA yang disebut sebagai
kompleks ditutup. polimerase RNA kemudian unwinds bentangan pendek DNA
heliks ganda untuk menghasilkan beruntai tunggal ("terbuka") template DNA
dari yang dibutuhkan petunjuk. Ini RNA polimerase / diterminasi-struktur DNA
disebut kompleks terbuka.
(Dendhi, 2012)
Transkripsi
Proses transkripsi ini terjadi di dalam inti sel (nukleus). DNA tetap berada di
dalam nukleus, sedangkan hasil transkripsinya dikeluarkan dari nukleus menuju
sitoplasma dan melekat pada ribosom. Ini dimaksudkan agar gen asli tetap
terlindung, sementara hasil kopinya ditugaskan untuk melaksanakan pesan-pesan
yang dikandungnya. Jika RNA rusak, akan segera diganti dengan hasil kopian
yang baru
1. Inisiasi (permulaan)
2. Elongasi (pemanjangan)
3. Terminasi (pengakhiran)
(Anonymous b, 2012)
Translokasi
Gambar 8. Translokasi
Material Translokasi
Fungsi floem adalah sebagai jaringan translokasi bahan organik yang
terutama berisi karbohidrat. Crafts dan Lorenz (1994) mendapatkan persentase
nitrogen (dalam bentuk protein) sebesar 45%. Sebenarnya gula yang menjadi
linarut terbesar yang ditranslokasikan dalam cairan floem. Diantara gula ini,
sukrosa yang paling banyak jumlahnya. Gula lain seperti gula rafinosa :
glukosa, rafinosa, stakiosa, dan fruktosa juga ada pada gula alcohol: manitol,
sorbitol, galaktitol, serta mio-inositol.
Tingkat Pergerakan
Proses peningkatan konsentrasi gula pada sel-sel floem yang berada dekat
dengan sel-sel fotosintetik pada daun disebut proses pengisian floem (phloem
loading). Berdasarkan pengukuran pada berbagai spesies, terlihat bahwa
potensi osmotik sel-sel mesofil (sekitar -0,8 MPa sampai -1,8 MPa) lebih
tinggi dibanding pada pembuluh floem (antara -2,0 MPa sampai -3,0 MPa).
Karena bahan terlarut (sukrosa) pada pembuluh floem lebih tinggi dibanding
pada sel-sel mesofil.
Serapan sukrosa oleh sel peneman floem ini yang dikarenakan oleh sel
peneman ini lebih besar dan lebih aktif dibandingkan sel-sel lain pada jaringan
floem dan juga adanya penumbuhan ke dalam (ingrowth) yang menyebabkan
luas permukaan membran sel ini menjadi 3 kali lebih luas. Menyebabkan
potensi osmotic sitoplasma sel ini menjadi turun (lebih negatif) dan ini akan
merangsang air untuk masuksecara osmosis kedalam sel ini dari sel-sel
mesofil disekitarnya. Sebagai akibatnya tekanan internal pada sel peneman
akan meningkat dan mengakibatkan sukrosa bergerak masuk ke pembuluh
floem secara simplastik melalui plasmodesmata. Masuknya larutan yang
mengandung sukrosa ke pembuluh floem dari sel-sel peneman ini yang
mengakibatkan tekanan internal pada pembuluh floem pada daun lebih tinggi,
yang kemudian menjadi faktor pendorong dari aliran larutan floem, berarti
pengangkutan senyawa-senyawa yang terlarut didalamnya.
( Lakitan, 1993)
BAB III
PENUTUP
3.1 Kesimpulan
Bagaimana proses sintesis DNA dan RNA?
Bagaimana proses transkripsi dan translokasi?
Asam nukleat tersusun atas nukleotida, yang mana nukleotida tersusun atas
nukleosida dan fosfat. Nukleosida tersusun atas gula pentose dan basa
nitrogen (purin dan pirimidin).
Asam nukleat memiliki sifat kimia, yaitu stabilitas asam nukleat, pengaruh
asam, pengaruh alkali, denaturasi kimia, viskositas, dan kerapatan apung,
sedangkan sifat spektroskopik-termal asam nukleat meliputi kemampuan
absorpsi sinar UV, hipokromisitas, penghitungan konsentrasi asam nukleat,
penentuan kemurnian DNA, serta denaturasi termal dan renaturasi asam
nukleat.
Proses sintesis DNA berupa replikasi DNA yang terdiri atas 3 macam, yaitu
model konservatif, model semikonservatif, dan model dispersif. Sedangkan
sintesis RNA terdiri atas RNA polimerase I terletak di nucleolus dan
mentranskripsi ribosomal RNA (rRNA), lalu, RNA polimerase II lokal dengan
inti, dan mentranskripsi messenger RNA (mRNA) dan RNA nuklir paling
kecil. RNA polimerase III mentranskripsi RNA transfer (tRNA) dan RNA
kecil lainnya.
Proses Transkripsi terdiri atas insiasi, elongasi, dan terminasi.
DAFTAR PUSTAKA