Alternatif Docking Paling Umum

Program docking protein-ligan yang paling umum pada periode 2001-2011 adalah AutoDock,
GOLD, DOCK, FlexX, Glide, FTD OCK dan QXP dengan lebih dari 300 kutipan masing-
masing pada periode ini mereka mungkin dianggap sebagai alternatif docking terlama dengan
jumlah pengguna yang besar dan stabil. LigandFit, Surflex dan FlexE adalah alternatif
docking terbaru.

1. AutoDock
Program docking protein-ligan yang dikembangkan oleh Morris. Free untuk pengguna
akademis, fleksibilitas menjadikannya pilihan pertama yang sangat populer bagi
pengguna baru. Versi terbaru - AutoDock fleksibilitas sidechain pada residu asam
amino terpilih. AutoDock menawarkan berbagai algoritma pencarian termasuk
algoritma Monte Carlo Simulated Annealing, Algoritma Genetika (GA), dan GA
pencarian hibrida, yang juga dikenal sebagai Lamarckian Genetic Algorithm (LGA).
Program ini dapat digunakan dengan antarmuka visual yang disebut AutoDock Tools
(ADT) yang menjamin analisis hasil docking yang efisien.
2. GOLD
Program docking protein-ligan yang sangat dipuji. Program ini merupakan hasil
kolaborasi antara University of Sheffield, GlaxoSmithKline dan Cambridge
Crystallographic Data Center (CCDC), tersedia secara komersial, Program ini berisi
metode pencarian algoritma genetika (GA) untuk menghasilkan ligan pose, antarmuka
pengguna dengan pemasangan docking interaktif melalui Hermes, dan wizard
penyiapan dok penyiapan komprehensif. GOLD memungkinkan fleksibilitas ligand
penuh, sekaligus memastikan fleksibilitas protein parsial, melalui fleksibilitas sisi-pita
dan tulang punggung protein sampai maksimum sepuluh residu yang ditentukan
pengguna.
3. DOCK
perangkat lunak docking dikembangkan oleh Irwin Kuntz sejak tahun 1988 dan gratis
untuk institusi akademis. Versi sekarang - DOCK 6 - berisi serangkaian opsi penilaian
yang lebih baik termasuk persyaratan eksplisit untuk koreksi entropi konformasi
ligand, desolvasi ligan, dan desolvasi reseptor. Fungsi mekanika molekuler AMBER
dengan fungsi pelarut implisit, minimisasi gradien konjugasi, dan kemampuan
simulasi dinamika molekuler juga ada.

4. FlexX (sekarang bagian dari LeadIT)

 Program docking dikembangkan oleh Rarey dan BioSolveIT. FlexX didasarkan pada
algoritma konstruksi inkremental yang kuat dimana ligan didekomposisi menjadi
beberapa bagian dan kemudian dibangun secara fleksibel di tempat yang aktif, dengan
menggunakan strategi penempatan yang beragam. Program ini berisi kemampuan
yang ditingkatkan untuk menangani molekul air yang fleksibel dan dengan koordinasi
logam.
5. Glide
Glide menghasilkan satu set grid dengan berbagai jenis bidang yang mewakili
geometri dan sifat daerah pengikatan reseptor. Ruang puntir ligan kemudian dicicipi
secara mendalam, menghasilkan sejumlah besar pose yang mengikat. Setelah posisi
kasar awal ini, strategi hierarkis digunakan dalam penilaian. Ini dimulai dengan
penerapan serangkaian filter yang mempersempit rentang alternatif yang akan
dievaluasi, dan diikuti oleh skor GlideScore, berkembang menjadi minimisasi in situ
dengan medan gaya OPLS-AA untuk yang terbaik.
6. FTDOCK
Program docking yang dikembangkan oleh Sternberg pada tahun 1997 yang
menggunakan algoritma docking berdasarkan Katchalski-Katzir. Program ini
membagi ligan dan reseptor menjadi jaringan ortogonal dan memindai ruang translasi
dan rotasi keduanya. Metode penilaian didasarkan pada skor pelengkap permukaan
antara dua grid, dihitung dengan bantuan transformasi Fourier. Meskipun
komplementaritas permukaan adalah satu-satunya skor yang digunakan dalam metode
asli , versi terbaru juga menerapkan filter berbasis elektrostatik. Program ini gratis
bagi pengguna akademis dan komersial, namun tidak lagi didukung dan tidak ada
perkembangan yang terjadi dalam dekade terakhir.

7. QXP (Quick eXPlore)

Aplikasi docking protein-ligan yang dikembangkan oleh McMarting & Bohacek dan
pada tahun 1997 , dengan algoritma yang berasal dari metode perturbasi Monte Carlo
dengan minimisasi energi di ruang Cartesian. QXP menggunakan versi modifikasi
dari medan gaya AMBER, dengan biaya parsial dihitung dari momen ikatan-dipol dan
menerapkan medan gaya superposisi yang secara otomatis memberikan kekuatan tarik
jarak dekat ke atom serupa dalam molekul yang berbeda.

Evolution in the Last 10 Years

(Gambar 2) menunjukkan evolusi jumlah kutipan per tahun dari 7 program doping
protein-ligan yang paling banyak dikutip selama 10 tahun terakhir, bersamaan dengan
persentase relatifnya dalam hal kutipan per tahun. Hasilnya menunjukkan bahwa
AutoDock adalah perangkat lunak docking protein-ligan teratas yang dikutip selama
dekade terakhir, mencapai tingkat sekitar 500 kutipan per tahun. Selain itu, hasilnya
menunjukkan bahwa sementara pada tahun 2001 perbedaannya terhadap alternatif
kedua yang paling banyak dikutip - DOCK - hanya beberapa kutipan, pada tahun
2010 perbedaan terhadap program docking kedua yang paling banyak dikutip - GOLD
- tumbuh mendekati 200 kutipan per tahun. . Dalam lima tahun terakhir, jumlah
kutipan relatif di antara alternatif yang disebutkan di atas dipertahankan di antara 36-
37%, mengindikasikan "pangsa pasar" yang stabil dan sangat signifikan. Antara tahun
2001 dan 2011, DOCK beralih dari program kedua yang paling banyak dikutip ke
tempat keempat, di belakang GOLD dan Glide, sambil tetap mendekati angka rata-
rata 150 kutipan per tahun. EMAS telah melalui periode ini program docking yang
paling banyak tersedia. Sementara antara pesaing utama 2001 dan 2007 GOLD di
antara alternatif berbayar adalah FlexX, Schrodinger's Glide telah muncul sebagai
pesaing yang paling banyak dikutip. Namun demikian, Gold telah berhasil
mengamankan lima tahun terakhir "pangsa pasar" 20-23% di antara semua alternatif
yang paling banyak dikutip, sementara Glide saat ini berada di posisi 17% dan FlexX
sebesar 9%. FTDOCK dan QXP hanya mewakili masing-masing 3 dan 1% dari total
jumlah kutipan per tahun dari tujuh alternatif docking yang paling banyak dikutip.